Les données environnementales et leur valorisation

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2 SEMINAIRE DIPEE Les données environnementales et leur valorisation Organisateurs : LEHNA (Pierre Joly) EVS (Florence Dujardin, Didier Graillot) USR Zones Ateliers (Cécile Maréchal) Secrétariat : Nathalie Lyvet, LEHNA. Lieu : Université Lyon 3, 18 rue Chevreul, Lyon Date : 10 avril 2015 Pré- programme 9 :00 Introduction 9 :15 Marc LEOBET (Commissariat Général au Développement Durable / DRI - Ministère de l'écologie, du développement durable et de l'énergie) Introduction au partage de la donnée appliquée aux laboratoires de recherche 10 :15 Pause café 10 :40 Florian MALARD et Michel CREUZE DES CHATELLIERS (LEHNA) (30 min) La base de données sur les crustacés souterrains et le réseau européen BIOFRESH 11 :10 Sabine FAVRE- BONTE et Sylvie NAZARET Intégration des données microbiologiques dans la base de données DONESOL 11 :40 Jean NABUCET (ZA Armorique ZA Brest- Iroise) Présentation d INDIGEO (INfrastructure scientifique de Données et d'informations GEOspatialisées sur l'environnement) 12 :20 Pause Buffet 13 :15 Anne CLEMENS (ZABR) Le géorépertoire de la ZABR, un exemple de portail 14 :45 Christophe Bonenfant et Marion Valdeix (LBBE) Vers une mutualisation des données écologiques spatialisées: l'expérience EURODEER à l'échelle européenne 14 :15 Aurélie ANTONIO et Kristell MICHEL (EVS ENS Lyon) Des outils d aide à la gestion de données à référence spatiale au service de la communauté scientifique : ElVIS (Espace collaboratif de Valorisation de l Information à caractère Scientifique), un géorépertoire basé sur l application Open Source GeoNetwork, et MapMint, un WebSIG Open Source. La plateforme ISIG 15 :00 Cyrille CONORD (EVS ENSMSE) Méthodes de synthèse quantitative des recherches appliquées aux données écologiques/environnementales (méta- analyses et autres) 15 :30 Frédéric PARAN (OHM vallée du Rhône ENSMSE) Elaboration d une photothèque participative à l échelle du corridor rhodanien : une expérience en cours de construction 16 :00 Pause 16 :30 17 :30 Table ronde animée par Marc Léobet

3 Résumés Introduction au partage de la donnée appliquée aux laboratoires de recherche Marc Léobet (Commissariat Général au Développement Durable / DRI - Ministère de l'écologie, du développement durable et de l'énergie) Les données de la recherche n ont pas de définition légale. Elles sont donc soumises aux mêmes obligations d accès et de diffusion que les autres données publiques et disposent du même cadre qu elles pour en restreindre l exercice. Toutefois, les pratiques particulières des chercheurs, par exemple liées à l enjeu de publication d articles, s ajoutent aux contraintes habituelles liées à la recherche de financements complémentaires. Cette présentation fournira le cadre légal. Afin d alimenter les échanges du séminaire, elle tentera de répondre aux questions systématiquement rencontrées dans les échanges avec le milieu de la recherche, ainsi qu à celles fréquentes et à celles qui ne sont jamais posées. Données géographiques sur le vivant : pratiques et questionnements relatifs aux exigences réglementaires et scientifiques Florian Malard, Michel Creuzé des Châtelliers et Christophe Douady (UMR CNRS LEHNA Laboratoire Ecologie des Hydrosystèmes Naturels et Anthropisés) Le recensement, l échantillonnage, la description et le géoréférencement de la biodiversité dans les milieux aquatiques sont des activités régulières du Laboratoire d Ecologie des Hydrosystèmes Naturels et Anthropisés (LEHNA, UMR CNRS 5023). La directive INSPIRE couvre le champ de l accessibilité des données sur la répartition des espèces (Annexe III, alinéa 19), mais les exigences scientifiques relatives à la reproductivité de telles données, notamment dans le domaine de la taxonomie, nécessitent également l archivage de matériel biologique. Nous présenterons à partir d exemples relatifs à l étude de la biodiversité des milieux aquatiques la diversité des données géographiques produites et nos pratiques actuelles en matière d accessibilité et de mise à disposition des données et du matériel biologique. Nous adresserons enfin nos questionnements quant aux avantages et aux limites d une externalisation des services en matière d archivage et d accessibilité des données, lorsqu il s agit de répondre aux exigences règlementaires. Intégration des données microbiologiques dans la base de données DONESOL Sabine Favre- Bonté et Sylvie Nazaret (UMR CNRS LEM Laboratoire d Ecologie Microbienne) Les microorganismes de part leur abondance, leur diversité et leur rôle dans les cycles biogéochimiques joue un rôle clé dans le fonctionnement des écosystèmes terrestres et le maintien de la qualité des sols. Les diverses contraintes anthropiques associées aux

4 pratiques agricoles et à l urbanisation sont susceptibles de modifier plus ou moins fortement et durablement biodiversités et fonctions. L amplitude de ces modifications est dépendante des caractéristiques géographiques et pédologiques des sols. Au travers de divers programmes dont le programme PATHO- RMQS l UMR d Ecologie Microbienne a contribué à alimenter en données microbiologiques la base DONESOL une base de données géographiques (localisation) et sémantiques (usage, structure, texture, physico- chimie, métaux, pesticides, ) sur les sols français (Base DONESOL et Conservatoire des sols hébergés par l INRA d Orléans). Cette présentation visera à exposer les différentes contraintes rencontrées pour rendre compatibles le vivant et le non- vivant en terme d échantillonnage, de stockage, d uniformisation des méthodes d analyse, et d alimentation de la base de données. Présentation d INDIGEO (INfrastructure scientifique de Données et d'informations GEOspatialisées sur l'environnement) Jean NABUCET ZA Armorique ZA Brest- Iroise, UMR 6554 Littoral - Environnement - Télédétection - Géomatique (LETG), OSU Rennes La mise en œuvre de la directive INSPIRE au sein des laboratoires de recherche et des dispositifs d'observation à long terme comme les Zones Ateliers a mis en évidence un certain nombre de manques dans les outils mis à la disposition de la communauté scientifique ne permettant pas de répondre pleinement d'une part aux obligations d'inspire mais également aux souhaits de la communauté scientifique de publier ses données de manière adaptée. Une réflexion menée entre l'umr LETG, les OSU de Rennes et Brest, et le réseau des ZA (notamment avec l'appui technique de l'ums BBEES spécialisé dans les bases de données) a permis le développement d'outils modulaires permettant de répondre pour partie aux besoins et d'offrir un cadre de développement privilégié pour la communauté scientifique. Un long travail a été effectué afin de mettre en place une méthode simplifiée de description des données répondant à la fois à la directive INSPIRE mais aussi aux besoins de la communauté. Parallèlement à ce travail sur les métadonnées, des portails de visualisation de données ont émergé. Ainsi, INDIGEO (infrastructure scientifique de données et d'informations géospatialisées sur l'environnement) permet de répondre au mieux aux besoins de visualisation et de transfert de l'information dans le respect des conventions sémiologiques et des normes en vigueur (ISO, service web). La technique développée au sein de ce projet a donc été le point de départ d'un projet de portail interza qui sera en ligne dans quelques semaines. Le point d'orgue a été, tout au long de ces travaux, de rendre interopérables les systèmes. Il s'agira dans le cadre de ce séminaire de présenter la plateforme INDIGEO, ses fonctionnalités et potentialités, ainsi que le fonctionnement actuel pour assurer l'alimentation de la base de données et de métadonnées mais aussi de présenter le portail du réseau des Zones Ateliers permettant de décrire les jeux de données mais aussi de les visualiser.

5 Le géorépertoire de la ZABR : Retour d expérience sur l archivage de métadonnées de recherche collectives Anne CLEMENS (ZABR) Les sites et observatoires et projets de recherche de la ZABR associés produisent tous de nombreuses données. La ZABR a fait le choix, dès son origine de contribuer à l'observation de l'environnement par une compilation et une structuration des données disponibles. Elle propose à l'ensemble des acteurs de l'eau, via le géorépertoire, une interface vers les informations existantes et, le cas échéant, d'avoir accès à ces données. Ce géorépertoire constitue une base de métadonnées consultable via le web qui vise à recenser, structurer, et décrire en quelques mots- clés les lots de données produites par les organismes de recherche de l'hydrosystème Rhône. C est un portail ouvert sur les connaissances acquises sur l'état écologique du bassin versant du Rhône, dans les domaines géomorphologique, hydrologique, biologique, sociologique et économique. Ce portail a connu plusieurs évolutions En 2002, un premier géorépertoire appelé «MétaZABR» a été mis en place. L outil, développé par Irstea Lyon et l Ecole des Mines de Saint- Etienne sous Php- PostgreSQL, proposait une interface cartographique, permettant de localiser les différents types de données disponibles, et une interface de description de la donnée, accessible depuis l outil cartographique. Bien que novateur à l époque, ce géorépertoire a rencontré certaines limites incitant la ZABR à migrer vers l outil Géonetwork normalisé (normes ISO19115/19139) qui offre la possibilité d échanger rapidement les métadonnées entre producteurs et outils de métadonnées (moissonnages ou exports XML). Le nouveau catalogue appelé, «MetaZABR2», est opérationnel depuis début 2013 et intègre l ensemble des métadonnées de l ancien géorépertoire ; Il est actuellement enrichi par le moissonnage des métadonnées produits par l observatoire des sédiments du Rhône, et les métadonnées produites par la base de métadonnées Elvis qui capitalise notamment les métadonnées des projets ZABR de l UMR Depuis quelques mois, la ZABR fait les constats suivants : l alimentation de Méta ZABR 2 au fil des projets et du fait de l augmentation de la taille de la ZABR est délicate. Une stratégie doit être mise en place pour, s assurer de la sécurité de l archivage des métadonnées présentes dans MétaZABR 2, mettre en valeur les observatoires de la ZABR qui ont une démarche de structuration de leurs métadonnées rigoureuse et actualisée, proposer sur MétaZABR 2 un espace permettant aux chercheurs de la ZABR d intégrer leurs métadonnées s ils ne disposent pas d un tel système au sein de leur laboratoire. Il conviendra également de permettre un moissonnage de MétaZABR 2 par la base de métadonnées du réseau des Zones Ateliers. Vers une mutualisation des données écologiques spatialisées: l'expérience EURODEER à l'échelle européenne Christophe Bonenfant et Marion Valdeix (LBBE) Malgré des avancées technologiques récentes indéniables, l'acquisition de données écologiques de grande qualité sur les animaux reste toujours difficile et relativement cher. Par exemple, les données de géolocalisations sur les grands mammifères sont souvent limitées par les possibilités de capture des animaux et restreintes à des sites

6 particulier. Récemment, une communauté de biologistes travaillant sur l'écologie du mouvement s'est rassemblée autour du projet EURODEER. Les 20 groupes de recherches impliqués ont mis en commun et partagé l'intégralité des données de géolocalisations sur le chevreuil. Après une brève description de la structure EURODEER, nous montrons ici comment cette initiative a permis de lever des verrous économiques et d'aborder des questions écologiques à large échelle spatiale qu'il n'aurait pas été possible de conduire par un seul groupe. La mutualisation des données écologiques apparaît à ce jour comme une solution pertinente permettant d'améliorer la généralité des résultats observés, tout en diminuant les coûts et en favorisant les collaborations entre chercheurs. Des outils d aide à la gestion de données à référence spatiale au service de la communauté scientifique : ElVIS (Espace collaboratif de Valorisation de l Information à caractère Scientifique), un géorépertoire basé sur l application Open Source GeoNetwork, et MapMint, un WebSIG Open Source. Aurélie Antonio et Kristell Michel (UMR 5600 EVS / Plateforme ISIG / DSI ENSL) Au sein de la plateforme ISIG (Imagerie et Systèmes d'information Géographique), une plateforme technique et méthodologique de l'umr 5600 EVS (Environnement Ville Société), s'est posé, dès 2006, la question de l'organisation et de la valorisation de la donnée à caractère scientifique. L'heure est à présent au bilan : existe- t- il un outil miracle pour cataloguer les données à référence spatiale et aider à une démocratisation plus large de ce processus? Concernant les normes et les standards en vigueur (notamment la Directive Inspire), quelle place doit- on leur laisser pour gérer efficacement les données des chercheurs? Qui doit s'engager dans ce long et difficile travail de cueillette, d'inventaire et de valorisation de la donnée scientifique? Quelle organisation mettre en place pour une pleine réussite de ce type de projets? Quelles sont les données à répertorier? Comment évaluer les coûts inférant au fonctionnement de ces outils? Quelles sont les retombées indirectes de la mise en place de tels outils ou comment ces outils peuvent aider à l'émergence d'une recherche transdisciplinaire?... Voici quelques- unes des questions auxquelles cette présentation tentera d'apporter des réponses, des suggestions ou encore des pistes à emprunter pour aider à une gestion efficace et à une valorisation opérante de la donnée scientifique. Méthodes de synthèse quantitative des recherches en écologie : tour d horizon et application au développement de bioindicateurs de qualité des sols. Cyrille Conord (UMR 5600 EVS, composante EMSE département GéoSciences et Environnement) L écologie est une discipline confrontée à l hétérogénéité de ses objets et des méthodologies qu elle emploie. Ainsi l écologie repose sur la géologie, les sciences du sol et du climat, la chimie, la physique, la génétique et la biologie évolutive, la physiologie, en plus des statistiques et des mathématiques Souvent, différentes études abordent une même question utilisant des approches comparables mais sur des objets différents. La question se pose alors de la

7 généralisation de ces résultats individuels et de l apport de chacun à une connaissance plus large au- delà de leurs limites particulières. La synthèse quantitative des «évidences» apportées par chaque étude d un tel groupe est appelée meta- analyse. Cette approche permet une valorisation des données environnementales pouvant aller au- delà des réponses particulières des objets biologiques. Cette intervention, se propose de montrer les outils conceptuels et calculatoires pour conduire des meta- analyses ainsi que le logiciels disponibles. Une illustration sera donnée à travers un exemple de recherches en cours à l école des Mines de Saint- Etienne sur le développement de bioindicateurs de phytodisponibilité des contaminants du sol. Mots clefs : écologie, statistiques, meta- analyses, synthèse de connaissances Elaboration d une photothèque participative à l échelle du corridor rhodanien : une expérience en cours de construction Frédéric Paran UMR 5600 EVS composante EMSE département GSE (GéoSciences et Environnement) Partenaires scientifiques : UMR 5600 EVS composantes Biogéophile, IRG et ISTHME Partenaires du projet : Ecole Dora Rivière de Saint- Etienne (Classe de CM2), Réserve de l Île de la Platière à Péage- de- Roussillon (Site test) Le projet PhotoRhône, financé par le Laboratoire d Excellence «Dispositif de Recherche Interdisciplinaire sur les Interactions Hommes- Milieux» (LABEX DRIIHM), est en lien avec le thème «Science citoyenne et corridor rhodanien» de l Observatoire Hommes- Milieux de la Vallée du Rhône (OHM VR). Ce projet vise à élaborer une maquette de photothèque participative à l échelle du corridor rhodanien français. Il s agit de construire un outil, faisant appel aux citoyens qui, à terme, constituera : 1) une vitrine en images sur le site de l OHM VR ( vr.org/) et 2) une banque de données photographiques à finalité récréative, informative et scientifique à l interface citoyens- chercheurs. Pour cela, il est important de rendre visible une telle plateforme de données, mais aussi de susciter l intérêt du citoyen à s impliquer et à transmettre des images (photo récentes ou anciennes). Il faut aussi rendre possible la consultation des données. Dans ce projet, s il est important que les données soient collectées, il est essentiel qu elles le soient à dessein pour promouvoir et faire connaître l OHM VR et pour servir de base de données support à la recherche scientifique. La sélection des thématiques orientant la prise de clichés photographiques est donc primordiale. Néanmoins, la récurrence du dépôt d un certain type d image peut faire émerger une préoccupation du public non anticipée par les chercheurs. Ainsi, lors de la conception de l interface, il peut être pertinent de laisser la latitude au déposant d associer à son image une description par quelques mots- clefs. La photothèque devient alors un outil de veille pour le chercheur. Sa mise en œuvre relève essentiellement des domaines de l informatique, de la géolocalisation et de la gestion de bases de données. A terme, les données acquises pourraient être utiles pour la recherche dans plusieurs domaines disciplinaires : sociologie, géographie, écologie, sciences de l ingénieur. Cet outil permettra donc aux citoyens de déposer des photos sur un site internet approprié (photothèque) à partir d un Smartphone, d une tablette ou via le site lui- même. Les conditions de déploiement de ce type d outil seront imaginées suite à une phase de test organisée sur un évènement thématique (ex : la beauté du Rhône, les

8 dangers du Rhône, les arbres le long du Rhône, les paysages...) sur un site pilote (ex : Île de la Platière). Le déploiement d un tel outil met en avant de nombreuses questions juridiques et techniques concernant tant le statut des données collectées (essentiellement photographies et formulaires d enquêtes), leur modération et leur conservation que leurs conditions d utilisation et de valorisation. Selon les solutions techniques envisagées pour le stockage et l archivage des données (ex : Google map, Flickr ) des questions se posent quant à la propriété, l hébergement et les conditions de pérennisation (durabilité des outils) de telles informations. De plus, la survie de l outil est conditionnée par l existence de moyens (humain et financier) à même d assurer l animation, la modération et la gestion d une telle plateforme. Pour s y rendre : Tram T1 arrêt rue de l Université