Tutoriel : Utilisation du serveur de calcul à distance de PSE

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1 Tutoriel : Utilisation du serveur de calcul à distance de PSE David Smadja Camille Terrier Septembre 2013 Table des matières 1 Préambule 1 2 Avertissements 1 3 Pré-requis 1 4 Installation de X2goClient Téléchargement Installation Configuration de X2goClient 5 6 Utilisation de Stata et d autres logiciels de calcul Démarrage de Stata Accroître la vitesse de Stata Autres logiciels Echanger des données entre un ordinateur extérieur et le serveur de stockage U : 9 7 Se déconnecter du serveur de calcul ou fermer la session 11 Un grand merci à Romain Lafarguette qui a créé ce tutoriel pour le premier serveur avec David Smadja et José Sastre. Cette version met à jour leur travail. Informaticien, PSE, david.smadja at altatech.fr Doctorante PSE: camille at cterrier.com

2 1 Préambule PSE met gracieusement à votre disposition l accès à un serveur de calcul (encore en phase de test). Grâce à ce serveur, vous pouvez notamment utiliser la version la plus récente de Stata 1 pour réaliser vos calculs (mais aussi d autres logiciels, comme R, Octave, Maxima, etc.). Le serveur étant puissant 2 vous pouvez gagner en temps de calcul et en limite de mémoire pour le chargement de grosses bases. Le serveur n étant jamais éteint, vous pouvez lancer un gros calcul le vendredi et le récupérer le lundi. A tout moment et n importe où vous possédez un accès sécurisé au serveur. Ce court tutoriel vous explique comment utiliser le serveur de PSE à distance (de n importe où tant que vous avez une connection internet). Toutes remarques, critiques ou commentaires sont bienvenus aux adresses suivantes : david.smadja at altatech.fr, camille at cterrier.com Différences entre ce nouveau serveur et l ancien. 2 Avertissements Des problèmes de compatibilité existent entre les do-files écrits sous Windows et leur usage sous Linux. En particulier : Les do-files sous Linux n accèptent pas les accents. Certains caractères et certaines lettres sont mal transposés lors de l ouverture des do-files sous Linux. Sous Linux, les slash sont dans le sens inverse que sous Windows. Lors du passage de Windows à Linux, tous les chemins d accès sont donc à modifier. Il est donc primordial de relire très attentivement l ensemble des do-files qui ont été écrits sous Windows et importés par la suite sous Linux. 3 Pré-requis Pour pouvoir utiliser ce service il vous faut : 1. Un compte PSE (le même que celui utilisé sur le campus à Jourdan) 2. Un ordinateur connecté à internet 3. Le logiciel X2goClient 4 Installation de X2goClient 4.1 Téléchargement Il faut d abord se rendre sur la page internet de X2goClient pour télécharger ce petit logiciel gratuit. L adresse de la page est la suivante : installation:x2goclient MP à ce jour 2. Enfin, plus puissant que la plupart des PCs du campus Jourdan... 1

3 4.2 Installation Une fois que vous êtes sur le site, choisissez le système d exploitation sur lequel le logiciel va tourner (Windoxs ou Mac OS) : Figure 1 Choix du système d exploitation 2

4 Si vous avez cliqué sur Download X2go for MS Windows, la fenêtre suivante apparaît. Cliquez sur Release : Figure 2 Etape 2 3

5 Choisissez la version la plus récente ( dans mon cas). Vous obtenez la fenêtre suivante. Sélectionnez le fichier dont l extension est.exe Figure 3 Etape 3 La procédure à suivre pour le choix de l executable sous Mac est la même, si ce n est que le fichier final a pour extension.dmg. Une fois le fichier téléchargé, vous pouvez procéder à son installation. Elle ne devrait pas poser de problème si vous suivez les étapes suivantes. Si le message suivant de sécurité apparaît, cliquer sur exécuter. Figure 4 Avertissement sécurité 4

6 Choisir le dossier dans lequel installer X2goClient. Normalement l installation de X2go ne nécessite pas les droits administrateurs sur votre ordinateur. Si vous êtes sur un ordinateur du campus, veuillez installer X2go dans votre espace personnel sur le disque (et non dans C :/Program Files/ qui suppose d avoir les droits administrateurs). Figure 5 Dossier pour installation X2goClient 5 Configuration de X2goClient Une fois installé, vous devrez normalement avoir une icône X2goClient sur votre bureau. Cliquez dessus. La configuration se fait en plusieurs étapes : 1. Dans le premier onglet Session (figure 6 ci-dessous) : (a) Remplir le nom de la session (peu importe, j ai mis PSE mais vous pouvez mettre ce que vous voulez). (b) L adresse de l hôte est (c) Le login est le même que celui que vous utilisez pour vous connecter à votre ordinateur de Jourdan (c.terrier dans mon cas). (d) Port : 22 (e) Session type : GNOME 2. Ensuite dans le troisième onglet Settings : (a) Vérifier que la partie Display est conforme à l image ci-dessous. (b) Dans la partie Keyboard, cocher Keep current keyboard settings (c) Dans la partie Sound, décocher Enable sound support (d) Enfin décocher Client side printing support 3. Enfin, il demande si vous voulez créer une icône de lancement rapide sur le bureau. Cliquez selon votre choix. 4. A présent, cliquez sur la nouvelle icône qui vient d apparaître sur votre bureau ; elle porte le nom que vous avez choisi durant l étape 1 (dans mon cas PSE ). Une fenêtre s ouvre, il faut renseigner : 5

7 Figure 6 Les deux premières étapes de la configuration Session : entrez le nom de session que vous avez choisi (PSE dans mon cas) puis cliquez sur Entrée. Une fenêtre s ouvre alors pour l identification. Login : entrez votre identifiant habituel (c.terrier dans mon cas). Mot de passe : celui que vous utilisez lors de votre connection sur les ordinateurs de Jourdan (exactement le même). 5. Ensuite va s ouvrir une fenêtre concernant l authenticité de l hôte, cliquez sur Yes Figure 7 Etapes 4 et 5 6. Si tout se passe bien, après un court moment de connection, vous devriez arriver sur votre espace personnel sur le serveur. L ancien serveur fonctionnait sous Ubuntu Gnome. Le nouveau serveur étant sous Debian Gnome, votre espace est aussi sous Debian Gnome. L interface reste quasiment la même que celle sous Ubuntu. Pour ceux qui n ont pas l habitude d Ubuntu, ni de Debian, aucun souci, il s agit d une interface très intuitive. 7. Vous pouvez regarder les divers logiciels qui vous sont proposés dans le menu Applications en haut à gauche (notamment Matlab, Sas 9.3, Stata 12) 6

8 Figure 8 Découverte du bureau et des logiciels 6 Utilisation de Stata et d autres logiciels de calcul 6.1 Démarrage de Stata L utilisation de Stata est très simple à partir de là, il suffit de cliquer sur l icône stata du bureau. Remarque : cette icône n apparaît pas par défaut lors de la première connection. Il faut en effet demander à David Smadja 3 de vous créer un raccourci sur le bureau. Autre solution pour ceux qui manient la ligne de commande, après ouverture du terminal (dans /Applications/Accessoires/Terminal), le démarrer via la commande /usr/local/stata12/xstata-mp (se placer dans le répertoire et le lancer) Figure 9 Démarrage de Stata sur le serveur 3. david.smadja at altatech.fr 7

9 6.2 Accroître la vitesse de Stata Le Stata mis à disposition sur le service est une version MP (multi processeurs) qui tire pleinement parti des 32 coeurs processeurs du serveur. Il est donc beaucoup plus rapide que ce que vous pouvez avoir sur les ordinateurs de PSE. Cependant, si vous utilisez le stata du calculateur sur des bases présentes dans votre espace personnel (U :/) vous allez être limité par la vitesse de connection entre U :/ et le serveur de calcul. Une façon de remédier à cela est de copier temporairement votre base sur le serveur de calcul, par exemple dans votre dossier Documents (simple copier/coller) et de faire tourner Stata sur la base du serveur (votre espace personnel quand vous êtes sur le serveur est facilement accessible en cliquant sur l icône Computer en haut à gauche). Figure 10 Espace disque du serveur de calcul / Dossier Documents Toutefois, l espace disque du serveur de calcul est bien plus limité que l espace disque du serveur de stockage (le U). Il est donc important que vous supprimiez les bases dont vous n avez plus besoin du serveur de calcul après usage (bien évidemment, vous pouvez les conserver sur votre espace de stockage U :/). En général, il est de toute façon très fortement conseillé de laisser toutes vos données importantes sur U : car seul ce serveur de stockage fait l objet de sauvegardes régulières. Toutes les bases ou les do-files enregistrées sur le serveur de calcul (notamment dans le dossier Documents) ne feront pas l objet de sauvegardes régulières. 8

10 6.3 Autres logiciels D autres logiciels ont été installés sur le serveur de calcul qui peuvent vous servir. Ils se trouvent dans la partie Applications disponible en haut à gauche. En particulier se trouvent : La dernière version de R (calcul statistique) avec la plupart des packages courants d installés (pour en installer d autres, utilisez simplement la commande install.packages( monpackage ). Octave, un clone libre de Matlab Scilab, un logiciel de calcul vectoriel Maxima, un clone libre de Mathematica Latex (avec l éditeur Kyle), Jabref (pour gérer les bibliographies) GNU Emacs (23.1), un éditeur de texte très utile pour utiliser tous les logiciels présentés plus haut (on a mis dessus Auctex, ESS et le module Octave/Matlab pour pouvoir l utiliser avec tous les logiciels) 6.4 Echanger des données entre un ordinateur extérieur et le serveur de stockage U : Avec le serveur de calcul, vous ne pouvez pas copier directement les données qui se trouvent sur U : vers un autre ordinateur (chez vous par exemple). Pour cela, il faut utiliser un protocole de transfert de fichiers sécurisé (FTPS) 4. Cela suppose : 1. D avoir un accès FTPS à son espace sur U : Demander à David Smadja 5 de vous donner l accès. 2. Utiliser un programme pour échanger des fichiers. Filezilla logiciel libre, est un très bon choix. Une fois que Filezilla est installé sur votre ordinateur 6 vous pourrez accéder aux fichiers stockés sur le serveur de la facon suivante : entrez directement le numéro de l hôte, le port, votre identifiant et mot de passe dans l espace dédié (angle supérieur gauche) de l écran (cf image) : 1. Hôte : et le port : Identifiant : initiale + "." + nom (dans mon cas c est c.terrier) 3. Votre mot de passe (celui attribué par David lors de la création de votre accès FTP) 4. Note importante : cet accès FTP n a rien à voir avec celui proposé par PSE sur l espace personnel du site internet de Paris School of Economics. Il s agit de deux serveurs différents. 5. david.smadja at altatech.fr 6. Vous n avez pas besoin des droits administrateurs pour l installer dans sa version minimale. Les droits administrateurs vous donnent plus d options dont on n a pas besoin présentement 9

11 Si tout se passe bien, vous devez avoir sur Filezilla deux fenêtres : à gauche votre espace disque chez vous (le site local) et à droite votre espace sur le U : à PSE (le site distant). La manipulation de fichiers ou dossiers se fait très simplement par copier/coller. La connexion est sécurisée (FTPS) et Filezilla gère les échanges de fichiers. En cas de problème de connexion, il vous le fait savoir et vous pouvez reprendre le chargement des paquets échoués. 10

12 7 Se déconnecter du serveur de calcul ou fermer la session Vous avez deux possibilités : 1. Vous déconnecter : onglet system puis log out c.terrier : la déconnection ferme tout ce que vous aviez lancé auparavant. A faire à chaque fois que vous en avez fini avec le serveur de calcul. Cf figure ci-dessous. 2. Fermer la session en cliquant sur la croix rouge en haut à droite : dans ce cas votre session reste active (les calculs tournent toujours) et vous avez la possibilité de reprendre la session là où vous l aviez quittée. Figure 11 Déconnection vs Fermeture de session 11