De Melampus à aujourd hui : une brève histoire de notre microbiote intestinal. Jean Freney, 16 novembre 2017

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1 De Melampus à aujourd hui : une brève histoire de notre microbiote intestinal Jean Freney, 16 novembre 2017

2 Mélampus : premier prophète mortel

3 Proetus

4

5

6 Action purgative Héllebore Melampodium

7 Action purgative Ma Commère, il vous faut purger Avec quatre grains d'ellébore.

8 Molière Molière

9 Lavements

10 34 saignées & 215 lavements Louis XIII ( ) en moins d'un an (tuberculose et maladie de Crohn)

11 Charles Bouchard ( ) «réceptacle de poisons»

12

13 Joseph Lister Antisepsie «Désinfection externe»

14 «Désinfection des selles» Naphtaline Iodoforme Créosote Acide phénique Acide thymique Résorcine,

15 «Désinfection interne» Salmonella Typhi (Lariboisière)

16 «Désinfection des selles» Cuillerées de charbon et de soufre en suspension dans de la glycérine «le visiteur des salles s étonne de ces bouches et de ces mentons englués de la mixture noire ou jaunâtre»

17 Institut Pasteur de Paris

18 Henry Tissier Pasteur Elie Metchnikoff ( )

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20 La «flore bleue» Bifidobacterium longum «remplacer dans l intestin une végétation microbienne nuisible par une autre inoffensive pour l organisme.» CR Soc Biol, 1906; 60:

21 Elie Metchnikoff Phagocytose

22

23 Elie Metchnikoff

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25 Elie Metchnikoff Un lecteur peut être surpris par mes recommandations d'absorber de grandes quantités de microbes, la croyance générale étant que les microbes sont nocifs. Cette croyance est erronée. Il y a beaucoup de microbes utiles parmi lesquels les bacilles lactiques ont une place prépondérante.

26 Lactobacillus casei Shirota Minoru Shirota (Kyoto) 1935

27 Probiotiques Lilley and Stillwell (1965) «Pour la vie» "Micro-organismes vivants, qui lorsqu ils sont consommés en quantités suffisantes, améliorent la santé de l hôte en ayant une action équilibrante sur la flore intestinale» FAO/OMS (2001)

28 Oligosaccharides ou polysaccharides à courte chaine Inuline Bifidobacterium Prébiotiques Lactobacillus Bactéries, levures, Probiotiques

29 Fermentation et absorption Apport en vitamines (B, K) Probiotiques Lutte contre pathogènes Métaboliser et neutraliser carcinogènes Moduler réponse immune

30

31 A la naissance : intestin stérile 48 h : bactéries dont Bifidobactéries

32 Estomac : bactéries/ml (lactobacilles, streptocoques) Iléon : 10 8 bactéries/ml (anaérobies : ++) Flore colique : 99,9 % anaérobies stricts 100 milliards/g de contenu colique

33 Microbiote intestinal bactéries (virus, champignons, archées) milliards = 1,5 kg 1000 espèces différentes (160/humain)

34 Chaque microbiote est unique

35 «Le microbiote intestinal : un organe caché» gènes gènes 7 millions de gènes : 350 fois le génome humain

36 Etude de la flore intestinale

37 90 % des espèces non cultivables

38 Analyse métagénomique Séquence ADN des bactéries > espèces du colon identifiées

39 Séquençage Détermination de l ordre des nucléotides d une séquence d acides nucléiques : GCGATATACGGCATATGCCGTAGCG

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42 HTS pour high-throughput sequencing 2005 : Séquençage à haut débit ou NGS (next-generation sequencing) Séquencer des milliers de fragments simultanément

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44 Microbiote intestinal European Metagenomics of the Human Intestinal Tract (MetaHIT) US Human Microbiome Project (HMP)

45 Microbiote dominant 4 grandes familles phylogénétiques: - Firmicutes (70 %) - Bacteroidetes (30 %) - Actinobacteria (Bifidobacterium) - Proteobacteria Firmicutes / Bacteroidetes

46 Firmicutes Bacteroidetes

47 Microbiote dominant 4 grandes familles phylogénétiques: - Firmicutes (70 %) - Bacteroidetes (30 %) - Actinobacteria (Bifidobacterium) - Proteobacteria Firmicutes / Bacteroidetes

48 Jeffrey Gordon Obesité 95/5 70/30 Ley RE Nature. 444 :1022-3

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56 Greffe fécale Transfaunation au XVIIe siècle Ge Hong (intoxication alimentaire, diarrhée)

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58 Selles fraiches de chameaux Dysenterie bacillaire

59 Clostridium difficile 10 % des diarrhées associées aux soins % des diarrhées associées aux antibiotiques 100 % des colites pseudomembraneuses

60 Clostridium difficile

61 Epidémiologie cas d ICD / an cas sévères/an 974 décès/an Le risque de récidive d ICD est particulièrement élevé : 25 % des patients récidivent dans les 30 jours suivant l arrêt du traitement Kyne L, et al. Lancet 2001; Cemka Eval. Auteurs : Corinne Emery, Elodie Torreton Francis Fagnani ; Analyses PMSI des infections à Clostridium Difficile en France 13 Fév 2012.; Eckert, et al. Med Mal Infect 2013

62 Greffe fécale Transplantation fécale Fécalothérapie «Human probiotic transfusion» Réintroduire dans l intestin du malade échantillon vivant de flore bactérienne humaine

63 - Perfusion : voie fécale ou tube nasogastrique (petit intestin)

64 «Le deuxième cerveau» Les comportements

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66 «Même le chat pépère elle en dit du mal Sous prétexte qu'y perd ses poils Elle veut plus l'voir traîner autour du paddock Depuis qu'elle est en cloque...» Renaud

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69 Rat non parasité par des toxoplasmes Urine de chat

70 Rat parasité par des toxoplasmes Urine de chat

71 'fatal feline attraction' Gloup!

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Les probiotiques, faut-il s y abonner?

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