La dynamique de la recherche I. R a p p o r t d a c t i v i t é

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1 La dynamique de la recherche I R a p p o r t d a c t i v i t é

2 SOMMAIRE Introduction P.4 Temps forts 2012 P.8 Quelques chiffres 2012 P.11 Structuration de la recherche P.12 Les Unités de recherche Physiopathologie Animale et biothérapie du muscle et du système nerveux (PAnTher) P.14 Immuno-Endocrinologie Cellulaire et Moléculaire (IECM) P.15 Laboratoire d'ingénierie Ostéo-Articulaire et Dentaire (LIOAD) P.16 Qualité osseuse et microenvironnement dans les ostéopathies et modèles animaux P.17 (QOSMOS) Physiopathologie Animale et Pharmacologie Fonctionnelle (PAPF) P.18 Sécurité Sanitaire des Biotechnologies de la Reproduction (SSBR) P.19 Cancers animaux, modèles pour la recherche en oncologie comparée (AMaROC) P.20 BIOlogie, EPidémiologie et Analyse de Risque en Santé Animale (BIOEPAR) P.21 SECurité des ALIments et Microbiologie (SECALIM) P.22 LABoratoire d Etude des Résidus et Contaminants dans les Aliments (LABERCA) P.23 Sensométrie et Chimiométrie (USC) P.24 Nutrition et Endocrinologie (N&E) P.25 Génie des Procédés - Envrironnement - Agroalimentaire (GEPEA) P.26 Laboratoire de Recherche en Gestion et Economie des Industries Alimentaires P.27 (LARGECIA) Les Plates-formes de recherche Plate-forme de biothérapie et de physiopathologie animale P.28 Centre de Recherche et d'investigation Préclinique - CRIP P.28 Plate-forme de chimie analytique P.29 Halle de Technologie Alimentaire P.29 Plate-forme environnementale vétérinaire P.30 Centre Hospitalier Universitaire Vétérinaire P.30 La Recherche Clinique Approche intégrée Formation à et par la recherche P.40 Indicateurs recherche P.44 Partenariats P.48 Au coeur de la recherche P.50 P.31 P.32 I 2 I 3

3 INTRODUCTION Grand Établissement du Ministère de l agriculture et de l agro-alimentaire et ancré dans la Région des Pays de la Loire et la Métropole de Nantes, Oniris a pour première ambition de former des professionnels de haut niveau capables de répondre aux enjeux internationaux en matière de santé et d alimentation. Oniris contribue au concept «one medicine, one health» et veut jouer un rôle d appui aux politiques publiques et à la valorisation territoriale dans les champs thématiques traduits par sa signature «santé et alimentation au coeur de la vie». Tout en développant l intersection entre le champ de la santé et celui de l alimentation, l École entretient sa large palette thématique, incluant la santé animale et la santé publique, la clinique et les biotechnologies, les domaines de l agroalimentaire et de l alimentation, le génie des procédés. L attractivité d Oniris est basée notamment sur l originalité de ses formations aux métiers de vétérinaire et d'ingénieur. Il est le premier établissement français dans lequel interagissent des étudiants vétérinaires et des étudiants ingénieurs. Tout en demeurant distincts, ces cursus interagissent de façon à apporter la valeur ajoutée Oniris visant à assurer une meilleure employabilité. Ainsi, une des spécificités en matière d alimentation, est une approche transdisciplinaire déclinée de l amont à l aval et une intégration des problématiques liées à la sécurité sanitaire tout au long de la filière, au process industriel, à la nutrition/santé, au plaisir, aux sciences humaines et sociales. Cette valeur ajoutée Oniris liée à la synergie des deux cursus, est aussi à l origine de notre nouvelle spécialité «biotechnologies de la santé» qui vise à former des ingénieurs bien armés pour l industrie pharmaceutique. Cette formation comporte une partie pratique réalisée dans une plateforme, le centre de formation aux biotechnologies Biopractis, piloté par Oniris, en partenariat avec l Université de Nantes, en lien étroit avec les industries régionales du secteur et le soutien du pôle de compétitivité Atlanpole biothérapies. Cette partie pratique s appuie aussi sur le centre de thérapie génique d Oniris, en lien avec l AFM et l INSERM. De grands programmes innovants viennent en appui d une ambition collective. Ils modifient en profondeur Oniris dans le sens d une approche intégrée formation-recherche-valorisation. Ainsi, Oniris pilote le programme MANIMAL, «Initiative d excellence en formations innovantes». Ce programme, en partenariat avec la Faculté de médecine de Nantes, implique également la Faculté de médecine de l Université et l ESA d Angers. Conçu autour du concept «une santé - une médecine», il s'articule autour du couple médecin / vétérinaire formateur pour des biologistes et des ingénieurs. Cette formation, démonstrateur à l'échelon international, est innovante par la pluridisciplinarité de son recrutement, ses thématiques intersectorielles et ses choix pédagogiques. Il s'agit de la première formation inscrite dans la logique du concept «One Health» développé par la FAO, l'oms et l'oie. Ce programme permet une structuration de Nantes et de la région des Pays de la Loire, sur le thème de la «santé publique et de la sécurité sanitaire et nutritionnelle des aliments». Cette structuration autour de la formation s'appuie sur des unités de recherche labellisées, de sorte qu'oniris utilise ce dispositif pour structurer son activité de recherche dans ce domaine, tout en apportant lisibilité et attractivité au dispositif de recherche ligérien. Cette structuration sera basée sur la création de 'l Institut Oniris de santé publique vétérinaire et de sécurité des aliments qui devrait être un des moteurs d'un «Campus ligérien de santé publique et de sécurité sanitaire et nutritionnelle des aliments». Ceci permettra aussi de promouvoir les collaborations intersectorielles, les systèmes d alerte et de détection précoces des crises sanitaires et nutritionnelles, d'éclairer les autorités sanitaires et nutritionnelles en matière de prévention et d intervention. Nous concrétisons aussi un programme qui contribue à la structuration de l enseignement supérieur, de la recherche, à la lisibilité territoriale dans le domaine de l alimentation et à répondre aux enjeux de développement économique de ce secteur. Ce projet Food InnoV implique la création d'un «campus ligérien de l innovation alimentaire», basé sur la créativité des étudiants. Il est porté par Oniris, en partenariat avec l'école de Design, Audencia, l'université de Nantes et l'esa d'angers. Grâce à une meilleure formation à l'innovation et à l'entreprenariat, les étudiants, des cursus de base jusqu aux doctorats, seront en capacité de mieux répondre aux besoins des entreprises, d'augmenter leur employabilité et de créer des entreprises. Ce campus est décliné grâce à de nouvelles pratiques pédagogiques, une «Ideosphère» de l'alimentation et une plateforme d'innovation ouverte basée sur le «student sourcing». Ce campus, développé en lien avec la CCI et labellisé par le pôle de compétitivité Valorial, est une interface entre les entreprises et le potentiel de créativité étudiante, grâce à des «challenges» lancés aux étudiants par les entreprises afin de lever des verrous technologiques ou créatifs et à une bourse aux idées étudiantes. Ce programme structurant régionalement est articulé avec la participation d Oniris au programme IDEFI national EcoTrophélia. Un autre programme structurant d Oniris, «l Institut Vétérinaire de Recherche Préclinique», est développé autour du concept «une santé - une médecine». Cet ensemble apporte un surcroît d attractivité à la recherche préclinique sur les modèles animaux. Il développe une démarche intégrée entre les actions liées à la recherche, à la formation et à la valorisation. Il regroupe des Unités du département de recherche biomédicale impliquées dans plusieurs programmes des investissements d avenir. Il inclut aussi les plateaux techniques de la plateforme que constitue le «Centre des modèles animaux» résultant du regroupement des deux plateformes de première génération que constituaient le «Centre d investigation préclinique» et le «Centre de Thérapie Génique de Boisbonne». Grâce à ce regroupement de deuxième génération, le «Centre des modèles animaux», rassemble tous les moyens nécessaires aux approches précliniques. L «Institut Vétérinaire de recherche préclinique» inclut également le «Centre de Ressources Biologiques Animales», ainsi que les animaleries expérimentales. De plus, cet Institut se développe dans un environnement englobant le CHUV d Oniris, ses plateformes et son «Centre Vétérinaire de Lutte Contre le Cancer». En effet, la recherche biomédicale doit mieux mettre à profit les ressources en pathologie comparée que fournissent les maladies animales spontanées rencontrées dans les consultations du CHUV. I 4 I 5

4 L internationalisation d Oniris reste un élément fort de sa stratégie et l internationalisation de nos accueils doctoraux, notamment d étudiants de pays anglophones ciblés, relayée par des accueils post-doctoraux de chercheurs des mêmes pays, en constituent un élément important. Au travers de ses activités de recherche, l Ecole poursuit son implication dans le PRES L UNAM. Quatre axes de nos départements et unités de recherche sont consolidés, en mixité avec l INRA, l INSERM, le CNRS et en partenariat avec l IFREMER et l ANSES :. l axe «recherche clinique et biomédicale, modèles animaux» visant à comprendre les mécanismes pathologiques et à produire des traitements innovants de maladies de l animal et de l'homme ;. l axe «santé publique et santé des animaux d'élevage» visant à répondre à des enjeux de suffisance alimentaire, par la prévention et la gestion de crise en santé animale et humaine et par la prévention de risques biologiques ou chimiques dans la chaîne alimentaire ;. l axe «sécurité et qualité de l'aliment» produisant des connaissances et des méthodes permettant d'assurer la production d'aliments de bonne qualité sanitaire et nutritionnelle ;. l axe «procédés alimentaires, management et développement durable» visant à la conception et l'évaluation de procédés agro-alimentaires innovants et durables pour produire des aliments répondant aux attentes industrielles et du consommateur. Les actions de recherche sont animées d une volonté de répondre à des objectifs de valorisation, au travers de partenariats avec les entreprises des secteurs de la santé et de l agroalimentaire et d une participation active aux pôles de compétitivité Atlanpole-biothérapies et Valorial. Enfin, le dispositif de formation à la recherche d Oniris a été développé en conduisant l établissement à la délivrance du doctorat. Nous visons à augmenter le nombre de doctorants, notamment étrangers, inscrits à Oniris, à augmenter le nombre de docteurs issus des étudiants de nos propres cursus et à faire en sorte que ces doctorants soient pour une part inclus dans des partenariats public-privé et pour une part dans des cotutelles de thèses avec nos partenaires internationaux. A côté de cette formation à la recherche destinée à certains étudiants, Oniris développe une formation par la recherche pour tous ses étudiants. Cette politique comporte un élément clé, le «passeport recherche» qui valide, de façon obligatoire, les compétences acquises grâce à des actions réparties tout au long du cursus. Désormais partie intégrante des cursus, ce passeport devient une des valeurs ajoutées des diplômés d'oniris sur le marché de l'emploi. Pierre Saï Directeur Général I 6 I 7

5 I Oniris 2012 I Oniris 2012 L'ancien dirigeant du groupe aéronautique EADS, Louis Gallois, a été appelé en conseil des ministres au début du mois de juin afin de gérer les 35 milliards d'euros du "Grand Emprunt". Il était en visite à Oniris afin d'assiter à une présention du programme MAN-IMAL. Juin 2012 Visite d'une délégation de UC Davis suite à la signature du contrat de coopération entre Davis (Californie) et Oniris. Juin 2012 Journée de lancement de la Structure Fédérative de Recherche IBSM. IBSM associe Oniris, le CNRS et l'inra. Elle s'intéresse globalement à la structuration et destructuration des aliments et des matériaux bio sourcés. Juin 2012 La chaire AEI "Agriculture Ecologiquement Intensive" organise son premier séminaire. L'intention était de créer une dynamique collective entre les différents membres participants à la chaire. Juillet chercheurs réunis aux Journées Scientifiques Apicoles. La 4 ème édition des journées scientifiques apicoles a été organisée à Oniris. L'occasion de présenter l'état d'avancée des recherches sur la santé de l'abeille. Juin 2012 Lancement officiel du projet partenarial d'initiative d'excellence en formation innovante ECOTROPHELIA. Juillet 2012 Aliment Lancement de la Plateforme Régionale d'innovation Cap Aliment à Oniris. Cap Aliment va renforcer les liens entre les chercheurs et les entreprises de la filière agroalimentaire en Pays de la Loire. Elle va également coordonner l'action entre les différentes PRI qui existent déjà sur le territoire. Juin 2012 Inauguration du Centre de Formation BIOPRACTIS porté par Oniris, en partenariat avec l'université de Nantes et avec le soutien du Pôle de Compétitivité Atlanpôle Biothérapies. Septembre 2012 I 8 I 9

6 MAN-IMAL Propositions de logos 1 One world, one health Lancement officiel par l'anr du projet partenarial d'initiative d'excellence en formation innovante MAN-IMAL. Septembre 2012 I En quelques chiffres Oniris et Hill's créent une chaire d'entreprise pour "l'enseignement et la recherche en Date : 9 Oct 2012 nutrition préventive et clinique des animaux de compagnie". 5 élèves ingénieurs diplômés d'oniris, Julie Rocher, Mathilde Frin, Guillaume Floc'h, Rossi et Gaëlle Hutin, qui représentaient la France au concours ECOTROPHELIA Europe, ont obtenu la médaille de bronze avec leur projet "bread & Cook". Octobre 2012 Octobre 2012 Unités de recherche labellisées Départements de recherche Plateformes de recherche et de service Nombre de co-accréditation avec des écoles doctorales 179 Publications à comité de lecture 76 Doctorants La 5 ème journée Bioanalyse s'est déroulé à Oniris autour de 2 thèmes : l'utilisation des bioanalyses au service d'une alimentation saine et durable et leur utilisation au service de la médecine personnalisée. Octobre Projets européens Brevets 1 ère remise des diplômes des doctorants d'oniris. Depuis 2008 Oniris est coaccrédité à délivrer le doctorat au sein de 3 écoles doctorales. La cérémonie s'est tenue à la Cité des Congrès de Nantes. Novembre 2012 I 10 I 11

7 L ambition forte d Oniris, être un acteur important de l Enseignement Supérieur et de la Recherche dans les domaines de la Santé (animale et humaine) et de l Alimentation. Afin de remplir pleinement son rôle, Oniris doit s attacher à inscrire ses activités sous le double signe de l excellence scientifique et pédagogique et de la pertinence de ses interventions au regard des attentes sociétales. Cette ambition se traduit à la fois à l échelle régionale, nationale, européenne et internationale. Une structuration de Les deux écoles fondatrices d Oniris avaient développé leur dispositif de recherche indépendamment mais selon des voies similaires (UMR avec des EPST et unités propre labellisées par le Ministère de l Alimentation, structuration de plateformes de recherche, structuration interne en départements). La stratégie scientifique issue de la fusion est fondée sur la diversité thématique initiale, source des compétences nécessaires à la formation des ingénieurs et des vétérinaires et le renforcement des synergies entre ces thématiques pour répondre au projet de l établissement : «Santé et alimentation au cœur de la vie». la Recherche autour de 4 Départements de Recherche 14 Unités de Recherche labellisées Personnels 122 dédiés Cadres Doctorants à la recherche dont scientifiques Le département développe des recherches sur la biologie des agents pathogènes des animaux d élevage, l épidémiologie des maladies animales et les stratégies d aide à la décision en santé animale. L'unité de recherche contribue à des enjeux de suffisance alimentaire, par la prévention et la gestion de crise de santé animale, et à la santé de l Homme par la prévention de risques biologiques ou chimiques entrant dans la chaîne alimentaire. DEPARTEMENT "Maîtrise de la santé des animaux et santé publique" BIOEPAR Biologie, Epidémiologie et Analyse de risque en santé animale DEPARTEMENT "Santé humaine, recherche biomédicale et modèles animaux" DEPARTEMENT "Sécurité et qualité de l'aliment" LABERCA Laboratoire d Etude des Résidus et Contaminants dans les Aliments SECALIM Sécurité des Aliments et Microbiologie N&E Nutrition et Endocrinologie USC Sensométrie et Chimiométrie Le département développe des recherches sur la sécurité chimique et microbiologique de l aliment, la qualité organoleptique des aliments et la nutrition humaine. Les unités de recherche d Oniris contribuent à produire les connaissances et méthodes permettant d assurer la production d aliments de bonne qualité sanitaire, nutritionnelle et sensorielle. Le département développe des recherches sur la compréhension de la pathogénie des maladies humaines et animales et sur l évaluation de stratégies thérapeutiques, notamment cellulaires et géniques, à partir de modèles animaux. Dans ce cadre, les unités de recherche d Oniris contribuent à des enjeux de compréhension et de traitement innovant de maladies de l Homme, dans le cadre d interactions fortes avec les équipes de recherche du pôle Santé nantais. IECM Immuno-Endocrinologie Cellulaire et Moléculaire AMAROC Cancers Animaux, Modèles pour la recherche en Oncologie Comparée PAnTher Physiopathologie Animale et biothérapies du muscle et du système nerveux PAPF Physiopathologie animale et Pharmacologie Fonctionnelle SSBR Sécurité Sanitaire liée aux biotechnologies de la reproduction LIOAD Laboratoire d Ingénierie Ostéo-Articulaire et Dentaire QOSMOS Qualité Osseuse et microenvironnement dans les ostéopathies et modèles animaux DEPARTEMENT "Procédés alimentaires, management et développement durable" GEPEA Génie des Procédés - Environnement - Agro-alimentaire LARGECIA Laboratoire de Recherche en Gestion et Economie des Industries Alimentaires Le département développe des recherches sur les procédés agroalimentaires et l économie des industries agroalimentaires. Les unités de recherche d Oniris contribuent à la conception et l évaluation de procédés agro-alimentaires innovants et durables pour produire des aliments répondant à la fois aux stratégies industrielles et aux attentes du consommateur. I 12 I 13

8 SANTÉ HUMAINE, RECHERCHE BIOMÉDICALE ET MODÈLES ANIMAUX SANTÉ HUMAINE, RECHERCHE BIOMÉDICALE ET MODÈLES ANIMAUX Physiopathologie Animale et biothérapie du muscle et du système nerveux - Responsable Marie-Anne COLLE Immuno-Endocrinologie Cellulaire et Moléculaire - Responsable Jean-Marie BACH Présentation de l'unité L UMR 703 PAnTher est une unité mixte de recherche INRA/Oniris. Elle appartient au département de Santé Animale de l INRA. Elle centre ses activités de recherche sur le développement de stratégies thérapeutiques pour lutter contre des maladies génétiques affectant le muscle (Dystrophie Musculaire de Duchenne) ou le système nerveux (leucodystrophie métachromatique, glycogénose de type II). Les travaux de thérapie génique et cellulaire sont développés sur des modèles animaux de grande taille (primates non-humain, chiens dystrophinopathes ) et ont pour objet de tester et de valider l efficacité et l innocuité de nos approches. Cette démarche globale de recherche translationnelle a pour finalité de démontrer la pertinence des stratégies envisagées et de mettre en place des études pré-cliniques essentielles au développement de thérapies innovantes chez l Homme. D autre part, sous l impulsion du Département Santé Animale de l INRA, l UMR a développé une plate-forme d expertise en Anatomie Pathologique, APEX, dont la mission principale est d évaluer la physiopathologie d agents infectieux ou toxiques préalable au développement de stratégie préventive ou thérapeutique des maladies émergentes. Thématiques de recherche En termes de grande orientation scientifique et de positionnement, l UMR avec une activité scientifique centrée sur la recherche biomédicale et une action de veille sur les maladies émergentes ou ré-émergentes s inscrit dans l initiative One World, One Health, promue depuis 2004 par WCS (Wildlife Conservation Society) et dont la stratégie est fondée sur l analyse de l interdépendance de la santé des populations humaines et animales. Cette initiative prône l interdisciplinarité dans la communication et les collaborations ayant trait aux soins de santé de l Homme comme des animaux à l échelle mondiale. Présentation de l'unité L Unité de Recherche d Immuno-Endocrinologie Cellulaire et Moléculaire (IECM) est une unité mixte INRA / Université de Nantes / ONIRIS développant des projets de recherche à l'interface de la recherche thérapeutique et de la recherche clinique sur le diabète de type 1, impliquant des essais de recherche clinique sur l'homme (programme et biocollection Lymphoscreen/clinicaltrials.gov NCT ), ainsi que de la recherche préclinique sur des modèles de diabète murin spontané et transgénique ou sur gros animal tel que le porc. L'objectif général du projet de l'unité pour est d'améliorer la connaissance des voies de contrôle de l'autoimmunité dans le diabète de type 1 et de définir de nouvelles cibles thérapeutiques. Ce type de diabète constitue un enjeu de santé publique majeure, touchant 10 à 15 millions de personnes dans le monde. Dans la continuité du précédent programme de recherche, trois projets originaux vont être développés autour de l'évaluation (i) du rôle du système nerveux sympathique, (ii) des microarns dans l'établissement de la tolérance immunitaire, et (iii) de la thérapie cellulaire du diabète T1 par xénotransplantation d'îlots de porc (IHU). Le positionnement de l'unité est basé sur du personnel multidisciplinaire, des clinicens vétérinaires, des cliniciens du CHU de Nantes (Endocrinologie) et des chercheurs. Cette multidisciplinarité constitue un des éléments clés dans le développement des activités de recherche fondamentale, préclinique, clinique et thérapeutique de l'unité. L'Unité IECM présente ainsi une solide expertise dans la connaissance des mécanismes immunitaires intervenant dans les diabètes autoimmuns et dans l'immunorégulation dans des modèles murins et chez l'homme. Ellle est leader du réseau GODEFI qui implique les services d'endocrinologie des 6 CHU du Grand Ouest. La thérapie génique du système nerveux central (SNC) En complément des résultats précliniques collaboratifs obtenus par thérapie génique intracérébrale chez le chien MPSI, le chien MPSIIIB et chez le primate non humain et qui conduiront à 2 essais cliniques de phase I/II, l UMR développe un programme de recherche dédié au transfert de gène par voie intrathécale chez le primate non humain et à la correction des manifestations neurologiques de la glycogénose de type II (maladie de Pompe). Les thérapies cellulaire et génique de la Dystrophie musculaire de Duchenne (DMD) Les travaux de l UMR sur l isolement et la caractérisation thérapeutique de cellules souches somatiques du muscle (MuStem) démontrent une amélioration clinique majeure et persistante du modèle pertinent de la DMD, le chien GRMD. Ils représentent une avancée scientifique de 1er ordre en recherche transitionnelle et ouvrent des perspectives de traitement de la maladie génétique humaine la plus fréquente. En continuité l UMR développe un programme de recherche sur l utilisation des cellules Mustem comme médicament de thérapie innovante. L UMR participe au développement d un autre produit clinique pour le traitement de la DMD. Il s agit d un AAV8 porteur d un snrna U7 spécifique du saut d exon du transcript dystrophine. L administration est réalisée par injection loco-régionale intraveineuse sous pression. Thématiques de recherche Recherche translationnelle dans le domaine du diabète de type 1 Etude des mécanismes physiopathologiques à l origine autoimmune de la maladie et de sa progression Identification de biomarqueurs cellulaires et moléculaires de progression Approches thérapeutiques et d immuno-interventions Modulation de la réponse auto-immune par le système nerveux autonome Stimulation ß2 adrénergique des cellules dendritiques MicroARNs et diabète de type 1 Rôle des microarns des cellules bêta pancréatiques dans la pathogenèse auto-immune MOTS-CLES : MODELE ANIMAL / MUSCLE / SYSTEME NERVEUX / PHYSIOPATHOLOGIE ANIMALE / THERAPIE CELLULAIRE / THERAPIE GENIQUE / RECHERCHE TRANSLATIONNELLE MOTS-CLES : DIABETE TYPE 1 / PHYSIOPATHOLOGIE / BIOMARQUEURS / AUTO-IMMUNITE / MODELES DE BIOLOGIE INTEGREE / RECHERCHE CLINIQUE I 14 I 15

9 SANTÉ HUMAINE, RECHERCHE BIOMÉDICALE ET MODÈLES ANIMAUX SANTÉ HUMAINE, RECHERCHE BIOMÉDICALE ET MODÈLES ANIMAUX Laboratoire d'ingénierie Ostéo-Articulaire et Dentaire - Responsable Pierre WEISS Qualité osseuse et microenvironnement dans les ostéopathies et modèles animaux - Responsable Daniel CHAPPARD Thématiques de recherche Présentation de l'unité Le Laboratoire d'ingénierie Ostéo-Articulaire et Dentaire (LIOAD) est une unité mixte Inserm-Université-Oniris UMR_S 791 située dans l UFR Odontologie de Nantes. L'unité regroupe environ 60 chercheurs et enseignantschercheurs, médecins et scientifiques, doctorants et post-doctorants, ingénieurs et techniciens. A l'origine centré sur le développement de biomatériaux de substitution osseuse, le LIOAD est maintenant constitué de trois groupes ayant en commun des thématiques axées vers la médecine régénérative (biomatériaux, ingénierie tissulaire, thérapie cellulaire, recherche fondamentale) : - Le groupe BIOMAT (Conception de biomatériaux et dispositifs combinés) est centré sur la conception et l'utilisation de biomatériaux en site osseux et cartilagineux : développement de biomatériaux injectables (hydrogels) pour procéder à de la chirurgie mini-invasive du cartilage, notamment associant les hydrogels à des cellules souches pour la réalisation de greffes hybrides mi-synthétiques et mi-biologiques ; synthèse, mise en forme et caractérisation de biocéramiques et biociments pour la reconstruction osseuse ; design et caractérisation de matrices permettant la libération locale d agents thérapeutiques ou la culture de cellulaire osseuses. - Le groupe STEP (Skeletal Tissue Engineering and Physiopathology) s'articule autour de deux thématiques : une première thématique plus fondamentale axée sur la physiopathologie des tissus squelettiques et consistant à déchiffrer le rôle des protéines multi-fonctionnelles PiT1 et PiT2 dans le développement, la croissance et la physiopathologie du squelette ; et une deuxième thématique plus translationnelle visant à développer l'ingénierie tissulaire des cartilages. L objectif de ce dernier axe est de mieux comprendre la biologie des cellules souches mésenchymateuses pour proposer ensuite leur utilisation pour la régénération du cartilage articulaire et du disque intervertébral en association avec des biomatériaux injectables développés par le groupe BIOMAT. - Le groupe ITO (Ingénierie Tissulaire Osseuse) développe des matrices granulaires phosphocalciques spécifiques et adaptées à l ingénierie tissulaire pour être associées à des cellules de la moelle ou des cellules souches mésenchymateuses. L'objectif est de réaliser des granules de phosphate de calcium spécifiques pour la thérapie génique osseuse. Les biomatériaux spécifiques serviront pour la reconstruction osseuse en territoire hypotrophique, irradié ou non. Conception de biomatériaux pour la libération contrôlée de principes actifs en site osseux BIOMAT : Substitution osseuse : nouvelles biocéramiques et ciments injectables Renforcement vertébral par des composites de phosphates de Ca Nouveaux hydrogels comme matrice extracellulaire de synthèse Ingénierie tissulaire osseuse ITO : Médecine régénérative de l os Médecine régénérative de l os hypotrophique (greffe, ostéoradionécrose) Médecine régénérative des tissus parodontaux Physiopathologie des tissus squelettiques & ingénierie tissulaire des cartilages : Etude du rôle de transporteurs de Phosphate Réponse immunitaire aux pathogènes oraux dans la pulpe dentaire (rôle cellules souches) Médecine régénérative des cartilages articulaire et discal Thématiques de recherche Qualité osseuse : Analyse chez l'homme : Ostéoporose traitée par agents pharmacologique Ostéopathies bénignes autres Ostéopathies malignes (lors de métastase de cancers du sein et prostate) Microarchitecture os cortical Analyse chez l animal : Etude du rôle de la porosité Etude du rôle des insertions musculaires Analyse sur biomatériaux : Qualité de l os néoformé au contact d implants Influence d implants Microenvironnement osseux : Analyse chez l'homme : Dysrégulation du remodelage osseux (lors de mastocytoses, myélome, lymphome B) IHC des métastases osseuses Analyse chez l animal : Evaluation de thérapeutiques agissant sur les réseaux de cytokines du remodelage Analyse sur biomatériaux : Microenvironnements artificiels migration tumorale Autogreffe Polymères non résorbables Présentation de l'unité L unité qualité osseuse et microenvironnement dans les ostéopathies et modèles animaux travaille depuis 20 ans sur le Tissu osseux et les biomatériaux. L unité s est structurée en équipe de recherche, reconnue en unité propre de soutien de programme depuis 2000 et a tissé un réseau de collaborations, en particulier avec l unité Inserm U922 d Angers. Les grands axes de recherche de l unité sont le développement de biomatériaux fonctionnalisés et la modélisation. MOTS-CLES : INGENIERIE TISSULAIRE / MEDECINE REGENERATIVE / TISSU OSSEUX / CARTILAGE / MATERIAUX D'INTERET BIOLOGIQUE / LIBERATION AGENT THERAPEUTIQUE / PHYSIOPATHOLOGIE OSTEOARTICULAIRE ET DENTAIRE MOTS-CLES : REMODELAGE OSSEUX / OSTEOPATHIES HUMAINES / MODELES ANIMAUX / BIOMATERIAUX I 16 I 17

10 SANTÉ HUMAINE, RECHERCHE BIOMÉDICALE ET MODÈLES ANIMAUX SANTÉ HUMAINE, RECHERCHE BIOMÉDICALE ET MODÈLES ANIMAUX Physiopathologie Animale et Pharmacologie Fonctionnelle - Responsable Jean-Claude DESFONTIS Sécurité Sanitaire des Biotechnologies de la Reproduction - Responsable Francis FIENI Présentation de l'unité Présentation de l'unité L unité PAPF est une unité propre en soutien de programme du Ministère de l Agriculture, de l'agroalimentaire et de la Forêt (UPSP MA 5304). Son activité est axée sur la recherche thérapeutique en physiopathologie cardiovasculaire humaine et animale. Les principaux axes concernent le rôle des sous-types de récepteurs béta-adrénergiques (béta-ar) et du stress oxydatif dans des modèles physiopathologiques d affections cardiovasculaires (hypertension artérielle essentielle, insuffisance cardiaque, fourbure équine) ainsi que l analyse de certains facteurs de contre-performance chez le cheval de compétition (hémorragie pulmonaire induite à l effort). Thématiques de recherche Axe 1 : Récepteurs adrénergiques β et insuffisance cardiaque Projet 1- Auto-immunité béta-adrénergique dans l insuffisance cardiaque : étude des dysfonctions micro- et macro-circulatoires Projet 2- Evaluation de l efficacité des β-bloquants vasodilatateurs de troisième génération dans un modèle d insuffisance cardiaque spontanée chez le chien Cavalier King Charles Axe 2 : Stress oxydatif et dysfonction endothéliale Projet 3- Fonction endothéliale et propriétés anti-oxydantes de substances contenues dans des extraits végétaux ou d hydrolysats de la caséine du lait de chamelle Axe 3 : Physiopathologie équine vasculaire et respiratoire Projet 4- Physiopathologie des désordres vasculaires et respiratoires associés à l évaluation de la performance des chevaux de compétition Projet 5- Physiopathologie et pharmacothérapie des désordres vasculaires associés à la fourbure équine : étude du stress oxydatif et des valves veineuses Dans l axe de la sécurité sanitaire, le projet scientifique de l unité a pour but d améliorer les connaissances et les modalités de contrôle de la diffusion des agents pathogènes par les biotechnologies de la reproduction appliquées aux gamètes et aux embryons. En raison du pouvoir de diffusion très important, aux seins des populations animales de différents pays voire de différents continents, de matériels biologiques par le commerce de la semence et des embryons, les risques infectieux, liés aux biotechnologies de la reproduction, sont une préoccupation constante de l International Embryo Transfer Society (IETS). Deux voies d étude permettent de garantir la qualité sanitaire des biotechnologies de la reproduction. La première consiste à apprécier le risque de transmission d agents pathogènes par la manipulation de gamètes ou d embryons provenant de femelles contaminées. La seconde vise à éliminer tous les produits d origine biologique des protocoles de manipulation et de conservation des gamètes et des embryons. Thématiques de recherche Sécurité sanitaire des gamètes et embryons Agents pathogènes Lentivirus des petits ruminants : risque de transmission par la voie femelle Risque de transmission de l Herpes virus équin via le sperme ou les embryons Orbivirus de la fièvre catarrhale ovine Coxiella burnetii chez les ruminants Diagnostic Recherche de risques de transmission Étude des phénomènes de latence virale Contrôle Action protectrice de l Interféron τ sirna Substitution des produits d origine biologique en biotechnologie de la reproduction Lipoprotéine de faible densité Mécanismes d action Structure-fonction Cryoconservation Facteurs de croissance embryonnaires Association Fc/cytokines MOTS-CLES : HYPERTENSION ARTERIELLE / INSUFFISANCE CARDIAQUE / HEMORRAGIE PULMONAIRE INDUITE A L'EFFORT DU CHEVAL / FOURBURE EQUINE MOTS-CLES : SECURITE SANITAIRE / CAPRINE ARTHRITIS / ENCEPHALITIS VIRIS / LENTIVIRUS / HERPES VIRUS / ORBIVIRUS COXIELLA BURNETTI / OVOCYTES / SPERMATOZOÏDES / EMBRYONS / DIAGNOSTIC / CONTROLE / LDL / FACTEUR DE CROISSANCE EMBRYONNAIRE I 18 I 19

11 SANTÉ HUMAINE, RECHERCHE BIOMÉDICALE ET MODÈLES ANIMAUX MAÎTRISE DE LA SANTÉ DES ANIMAUX ET SANTÉ PUBLIQUE Cancers animaux, Modèles pour la recherche en Oncologie comparée - Responsable Jérôme ABADIE BIOlogie, EPidémiologie et Analyse de Risque en Santé Animale - Responsable Christine FOURICHON Présentation de l'unité Présentation de l'unité Adossée au Centre Hospitalier Universitaire Vétérinaire (CHUV) et au Centre de Recherche et d Investigation Préclinique (CRIP) d Oniris, l unité propre de recherche «cancers animaux, modèles pour la recherche en oncologie comparée (AMaROC) émerge au sein d Oniris. Cette unité, très intégrée au tissu régional de recherche (partenariat renforcé avec le CRCNA U892 Inserm, Institut de cancérologie de l Ouest, CHU de Nantes, Cyclotron Arronax ), a pour objectif de développer des études translationnelles sur le cancer spontané des animaux de compagnie. Les travaux de recherche de l unité visent à la caractérisation phénotypique, génotypique et fonctionnelle de cancers canins et félins, afin de contribuer au développement d approches thérapeutiques innovantes, susceptibles d être rapidement transférées en clinique humaine. Compte-tenu du contexte régional, des innovations thérapeutiques en médecine nucléaire sont particulièrement explorées. Grâce à son réseau de collaboration et à sa recherche propre, AMaROC vise à faire bénéficier les animaux de compagnie cancéreux de nouveaux outils diagnostiques et thérapeutiques avec l idée que les chiens et les chats spontanément atteints de cancer, pourraient représenter d excellents modèles à fin de recherche préclinique, idéalement positionnés entre les modèles murins de cancers induits et la réalité clinique chez l homme. L unité est une unité mixte de recherche avec l INRA (UMR 1300). Ses recherches s inscrivent dans une finalité de gestion de la santé des animaux d élevage et de santé publique vétérinaire, en intégrant des enjeux de réduction de l usage d intrants médicamenteux et de préservation du bien-être animal. Les disciplines mobilisées sont l épidémiologie, la modélisation, l économie de la santé animale, la biologie des bioagresseurs et des interactions agresseur-hôte, et la biologie des populations. Les questions scientifiques sont abordées à des échelles d intégration complémentaires. Ainsi, pour les agents pathogènes et les vecteurs, il s agit de décrire leur variabilité et l évolution de leurs populations dans l espace et dans le temps. A l échelle de l animal (hôte), les travaux visent la compréhension des mécanismes des interactions pathogènes-vecteur-hôte. A l échelle des populations d animaux, le but est d identifier les déterminants des maladies, de comprendre et prédire la propagation des maladies, et d évaluer les moyens de les maîtriser. Enfin, au niveau des exploitations d élevage et des territoires, les recherches portent sur l évaluation économique des impacts et des stratégies de maîtrise de maladies endémiques et épidémiques. L unité est organisée en 4 équipes scientifiques : Epidémiologie observationnelle (EPID) Modélisation et décision (MODEC) Variabilité, infection et pathogénicité (VIP) Populations de vecteurs et de pathogènes (PVP) Thématiques de recherche Thématiques de recherche Caractérisation de cancers animaux (phénotypique et génotypique) Carcinomes mammaires (canins et félins) Lymphome B (canins) Gliomes (tumeurs cérébrales) ; Mélanomes ; Ostéosarcomes (projets collaboratifs en partenariat avec des équipes de recherche du Cancéropole Grand Ouest) Facteurs de risque de cancers animaux : lien cancer-environnement et lien cancer-obésité Etudes précliniques sur modèles animaux de cancers spontanés (particulièrement en médecine nucléaire) Modélisation et dosimétrie en imagerie et médecine nucléaire Mesure, déterminants et maîtrise de la santé des populations animales Epidémiologie observationnelle (équipe EPID) - statuts et indicateurs de santé individuel & troupeau - risques d occurrence des maladies et du portage - impact des maladies, efficacité des mesures de maîtrise Modélisation et Décision (équipe MODEC) - influence de l hétérogénéité des populations d hôtes et de vecteurs - modélisation prédictive, efficacité épidémiologique des stratégies de maîtrise - évaluation économique des stratégies de maîtrise Agent pathogène et interactions avec l hôte Variabilité, infection et pathogénicité (équipe VIP) - caractérisation des agents pathogènes et de leur variabilité - mécanismes des interactions pathogène-vecteur-hôte Fonctionnement des populations de pathogènes et de vecteurs Population de vecteurs et de pathogènes (équipe PVP) - Analyse spatiale et moléculaire des populations de tiques - Analyse spatiale et moléculaire des populations d agents pathogènes MOTS-CLES : CANCERS ANIMAUX / ONCOLOGIE COMPAREE / RECHERCHE TRANSLATIONNELLE / ETUDE PRE-CLINIQUE MOTS-CLES : EPIDEMIOLOGIE / MODELISATION / ECONOMIE / SANTE ANIMALE / AGENT PATHOGENE / ANIMAUX D'ELEVAGE / ANIMAUX SAUVAGES / ZOONOSE I 20 I 21

12 TSÉCURITÉ ET QUALITÉ DE L'ALIMEN TSÉCURITÉ ET QUALITÉ DE L'ALIMEN SECurité des ALIments et Microbiologie - Responsable Hervé PREVOST LABoratoire d Etude des Résidus et Contaminants dans les Aliments - Responsable Bruno LE BIZEC Présentation de l'unité Présentation de l'unité L unité SECALIM est une Unité Mixte de Recherche (UMR 1014) INRA/Oniris composée de 18 personnels permanents spécialisés en sécurité microbiologique de l'aliment. L unité a recentré ses activités de recherche sur l aliment contaminé pris comme un écosystème spécifique. L'objectif de SECALIM est de comprendre comment les environnements alimentaires intervenant tout au long de la chaîne de production influencent les risques microbiologiques dont le risque à Campylobacter, considéré comme l'un des problèmes majeurs de santé publique dans le domaine de la sécurité alimentaire. Une connaissance générique de la structure et de la fonction des écosystèmes bactériens des produits à base de viande peut être obtenue par des approches métagénomiques. Cette connaissance est utilisée pour développer des stratégies de contrôle et des procédés innovants de conservation des aliments. Toute cette connaissance est utilisée dans une stratégie d'évaluation du risque microbiologique afin d'évaluer la pertinence des options pour la gestion du risque pour le consommateur. Thématiques de recherche Stratégies d adaptation de Campylobacter à l environnement alimentaire Adaptation au stress oxydatif dans la chaîne alimentaire Identification de voies de détoxification des substances réactives de l'oxygène Identification des régulateurs post-transcriptionnels dans C. jejuni Connaissance et maîtrise des écosystèmes alimentaires Structure et fonction de l'écosystème liées à la sécurité alimentaire, caractérisation des mécanismes d'intercation microbiens Développement du concept de bioconservation alimentaire Réponses bactériennes aux modifications de l'environnement induites par les méthodes de conservation telles que les hautes pressions et l'emballage sous atmosphère modifiée Appréciation des risques microbiens dans les aliments Quantification du risque microbiologique tout au long de la chaîne de production alimentaire Modélisation du comportement des bactéries pathogènes et d'altération dans l'aliment Utilisation de données transcriptomiques dans les modèles prédictifs de microbiologie Le LABERCA est une unité de recherche d Oniris, labellisée par la DGER et l INRA (département AlimH). Elle est par ailleurs Laboratoire National de Référence (LNR) conventionné par la DGAL et la DG SANCO (commission européenne) pour ce qui est de l accompagnement de l autorité compétente en termes de gestion du risque lié à certaines substances chimiques dans les denrées alimentaires. Le domaine d activité général de l Unité est celui de la sécurité chimique de l aliment, et s inscrit dans une démarche globale et intégrée d appréciation du risque, depuis l agrofourniture jusqu à l Homme et sa descendance. Le LABERCA s attache en effet à générer des connaissances relatives aux sources, transfert et métabolisme des composés chimiques étudiés, afin de caractériser à la fois l exposition du consommateur aux substances chimiques (mesures d occurrence de ces paramètres dans les denrées alimentaires) mais aussi son imprégnation (mesure d occurrence des mêmes paramètres, de leurs métabolites ou de leurs produits de dégradation dans les fluides biologiques et tissus humains). Plus récemment et à travers un certain nombre de collaborations, l Unité génère des données permettant de contribuer à la caractérisation des dangers en particulier pour les substances perturbatrices du système endocrinien par l identification des signatures biologiques et des biomarqueurs correspondants associés aux effets de telles expositions, mais aussi par l étude d éventuelles corrélations entre la prévalence du paramètre (exposition ou imprégnation) et l'observation clinique. Thématiques de recherche Etude du devenir des résidus et contaminants chimiques depuis l environnement jusqu'à l Homme via la chaîne alimentaire : Etude du métabolisme des dangers chimiques chez l'homme et l'animal Modélisation du transfert des contaminants dans la chaîne alimentaire Etude de la signature biologique des effets engendrés par une exposition à un danger chimique : Etudes de profils de contamination (proportions relatives de différents polluants chimiques) Etudes de profilages métaboliques (mesures ciblées et quantitatives d'un ensemble de métabolites endogènes) Etudes métabolomiques (détermination non ciblée d'une empreinte métabolique globale) Utilisation des métabolites & biomarqueurs pour la caractérisation de l exposition des individus aux contaminants chimiques : Identification et caractérisation du danger Evaluation de l'exposition du consommateur aux risques chimiques Evaluation de l'imprégnation Contribution à la caractérisation du risque Appui aux politiques publiques MOTS-CLES : ALIMENT / RISQUE MICROBIEN / ECOSYSTEME / CAMPYLOBACTER I 22 MOTS-CLES : SECURITE DE L'ALIMENT / RISQUE CHIMIQUE / ANALYSE DE RISQUE / IMPREGNATION / METABOLOMIQUE / POLLUANTS ORGANIQUES PERSISTANTS / MIGRANTS / PERTURBATEURS ENDOCRINIENS / ANABOLISANTS I 23

13 TSÉCURITÉ ET QUALITÉ DE L'ALIMEN TSÉCURITÉ ET QUALITÉ DE L'ALIMEN Sensométrie et Chimiométrie - Responsable El Mostafa QANNARI Nutrition et Endocrinologie - Responsable Patrick NGUYEN Présentation de l'unité Présentation de l'unité L unité Sensométrie et Chimiométrie développe ses recherches au sein d Oniris et est également une unité sous contrat avec l INRA. Créée il y a une vingtaine d année, elle compte aujourd hui cinq enseignants chercheurs, un ingénieur de recherche, une secrétaire et six doctorants. Les thématiques de recherche de l unité relèvent de la statistique appliquée, notamment dans le cadre de la Sensométrie et la Chimiométrie. Les thématiques de recherche ont trait à l analyse de données multiples (données de profils sensoriels, données de préférence, données biologiques/biochimiques, données d analyse spectrale ), la classification de variables (par exemple, segmentation d un panel de consommateurs), analyse des données de catégorisation perceptive Dans ces domaines, l'unité a une reconnaissance internationale comme en témoignent de nombreuses collaborations nationales et internationales, tant avec des industriels qu avec des instituts de recherche. Thématiques de recherche Méthodes de traitement de tableaux multiples : de la conception à l application Données d analyses sensorielles Données de préférence Données biologiques/biochimiques Données d analyses spectrales L unité de Nutrition et Endocrinologie est une unité propre du Ministère de l Agriculture, de l'agroalimentaire et de la Forêt. L unité s est attachée, depuis plusieurs années, à développer, caractériser et valider un modèle de chien obèse et insulinorésistant. Ce chien obèse et insulinorésistant présente plusieurs perturbations métaboliques proches de celles rencontrées chez l homme diabétique de type 2. Les objectifs initiaux ont notamment été de confirmer et décrire les mécanismes de l hyperproduction de lipoprotéines riches en triglycérides, d étudier la modulation de l absorption du cholestérol en situation d insulinorésistance et de tester différentes moyens de modulation de la sensibilité à l insuline. Au-delà de cette étude de la physiopathologie et de ses mécanismes, l unité a également utilisé ce modèle dans le cadre de la valorisation, pour des études d intervention nutritionnelle ou pharmacologique. Pour différentes raisons (métaboliques autant que pratique) et malgré tous les avantages qu offre le grand animal, l unité a étudié en parallèle certains aspects du problème sur des modèles analogues de rongeurs (hamster, rat) et d obésité induite par la suralimentation. Au-delà de la question que posent l obésité et l insulinorésistance chez l adulte, l unité a récemment participé à un programme sur la nutrition périnatale et l empreinte métabolique qui pourrait en résulter. Toujours dans le même registre, au-delà des conséquences de l obésité et de l insulinorésitance, l unité s intéresse au déterminisme métabolique et hormonal de la prise alimentaire et aux moyens de le modifier par le changement de composition des rations ou encore par l incorporation de divers suppléments bioactifs (comme par exemple le butyrate qui reviendra dans le programme de l unité pour ses effets métaboliques après y avoir figuré pour ses effets digestifs). Enfin, l unité participe au projet franco-canadien Neurophénols dont l objectif principal est de mettre au point des actifs nutritionnels riches en polyphénols synergiques ayant un rôle bénéfique sur le déclin cognitif chez l Homme et les animaux de compagnie. Thématiques de recherche Études d interventions nutritionnelles sur des modèles animaux d obésité, d insulinorésistance et de dyslipidémie Acides gras polyinsaturés oméga 3, stress oxydant, inflammation, obésité, insulinorésistance et dyslipidémie Intérêt du butyrate dans le traitement de l obésité du chien Facteurs neuroendocriniens impliqués dans la régulation de la satiété et pondérostat chez le chat Obésité, IGF-1 et cancer Neurophénols MOTS-CLES : ANALYSE DE DONNEES / SENSOMETRIE / CHIMIOMETRIE / PREDICTION / CLASSIFICATION AUTOMATIQUE / DISCRIMINATION MOTS-CLES : OBESITE / NUTRITION / ENDOCRINOLOGIE / STRESS OXYDANT / POLYPHENOLS / BUTYRATE I 24 I 25

14 PROCÉDÉS ALIMENTAIRES, MANAGEMENT ET DÉVELOPPEMENT DURABLE Génie des Procédés - Environnement - Agro-alimentaire - Responsable Jack LEGRAND PROCÉDÉS ALIMENTAIRES, MANAGEMENT ET DÉVELOPPEMENT DURABLE Laboratoire de Recherche en Gestion et Economie des Industries Alimentaires - Responsable Jean-Marc FERRANDI Présentation de l'unité Présentation de l'unité L UMR CNRS 6144 GEPEA, Génie des Procédés Environnement Agro-Alimentaire est un laboratoire commun d Oniris, l Université de Nantes et de l Ecole des Mines de Nantes. Associé au CNRS depuis Il a pour objectif de développer le Génie des Procédés dans les domaines de l Agro-Alimentaire, de l environnement et de la valorisation de bioressources marines. L UMR est organisée autour de 4 axes de recherche : - Axe 1 : Bioprocédés et Séparation en Milieu Marin - Axe 2 : Ingénierie de l énergie - Axe 3 : Ingénierie de l environnement - Axe 4 : Matrices et Aliments Le LARGECIA, LAboratoire de Recherche en Gestion et EConomie des Industries Alimentaires regroupe les enseignants-chercheurs en économie et en gestion d Oniris. L unité est composée de 6 enseignants-chercheurs et de cinq doctorants et un post-doctorant. Jeune équipe de recherche, le LARGECIA est labellisé UPSP de l Enseignement Supérieur Agricole par le Ministère de l Agriculture, de l'agroalimentaire et de la Forêt autour de la thématique suivante : la dynamique de la filière avicole dans un contexte perturbé». Cette équipe a été restructurée à 50 % à la rentrée Suite à cette restructuration, le projet du laboratoire a été modifié et porte sur «une variable clé dans les organisations et les comportements individuels : la proximité». Cette proximité, du fait qu'elle est souhaitée et perçue par et entre les acteurs des filières alimentaires, fournit les bases pour une confiance mutuelle et génère ainsi un gain d'efficacité dans les relations et l'organisation. Thématiques de recherche Nouvelles formes d organisation collective (AMAP par exemple) Thématiques de recherche Matrices & Aliments, Procédés, Propriétés, Structure, Sensoriel MAPS : Changement de phase dans les matrices; température, pression, et autres paramètres. Interfaces et systèmes dispersés ; microencapsulation, mousses et émulsions. Arôme, sensoriel et procédé, qualité organoleptique des matrices, déstructuration et risques chimiques éventuels liés aux traitements (néoformés, volatils, ). Ingénierie de l énergie : Modélisation et optimisation des procédés ; phénomènes physiques (transfert de chaleur, de masse, convection, couplages ) Efficacité énergétique des procédés, Analyse Cycle de Vie Traitements combinés, Contrôle des procédés. Proximité : impact des différentes formes de proximité sur l organisation et la consommation dans les filières alimentaires Détermination de la proximité perçue de l aliment Stratégies d acteurs dans les filières agroalimentaires (animales, végétales) Labels, appellations d origine et autres signes de qualité : analyses marketing et stratégique Coordination logistique et gestion des stocks Développement d indicateurs de mesure de la performance pour les acteurs des filières agroalimentaires MOTS-CLES : MICROENCASPULATION / PANIFICATION / AROME / TRANSFORMATION / ALIMENT / TRAITEMENTS THERMIQUES ET ATHERMIQUES / EFFICACITE ENERGETIQUE MOTS-CLES : IAA / GESTION / ECONOMIE / STRAGEGIE DES ACTEURS ET STRATEGIE ORGANISATIONNELLE / CONSOMM'ACTEUR / PROXIMITE / MARKETING MANAGEMENT RELATIONNEL / LOGISTIQUE / LABELS QUALITE / PERFORMANCE / DEVELOPPEMENT DURABLE I 26 I 27

15 Plates-formes de recherche Mots clés Plate-forme de biothérapie et de physiopathologie animale - Responsable Yves FROMES Recherche et développement des biothérapies / maladies génétiques Expertise Maladies génétiques (orphelines) Physiopathologie / Modèles animaux de maladies humaines (gros animaux) / Thérapie génique et cellulaire / Gestion de projets pré-cliniques Moyens Modèles animaux de maladies génétiques orphelines / Animaleries gros animaux L2 et L3 (chiens, chats, primates) / Salles d expérimentations A2 et A3 / Blocs opératoires et salle d imagerie conventionnelle Mots clés Centre de Recherche et d'investigation Préclinique - CRIP - Responsable Olivier GAUTHIER Offre globale d études pré-cliniques / Maladies métaboliques / Cancérologie / Biomatériaux et Maladies cardio-vasculaires Mots clés Expertise Moyens Plate-forme de chimie analytique - Responsable Fabrice MONTEAU Halle de Technologie Alimentaire - Responsable Fabrice FRASSETTO Mesure d ultra-traces de composés chimiques / Alimentation / fluides biologiques humains / identification de métabolites (étude du métabolisme, métabolomique) Sécurité chimique des aliments, évaluation des risques : Perturbateurs endocriniens, polluants chimiques : Métabolisme des contaminants environnementaux : Chimie analytique, spectrométrie de masse Equipements de pointe : GC-MS : GC-MS/MS : GC-HRMS : GC-C-IRMS : LC-MS/MS : LC-HR M S : LC-MS 3 Mots clés Assistance à la mise au point / validation de procédés de transformation / préséries industrielles / fabrication de produits alimentaires de tout type / échelle pilote Expertise Petits et gros animaux (modèles spontanés) / Chirurgie expérimentale / Imagerie médicale ; exploration fonctionnelle / Anatomie pathologique / Immunomonitoring / Biologie moléculaire / Analyses biologiques et endocrinologiques Expertise Procédés de transformation alimentaire / Transferts de procédés à l échelle industrielle Moyens Animaleries conventionnelles, confinées et radioprotégées / Equipements de pointe : BMA (High résolution digital Xray+absorptiometry) / Radiologie / Echographie / Fluoroscopie / Scintigraphie / IR / MicroPET-scan Moyens Espace de technologie flexible de 2000 m², 120 pilotes tout secteur / Espace de développement de 600 m 2 (viande plats cuisinés et panification) pour préséries industrielles I 28 I 29

16 Plates-formes de recherche Mots clés Plate-forme environnementale vétérinaire - Responsable Hervé POULIQUEN Evaluation des risques infectieux et chimiques / Santé des écosystèmes et de l environnement Expertise Biologie, écologie, épidémiologie, infectiologie, toxicologie / Médecine & chirurgie de la faune sauvage / Pathologie apicole / Pharmacologie, contaminants environnementaux / Chimie analytique et évaluation du risque Moyens Centre vétérinaire référent de la faune sauvage & des écosystèmes / Salle de chirurgie, 1200 m 2 de volière, accueil de animaux/an / Centre anti-poison & environnement de l Ouest / Ressources documentaires et base de données Centre Hospitalier Universitaire Vétérinaire - Responsable Francis FIENI La recherche clinique VERS UNE STRUCTURATION DE LA RECHERCHE CLINIQUE Le développement de la recherche clinique constitue un impératif dont dépendent les avancées diagnostiques et thérapeutiques et qui implique la mise en place d'une organisation. S'appuyant sur les avancées de la recherche fondamentale, la recherche clinique doit, par essence, être multidisciplinaire et représenter les axes majeurs de la recherche vétérinaire. Dès 2002, Oniris a identifié la recherche clinique comme étant une des missions des praticiens hospitaliers et a ainsi nommé une Déléguée aux affaires cliniques. L'établissement a lancé en interne des appels d'offre financés de type PHRC (Programmes Hospitaliers de recherche clinique) centrés sur la pathologie comparée animale-homme. Ces appels d'offre ont abouti, entre autres, à l'émergence d'une Unité Propre "Cancers animaux, modèles pour la recherche en oncologie comparée". Oniris, fort de son potentiel en recrutement de maladies animales spontanées au travers du CHUV, de part les activités de son département santé humaine, recherche biomédicale et modèles animaux, et de son Centre d'expertise des modèles animaux, souhaite poursuivre la structuration de la recherche clinique par la mise en place d'un bureau dédié. Ce bureau vise à fédérer et coordonner l'ensemble des activités liées à la recherche clinique. Il aura pour objectif : d'assurer des missions spécifiques d'animation et de soutien de l'activité de recherche clinique, de mutualiser les ressources, d'optimiser les processus et modalités de gestion de cette activité, de renforcer les capacités d'évaluation de la faisabilité des études, de structurer le dépôt, le suivi et l'évaluation de chaque essai clinique, de disposer d'un véritable pilotage de cette activité. Mots clés Recherche clinique / Recrutement de cas cliniques / Animaux de compagnie / Animaux d'élevage / Equidés / Animaux d'espèces inhabituelles Expertise Outre son activité de Centre Hospitalier "traditionnel", le CHUV développe une activité de recherche clinique Le recrutement de cas cliniques spontanés permet ainsi de développer des recherches à visée clinique vétérinaire ou préclinique humaine Moyens Plateau technique performant (équipements chirurgicaux, d'anesthésie et d'imagerie médicale) / Un service d'urgences / Secteur d'hospitalisation et de soins intensifs / 220 m 2 dédiés aux urgences / Un pôle équin équipé d'un plateau de chirurgie, un plateau d'imagerie, un centre d'évaluation du cheval athlète, une station de monte I 30 I 31

17 EXPERTISE VALORISATION Approche intégrée UNE BASE DISCIPLINAIRE SOLIDE QUI SE DECLINE EN UNE VERITABLE APPROCHE INTEGREE UN INSTITUT VETERINAIRE DE RECHERCHE PRECLINIQUE CHUV UNITES DE RECHERCHE SPECIALISEES CENTRE EXPERTISE MODELES ANIMAUX CENTRE EXPERTISE MODÈLES ANIMAUX CHUV SPÉCIALISÉES RECHERCHE DE UNITÉS UN CENTRE DE SANTE PUBLIQUE VETERINAIRE ET DE SECURITE DES ALIMENTS FORMATION INNOVANTE MAN-IMAL FORMATIO MAN EXPERTISE VALORISATION UNITES DE RECHERCHE SPECIALISEES CHERCHE LISÉES UN CENTRE DE RECHERCHE ET FORMATION INTEGREE EN INNOVATION ALIMENTAIRE FORMATION INNOVANTE FOOD INNOV FOOD INNOV INNOVANTE FORMATION UNITES DE RECHERCHE SPECIALISEES EXPERTISE VALORISATION EXPERTISE VALORISATION I 32 I 33 SPÉCIALISÉES RECHERCHE DE UNITÉS

18 Approche intégrée UN DEMONSTRATEUR FRANCAIS DU CONCEPT UN CENTRE DE SANTE PUBLIQUE VETERINAIRE ET DE SECURITE DES ALIMENTS FORMATION INNOVANTE MAN-IMAL MAN-IMA MAL VANTE INNOVAN FORMATION EXPERTISE VALORISATION ON UNITES DE RECHERCHE SPECIALISEES TION VALORISAT EXPERTISE Le concept "une santé - une médecine " s'inscrit dans une stratégie mondiale, encouragée par l'oms, la FAO et l'oie, pour accroître les collaborations interdisciplinaires (médecins, vétérinaires, biologistes, ingénieurs...) dans tous les aspects qui relient la santé de l'homme et celle des animaux et à leur lien avec l'environnement. Les synergies attendues de cette approche globale permettront d'adapter les réflexions et les dispositifs favorisant, d'une part, l'accélération des progrès en santé publique et, d'autre part, la mise en cohérence de l'ensemble des chainons entre l'animal et l'homme impliqués dans les avancées de la recherche biomédicale. Un pôle santé d'enseignement supérieur décloisonné, expérimentateur et démonstrateur du concept "une santé - une médecine", se développe dans la Région des Pays de la Loire. Il réunit des membres du PRES L'UNAM, notamment Oniris, l'université de Nantes, celle d'angers, les centres hospitalilers universitaires de Nantes et Angers. Ce décloisonnement se caractérise d'ores et déjà par des programmes d'enseignement et de recherche associant des étudiants et des enseignants-chercheurs de diverses origines : vétérinaires, médecins, ingénieurs, biologistes. Il s'inscrit dans le cadre d'une approche intégrée entre formation et recherche, et d'une réflexion autour des métiers de santé dans une région porteuse d'une expérimentation et d'un effet démonstrateur dans ce nouveau champs thématiques. SPÉCIALISÉES RECHERCHE DE UNITÉS Ce pôle santé innovant et décloisonné peut être illustré par quelques exemples d'actions structurante phares. Ainsi, le programme de formation MAN-IMAL "Initiative d'excellence en formations innovantes (IDEFI), piloté par Oniris en partenariat avec la Faculté de Médecine de l'université de Nantes, la Faculté de Médecine de l'université d'angers et l'ecole Supérieure d'agriculture d'angers, s'articule autour du couple médecin/vétérinaire. Ouverte aussi à des biologistes et des ingénieurs, cette formation est innovante par la pluridisciplinarité de son recrutement, par ses thématiques intersectorielles ainsi que par ses choix pédagogiques. Il s'agit de la première formation nationale vraiment inscrite dans la logique du concept "une santé - une médecine". Cette structuration autour de la formation s'appuie sur des unités de recherche labellisées, souvent avec l'inra ou l'inserm, de sorte que les établissements et instituts concernés peuvent utiliser ce même dispositif pour structurer et développer les activités de recherche dans ce domaine, en apportant lisibilité et attractivité au dispositif de recherche ligérien. Cette structuration sera une élément moteur d'un "Campus ligérien de santé publique et de sécurité sanitaire et nutritionnelle des aliments" rapprochant les acteurs de santé (animale et humaine) et de production, par et pour le développement d'une démarche intégrée santé-sécurité-production qui permettra aussi de promouvoir les collaborations intersectorielles, les systèmes d'alerte et de détection précoces des crises sanitaires et nutritionnelles, d'éclairer les autorités sanitaires et nutritionnelles en matière de prévention et d'intervention. Cette structuration constitue également une action déterminante afin de mettre en cohérence les volets liés à la formation, à la recherche et aux activités de transfert dans ce domaine. " UNE SANTE - UNE MEDECINE " One world, one health Une offre de formation du concept UNE SANTÉ, UNE MÉDECINE autour du triptyque Animal-Homme-Alimentation I 34 I 35

19 Approche intégrée UN DEMONSTRATEUR FRANCAIS DU CONCEPT " UNE SANTE - UNE MEDECINE " UN INSTITUT VETERINAIRE DE RECHERCHE PRECLINIQUE CHUV UNITES DE RECHERCHE SPECIALISEES CENTRE EXPERTISE MODELES ANIMAUX AUX ANIMAUX MODÈLES EXP NTRE PERTISE CE CHUV SPÉCIALISÉES RECHERCHE DE UNITÉS Même si les acteurs français et internationaux impliqués dans la recherche biomédicale connaissent la richesse des interactions entre la recherche préclinique sur des modèles animaux et la recherche clinique chez l'homme, peu de sites ont réellement appliqué le concept "une santé -une médecine" en mettant en cohérence les objectifs et les moyens de la recherche vétérinaire et ceux de la recherche médicale humaine. De plus, les ressources en pathologie comparée que fournissent les maladies animales spontanées rencontrées dans les consultations d'un CHU vétérinaire sont sous-exploitées. Ces maladies, infectieuses, parasitaires, nutritionnelles, toxiques ou génétiques, des animaux de compagnie et de loisir de taille et/ou de physiologie comparables à celles de l'homme, ont souvent une homologie avec des maladies humaines et ont une prévalence qui augmente avec le vieillissement (cancers, cardiopathies, néphrophaties, maladies neurodégénératives) ou les conditions de vie (obésité, diabètes, allergies). Les dispositifs français d'enseignement supérieur et de recherche devraient mieux soutenir cette statégie de décloisonnement. Cette mise en cohérence progressive, par Oniris, les Universités, les CHU de Nantes et d'angers et l'inserm contribue également à faire du pôle santé nantais et ligérien un démonstrateur d'une plus-value scientifique et de formation des cadres. En plus des liens physiques et fonctionnels entre unités de recherche biomédicale des établissements, notamment au travers des programmes issus des investissements d'avenir, cette stratégie "une santé - une médecine" implique aussi un réseau de plateformes régionales permettant de servir une démarche complète du préclinique à la clinique. En complémentarité des autres plateformes biologiques ou cliniques régionales, une des plateformes de ce réseau est constitué d'un "Centre d'expertise des modèles animaux" dévolu à la recherche préclinique sur animaux de grande taille et dont l'ensemble des plateaux rassemble tous les moyens nécessaires aux approches précliniques. Ce "Centre d'expertise des modèles animaux" se développe dans un environnement englobant le CHUV d'oniris et son "centre de ressources biologiques animales", de façon à valoriser les ressources en pathologie comparée que fournissent les maladies animales spontanées. De tels pôles santé décloisonnés apporteront, à l'international et vis à vis des partenaires privés de l'industrie pharmaceutique, un surcroît de spécificité et d'attractivité à la recherche biomédicale préclinique et clinique, tout en développant une démarche intégrée mettant en cohérence les actions de formation, de recherche et de valorisation. DEPARTEMENTS ET UNITES DE RECHERCHE SECTEUR BIOMEDICAL UN DISPOSITIF INTEGRE EN RECHERCHE BIOMEDICALE PRECLINIQUE ET CLINIQUE C.H.U VETERINAIRE MALADIES ANIMALES SPONTANEES CENTRE D'EXPERTISE DES MODELES ANIMAUX PLATEFORME MULTIPLATEAUX I 36 I 37

20 Approche intégrée ONIRIS : INTEGRATEUR DE FORMATION ET DE UN CENTRE DE RECHERCHE ET FORMATION INTEGREE EN INNOVATION ALIMENTAIRE FORMATION INNOVANTE FOOD INNOV FOOD INNO NNOV VANTE INNOVA FORMATION UNITES DE RECHERCHE SPECIALISEES EXPERTISE VALORISATION ON ATION VALORISAT EXPERTISE La compétitivité des entreprises agro-alimentaires françaises est notamment limitée à l'international par son déficit d'innovation, de compétitivité "hors coût". Vendre au meilleur prix ne suffit pas, il faut aussi proposer des produits innovants. Etre compétitif, c'est aussi avoir les compétences nécessaires pour ces innovations. Il faut donc une formation adaptée dans les établissements d'enseignements supérieur. S'ajoutent à ce contexte très concurrentiel de nouvelles exigences en terme de qualité (nutrition, conservation, sensorialité) et de nouvelles contraintes liées à l'environnement et la traçabilité, imposés soit par la règlementation soit par les consommateurs. La compétitivité de notre industrie alimentaire nécessite donc non seulement une recherche de productivité, mais aussi d'innovation et de qualité. Le développement de l'innovation est un enjeu qui nécessite la mise en réseau de différents acteurs de l'enseignement, de la recherche et du monde de l'entreprise. SPÉCIALISÉES RECHERCHE DE UNITÉS Au travers de son dispositif de formation, Oniris développe notamment des facteurs concourant au développement de l'innovation : créativité, pluri et inter-disciplinarité, travail en mode projet, méthodes de co-construction, partenariats actifs avec les entreprises, travail en réseau, accès à des outils de veille et de prospective. L'articulation de ces facteurs représente un défi partenarial entre plusieurs types d'acteurs : les entreprises, les intégrateurs d'innovation (instituts techniques, Oseo, pôles de compétitivité), les secteurs professionnels, les établissements d'enseignement et de recherche, les collectivités territoriales. L'ambition collective est de construire en Pays de la Loire une démarche permettant de stimuler l'innovation dans les entreprises. Cette démarche ne peut être optimale que si une stratégie intégrant les différents niveaux de formation et la recherche est réellement développée. Pour sa part, Oniris souhaite concentrer ses atouts dans ce domaine afin d'être plus efficace pour la stratégie collective en matière d'innovation alimentaire. Des enquêtes récentes ont montré que les Français attendent des aliments qui soient aussi savoureux et authentiques, qui seront "bon pour la santé", des produits de proximité, de la simplicité et practicité. (( En réponse à ces attentes, les industries agro-alimentaires ont axé leurs innovations autour de 6 grands thèmes : NATURALITE, SANTE ET BIEN-ETRE, PLAISIR, PRATICITE, PROVENANCE/AUTHENTICITE, DEVELOPPEMENT DURABLE )) RECHERCHE EN MATIERE D'INNOVATION ALIMENTAIRE Le dispositif RFI porté par Oniris et ses partenaires ligériens a pour ambition de répondre à ces attentes UN DISPOSITIF DE FORMATION A L'INNOVATION ALIMENTAIRE L innovation qui irrigue les cursus étudiants... FOOD'INNOV, un laboratoire d'idées étudiantes issu de la dynamique "investissements d'avenir" IDEFI afin de développer et transmettre la culture de l'innovation décloisonnée aux étudiants et aux PME et favoriser l'employabilité des étudiants et le développement économique des entreprises. ECOTROPHELIA (réseau européen du concours d'innovation) financé dans le cadre des investissements d'avenir-idefi. DES UNITES DE RECHERCHE DEVELOPPANT DES THEMATIQUES DE RECHERCHE APPLIQUEES A L'AGROALIMENTAIRE Menant des projets majoritairement financés par la Région des Pays de la Loire, l'anr, la Commission Européenne, le FUI Impliquant autour d'oniris, des entreprises agro-alimentaires et des établissements d'enseignement supérieur et de recherche Impliquant des élèves ingénieurs et des doctorants Couvrant les 6 orientations principales de l'innovation alimentaire, au niveau produit et au niveau procédés UNE EXPERTISE TECHNOLOGIQUE ET ANALYTIQUE TOURNEE VERS L'INNOVATION ALIMENTAIRE Un éventail d'outils technologiques innovants qui soutiennent les thématiques de recherche la conservation ou amélioration des propriétés technologiques, nutritionnelles, sensorielles des aliments l'augmentation de la durée de stabilité des produits la réduction des ingrédients ou additifs potentiellement néfastes pour la santé la diminution de la consommation énergétique lors de la fabrication d'aliments I 38 I 39