Introduction à la Bio-Informatique. Nadia El-Mabrouk
|
|
- Pascal Bureau
- il y a 5 ans
- Total affichages :
Transcription
1 Introduction à la Bio-Informatique Nadia El-Mabrouk
2 1. Qu est-ce que la Bio-Informatique? Champs multi-disciplinaire qui utilise des méthodes informatiques (mathématiques, statistiques, combinatoires ) pour résoudre un problème biologique : Formaliser des problèmes de biologie moléculaire; Développer des outils formels; Analyser les données; Prédire des résultats biologiques; Organiser les données. Discipline relativement nouvelle, qui évolue en fonction des nouveaux problèmes posés par la biologie moléculaire. Pas de consensus sur la définition de la bio-informatique.
3 La Bio-Informatique s applique à tout type de données biologiques, en particulier moléculaires : Les séquences d ADN et de protéines Les structures d ARN et de protéines Les contenus en gènes des génomes Les puces à ADN (microarrays) Les réseaux d interactions entre protéines Les réseaux métaboliques Les arbres de phylogénie Utilités : Faire avancer les connaissances en biologie, en génétique humaine, en théorie de l évolution Aider à la conception de médicaments Comprendre les maladies complexes..
4 2. Défis de la biologie moléculaire Analyser, comprendre et organiser une masse de données biologiques: Plus de 200 génomes complètement séquencés et publiés, dont l homme (23 paires de chros.) et la souris (20 paires de chro.) Projet HapMap du génome humain: Construction de la carte des haplotypes Projets de séquençage de plus de 500 procaryotes et 400 eucaryotes
5
6 Défis de la biologie moléculaire Décoder l information contenue dans les séquences d ADN et de protéines Trouver les gènes Différencier entre introns et exons Analyser les répétitions dans l ADN Identifier les sites des facteurs de transcription Étudier l évolution des génomes Génomique structurale: Modéliser les structures 3D des protéines et des ARN structurels Déterminer la relation entre structure et fonction Génomique fonctionnelle Étudier la régulation des gènes Déterminer les réseaux d interaction entre les protéines
7 3. Les bases de données bioinformatiques les plus utilisées NCBI, National Center for Biotechnology Information GenBank: Séquences d ADN (3 billion de paires de bases) Site officiel de BLAST PubMed: Permet la recherche de références COGs: Familles de gènes orthologues EMBL, The European Molecular Biology Laboratory ExPASy, Expert Protein Analysis System, Protéomique Swiss-Prot: Séquences de protéines PROSITE: Domaines et familles de protéines SWISS-MODEL: Outil de prédiction 3D de protéines Différents outils de recherche PDB, Protein Data Bank Base de données de structures 3D de protéines Visualisation et manipulation de structures SCOP, Structural Classification of Proteins
8 4. Intérêt des séquences La séquence nucléotidique d un gène détermine la séquence d acides aminés de la protéine La séquence d une protéine détermine sa structure et sa fonction Généralement, une similarité de séquence implique une similarité de structure et de fonction (l inverse n est pas toujours vrai) Évolution basée, en partie, sur la duplication suivie de modification («bricolage évolutif»). D où, beaucoup de redondance dans les bases de données
9 4.1 Recherche dans les bases de données Tache courante d un biologiste moléculaire Est-ce qu une nouvelle séquence a déjà été complètement ou partiellement déposée dans les bases de données? Est-ce que cette séquence contient un gène? Est-ce que ce gène appartient à une famille connue? Quelle est la protéine encodée? Existe-t-il d autres gènes homologues? Existe-t-il des séquences non-codantes similaires. Répétitions ou séquences régulatrices Logiciels les plus connus: Smith-Waterman, FASTA et BLAST
10 4.2 Alignement local et global Alignement de deux séquences: Méthodes naturelle pour comparer deux séquences. On compte le nombre de ``différences (insertion, suppression, substitution) Alignement Global: C A G C A C G T G G A T T C T C G G T A T C A G C G T G G C A C T A G C Alignement Local: CAGCAC T T G G A T TCTCGG TAGT T T A G G - T GGCAT Recherche: C A G C A C T T G G A T T C T C G G C A G C G T G G
11 Signification de l alignement de séquences Modèle sous-jacent: Mutations ponctuelles Séquence ancestrale inconnue Exemple: Substitution de caractère G C G A C G ACG A B Séquences observées A G GCG ACG
12
13 Comparaison de deux génomes
14 4.3 Alignement multiple Trouver des caractéristiques communes à une famille de protéines Relier la séquence à la structure et à la fonction Caractériser les gènes homologues Caractériser les régions conservées et les régions variables Déduire des contraintes de structures pour les ARN Construire des arbres de phylogénie
15
16 Leishmaniose Leishmania (Kinetoplastida) Sinclair Stammers/TDR/OMS Phlebotomus (Diptera)
17 Phlébotomes Plus de 800 espèces différentes 1-3 millimètres
18 Comment reconnaitre un phlébotome
19 CIPA (Computer-aided Identification of Phlebotomine sandlies of America
20 CIPA (Computer-aided Identification of Phlebotomine sandlies of America
21 CIPA (Computer-aided Identification of Phlebotomine sandlies of America
22 CIPA (Computer-aided Identification of Phlebotomine sandlies of America
23 La biodiversité
24 Classification naturelle = phylogénie
25 Combien existe-t-il d arbres? A B C B A C C A B 3 espèces : 3 arbres D A B C 4 espèces : 5 * 3 arbres n espèces : (2n-3)(2n 5) (2n 7) (3) (1) arbres 10 espèces : espèces :
26 Arbres de phylogénie Racine: Ancêtre commun Feuilles: Espèces actuelles Nœuds internes: Points de spéciation Taille des branches: Temps d évolution
27 Types de données et Méthodes Types de données: Séquences d ADN ou de protéines Présence/absence ou Ordre des gènes Méthodes Alignement de séquence Calcul de distances Minimisation du nombre de mutations Approches probabilistes de maximum de vraisemblance
28 Développement de l'oursin Paracentrotus lividus
29 Réseau de régulation
30 Développement précoce du mésoderme d oursin [Copyright: H. Bolouri & E. Davidson, < (2001)]
31 Modélisation Une partie importante de la bioinformatique est la modélisation de systèmes complexes, comme les réseaux de régulations. Le but est d avoir un système un peu moins compliqué dans le but de pourvoir l analyser et possiblement prédire des phénomènes de régulation. MAIS COMMENT CHOISIR NOTRE MODÈLE: Données Modèle Buts
32 Modèles détaillés versus Un modèle détaillé avec beaucoup de paramètres Peut représenter des phénomènes très précis du réseau - la concentration des protéines - les réactions cinétiques Par contre, demande un nombre très grand de données pour l analyse du modèle et l inférence de résultats
33 modèles grossiers Un modèle grossier avec peu de paramètres Représenter des phénomènes grossiers du réseau - exemple: un gène est «on» ou «off» Requiert un petit nombre de données pour l analyse du réseau Par contre, les résultats inférés peuvent être très loin de la réalité
34 Modèles discrets versus Un modèle discret représente le réseau à un moment précis dans le temps Exemple: réseau booléen sommet : gène est «on» = 1 ou «off» = 0 arête : interaction entre deux gènes deux états: présente ou absente On peut ensuite modéliser les influences positives ou négatives des différents gènes par des fonctions booléennes Avantage: simplicité Inconvénient: trop restrictif -> réseau booléen probabiliste??
35 modèles continus Un modèle continu représente le réseau à travers le temps Dans ce cas, le réseau est modélisé par un système d équations différentielles Les variables du système sont les concentrations à travers le temps Avantage : système représentant la réalité Inconvénient : dimension du système qui croît trop vite
La gestion de données dans le cadre d une application de recherche d alignement de séquence : BLAST.
La gestion de données dans le cadre d une application de recherche d alignement de séquence : BLAST. Gaël Le Mahec - p. 1/12 L algorithme BLAST. Basic Local Alignment Search Tool est un algorithme de recherche
Plus en détailMABioVis. Bio-informatique et la
MABioVis Modèles et Algorithmes pour la Bio-informatique et la Visualisation Visite ENS Cachan 5 janvier 2011 MABioVis G GUY MELANÇON (PR UFR Maths Info / EPI GRAVITE) (là, maintenant) - MABioVis DAVID
Plus en détailMaster de Bioinformatique et Biologie des Systèmes Toulouse http://m2pbioinfo.biotoul.fr Responsable : Pr. Gwennaele Fichant
Master de Bioinformatique et Biologie des Systèmes Toulouse http://m2pbioinfo.biotoul.fr Responsable : Pr. Gwennaele Fichant Parcours: Master 1 : Bioinformatique et biologie des Systèmes dans le Master
Plus en détailIntroduction aux bases de données: application en biologie
Introduction aux bases de données: application en biologie D. Puthier 1 1 ERM206/Technologies Avancées pour le Génome et la Clinique, http://tagc.univ-mrs.fr/staff/puthier, puthier@tagc.univ-mrs.fr ESIL,
Plus en détailCHAPITRE 3 LA SYNTHESE DES PROTEINES
CHAITRE 3 LA SYNTHESE DES ROTEINES On sait qu un gène détient dans sa séquence nucléotidique, l information permettant la synthèse d un polypeptide. Ce dernier caractérisé par sa séquence d acides aminés
Plus en détailBase de données bibliographiques Pubmed-Medline
Chapitre 1 ; Domaine 1 ; Documentation ; Champs référentiels 1.1.1, 1.1.2 et 1.1.3 Base de données bibliographiques Pubmed-Medline D r Patrick Deschamps,, 30 mai 2007 PLAN C2i métiers de la santé Introduction
Plus en détailBig data et sciences du Vivant L'exemple du séquençage haut débit
Big data et sciences du Vivant L'exemple du séquençage haut débit C. Gaspin, C. Hoede, C. Klopp, D. Laborie, J. Mariette, C. Noirot, MS. Trotard bioinfo@genopole.toulouse.inra.fr INRA - MIAT - Plate-forme
Plus en détailL informatique comme discipline au gymnase. Renato Renner Institut für Theoretische Physik ETH Zürich
L informatique comme discipline au gymnase Renato Renner Institut für Theoretische Physik ETH Zürich Comment puis-je transférer des fichiers de musique sur mon nouvel iphone? Comment puis-je archiver mes
Plus en détailprésentée DEVANT L UNIVERSITÉ DE RENNES 1 pour obtenir le grade de : DOCTEUR DE L UNIVERSITÉ DE RENNES 1 PAR Emilie GUÉRIN TITRE DE LA THÈSE :
N Ordre de la Thèse 3282 THÈSE présentée DEVANT L UNIVERSITÉ DE RENNES 1 pour obtenir le grade de : DOCTEUR DE L UNIVERSITÉ DE RENNES 1 Mention : BIOLOGIE PAR Emilie GUÉRIN Équipe d accueil : École Doctorale
Plus en détailDr E. CHEVRET UE2.1 2013-2014. Aperçu général sur l architecture et les fonctions cellulaires
Aperçu général sur l architecture et les fonctions cellulaires I. Introduction II. Les microscopes 1. Le microscope optique 2. Le microscope à fluorescence 3. Le microscope confocal 4. Le microscope électronique
Plus en détailBases de données et outils bioinformatiques utiles en génétique
Bases de données et outils bioinformatiques utiles en génétique Collège National des Enseignants et Praticiens de Génétique Médicale C. Beroud Date de création du document 2010-2011 Table des matières
Plus en détail! Séquence et structure des macromolécules. " Séquences protéiques (UniProt) " Séquences nucléotidiques (EMBL / ENA, Genbank, DDBJ)
Introduction à la Bioinformatique Introduction! Les bases de données jouent un rôle crucial dans l organisation des connaissances biologiques.! Nous proposons ici un tour rapide des principales bases de
Plus en détailDétection et prise en charge de la résistance aux antirétroviraux
Détection et prise en charge de la résistance aux antirétroviraux Jean Ruelle, PhD AIDS Reference Laboratory, UCLouvain, Bruxelles Corata 2011, Namur, 10 juin 2011 Laboratoires de référence SIDA (Belgique)
Plus en détailBiomarqueurs en Cancérologie
Biomarqueurs en Cancérologie Définition, détermination, usage Biomarqueurs et Cancer: définition Anomalie(s) quantitative(s) ou qualitative(s) Indicative(s) ou caractéristique(s) d un cancer ou de certaines
Plus en détailMise en place de serveurs Galaxy dans le cadre du réseau CATI BBRIC
Mise en place de serveurs Galaxy dans le cadre du réseau CATI BBRIC {Sebastien.Carrere, Ludovic.Legrand,Jerome.Gouzy}@toulouse.inra.fr {Fabrice.Legeai,Anthony.Bretaudeau}@rennes.inra.fr CATI BBRIC 35 bioinformaticiens
Plus en détailDétection des duplications en tandem au niveau nucléique à l'aide de la théorie des flots
Université Toulouse 3 Paul Sabatier(UT3 Paul Sabatier) Informatique Spécialité Bioinformatique Eric AUDEMARD lundi 28 novembre 2011 Détection des duplications en tandem au niveau nucléique à l'aide de
Plus en détailGènes Diffusion - EPIC 2010
Gènes Diffusion - EPIC 2010 1. Contexte. 2. Notion de génétique animale. 3. Profil de l équipe plateforme. 4. Type et gestion des données biologiques. 5. Environnement Matériel et Logiciel. 6. Analyses
Plus en détailSemestre 2 Spécialité «Analyse in silico des complexes macromolécules biologiques-médicaments»
Master In silico Drug Design Semestre 2 Spécialité «Analyse in silico des complexes macromolécules biologiques-médicaments» 30NU01IS INITIATION A LA PROGRAMMATION (6 ECTS) Responsables : D. MESTIVIER,
Plus en détailIdentification de nouveaux membres dans des familles d'interleukines
Identification de nouveaux membres dans des familles d'interleukines Nicolas Beaume Jérôme Mickolajczak Gérard Ramstein Yannick Jacques 1ère partie : Définition de la problématique Les familles de gènes
Plus en détailExtraction d information des bases de séquences biologiques avec R
Extraction d information des bases de séquences biologiques avec R 21 novembre 2006 Résumé Le module seqinr fournit des fonctions pour extraire et manipuler des séquences d intérêt (nucléotidiques et protéiques)
Plus en détailGénomique Comparative et intégrative
Génomique Comparative et intégrative Introduction : Le big data : on peut traiter des données massives à présent, l'objectif à présent est d'éviter les transferts de données trop longs. On a tout à portée
Plus en détailSysFera. Benjamin Depardon
SysFera Passage d applications en SaaS Benjamin Depardon CTO@SysFera SysFera Technologie 2001 Création 2010 Spin Off INRIA Direction par un consortium d investisseurs 12 personnes 75% en R&D Implantation
Plus en détailGénétique et génomique Pierre Martin
Génétique et génomique Pierre Martin Principe de la sélections Repérage des animaux intéressants X Accouplements Programmés Sélection des meilleurs mâles pour la diffusion Index diffusés Indexation simultanée
Plus en détailPossibilités offertes après la L2?
Possibilités offertes après la L2? Licence Pro Licence Générale Formation professionnel Diplôme Bac +3 Diplôme Bac +3 Master Vie Active : Technicien Assistant Ingénieur Laboratoire Public et Privé Master
Plus en détailUTILISATION DE LA PLATEFORME WEB D ANALYSE DE DONNÉES GALAXY
UTILISATION DE LA PLATEFORME WEB D ANALYSE DE DONNÉES GALAXY Yvan Le Bras yvan.le_bras@irisa.fr Cyril Monjeaud, Mathieu Bahin, Claudia Hériveau, Olivier Quenez, Olivier Sallou, Aurélien Roult, Olivier
Plus en détailMise en place d une plateforme de gestion de matériels biologiques : quels avantages pour les chercheurs?
Mise en place d une plateforme de gestion de matériels biologiques : quels avantages pour les chercheurs? Dr Xavier Manival, Laboratoire IMoPA, CR, CNRS Françoise Tisserand-Bedri, Documentaliste, Inist-CNRS
Plus en détailPrésentation du Master Ingénierie Informatique et du Master Science Informatique 2007-2008, Année 2 Université Paris-Est Marne-la-Vallée
Présentation du Master Ingénierie Informatique et du Master Science Informatique 2007-2008, Année 2 Université Paris-Est Marne-la-Vallée Responsable du Master Informatique : Marc Zipstein Responsable de
Plus en détailLes apports de l informatique. Aux autres disciplines
Les apports de l informatique Aux autres disciplines Le statut de technologie ou de sous-discipline est celui de l importation l et de la vulgarisation Le statut de science à part entière est lorsqu il
Plus en détaile-biogenouest CNRS UMR 6074 IRISA-INRIA / Plateforme de Bioinformatique GenOuest yvan.le_bras@irisa.fr Programme fédérateur Biogenouest co-financé
e-biogenouest Coordinateur : Olivier Collin Animateur : Yvan Le Bras CNRS UMR 6074 IRISA-INRIA / Plateforme de Bioinformatique GenOuest yvan.le_bras@irisa.fr Programme fédérateur Biogenouest co-financé
Plus en détailE-Biothon : Une plate-forme pour accélérer les recherches en biologie, santé et environnement.
E-Biothon : Une plate-forme pour accélérer les recherches en biologie, santé et environnement. N.Bard, S.Boin, F.Bothorel, P.Collinet, M.Daydé, B. Depardon, F. Desprez, M.Flé, A.Franc, J.-F. Gibrat, D.
Plus en détailSéquence 6. Mais ces espèces pour autant ne sont pas identiques et parfois d ailleurs ne se ressemblent pas vraiment.
Sommaire Séquence 6 Nous avons vu dans les séances précédentes qu au cours des temps géologiques des espèces différentes se sont succédé, leur apparition et leur disparition étant le résultat de modifications
Plus en détailGénoToul 2010, Hôtel de Région Midi Pyrénées, Toulouse, 10 décembre 2010
GénoToul 2010, Hôtel de Région Midi Pyrénées, Toulouse, 10 décembre 2010 Analyse de la diversité moléculaire des régions génomiques de 30 gènes du développement méristématique dans une core collection
Plus en détailStages - le calendrier
Stages - le calendrier BIOCHIMIE ET BIOTECHNOLOGIES Ingénieurs pluridisciplinaires formés en chimie, biochimie analytique et fonctionnelle, biologie cellulaire et moléculaire, microbiologie, physiologie
Plus en détailVI- Expression du génome
VI- Expression du génome VI-1.- EXPRESSION DU GÉNOME- PRINCIPES GÉNÉRAUX DOGME CENTRAL Les gènes et l information génétique sont conservés sous forme d acides nucléiques La perpétuation à l identique de
Plus en détailPerl Orienté Objet BioPerl There is more than one way to do it
Perl Orienté Objet BioPerl There is more than one way to do it Bérénice Batut, berenice.batut@udamail.fr DUT Génie Biologique Option Bioinformatique Année 2014-2015 Perl Orienté Objet - BioPerl Rappels
Plus en détailModule Analyse de Génomes 2011-2012 Master 2 module FMBS 326 Immunoinformatique
Module Analyse de Génomes 2011-2012 Master 2 module FMBS 326 Immunoinformatique Planning du Module : Date Heure Salle 12/12 9h-12h TD info TA1Z bat 25 13h-17h TD info TA1Z bat 25 13/12 9h-12h TD info TA1Z
Plus en détailPhysiopathologie : de la Molécule à l'homme
Mention Sciences du Vivant Spécialité de Master : Physiopathologie : de la Molécule à l'homme Pourquoi, comment, combien, contourner, greffer, restaurer, inhiber, suppléer Responsables : Dr Gilles Prévost
Plus en détailEco-système calcul et données
Eco-système calcul et données M. Daydé Dr du Comité d'orientation pour le Calcul Intensif (COCIN) Délégué Scientifique INS2I en charge HPC / Grille / Cloud Calcul / données : un enjeu stratégique Calcul
Plus en détailObjectifs. Clustering. Principe. Applications. Applications. Cartes de crédits. Remarques. Biologie, Génomique
Objectifs Clustering On ne sait pas ce qu on veut trouver : on laisse l algorithme nous proposer un modèle. On pense qu il existe des similarités entre les exemples. Qui se ressemble s assemble p. /55
Plus en détailMYRIAD. l ADN isolé n est à présent plus brevetable!
MYRIAD La Cour Suprême des Etats-Unis revient sur plus de 30 ans de pratique : l ADN isolé n est à présent plus brevetable! Mauvaise passe pour les inventions en biotechnologies sur le territoire américain.
Plus en détailDÉFIS DU SÉQUENÇAGE NOUVELLE GÉNÉRATION
DÉFIS DU SÉQUENÇAGE NOUVELLE GÉNÉRATION PRINCIPES DE BASE SUR LES DONNEES ET LE CALCUL HAUTE PERFORMANCE Lois de Gray sur l ingénierie des données 1 : Les calculs scientifiques traitent des volumes considérables
Plus en détailCalcul intensif pour la biologie
Calcul intensif pour la biologie PPF Bio-informatique et PPF Calcul intensif 14 juin 2011 Calcul intensif... Cluster : ensemble de machines homogènes et localisées, organisées en grappe Grille : infrastructure
Plus en détailMise en œuvre de la virtualisation à l IGBMC. Guillaume Seith Remy Fritz
Mise en œuvre de la virtualisation à l IGBMC. Guillaume Seith Remy Fritz Introduction Contexte Objectifs Mise en œuvre Présentation Exploitation Conclusion IGBMC: Institut de génétique et de Biologie Moléculaire
Plus en détailBibliographie Introduction à la bioinformatique
Bibliographie Introduction à la bioinformatique 5. Les bases de données biologiques, SQL et la programmation Python/C++ Zvelebil et Baum, Understanding bioinformatics Beighley, Head First SQL Chari, A
Plus en détailCOURS COLLÉGIAUX PRÉALABLES À L ADMISSION
Le candidat est tenu d avoir complété tous les cours préalables à la date limite prévue, soit le 15 septembre pour le trimestre d automne et le 1 er février pour le trimestre d hiver. L Université peut
Plus en détailFormavie 2010. 2 Différentes versions du format PDB...3. 3 Les champs dans les fichiers PDB...4. 4 Le champ «ATOM»...5. 6 Limites du format PDB...
Formavie 2010 Les fichiers PDB Les fichiers PDB contiennent les informations qui vont permettre à des logiciels de visualisation moléculaire (ex : RasTop ou Jmol) d afficher les molécules. Un fichier au
Plus en détailGMIN206 Info. Biologique et Outils bioinformatiques. Elodie Cassan
M Bioinformatique, Connaissances et Données Année 24-25 GMIN206 Info. Biologique et Outils bioinformatiques Banques de données biologiques (3h de Cours +,5h de TD + 4h de TP) Elodie Cassan Anne-Muriel
Plus en détailTD de Biochimie 4 : Coloration.
TD de Biochimie 4 : Coloration. Synthèse de l expérience 2 Les questions posées durant l expérience 2 Exposé sur les méthodes de coloration des molécules : Générique Spécifique Autres Questions Pourquoi
Plus en détailIMMUNOLOGIE. La spécificité des immunoglobulines et des récepteurs T. Informations scientifiques
IMMUNOLOGIE La spécificité des immunoglobulines et des récepteurs T Informations scientifiques L infection par le VIH entraîne des réactions immunitaires de l organisme qui se traduisent par la production
Plus en détailCATALOGUE DES PRESTATIONS DE LA
1/23 La plate-forme Biopuces et Séquençage de Strasbourg est équipée des technologies Affymetrix et Agilent pour l étude du transcriptome et du génome sur puces à ADN. SOMMAIRE ANALYSE TRANSCRIPTIONNELLE...
Plus en détailUE6 - Cycle de vie du médicament : Conception rationnelle
UE6 - Cycle de vie du médicament : Conception rationnelle Dr. Raphaël Terreux Faculté de Pharmacie (ISPB) Département pédagogique des Sciences Physico-Chimiques et Pharmacie Galénique 8 avenue Rockefeller,
Plus en détailLE CALENDRIER DES STAGES
LE CALENDRIER DES STAGES BIOSCIENCES : BIOCHIMIE ET BIOTECHNOLOGIES BIOSCIENCES : BIOINFORMATIQUE ET MODELISATION GENIE CIVIL ET URBANISME Ingénieurs pluridisciplinaires formés en chimie, biochimie analytique
Plus en détailMASTER (LMD) MANAGEMENT DE PROJET ET INNOVATION EN BIOTECHNOLOGIE
MASTER (LMD) MANAGEMENT DE PROJET ET INNOVATION EN BIOTECHNOLOGIE RÉSUMÉ DE LA FORMATION Type de diplôme : Master (LMD) Domaine ministériel : Sciences, Technologies, Santé Mention : BIOLOGIE SANTE Spécialité
Plus en détailCombinaison de modèles phylogénétiques et longitudinaux pour l analyse des séquences biologiques : reconstruction de HMM profils ancestraux
Combinaison de modèles phylogénétiques et longitudinaux pour l analyse des séquences biologiques : reconstruction de HMM profils ancestraux Jean-Baka Domelevo Entfellner To cite this version: Jean-Baka
Plus en détail1 les caractères des êtres humains.
Quelques rappels des classes précédentes ACTIVITÉ livre pages 8 et 9 : apprendre le bilan de la page 9 Les êtres vivants sont répartis en espèces. Chaque être vivant est formé de cellules. schéma d une
Plus en détailIntroduc)on à Ensembl/ Biomart : Par)e pra)que
Introduc)on à Ensembl/ Biomart : Par)e pra)que Stéphanie Le Gras Jean Muller NAVIGUER DANS ENSEMBL : PARTIE PRATIQUE 2 Naviga)on dans Ensembl : Pra)que Exercice 1 1.a. Quelle est la version de l assemblage
Plus en détailListe des matières enseignées
Liste des matières enseignées Domaine : Sciences de la Nature et de la Vie Filière : Biologie Parcours : Tronc Commun Semestre1 VHG Coefficient Cours TD/TP Crédits/s. unité crédits U.E fondamental : 13
Plus en détailInformatique et mathématiques
Informatique Discipline qui traite de tous les aspects, tant théoriques que pratiques, reliés à la conception, à la programmation, au fonctionnement et à l utilisation des ordinateurs. Algorithmique Étude
Plus en détailCréation et développement d une base de données sur le VIH
Création et développement d une base de données sur le VIH Stage de Licence de Biologie-Informatique Par Stéphanie Pérot Sous la direction d Anne Vanet Année 2005-2006 Atelier de BioInformatique rattaché
Plus en détailDiplôme d Université Licence d Université Sciences Physiques pour l Ingénieur (SPI) Liste des modules
Licence d Université Sciences Physiques pour l Ingénieur (SPI) Liste des modules Électronique numérique et informatique industrielle Informatique / réseaux Mécanique des fluides/ Transferts thermiques
Plus en détailRÉPERTOIRE RELÈVE SCIENTIFIQUE AU SERVICE DES ENTREPRISES AGROALIMENTAIRES. 2 e édition
RELÈVE SCIENTIFIQUE AU SERVICE 2 e édition Juin 2011 Réalisé par : Partenaire financier du CQVB : Objectif : Ce répertoire vise à faciliter le maillage entre les étudiants-chercheurs universitaires et
Plus en détailTHEME : CLES DE CONTROLE. Division euclidienne
THEME : CLES DE CONTROLE Division euclidienne Soit à diviser 12 par 3. Nous pouvons écrire : 12 12 : 3 = 4 ou 12 3 = 4 ou = 4 3 Si par contre, il est demandé de calculer le quotient de 12 par 7, la division
Plus en détail2 C est quoi la chimie?
PARTIE 1 AVANT LA CHIMIE VERTE... 2 C est quoi la chimie? L inconnu étant source d angoisse, nous allons essayer de définir les grands domaines de la chimie pour mieux la connaître, l appréhender et donc
Plus en détailMise en place d une solution automatique de stockage et de visualisation de données de capture des interactions chromatiniennes à l échelle génomique
Rapport de stage de deuxième année de DUT Génie Biologique option Bioinformatique Mise en place d une solution automatique de stockage et de visualisation de données de capture des interactions chromatiniennes
Plus en détailE-BIOGENOUEST, VERS UN ENVIRONNEMENT VIRTUEL DE RECHERCHE (VRE) ORIENTÉ SCIENCES DE LA VIE? Intervenant(s) : Yvan Le Bras, Olivier Collin
E-BIOGENOUEST, VERS UN ENVIRONNEMENT VIRTUEL DE RECHERCHE (VRE) ORIENTÉ SCIENCES DE LA VIE? Intervenant(s) : Yvan Le Bras, Olivier Collin E-BIOGENOUEST Programme fédérateur Biogenouest co-financé par les
Plus en détailSciences de Gestion Spécialité : SYSTÈMES D INFORMATION DE GESTION
Sciences de Gestion Spécialité : SYSTÈMES D INFORMATION DE GESTION Classe de terminale de la série Sciences et Technologie du Management et de la Gestion Préambule Présentation Les technologies de l information
Plus en détailHépatite chronique B Moyens thérapeutiques
Hépatite chronique B Moyens thérapeutiques Dr Olfa BAHRI Laboratoire de Virologie Clinique Institut Pasteur de Tunis INTRODUCTION Plus de 300. 10 6 porteurs chroniques de VHB dans le monde Hépatite chronique
Plus en détailLes OGM. 5 décembre 2008. Nicole Mounier
Les OGM 5 décembre 2008 Nicole Mounier Université Claude Bernard Lyon 1 CGMC, bâtiment Gregor Mendel 43, boulevard du 11 Novembre 1918 69622 Villeurbanne Cedex OGM Organismes Génétiquement Modifiés Transfert
Plus en détailFaculté des Sciences d ORSAY
Université Paris-Sud 11 Faculté des Sciences d ORSAY Personnes ressources des disciplines représentées : Département de Biologie Vice-Président : Hervé DANIEL Secrétaire : Malika DERRAS Université Paris-Sud
Plus en détailBig Data et la santé
Big Data, c'est quoi? Big Data et la santé Collecte, stockage et exploitation de masses de données Capter de façon automatique et anonyme une très grande quantité d'informations, les traiter avec des algorithmes
Plus en détailFORMATION CONTINUE SUR L UTILISATION D EXCEL DANS L ENSEIGNEMENT Expérience de l E.N.S de Tétouan (Maroc)
87 FORMATION CONTINUE SUR L UTILISATION D EXCEL DANS L ENSEIGNEMENT Expérience de l E.N.S de Tétouan (Maroc) Dans le cadre de la réforme pédagogique et de l intérêt que porte le Ministère de l Éducation
Plus en détail1993 2013 : l IDRIS a vingt ans!
Décembre 2013 1993 2013 : l IDRIS a vingt ans! Vingt ans au service de ses utilisateurs et de toutes les communautés scientifiques employant la simulation numérique. Ces vingt années, ainsi que le rappelle
Plus en détailFotolia / Sergej Khackimullin. conseil scientifique. Rapport du groupe de travail sur la gestion et le partage des données
Fotolia / Sergej Khackimullin conseil scientifique Rapport du groupe de travail sur la gestion et le partage des données Juin 2012 Un groupe de travail a été constitué sous la direction de Christine Gaspin
Plus en détaile-santé du transplanté rénal : la télémédecine au service du greffé
e-santé du transplanté rénal : la télémédecine au service du greffé Professeur Michèle Kessler CHU de Nancy et réseau Néphrolor L une des applications de la télémédecine est la télésurveillance à domicile,
Plus en détailContrôle de l'expression génétique : Les régulations post-transcriptionnelles
Contrôle de l'expression génétique : Les régulations post-transcriptionnelles http://perso.univ-rennes1.fr/serge.hardy/ utilisateur : biochimie mot de passe : 2007 L'ARNm, simple intermédiaire entre le
Plus en détailCycle de vie du logiciel. Unified Modeling Language UML. UML: définition. Développement Logiciel. Salima Hassas. Unified Modeling Language
Unified Modeling Language UML Salima Hassas Version Cycle de vie du logiciel Client Besoins Déploiement Analyse Test Conception Cours sur la base des transparents de : Gioavanna Di Marzo Serugendo et Frédéric
Plus en détailConférence technique internationale de la FAO
Décembre 2009 ABDC-10/7.2 F Conférence technique internationale de la FAO Biotechnologies agricoles dans les pays en développement: choix et perspectives pour les cultures, les forêts, l élevage, les pêches
Plus en détailLES REPRESENTATIONS DES NOMBRES
LES CARTES A POINTS POUR VOIR LES NOMBRES INTRODUCTION On ne concevrait pas en maternelle une manipulation des nombres sans représentation spatiale. L enfant manipule des collections qu il va comparer,
Plus en détailMASTER (LMD) PARCOURS MICROORGANISMES, HÔTES, ENVIRONNEMENTS (MHE)
MASTER (LMD) PARCOURS MICROORGANISMES, HÔTES, ENVIRONNEMENTS (MHE) RÉSUMÉ DE LA FORMATION Type de diplôme : Master (LMD) Domaine ministériel : Sciences, Technologies, Santé Mention : BIOLOGIE DES PLANTES
Plus en détailAnalyse des données de séquençage massif par des méthodes phylogénétiques
Analyse des données de séquençage massif par des méthodes phylogénétiques Roux S., Taib N., Mangot J.F., Hugoni M., Mary I., Ravet V., Bronner G., Enault F., Debroas D. Équipe Microbiologie de l'environnement
Plus en détailSOCLE COMMUN - La Compétence 3 Les principaux éléments de mathématiques et la culture scientifique et technologique
SOCLE COMMUN - La Compétence 3 Les principaux éléments de mathématiques et la culture scientifique et technologique DOMAINE P3.C3.D1. Pratiquer une démarche scientifique et technologique, résoudre des
Plus en détailBases moléculaires des mutations Marc Jeanpierre
Bases moléculaires des mutations Marc Jeanpierre Chaque enfant qui naît hérite de 10 à 30 nouvelles mutations ponctuelles. L essentiel des ces mutations sont heureusement des variations neutres de séquence
Plus en détailFilière MMIS. Modélisation Mathématique, Images et Simulation. Responsables : Stefanie Hahmann, Valérie Perrier, Zoltan Szigeti
Filière MMIS Modélisation Mathématique, Images et Simulation Responsables : Stefanie Hahmann, Valérie Perrier, Zoltan Szigeti Valerie.Perrier@imag.fr Modélisation mathématique, Images et simulation (MMIS)
Plus en détailComparer l intérêt simple et l intérêt composé
Comparer l intérêt simple et l intérêt composé Niveau 11 Dans la présente leçon, les élèves compareront divers instruments d épargne et de placement en calculant l intérêt simple et l intérêt composé.
Plus en détailLes Maladies Tropicales, la Société de Pathologie Exotique. et l Institut Pasteur
Les Maladies Tropicales, la Société de Pathologie Exotique et l Institut Pasteur Un partenariat qui a bien plus de 100 ans Beaucoup des grands noms de la recherche française sur les maladies tropicales
Plus en détailLuca : à la recherche du plus proche ancêtre commun universel Patrick Forterre, Simonetta Gribaldo, Céline Brochier
MEDECINE/SCIENCES 2005 ; 21 :???-??? > L application des méthodes de la biologie moléculaire à l étude des premières étapes de l évolution a montré que le monde vivant pouvait être divisé en trois domaines
Plus en détailDisciplines. Ecoles - facultés - titres délivrés. UNIL - Faculté des lettres. Maîtrise universitaire ès Lettres
Masters de l UNIL, de l EPFL et de la HES-SO de référence, répondant sans restriction aux conditions d admission au Diplôme d enseignement pour le degré secondaire II Ecoles - facultés - titres délivrés
Plus en détailContrôle de l'expression génétique :
Contrôle de l'expression génétique : Les régulations post-transcriptionnelles L'ARNm, simple intermédiaire entre le génome et les protéines? gène protéine L'ARNm, simple intermédiaire entre le génome et
Plus en détailRéponse du Conseil d Etat à la question écrite urgente de M. Pierre Weiss : Quelle est la place de l'anglais dans les hautes écoles genevoises?
Secrétariat du Grand Conseil QUE 33-A Date de dépôt : 12 décembre 2012 Réponse du Conseil d Etat à la question écrite urgente de M. Pierre Weiss : Quelle est la place de l'anglais dans les hautes écoles
Plus en détailRapport d évaluation du master
Section des Formations et des diplômes Rapport d évaluation du master Biologie moléculaire et cellulaire de l Université Paris 6 Pierre et Marie Curie Vague D 2014-2018 Campagne d évaluation 2012-2013
Plus en détailRappel sur les bases de données
Rappel sur les bases de données 1) Généralités 1.1 Base de données et système de gestion de base de donnés: définitions Une base de données est un ensemble de données stockées de manière structurée permettant
Plus en détailSpécialisation 3A AgroSup Dijon IAA Microbiologie Industrielle et Biotechnologie (MIB)
Spécialisation 3A AgroSup Dijon IAA Microbiologie Industrielle et Biotechnologie (MIB) Responsable : Jean-François Cavin (Pr. Microbiologie Biotechnologie) Tel 03 80 77 40 72, Fax 03 80 77 23 84 jf.cavin@agrosupdijon.fr
Plus en détailGénie Industriel et Maintenance
Génie Industriel et Maintenance Pour qu aucun de ces systèmes ne tombe en panne. Plan de la visite 1 2 3 6 4 5 Guide visite du département Génie Industriel et Maintenance 1 Salles Informatiques Utilisation
Plus en détailActivité 4. Tour de cartes Détection et correction des erreurs. Résumé. Liens pédagogiques. Compétences. Âge. Matériels
Activité 4 Tour de cartes Détection et correction des erreurs Résumé Lorsque les données sont stockées sur un disque ou transmises d un ordinateur à un autre, nous supposons généralement qu elles n ont
Plus en détailÉdito du directeur général
PLAN STRATÉGIQUE 2014 > 2018 Édito du directeur général L Institut Pasteur, Institut de recherche d excellence créé en 1887, contribue depuis plus de cent vingt-cinq ans à l histoire de la science, de
Plus en détailLes technologies du Big Data
Les technologies du Big Data PRÉSENTÉ AU 40 E CONGRÈS DE L ASSOCIATION DES ÉCONOMISTES QUÉBÉCOIS PAR TOM LANDRY, CONSEILLER SENIOR LE 20 MAI 2015 WWW.CRIM.CA TECHNOLOGIES: DES DONNÉES JUSQU'À L UTILISATEUR
Plus en détailQue faire lorsqu on considère plusieurs variables en même temps?
Chapitre 3 Que faire lorsqu on considère plusieurs variables en même temps? On va la plupart du temps se limiter à l étude de couple de variables aléatoires, on peut bien sûr étendre les notions introduites
Plus en détailInsulinothérapie et diabète de type 1
Insulinothérapie et diabète de type 1 Introduction: la molécule d insuline L instauration de l insulinothérapie Dispositif d administration de l insuline Les propriétés de l insuline Insuline et schémas
Plus en détailLes lières. MSc in Electronics and Information Technology Engineering. Ingénieur civil. en informatique. MSc in Architectural Engineering
Ingénieur civil Ingénieur civil Les lières MSc in Electronics and Information Technology Engineering MSc in Architectural Engineering MSc in Civil Engineering MSc in Electromechanical Engineering MSc
Plus en détailIntroduction au maillage pour le calcul scientifique
Introduction au maillage pour le calcul scientifique CEA DAM Île-de-France, Bruyères-le-Châtel franck.ledoux@cea.fr Présentation adaptée du tutorial de Steve Owen, Sandia National Laboratories, Albuquerque,
Plus en détail