Comment rendre un résultat en panel?

Transcription

1 Réunion régionale ONCOMIP oncogénétique «Nouveaux gènes de prédisposition Prise en charge régionale» IUCT site Oncopôle, Toulouse, mercredi 27 janvier 2016 Comment rendre un résultat en panel? Dr Catherine Noguès Institut Curie - Hôpital René Huguenin, Saint-Cloud

2 L oncogénétique actuellement Qu est ce que l on sait Qu est ce que l on sait faire - une histoire familiale évocatrice (phénotype familial) = une analyse génétique spécifique - une mutation délétère identifiée dans une famille = des tests génétiques ciblés pour les apparentés - des référentiels de prise en charge clinique Qu est ce que l on a mis en place en France - le dispositif d oncogénétique (consultations, labos, suivi), plans cancer

3 Evolution du nombre de prescriptions Prescription Cas index +58% Apparentés +40% 25 laboratoires 80 gènes Cas index :10% de mutations ponctuelles identifiées, 0,9% de RGT identifiés cas index et apparentés porteurs d une mutation

4 Syndrome seins-ovaires : Taux de mutations identifiées chez les cas index Cas index testés +58% Nb CI porteurs mutation +25%

5 Syndrome de Lynch (colon-endomètre): Taux de mutations identifiées chez les cas index Cas index testés +29% Nb CI porteurs mutation

6 L oncogénétique demain (mais déjà en mouvement) Qu est ce que l on met au point dans les laboratoires - Révolution technique : implémentation du séquençage de nouvelle génération (NGS : next generation sequencing) - Réduction des délais - Panels de gène en cours de constitution (Diag/recherche), à terme exomes - Dg : Identifier de nouveaux types d altérations et des altérations en mosaïque, Réorientation de phénotypes chevauchants, Recherche : Analyse de régions non explorées en Sanger pour les cas très évocateurs Qu est ce que l on va faire - un phénotype familial = une analyse par panels de gènes voire exome, possibilité de découvertes «non prévues» (secondary or incidental findings) - Bien apprécier l utilité clinique et donc l information à donner aux patients - Adapter les référentiels de prise en charge clinique (revenir au phénotype?) Comment va évoluer l organisation? - le dispositif d oncogénétique, plan cancer

7 I. APPORT DES PANELS AU DIAGNOSTIC Polypose adénomateuse adénomes adénomes Polypose harmatomateuse CRC < 60 ans ou Agrégation familiale < 5-15 adénomes Récessif ou sporadique Dominant Chevauchement phénotypique RER + IHC RER - MYH+ APC+++ Si négatif Si négatif? APC MYH STK11, SMAD4, BMPR1, PTEN MMR Analyse ciblée ou non

8 L oncogénétique demain (mais déjà en mouvement) Qu est ce que l on met au point dans les laboratoires - Révolution technique : implémentation du séquençage de nouvelle génération (NGS : next generation sequencing) - Réduction des délais - Panels de gène en cours de constitution (Diag/recherche), à terme exomes - Dg : Identifier de nouveaux types d altérations et des altérations en mosaïque, Réorientation de phénotypes chevauchants, Recherche : Analyse de régions non explorées en Sanger pour les cas très évocateurs Qu est ce que l on va faire - un phénotype familial = une analyse par panels de gènes voire exome, possibilité de découvertes «non prévues» (secondary or incidental findings) - Bien apprécier l utilité clinique et donc l information à donner aux patients - Adapter les référentiels de prise en charge clinique (revenir au phénotype?) Comment va évoluer l organisation? - le dispositif d oncogénétique, plan cancer

9 American College of Medical Genetics and Genomic Green, Genet Med 2013 Voire également Lu, JCO 2014 DPC Haut risque familial et génétique sein/ovaire,. SFG

10 Discussion... Appliquer les standards connus pour un gène donné Oui, mais Le mode de recensement de la famille impacte forcément sur le risque absolu «apparent». Le phénotype familial inclut non seulement le gène «identifié» comme gène de susceptibilité mais aussi tous les autres facteurs (génétiques, épigénétiques, environnementaux, style de vie etc ) encore inconnus Tant que l on ne connait pas les risques.. Les recommandations pour la prise en charge des patients ne devraient-elles pas être orientées par le phénotype familial???

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13 QUESTIONNAIRE SUR LES PRATIQUES NOUVELLES EN ONCOGENETIQUE Réunion GGC-praticiens du 6 juillet 2015

14 Analyses en panel de gènes en oncogénétique Les analyses en panel de gènes sont-elles effectives dans votre centre? 12 équipes = OUI présentation par chaque équipe présente Bordeaux CLCC, Caen CLCC, Dijon CHU/CLCC, Lille CHU, Limoges CHU, Strasbourg CLCC, Strasbourg CHU, Paris APHP Cochin, Paris APHP St Louis, Paris/St Cloud IC CLCC, Rennes St Brieux CLCC CHU Rouen CHU 21 équipes = NON Dont 1 équipe opérationnel mais en validation technique, Paris APHP Pitié,

15 Expérience de l Institut Curie

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20 Analyses en panel de gènes en oncogénétique Institut Curie, Paris/St Cloud

21 Analyses en panel de gènes en oncogénétique Institut Curie, Paris/St Cloud

22 Analyses en panel de gènes en oncogénétique Institut Curie, Paris/St Cloud

23 Les mutations «incidentes» : 1226 analyses «panel» prescrites en 2015 (au 30 novembre) 861 panels élargis 375 panels restreints 669 «panels sein élargis» versus 176 «panels sein restreints» Au minimum 80% des patientes demandent un panel élargi

24 Panels élargis Panels restreints

25 Les mutations «incidentes» 861 «panels élargis» prescrits en 2015 (au 30 novembre) 11 mutations identifiées sur les gènes actionnables : 1 mutation délétère du gène BRCA1 2 mutations délétères du gène MSH6 ( 8 mutations monoalléliques du gène MUTYH) Mutation incidente identifiée chez 1 personne sur 287 (0,35% des cas)

26 F19961 (Paris) : mutation c.3770_3771del /p.glu1257glyfster9) du gène BRCA1 adénocarcinome colique à cellules indépendantes dg à 16 ans chez la fille consultation de résultat le 16 octobre (Bruno BUECHER)

27 F3438 (Paris / Saint-Cloud) : mutationc.3103c>t / p.(arg1035*) du gène MSH6 59 ans, adénocarcinome ovarien extrêmement peu différencié de haut grade à 45 ans Pas de bloc (tumeur de 1993) CCI de grade III à 50 ans Consultation à Paris en 2001 : période de réflexion nécessaire Consultation à Saint-Cloud en 2015 (panel sein élargi) consultation de résultat le 17 août Signature consentement pour le réseau PRED-IdF

28 F20542 (Paris) : mutationc.3934_3937dup / p.(ile1313serfs*7) du gène MSH6 Panel sein élargi (PPA = 9%) consultation de résultat le 18 décembre (Bruno BUECHER)

29 Les mutations de PALB2 : PALB2 gène «principal» depuis les analyses du 21/07/ analyses «panel» prescrites avec analyse PALB2 dans les gènes principaux (au 30 novembre) 4 mutations PALB2 identifiées (0,65% de mutations) (toutes les mutations identifiées dans la prescription d un panel sein élargi) 22 mutations BRCA1 identifiées (5,3% de mutations) 20 mutations BRCA2 identifiées (4,8% de mutations)

30 4 mutations tronquantes identifiées dans 835 familles (0,36% des cas analysés) 194 familles de la consultation de Strasbourg (BRCA1/2 négatives) 641 patientes de la cohorte GENESIS 662 contrôles analysés

31 I dcd à 79 ans 73 ans K sein Dg 67 ans II 45 ans 46 ans K sein Dg 38 ans 49 ans 50 ans dcd à 49 ans K sein Dg 40 ans K sein Dg 44 ans K ovaire Dg 49 ans 38 ans III 20 ans 17 ans 18 ans 15 ans 12 ans 22 ans 21 ans 11 ans 25 ans 19 ans 13 ans 10 ans

32 I dcd à 79 ans 73 ans K sein Dg 67 ans II 45 ans 46 ans 49 ans 50 ans dcd à 49 ans 38 ans K sein Dg 38 ans K sein Dg 40 ans K sein Dg 44 ans mut. BRCA1 mut. BRCA1 pas de mut.brca1 mut. BRCA1 K ovaire Dg 49 ans pas de mut.brca III 20 ans 17 ans 18 ans 15 ans 12 ans mut. BRCA1 22 ans 21 ans 11 ans 25 ans 19 ans 13 ans 10 ans

33 I dcd à 79 ans 73 ans K sein Dg 67 ans II 45 ans 46 ans K sein Dg 38 ans pas de mutation identifiée 49 ans 50 ans dcd à 49 ans K sein Dg 40 ans K sein Dg 44 ans K ovaire Dg 49 ans 38 ans III 20 ans 17 ans 18 ans 15 ans 12 ans 22 ans 21 ans 11 ans 25 ans 19 ans 13 ans 10 ans