Chapitre 2 Evaluation des caractéristiques d un test diagnostique Exercices commentés. José LABARERE
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- Aurélien Bergeron
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1 UE4 : Biostatistiques Chapitre 2 Evaluation des caractéristiques d un test diagnostique Exercices commentés José LABARERE Année universitaire 2011/2012 Université Joseph Fourier de Grenoble - Tous droits réservés.
2 Exercice I Une étude a été conduite chez 317 patients pour évaluer les caractéristiques du dosage qualitatif des d- dimères pour le diagnostic de la thrombose veineuse profonde (phlébite). 16 patients avaient une thrombose veineuse profonde. Le dosage qualitatif des d-dimères était positif chez 14 patients avec une thrombose veineuse profonde et chez 85 patients sans thrombose veineuse profonde.
3 Questions 1. Calculez la sensibilité et la spécificité du dosage qualitatif des d-dimères. 2. Calculez le rapport de vraisemblance du dosage qualitatif des d-dimères positif. 3. Calculez le rapport de vraisemblance du dosage qualitatif des d-dimères négatif. 4. Calculez la valeur prédictive négative du dosage qualitatif des d-dimères. 5. Quelle serait la valeur prédictive négative si la prévalence de la thrombose veineuse profonde était 5 fois plus élevée chez les patients admis aux urgences?
4 1. Calculez la sensibilité et la spécificité TVP + TVP - D-dimère D-dimère Se = P (DD+/TVP+) = VP / (VP + FN) = 14 / 16 = 0,87 Sp = P (DD-/TVP-) = VN / (VN + FP) = 216 / 301 = 0,72
5 2. Calculez le rapport de vraisemblance du dosage qualitatif des d-dimères positif TVP + TVP - D-dimère D-dimère L P P T /M Se 0,87 T /M 1Sp 1 0,72 3,11
6 3. Calculez le rapport de vraisemblance du dosage qualitatif des d-dimères négatif TVP + TVP - D-dimère D-dimère λ P P T T /M /M 1Se Sp 1 0,87 0,72 0,18
7 4. Calculez la valeur prédictive négative du dosage qualitatif des d-dimères. TVP + TVP - D-dimère D-dimère VPN P M /T VN 216 VN FN ,99
8 5. Quelle serait la valeur prédictive négative si la prévalence de la thrombose veineuse profonde était 5 fois plus élevée? TVP + TVP - D-dimère + VP FP D-dimère - FN VN m 1 m 0 n VPN P P P M /T VN VN FN VN PM.PT /M 1- p. Sp FN PM.PT /M p1 Se VPN 1- p.sp 1- p.sp p. 1-Se
9 5. Quelle serait la valeur prédictive négative si la prévalence de la thrombose veineuse profonde était 5 fois plus élevée? VPN 1- p.sp 1- p.sp p. 1-Se Se = 0,87 Sp = 0,72 p = 5 x (16 / 317) = 0,25 VPN 1-0,25.0,72 1-0,25.0,72 0, ,87 0,94
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11 Exercice II Une étude a été conduite chez 126 patients pour évaluer l intérêt du dosage du brain natriuretic peptide (BNP) dans le diagnostic d insuffisance cardiaque en médecine ambulatoire. Quarante patients avaient une insuffisance cardiaque. Le dosage du BNP était positif (supérieur au seuil de 75 pg/ml) chez 37 patients dont 26 avaient une insuffisance cardiaque.
12 QCM 1 Dans cet échantillon d étude : A l effectif total de sujets est égal à 126. B l effectif de sujets vrais positifs est égal à 37. C l effectif marginal de sujets avec une insuffisance cardiaque est égal à 26. D la prévalence de l insuffisance cardiaque est égale à 40/126. E les propositions A, B, C, D sont fausses.
13 QCM 2 La probabilité que le dosage du BNP soit positif chez un patient avec une insuffisance cardiaque : A correspond à la valeur prédictive positive du BNP. B varie avec la prévalence de l insuffisance cardiaque. C est estimée par le rapport 26/37. D correspond à la sensibilité du BNP. E les propositions A, B, C, D sont fausses.
14 QCM 3 La probabilité que le dosage du BNP soit négatif chez un patient sans insuffisance cardiaque : A correspond à la spécificité du BNP. B varie avec la prévalence de l insuffisance cardiaque. C est estimée par le rapport 75/86. D correspond à la valeur prédictive négative du BNP. E les propositions A, B, C, D sont fausses.
15 QCM 4 Le rapport de vraisemblance du dosage positif du BNP est égal à 5. Cela signifie que : A le rapport de la sensibilité sur (1 la spécificité) du BNP est égal à 5. B Le rapport de vraisemblance du dosage positif du BNP varie avec la prévalence de l insuffisance cardiaque. C Le dosage du BNP est 5 fois plus souvent positif chez les sujets avec une insuffisance cardiaque que chez les sujets sans insuffisance cardiaque. D Le rapport de vraisemblance du dosage négatif du BNP est égal à 1/5. E les propositions A, B, C, D sont fausses.
16 QCM 1 - correction Dans cet échantillon d étude : A l effectif total de sujets est égal à 126. B l effectif de sujets vrais positifs est égal à 37. C l effectif marginal de sujets avec une insuffisance cardiaque est égal à 26. D la prévalence de l insuffisance cardiaque est égale à 40/126. E les propositions A, B, C, D sont fausses. Correction : A D
17 QCM 1 - correction IC+ IC- BNP + 26? 37 BNP -??? Total 40? 126 A l effectif total de sujets est égal à 126. Vrai B l effectif de sujets vrais positifs est égal à 37. Faux (VP = 26) C l effectif marginal de sujets avec une insuffisance cardiaque est égal à 26. Faux (IC+ = 40) D la prévalence de l insuffisance cardiaque est égale à 40/126. Vrai
18 QCM 2 - correction La probabilité que le dosage du BNP soit positif chez un patient avec une insuffisance cardiaque : A correspond à la valeur prédictive positive du BNP. B varie avec la prévalence de l insuffisance cardiaque. C est estimée par le rapport 26/37. D correspond à la sensibilité du BNP. E les propositions A, B, C, D sont fausses. Correction : D
19 QCM 2 - correction IC+ IC- BNP + 26? 37 BNP -??? Total 40? 126 La probabilité que le dosage du BNP soit positif chez un patient avec une insuffisance cardiaque : P(BNP+/IC+) = Se A correspond à la valeur prédictive positive du BNP. Faux : VPP = P(IC+/BNP+) B varie avec la prévalence de l insuffisance cardiaque. Faux (Se = intrinsèque) C est estimée par le rapport 26/37. Faux : Se = VP / (VP +FN) = 26 / 40 D correspond à la sensibilité du BNP. Vrai
20 QCM 3 - correction La probabilité que le dosage du BNP soit négatif chez un patient sans insuffisance cardiaque : A correspond à la spécificité du BNP. B varie avec la prévalence de l insuffisance cardiaque. C est estimée par le rapport 75/86. D correspond à la valeur prédictive négative du BNP. E les propositions A, B, C, D sont fausses. Correction : A C
21 QCM 3 - correction IC+ IC- BNP BNP Total La probabilité que le dosage du BNP soit négatif chez un patient sans insuffisance cardiaque : P(BNP-/IC-) = Sp A correspond à la spécificité du BNP. Vrai B varie avec la prévalence de l insuffisance cardiaque. Faux (Sp = intrinsèque) C est estimée par le rapport 75/86. Vrai : Sp = VN/(VN+FP) = 75/86 D correspond à la valeur prédictive du BNP. Faux : VPN = P(IC-/BNP-)
22 QCM 4 - correction Le rapport de vraisemblance du dosage positif du BNP est égal à 5. Cela signifie que : A le rapport de la sensibilité sur (1 la spécificité) du BNP est égal à 5. B Le rapport de vraisemblance du dosage positif du BNP varie avec la prévalence de l insuffisance cardiaque. C Le dosage du BNP est 5 fois plus souvent positif chez les sujets avec une insuffisance cardiaque que chez les sujets sans insuffisance cardiaque. D Le rapport de vraisemblance du dosage négatif du BNP est égal à 1/5. E les propositions A, B, C, D sont fausses. Correction : AC
23 QCM 4 - correction Le rapport de vraisemblance du dosage positif du BNP est égal à 5. Cela signifie que : L = P(T+/M) / P(T+/NM) = Se / (1-Sp) A le rapport de la sensibilité sur (1 la spécificité) du BNP est égal à 5. Vrai B Le rapport de vraisemblance du dosage positif du BNP varie avec la prévalence de l insuffisance cardiaque. Faux : Se et Sp sont des caractéristiques intrinsèques C Le dosage du BNP est 5 fois plus souvent positif chez les sujets avec une insuffisance cardiaque que chez les sujets sans insuffisance cardiaque. Vrai : L = P(T+/M) / P(T+/NM) = 5 P(T+/M)= 5 x P(T+/NM) D Le rapport de vraisemblance du dosage négatif du BNP est égal à 1/5. Faux : λ = P(T-/M) / P(T-/NM)
24 Exercice III Une étude a été conduite chez 2579 patients anémiques (hémoglobine <13g /dl) afin d évaluer les caractéristiques du dosage quantitatif de la ferritine sérique pour le diagnostic de carence martiale. Le diagnostic de certitude de carence martiale a été établi par un prélèvement de moelle osseuse chez 809 patients et écarté chez 1770 patients. NB : le test diagnostique est d autant plus positif que le dosage quantitatif de la ferritine sérique est faible (la maladie est une carence)
25 Carence martiale Ferritine sérique Oui Non (mmol/l) (n = 809) (N = 1770) < (59) 20 (1.1) (22) 79 (4.5) (10) 171 (10) (3.7) 168 (9.5) (5.9) 1332 (75) Les nombres entre parenthèses sont les pourcentages (%) Adapté d après Straus SE et al. Evidence-based medicine. 3rd edition. Toronto 2005.
26 QCM 5 Dans cet échantillon d étude, pour un seuil < 15 mmol/l : A la sensibilité de la ferritine sérique est égale à 474/809. B la spécificité de la ferritine sérique est égale à 20/1770. C la valeur prédictive positive de la ferritine sérique est égale à 474/494. D L effectif de sujets vrais positifs est égal à 474. E les propositions A, B, C, D sont fausses.
27 QCM 6 La figure suivante représente la courbe ROC du dosage quantitatif de la ferritine sérique pour le diagnostic de carence martiale. 1 0,9 0,8 0,7 0,6 0,5 0,4 0,3 0,2 0, ,1 0,2 0,3 0,4 0,5 0,6 0,7 0,8 0,9 1
28 QCM 6 Les valeurs de la courbe ROC correspondent à A la spécificité de la ferritine sérique, en abscisse. B la spécificité de la ferritine sérique, en ordonnée. C (1- la sensibilité) de la ferritine sérique, en abscisse. D la sensibilité de la ferritine sérique, en ordonnée. E les propositions A, B, C, D sont fausses.
29 QCM 7 Dans cet échantillon, l aire sous la courbe ROC de la ferritine sérique A est égale à 1. B peut être déterminée par la méthode trapézoïdale C est comprise entre 0,5 et 1. D est négative. E les propositions A, B, C, D sont fausses.
30 QCM 8 Dans cet échantillon d étude, pour un seuil < 35 mmol/l : A la sensibilité de la ferritine sérique est égale à 81%. B la spécificité de la ferritine sérique est égale à 5,6%. C Le taux de faux positif de la ferritine sérique est égal à 5,6%. D la sensibilité de la ferritine sérique est égale à 22%. E les propositions A, B, C, D sont fausses.
31 QCM 9 La figure suivante représente la courbe ROC du dosage quantitatif de la ferritine sérique pour le diagnostic de carence martiale. 1 0,9 0,8 0,7 0,6 0,5 0,4 0,3 0,2 Point X 0, ,1 0,2 0,3 0,4 0,5 0,6 0,7 0,8 0,9 1
32 QCM 9 Le point X indiqué sur la courbe ROC A correspond à une sensibilité de 59%. B correspond à un seuil de ferritine sérique < 15 mmol/l. C correspond à une spécificité de 1,1%. D correspond à un seuil très sensible avec la spécificité la moins détériorée possible. E les propositions A, B, C, D sont fausses.
33 QCM 5 - correction Dans cet échantillon d étude, pour un seuil < 15 mmol/l : A la sensibilité de la ferritine sérique est égale à 474/809. B la spécificité de la ferritine sérique est égale à 20/1770. C la valeur prédictive positive de la ferritine sérique est égale à 474/494. D L effectif de sujets vrais positifs est égal à 474. E les propositions A, B, C, D sont fausses. Correction : ACD
34 QCM 5 - correction Ferritine sérique (mmol/l) Carence martiale Oui Non < (59) 20 (1.1) D : VP = 474 B : Sp = P(F 15/CM-) A : Se = P(F<15/CM+) = VP/(VP+FN) = 474/809 = 59% Sp = VN/(VN+FP) = 1750/1770
35 QCM 5 - correction Dans cet échantillon d étude, pour un seuil < 15 mmol/l : A la sensibilité de la ferritine sérique est égale à 474/809. Vrai : Se = P(ferritine <15 / CM+) = 474/809 = 59% B la spécificité de la ferritine sérique est égale à 20/1770. Faux : Sp = P(ferritine 15 / CM-) = ( )/1770 [NB : 20 = effectif FP pour ferritine <15] C la valeur prédictive positive de la ferritine sérique est égale à 474/494. Vrai : VPP = P(CM+ / ferritine <15) = 474/(474+20) D L effectif de sujets vrais positifs est égal à 474. Vrai
36 QCM 6 correction Les valeurs de la courbe ROC correspondent à A la spécificité de la ferritine sérique, en abscisse. B la spécificité de la ferritine sérique, en ordonnée. C (1- la sensibilité) de la ferritine sérique, en abscisse. D la sensibilité de la ferritine sérique, en ordonnée. E les propositions A, B, C, D sont fausses. Correction : D
37 QCM 6 correction Les valeurs de la courbe ROC correspondent à A la spécificité de la ferritine sérique, en abscisse. Faux B la spécificité de la ferritine sérique, en ordonnée. Faux C (1- la sensibilité) de la ferritine sérique, en abscisse. Faux D la sensibilité de la ferritine sérique, en ordonnée. Vrai ROC : (1 spécificité) en abscisse (ou taux de faux positifs) Sensibilité en ordonnée (ou taux de vrais positifs)
38 QCM 7 - correction Dans cet échantillon, l aire sous la courbe ROC de la ferritine sérique A est égale à 1. B peut être déterminée par la méthode trapézoïdale C est comprise entre 0,5 et 1. D est négative. E les propositions A, B, C, D sont fausses. Correction : BC
39 QCM 7 - correction Dans cet échantillon, l aire sous la courbe ROC de la ferritine sérique A est égale à 1. Faux (correspond à un test parfaitement discriminant) B peut être déterminée par la méthode trapézoïdale. Vrai C est comprise entre 0,5 et 1. Vrai D est négative. Faux : une surface ne peut pas être négative
40 QCM 8 - correction Dans cet échantillon d étude, pour un seuil < 35 mmol/l : A la sensibilité de la ferritine sérique est égale à 81%. B la spécificité de la ferritine sérique est égale à 5,6%. C Le taux de faux positif de la ferritine sérique est égal à 5,6%. D la sensibilité de la ferritine sérique est égale à 22%. E les propositions A, B, C, D sont fausses. Correction : AC
41 QCM 8 - correction Dans cet échantillon d étude, pour un seuil < 35 mmol/l : A la sensibilité de la ferritine sérique est égale à 81%. Vrai : Se = P(ferritine <35/ CM+) = ( )/809 = = 81% B la spécificité de la ferritine sérique est égale à 5,6%. Faux C Le taux de faux positif de la ferritine sérique est égal à 5,6%. Vrai : P(ferritine <35/ CM-) = (20+79)/1770 = 1,1+ 4,5 = 5,6% D la sensibilité de la ferritine sérique est égale à 22%. Faux : 22% = P(15 ferritine <35 / CM+)
42 QCM 9 - correction Le point X indiqué sur la courbe ROC A correspond à une sensibilité de 59%. B correspond à un seuil de ferritine sérique < 15 mmol/l. C correspond à une spécificité de 1,1%. D correspond à un seuil très sensible avec la spécificité la moins détériorée possible. E les propositions A, B, C, D sont fausses. Correction : AB
43 QCM 9 - correction 1 0,9 0,8 Ferritine sérique (mmol/l) sensibilité Carence martiale Oui Non (n = 809) (N = 1770) 0,7 0,6 0,5 0,4 0,3 0,2 0,1 0 Point X 0 0,1 0,2 0,3 0,4 0,5 0,6 0,7 0,8 0,9 1 (1 spécificité) < (59) 20 (1.1)
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