Le Réseau français pour la santé végétale RFSV

Transcription

1 Le Réseau français pour la santé végétale RFSV

2 Le Réseau Français pour la Santé Végétale-RFSV Le site internet du RFSV François Brun (ACTA)

3 Le site Internet du RFSV un site Internet pour faire connaître le réseau, ses partenaires et ses actions pour diffuser les résultats du réseaux Un extranet, avec des outils collaboratifs pour les groupes de travail partage de document, Une unique adresse :

4 Une partie publique Un calendrier Des espaces «extranet» pour les groupes de travail

5 Le Réseau Français pour la Santé Végétale-RFSV Création d une liste des laboratoires d analyses et de leurs compétences Groupe 1 du RFSV Animation : Géraldine Anthoine (Anses-LSV) François Brun (ACTA, appui informatique)

6 Groupe 1: membres Jean-Clément HERNANDEZ, ADILVA Géraldine ANTHOINE, ANSES Olivier DUFOUR, DGAL Denis LUCAS, DGAL Yves LE HINGRAT, FN3PT Jean-Claude STEPHAN, GEVES-SNES Valérie PINCHON, FNLON Réseau des FREDON/ FREDON Picardie Olivier PECHAMAT, FNLON Réseau des FREDON Sam SEDDAS, SEDIAG Vincent POUPARD, SOC François BRUN, ACTA (appui informatique)

7 Groupe 1: Objectifs Création d une liste des laboratoires d analyses et de leurs compétences Délai de conception espéré: 6 mois (été2012) Définition du périmètre de l annuaire les laboratoires réalisant des analyses sur organismes nuisibles, les laboratoires proposant une prestation externe (laboratoire à usage interne exclusif non inclus, exemple laboratoires des semenciers), les laboratoires présents sur le territoire français, métropolitain et ultra marin.

8 Groupe 1: Les actions Depuis avril 2012 Réunion et échanges avec GT2, 4 et 8 pour mutualiser les questionnaires Réunion secrétariat et GT concernés pour développer site web et questionnaires Préparation d une maquette avec l appui de F. Brun (sous moodle) oct àpartir des éléments préparés par le GT1 (en intégrant les éléments de GT4 et 8) -en prenant en compte le formulaire préparépar le GT2-2 questionnaires : identification labo et identification prestations analyse

9 Groupe 1: Les actions Test des questionnaires en ligne par un panel -nov 2012 Anses (A. Chabirand, S. Gamel, C. Rivoal, V. Wilson) Vegepolis Innovation (L. Porcher) FN3PT (Y. Le Hingrat) LDA33 (R. Guillem) et ADILVA (JC Hernandez) GEVES (V. Grimault) SEDIAG (L. Prévotat) FNLON (O. Pechamat) Constats : Difficultés accès mozilla firefox obligatoire Stabilité non garantie risque de perte de données Prise en compte des suggestions et améliorations proposées par le panel dec 2012 Essentiellement, tables de saisie àcompléter, ergonomie des saisies (choix multiples, zones texte), Introduction des questionnaires et explicitation des rubriques peu intuitives (convivialité) Développement des questionnaires sous une autre application

10 Présentation des questionnaires Organisation des questionnaires et liens : Une enquête commune pour l ensemble du réseau => identifier les différents laboratoires et services dans le domaine de la santé du végétal Différentes enquêtes spécifiques => GT1. identification des compétences en analyse des différents laboratoires d analyses (+ éléments pour GT4 & 8) Contrainte: limiter le coût de développement => pour le moment, pas un véritable système de base de données, mais des enquêtes se basant sur l enquête commune pour limiter les saisies d information.

11 Présentation des questionnaires Identification des laboratoires ou services information - administrative - type d activité - interlocuteur

12 Présentation des questionnaires Présentation en pas à pas des questionnaires : Compétences labos

13 Présentation des questionnaires Présentation en pas à pas des questionnaires : Compétences labos

14 Cultures fruitières CF-Arbres fruitiers CF-Petits fruitiers Cultures légumières Présentation des questionnaires CL-Tomate CL-Pomme de terre primeur CF-Agrumes CL-ail Présentation en pas à pas des questionnaires : Grandes cultures CL-oignon Compétences labos GC-Céréales CL-échalote GC-Oléagineux CL-haricot GC-Pomme de terre CL-chou GC-Betterave CL-carotte GC-Protéagineux CL-autre Cultures tropicales Forêt CT-bananier F-Forêt - conifères CT-canne à sucre F-Forêt - feuillus CT-mangue Prairies et gazon CT-vanille Sols et supports de culture Cultures spécialisées Eau CS-plantes d'ornement autre CS-plantes aromatiques CS-tabac Vigne

15 Isolement/ enrichissement sur milieu Caractérisation morphologique Indexage biologique Test pouvoir pathogène Piégeage / test biologique Chambre humide Filtration sélective Test d éclosion Quantification / dénombrement Observation de symptômes/grow out Coloration ELISA Immunofluorescence (IF) Immunoblot PCR/ IC PCR / PCR temps réel Analyse de séquences Hybridation moléculaire Présentation des questionnaires

16 Présentation des questionnaires Présentation en pas à pas des questionnaires : Compétences labos

17 Illustration des résultats Une liste de laboratoires référencés id lab laboratoire service acronyme organisme ville url activite statut GEVES Laboratoire de Pathologie GEVES Beaucouzé Cedex SEDIAG SEDIAG SAS SEDIAG - Longvic Recherche et Développement,Formation,Prestation Analyse ou Diagnostic Recherche et Développement,Prestation Analyse ou Diagnostic LSVRAPT LSV-RAPT ANSES Saint-Pierre Prestation Analyse ou Diagnostic Publique ALEZANCLAIR LDA33 LDA33 ANSES54 Labopratoire de la santé des végétaux - Unité de mycologie CONSEIL GENERAL DE LA GIRONDE ANSES MALZEVILLE Publique PESSAC Prestation Analyse ou Diagnostic Publique FN3PT FN3PTnational FN3PT FN3PT PARIS ANSES49 CITTVS ANSESLSV35 LVD31 Laboratoire de la santé des végétaux- unité de bactériologie, virologie et OGM Végépolys Phytodiagnostic CITTVS Laboratoire de la santé des végétaux Laboratoire Vétérinaire Départemental LVD31 Identifiant unique laboratoire/service GEVES Anses ANGERS cedex 01 Végépolys Innovation (ex Valinov) Unité de nématologie Conseil Général de la Haute- Garonne ANGERS CEDEX 01 Le Rheu Cedex Information laboratoire/service Nom du laboratoire/service Laboratoire de Pathologie Acronyme: Organisme de rattachement GEVES Adresse: 25 rue Georges Morel, CS Code postal: Ville: Beaucouzé Cedex N de téléphone N de fax Adresse courriel valerie.grimault@geves.fr N de téléphone Recherche et Développement,Prestation Analyse ou Diagnostic Site Internet Type d activité Statut de la structure Publique Privé Publique Recherche et Développement,Formation,Prestation Associatif Analyse ou Diagnostic Recherche et Développement,Formation,Prestation Analyse ou Diagnostic Recherche et Développement,Formation,Prestation Analyse ou Diagnostic,Conseil Recherche et Développement,Prestation Analyse ou Diagnostic Recherche et Développement,Prestation Analyse ou Diagnostic Publique N accréditation (COFRAC, ISTA) COFRAC programmes ; ISTA et programme Interlocuteur en santé des végétaux Nom et prénom Grimault Valérie N fax Associatif Publique LAUNAGUET Prestation Analyse ou Diagnostic Publique Adresse courriel valerie.grimault@geves.fr

18 Grandes cultures (GC) Quelle est la matrice concernée? Cultures légumières (CL) nom_lab id_lab matrice bioagresseur methode Si très spécifique, précisez la matrice concernée? GC Pomme de terre Grandes cultures (GC) isolement / enrichissement ELISA sur milieu FN3PTnational FN3PT Virus et viroïdes PCR / IC-PCR / PCR temps réel Cultures légumières (CL) caractérisation morphologique Quelles méthodes utilisez-vous pour ces analyses? Chambre humide Diagnostic Observation de symptômes / Grow out isolement / enrichissement sur milieu morphologie caractérisation morphologique Grandes cultures (GC) FN3PTnational FN3PT Si plusieurs méthodes, précisez les méthodes Cultures légumières (CL) Champignons utilisées Chambre humide pour chaque matrice (plante/culture) Observation de symptômes / Grow out Identifiez-vous des limites à cette méthode d analyse? morphologie Quels besoins d amélioration de cette analyse avez-vous? LDA33 ALEZANCLAIR Vigne Bactéries et phytoplasmes ELISA Si diagnostic PCR / IC-PCR / PCR temps réel LDA33 nom du laboratoire Identifiant laboratoire (voir enquête labo) votre Illustration des résultats FN3PT Quel type d'organisme (bio-agresseur) analysez-vous? des compétences Quel organisme en analysez-vous analyses? et diagnostics identifiées identifié par son nom vernaculaire, scientifique ou éventuellement en groupe d organismes. Exemple : sharka, plum pox virus ou virus dans le cas de diagnostic de virus au sens large. Cultures spécialisées (CS) ALEZANCLAIR Votre prestation Champignons Prairies d analyse et gazon concerne-t-elle des analyses? Quels sont les clients qui vous sollicitent pour du diagnostic? Intervenez-vous sur site? Avez-vous des demandes de diagnostic que vous ne pouvez honorer? Dans le cas de demande de diagnostic non honorée, quelle était la raison? Dans le cas de demande de diagnostic non honorée, vers quel laboratoire réorientez-vous vos clients? FN3PTnational yves.lehingrat@fnpppt.fr Champignons pathogènes fongiques de la pomme de terre Identification de l organisme au niveau genre Identification ELISA de l organisme au niveau espèce, forme spéciale ou race Services officiels Professionnels non oui Manque d expertise sur le domaine LSV ou INRA

19 Groupe 1: Perspectives Mise en ligne de l annuaire : contact des labos déjà listés Février 2013? Validation des données saisies avant accès public en ligne Avril-juin 2013? - format des données recueillies à retravailler? -cohérence des informations recueillies Transfert des données pertinentes vers GT4 et 8 Avril juin 2013? Quels maintien et mise àjour de l annuaire? Liens avec le GT2 non finalisés (cf présentation GT2)