25es Journées francophones d'ingénierie des Connaissances. Clermont Ferrand, du 12 au 16 mai 2014 IDOSCHISTO

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1 25es Journées francophones d'ingénierie des Connaissances Clermont Ferrand, du 12 au 16 mai 2014 IDOSCHISTO Une extension de l ontologie noyau des maladies infectieuses (IDO-Core) pour la schistosomiase Gaoussou Camara 1,2,3, Sylvie Despres 1, Moussa Lo 2 1 LIMICS UMRS 1142, Université Paris 13, Sorbonne Paris Cité, Bobigny, France. sylvie.despres@univ-paris13.fr 2 LANI, Université Gaston Berger, B.P. 234 Saint-Louis, Sénégal. 3 Université Alioune Diopde Bambey, B.P. 30, Bambey, Sénégal. {gaoussou.camara,moussa.lo}@ugb.edu.sn

2 Sommaire Contexte Méthodologie de construction d IDOSCHISTO Modularisation de l ontologie IDOSCHISTO Réutilisation de ressources ontologiques IDOSCHISTO : Schistosomiasis Domain Ontology Conclusion et discussion 14/05/2014 2

3 Contexte Prévention et contrôle de la schistosomiase Nécessité de mettre en place un système de veille épidémiologique Supervision, explication, prédiction, alerte et décision 14/05/2014 3

4 Contexte Communication et partage de connaissances Epidémiologiste Biologiste Parasitologue Météorologue Médecin Acteur politique Pluridisciplinarité Points de vue différents sur le même domaine 14/05/2014 4

5 Méthodologie de construction d IDOSCHISTO Projet NeOn 14/05/2014 5

6 Méthodologie de construction d IDOSCHISTO Décomposition en niveaux d abstraction DOLCE BFO GFO SUMO IDO-Core LKIF-Core NLP Interchange Format SIOC Organization Ontology Gene Ontology FOAF Music Ontology GeoNames Ontology 14/05/2014 6

7 Méthodologie de construction d IDOSCHISTO Infectious Disease Ontology Core (IDO-Core) Modélisation des connaissances communes aux maladies infectieuses Interopérabilité entre les ontologies de maladie infectieuse spécifique Extension : Brucellose, Dengue, Grippe, etc. Couverture des perspectives biologique et clinique Limite Faiblesse de la modélisation de la perspective épidémiologique Construction d IDSDO-Core Infectious Disease Spreading Domain Ontology - Core Réutilisation de BFO comme ontologie de fondement github.com/gaoussoucamara/idoschisto/blob/master/idsdo-core.owl 14/05/2014 7

8 Modularisation de l ontologie IDOSCHISTO Prise en compte des différentes perspectives 14/05/2014 8

9 Réutilisation de ressources ontologiques Ontologies Epi. Clin. Bio. Basic Formal Ontology (BFO) Infectious Disease Ontology (IDO) ID Spreading Ontology (IDSDO-Core) Information Artifact Ontology (IAO) Pathogen transmission (PT) Human Disease Ontology (DOID) Ontology for General Medical Science (OGMS) Symptom Ontology (SO) Vaccine Ontology (VO) Ontology of Biomedical Investigation (OBI) Chemical Entities of Biological Interest (ChEBI) Protein Ontology (PO) NCBI Taxonomy Database 14/05/2014 9

10 Réutilisation de ressources ontologiques Réutilisation d ontologies de relations biomédicales Relation Ontology(RO) Relations pertinentes et bien fondées pour les ontologies biomédicales RO-Bridge Contraintes de domaineet de co-domaineaux relations de RO avec les concepts de BFO Deux types de relations Relations Intra-Perspective (Intra-PR) Entre entités de la même perspective Relations Inter-Perspective (Inter-PR) Entre entités de perspectives différentes 14/05/

11 Réutilisation de ressources ontologiques Extraction et intégration des modules Classification des schistosomes dans NCBI taxonomy Import complet d IDO, d IDSDO et BFO #ONTOFOX 14/05/

12 Réutilisation de ressources ontologiques Métrique 14/05/

13 IDOSCHISTO : Schistosomiasis Domain Ontology 14/05/

14 IDOSCHISTO : Schistosomiasis Domain Ontology Relation participates_in Inter-PR : Host/Patient Spreading Intra-PR : Host/Patient et Pathogen Contamination Relation transformation_of Intra-PR : Cycle de vie des espèces (e.g. parasite/schistosome) Derives_from: multiplication des sporocystes en furcocercaires 14/05/

15 IDOSCHISTO : Schistosomiasis Domain Ontology 14/05/

16 IDOSCHISTO : Schistosomiasis Domain Ontology 14/05/

17 IDOSCHISTO : Schistosomiasis Domain Ontology «Quels sont les types de schistosomiase auxquels sont exposées les populations du quartier de Ndiaw?» Les espèces de mollusques déterminent les types de schistosomiase (Diaw, Vassiliades, Seye, & Sarr, 1998) Bulins : S. Haematobium schistosomiase urinaire Biomphalaria : S. Mansoni schistosomiase intestinale 14/05/

18 IDOSCHISTO : Schistosomiasis Domain Ontology 14/05/

19 Conclusion et discussions Méthode de construction d IDOSCHISTO Extension d IDO-Core, d IDSDO-Core et BFO Objectif : fournir une ontologie réutilisable Validité : couverture, extensibilité, formalisation Modularisation de l ontologie de domaine IDOSCHISTO Extraction et fusion des modules correspondant aux perspectives (biologique, clinique et épidémiologique) Gestion de l évolution d IDOSCHISTO et de ses modules Résolution des problèmes de redondance qui émergent de l import de ressources ontologiques existantes Evaluation de l apport de l ontologie pour la veille de la schistosomiase au Sénégal 14/05/

20 Référence Ontologie : github.com/gaoussoucamara/idoschisto/blob/master/idoschisto.owl 14/05/2014

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