Mise en place d une plateforme de gestion de matériels biologiques : quels avantages pour les chercheurs?

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1 Mise en place d une plateforme de gestion de matériels biologiques : quels avantages pour les chercheurs? Dr Xavier Manival, Laboratoire IMoPA, CR, CNRS Françoise Tisserand-Bedri, Documentaliste, Inist-CNRS GFII 12/09/2013 X. Manival, F.Tisserand-Bedri 1

2 Positionnement du projet/thématique «open data et données de la recherche» Répond au besoin d un laboratoire Concerne les matériels d étude, en amont des données de la recherche GFII 12/09/2013 X. Manival, F.Tisserand-Bedri 2

3 Historique de la collaboration Envoi de la part de l Inist d un questionnaire aux chercheurs lorrains sur la valorisation des données de la recherche A l issue de ce questionnaire, une réunion de travail a été organisée à l Inist pour préciser les besoins des laboratoires Début de la collaboration entre IMoPA et Inist officialisée par une convention CNRS-UL (N 8J/2990) GFII 12/09/2013 X. Manival, F.Tisserand-Bedri 3

4 Programme prévisionnel (en accord avec la convention de coopération Université de Lorraine/CNRS) Janvier 2013 : élaboration d un document d expression des besoins par IMoPA Juin 2013 : élaboration du cahier des charges fonctionnel de la plateforme ESCOLA (ESpace COllaboratif pour les LAboratoires) par l Inist Automne 2013 : livraison par l Inist de la première version (prototype) de la plateforme Hiver 2014 : retour de IMoPA suite au prototype de la plateforme. En fonction, une nouvelle version du cahier des charges sera élaborée Mai 2014 : livraison de la version définitive par l Inist, les deux mois suivants seront alors consacrés à la VSR (Vérification de Service Régulier) GFII 12/09/2013 X. Manival, F.Tisserand-Bedri 4

5 CHU Homme IMoPA (Ingénierie Moléculaire et Pathologie Articulaire) Imagerie Animal Directeur: J-Y. Jouzeau Co-directeur: B. Charpentier Microscopie confocale Tissu Modèles animaux Cellule Biomatériaux Ingénierie tissulaire Chondrocytes 3300 m 2, 150 personnes Cellules souches Transcriptomique Gène Biologie Moléculaire ARN ARN, RNP Structure- Fonction-Maturation Enzymologie Moléculaire & Structurale (EMS) Cell & Tissue Engineering, Vectorization, Imaging (CeTEVI) Protéomique Protéine 5 équipes Génie protéique Enzymologie Ingénierie Moléculaire, Cellulaire, Thérapeutique & Glycosyl Transférases (MolCelTEG) Inflammation, Dérégulation Phénotypique & Remodelage Articulaire Pathologique (IPeDAAR) RX, DC, ITC Atome Structure 3D Mécanistique Modélisation 3D 5

6 Contexte et émergence du besoin Situation actuelle: cinq équipes gèrent de façon indépendante les descriptifs de leurs matériels biologiques (plasmides, oligonucléotides, anticorps, sirna, séquençages, souches bactériennes et de levures, cellules animales, prélèvements biologiques) et les commandes pour certains d entre eux à l aide de différents types de documents (tableaux Excel, fichiers Word, PDF...) volonté de mutualiser la gestion des matériels d études et les commandes, afin de les partager en interne GFII 12/09/2013 X. Manival, F.Tisserand-Bedri 6

7 Objectifs de la plateforme ESCOLA produire de façon collaborative des fiches descriptives des matériels d études et commandes, de les centraliser et de les partager gérer les matériels d étude (suivi de production, réception, envoi, commande) associer des documents à ces matériels (exemples: images de constructions plasmidiques, résultats de séquençage, publications) extraire des contenus afin de faciliter la constitution de différents types de documents (rapports, bons de commandes) permettre la consultation des informations par des collaborateurs extérieurs authentifiés GFII 12/09/2013 X. Manival, F.Tisserand-Bedri 7

8 Acteurs du système Utilisateurs concernés : ensemble des membres de l unité IMoPA, soit un effectif de 150 personnes + des collaborateurs externes 5 types d utilisateurs avec différents niveaux de droit Rédacteurs Validateurs scientifiques Responsables des commandes Administrateurs Invités (collaborateurs extérieurs, stagiaires de passage) GFII 12/09/2013 X. Manival, F.Tisserand-Bedri 8

9 GFII 12/09/2013 X. Manival, F.Tisserand-Bedri 9

10 Méthodologie : Protagonistes Unité IMoPA : Maître d ouvrage Inist : Assistant à maîtrise d ouvrage (documentalistes) Maître d œuvre (informaticiens) GFII 12/09/2013 X. Manival, F.Tisserand-Bedri 10

11 Méthodologie : Apports du documentaliste Recueil des besoins Rédaction du cahier des charges fonctionnel Participation à l élaboration du modèle de données Structuration, reprise et correction/enrichissement des métadonnées GFII 12/09/2013 X. Manival, F.Tisserand-Bedri 11

12 Structuration et reprise des métadonnées Constat : Descriptions hétérogènes, fichiers de formats différents (Word, Excel, PDF, voire documents papier), erreurs de saisie Actions menées : Etablissement des listes d éléments de métadonnées à partir des fichiers existants et en s appuyant sur des standards et des recommandations (ex: MIBBI) ainsi que sur les grandes bases du domaine (ex: NCBI, ATCC) Reprise et traitements/enrichissement des métadonnées existantes Travail en collaboration étroite avec les responsables des matériels au laboratoire GFII 12/09/2013 X. Manival, F.Tisserand-Bedri 12

13 Traitements appliqués aux métadonnées Homogénéisation (ex : plusieurs désignations pour un même objet, abréviations ) Normalisation (ex : ajout d identifiants des grandes bases de données internationales du domaine comme PubMed, NCBI taxonomy, Entrez gene, Uniprot) favorisent l interopérabilité Récupération d informations via des web services Echanges avec des laboratoires extérieurs Dépôt des données dans des entrepôts publics internationaux GFII 12/09/2013 X. Manival, F.Tisserand-Bedri 13

14 Développements informatiques A partir du cahier des charges fonctionnel Méthode itérative Travail en collaboration étroite avec les chercheurs Prototype prévu pour l automne qui permettra de valider le modèle de données et servira de base pour la réalisation de la version finale GFII 12/09/2013 X. Manival, F.Tisserand-Bedri 14

15 Intérêts de la plateforme pour les chercheurs Gestion mutualisée et centralisée des matériels d étude Saisie assistée des informations Descriptions avec des métadonnées conformes et validées Extraction d informations pour faciliter la rédaction de rapports, le remplissage de bons de commande,, et pour garantir la reproductibilité de l information Gain en temps et en efficacité GFII 12/09/2013 X. Manival, F.Tisserand-Bedri 15

16 Conclusion Synergie chercheur/documentaliste/informaticien Perspectives : Déploiement possible de l application vers d autres laboratoires Ouverture des données vers l extérieur Evolutions possibles vers le cahier de laboratoire électronique GFII 12/09/2013 X. Manival, F.Tisserand-Bedri 16

17 Personnes impliquées Inist Documentalistes : M.C. Jacquemot, F. Tisserand-Bedri, A. Zasadzinski Informaticiens : T. Chardet, S. Schneider, L. Walle IMoPA Coordinateur : X. Manival Responsables de bases de données : C. Loegler, A. Bianchi, L. Ayadi, S. Boutserin, J-B. Vincourt, H. Kempf, F. Blanloeil GFII 12/09/2013 X. Manival, F.Tisserand-Bedri 17