Cours 4. Les graphiques

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1 Cours 4 Les graphiques

2 Les graphiques Le résultat d une fonction graphique ne peut pas être assigné à un objet mais est envoyé à un dispositif graphique (graphical device) Il y a deux sortes de fonctions graphiques: -principales qui créent un nouveau graphe -secondaires qui ajoutent des éléments au graphe pré-existant

3 Les fenêtres graphiques On peut avoir plusieurs fenêtres, une seule est active Ouvrir une fenêtre: xll(),pdf() Liste des fenêtres ouvertes et leur numéro dev.list() Active la fenêtre i: dev.set(i) Ferme la fenêtre i: dev.off(i) Partitionner une fenêtre split.screen(): exemple: split.screen(c(1,2)) 2 graphes en ligne screen():sélectionne une fenêtre erase.screen():efface, sauf si le fond d écran est transparent(valeur par défaut)

4 La commande par() Les graphes sont produits en fonction de paramètres graphiques définis par défaut et modifiables à travers la commande par() Exemples: par(bg="cornsilk") par(xlog=true); par(mfrow=c(3,2)) divise la fenêtre graphique en 6 (par défaut 1 seul graphe par fenêtre)

5 La commande par() suite Il est prudent de conserver l ancien paramétrage exemple: op=par(no.readonly = TRUE) #mémorise sous le nom op l ancien paramétrage par(mfrow=c(1,2)) #modifie le paramétrage plot(1:10,sin(1:10)) plot(1:10,cos(1:10)) par(op) # rétablit l ancien paramétrage

6 Quelques paramètres graphiques par(...) définit les paramètres suivants pour les graphiques à venir, e.g. par(cex=2); nombre de ces paramètres peuvent aussi être utilisés directement avec une commande graphique de haut ou bas niveau, e.g. plot(x, cex=2) ; liste complète avec help(par) cex :taille du texte et des symboles par rapport à la valeur par défaut (character expansion) col :couleur(s) des symboles et lignes ex: col="red", "blue" cf. colors() ex: pour créer des vecteurs de 5 couleurs, col= de gray(0:5/5), rainbow(5) ou terrain.colors(5)

7 lty : type de ligne; 1: pleine, 2: tirets, 3: pointillés, 4: tirets-points, 5: longs tirets, 6: tiret-court/tiret-long; (configurable) lwd :largeur des lignes pch :type de symboles pour les points (code entier de 1 à 25, ou caractère entre "") xaxt="n" : ne trace pas l axe des abscisses yaxt="n" : ne trace pas l axe des ordonnées...

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9 Quelques fonctions graphiques principales plot(x): valeurs de x en ordonnées plot(x,y): nuage de points y en ordonnées x en abcisses coplot():trace tous les nuages conditionnels boxplot():boites à moustaches pairs(): plusieurs nuages, tous les nuages possible sur toutes les colonnes possible du data frame hist():histogrammes barplot(), matplot(): : diagrammes en batons curve(): tracé d une courbe qqnorm(x):quantiles de x en fonction des quantiles de la loi normale qqplot(x,y):quantiles de y en fonction des quantiles de x persp():vues en perspective

10 Exemple: la fonction curve() curve(sin,0, pi)

11 curve(x^3-3*x, -2, 2) curve(x^2-2, add = TRUE, col = "violet")

12 curve(pnorm(x),-3,3, col="red") curve(dnorm(x),-3,3,col="blue",add=true)

13 Les arguments des fonctions principales add=true Force la fonction à agir comme une fonction de bas niveau (superpose au graphique précédent) axes=false log=«x» log=«y» log=«xy» type= xlab= ylab= xlim= ylim= Considère les axes comme logarithmiques «p»dessine des points «l» dessine une ligne, «b»dessine les deux, «s» ou «S» une fonction en escalier, «n» définit la zone mais ne trace rien Nom de l axe des x des y Fixe les limites des zones du graphique Main= sub= Titre de la figure (en haut du graphique), sous-titre

14 Fonctions graphiques secondaires points():comme plot(), mais superpose au graphique précédent lines(),segments() :trace des droites,des segments text(),mtext(): ajout de texte arrows(): ajoute des flèches abline(h=): lignes horizontales abline(v=): lignes verticales abline(a,b): ligne de pente b, ordonnée à l origine a legend(x,y): ajoute la légende au point de coordonnées (x,y) title(): ajout du titre locator():positionne un point sur la fenêtre graphique NB: avec text() on peut afficher une équation utilisant des expressions compatibles avec TEX

15 curve(dnorm(x),from=-3,to=3, main="densité de la loi normale centrée réduite") dnorm(x) densité de la loi normale centrée réduite x abline(v=2,col=2) abline(v=-2,col=2) abline(v=-1,col=3) abline(v=1,col=3) abline(v=3,col=4) abline(v=-3,col=4) abline(h=0)

16 Exemples de graphiques plot(rnorm(100)) rnorm(15) Index

17 type=b type=h rnorm(15) rnorm(15) Index Index type=s type=l rnorm(15) rnorm(15) Index Index

18 simdonnees=rexp(1000, rate=0.1) hist(simdonnees,prob=t) curve(dexp(x,rate=.1),add=true)

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20 x=rnorm(10);y=rnorm(10); plot(x,y,xlab="dix valeurs au hasard", ylab="dix autres valeurs")

21 plot(x,y,xlab="dix valeurs au hasard", ylab="dix autres valeurs", xlim=c(2,2),ylim=c(2,2), pch=22,col="red",bg="yellow")

22 x=rnorm(10);y=rnorm(10); plot(x,y,xlab="dix valeurs au hasard", ylab="dix autres valeurs",xlim=c(-2,2),ylim=c(-2,2), pch=22,col="red",bg="yellow",bty="l ",tcl=0.4,main="comment customiser un graphique avec R")

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24 boxplot():boites à moustaches boxplot(len ~ dose, data = ToothGrowth) len supp dose Guinea Pigs' Tooth Growth VC VC VC VC VC VC VC VC VC VC 0.5 tooth length Vitamin C dose mg

25 barplot(): diagrammes en batons T =table(rpois(100,lambda=5)) r = barplot(t, col='gray')

26 barplot() tn=table(ni = rpois(100, lambda=5)) r=barplot(tn, col=rainbow(20)) r [,1] [1,] 0.7 [2,] 1.9 [3,] 3.1 [4,] 4.3 [5,]...

27 Paramètres graphiques:compléments Groupes de graphiques conditionnels Pour accéder à ces fonctions, il faut faire avant: library(lattice) La formule y x trace y en fonction de x. On peut faire un graphique y x par sous groupe de données en indiquant l appartenance à tel ou tel groupe par le vecteur g1: y x g1; pour toutes les combinaisons des séries de groupes g1 et g2: y x g1*g2 xyplot(y x) nuages de points barchart(y x) diagrammes en barre histogram( x) histogrammes bwplot(y x) boîtes à moustache stripplot(y x) graphique à une dimension, x doit être un nombre, y peut être un facteur

28 Périphériques graphiques windows() Windows x11() ouvre une fenêtre graphique sous idem sous GNU/linux ou MacOSX pdf(file), png(file), jpeg(file), bmp(file), tiff(file) se prépare à écrire les instructions graphiques qui suivront dans le fichier file, au format désigné (pdf ou png recommandés); width= et height= fixent les dimensions