Laboratoire National de Référence. Bactéries sur autres matrices. Rapport annuel d'activité, année 2013

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1 Laboratoire National de Référence Bactéries sur autres matrices Rapport annuel d'activité, année 2013 A. Introduction Les faits marquants de l'année Les faits marquants de l'année sont : - la contribution de l ARP Anses réalisée en 2012 pour la préparation de l ARP EFSA suite à la détection de Xylella fastidiosa en vergers (olivier, laurier rose et amandier) en octobre 2013 dans le sud de l Italie. - la délégation des analyses de détection de Ralstonia solanacearum sur plantes hôtes adventices - la détection d un nouveau foyer de Clavibacter michiganensis subsp. sepedonicus sur pommes de terre. - le lancement d une thèse cofinancée Anses/région Pays de la Loire sur la caractérisation de Pseudomonas syringae pv. actinidiae en janvier les premières analyses de Pseudomonas syringae pv. actinidiae sur végétaux asymptomatiques (plan de contrôle) B. Activités de développement, d'analyse et d'est 1. Méthodes disponibles au LNR 1.1. INDICATEUR COP Référence n 1 Indicateur COP Référence n 1-i) Précisez ici le nombre de méthodes développées ou révisées que vous avez proposées à l autorité compétente au cours de l année N 1

2 2 Donner le nom et une brève description de chacune de ces méthodes Méthode officielle d analyse MOA 027 parties A et B : Xylophilus ampelinus. Méthode officielle d analyse MOA 030 parties A, B, C : Xanthomonas axonopodis pv. phaseoli Indicateur COP Référence n 1-ii) Précisez ici le nombre de méthodes développées ou révisées qui sont susceptibles d être prêtes pour être proposées à l autorité compétente au cours de l année N+1 1 Donner le nom et une brève description de chacune de ces méthodes Révision de la méthode officielle BH/06/01 version a Clavibacter michiganensis subsp. michiganensis 1.2. Matériels biologiques ou chimiques, matériaux de référence et échantillons et souches d'intérêt Décrire ici les collections d'échantillons biologiques ou d'autre nature (environnement, aliment...) conservés par le LNR; indiquer les méthodes de conservation, la température, le nombre de "repositories", le nombre d'échantillons par souche, l'enregistrement associé...). Le LNR Bactéries phytopathogènes d Angers maintient une collection de bactéries phytopathogènes sous forme congelée à environ -80 C correspondant à 80 espèces / sous-espèces. Ces souches ont été isolées par le LNR à partir des échantillons, qu elles soient organismes de quarantaine (OQ) ou non organismes de quarantaine (NOQ) ou fournies par des tiers pour identification ou en provenance de collections nationales ou internationales. 190 souches de 13 espèces différentes ont été entrées en collection en 2013, dont 160 provenant d isolats sur échantillons réalisés par le laboratoire. Nombre de souches/échantillons reçu(e)s et mises en collection dans l'année 190 2

3 Nombre de souches/échantillons maintenus au total Activités d'analyses de première intention pour l'année N Nombre d'analyses de première intention réalisées dans l'année, de biotypie, sérotypie, caractérisation moléculaire Détaillez ici par type d'analyse de première intention Les trois principales analyses de première intention portent sur : - La détection d Erwinia amylovora sur échantillons asymptomatiques par immunofluorescence et isolement avec 227 analyses. - La détection de Pseudomonas syringae pv. actinidiae sur kiwi par isolement et identification de la souche avec 542 analyses (dont 33 sur échantillons sans symptôme), - La détection de Ralstonia solanacearum (toutes matrices) avec 527 analyses, 3. Activités de confirmation et activités de laboratoire expert 3.1. Analyses de seconde intention Nombre d'analyses de seconde intention réalisées dans l'année, de biotypie, sérotypie, caractérisation moléculaire Détaillez ici par type d'analyse de confirmation Ralstonia (20), Cms (3), Cmm (3), Xap (1) et 143 analyses en doublons Erwinia amylovora (125) et Ralstonia plantes adventices (18) Taux de confirmations par type d analyse (= nombre d analyses confirmées / nombre d analyses de seconde intention réalisées) 89% 3

4 3.2. Activités de production et de contrôle de matériaux de référence et de réactifs biologiques, contribution à l inspection, AMM Le LNR produit-il et fournit-il des réactifs? Le LNR fournit-il des matériaux de référence? Oui Quelles sont les bases réglementaires, normatives ou infra-réglementaires (notes de service)? Note de service DGAL.SDPRAT/NS Quels sont les types de matériaux de référence (MRE, MRI, contrôles positifs ou négatifs, autre) produits et fournis? contrôles positifs Quel est le format (sérum, souche, produit chimique, autre) de ces matériaux de référence? ADN, macérat et/ou suspension inactivé(es) Quel est le nombre de lots produits et fournis par an? (moyenne sur les 5 dernières années) 30 Quelles sont les quantités produites/fournies par lot? (moyenne sur les 5 dernières années) 2 Estimez le temps consacré à la production/mise à disposition? (moyenne sur les 5 dernières années) 4

5 6 jours Quels contrôles internes réalisez-vous sur ces matériaux de référence? au préalable en immunofluorescence et/ou par amplification génique avant transmission. A quels clients fournissez-vous ces matériaux de référence? laboratoires agréés + 4 partenaires scientifiques Sous quelles conditions fournissez-vous ces matériaux de référence (à la demande, à titre gracieux, autres)? à titre gracieux Le LNR réalise-t-il des contrôles de réactifs commerciaux? 4. Analyse de l'évolution des tendances en termes d'activité Détaillez ici l'analyse de l'évolution des tendances en termes d'activité (augmentation, diminution... sur les 5 dernières années) La part d analyses de première intention tend à diminuer du fait de la délégation progressive de lignes d analyses auprès du réseau de laboratoires agréés, les analyses de confirmation en doublon (suivi des laboratoires), gestion de foyers ou émergences augmentant en parallèle, mais dans des proportions différentes. Une baisse globale de 16% des analyses est observée en bactériologie entre 2012 et 2013, en particulier sur les analyses de première intention déléguées : Ralstonia solanacearum et Clavibacter michiganensis subsp. sepedonicus sur pomme de terre, Ralstonia solanacearum sur plantes hôtes adventices, Clavibacter michiganensis subsp. michiganensis sur semences de tomate et Erwinia amylovora sur échantillon symptômatique. Une diminution des analyses est également observée pour Xylella fastidiosa et Xanthomonas pelargonii. La facturation des analyses pour PPE a contribué à la baisse des demandes d analyses (X. pelargoni par exemple) et devrait se poursuivre en 2014 sur les analyses de plans de contrôle (E amylovora / asymptomatiques en particulier). Le nombre d analyses de deuxième intention est en légère diminution : 170 analyses 5

6 en 2013 (194 analyses en 2012) dont 125 analyses en doublons pour recherche d Erwinia amylovora, 18 analyses en doublons pour recherche Ralstonia solanacearum sur plantes hôtes adventices et 27 analyses de confirmation de Ralstonia solanacearum ou Clavibacter michiganensis subsp. sepedonicus sur pomme de terre et Clavibacter michiganensis subsp. michiganensis sur semences de tomate. Deux nouvelles prestations ont été réalisées sur semences de riz: recherche de Xanthomonas oryzae pv. oryzae et Xanthomonas oryzae pv. oryzicola. 5. Activités d'expertise scientifique et technique 5.1. Demandes d expertise scientifique et technique du ministère (chargé de l agriculture, santé, etc ) ou d instances communautaires et internationales qui concernent votre domaine de compétence Nombre de rapports d'est rendus dans l'année Autres expertises Les membres de l'équipe du LNR peuvent avoir des activités d'expertise (internes: CES, GT ou externe: EFSA...) ou des activités auprès de commissions de normalisation (Afnor...). Détaillez ici ces activités et estimez le temps qui y est consacré. - Demande d expertise de la DGAL et de l OEPP sur : le projet de NIMP , protocole de détection de Xanthomonas fragariae - Demande d expertise de la DGAL et de l OEPP sur le projet de NIMP : protocole de détection de Xanthomonas citri subsp citri. - Jumelage UE-Ukraine : réalisation de missions de formation en Ukraine (3 semaines) et accueil d une stagiaire pendant 15 jours - Participation et accueil pour les formations des inspecteurs SRAL au diagnostic des plantes maraichères (FORMCO) et aux agréments des laboratoires relatifs à la directive 2008/61/CE. - Rédaction d une note, à la demande du BSSV, sur les formes viables mais non cultivables (VBNC) de Ralstonia solanacearum. - Réponse à demande d expertise de la DGAL sur les protocoles OEPP en préparation du groupe de travail pour l'étude de la réglementation phytosanitaire (17 au 20 juin) et dans le cadre de la consultation des états membres avant adoption du protocole visant Pseudomonas syringae pv. actinidiae - Réponse à demande d information de la DGAL sur la possibilité de tester des semences de courgette et laitue selon les exigences du Mexique pour Pseudomonas 6

7 marginalis pv. marginalis. Pseudomonas syringae pv. actinidiae et PM 7/98 (Specific requirements for laboratories preparing accreditation for a plant pest diagnostic activity) Dossiers de demande d'agrément Nombre de dossiers de demande d'agrément étudiés dans l'année 1 Détaillez ici ces activités et estimez le temps qui y est consacré. Délégation de la détection de Ralstonia solanacearum sur plantes hôtes adventices Rédaction de l appel à candidature. C. Animation du réseau de laboratoires officiels 5.4 Organisation d'eila INDICATEUR COP Référence n 2 Indicateur COP Référence n 2-a. Précisez ici le nombre d'eila organisés par le LNR au cours de l année N 0 Ces EILA ont-ils été réalisés selon la norme (avec ou sans accréditation)? Si vous n'êtes pas accrédité 17043, avez-vous bénéficié d'un audit interne? Détaillez ici le nombre de laboratoires ayant participé pour chaque EILA; le nombre de laboratoires ayant obtenu des résultats défavorables pour chaque EILA; les actions mises en œuvre pour l'identification des causes et des mesures correctives 7

8 Indicateur COP Référence n 2-a. Précisez ici le nombre d'eila que vous prévoyez d'organiser au cours de l année N+1 2 Indicateur COP Référence n 2-a. Ces EILA sont-ils réalisés selon la norme avec ou sans accréditation? Indicateur COP Référence n 2-b. Précisez ici le nombre d'eil (hors EILA - dont EILV en lien avec méthodes en cours de validation telles que précisées dans le paragraphe 1.1) organisés par le LNR au cours de l année N 1 Détaillez ici le nombre de laboratoires ayant participé pour chaque EIL(hors EILA) 20 participants Indicateur COP Référence n 2-b. Précisez ici le nombre d'eil (hors EILA) que vous prévoyez d'organiser au cours de l année N+1 2 Indicateur COP Référence n 3. Le cas échéant, indiquez que le système qualité en référence à la norme NF EN ISO/CEI est en place en cours de développement Précisez s'il a été évalué par audit interne 5.6. Formation, organisation d'ateliers, accueil de stagiaires 8

9 Nombre de journées d'échange et de restitution rassemblant les laboratoires agréés du réseau organisées dans l'année 1 Détaillez ici ces activités et indiquez le nombre de participants par atelier 40 participants restitution des EILA et présentation d'informations techniques Nombre de sessions de formation des personnels des laboratoires agréés aux méthodes utilisées pour les contrôles officiels que le LNR a organisées dans l'année 1 Détaillez ici ces activités et indiquez la durée moyenne des sessions et le nombre de participants par atelier Dans le cadre de la détection d Erwinia amylovora et suite à la mise en évidence d un défaut de sensibilité du laboratoire sur la campagne de suivi en doublons de l été 2012, une session de 4 jours (avant la campagne 2013) : 4 participants du laboratoire agréé Activités de conseil aux professionnels Détaillez ici ces activités et estimez le temps qui y est consacré - Le LNR a été sollicité pour apporter un appui aux professionnels, en participant à un comité scientifique et technique sur la bactériose du kiwi. - Réunion avec FNAMS (Fédération Nationale des agriculteurs multiplicateurs de semences), UFS (Union Française des semenciers) concernant Candidatus Liberibacter solanacearum pour montage de projets - Réunion partenaires GT Candidatus Liberibacter solanacearum 04/11/2013 (FNAMS, Ctifl, UFS, Prograines, ANSES). Co-pilotage ANSES (M Loiseau)/FNAMS (E. Laurent) 5.8. EILA auxquels le LNR a participé dans l'année Détaillez les EILA auxquels vous, en tant que LNR, vous avez participé dans 9

10 l'année 0 participation D. Participation aux activités de surveillance 6. Existence et gestion d'un réseau 6.1. Indiquer si le LNR est intégré à un (ou des) dispositif(s) de surveillance? Oui, plusieurs A combien de dispositifs de surveillance le LNR est-il intégré? Indiquer qui est le gestionnaire de ce dispositif DGAl / SDQPV / BSSV 6.3. Préciser si d'autres unités/entités de l'agence sont intégrées dans ce dispositif à vos cotés 7. Les partenaires et acteurs de ce dispositif de surveillance Sont acteurs ou partenaires de ce dispositif (plusieurs réponses possibles) : Le réseau de laboratoire du LNR 8. Modalités de surveillance Préciser si ce dispositif repose (plusieurs réponses possibles) : 10

11 Sur des modalités de surveillance programmées (active) 9. Autres activités du LNR en matière de surveillance En dehors des aspects analytiques, quelles sont les autres activités auxquelles le LNR (avec éventuellement les autres unités de l'agence impliquées) participe dans le cadre de la surveillance? (plusieurs réponses possibles) Appui scientifique et technique E. Activités de recherche en lien avec l activité de référence Recherches méthodologiques pour la référence Détaillez ici les recherches méthodologiques que vous avez réalisées dans l'année : objectifs, partenariats, apports du LNR, projets retenus dans le cadre d'appels à projets... Les travaux de recherches méthodologique ont porté sur : - La caractérisation de souches de Pseudomonas syringae pv. actinidiae agent du chancre bactérien du kiwi : évaluation des tests de pouvoir pathogène et des méthodes d extraction d ADN (première année du projet CasDar). - La finalisation des travaux de validation d une méthode de détection d'une bactérie émergente en Europe et polyphage (Xylella fastidiosa) sur café et agrumes grâce aux projets de partenariat Anses/INRA/Nestlé et Anses/CIRAD/FREDON/MAAF avec financement européen «Poseidom-2013». - L évaluation de méthodes de détection de Clavibacter michiganensis subsp. insidiosus sur semences de luzerne (stagiaire licence professionnelle BAEMOVA, Angers) - La participation à un projet européen Eupresco II PHYLIB (Liberibacter et Phytoplasmes). - L évaluation d une PCR d identification de souches de Xanthomonas arboricola pv. pruni (Pagani et al., 2004) - La rédaction de la partie A pour la préparation des échantillons de tubercules de pomme de terre et plantes hôtes adventices du projet de méthode française pour la détection de Ralstonia solanacearum et Clavibacter michiganensis subsp. sepedonicus. - Le lancement des essais de transmission par la semence de carotte de Candidatus Liberibacter solanacearum. 11

12 F. Liste des publications et communications dans le cadre du mandat Publications de l'année destinées aux professionnels (Les publications qui figureront dans le rapport doivent être sous presse ou publiées.) Rapport final convention INRA-Nestlé-Anses. Décembre 2013 Communications nationales de l'année (Les publications qui figureront dans le rapport doivent être sous presse ou publiées.) - Loiseau, M. Renaudin, I.Gentit, P. (2013) «Candidatus Liberibacter solanacearum», une menace pour les cultures françaises? Rencontre phytosanitaire Ctifl-SDQPV légumes et fraise Lanxade (FR) - Pascaud, F., Latour, F., Laurent, E., Morel, E., Loiseau, M., Villeneuve, F French situation regarding carrot psyllids and presence of phytoplasma and Liberibacter in carrot fields. IOBC-WPRS Working Group "Integrated Protection of Field Vegetables". Lanxade (FR) Communications internationales de l'année (Les publications qui figureront dans le rapport doivent être sous presse ou publiées.) - Cunty,A., Rivoal, C., Audusseau, C., Paillard, S., Poliakoff, F., Vanneste, J.(2013) Characterization of Psa strains isolated in France. First International Symposium on bacterial canker of Kiwifruit (Psa). Mt Maunganui, New Zealand. ISHS. - Legendre, B., S. Mississipi, V. Olivier, E. Morel, D. Crouzillat, M. A. Jacques and F. Poliakoff. (2013). Evaluation of PCR methods for detection and identification of Xylella fastidiosa in Coffea sp. plant. The 19th Australasian plant pathology conference. Auckland, New Zealand, APPS. - Legendre, B., S. Mississipi, V. Olivier, E. Morel, D. Crouzillat, M. A. Jacques, F. Poliakoff, and C. Manceau. (2013). Identification and Characterization of Xylella fastidiosa Isolated from Coffee Plants in France. Pierce's Disease Research Symposium : 85. Sacramento, Californie. - Loiseau, M., Garnier, G., Boirin, V., Merieau, M., Leguay, A., Renaudin, I., Renvoise, JP., Gentit, P., Poliakoff, F. (2013) First report of Candidatus Liberibacter solanacearum in carrot in France. The 19th Australasian plant pathology conference. Auckland, New Zealand, APPS 12

13 - Mathis, R., Fricot, C., Larenaudie, M., Audusseau, C., Olivier, V., Gentit, P., Germain, R., Baldwin, T., Quillevere, A., Rolland, M., Grimault, V. (2013) Clavibacter michiganensis subsp. michiganensis: optimization of detection in seed and effect of seed treatment on efficiency of detection methods. 4th international symposium on tomato diseases - Orlando (Florida) ISHS. - Nice, F., Cunty, A., Audusseau, C., Paillard, S., François, C., Rivoal, C., Poliakoff, F. (2013). Pseudomonas syringae pv actinidiae (Takikawa et al., 1989) in France: evaluation of detection methods and survey of the disease. The 19th Australasian plant pathology conference. Auckland, New Zealand, APPS. - Poliakoff, F., Nice,F., Cunty,A., Rivoal, C., Audusseau, C., Paillard, S., François,C., Morris,C. (2013). Evaluation of methods of detection and pathogenicity tests for an efficient diagnosis of Psa on Actinidia sp. First International Symposium on bacterial canker of Kiwifruit (Psa). Mt Maunganui, New Zealand. ISHS. G. Activités du LR-UE Avez-vous également des activités de LR-UE? H. Détention d'autres mandats de référence Le LNR détient-il d'autres mandats de référence dans le même domaine de compétences 13