Logiciels et services web gratuits utiles à l élaboration d une thèse

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1 Logiciels et services web gratuits utiles à l élaboration d une thèse En 5 étapes Corinne Habarou Sessions ère journée

2 Le doctorant et l IST Céline Andrieu, Alain Marois, Philippe Eyraud Panorama de l'information Scientifique et Technique pour le doctorant 2011, pages 8 et 9 Disponible en ligne à l adresse suivante : «L'information scientifique et technique (IST) regroupe l'ensemble des informations produites par la recherche et nécessaires à l'activité scientifique comme à l'industrie». (Ministère de l Éducation nationale et de l'enseignement supérieur) 2

3 Le travail du doctorant Céline Andrieu, Alain Marois, Philippe Eyraud Panorama de l'information Scientifique et Technique pour le doctorant 2011, page 10 Disponible en ligne à l adresse suivante : 3

4 Les 5 étapes de l élaboration 4

5 Programme de la première journée Brève introduction sur les concepts de logiciels vs. services Web et différents types de programmes : libres, ouverts, propriétaire et la notion de gratuité Modèle économique des services Web Moteurs de recherche : aller au-delà de Google L émergence et l organisation de ses idées par la représentation visuelle avec Xmind (logiciel de Mind mapping) Organiser son bureau numérique avec Firefox et ses extensions Signaler une ressource Web avec Pocket 5

6 Le paysage numérique actuel Logiciel vs Service Web (cloud computing) => Glissement des enjeux du contrôle du code vers le contrôle des données ( Cloud Computing => ud-computing-explications/ Les services Web fonctionnent souvent sous la forme d une offre freemium et d une offre premium payante. 6

7 Le monde du logiciel et le Cloud Computing Logiciel client => s installe et s exécute sur le poste de l utilisateur en «autarcie» («stand-alone» en Anglais). Logiciel client => libre et/ou gratuit Cloud Computing => plateforme freemium ou premium Logiciel serveur => libre et/ou gratuit Logiciel serveur => Application s installant, s exécutant, sur un serveur distant et dialoguant avec une application client pour livrer le résultat final à l utilisateur du service offert par ce logiciel. Installation sur le poste utilisateur Mise à jour de l application à la charge de l utilisateur Pas de logiciel à installer Importance du navigateur Mise à jour transparente faite pour l ensemble des utilisateurs par l éditeur du service Installation sur un serveur Mise à jour de l application à la charge de l utilisateur et/ou de l hébergeur Cloud Computing => Applications mises à la disposition de l utilisateur à distance. 7

8 Les différents concepts de logiciels Ouvert? Libre? En savoir + sur ces concepts => Gratuit? Propriétaire? 8

9 Modèle économique des services Web 9

10 Architecture technique des services Web 10

11 Avantages et inconvénients 11

12 La recherche sur Internet 12

13 La recherche sur Internet Les moteurs de recherche : ne pas se limiter à Google 13

14 u1 La recherche sur Internet Les moteurs de recherche : le Web invisible 14

15 La recherche sur Internet Les moteurs de recherche : les métamoteurs 15

16 La recherche sur Internet Les moteurs de recherche : les métamoteurs Polymeta : Ixquick : Google Scholar : Iseek : Isidore : Eric : Academic Index : Base : CiteSeerX : DOAJ : RefSeek : 16

17 Métamoteurs : Polymeta Source : Les Signets de la BNF 17

18 Métamoteurs : Ixquick (EU) Source : Présentation «Recherche d informations sur Internet (perfectionnement) méthodologie et outils disponibles» Aline Bouchard Urfist de Paris 18

19 Métamoteurs : Google Scholar Source : Présentation «Recherche d informations sur Internet (perfectionnement) méthodologie et outils disponibles» Aline Bouchard Urfist de Paris 19

20 Moteur spécialisé : Iseek Source : Blog-Espion 20

21 Métamoteurs : Isidore Source : Présentation «Recherche d informations sur Internet (perfectionnement) méthodologie et outils disponibles» Aline Bouchard Urfist de Paris 21

22 Métamoteurs (base de données) : Eric Source : Réseau de recherche en santé et et en sécurité du travail du Québec Blog-Espion 22

23 Métamoteurs : Academic Reference and Research Index Source : Teachthought 23

24 Métamoteurs : Base (Bielefeld Academic Search Engine) Source : Les Signets de la BNF 24

25 Métamoteurs : CiteSeerx Source : Les Signets de la BNF 25

26 Métamoteurs : Directory of Open Access Journals (DOAJ) Source : Les Signets de la BNF 26

27 Métamoteurs : RefSeek Source : Ramenos.net 27

28 u1 La recherche sur Internet Les moteurs de recherche : les métamoteurs (2) Google Brevets : OVKP2FJHpaKC3goAL Google Books : EspaceNet : (portail de recherche mondiale de brevets (+ de 90 Millions de brevets) Liste de bases de données et de moteurs académiques : es_and_search_engines 28

29 Métamoteurs : Google Books Source : Les Signets de la BNF 29

30 La recherche sur Internet Les moteurs de recherche : les moteurs scientifiques Microsoft Search Academic : WorldWideScience.org : Science.gov : OpenAIRE : FreeFullPDF : Moteurs disciplinaires : cf. M.-L. Malingre et A. Serres. Connaître les moteurs de recherche de l information scientifique (2012) Source moteurs de recherche : Présentation «Recherche d informations sur Internet (perfectionnement) méthodologie et outils disponibles» Aline Bouchard Urfist de Paris 30

31 Microsoft Search Academic Source : Présentation «Recherche d informations sur Internet (perfectionnement) méthodologie et outils disponibles» Aline Bouchard Urfist de Paris 31

32 WorldWideScience.org Source : Présentation «Recherche d informations sur Internet (perfectionnement) méthodologie et outils disponibles» Aline Bouchard Urfist de Paris 32

33 Science.gov Source : Présentation «Recherche d informations sur Internet (perfectionnement) méthodologie et outils disponibles» Aline Bouchard Urfist de Paris 33

34 OpenAIRE Source : Présentation «Recherche d informations sur Internet (perfectionnement) méthodologie et outils disponibles» Aline Bouchard Urfist de Paris 34

35 FreeFullPDF Source : Présentation «Recherche d informations sur Internet (perfectionnement) méthodologie et outils disponibles» Aline Bouchard Urfist de Paris pour des moteurs de recherche disciplinaires, cf. M.-L. Malingre et A. Serres. Connaître les moteurs de recherche de l information scientifique (2012) 35

36 Moteur francophone : Exalead Source : Présentation «Recherche d informations sur nternet (perfectionnement) méthodologie et outils disponibles» Aline Bouchard Urfist de Paris 36

37 La consultation des thèses sur Internet Céline Andrieu, Alain Marois, Philippe Eyraud Panorama de l'information Scientifique et Technique pour le doctorant 2011, page 27 Disponible en ligne à l adresse suivante : tralelyon/panorama-de-list-pour-ledoctorant-lintgrale 37

38 Le Mind mapping 38

39 Le Mind mapping Roger Sperry, prix Nobel de médecine

42 Le Mind mapping Xmind - Barre de menus et d outils Un onglet par classeur ouvert Affichage de la structure + vue d ensemble + autres options à cocher dans le menu «Voir» Propriétés de l élément actif Un onglet par feuille ouverte 42 Réglage du zoom par curseur

43 Le Mind mapping Xmind - Exemples de cartes 43

46 Le Mind mapping Rappel des caractéristiques de XMind Logiciel à télécharger sur son poste (disponible pour Windows, Mac, Linux et en version portabilisée) Version gratuite et version pro (40 /an) dont les possibilités d import/export et de partage sont élargies Nombreux modèles et possibilité de faire des cartes heuristiques comme des cartes conceptuelles Graphisme et possibilités d enrichissement visuel des cartes déjà assez satisfaisant dans la version gratuite Fonctionnalités de partage et de publication assurée par la plateforme Xmind, accessible en version gratuite mais sans possibilité de travail collaboratif réel (nécessité de télécharger le fichier) et avec une forte limitation de stockage Version gratuite limitée au niveau des marqueurs disponibles (pas d accès à la galerie) 46

47 La recherche sur Internet Organiser son bureau numérique : l importance du navigateur Collection d extensions Firefox : Corinne Habarou Urfist de Paris 47

48 Niveau de personnalisation de chaque navigateur Nombre de modules (24/01/2014) 85 pour cent des utilisateurs de Firefox 4.0 ont téléchargé au moins une extension et en moyenne ils en utilisent 5 (source : blog Mozilla) 39

49 Comment trouver des extensions? Site officiel de Mozilla dédié aux extensions => Extensions : Collections : 49

50 Comment installer une extension? Ces extensions sont généralement indépendantes de la plateforme sur laquelle tourne Firefox Parfois le redémarrage n est pas requis, dans ce cas, l utilisateur est prévenu avant d installer l extension : 50

51 La recherche sur Internet Organiser son navigateur : Mieux utiliser les moteurs de recherche avec Firefox Mycroft : Add to Search Bar : Plugins de moteurs de recherche listés sur le site de Firefox : 51

52 Utiliser la barre de recherche et gérer les moteurs prévus par défaut et/ou ajoutés 43

53 Mycroft 53

54 Ajouter l extension «Add to Search Bar» 05/03/

55 La recherche sur Internet Organiser son navigateur : optimiser ses recherches Cool Preview : L éditeur Cooliris a été racheté par Yahoo! en novembre 2014 et depuis l extension a été retirée du catalogue US/firefox/addon/coolpreviews/ Better Search : ttersearch/ DeeperWeb : (Installer de préférence le plugin de recherche plutôt que l extension) Similar Sites (existe aussi avec l extension Awesome Screenshot Plus - Capture, Annotate & More cf. dia 58) 55

56 La recherche sur Internet Organiser son navigateur : optimiser sa session de navigation Search Tab Tile View Adblock + : Adblock Plus Pop-up Addon : Beef Taco : Better Privacy : Tab Group Menu : Tab Mix Plus : Close Repeated Tabs : Search Tab : Hugo : Tile View : 56

57 La recherche sur Internet Organiser son navigateur : collecter des ressources sur le Web Resurrect Pages : Video Download Helper : Diigo Toolbar : Pocket : Linkchecker : / Flagfox: 57

58 La recherche sur Internet Organiser son navigateur : traiter et analyser ses ressources Web Print Pages to PDF : Quick Translator: Save as PDF : Print Edit : Awesome Screenshot Plus - Capture, Annotate & More : Dafizilla Table2Clipboard : Diigo toolbar : Evernote Web Clipper : Scrapbook : 58

59 La recherche sur Internet Organiser son navigateur : synchroniser sa configuration Outil Firefox Sync : about:accounts?entrypoint=menubar / 59

60 La recherche sur Internet Organiser son navigateur : sauvegarder sa configuration FEBE (3) Extensions FEBE et CLEO : (FEBE) (CLEO) 60

61 La recherche sur Internet Organiser son navigateur : gérer plusieurs profils Activez le gestionnaire de profils : Sous Windows, 2 façons de faire pour y accéder : Dans Démarrer > Exécuter (XP) / Démarrer > Rechercher (Vista et suivants) taper : firefox.exe -p En cas d échec, modifier le raccourci de lancement de firefox de sorte à rajouter -p à la suite de firefox.exe (clic droit sur le raccourci, propriétés, dans Cible: "...firefox.exe" -p). Sous Linux, 2 façons de faire selon comment est installé firefox : Si Firefox a été installé à l'aide du gestionnaire de paquet d une distribution linux (recommandé), ouvrir une console et taper : firefox -P (P majuscule). Si jamais ça ne marche pas, taper à la place : mozilla-firefox -P Si Firefox est installé manuellement (avec l'installeur ou le fichier compressé) : dans une console, se placer dans le répertoire de firefox (ex : cd /usr/local/firefox-installer ou cd /usr/local/firefox ou cd /opt/firefox, selon), puis taper :./firefox -P (P majuscule) Sous Mac OS X, les lettres minuscules / majuscules sont à mettre comme suit ouvrir un terminal : applications > utilitaires >> Terminal Dans ce terminal, écrire : cd /Applications puis cd Firefox.app cd Contents cd MacOS puis./firefox-bin -p Source : 61 cliquer sur "créer un profil"

62 La recherche sur Internet Organiser son navigateur : gérer plusieurs profils Passer d un profil à un autre à la volée grâce à l extension Profile Switcher ( ) Empêcher l utilisation d un profil par un autre utilisateur grâce à l extension : Profile Password ( ) Localiser son/ses profil(s) pour en effectuer la sauvegarde Sans ouvrir Firefox à partir d une configuration standard du poste de travail Windows 8 / 7 / Vista => C:\Utilisateurs\<Nom d'utilisateur Windows>\Appdata\Roaming\ Mozilla\Firefox\Profiles\<Nom du profil>\ ou C:\Users\<Nom d'utilisateur Windows>\Appdata\Roaming\Mozilla\Firefox\Profiles\<Nom du profil>\ Windows XP / 2000 => C:\Documents and Settings\<Nom d'utilisateur Windows>\Application Data\Mozilla\Firefox\Profiles\<Nom du profil>\ Windows 9x/Me => C:\Windows\Application Data\Mozilla\Firefox\Profiles\chrome\<Nom du profil>\ ou C:\Windows\Profiles\<Nom d'utilisateur Windows>\Application Data\Mozilla\Firefox\Profiles\ <Nom du profil>\ Windows NT 4.x => C:\Winnt\Profiles\<Nom d'utilisateur Windows>\Application Data\Mozilla\Firefox\Profiles\<Nom du profil>\ Linux / Unix => ~/.mozilla/firefox/<nom du profil>/ Source : Mac OS X => ~/Library/Mozilla/Firefox/Profiles/<Nom du profil>/ ou ~/Library/Application Support/Mozilla/Firefox/Profiles/<Nom du profil>/> 62 Firefox portable (sous Windows) => \FirefoxPortable\Data\Profile\. Le nom du profil unique étant Profile.

63 La recherche sur Internet Organiser son navigateur : gérer plusieurs profils Localiser son/ses profil(s) pour en effectuer la sauvegarde Sans ouvrir Firefox à partir d une configuration non standard du poste de travail (sous Windows) Bouton «Démarrer» et suivant les versions de Windows (Windows 7 /Vista) > Rechercher saisir ou (Windows XP et antérieurs) Exécuter saisir Source : 63

64 La recherche sur Internet Organiser son navigateur : gérer plusieurs profils Localiser son/ses profil(s) pour en effectuer la sauvegarde via le menu de Firefox menu «?» > «informations de dépannage» (about:support) 64

65 Signaler, capturer, annoter les ressources Web 65

66 Qu est-ce-qu un marque-page? Qu est-ce-qu un signet, bookmark, favori, marque-pages? Définition adresse d une ressource web Outils gestionnaires de signets des navigateurs logiciels dédiés plates-formes de partage Description un titre l URL de la ressource 66

67 Signaler, capturer, annoter les ressources Web Pocket : Service de lecture différée Pocket : 67

68 Signaler, capturer, annoter les ressources Web Pocket : Service de lecture différée 68

69 Signaler, capturer, annoter les ressources Web Pocket : Service de lecture différée 69

70 Ressources Céline Andrieu, Alain Marois, Philippe Eyraud Panorama de l'information Scientifique et Technique pour le doctorant 2011 Disponible en ligne à l adresse suivante : Aline Bouchard - Social bookmarking et réseaux académiques Date de création : 2013 Date de mise à jour : 2014 Disponible en ligne à l adresse suivante : Frédérique Cohen-Adad - Panorama des logiciels de gestion des références bibliographiques 2013 Disponible en ligne à l adresse suivante : Marie-Laure Malingre - Gérer ses références bibliographiques avec Zotero 2010 Disponible en ligne à l adresse suivante : 70

71 Fin de la première journée, merci de votre attention me contacter? consulter la liste des extensions au navigateur proposée : 71

72 Logiciels et services web gratuits utiles à l élaboration d une thèse En 5 étapes Corinne Habarou Sessions 2015 (Journée 2)

73 Programme de la seconde journée Mettre en relation automatisée deux services Web avec IFTTT Social bookmarking (Diigo) et réseaux sociaux académiques Prendre des notes numériques avec Evernote La veille automatisée avec les flux RSS via le service Web Inoreader Surveiller des pages Web sans flux RSS avec «Update Scanner» et «Browse Periodically» La gestion bibliographique avec Zotero 1

74 Social bookmarking et réseaux sociaux de chercheurs Diigo (social bookmarking) : rechercher des signets publics Diigo bookmarks publics : Découverte en mode anonyme possible Communauté d utilisateurs très orientée professionnels de l information, moins importante que celle de Delicious (environ 6 Mio de membres) mais possédant davantage de fonctionnalités collaboratives. 2

75 Social bookmarking et réseaux sociaux de chercheurs Diigo : Suivre des groupes et se constituer un réseau Diigo groups : Accès sans inscription possible avec suivi par flux RSS Diigo networks : Recherche en mode anonyme possible 3

76 Diigo et la sécurité des données Diigo est une plate-forme en ligne cloud computing et application commerciale discontinuité de service évolutions du service (cf. passage de Diigo 5 à Diigo 6) sécurité des données sauvegarder son compte régulièrement export HTML, Excel utiliser d autres outils similaires transfert automatique vers Delicious menu Tools 4

77 Réseaux sociaux de chercheurs Développement des pratiques de réseautage social chez les chercheurs Les utilisateurs les plus satisfaits sont les scientifiques SVT et SHS et les moins enthousiastes sont en maths-informatique. études URFIST de Nice, 2011 et CNRS, 2013 Source : Réseaux sociaux de chercheurs, Aline Bouchard, Urfist de Paris 5

78 Social bookmarking et réseaux sociaux de chercheurs Réseaux académiques 6

79 Social bookmarking et réseaux sociaux de chercheurs Réseaux académiques Academia.edu Plateforme de dépôt (centré sur le partage de papers) plutôt orientée SHS. Ouverture en 2008 par un docteur en philosophie d Oxford localisé à San Francisco. 16 Mio de comptes, 3,6 Mio de papers. Ne nécessite pas d adresse institutionnelle pour s inscrire. Exemple : 7

80 Social bookmarking et réseaux sociaux de chercheurs Réseaux académiques Research Gate Plateforme collaborative et de dépôt multidisciplinaire mais plutôt STM. Ouverture en 2008 par deux virologues et un informaticien, localisé à Berlin. 5 Mio de comptes dont 45 prix Nobel. Nécessite une affiliation institutionnelle pour s inscrire. Insiste sur les publications et les outils quantitatifs, sur la collaboration et l interaction (références bibliographiques d un article ; indication des co-auteurs ; groupes, questions/réponses ) Exemple : Runz 8

81 IFTTT 9

82 Signaler, capturer, annoter les ressources Web Carnets de notes numériques Evernote 10

83 Signaler, capturer, annoter les ressources Web Carnets de notes numériques Evernote Capturer une page Web dans une note Lire les notes à la manière d un journal 11

84 Signaler, capturer, annoter les ressources Web Carnets de notes numériques Evernote Carnets de notes et pile de carnets (ici = formations) Etiquettes sur plusieurs niveaux possibles 12

85 Signaler, capturer, annoter les ressources Web Carnets de notes numériques Evernote 13

86 Signaler, capturer, annoter les ressources Web Carnets de notes numériques Evernote 1. Indiquer comme destinataire l adresse mèl attribuée à l ouverture du compte dans Evernote * 2. Cliquer sur la fonctionnalité transfert du logiciel de messagerie ou du webmail utilisé 3. Procéder comme expliqué ci-contre pour lui désigner un carnet et des tags 4. Vérifier sa présence dans Evernote au 14

87 Signaler, capturer, annoter les ressources Web Carnets de notes numériques Evernote 1. Sélectionner les notes concernées 2. Choisir le bouton «Fusionner» 3. Les trois notes ne font plus qu une mises bout à bout et portent le nom de la première 4. Pour l opération inverse, procéder comme suit : menu Edition > annuler Corbeille > restauration 15

88 Signaler, capturer, annoter les ressources Web Carnets de notes numériques Evernote La recherche par pile et carnet La recherche par tag La recherche par mot clé prise en compte des notes textuelles et des images, ainsi que des pdf pour la version Premium Possibilité d enregistrer des recherches OCR permettant de faire une recherche textuelle dans une image 16

89 Signaler, capturer, annoter les ressources Web Carnets de notes numériques Evernote Les points forts et les points faibles de l offre gratuite Le classement des notes Les fonctionnalités de recherche L ergonomie de l interface (glisser/déposer ) Le tchat Le partage réduit à la lecture seule L absence de synchronisation avec les terminaux mobiles Ios L absence de lecteur vidéo intégré 17

90 Signaler, capturer, annoter les ressources Web Outils divers Gadwin Printscreen : FastStone Capture : SnapDraw : Szoter : Scrapbook : Pixrl Editor : Peazip : 18

91 La veille automatisée avec les flux RSS 19

92 La veille automatisée avec les flux RSS 20

93 La veille automatisée avec les flux RSS Le navigateur est capable de reconnaître si un site propose un flux de syndication. Il s agit de la fonctionnalité «autodiscovery». Elle est native au navigateur (Internet Explorer, Safari) ou bien doit être ajoutée par le biais d une extension. Exemple pour Firefox : «RSS Icon in url bar» rss-icon/ 21

94 La veille automatisée avec les flux RSS Nécessité d avoir un agrégateur de flux RSS Pour récupérer automatiquement les nouveaux contenus des sites pour lesquels l utilisateur s est abonné au(x) flux Pour convertir le format XML en HTML Les agrégateurs se présentent sous plusieurs formes Dans le gestionnaire de messagerie, Logiciel autonome sur Windows, Mac et/ou Linux, Service en ligne (Inoreader, Feedspot, Netvibes ), Extensions Firefox (Sage, Brief,Newsfox, Bamboo Reader ), Logiciel serveur. 22

95 La veille automatisée par flux de syndication Les questions à se poser avant d en choisir un Doit-on suivre un grand nombre de flux? Doit-on pouvoir consulter les flux hors connexion? Est-ce-que l on veut réutiliser les contenus? Est-ce-que l on souhaite pouvoir contrôler le nombre d article et/ou le délai de préservation des articles de ses flux? Comment souhaite-t-on s organiser pour consulter ses flux (pendant la lecture de ses courriels, à un autre moment, en mode connecté ou en mode hors connexion, devant son ordinateur ou à partir d un terminal mobile )? Peux-t-on éventuellement en changer et récupérer ses anciens flux? Quelle est l ergonomie avec laquelle on se sent le plus à l aise? 23

96 La veille automatisée avec les flux RSS InoReader

97 La veille automatisée avec les flux RSS InoReader

98 InoReader : une offre «freemium» particulièrement puissante 26

99 Présentation de InoReader 27

108 Surveillance d une page Web sans flux de syndication Là encore quelques extensions du navigateur Firefox peuvent vous être utiles Update Scanner Browse Periodically 36

109 Gestion bibliographique avec zotero Logiciel de gestion de références bibliographiques (LGR) se présentant comme une extension de Firefox; il s ouvre donc via le navigateur. Il permet : De stocker des références issues d une recherche documentaire (par saisie manuelle ou import automatisé), D organiser et de gérer ces références dans une base de données, De formater les références selon un style donné, De générer automatiquement dans une publication scientifique les citations et la bibliographie ainsi formatées. Liste des sites compatibles : Repository pour les styles : D autres liens :

110 Gestion bibliographique avec zotero Notices bibliographiques Pages Web Documents PDF Bibliothèque Liste des sites Compatibles Zotero pour un import automatisé Styles bibliographiques et export par défaut Autres styles disponibles : 38

111 Gestion bibliographique avec zotero Le cycle de fonctionnalités de Zotero Les références traitées par Zotero : d où viennent-elle? Vers quels usages? Base Zotero de références Bibliographie Etc. Pages web Article avec citations et bibliographie biblio en ligne, groupes 39

112 Gestion bibliographique avec zotero Nouveau groupe Fermeture de Zotero Sync svr Zotero Arborescence de la bibliothèque Liste des notices : 1 icône par type de documents Fiche de la notice 112 Racine de l arborescence = bibliothèque Etapes en 3 captures de la création d une collection 40

113 Gestion bibliographique avec zotero Régler les préférences (1) 1 2 C est selon 41

114 Gestion bibliographique avec zotero Régler les préférences (2) 42

115 Gestion bibliographique avec zotero Régler les préférences (3) Par défaut, l indexation des PDF n est pas activée et il faut installer deux utilitaires en cliquant simplement sur «Contrôle de l installateur» 43

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