Détection et prise en charge de la résistance aux antirétroviraux

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Angélique Vinet
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1 Détection et prise en charge de la résistance aux antirétroviraux Jean Ruelle, PhD AIDS Reference Laboratory, UCLouvain, Bruxelles Corata 2011, Namur, 10 juin 2011

2 Laboratoires de référence SIDA (Belgique) Laboratoires de première ligne Echantillons 9 ARC (AIDS reference centers) 7 ARL (AIDS reference laboratories) Confirmation de la positivité (adultes, nouveaux-nés) Suivi du patient infecté: charges virales génotypes Données épidémiologiques ISP / WIV (fédéral)

laboratories) Confirmation de la positivité (adultes, nouveaux-nés) Suivi

3 Le nombre de patients (àsuivre et àtraiter) augmente, y compris en Belgique

4 Le développement des antirétroviraux

5 L impact des antirétroviraux sur l épidémie du VIH!!! Introduction HAART

6 Les échecs thérapeutiques : causes Toxicité Total Metabolique Patients (%) Echec virologique 30.2 Problèmes d adhd adhérence 14.4 Choix du patient 9.8 Simplification de traitement 9.6 Faible réponse r CD4 4.8 Comorbidités s ou interactions médicamenteuses m potentielles 5.0 Grossesse ou grossesse planifiée 4.3 Traitement non-conforme aux recommendations actuelles 3.4 Trial endpoint 0.7 n=430 patients répartis sur 169 centres de traitement HIV UK et Irlande. Hart E, et al. HIV Med. 2007;8:

8 Comorbidités s ou interactions médicamenteuses m potentielles 5.0 Grossesse ou grossesse planifiée 4.

7 Sélection de souches résistantes Traitement antirétroviral Pas de réplication virale (dans les limites des tests utilisés pour mesurer la charge virale) Réplication virale Sélection de souches résistantes Pas de progression de la maladie (à court ou moyen terme) Progression de la maladie

charge virale) Réplication virale Sélection de souches résistantes Pas

8 Transmission de souches résistantes Diminution observée au cours des dernières années (Vercauteren et al., 2009)

9 Détection de la résistance : méthodes génotypiques Proteas e Reverse Transcriptase Integrase RT-PCR, Séquençage, Comparaison avec souche de référence, Qui génère une liste de mutations

10 Utilisation d algorithmes, interprétation

11 Détermination du tropisme : génotype V3 loop = 35 acides aminés

12 Récepteur et co-récepteur D après E. De Clercq, Nature reviews drug discovery, 2003

13 Algorithmes d interprétation tropisme (génotype) «11-25 rule» : charge des a.a. en position 11 et 25 de la boucle V3 Modèles bio-informatiques, les plus documentés sont : Geno2Pheno co-receptor system (support vector machine) Fortinbras PSSM (position-specific scoring matrix) WebPSSM

14 Limites du génotype Détection de variants minoritaires: Le séquençage de population ne permet pas de détecter un variant sous le seuil de 20% Beaucoup de mutations de résistance impliquent une perte de capacité réplicative pour le virus : sont «désélectionnés» en l absence de traitement.

Beaucoup de mutations de résistance impliquent une perte de capacité

15 Limites du génotype Requiert une expertise importante : relecture des électrophérogrammes (corrections fréquentes du consensus donné par le logiciel), interprétation Analyse longue et coûteuse

16 Phénotype : culture en présence de médicament Pas en routine clinique Nécessite laboratoire BL3 Plus coûteux que génotype TAT très élevé

17 Un exemple de test phénotypique : Détermination du tropisme par le TROFILE ASSAY Monogram

18 Autres technologies : deep sequencing Avantages : Limite de détection des variants minoritaires beaucoup plus basse Possibilité de lier la présence de mutations entre elles si longueur des reads suffisantes (haplotype) Inconvénients : Relevance clinique des variants rares (cutoff) inconnue dépend de la CV et de la mutation Quantité de données : nécessité d une analyse bioinformatique Hedskog et al., Plos One 2010

suffisantes (haplotype) Inconvénients : Relevance clinique des variants rares (cutoff) inconnue dépend

19 Autres technologies : PCR allèles-spécifiques Nombreux protocoles publiés de PCR multiplex, ou de High Resolution Melting Excellente sensibilité N est pas applicable en routine pour la recherche de toutes les mutations impliquées dans la résistance ( > 100 mutations!) Hauser et al, AAC 2009

sensibilité N est pas applicable en routine pour la recherche de toutes

20 Indications du test Génotype PR/RT échec thérapeutique nouveau diagnostic grossesse Génotype IN échec thérapeutique sous R/ incluant INI Génotype gp120/v3 (tropisme) lorsque traitement avec antagoniste CCR-5 est envisagé échec thérapeutique sous R/ incluant MVC

incluant INI Génotype gp120/v3 (tropisme) lorsque traitement avec

21 Que faire du résultat? Les résultats des génotypes vont permettre d adapter le traitement pour chaque patient Staff «multidisciplinaire» ARL (AIDS reference laboratories) ARC (AIDS reference centers) Autre applications : - Recherche - Épidémiologie (sous-types, résistance, ) - Phylogénie, chaînes de transmission

22 Coût et rationalisation des dépenses Traitements efficaces et sûrs, Médicaments coformulés, bien tolérés et O.D. Tests de laboratoires nombreux permettant un traitement personnalisé

23 Conclusions Prise en charge de la résistance aux antirétroviraux évolue : nouvelles classes de médicaments, nouvelles associations adaptation des tests au laboratoire en fonctions ARV nouvelles technologies disponibles Génotype est la méthode de choix en routine Surveillance de la résistance à poursuivre : en Europe : génotype des patients naïfs toujours utile? en Afrique : évaluer si la résistance est un problème

24 Merci pour votre attention!

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