Importance du développement des biomarqueurs par un industriel

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1 Importance du développement des biomarqueurs par un industriel Dr Frédéric Eberlé, responsable médical Roche Diagnostics France Marseille, 27 mars 2015

2 Terminologie Biomarqueurs, Tests de diagnostic, Tests-compagnons Dépistage précoce Diagnostic Eligibilité au traitement Traitement Suivi Test ADN HPV troponine tests-compagnons charge virale Biomarqueur = caractéristique objectivement mesurée et évaluée comme un indicateur de processus biologique normal ou pathologique ou de réponse pharmacologique Test diagnostique «classique» Médecine «personnalisée» ou «stratifiée»: sélectionner les patients susceptibles de bénéficier d un traitement (en règle une thérapie ciblée) Biomarqueurs prédictifs de réponse à une thérapie ciblée Test-Compagnon: test diagnostique permettant de sélectionner ces patients Démontrer la valeur prédictive (de réponse à un traitement) d un biomarqueur démontrer l utilité clinique d un test-compagnon Source HAS, Guide méthodologique, Test compagnon associé à une thérapie ciblée, Février 2014

3 Développement de tests diagnostiques standardisés Promouvoir l innovation Collaborations avec les équipes marseillaises

4 Exemple d un modèle de développement Les tests-compagnons ACTIVITÉ PHARMACEUTIQUE Recherche Développement précoce Phase I Phase II Phase III Identification de cibles moléculaires et développement des médicaments ACTIVITÉ DIAGNOSTIQUE Identification de biomarqueurs Evaluation des biomarqueurs Standardisation d un test de diagnostic Pertinence clinique du test-compagnon Développement de tests-compagnons standardisés de détection de biomarqueurs pertinents

5 Développement des tests standardisés Une responsabilité partagée

6 Importance de la synergie industrielle Pharma/ Diag Raison N 1: viser une AMM (1998 Herceptest/ trastuzumab) Trastuzumab en adjuvant: 50% du risque de récidive* *Piccart-Gebhart MJ et al. N Engl J Med. 2005; 353: et repris dans Les tests de génétique moléculaire pour l accès aux thérapies ciblées, INCa, déc 2011

7 Importance de la synergie industrielle Pharma/ Diag Raison N 1: viser une AMM (exemple du vemurafenib) ANNEXE I RESUME DES CARACTERISTIQUES DU PRODUIT 4.1 Indication thérapeutique Le vemurafenib est indiqué en monothérapie dans le traitement des patients adultes atteints d un mélanome non résécable ou métastatique porteur d une mutation BRAF V Propriétés pharmacodynamiques Dans les essais cliniques de phase II et III, les patients éligibles ont été identifiés au moyen d'une détermination par réaction en chaîne par polymérase en temps réel (Test de mutation BRAF V600 Cobas 4800). Ce test dispose du marquage CE.

8 Importance de la synergie industrielle Pharma/ Diag Raison N 2: viser la mise sur le marché du théranostic aux USA Last update Dec 30th, 2013

9 Importance de la synergie industrielle Pharma/ Diag Raison N 2: mise sur le marché du théranostic en Europe??? CBNPC M+ Erlotinib Mélanome M+ Vemurafenib K colorectal M+ Panitumumab «Lors de l évaluation du statut de la mutation de l EGFR d un patient, il est important de choisir une méthode robuste et bien validée pour éviter les faux négatifs et les faux positifs» «Avant le début du traitement par le vemurafenib, la présence de la mutation BRAF V600 doit être confirmée par un test validé» «Le statut mutationnel doit être déterminé par un laboratoire expérimenté utilisant des tests validés de détection des mutations KRAS (exons 2, 3 et 4) et NRAS (exons 2, 3 et 4)»

10 La détection des biomarqueurs Les solutions Roche Diagnostics Anatomo-pathologie biologie moléculaire Hybridation in situ ImmunoHistoChimie Séquençage à haut débit (NGS)

11 Réactif et procédure cobas EGFR Mutation Standardisation adaptée au contexte d accréditation Step 1 Step 2 H&E staining tumor content determination Macro-dissect if <10% tumor content Sample Preparation Kit Genomic DNA isolation DNA quantification Step 4 Step 3 Standardized reporting Automated analysis cobas 4800 System, v2.0 PCR setup

12 Le choix des plateformes françaises pour l EGFR Séquençage > solutions industrielles 1% Fréquence 10% 86% EGFR Cancers bronchiques non à petites cellules Cheng L. et al., Mod Pathol. 2012; 25:

13 Développement de tests diagnostiques standardisés Promouvoir l innovation Collaborations avec les équipes marseillaises

14 La complexité des biomarqueurs et tests-compagnons Nécessité de recourir à de multiples technologies

15

16 Une approche innovante: les biopsies liquides Quand les tumeurs relarguent de l ADN et des cellules Libération de protéines dans le sang (CA 15.3 ) 2 3 Nouveaux Biomarqueurs tumoraux 1. ADN tumoral circulant (cfdna) 2. Cellules Tumorales Circulantes (CTCs) 1 3. Exosomes 1 & micro vésicules 1 Exosomes = vésicules lipidiques contenant des protéines et des acides nucléiques; présents à la fois dans le sang et urine Source: Speicher et al., Tumor signatures in blood, Nature 2014.

17 Biopsies tissulaires # biopsies liquides Des informations complémentaires Résultats Inon interprétables (environ 10%) Diagnostics OUI Pathologiste Laboratoire de pathologie FFPET Décision thérapeutique BIOPSIE Tests Moléculaires Suivi biologique (anticipation des résistances) NON PRÉLÈVEMENT SANGUIN Biopsie impossible (environ 10%)

18 Intérêt «pratique» de l ADN tumoral circulant AMM du gefitinib 4.4 Mises en garde spéciales et précautions d emploi «Il est important que la mutation de l'egfr à partir du tissu tumoral soit recherchée pour tous les patients» «Si un échantillon de la tumeur n est pas analysable, de l'adn tumoral circulant (ADNct) obtenu à partir d un échantillon de sang (plasma) peut alors être utilisé»

19 Pertinence clinique de l ADN tumoral circulant Détection précoce des mutation de résistance CBNPC / Erlotinib Sorensen et al. Cancer Dec 15;120(24):

20 Pertinence clinique de l ADN tumoral circulant Détection précoce des mutation de résistance T790M Del(19) L858R Sorensen et al. Cancer Dec 15;120(24):

21 Technique maison # réactif standardisé cobas EGFR Mutation Test v2 cfdna Sample Preparation Kit UNE PLATEFORME cobas cfdna Sample Preparation Kit v2 cobas EGFR Mutation Test v2 cobas 4800 System, v2.1 cobas DNA Sample Preparation Kit 42 MUTATIONS DÉTECTÉES Valeur semi-quantitative pour suivre le niveau de réponse

22 La vision de Roche Sequencing De l échantillon biologique au diagnostic Preparation echantillon Target Enrichment Systemes de Séquencage Outils d analyse Diagnostic

23 Développement de tests diagnostiques standardisés Promouvoir l innovation Collaborations avec les équipes marseillaises

24 Laboratoire de transfert en oncologie de l Hôpital Nord 1 ère Chaine accréditée en oncologie en France (2012) Sélection de la zone tumorale > 50% Etapes techniques Déparaffinage Digestion protéique Extraction de l ADN Purification Pré-screening qpcr-hrm Séquençage Sanger Sensibilité 5% Validation du Directeur technique Sensitivity 20 % Avec l autorisation de F. Fina et du Pr L. Ouafik Validation biologique

25 Laboratoire de transfert en oncologie de l Hôpital Nord 1 ère Chaine accréditée en oncologie en France (2012) Sélection de la zone tumorale > 50% Etapes techniques Déparaffinage Digestion protéique Extraction de l ADN Purification Pré-screening qpcr-hrm Sensibilité 5% Validation du Directeur technique Objectif : Séquençage Intégration Sanger du NGS (technologie 454) Sensitivity 20 % Avec l autorisation de F. Fina et du Pr L. Ouafik Validation biologique

26 Laboratoire de transfert en oncologie de l Hôpital Nord Vers l intégration du NGS dans la chaine accréditée Etapes de validation 2013 comparaison entre échantillons fixés en paraffine (mutations?) et congelés concordance parfaite dans le poumon (EGFR) et 1 modèle de gliome (IDH1/2) paramètres validés: poumon, côlon, mélanome, cerveau, GIST 2015 Implémentation du NGS (sous forme automatisée) en routine Avec l autorisation de F. Fina et du Pr L. Ouafik

27 Laboratoire de transfert en oncologie de l Hôpital Nord Du séquençage NGS pour tous types d échantillons FFPE or ADNtc Etapes techniques Extraction ADN Pré-screening qpcr-hrm Séquençage de tous types d échantillons Avec l autorisation de F. Fina et du Pr L. Ouafik

28 Articles 2015 avec co-auteurs marseillais et de Roche 1 Avec Biomarqueurs Clin Cancer Res Mar 15;21(6): PLoS One Mar 19;10(3):e

29 Articles 2015 avec co-auteurs marseillais et de Roche 2 Sur médicament en phase 1 de développement Neuro Oncol Feb 9

30 Academic Alliances network with Roche research 25 on-going partnerships > 19 millions invested since 2009 A collaborative model with mutual benefits

31 Amyotrophie spinale/ olesoxime

32 Doing now what patients need next

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