TUTORAT UE spécifiques

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1 FACULTE de PHARMACIE TUTORAT UE spécifiques Méthodes d étude et d analyse du génome Annales du concours PCEM1 (2005 à 2010) QCM n 1 : Concours 2010 Soient les sites de reconnaissance suivants correspondants à des enzymes de restriction (dont le nom est indiqué) et pour lesquels le site de coupure est indiqué par une barre oblique. 1) EagI C/GGCCG 2) NcoI C/CATGG 3) NotI GC/GGCCGC 4) BspHI T/CATGA 5) FseI GGCCGG/CC Quelle est la réponse qui propose tous les couples d enzymes qui sont compatibles pour la soudure par une ligase? A) 1-3 ; 2-4 B) 1-5 ; 3-5 C) 1-3 ; 2-4 ; 1-5 ; 3-5 D) 2-4 E) Autre réponse QCM n 2 : Concours 2010 Soit le schéma suivant qui montre la position de l amorce utilisée pour réaliser un séquençage du brin d ADN dont la séquence et l orientation sont montrées. 5 - TTCGATATCTGGCCTAAATTCCGCAAGCCTGGCAT - 3 Quel est le cadre qui montre le bon autoradiogramme sur lequel une partie seulement de la séquence obtenue est montrée? Les pistes correspondant aux différents didésoxynucléotides utilisés sont indiquées au dessus de chaque autoradiogramme. A C G T A C G T A C G T A C G T A C G T A) B) C) D) E) Remarque : la flèche indique le sens de migration sur le gel Tutorat UE spécifique Méthodes d étude et d analyse du génome 1 / 9

2 QCM n 3 : Concours 2010 Concernant la procédure de PCR (classique ou en temps réel), quelle est la réponse qui regroupe le maximum de propositions exactes et uniquement des propositions exactes? 1) Les deux amorces utilisées ont généralement la même séquence. 2) Une amplification exponentielle peut être réalisée même si on utilise une seule amorce au cours de la PCR. 3) Dans la PCR en temps réel, on détermine pour chaque tube d échantillon le niveau de fluorescence obtenu après un nombre fixé de cycles qui est le même pour tous les tubes. 4) En partant d une seule molécule d ADN (double brin) et après 10 cycles d une PCR réalisée dans des conditions normales (avec 2 amorces), le nombre total de brins obtenus (incluant les brins de départ) est théoriquement de A) 1-3 B) 2 C) 3 D) 4 E) Autre réponse QCM n 4 : Concours 2009 On réalise chez un patient hétérozygote pour un RFLP une «PCR restriction». Les sites d hybridation pour les amorces sont placés symétriquement par rapport au site de restriction qui porte ce RFLP. Après amplification puis coupure par l enzyme de restriction correspondante, combien observera-t-on de bandes sur gel, après migration. A) 1 B) 2 C) 3 D) Aucune E) Autre réponse QCM n 5 : Concours 2009 Soit un fragment d ADN sur lequel sont représentés l emplacement de certains sites de restriction. Les zones d hybridation correspondant à différentes sondes radioactives (utilisées à raison d une sonde par expérience) sont celles qui correspondent à la projection sur l ADN des zones délimitées par les rectangles hachurés. Les différents transferts de Southern réalisés sont révélés par autoradiographie, (on considérera que quelle que soit la longueur de la zone de complémentarité entre la sonde et la cible, il y a hybridation). Sonde 3 Sonde 4 Sonde 2 Sonde 5 Sonde 1 HindIII BamH1 HindIII BamH1 7 kb ADN Quelle(s) sonde(s) permettrai(en)t de révéler sur l autoradiographie, deux bandes distinctes (correspondant à des poids moléculaires différents) après le transfert de Southern de cet ADN coupé à la fois par HindIII et BamH1. A) La sonde 1 ainsi que la sonde 3 B) La sonde 2 ainsi que la sonde 4 C) La sonde 1 D) La sonde 3 ainsi que la sonde 5 E) Autre réponse Tutorat UE spécifique Méthodes d étude et d analyse du génome 2 / 9

3 QCM n 6 et 7 couplés /!\ Ces exercices 6 et 7 ne s intègrent plus dans les objectifs de cette année /!\ QCM n 6 : Concours 2009 On effectue une PCR quantitative en temps réel. On dispose de 2 tubes (x et y) contenant chacun une quantité différente de duplex (double brin) d un ADN. Le seuil de fluorescence qui a été défini, est atteint pour le tube x après 7 cycles, et pour le tube y après 9 cycles. A ce moment, l amplification pour les deux tubes est dans la phase exponentielle de croissance. Quelle est la réponse qui regroupe le maximum de propositions exactes et uniquement des propositions exactes? 1) Initialement, le tube x contenait plus d ADN que le tube y. 2) Le moment le plus opportun pour mesurer la fluorescence se situe durant l étape de dénaturation. 3) Au cours du premier cycle, l étape d élongation précède l étape de dénaturation. 4) Au cours de l étape d élongation, les amorces se décrochent des brins sur lesquels elles s étaient hybridées durant l étape d hybridation. A) 1 B) 2 C) 3 D) 3-4 E) Autre réponse QCM n 7 : Concours 2009 On supposera en première approximation, que l intensité de l émission de fluorescence correspondant à un tube de PCR, est proportionnelle au nombre de brins courts contenus dans ce tube au moment de la mesure. On supposera que le tube y contenait 20 duplex d ADN avant l amplification. Quelle est la réponse qui propose le nombre le plus proche du nombre de duplex que devait théoriquement contenir le tube x avant amplification. A) 5 B) 80 C) D) E) QCM n 8 et 9 couplés QCM n 8 : Concours 2006 Soient les sites de restriction suivants (écrits en minuscules) selon les conventions habituelles d orientation. BamH1 : g/gatcc Cla I: at/cgat BstU I: cg/cg Hind III : a/agctt Hpa II: c/cgg Sac I: gagct/c Bgl II: a/gatct Combien peut-on former de couples d enzyme dont les extrémités cohésives sont compatibles pour la soudure par une ligase (on considérera qu un couple est formé de deux enzymes différentes). A) 1 B) 2 C) 3 D) 4 E) Autre réponse QCM n 9 : Concours 2006 Parmi les enzymes décrites dans la question précédente, combien génèrent une extrémité 3 sortante. Pour cette année, extrémité 3 sortante = extrémité 5 cohésive A) 1 B) 2 C) 3 D) 4 E) Autre réponse Tutorat UE spécifique Méthodes d étude et d analyse du génome 3 / 9

4 QCM n 10 : Concours 2007 On souhaite amplifier le fragment d ADN double brin dont la séquence au niveau des extrémités est représentée sur la figure suivante. 5 3 GGCTCGAAGT AAGTGGTCGG 3 5 Parmi les amorces proposées, lesquelles auront une séquence compatible pour cette amplification (on ne tiendra pas compte des problèmes inhérents à la longueur des amorces). 1) 5 -AAGTGGTCGG-3 5) 5 -TGAAGCTCGG-3 2) 5 -GGCTCGAAGT-3 6) 5 -GGCTCGAAGT-3 3) 5 -CCGACCACTT-3 7) 5 -CCGAGCTTCA-3 4) 5 -TTCACCAGCC-3 8) 5 -ACTTCGAGCC-3 A) 1 et 5 B) 2 et 6 C) 3 et 7 D) 4 et 8 E) Autre réponse QCM n 11 : Concours 2008 Deux échantillons contenant chacun un certain nombre de copies d une même séquence, et correspondant respectivement aux courbes A et B de la figure ci-dessous, sont analysés par une PCR en temps réel. Ces courbes A et B correspondent à l apparition de la fluorescence pour ces deux échantillons. Ne s intègre plus dans les objectifs de la PACES. Fluorescence Seuil de fluorescence 1 A B Seuil de fluorescence 2 Nombre de cycles 1) Avant de réaliser cette PCR, l échantillon correspondant à B contenait plus de copies que l échantillon correspondant à A. 2) Le seuil de fluorescence à partie duquel on comptabilise le nombre de cycles qui permettra de comparer le nombre de copies initiales pour chaque échantillon est correctement placé s il s agit du seuil de fluorescence 1 de la figure. 3) Le seuil de fluorescence à partie duquel on comptabilise le nombre de cycles qui permettra de comparer le nombre de copies initiales pour chaque échantillon est correctement placé s il s agit du seuil de fluorescence 2 de la figure. 4) La PCR en temps réel n utilise pas d agent fluorescent. 5) La PCR en temps réel est une méthode qui ne permet pas de comparer le nombre de copies initiales des échantillons. Quelle est la réponse qui regroupe le maximum de propositions exactes et uniquement des propositions exactes. A) 1-3 B) 2-4 C) 3 D) 4-5 E) Autre réponse Tutorat UE spécifique Méthodes d étude et d analyse du génome 4 / 9

5 Sens de migration Sens de migration QCM n 12 : Concours 2008 Chez un patient, un séquençage (méthode de Sanger) utilise une amorce complémentaire du brin «codant» d un gène. Ce séquençage conduit à un autoradiogramme unique sur lequel apparaît une centaine de bandes, et dans lequel nous n effectuerons la lecture que de deux parties I et II (montrées sur le schéma ci-dessous), l une d elles étant située sur la partie haute, et l autre sur la partie basse de cet autoradiogramme (celui-ci ayant la même orientation que le gel lors de sa migration). La lecture des parties I et II, permet de retrouver respectivement une partie de la séquence du brin «codant» proche de l extrémité 5, et une partie de la séquence proche de l extrémité 3 de ce brin. Partie I A C G T Partie II A C G T Quelle est la réponse qui propose la séquence correcte de ces deux parties du brin «codant» écrite suivant la convention habituelle d orientation (la séquence située entre ces deux parties est symbolisée par des pointillés). A) TCAAACGTT TGCGTACGG B) TGCGTACGG TCAAACGTT C) AGTTTGCAA ACGCATGCC D) ACGCATGCC AGTTTGCAA E) Autre réponse. QCM n 13 : Concours ) Sur le gel d électrophorèse, la zone de migration correspondant à la partie I de cet autoradiogramme est située en dessous de celle correspondant à la partie II de cet autoradiogramme. Car 2) Les fragments qui migrent au niveau de la zone correspondant à la partie I sont plus longs que ceux qui migrent au niveau de la zone correspondant à la partie II. A) Les deux propositions sont vraies avec relation de cause à effet. B) Les deux propositions sont vraies sans relation de cause à effet. C) La première proposition est vraie et la seconde est fausse. D) La première proposition est fausse et la seconde est vraie. E) Les deux propositions sont fausses Tutorat UE spécifique Méthodes d étude et d analyse du génome 5 / 9

6 QCM n 14 : Concours 2007 Soient les deux enzymes de restriction suivantes dont les sites de coupure sont indiqués : Enzyme n 1 : a/agctt Enzyme n 2 : gagct/c 1) Ces deux enzymes ont des extrémités cohésives compatibles pour la soudure par une ligase. Car 2) Leurs extrémités sortantes respectives possèdent le même nombre de nucléotides. A) Les deux propositions sont vraies avec relation de cause à effet. B) Les deux propositions sont vraies sans relation de cause à effet. C) La première proposition est vraie et la seconde est fausse. D) La première proposition est fausse et la seconde est vraie. E) Les deux propositions sont fausses. QCM n 15 : Concours 2006 On réalise une PCR (réaction de polymérisation en chaîne) de 20 cycles sur une seule molécule double brin d ADN génomique. En admettant que le rendement de la PCR soit de 100%, quel est le nombre de simples brins longs (autres que les brins matriciels) théoriquement générés au cours de cette PCR (on donne 2 10 = 1024)? Ne s intègre plus dans les objectifs de la PACES. A) 2048 B) 40 C) 44 D) 1024 E) Autre réponse QCM n 16 : Concours 2005 On réalise un séquençage selon la méthode de Sanger. D après l image ci-dessous donnée par l autoradiogramme, quelle est la séquence du segment de DNA qui a servi de matrice pour réaliser ce séquençage? A C G T A) 5 -TTTCCCAAA-3 B) 5 -AAACCCTTT-5 C) 5 -AAAGGGTTT-3 D) 5 -TTTGGGAAA-3 E) Autre réponse Tutorat UE spécifique Méthodes d étude et d analyse du génome 6 / 9

7 QCM n 17 : Concours 2005 Les séquences qui correspondent respectivement aux sites de reconnaissance des enzymes de restriction BamH I, Bgl II et Xba I sont (avec les conventions habituelles d orientation) : G/GATCC et A/GATCT et T/CTAGA. Concernant un fragment d ADN double brin d un plasmide, dont la séquence de l un des brins est représentée ci-dessous (toujours avec les conventions habituelles d orientation), quelle est la réponse qui regroupe le maximum de propositions exactes et seulement des propositions exactes? GGGATCCTTTTTTTTTTTAAAAAAAAAAAGATCTTT 1) Le fragment d ADN double brin correspondant possède un seul site BamH1 et un seul site Bgl II. 2) Si l orientation de la séquence plasmidique ci-dessus était l inverse de celle stipulée dans la convention habituelle, la proposition 1 serait toujours vraie. 3) Si l orientation de la séquence plasmidique ci-dessus était l inverse de celle stipulée dans la convention habituelle, le fragment d ADN double brin correspondant pourrait être coupé par Xba I. 4) Avec la convention habituelle d orientation, et après coupure du plasmide double brin par BamH I et Bgl II, il sera possible de refermer ce plasmide par une ligase, après élimination du petit fragment central. A) 1-2 B) 2-3 C) 1 seulement D) E) Autre réponse QCM n 18 : Concours 2006 Quelle est la réponse qui regroupe le maximum de propositions compatibles avec le schéma suivant qui représente la migration d un plasmide : non coupé (NC), coupé par l enzyme de restriction A (A), coupé par l enzyme de restriction B (B), ou par les deux enzymes à la fois (A+B). On ne considérera que la situation qui contient le minimum de sites de restriction compatibles avec le schéma (les tailles sont exprimées en pb) NC A B A+B ) La longueur du fragment le plus court situé entre deux sites correspondant à B est identique à la longueur du fragment le plus court situé entre deux sites correspondant à A. 2) Il est impossible de trouver une configuration des sites qui rende compte du schéma de coupure. 3) Deux sites correspondant à A et deux sites correspondant à B suffisent pour rendre compte du schéma de coupure. 4) L un des sites correspondant à B est juste à côté de l un des sites correspondant à A. 5) Deux des sites correspondant à B sont diamétralement opposés. A) 1-4 B) 2-3 C) 3-4 D) 1-3 E) Autre réponse Tutorat UE spécifique Méthodes d étude et d analyse du génome 7 / 9

8 QCM n 19 : Concours 2006 O1 B A B O2 500 pb Soit le fragment d ADN ci-dessus contenant trois sites de restriction correspondant aux enzymes A et B, et deux sites O1 et O2 d appariement pour des amorces de PCR (la longueur du fragment amplifié étant égale à celle du fragment situé entre O1 et O2). Tous les segments délimités sur le schéma sont de longueur identique est égale à 500 pb. On réalise une PCR restriction de ce fragment. Sachant que c est le site muté qui ne pourra plus être coupé par l enzyme correspondante, donner la réponse qui indique les bonnes associations entre les sujets porteurs ou non de mutations sur les sites de restriction, et les schémas représentant la révélation en bromure d éthidium (BET) de la migration sur gel de la PCR après coupure (les tailles des fragments sont exprimées en pb). a) sujet homozygote pour tous les sites non mutés, et coupure par A et B du produit de la PCR. b) sujet hétérozygote pour la mutation du site A, et coupure par A seulement du produit de la PCR. c) sujet hétérozygote pour la mutation d un seul des sites B et coupure par A et B du produit de la PCR. d) sujet hétérozygote pour la mutation simultanée des deux sites B et coupure par B seulement du produit de la PCR. 1) 2) 3) 4) 5) A) a5-b4-c3-d2 E) Autre réponse B) a5-b3-c4-d1 C) a1-b4-c2-d3 D) a2-b3-c5-d Tutorat UE spécifique Méthodes d étude et d analyse du génome 8 / 9

9 QCM n 20 : Concours 2007 On considère un ADN dont le duplex est représenté sur la figure suivante avec l emplacement des sites de coupure pour les enzymes de restriction HindIII et EcoRI. La position de la séquence complémentaire d une sonde est aussi représentée sur cette figure. On suppose qu il existe une mutation qui abolit la coupure par EcoRI. L ADN génomique de certains patients est purifié, coupé par HindIII et EcoRI, puis analysé par la technique de Southern après hybridation avec la sonde spécifique. Quelle est la réponse qui associe la bonne représentation d une autoradiographie obtenue à la fin de cette procédure, aux différents patients qui peuvent être : a) homozygotes pour la mutation b) hétérozygotes pour la mutation c) non porteurs de la mutation HindIII EcoRI HindIII HindIII Zone d hybridation de la sonde 3 kb 3 kb 3 kb 3 kb 1) 2) 3) 4) A) a-1 b-2 c-3 E) Autre réponse B) a-2 b-4 c-1 C) a-3 b-1 c-2 D) a-4 b-2 c-1 Réponses : 1A, 2A, 3D, 4B, 5B, 6A, 7B, 8B, 9A, 10C, 11C, 12A, 13D, 14D, 15B, 16A, 17D, 18D, 19E (a5-b4-c3-d1), 20B Tutorat UE spécifique Méthodes d étude et d analyse du génome 9 / 9