Novembre 2013 Numéro 13 MEMBERS NEWS Restons informés!

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1 MEMBERS NEWS Restons informés! L Institut Pasteur et la Fondation Mérieux initient un atelier sur la menace MERS-CoV Sommaire Il y a encore beaucoup d aspects inconnus du nouveau coronavirus responsable du syndrome respiratoire du Moyen- Orient (MERS-CoV), qui a été identifié pour la première fois en Arabie Saoudite en septembre À l échelle mondiale, jusqu à présent, l OMS a signalé 160 cas confirmés en laboratoire d infection par le MERS-CoV, parmi lesquels 68 décès. Une meilleure compréhension de l origine du MERS-CoV et de son épidémiologie est essentielle pour développer des stratégies de prévention. L Institut Pasteur et la Fondation Mérieux ont réuni les plus grands experts européens au centre de congrès des Pensières pour discuter de ces questions lors d un atelier qui a eu lieu le 8 octobre Albert DME Osterhaus de l Université ERASMUS, Christian Drosten de l Université de Bonn et Jean-Claude Manuguerra et Arnaud Fontanet de l Institut Pasteur ont animé les sessions. Le MERS-CoV (Middle East Respiratory Syndrome Coronavirus) a un très fort pouvoir pathogène. Il provoque des pneumonies sévères et peut également entraîner des insuffisances rénales et affecter le fonctionnement d autres organes viscéraux. L issue est souvent fatale. L OMS engage tous les États Membres à poursuivre leur surveillance des infections respiratoires aiguës sévères (IRAS) et notamment le MERS-CoV. L Institut Pasteur et la Fondation Mérieux initient un atelier sur la menace MERS-CoV Nouveau test pour le MERS-CoV développé pour GABRIEL Le Laboratoire Christophe Mérieux et la lutte contre l épidémie H7N9 Recherches sur les mycoses tropicales au Centre d Infectiologie Charles Mérieux de Madagascar Participation du Laboratoire Rodolphe Mérieux de Bamako au diagnostic de routine des mycobactéries et à la mise à jour de la base de données Tuberculose Contrôles qualité de tests VIH réalisés au Laboratoire Rodolphe Mérieux de Bamako 2ème Atelier National sur les Hépatites, Vientiane, Laos Stage sur les vaccins viraux: conception et développement 6e atelier national de formation «Suivi virologique chez les enfants et les adultes infectés par le VIH» A vos agendas! Publications des membres GABRIEL depuis mai /10

2 Nouveau test pour le MERS-CoV développé pour GABRIEL Le Laboratoire Christophe Mérieux et la lutte contre l épidémie H7N9 Le Laboratoire des Pathogènes Emergents de la Fondation Mérieux à Lyon, a mis au point un test moléculaire de PCR en temps réel multiplexe pour le diagnostic du MERS-CoV. Ce test, qui comprend une double détection de deux gènes différents du MERS-CoV a été validé au laboratoire, en terme de spécificité et de sensibilité, sur une souche virale de MERS- CoV fournie par le laboratoire de Virosciences de l université Erasmus-MC à Rotterdam. Une première version du test moléculaire ciblant un seul gène, a été transférée (réactifs et SOP*) à plusieurs laboratoires du réseau GABRIEL : Cambodge, Laos, Chine, Mongolie, Ukraine, Liban, Mali, Madagascar, Haïti, Brésil et Paraguay. Ces laboratoires sont désormais prêts pour effectuer la surveillance du MERS-CoV et faire face à toute éventuelle pandémie. *Procédure opératoire standard Jean-Noël Telles et Milen Milenkov, Laboratoire des Pathogènes Emergents- Fondation Mérieux, Lyon (France) Au cours de cette dernière année, le Laboratoire Christophe Mérieux (CML), en tant que membre de l équipe de réponse aux maladies émergentes de l Institut de Biologie des Agents Pathogènes (IPB) et de l Académie Chinoise des Sciences Médicales à Pékin, a participé à la lutte contre l épidémie de la grippe aviaire H7N9 en Chine. A la demande de la Commission nationale Chinoise de la Santé et du Planning Familial (NCHFP), l équipe du CML s est attelée à de nombreux travaux : la confirmation de l agent étiologique de la maladie, la surveillance du virus H7N9, la réalisation d enquêtes épidémiologiques, le séquençage du génome, la caractérisation de la réponse sérologique contre le virus H7N9 et le suivi du virus depuis son origine. En collaboration avec les Centres provinciaux de Lutte contre les Maladies (CDC), l équipe de l IPB a isolé plusieurs souches de virus en grande partie responsables d infections bénignes et asymptomatiques et elle a réussi à prouver la transmission du virus à l homme. Cette équipe a également caractérisé la réponse immunitaire humorale chez les patients H7N9, ce qui a conduit à démontrer l existence d une réponse neutralisante à un niveau relativement faible et tardif par rapport à celle déclenchée par la grippe saisonnière et par les infections H5N1. Ces résultats permettent d approfondir les connaissances de la réponse immunitaire de l hôte et de la pathogenèse virale et plus particulièrement, apportent une contribution 2/10

3 au développement de vaccins anti-h7n9. Le CML a également réalisé la culture de souches de virus H7N9 et a préparé des contrôles positifs d ARN viral pour l analyse par PCR. Ces travaux permettent de renforcer la capacité d identifier le virus dans les laboratoires du réseau GABRIEL. L ARN H7N9 est disponible sur demande pour les membres du réseau GABRIEL. Le CML propose également une formation à la réalisation du test de détection et peut apporter un soutien technique si nécessaire. Lili Ren et Jianwei Wang, Laboratoire Christophe Mérieux, Institut de Biologie des Agents Pathogènes et Académie Chinoise des Sciences Médicales (Chine) Recherches sur les mycoses tropicales au Centre d Infectiologie Charles Mérieux de Madagascar Madagascar durant ces deux dernières décennies. Une étude publiée en 1996 rapporte que Madagascar est le pays le plus touché en matière de chromoblastomycose dans le monde. Cependant, il y a un manque de données dû à l absence d étude récente épidémiologique, mycologique et environnementale. Le Centre d Infectiologie Charles Mérieux (CICM) d Antananarivo développe un programme comprenant une étude sur le terrain pour : évaluer la prévalence actuelle de ces deux mycoses à Madagascar, élargir la pratique systématique du diagnostic mycologique, y compris l identification moléculaire dans les structures locales afin de caractériser les agents pathogènes. Une composante environnementale est également incluse dans le programme afin de décrire les habitats de ces champignons et de déterminer les sources de contamination de l environnement. Le profil de sensibilité in vitro des isolats justifiant la nécessité de traitements efficaces, tels que l itraconazole, le voriconazole, le posaconazole ou terbinafine, non disponibles actuellement à Madagascar, sera analysé. Les mycoses tropicales, telles que les chromoblastomycoses et les sporotrichoses, ont été fréquemment rapportées à Ce programme sera réalisé avec la collaboration de l Université d Antananarivo, de l Université Joseph Fourier de Grenoble ainsi que du Centre d Infectiologie Charles Mérieux Antananarivo, Madagascar. Une bourse de Master sera attribuée pour le renforcement des capacités dans ce domaine. 3/10

4 Luc Samison, Bénédicte Contamin, Norosoa Julie Zafindraibe, CICM, Université d Antananarivo (Madagascar), Muriel Cornet, Université Joseph Fourier (France), Lala Ramarozatovo, Faculté de Médecine, Université d Antananarivo (Madagascar) Participation du Laboratoire Rodolphe Mérieux de Bamako au diagnostic de routine des mycobactéries et à la mise à jour de la base de données Tuberculose. Récemment, d importants progrès ont été faits dans le domaine de la biologie moléculaire pour améliorer le diagnostic et la prise en charge de la tuberculose, par la réalisation de tests d identification et de sensibilité aux antituberculeux. Afin de mettre à jour sa base de données sur les mycobactéries, le Laboratoire Rodolphe Mérieux a utilisé des cultures positives obtenues de janvier 2008 à 2011 chez des patients souffrant de tuberculose. Les cultures ont été réalisées en milieux liquide (BacT/ALERT 3D) à partir de 39 expectorations, 5 liquides pleuraux (dont 2 liquides de ponction + 2 liquides articulaires + 1 liquide d ascite) et 4 pus. A partir de ces cultures, une extraction d ADN a été réalisée pour des études moléculaires. Un total de 48 échantillons d ADN a ainsi pu être obtenu et seront utilisés pour la mise à jour de la base de données en particulier, pour ce qui concerne les données de résistance. Une autre série de 36 prélèvements correspondant à 28 expectorations, 4 pus et 4 liquides de patients de 2012 à 2013, a été analysée après mise en culture (BacT/ALERT 3D) par les techniques suivantes : microscopie BAAR, culture sur milieux de Löwenstein Jensen et test de HAIN (GenoType MTBDRplus). Les résultats obtenus ont pu montrer que 19 prélèvements sur 36 contenaient des mycobactéries du complexe tuberculose avec 2 cas de multirésistance (MDR). Les 17 échantillons restants contenaient des mycobactéries atypiques. L activité de routine permet le suivi de la circulation des souches MDR. Ces nouveaux outils moléculaires permettront une meilleure caractérisation des mycobactéries et l implémentation de nouvelles études épidémiologiques. Grâce à la Fondation AnBer, le laboratoire a pu acquérir un imageur de gel, qui sera utilisé pour les techniques de diagnostic et en particulier pour la détection des résistances au traitement de la tuberculose au Mali. Souleymane Diallo, Centre d Infectiologie Charles Mérieux de Bamako (Mali) Contrôles qualité de tests VIH réalisés au Laboratoire Rodolphe Mérieux de Bamako Le Laboratoire Rodolphe Mérieux de Bamako au Mali a réalisé le contrôle qualité des résultats de tests VIH, effectués par l Institut National de Recherche en Santé Publique (INRSP). Ces tests ont été réalisés dans le cadre de l Enquête Démographique de Santé de /10

5 Des échantillons de goutte de sang prélevées dans la population générale sur papier buvard (Dry Blood Spot ou DBS) ont été testés par l INRSP. Le Laboratoire Rodolphe Mérieux a contrôlé les résultats avec la méthodologie suivante : des disques de 6mm de diamètre ont été découpés à partir de la goutte de sang desséchée sur papier buvard avec un dispositif limitant les risques de contamination, puis l élution des disques a été réalisé dans un tampon approprié selon le protocole du CDC. étant «indéterminé». Le contrôle de qualité des échantillons (sérum) récoltés dans le cadre de la surveillance sentinelle du VIH chez les femmes enceintes a été également réalisé. Les échantillons de sérum ont été testés avec le réactif Murex HIV : les échantillons ayant un résultat positif ont fait l objet d une confirmation par le test ImmunoComb II HIV1&2 BiSpot. Les échantillons ayant un résultat discordant, sont testés par Vironostika VIH Uni-Form II Plus O. Le Laboratoire Rodolphe Mérieux de Bamako participe également à l Evaluation Externe de Qualité des tests de sérologie du VIH à partir d échantillons DBS, organisée par le CDC. Au Mali, la prévalence du VIH est passée de 1.7 à 1.3 selon les données des EDS réalisées en 2001 et Tous les DBS ont été testés en ELISA avec le kit Vironostika HIV Ag/Ab, et les résultats obtenus ont été confirmés avec le kit Enzygnost HIV Intégral II. Les DBS négatifs avec les deux tests ont été considérés comme négatifs. Les DBS positifs avec les deux tests ont été considérés comme positifs. Les DBS dont les résultats étaient discordants entre ces deux tests, ont été de nouveau testés par la technique du Western Blot (Test HIV Blot 2.2). Un cas de résultat discordant sur 283 a été observé et a été trouvé Ag P24 Positif par Western Blot : le résultat a été rendu comme La goutte de sang desséchée sur papier buvard est une méthode de prélèvement approuvée pour la recherche des anticorps du VIH. Ce système de collecte, de transport et de stockage permet de réaliser le contrôle qualité dans les pays à ressources limitées. Il est utilisé notamment par des laboratoires qui font partie de RESAOLAB (Réseau d Afrique de l Ouest des laboratoires de biologie médicale). Souleymane Diallo, Centre d Infectiologie Charles Mérieux de Bamako (Mali)li 5/10

6 2ème Atelier National sur les Hépatites, Vientiane, Laos sérologiques (antigènes HBs/HBe et anticorps anti HBs/HBc/HBe) qui amélioreront le diagnostic et le suivi des patients atteints d hépatite B, génotypage des virus B et C qui joue un rôle majeur pour la décision de mise sous traitement des patients. Le 2ème Atelier national sur les hépatites s est tenu au Centre d Infectiologie Christophe Mérieux du Laos (CICML) du 4 au 6 septembre Le Vice-Ministre de la Santé, le Pr Som Ock Kingsada a ouvert cette manifestation qui a réuni 70 participants, venus de 17 provinces du Laos. Les Pr Dény, Trépo et les Docteurs Datti et Jourdain étaient parmi les experts qui ont partagé leurs connaissances avec les médecins laotiens. Il fait suite à la 1ère édition qui s était tenue en mars Les objectifs de cette conférence étaient le renforcement des connaissances sur les hépatites, la prévention de la transmission et la prise en charge de la maladie. Le Dr Paboriboune, Directrice Scientifique du CICML a présenté les activités du centre dans le domaine des hépatites : Tout au long de cet atelier, des rappels ont été faits sur l évolution naturelle de la maladie vers la fibrose puis la cirrhose, la prévalence et le poids des hépatites pour le système de soins et sur les meilleurs moments pour initier les traitements en respectant un certain nombre de critères biologiques et immunologiques. Cette conférence a permis de mettre en évidence la prescription au Laos du Cycloféron présenté comme étant un traitement de l hépatite B mais dont l efficacité est absolument nulle. Les experts ont donc appelé les participants à ne pas prescrire ce médicament pour le traitement du VHB. Après 3 jours de discussions constructives et d échanges autour d étude de cas cliniques, la reconduite de l événement a été décidée pour Phimpha Paboriboune et Laurent Malato, Centre d Infectiologie Christophe Mérieux du Laos Stage sur les vaccins viraux: conception et développement charge virales B et C (~700 patients suivis), disponibilité prochaine des marqueurs Une formation de cours théoriques et pratiques d une durée d une semaine a été organisée du 23 au 27 septembre 6/10

7 par l Instituto de Investigaciones en Ciencias de la Salud de l Universidad Nacional de Asunción du Paraguay. Le but était de former les chercheurs et professeurs universitaires dans tous les domaines liés aux vaccins : essais vaccinaux, nouveaux vaccins, et problématique des vaccins spécifiques (contre l hépatite, la polio, la rougeole, les infections dues aux pneumocoques, la grippe, le VIH, le VPH, le rotavirus et la dengue). Différents sujets théoriques ont été abordés : les systèmes d expression de protéines recombinantes, la génétique inverse et son utilisation dans le développement des vaccins viraux, les données structurelles dans le développement de candidats vaccins et d anticorps protecteurs, les modèles animaux et leur utilisation dans le développement de vaccins, ainsi que l épidémiologie virale et l évaluation de la vaccination. Des discussions ont été menées à partir d articles scientifiques sur ces thèmes. Une formation pratique s est portée également sur les logiciels et les bases de données structurelles servant à l élaboration rationnelle de vaccins (PyMOL, Chimera, I-Tasser ), les baculovirus et les familles d herpès (expression protéique) et sur le modèle du cochon d Inde (évaluation des vaccins). Cette formation a permis de renforcer les programmes de troisième cycle des établissements académiques, tels que l IICS-UNA (Paraguay), l Universidad de la República (Uruguay) et l INTA (Argentine), dans les nouveaux domaines de la biotechnologie et de l innovation. En outre, cinq professeurs et dix étudiants venant du Paraguay et des pays voisins ont pu bénéficier d une formation sur le transfert de la technologie. A ce jour, l IICS est le seul établissement au Paraguay offrant un programme d études supérieures en sciences biomédicales avec une option sur la recherche scientifique et la technologie. Cette formation a été conçue pour présenter l innovation en matière de santé. Elle vient à la suite de celles dispensées en 2011 et 2012 sur «Les protéines recombinantes : les méthodes de production et de purification dans les systèmes de diagnostic». Ces cours sont importants dans la mesure où ils offrent la possibilité d incorporer «la biotechnologie dans le domaine de la santé» dans le programme d études supérieures paraguayen, ce qui aura pour effet d assurer la pérennisation de cette thématique de recherche dans l avenir. Graciela Russomando, Instituto de Investigaciones en Ciencias de la Salud, Universidad Nacional de Asunción (Paraguay) 6e atelier national de formation «Suivi virologique chez les enfants et les adultes infectés par le VIH» - République Démocratique du Laos L atelier «S uivi virologique chez les enfants et les adultes infectés par le VIH» a été 7/10

8 organisé par le Centre d Infectiologie Christophe Mérieux du Laos (CICML), le Programme National SIDA du Laos (CHAS), et ESTHER. Il s est déroulé du 11 au 13 juin 2013 à Vientiane, avec le soutien financier du Fonds Mondial de Lutte contre le SIDA et de la Fondation Mérieux. La formation a été assurée par des experts du Programme national et de plusieurs institutions régionales : CICML, IRD UMI 174- PHPT (Chiang Mai, Thaïlande), Médecins Sans Frontières du Cambodge. Cette rencontre a permis à plus de 50 personnes expérimentées, venant de l ensemble des sites de traitement antirétroviraux du Laos, d améliorer leurs connaissances et d échanger sur des cas cliniques concrets. Cet atelier a débuté par une présentation des différents partenaires et acteurs de la santé, sur la situation de l épidémie du VIH/ SIDA en RDP Lao suivi d un bref rappel des financements apportés par le Fonds Mondial en 2013 pour les tests virologiques. Puis, plusieurs sessions ont eu lieu avec pour thème - la prévention de la transmission du VIH de la mère à l enfant - le diagnostic précoce chez les enfants nés de mères infectées, - la résistance aux médicaments antirétroviraux (ARV) de 1ère, 2ème et de 3ème ligne (inhibiteurs de l intégrase). La rencontre s est terminée par des études de cas cliniques concrets permettant le partage d expérience. Depuis juin 2009 jusqu à ce jour, le CICML a réalisé tests de suivi virologique, correspondants à patients, ce qui représentent 91% des patients sous ARV dans le pays. Cent douze patients ont reçu des tests de résistance, parmi eux 100 présentent une résistance aux ARVs. Parmi les 137 enfants de moins de 18 mois ayant fait le test de diagnostic précoce, 22 sont infectés par le VIH. Grâce à un financement du Fonds Mondial et de la Fondation Mérieux, le Programme National et le CICML vont pouvoir pérenniser cet évènement. Un 7eme atelier est prévu en avril Phimpha Paboriboune, Centre d Infectiologie Christophe Mérieux du Laos A vos agendas! 3 décembre Un webinar (séminaire internet) est proposé par la société Qiagen sur le thème du typage automatisé de la souche MIRU- VNTR, développé au Laboratoire des Pathogènes Emergents à Lyon. Animé par Marie Gauthier, qui a piloté le projet au LPE, le webinar s intitule «A Novel Approach for Automation of MIRU-VNTR Typing of Mycobacterium tuberculosis». Pour plus d information et inscription, voir le site : webinars/qiaxcel-tb-typing-9am/ 8/10

9 10 au 13 décembre La 6ème réunion annuelle du réseau GABRIEL aura lieu au Centre de conférences Les Pensières, à Veyrier du Lac. Plus de 90 participants de 20 pays se réuniront pour partager leurs expériences et discuter de leurs résultats sur la tuberculose multi-résistante et sur les infections respiratoires basses. Cette année, des experts internationaux interviendront sur des thématiques telles que biomarqueurs des fièvres, paludisme, typhoïde, méningites, maladies tropicales négligées, et virus émergents MERS-CoV et H7N9. Publications 2013 des membres GABRIEL Dependence of Efavirenz- and Rifampicin- Isoniazid Based Antituberculosis Treatment Drug- Drug Interaction on CYP2B6 and NAT2 Genetic Polymorphisms: ANRS Study in Cambodia. Julie Bertrand, Céline Verstuyft, Monidarin Chou, Laurence Borand, Phalla Chea, Kuy Huong Nay, François-Xavier Blanc, France Mentré, Anne-Marie Taburet, and the CAMELIA Study Group. J Infect Dis. (2013) doi: /infdis/jit466. early/2013/10/16/infdis.jit466. abstract?sid=9408b820-08f7-442b-aeb8- a2e3cb4fd9c7 Resistance of Mycobacterium tuberculosis to antibiotics in Lao PDR: first multicentric study conducted in 3 hospitals. Iem V, Somphavong S, Buisson Y, Steenkeste N, Breysse F, Chomarat M, Sylavanh P, Nanthavong P, Rajoharison A, Berland JL, Paboriboune P. BMC Infect Dis Jun 19;13(1):275. Molecular epidemiology of norovirus strains in Paraguayan children during : Description of a possible new GII.4 cluster. Galeano ME, Martinez M, Amarilla AA, Russomando G, Miagostovich MP, Parra GI, Leite JP. J Clin Virol Aug 7. pii: S (13) Phylogeny-based classification of human rhinoviruses detected in hospitalized children with acute lower respiratory infection in Paraguay, Espínola EE, Russomando G, Aquino C, Basualdo W. J Med Virol Sep;85(9): Efficacy of Nitazoxanide Against Clinical Isolates of Mycobacterium tuberculosis. Shigyo K, Ocheretina O, Merveille YM, Johnson WD, Pape JW, Nathan CF, Fitzgerald DW. Antimicrob Agents Chemother Mar 18. [Epub ahead of print]. Assessing whether consent for a clinical trial is voluntary. Horwitz RH, Roberts LW, Seal DW, Joseph P, Maschke KJ, Verdier RI, Nerette S, Pape JW, Fitzgerald DW. Ann Intern Med Feb 5;158(3): Cholera vaccination in urban Haiti. Rouzier V, Severe K, Juste MA, Peck M, Perodin C, Severe P, Deschamps MM, Verdier RI, Prince S, Francois J, Cadet JR, Guillaume FD, Wright PF, Pape JW. Am J Trop Med Hyg Oct;89(4): Predictors of disease severity in patients admitted to a cholera treatment center in urban Haiti. Valcin CL, Severe K, Riche CT, Anglade BS, Moise CG, Woodworth M, Charles M, Li Z, Joseph P, Pape JW, Wright PF. Am J Trop Med Hyg Oct;89(4): Human enterovirus genotype C104, China. Xiang Z, Xie Z, Wang Z, Ren L, Xiao Y, Li L, Vernet G, Paranhos- Baccalà G, Shen K, Wang J. Emerg Infect Dis Apr;19(4): on+of+human+enterovirus+genotype+c104 9/10

10 Multiple genomic recombination events in the evolution of saffold cardiovirus. Ren L, Xiao Y, Li J, Chen L, Zhang J, Vernet G, Wang J. PLoS One Sep 23;8(9):e Chronic hepatitis B liver disease in patients living in the Amazon region: S gene mutations and genotypes characterization. Deusilene Vieira, Marie Gauthier, Larissa Deadame de Figueiredo Nicolete, Alcione Oliveira dos Santos, Carina Picelli, Eduardo Honda, Glaucia Paranhos-Baccalà, Guy Vernet, Juan Miguel Salcedo. World Journal of Cardiovascular Diseases, 2013, 3, Lack of variant specific CD8+ T-cell response against mutant and pre-existing variants leads to outgrowth of particular clones in acute hepatitis C. Ulsenheimer A, Paranhos-Baccalà G, Komurian-Pradel F, Raziorrouh B, Kurktschiev P, Diepolder HM, Zachoval R, Spannagl M, Jung MC, Gruener NH. Virol J Sep 28;10(1):295. Favorable outcomes for multidrug and extensively drug resistant tuberculosis patients undergoing surgery. Vashakidze S, Gogishvili S, Nikolaishvili K, Dzidzikashvili N, Tukvadze N, Blumberg HM, Kempker RR. Ann Thorac Surg Jun;95(6): Potential implication of new torque teno mini viruses in parapneumonic empyema in children. Galmès J, Li Y, Rajoharison A, Ren L, Dollet S, Richard N, Vernet G, Javouhey E, Wang J, Telles JN, Paranhos-Baccalà G. Eur Respir J Aug;42(2): /10

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