Normaliser le contenu des dossiers patients à l aide de SNOMED CT

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1 Normaliser le contenu des dossiers patients à l aide de SNOMED CT François Macary co-chair SNOMED International French Translation Group (since 2018) SNOMED CT Authoring Level 1 certified (since 2021) Technical liaison of IHE International to SNOMED International (since 2018) 1

2 Plan de la session 1. Exemple concret d interopérabilité sémantique 2. SNOMED CT - terminologie clinique au cœur de l écosystème 3. Maintenance, distribution, utilisation 4. Couverture et composants de la terminologie 5. Exploitation des relations, ECL 6. Extensibilité : postcoordination de concepts 7. Synthèse : SNOMED langue de la santé pour les machines 2

3 Cas d usage prioritaire : l interopérabilité sémantique en production de soins - en particulier les e-prescriptions (biologie, imagerie, médicament) de la vague 2 du Ségur La capacité d échanger des données dotées d un sens non ambigu, non vague, inaltérable, interprétable par les professionnels et par leurs applications Examen cytobactériologique type de prélèvement? motif? traitements en cours? Température? Dossier patient Message combinant une syntaxe et des concepts codés interprétable par le système destinataire Demande : Examen : cytobactériologie Type de prélèvement : échantillon d expectoration Motif : bronchopneumonie aigüe Traitement médicamenteux en cours : - chlorhydrate de vancomycine en gélule orale 250 mg Température corporelle : 39,5 C Vérification prélèvement reçu Planification de l examen SI laboratoire 3

4 Standardisation des mots de l énoncé pour que les applications puissent agir ou raisonner dessus DPI SIL SNOMED CT: Examen de laboratoire ( ) LOINC : Cytobactériologie - expectoration ( ) LOINC: Motif de la demande Demande d examen de biologie médicale : Cytobactériologie sur expectoration Motif : bronchopneumonie aigüe Traitement en cours : chlorhydrate de vancomycine en gélule orale 250 mg Température : 39,5 C LOINC: température corporelle (8310-5) ( )? 39.5 UCUM degré celsius (Cel) SNOMED CT: échantillon d expectoration ( ) SNOMED CT: bronchopneumonie aigüe ( ) LOINC: traitement en cours ( )? SNOMED CT: chlorhydrate de vancomycine en gélule orale 250 mg ( ) Articulation normale : Question LOINC? -> réponse codée SNOMED CT 4

5 Retour des résultats DPI SIL LOINC : Bactérie identifiée par culture sur expectoration (6460-0) LOINC : sensibilité vancomycine ( ) LOINC : sensibilité linézolide ( ) LOINC : interprétation du biologiste ( ) Culture positive : Staphylocoque doré Antibiogramme : CMI CMI vancomycine 32 µg/ml CMI UCUM µg/ml (ug/ml) -> Résistant CMI linézolide < 3 mg/l -> Sensible CMI Conclusion : présence SARV Traitement recommandé : linézolide SNOMED CT: médicament contenant linézolide ( ) UCUM mg/l (mg/l) SNOMED CT: Staphylococcus aureus ( ) SNOMED CT: résistant ( ) SNOMED CT: sensible ( ) SNOMED CT: staphylocoque doré résistant à la vancomycine ( ) 5

6 Les mots des deux énoncés sont placés dans une structure standardisée : ressources HL7 FHIR ou message HL7 v2 ou compte rendu CDA profilé par IHE Un examen demandé HL7 v2 Message HL7 v2 de demande d examen de biologie MSH ^~\& OML^O33^OML_O33 EN PID EVERYMAN^ADAM^^JR^^^L M PV1 SPM 1 123^Card ^échantillon d expectoration^sct ORC TQ1 OBR 1 123^Card ^Microbiology CNAMTS panel - Sputum^LN OBX 1 CE ^Reason for test or procedure^ln ^Acute bronchopneumonia^sct OBX 2 CE ^Current medication, Name and Identifier^LN ^vancomycin chlorhydrate, oral caps 250 mg^sct Une observation HL7 V2 Prescription connectée SNOMED CT LOINC Extrait du niveau 3 du compte rendu CDA <observation classcode="obs" moodcode="evn"> <templateid /> <code code=" " codesystem=" " codesystemname="loinc" displayname="vancomycin susceptibility"/> <statuscode /> <effectivetime /> <value xsi:type="ivl_pq"> <low value="32" unit="ug/ml" inclusive="true"/> </value> <interpretationcode code=" " displayname="résistant" </observation> Diffusion de CR de biologie Code unité UCUM codesystem=" " codesystemname="snomed CT"/> 6

7 Cible première Structure Usages Terminologies de référence SNOMED CT, LOINC Données de soins des personnes Polyhiérarchique Interopérabilité des circuits de production de soins Echanges d extraits de dossiers médicaux pour la continuité des soins Accès aux sources externes de connaissance, aide à la décision Fourniture de données harmonisées aux entrepôts big data pour la recherche Déploiement de la santé numérique : télémédecine, télé-soin Terminologies d agrégation CIM-10,11, ATC, CCAM, GHM, CISP-2 Données de santé des populations Mono-hiérarchique (classes exclusives) Statistiques globales des causes de mortalité Statistiques des causes de morbidité (à tous les échelons, y compris global) PMSI établissements en France (appelé DRG dans les autres pays) Fourniture de données épidémiologiques générales Pilotage de l allocation de ressource en rapport avec la santé d une population Décrire et communiquer Classer et dénombrer 7

8 Les cas d usage auxquels répond SNOMED CT Représenter fidèlement et au niveau de granularité souhaité l information collectée ou produite par les cliniciens au cours de leurs activités de soins, sous une forme normalisée, interprétable par les systèmes, communicable de l un à l autre sans perte ni altération de sens, et favorisant l automatisation des traitements et des raisonnements au sein de chacun d eux. réutilisation de données de sources multiples, analyse, raisonnement. efficacité de la coopération entre les acteurs de la chaîne de soins. accélération de la boucle vertueuse entre soins et recherche médicale. 8

9 Projet commandité par la CE SNOMED CT terminologie de référence au centre de l écosystème terminologique pour le secteur santé Reco 2 : SNOMED CT est la meilleure terminologie de référence disponible pour servir la santé numérique, aux échelons global, européen, national et régional. Reco 3 : SNOMED CT devrait être adoptée en tant que terminologie de référence constituant le cœur d un écosystème comprenant d autres terminologies de référence et d agrégation. 9

10 Acronyme Nom Domaine Portée Type LOINC Logical Observations Identifiers Names & Codes Observations et examens Monde réf Principales terminologies de référence (réf) et d agrégation (agrég) utiles au secteur santé en France UCUM The Unified Code for Units of Measure Observations quantitatives Monde réf SNOMED CT Systematized Nomenclature of Medicine Clinical Terms Tout le champ de la santé Monde réf CIM Classification internationale des maladies (versions 10 puis 11) Statistiques + PMSI Monde agrég CIF Classification internationale du fonctionnement et du handicap Statistiques Monde agrég ICHI classification internationale des interventions en santé Statistiques Monde agrég CCAM Classification commune des actes médicaux PMSI France agrég GHM Groupes homogènes de malades PMSI France agrég UCD Unités communes de dispensation Médicament France réf ATC Classification anatomique, thérapeutique et chimique Médicament Monde agrég EDQM ST Standard Terms of European Directorate for Quality of Medicines Médicament Europe réf MedDRA Medical dictionary for regulatory activities Médicament Europe réf GMDN Global medical device nomenclature Dispositif medical Monde agrég EMDN European medical device nomenclature Dispositif medical Europe agrég LPP Liste des produits et prestations Dispositif medical France agrég CLADIMED Classification des dispositifs médicaux Dispositif medical France agrég ORPHA Codification des maladies rares Diagnostics Europe réf OMIM Online mendelian inheritance in man Gènes et phenotypes génétiques Monde réf HPO Human phenotype ontology Anormalités phénotypiques Monde réf CISP Classification internationale des soins primaires Médecine de ville (généralistes) Monde agrég de référence ou d agrégation 10

11 Exemple d écosystème terminologique pertinent pour la France ORPHAcodes CCAM, GHM, UCD, LPP, CLADIMED, NABM Mappings entre SNOMED CT et d autres terminologies Regenstrief Institute UCUM (codage des LOINC SNOMED CT EDQM Standard Terms observations) EMDN MedDRA CIM CISP-2 ATC OMS et classifications statistiques associées 11

12 Application dans deux catalogues de référence de PHAST UCD, CIP, CIS, NCHFS, LES EDQM Standard Terms médicament ATC NABM COFRAC RIHN LC biologie médicale 12

13 SNOMED CT distribuée par l association à but non lucratif Snomed International dont les membres sont des Etats Gouvernance : Mission : Association pilotée par l Assemblée Générale de ses 42 États membres (dont 22 en Europe). Plus haute instance de décision. Produire durablement une langue clinique mondiale pour les machines, et des services associés pour soutenir des échanges de données clairs, le raisonnement et l analyse des informations de santé, par toutes les parties prenantes. Evolution rapide : Jusque là semestrielle, la fréquence des versions est devenue mensuelle en 2022 : 31/01, 28/02, 31/03 13

14 France en cours d adhésion Finalisation en pays européens membres, 4 du Moyen Orient 14

15 Conditions d utilisation de la terminologie L association SNOMED International gouvernée par l assemblée de ses États membres, détient les droits de propriété intellectuelle de SNOMED CT. C est ce qui garantit la co-construction harmonieuse du bien commun. Dans un pays membre : licence gratuite contractée auprès du centre national de diffusion - National Release Center (NRC). Dans un pays non membre, «licence affilié» payante, contractée auprès de SNOMED International 15

16 SNOMED CT en France Adhésion de la France en L usage de SNOMED CT sur des données réelles sera donc gratuit. L implémentation dans les applications peut débuter dès à présent sans attendre la finalisation de l adhésion. Traduction française réalisée pour l ensemble de l espace francophone par le French Translation Project Group de SNOMED International, alliant les NRC de Belgique, Canada, Luxembourg, Suisse, et PHAST(*) pour la France. Le futur NRC français en cours d intégration au groupe. (*) PHAST dispose d un accord pour initier la traduction française de la terminologie, signé fin 2015 avec SNOMED International et avec l approbation du ministère en charge de la santé. Traduction visible dans le browser SNOMED CT et dans la visionneuse de PHAST 16

17 SNOMED CT est la terminologie la plus large et la plus évolutive couvrant le domaine de la santé humaine > concepts codés actifs pour représenter fidèlement l information clinique sous une forme standardisée Les 19 hiérarchies de premier niveau (par ordre décroissant) : 17

18 Les principales hiérarchies 1/2 : constatations : plaintes, symptômes, signes, états normaux et anormaux (finding) 1/2 : maladies, troubles, blessures, pathologies, affections (disorder) tous les actes intentionnels visant la santé : médicaux, chirurgicaux, diagnostiques, paramédicaux, administratifs, de conseil, transport, traitement, régime structures corporelles (body structure), structures cellulaires (cell structure) anomalies morphologiques (morphologic abnormality) 18

19 Composants principaux de Concepts SNOMED CT 19

20 Les 3 composants de base de SNOMED CT Concept Une signification clinique associée à un identifiant unique (ou code) La signification en clair est portée par le libellé de référence : Fully Specified Name (FSN). Le lien entre l identifiant et la signification du concept est permanent et non modifiable Numérique et non signifiant (6 à 18 chiffres) Description L expression dans une langue de la signification d un concept. Deux types principaux : FSN : la description de référence Synonyme : un libellé pour l affichage sur les écrans des applications Synonyme Synonyme 20

21 Le nombre de descriptions pour un concept n est pas limité L organisation en charge de la traduction dans une langue peut ajouter autant de synonymes que souhaité. en-us FSN - Chronic obstructive lung disease (disorder) fr - fr - fr - fr - maladie pulmonaire obstructive chronique pathologie pulmonaire obstructive chronique bronchopneumopathie obstructive chronique BPCO en-us en-us en-us en-us Chronic obstructive lung disease CAFL - Chronic airflow limitation CAO - Chronic airflow obstruction COPD - Chronic obstructive pulmonary disease 21

22 Les 3 composants de base de SNOMED CT Concept Une signification clinique associée à un identifiant unique (ou code) La signification en clair est portée par le libellé de référence : Fully Specified Name (FSN). Le lien entre l identifiant et la signification du concept est permanent et non modifiable Description L expression dans une langue de la signification d un concept. Deux types principaux : FSN : la description de référence Synonyme : un libellé pour l affichage sur les écrans des applications Synonyme Synonyme Relation du concept A vers le concept B La modélisation d une propriété toujours vraie du concept A, dont le concept B représente la valeur. Exemple : COVID-19 Agent responsable le SARS-CoV-2 a comme ( ) ( ) ( ) Concept A : source de la relation Concept représentant la propriété (la relation) Concept B représentant la valeur de la propriété (cible de la relation) 22

23 Un exemple de concept avec ses relations Constatation (finding) Maladie (disorder) Ascendants : Arthrite Maladie auto-immune sous-type de Attributs : structure articulaire site anatomique inflammation anomalie morphologique sous-type de auto-immun processus pathologique Arthrite rhumatoïde Polyhiérarchie Descendants : Arthrite rhumatoïde du coude de la hanche Syndrome de Felty Arthrite rhumatoïde en rémission coude gauche coude droit 23

24 L exploitation des plus de 3 millions de relations de SNOMED CT ouvre la porte au raisonnement et à l analyse Exemple : Chercher tous les concepts représentant une arthrite auto-immune : Les descendants du concept d arthrite ayant un processus pathologique auto-immun. La requête construite par l application et exécutée par le service de terminologies produit un jeu de valeurs de tous les concepts d arthrite auto-immune. Jeu de valeurs < arthrite : processus pathologique = << processus auto-immun Langage de requête de SNOMED CT (ECL) Aide à la décision : Déclenchement d une action ou d une proposition de traitement lors de l entrée dans le dossier de l un des concepts du jeu de valeurs. Recherche : Cohorte croisant les cas d arthrite auto-immune avec la BPCO, par exemple pour évaluer le risque d infection pulmonaire induit par un médicament abaissant l immunité pour soulager l arthrite. 24

25 Quelques exemples de requêtes ECL à copier/coller dans le browser international ou dans la visionneuse de PHAST ou à faire exécuter par un service de terminologies par exemple Snowstorm,Ontoserver ou STS Exemples de requêtes ECL en FHIR : Les problèmes de santé causés par le SARS-CoV-2 : *: agent responsable = << SARS-CoV-2 (organisme) Les maladies présentant une sténose de la valve pulmonaire et une hypertrophie du ventricule droit : < constatation clinique (constatation) : { localisation d'une constatation (attribut) = << valve pulmonaire (structure corporelle), morphologie associée (attribut) = << sténose (anomalie morphologique) }, { localisation d'une constatation (attribut) = << ventricule droit (structure corporelle), morphologie associée (attribut) = << hypertrophie (anomalie morphologique) } 25

26 Exploitation des relations hiérarchiques en cascade pour détecter une interaction entre traitement et examen à distance de agent antibactérien ( ) agent antiacide ( ) inhibiteur de la pompe à protons ( ) Patient accueilli au laboratoire avec une demande d examen : «test respiratoire à l urée pour recherche d Helicobacter pylori». Le référentiel CIOlab indique que cet examen doit être réalisé à distance de toute prise d'antibiotique, antiacide, ou inhibiteur de la pompe à protons. descendant de oméprazole comprimé oral 20 mg ( ) Le traitement en cours du patient est oméprazole, décrit dans le référentiel CIOdc. Le module d accueil détecte que le concept représentant la dénomination commune de ce médicament dans le référentiel CIOdc est un descendant du concept d inhibiteur de la pompe à protons. Alerte déclenchée : Le patient est renvoyé chez lui sans être prélevé. Il reviendra deux semaines après l arrêt du traitement oméprazole. 26

27 Grammaire compositionnelle : exploiter les relations pour créer dynamiquement de nouveaux concepts (extensibilité de SNOMED CT) Créer de nouvelles significations en assemblant plusieurs concepts selon la grammaire : L un des élément de la syntaxe - le raffinement d un concept : <concept> : <attribut> = <valeur> Exemple 1 : Création du sens «maladie de Crohn modérée à sévère» préciser la gravité d une maladie Crohn's disease (disorder) : gravité = modérée à sévère Exemple 2 : Création du sens «pose d une prothèse du genou gauche» préciser la latéralité d une intervention implantation d une prothèse de l articulation du genou : site anatomique indirect de l intervention = ( structure de l articulation du genou : latéralité = gauche ) 27

28 Utilisation de la grammaire compositionnelle pour représenter une indication figurant sur le RCP d un médicament «Traitement curatif des infections à Mycobacterium avium chez les patients infectés par le VIH, chez l'adulte» (Clarithromycine) traitement curatif des infections à Mycobacterium avium chez les patients infectés par le VIH administration de médicament (procédure) : a comme intention (attribut) = intention curative (qualificateur), a pour cible (attribut) = ( infection causée par Mycobacterium avium : associé à (attribut) = infection à VIH ) chez l adulte, catégorie de sujet (attribut) = adulte : = , = ( : = ), =

29 Bénéfices de l usage de la terminologie pivot dans son écosystème terminologique Soignants Chercheurs Payeurs données action connaissance alimentation de la recherche en données cliniques standardisées Connaissance spécimen d expectoration Klebsiella pneumoniae carbapénème résistant bactérie productrice de carbapénémase OXA-48 aide à la décision en temps réel, accès aux preuves (exemples vus précédemment) dérivation du codage médico-économique des dossiers SNOMED : retrait d un corps étranger de l articulation du coude par arthroscopie CCAM : MFPC001 Libération mobilisatrice de l'articulation du coude, par arthroscopie SNOMED : corps étranger dans le coude CIM-10 : S50.8 Autres lésions traumatiques superficielles de l'avant-bras analyse des données sur les populations Croisement entre pathologies, traitements et résultats. Exemple : Pour un medicament ciblant l arthrite rhumatoïde (autoimmune), évaluation de l accroissement du risque d infection pulmonaire chez un patient fumeur atteint de BPCO 29

30 Intégration dans les DPI En cible : Les praticiens notent leurs constatations et leurs actions dans leur langue naturelle avec les finesses et nuances souhaitées. Leurs applications informatiques traduisent ces notations dans la langue universelle de la santé comprise par les machines SNOMED CT. Des mappings semi-automatiques permettent de déduire le codage dans les terminologies d agrégation (CIM-10, CCAM ou ICHI) Un premier pas sur la trajectoire : Commencer à mettre en œuvre des jeux de valeurs SNOMED CT dans les échanges de données entre DPI et les systèmes périphériques, en production de soins (examens complémentaires ) 30

31 L écosystème terminologique minimum pour un pays en Europe LOINC + UCUM Observations Unités de mesure Classifications et systèmes de codages européens EDQM, EMDN, MedDRA SNOMED CT - Concepts couvrant l ensemble de la santé - Relations - Grammaire compositionnelle - Requêtage ECL Quelques ontologies spécialisées : ORPHAcodes, OMIM, HPO Classifications de l OMS ATC, CIM Systèmes de codage réglementaires nationaux France : CCAM, NABM, GHM, LPP, UCD Un écosystème en forme d archipel morcelé, qui placerait par exemple les microorganismes dans un premier silo terminologique, les médicaments dans un second silo, les substances dans un 3 e, l anatomie dans un 4 e etc, interdirait l exploitation des relations entre concepts, fermant ainsi la porte au raisonnement par les applications au détriment des acteurs de la santé. 31

32 Service PHAST accompagne les éditeurs (communauté SIPh) et les établissements Mapping des codes locaux vers les terminologies de référence Fourniture de jeux de valeurs SNOMED CT avec la traduction en français 32

33 Opérateur d interopérabilité sémantique 33