Université Bordeaux Segalen - PACES ED UE9s Mars 2012

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1 Sélectionner les propositions exactes Université Bordeaux Segalen - PACES ED UE9s Mars 2012 QCM 1. La température de fusion (Tm) d une molécule d ADN : A. est mise en évidence par l augmentation d absorbance à 260 nm de la molécule d ADN en solution soumise à un chauffage progressif. B. est la température pour laquelle une molécule d ADN est entièrement sous forme simple brin. C. est d autant plus élevée que la molécule d ADN est riche en bases A et T D. est d autant plus élevée que la molécule d ADN est courte E. diminue lorsque la concentration en sels de la solution d hybridation augmente QCM 2. Concernant l électrophorèse des acides nucléiques A. Au cours d une électrophorèse en gel d agarose, ADN et ARN migrent vers le pôle négatif. B. L électrophorèse en gel d agarose permet de déterminer la taille d un fragment d ADN (nombre de paires de bases). C. La taille de la molécule d ADN est estimée grâce à un marqueur de masse moléculaire dont la taille des fragments est connue. D. La distance de migration est proportionnelle à la masse moléculaire de l ADN analysé. E. Le bromure d éthidium est un agent intercalant qui permet de visualiser les fragments d ADN et d ARN exposés à un rayonnement UV. QCM 3. Concernant la technique d amplification in vitro (PCR) A. La réaction d amplification in vitro (PCR) comporte deux étapes, hybridation et élongation, répétées pendant n cycles. B. Après n cycles, la cible a été théoriquement amplifiée par un facteur 2 n. C. La technique PCR permet d amplifier des quantités minimes d une cible d ADN de séquence inconnue. D. La technique PCR utilise une ADN polymérase thermolabile. E. La technique PCR permet d amplifier directement les molécules d ARN et d ADN. QCM 4. Concernant les techniques de diagnostic génétique, citez celle (s) qui nécessite(nt) l emploi de la technique de PCR A. La dhplc (denaturating high performance liquid chromatography) B. La HRM (high resolution melting) C. L hybridation inverse avec oligonucléotide spécifique d allèle (reverse dot blot) D. Mise en évidence d une délétion par la technique de Southern blot E. La recherche de polymorphisme de répétition multiallélique sur des microsatellites QCM 5. A propos de la technique de séquençage automatique A. Les didésoxynucléotides bloquent l extension du brin d ADN dans lesquels ils sont incorporés B. Le milieu réactionnel contient des didésoxynucléotides en forte proportion (> 50% par rapport aux désoxynucléotides correspondants) C. Cette technique de séquençage nécessite une amorce synthétique et une polymérase D. La séparation des fragments d ADN néosynthétisés se fait par électrophorèse E. Chaque fragment d ADN néosynthétisé est marqué à son extrémité 3 par un didésoxynucléotide fluorescent 1

2 QCM 6. Le principe du clonage Dans une expérience de biologie moléculaire, on veut insérer l ADNc cmyc, contenu dans le plasmide puc18-myc, dans le plasmide pcdna3 afin de faire exprimer la protéine cmyc dans des cellules COS (eucaryotes). puc18-myc A. La première étape du clonage assure l incubation simultanée des deux plasmides avec l endonucléase EcoR1 et la ligase. B. Le clonage de l insert ADNc cmyc dans le site unique de restriction EcoR1 de pcdna3 peut se produire dans les deux orientations mais cela n aura pas de conséquences pour l expression de la protéine. C. Le clonage comporte une étape de transformation. D. L utilisation de l antibiotique ampicilline dans le milieu de culture permet de sélectionner les bactéries contenant les plasmides recombinants contenant l ADNc cmyc E. La protéine cmyc pourra être purifiée à partir des bactéries transformées par le plasmide pcdna3 QCM 7 L'hémochromatose familiale est une maladie autosomique récessive responsable d'une surcharge tissulaire en fer généralisée. La forme la plus fréquente de la maladie est due à deux mutations du gène HFE1 situé sur le chromosome 6 : les mutations C282Y (substitution d une cystéine par une tyrosine en position 282) et H63D (substitution d une histidine par un aspartate en position 63). Les 2 mutations sont détectées par amplification in vitro (PCR) de la portion du gène contenant la mutation et analyse de restriction (RFLP). Pour la position 282, le fragment amplifié a une taille de 415 pb, la mutation introduit un site de coupure pour l enzyme SnaBI qui clive le produit PCR muté en 2 fragments de 283 et 132 pb. Pour la position 63, le fragment amplifié a une taille de 191 pb et la mutation fait disparaître un site de restriction pour l enzyme DpnII qui coupe le produit PCR normal en 2 fragments de 121 et 70 pb. Les résultats de l analyse RFLP sont présentés ci-dessous pour 5 patients présentant une surcharge en fer digestion SnaBI digestion DpnII A. Le patient 1 est hétérozygote composite C282Y/H63D B. Le patient 2 est homozygote H63D 2

3 C. Le patient 3 est hétérozygote H63D D. Le patient 4 est hétérozygote composite C282Y/H63D E. Le patient 5 est homozygote H63D QCM 8 La mucoviscidose est une maladie autosomique récessive due à des mutations du gène CFTR (Cystic Fibrosis Transmembrane Conductance Regulator) porté par le chromosome 7. Plus de 700 mutations ont été identifiées à l heure actuelle. La famille décrite dans l arbre généalogique de la figure 1 a un enfant (4) atteint de mucoviscidose et un enfant (3) bien portant. La recherche des 7 mutations les plus fréquentes du gène CFTR a donné les résultats présentés dans la figure 2 (analyse par la technique du reverse dot blot) : pour chaque mutation (1 à 7) N est la séquence normale, M est la séquence mutée. N1 et M1 testent la présence de la mutation F508, la plus fréquente dans cette maladie. Témoin Référence Normal N1 N2 N3 N4 N5 N6 N7 Muté M1 M2 M3 M4 M5 M6 M7 3 4 Figure 1 Figure 2 On peut affirmer que : A. La mère (2) est hétérozygote pour la mutation F508 B. Le père (1) ne porte pas de mutation du gène CFTR C. L enfant (3) présente une mutation pour le gène CFTR D. L enfant (4) est hétérozygote pour F508 et porteur d une mutation rare du gène CFTR E. La mère (2) porte deux mutations différentes du gène CFTR (hétérozygote composite) QCM 9. Concernant les vecteurs de transfert de gène : A. Les lipoplexes comportent une tête anionique reliée à une queue hydrophobe B. Les vecteurs oncorétroviraux nécessitent une division cellulaire pour s intégrer dans le génome C. Les vecteurs adénoviraux s intègrent dans le génome de la cellule D. Les vecteurs lentiviraux ne présentent pas de risque oncogénique E. Pour la thérapie génique des déficits immunitaires héréditaires, les vecteurs oncorétroviraux utilisés sont injectés in vivo par voie intraveineuse. 3

4 QCM 10. Dans les techniques d analyse des gènes à grande échelle (génomique, ) A. le nombre d analyses diagnostiques à réaliser sur un prélèvement est en constante diminution B. il est nécessaire d étudier le maximum de gènes avec le minimum de matériel biologique afin d avoir une vue d ensemble d un état génétique C. l hybridation génomique comparative consiste en la co-hybridation d un ADN d intérêt (coloré en rouge) et d un ADN de référence (coloré en vert) sur une lame de biopuce à ADN D. L ADN de la tumeur à étudier étant coloré en rouge, lorsque sur la représentation graphique des gains et pertes, paraît un ensemble de points rouges, cela signifie une perte de matériel génétique dans la tumeur E. Dans cette représentation graphique, un ensemble de points jaunes correspond à une quantité de matériel génétique dans la tumeur équivalente à celle de l ADN contrôle utilisé QCM 11 Concernant les biopuces A. On utilise aujourd hui la technique CGH Array pour caractériser les mutations ponctuelles des gènes. B. Dans la technique CGH Array, si le spot obtenu pour un gène X est jaune pour la tumeur, on peut dire que la cellule tumorale présente une quantité d ADN augmentée pour ce gène. C. Plus on découvre de chromosomes instables sur la biopuce, plus le risque de rechute est important pour la patiente. D. Dans le cas d une analyse du transcriptome, l ARN doit être rétro-transcrit en ADNc parce qu il est plus stable et en plus grande quantité. E. Toutes ces techniques bio-informatiques liées aux biopuces arrivent de plus en plus en clinique du fait de leur faible coût pour la société. QCM 12. Concernant l utilisation des biopuces transcriptomiques en pratique clinique A. Ces biopuces permettent de détecter la présence de protéines B. Cette technique peut être utilisée pour détecter les altérations génomiques présentées par les cellules cancéreuses C. De façon à corréler les expressions d une série de gènes au pronostic des patientes, il est nécessaire de connaître à l avance ce que sont devenues les patientes (groupes de bon et mauvais pronostic) D. La technique d hybridation sur biopuce pour l établissement du transcriptome peut être réalisée sur de l ARN directement E. Le marquage des cibles (acide nucléique à étudier) est effectué par incorporation d un didésoxynucléotide triphosphate portant un fluorochrome QCM 13. A propos des tissue microarrays (TMA) A. Ce sont des lames constituées de spots de tissus à étudier, qui pourront être colorés après immunohistochimie B. La préparation d un TMA nécessite de purifier l ADN de l échantillon tissulaire à placer sur la lame de TMA C. Avec un TMA multi-tumeur, il est possible de corréler l expression d une protéine à l évolution d une tumeur donnée D. En vue d établir un TMA, l anatomo-pathologiste délimite sur la lame de coupe tumorale les emplacements où seront effectuées les carottes de prélèvement du bloc correspondant (à la coupe) E. Le TMA est un outil adapté pour le diagnostic au niveau d un échantillon 4

5 QCM 14. Concernant les banques de données GenBank, Uniprot et Pubmed : A. Ce sont toutes les trois des métabanques B. Elles sont accessibles en ligne C. GenBank est une banque de séquences primaires D. Uniprot est une banque de séquences protéiques E. Le site internet du NCBI (National Center for Biotechnology Information) est hébergé en Europe QCM 15. Au niveau de la bioinformatique, concernant le gène RB1 (exemple donné en cours) A. La cartographie de l emplacement des exons peut être visualisée avec la banque Uniprot B. Pour trouver une séquence ADN (génomique ou transcrit) de référence, le site refseq du NCBI est le plus approprié C. En consultant le site internet Genecards, il est possible de connaître toutes les informations se rapportant à RB1 D. Pour savoir dans quelle voies fonctionnelles RB1 est impliqué, une requête peut être faite dans OMIM E. En utilisant le site Orphanet, il est possible de savoir s il existe une consultation pour le rétinoblastome en Aquitaine QCM 16. Concernant l utilisation des thérapies ciblées (médicament spécifiquement dirigé contre une protéine) A. En cas de surexpression dans les cellules tumorales, une protéine (HER2 par exemple) peut devenir une cible thérapeutique B. La surexpression de HER2 à la surface des cellules de cancer du sein est un facteur strictement pronostic (lié à la rechute/survie des patientes) C. Les molécules dont le nom se termine en mab (trastuzumab, cetuximab) sont des anticorps monoclonaux D. Les anticorps monoclonaux agissent généralement sur des cibles intracellulaires E. Le trastuzumab (Herceptin ) améliore la survie de l ensemble des patientes atteintes de cancer du sein QCM 17. Concernant l utilisation des thérapies ciblées (médicament spécifiquement dirigé contre une protéine) A. Le cetuximab se fixe sur le récepteur membranaire HER2 exprimé par les cellules tumorales colorectales B. Le cetuximab est inactif si la voie de transduction du signal comprend une protéine RAS porteuse de mutation(s) C. Les molécules dont le nom se termine en ib (dovitinib, gefitinib) sont des inhibiteurs de tyrosine kinase D. Les inhibiteurs de tyrosine kinase agissent généralement sur des cibles extramembranaires E. L immunohistochimie effectuée sur coupe tumorale permet de détecter la surexpression d une protéine 5