S O M M A I R E ACTIVITES DE RECHERCHE, D EXPERTISE ET DE SANTE PUBLIQUE UNITE DU VACCIN FIEVRE JAUNE 97 ENSEIGNEMENTS ET FORMATIONS 108

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3 S O M M A I R E INTRODUCTION Préambule 4 Organigramme 8 Le personnel de l Institut au 31 décembre ACTIVITES DE RECHERCHE, D EXPERTISE ET DE SANTE PUBLIQUE Unité des Arbovirus et Virus des Fièvres Hémorragiques 15 Unité de Virologie Médicale 28 Unité d Immunologie 43 Unité d Epidémiologie 49 Unité d Entomologie Médicale 57 Unité de Bactériologie Expérimentale 72 Laboratoire d Analyses Médicales 80 UNITE DU VACCIN FIEVRE JAUNE 97 SERVICES COMMUNS Service Qualité 99 Service Métrologie / Plateau Commun Technique 101 Service Médical 103 Service Informatique 105 ENSEIGNEMENTS ET FORMATIONS 108 PUBLICATIONS ET COMMUNICATIONS sur 124

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5 Introduction 3 sur 124

6 Préambule L année 2011 est la 87 ème année de présence 1 Institut Pasteur de Dakar (IPD) au Sénégal. Depuis sa création, en 1924, par une convention signée entre le Gouvernement général et l'institut Pasteur à Paris (IPP), l Institut était resté un établissement de l IPP. Il avait pu poursuivre sa mission au Sénégal, après l indépendance, grâce à la signature de deux conventions entre l IPP et le gouvernement de ce pays (20 mai 1963 et 27 juillet 1974). Le 29 septembre 2009, l Etat du Sénégal et l Institut Pasteur ont choisi de s engager en s associant pour créer la Fondation Institut Pasteur de Dakar afin de doter l IPD d une identité juridique nouvelle et mieux adaptée à sa situation. L Institut Pasteur de Dakar est devenue officiellement la Fondation Institut Pasteur de Dakar, reconnue d utilité publique par décret n du 27 mai 2010 paru au journal officiel de la République du Sénégal du 10 juillet L année 2011 est ainsi la première année civile complète passée sous ce statut et ce rapport annuel d activités le premier rapport annuel de la Fondation Institut Pasteur de Dakar (IPD). Les grandes missions restent les mêmes. Ainsi, l objectif de cette Fondation est de «contribuer à la santé publique, en Afrique et en particulier au Sénégal, en menant des activités de recherche, d enseignement, de formation, d expertises médicales, épidémiologiques et biologiques et de production de vaccin amaril». La gouvernance de la Fondation Institut Pasteur de Dakar, est assurée par un Conseil de Fondation constitué de dix membres (3 désignés par l Etat du Sénégal, 3 par l Institut Pasteur Paris, 2 personnes qualifiées désignées en commun et 2 représentants du personnel). Au 31 décembre 2011, la composition de ce conseil était la suivante : - Monsieur Andy Asamoah, Personnalité Qualifiée, Président du Conseil de Fondation - Monsieur Moussa Mbaye, Secrétaire Général du Ministère de la Santé, de l Hygiène Publique et de la Prévention (MSHPP) - Monsieur Oumar Sylla Secrétaire Général du Ministère de l Economie et des Finances (MEF) - Monsieur Abdoulaye Tahir Diop 1er Conseiller Technique du Ministère de la Recherche Scientifique - Monsieur Jean-Luc Le Bras Chef du Service de Coopération et d Action Culturelle de l Ambassade de France - Madame Alice Dautry, Directrice Générale de l Institut Pasteur - Monsieur Marc Jouan, Secrétaire Général du Réseau International des Instituts Pasteur - Monsieur Mame Thierno Aby Sy Personnalité Qualifiée - Monsieur Hassan Samatey Représentant du personnel non scientifique de l Institut Pasteur de Dakar - Monsieur Amadou Alpha Sall Représentant du personnel scientifique de l Institut Pasteur de Dakar Nommé par le Conseil de fondation pour une durée de trois ans renouvelable une fois ; le représentant légal de la fondation est l Administrateur général. Mr Marc Thévenot (mars sur 124

7 octobre 2010), puis Mr Jean-Louis Sarthou (novembre 2010 août 2011) ont assuré successivement ces fonctions par intérim avant ma nomination le 2 septembre Selon les statuts, l équipe de Direction associe un Directeur des ressources humaines, un Directeur administratif et financier et un Directeur scientifique. En 2011, Mr Abdoulaye Fall a ainsi rejoint l Institut (avril) pour occuper le poste de Directeur des ressources humaines et Mr Jean-Pierre Virey a été recruté pour occuper les fonctions de Directeur administratif et financier à compter du 1 er janvier Les missions de l IPD s articulent autours de cinq composantes : recherche, santé publique, services, production de vaccins et enseignement. Les principales thématiques de recherche sont : - (i) les arbovirus et les virus des fièvres hémorragiques : développement de tests de diagnostic rapide, évolution moléculaire du virus de la dengue 3 et du virus Usutu, mécanismes d émergence des virus de la dengue et Chikungunya au Sénégal, impact du changement climatique sur l émergence des vecteurs de la fièvre de la vallée du Rift au Sénégal - (ii) le paludisme : étude des déterminants immunologiques et des mécanismes d acquisition de la protection contre Plasmodium falciparum, compréhension de la biologie des vecteurs pour une meilleure application des connaissances en mesures expérimentales de lutte anti vectorielle - (iii) l épidémiologie et les mécanismes de résistances aux anti-infectieux : génétique de la résistance aux antibiotiques de souches de Salmonella, étude de Staphylococcus aureus résistant Ces thématiques notamment celles relatives à des agents pathogènes ayant un cycle complexe faisant intervenir l homme, un animal et un arthropode ne peuvent être abordées que grâce à la complémentarité des équipes pluridisciplinaires présentes au sein même de l Institut Pasteur de Dakar (virologue, entomologiste, médecin, vétérinaire, immunologiste, épidémiologiste ) et à la qualité d un plateau technique : laboratoire et insectarium de sécurité de niveau 3, animalerie Les activités de recherche ont été valorisées en 2011 par 22 articles publiés par le personnel de l IPD dans des revues scientifiques internationales référencées à comité de lecture dont 11 en tant que premier ou dernier auteur. Simultanément à leurs activités de recherche, les laboratoires sont engagés dans des activités de santé publique à travers les centres de référence qu ils hébergent : centres nationaux de référence pour la grippe et les virus respiratoires, la rougeole, la poliomyélite et les virus entériques, les rotavirus, les entérobactéries, la rage et le centre collaborateur OMS pour les arbovirus et les fièvres hémorragiques virales. Parmi ces activités menées en 2011, citons : la surveillance des virus de la grippe et le renforcement de la composante épidémiologique de cette surveillance, la surveillance des poliovirus et entérovirus non polio chez les patients présentant une paralysie flasque aigue, la surveillance des arbovirus dans la faune culicidienne et de vertébrés sauvages, l investigation de l épidémie de fièvre jaune à Kédougou, et la confirmation virologique de 15 cas de rage humains et 10 cas vétérinaires. 5 sur 124

8 Ces activités de santé publique peuvent dépasser les frontières du Sénégal comme c est le cas de la surveillance de la fièvre jaune dans le cadre du réseau OMS des laboratoires de fièvre jaune, ou lors de missions effectuées à la demande notamment de l OMS comme pour l évaluation du risque pour la fièvre jaune dans la région sud-ouest du Cameroun, ou l étude de la bio-écologie et de la sensibilité aux insecticides des vecteurs du paludisme au Cap-Vert. L IPD propose également des activités de services au bénéfice de la population à travers : le laboratoire d analyses médicales, le laboratoire de sécurité alimentaire et d hygiène de l environnement qui est le seul laboratoire de ce type au Sénégal accrédité par le Comité français d accréditation pour la microbiologie des aliments, le centre de traitement antirabique et le centre de vaccinations internationales. L Institut a, depuis 1937, une mission originale de production de vaccin antiamaril. Il est le seul des quatre producteurs de vaccins antamarils dans le monde pré-qualifiés par l OMS : Sanofi-Pasteur (France), Bio Manguinhos (Brésil), l'institut Chumakov (Russie), à être situé en Afrique. L année 2011 a été marquée par (i) le retard rencontré pour la qualification du nouveau lyophilisateur acquis en décembre 2009 du fait de nombreuses difficultés techniques qui n ont pu être surmontées qu en janvier 2011 et qui n a permis la reprise de la production de vaccins qu en avril 2011, (ii) l inspection de la Direction de la Pharmacie et des Laboratoires du Sénégal (DPL) du 3 au 5 octobre 2011 et l audit de site de l Organisation Mondiale de la Santé (OMS) du 15 au 18 novembre 2011, dans le cadre du renouvellement de la préqualification du vaccin antiamaril. Suite à cet audit, bien que le vaccin produit reste préqualifié, l OMS a recommandé de mettre en place un important plan d actions correctives. Les difficultés rencontrées par l unité de production justifie pleinement la décision de l Institut Pasteur de Dakar d entreprendre la construction d une nouvelle unité de production pour remplacer l unité actuelle, mise en service depuis près de 30 ans, qui atteint aujourd hui ses limites malgré une modernisation régulière et qui risque à terme de ne plus répondre aux exigences de l OMS. Ce projet ambitieux permettra de conserver une expertise de référence dans le domaine de la production de vaccins en Afrique sub-saharienne particulièrement touchée par la maladie. La future unité de production qui aura une capacité initiale de production de 20 millions de doses avec une possibilité d atteindre 40 millions de doses, sera implantée à Mbao, situé à l est de Dakar, approximativement à 18 km de l Institut, sur un terrain qui appartient à l IPD. L IPD n est pas en mesure d autofinancer ce projet à court ou moyen terme et bénéficie, grâce notamment à son nouveau statut, du soutien de l Agence française pour le développement (AFD). La pérennisation de cette activité de production vaccinale à l IPD est en cohérence avec les activités d expertise et de recherche menées dans le domaine du virus amaril. Elle est également une source de financement et, à ce titre, contribue très largement au soutien des activités de recherche de l IPD. L Institut Pasteur de Dakar participe à différents enseignements de l Université Cheikh Anta Diop de Dakar (faculté de médecine et de pharmacie, master en épidémiologie, master en entomologie, master d'immunologie des maladies infectieuses) et de l Université Gaston Berger de Saint Louis, ainsi qu à l Institut Pasteur à Paris ou de l université de Columbia à New York 6 sur 124

9 USA. En 2011, l Institut a accueilli 48 étudiants et stagiaires sénégalais et étrangers jusqu au niveau post doctorant ainsi que de nombreux stagiaires des universités françaises et étrangères. L Institut Pasteur de Dakar a vécu ces dernières années une période de transition. Cette période, qui a pu être considérée comme pleine d incertitudes par certains, a d abord commencé par le temps de la réflexion et des discussions nécessaires entre les différentes parties (Etat du Sénégal, Institut Pasteur, personnel et direction de l Institut Pasteur de Dakar) pour arriver à un consensus sur l identité juridique de l Institut et les différents points du nouveau statut. Cette période de débats et d échanges a permis à l IPD de se doter d un statut original pour un établissement de ce type et d une organisation adaptée aux exigences d un management moderne d un institut de recherches. A ce temps, a succédé celui de la mise en place progressive de la nouvelle gouvernance de la Fondation qui n est pas encore achevé puisque l année 2012 devra être celle du recrutement d un Directeur scientifique et la création d un Conseil scientifique prévu par les statuts. Tout ces changements se déroulent, ce qui ne facilite pas les choses, dans un contexte financier extrêmement difficile du fait de l arrêt de la production de vaccin fièvre jaune et donc du tarissement de cette source de financement important pour la vie de l IPD. Malgré ces difficultés, l Institut a réussi à préserver l essentiel et mener à bien ses missions prioritaires dans le domaine de la recherche et de la santé publique au profit des populations du Sénégal et de l Afrique. Le récent statut dont s est doté l IPD lui donne une légitimité encore plus forte au niveau national et international et sa nouvelle identité doit lui permettre grâce à l appui conjugué de ces deux fondateurs et aux efforts de tout son personnel de tenir un rôle éminent dans le domaine de la recherche et de la santé publique au Sénégal et de rester l une des pièces maîtresses de la réponse aux défis sanitaires à venir dans cette région de l Afrique de l Ouest. Pr André SPIEGEL Administrateur Général de l Institut Pasteur de Dakar 7 sur 124

10 Organigramme de l Institut Pasteur de Dakar Organigramme de la Fondation Institut Pasteur de Dakar au CONSEIL DE FONDATION Administrateur Général Assistante de Direction Directeur Administratif et Financier Directeur des Ressources Humaines Directeur Scientifique Laboratoires de service Pharmacien Responsable Unité Vaccin FJ Services supports Secrétaire Secrétaire Unité d'immunologie Laboratoire d'analyses Biomédicales Laboratoire de Production du VFJ Service Informatique Comptabilité Service Maintenance Unité des Arbovirus et V.F.H. Laboratoire de Sécurité Alimentaire et Hygiène de l'environnement Laboratoire de Contrôle Qualité du vaccin FJ Service Qualité Facturation Ferme de Mbao Unité de Virologie Médicale Centre de vaccinations Internationales Service Métrologie Approvisionnement Service Général Unité d'entomologie Médicale Centre antirabique Transit/Expéditions Service Médical Médecine du Travail Unité de Bactériologie Expérimentale Ateliers / Garage Unité d'epidémiologie des Maladies infectieuses 8 sur 124

11 Personnel de l Institut Pasteur de Dakar Regroupant en son sein le Service Général, les Animaleries de Mbao, le Service de la Maintenance et le Service des ateliers et Garage, la Direction des ressources humaines s occupe de l administration et de la gestion des ressources humaines (recrutement, paie, missions, congés, formation, relations avec les partenaires sociaux). Elle est organisée autour d un directeur des ressources humaines et de son assistante. Sur le plan des ressources humaines, l IPD du 1 er janvier au 31 décembre 2011, c est une masse salariale de FCFA (personnel local) et un effectif cumulé de 163 salariés (51 femmes et 112 hommes ainsi répartis : 149 en contrats à durée indéterminée, 9 en contrat de projet et 5 expatriés dont 4 experts techniques internationaux. Effectif au Effectif par services Direction : 10 Laboratoires de Recherche : 47 Laboratoires d Analyses Et de Production : 61 Administration : 13 Services Généraux et Maintenance : 16 Station d Elevage : 07 Projets : 09 Effectif par personnels Personnels scientifiques : 13 Personnels techniques : 47 Employés de Laboratoire : 45 Personnels animaliers : 07 Personnels administratifs : 27 Personnels de maintenance et de service : 15 Personnels Projets : 09 9 sur 124

12 Etat nominatif du personnel au 31 décembre 2011 DIRECTION GENERALE Mr SARTHOU Jean-Louis ADMINISTRATEUR GENERAL pi. (jusqu au 1 er septembre 2011) Mr SPIEGEL André ADMINISTRATEUR GENERAL, Pr, MAEE Mme ABBEY SANE Camille ASSISTANTE DE DIRECTION Mr DIEYE Alioune CHARGE DE MISSION, Chef de laboratoire DIRECTION ADMINISTRATIVE & FINANCIERE Mme DIOUF GUEYE Khoudia COMPTABLE Mme DIAGNE Jeanne Aguida COMPTABLE Mme DIENG NDIAYE Fama COMPTABLE Mme POSATI AWADI Jocelyne SECRETAIRE Mme SOUMAH Amy SECRETAIRE Mr SANTIAGO Léonildo CAISSIER SERVICE APPROVISIONNEMENTS Mr DIALLO M. Moustapha RESPONSABLE DU SERVICE Mr CORREA Jean TECHNICIEN SUPER. - MAGASINIER Mme TEXEIRA FORTEZ Christine LINGERE (mi-temps) Mr KONATE Mohamed Kaba MANŒUVRE SPECIALISE SERVICE TRANSIT Mr DIAGNE Malick RESPONSABLE DU SERVICE Mme SEYE DIOUF Mame Coumba DECLARANT EN DOUANE Mr SONKO Alioune CHAUFFEUR SERVICE ATELIERS & GARAGE Mr TALL Cheikh Amadou Tidiane RESPONSABLE DU SERVICE Mr DIOP Abdoulaye CHAUFFEUR Mr CISSE Souleymane OUVRIER D'ENTRETIEN Mr MBODJ Ndiaga MECANICIEN CHAUFFEUR SERVICE MAINTENANCE Mr MENDY Luc Serge RESPONSABLE DU SERVICE Mr MBAYE Malick TECHNICIEN SUPERIEUR MAINTENANCE Mr NDIAYE Simon OUVRIER FRIGORISTE DIRECTION RESSOURCES HUMAINES Mr FALL Abdoulaye DRH, CAT Mme SECK Jeanine SECRETAIRE Mr BODIAN Yancouba STANDARDISTE Mr BODIAN Assane VAGUEMESTRE BIBLIOTHEQUE Mr NDIAYE Mame Biram AGENT D'ADMINISTRATION SERVICE GENERAL Mr NYAFOUNA Jean-Marie CONCIERGE Mr KANE Gabriel AGENT DE SERVICE Mr DIALLO Alpha Bocar MANŒUVRE SPECIALISE ANIMALERIES DE MBAO Mr NIANG Alassane RESPONSABLE DU SERVICE Mr CAMARA Ndiaye AGENT D'ELEVAGE - CHEF D'EQUIPE Mr DIEME Malang AGENT D'ELEVAGE - CHEF D'EQUIPE Mr SOW Ibrahima AGENT D'ELEVAGE Mr DIALLO Seydou AGENT D'ELEVAGE Mr KA Abdoulaye AGENT D'ELEVAGE Mr SALL Issa MANŒUVRE SPECIALISE SERVICE MEDICAL Mr DIALLO Mamadou Korka MEDECIN CHE DU SERVICE, CAT, Dr Med Mr SECK Oumar INFIRMIER 10 sur 124

13 LABO. BIOLOGIE MEDICALE Mr BREUREC Sébastien RESPONSABLE DU SERVICE, IPP, Dr Ph, PhD Mr SECK Abdoulaye PHARMACIEN BIOLOGISTE, CAT, Dr Ph Mr BIRON Antoine PHARMACIEN BIOLOGISTE, MAEE, Dr Ph Mr ADAMOU AROUNA Oumar PHARMACIEN BIOLOGISTE, CAT, Dr Ph Mr CISSE Ousmane AGENT DE MAITRISE SUPERIEUR Mr DIENG Falilou AGENT DE MAITRISE SUPERIEUR Mme NIATI Ivina Estelle QUALITICIENNE Mr SAMATEY Hassan Léopold TECHNICIEN SUPERIEUR DE LABO. Mme SANKARE Jocelyne TECHNICIENNE SUPERIEURE DE LABO. Mme DIAGNE LOUM Fatou Kiné TECHNICIENNE SUPERIEURE DE LABO. Mr MBAYE Alioune Badara TECHNICIEN SUPERIEUR DE LABO. Mme SENGHOR WILLIAM AM TECHNICIENNE SUPERIEURE DE LABO. Mr BADIANE Diogoye TECHNICIEN SUPERIEUR DE LABO. Mr BISSILA Armel Vivien TECHNICIEN SUPERIEUR DE LABO. Mme NDIAYE DIALLO Rouguiétou TECHNICIENNE SUPERIEURE DE LABO.Mlle MBAYE Rokhaya TECHNICIENNE SUPERIEURE DELABO. Mr DRAME Khadim TECHNICIEN SUPERIEUR DE LABO. Mme THIAM THIAM Mame Fakha Yamilé TECHNICIENNE SUPERIEURE DE LABO. Mme DIEYE MBAYE Fatimatou B.R. TECHNICIENNE SUPERIEURE DE LABO. Mme FALL MBODJ Ndèye Marième INFIRMIERE Mme SARR Geneviève INFIRMIERE (mi-temps) Mme BA SY Ndèye Marième INFIRMIERE (mi-temps) Mme NDENE MANGA Stella Maris INFIRMIERE Mme SANE COLY Amy INFIRMIERE (mi-temps) Mr FALL El Hadji Malick CHARGE RELATION CLIENTELE Mlle PINA Patricia SECRETAIRE - CHEF D'EQUIPE Mme LY DEME Astou SECRETAIRE Mme FAYE DIAM Henriette SECRETAIRE Mme AGNE YACINE Nadia SECRETAIRE Mme TALL GUISSE Awa SECRETAIRE Mme DJIGUEMDE B. Piyalo Yolande SECRETAIRE Mme MBODJ NDECKY Delphine SECRETAIRE Mr KONATE Samba AIDE DE LABORATOIRE Mr GNINGUE Djibril AGENT DE LABORATOIRE Mr BOLY Mamadou AGENT DE LABORATOIRE Mr DIALLO Mamadou Chérif MANŒUVRE SPECIALISE Mr DIENG Mamadou MANŒUVRE SPECIALISE SERVICE QUALITE Mme DIOP Maimouna RESPONSABLE DU SERVICE, CAT Mr GNING Babacar CADRE - ASSISTANT QUALITE, CAT LABORATOIRE de SECURITE ALIMENTAIRE ET d HYGIENE DE L ENVIRONNEMENT Mme MBOW SARRE Maram RESPONSABLE pi DU SERVICE Mme MANSALY GOMIS Colette TECHNICIENNE SUPERIEURE DE LABO. Mr GAYE Ibra Fall TECHNICIEN SUPERIEUR DE LABO. Mme DEME NDIAYE Mame Fatou TECHNICIENNE SUPERIEURE DE LABO. Mr DEME Saïdou Nourou TECHNICIEN SUPERIEUR DE LABO. Mr FALL Pape Mawade TECHNICEIN SUPERIEUR DE LABO. Mlle BASSE Catherine Marie SECRETAIRE Mr DASYLVA Vincent AIDE DE LABORATOIRE Mr DIOUF Pierre AIDE DE LABORATOIRE Mr MENDY Gilbert AIDE DE LABORATOIRE Mr CABO Joseph Gabriel MANŒUVRE SPECIALISE 11 sur 124

14 UNITE DE BACTERIOLOGIE EXPERIMENTALE Mme SOW GASSAMA Amy CHEF D UNITE, Pr, PhD, Chargée de recherche Mr WANE Abdoul Aziz TECHNICIEN SUPERIEUR DE LABO. Mr GUEYE Amadou Moctar AIDE DE LABORATOIRE UNITE DES ARBOVIRUS & VIRUS DES FIEVRES HEMORRAGIQUES Mr SALL Amadou Alpha CHEF D UNITE, PhD, Chargé de recherche Mr FAYE Ousmane CHARGE DE RECHERCHE, PhD Mr FAYE Oumar STAGIAIRE DE RECHERCHE Mme SYLLA BA Rouguiétou AGENT DE MAITRISE SUPERIEURE Mme MONDO Mireille AGENT DE MAITRISE SUPERIEURE Mr DIAGNE Modou TECHNICIEN SUPERIEUR DE LABO. Mr NDIAYE Maguèye TECHNICIEN SUPERIEUR DE LABO. Mr DIA Moussa TECHNICIEN SUPERIEUR DE LABO. Mr NDIAYE Oumar TECHNICIEN SUPERIEUR DE LABO. Mme NDIAYE DANFAKHA Mama SECRETAIRE Mr FORTEZ Carlos AGENT TECHNIQUE DE LABO. Mr BADIANE Idrissa AIDE DE LABORATOIRE Mr DIALLO Ibrahima AGENT DE LABORATOIRE Mr NDIAYE Modou MANŒUVRE SPECIALISE Mr GUEYE Mbaye MANŒUVRE SPECIALISE UNITE DE VIROLOGIE MEDICALE Mr DIOP Ousmane CHEF D UNITE, Détaché Mme NIANG NDIAYE Mbayame CHARGEE DE RECHERCHE, PhD Mr NDIAYE Abdel Kader ASSISTANT DE RECHERCHE, Dr Med Mme FALL DIOUF Aïchatou AGENT DE MAITRISE SUPERIEURE Mr FALL Hamet AGENT DE MAITRISE SUPERIEUR Mr FAYE Abdourahmane TECHNICIEN SUPERIEUR DE LABO. Mme GOUDIABY GUEYE Déborah TECHNICIENNE SUPERIEURE DE LABO. Mr SY Atab MANŒUVRE SPECIALISE Mr KEITA Moussa MANŒUVRE SPECIALISE UNITE D'ENTOMOLOGIE MEDICALE Mr DIALLO Mawlouth CHEF D UNITE Mr BA Yamar CHARGE DE RECHERCHE Mr DIA Ibrahima CHARGE DE RECHERCHE Mr THIAW Amadou AGENT TECHNIQUE DE LABO. Mr DIOUF Momar AIDE DE LABORATOIRE Mr BODIAN Abdou Karim MANŒUVRE SPECIALISE MANGA Maodo Malick AGENT DE LABORATOIRE SERVICE INFORMATIQUE Mme NJIWA SARR Haby RESPONSABLE DU SERVICE, CAT Mr DIOUM Demba INGENIEUR INFORMATICIEN, CAT UNITE D'EPIDEMIOLOGIE Mr TALL Adama CHEF D UNITE pi, Chargé de recherche, Dr Med, PhD Mr RICHARD Vincent ADJOINT, Dr Med, HDR, MAEE Mme DIENE SARR Fatoumata MEDECIN Mr FAYE Joseph TECHNICIEN SUPERIEUR DE LABO. Mr BADIANE Abdoulaye INFIRMIER Mr DIAKHABY Gaoussou AIDE DE LABORATOIRE UNITE VACCIN FIEVRE JAUNE Mr CHAMBAUD Stéphane PHARMACIEN RESPONSABLE, FEI UNITE PRODUCTION VACCIN FIEVRE JAUNE Mr NDIAYE Djibril RESPONSABLE DE PRODUCTION, CAT Mme NDIAYE SARR Adama TECHNICIENNE SUPERIEURE DE LABO. Mr SOUMARE Assane TECHNICIEN SUPERIEUR DE LABO. 12 sur 124

15 Mr SECK El Hadji Oumar TECHNICIEN SUPERIEUR DE LABO. Mr SAMBOU Lamine AIDE DE LABORATOIRE Mr DIONE Ndick AIDE DE LABORATOIRE Mr SENE Demba AIDE DE LABORATOIRE Mr DIA Amadou MANŒUVRE SPECIALISE LABO. DE CONTROLE DE QUALITE Mr DIATTA Antoine-Marie PHARMACIEN CONTROLEUR Mme DIALLO FALL Ramata TECHNICIENNE SUPERIEURE DE LABO. Mme GADJI COUNDOUL Khadidiatou TECHNICIENNE SUPERIEURE DE LABO. Mme FAYE COULIBALY Nd. Nas. TECHNICIENNE SUPERIEURE DE LABO. Mr DIA Mamadou MANŒUVRE SPECIALISE UNITE D'IMMUNOLOGIE Mme TOURE Aïssatou CHEF D UNITE Mr DIOUF Babacar TECHNICIEN SUPERIEUR DE LABO. Mr THIAM Alassane TECHNICIEN SUPERIEUR DE LABO. Mr FAYE Michel Matar TECHNICIEN SUPERIEUR DE LABO. Mr SY Amadou Alassane AIDE DE LABORATOIRE Mr SAMB El Hadji Oumar AIDE DE LABORATOIRE Mr DIOP Malick MANŒUVRE SPECIALISE METROLOGIE Mr DIAKITE Mamadou RESPONSABLE DU SERVICE CONTRAT DE PROJET UNITE DE VIROLOGIE MEDICALE Mr KIORI Davy Evard TECHNICIEN SUPERIEUR DE LABO. Mr CISSE El Hadji Abdoul Khadir TECHNICIEN SUPERIEUR DE LABO. Mr KEBE Ousmane TECHNICIEN SUPERIEUR DE LABO. Mme BALDE SECK Fatoumata TECHNICIENNE SUPERIEURE DE LABO. UNITE DES ARBOVIRUS & V.F.H. Mme FOFANA SOW Fatoumata Bintou TECHNICIENNE SUPERIEURE QUALITE Mme DOS REIS VARELA Marie-Louise POST DOCTORANT UNITE DES ARBOVIRUS & V.F.H. (Station de Kédougou) Mr SOW Abdourahmane MEDECIN Mr SADIO Bacary Djilokalisse TECHNICIEN SUPERIEUR DE LABO. UNITE D'ENTOMOLOGIE MEDICALE Mr FALL Bidiel CHAUFFEUR Départs à la retraite au 31 décembre 2012 Jean-Marie NYAFOUNA CONCIERGE Gilbert MENDY AIDE DE LABORATOIRE Pierre DIOUF AIDE DE LABORATOIRE Souleymane CISSE OUVRIER D ENTRETIEN Oumar SECK INFIRMIER Momar DIOUF AIDE DE LABORATOIRE 13 sur 124

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17 Activités de recherche, d expertise et de santé publique 14 sur 124

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19 Unité des arbovirus et des virus des fièvres hémorragiques Personnel scientifique de l unité Responsable scientifique : Amadou Alpha SALL, Chargé de recherche (Chef de laboratoire au 1 er janvier 2012), PhD Adjoint : Ousmane Faye, Chargé de recherche, PhD Autres personnels scientifiques : Oumar Faye, Assistant de recherche, PhD, Gamou Fall Dramé, Post doctorant, PhD, Marie louise Varela Dos Reis, Post doctorant, PhD (jusqu au 12/2/2012), Abdourahmane Sow, MD. Collaborations et partenariats Institut Pasteur de Dakar - Unité d entomologie médicale: Dr Mawlouth Diallo, Dr Yamar Ba, Dr Ibrahima Dia - Unité de virologie médicale :Dr Mbayame Niang, Dr Kader Ndiaye - Unité d épidémiologie : Dr Adama Tall, Dr Fatoumata Diène Sarr - Unité d immunologie : Dr Aissatou Touré - Centre de vaccination anti-rabique : Dr Korka Diallo Au niveau national : - Université Cheikh Anta Diop : Dr Mady Ndiaye, Pr Cheikh Saadibou Boye. - Institut Sénégalais de Recherches Agricoles : Moustapha Lô - IRD : Jean Marc Duplantier, Khalilou Ba - Ministère de la santé et de la prévention médicale : Dr Aboubakry Fall, Dr Oumar Ba, Dr Mamadou Ndiaye, Dr Youssoupha Ndiaye, Dr Cheikh Saadibouh Senghor, Dr Doudou Sène, Dr Ndao (Ninefecha), Mr Mansaly, Mr Faty - Service de Santé des armées : Mr Tine, Mr Aziz Ndiaye - Hôpital de Fann Clinique des Maladie Infectieuses : Pr Bernard DIOP, Sylvie Diop, - Hopital Principal de Dakar : Pr Bakary Diatta, Dr Mansour Fall, Dr - Hopital Aristide le Dantec : Pr Thérèse Moreira - Ecole Inter états de Science et Médecine Vétérinaire : Pr A. Akakpo, Pr R. Alambedji, Dr Philippe Koné, - Représentation national de l OMS à Dakar : Dr M Coly Au niveau international - Columbia University of New york: Pr Ian Lipkin - Penn State University (Etats Unis) : Dr E. C. Holmes - Université de Sao Paulo (Brésil) : Dr P. M. de A. Zanotto - Centre National d Hygiène, Nouakchott (Mauritanie) : Dr Hampaté Bâ - Institut Pasteur Paris: Dr M. Bouloy 15 sur 124

20 - Université de Gottingen (Allemagne) : Dr Manfred Weidmann et Dr Frank Hufert - Université de Galveston au Texas : Pr Scott Weaver, Dr Nikolas Vasilakis - Université du nouveau Mexique : Pr Kathy Hanley - John Hopkins University : Pr Derek Cummings - Université de Vienne : Tim Skern - Robert Koch Institute : Matthias Niedrig - Réseau des laboratoires Fièvre Jaune de l OMS, Région Africaine : Dr Annick Dosseh Introduction En 2011, les priorités de l unité ont porté sur - i) le développement et le renforcement des missions de l unité o dans les domaines la recherche avec la mise en œuvre de nouvelles collaborations avec l université de Columbia à New York, la recherche de financements et le renforcement de l équipe avec l accueil de 2 nouveaux techniciens supérieurs o et les activités de santé publique : investigations d épidémie de fièvre jaune et évaluation de risque de fièvre jaune - et ii) le renforcement de la démarche qualité au niveau de l unité notamment pour les activités de diagnostic, de l isolement et de l identification des arbovirus mais aussi dans certains projets de recherche. Aussi, une thèse de doctorant a été soutenue par une étudiante sur le diagnostic et l évolution moléculaire de la fièvre de la vallée du Rift. 1. Activités de recherche Les activités de recherche en 2011 sur les arbovirus et virus de fièvres hémorragiques peuvent être regroupés en 4 thématiques: développement et amélioration d outils de diagnostic, l évolution moléculaire des arbovirus, les interactions virus-vecteurs et modélisation et évaluation des risques d émergence. Par ailleurs, un nouveau programme portant sur la découverte de nouveaux pathogènes a été initiée avec un projet concernant l identification des agents pathogènes responsables des encéphalites (DEVINE) Développement et amélioration d outils de diagnostic Développement de tests rapides de terrain pour le diagnostic, le contrôle et la gestion des épidémies de fièvre hémorragique virales (VHF-Diagnostics) Ce projet de recherche avait été financé par le programme FP6 INCO de la commission européenne. Il s agit d une collaboration entre 3 laboratoires européens (Institut de virologie de l Université de Gottingen en Allemagne, Institut Pasteur à Paris, Institut pour le contrôle des maladies infectieuses en Suède) et 4 laboratoires africains (IPD, Centre de surveillance pluri-pathologique de l OMS à Ouagadougou, le Centre Charles Mérieux au Mali et l Institut de Microbiologie à la faculté de médecine à l Université de Conakry) et une PME allemande (Mikrogen) spécialisée dans les tests de diagnostic sur bandelettes. Objectifs : Développer des tests rapides destinés aux postes de santé comme outil de première ligne sous forme de bandelettes pour le diagnostic de 16 sur 124

21 7 fièvres hémorragiques virales (fièvre jaune, fièvre de Lassa, Dengue, Marbourg, Ebola, Fièvre de la Vallée du Rift, fièvre hémorragique de Crimée- Congo) et ii) une plateforme mobile de RT-PCR en temps réel pour le diagnostic et la prise en charge des cas de FHV. Méthodes : Pour le développement des bandelettes dites line-assays (LA), les protéines recombinantes virales pour les 7 VFH seront exprimées dans le système RTS 500, S2 ou PGEX, purifiés puis déposés en parallèle à l instar d un code barre sur les bandelettes de nitrocellulose. Ces dernières ont été utilisées pour la détection des anticorps IgM. Pour le développement de la plateforme mobile de RT-PCR en temps réel, un protocole d'extraction d'arn adapté au terrain, des mélanges réactionnels lyophilisés et des amorces et sondes optimisées pour chacune des FHV ciblées seront développés. Les bandelettes et la plateforme mobile seront validées au laboratoire - à l aide d une sérothèque constituée à cet effet - et sur le terrain lors d épidémies. Résultats : En novembre 2010 à la fin du financement de l UE, la plateforme mobile de RT-PCR en temps réel était opérationnel après avoir été validée à Kédougou et utilisée au Cap vert, en Mauritanie et en Ouganda pour des épidémies de dengue, fièvre de la Vallée du Rift et fièvre jaune. Par ailleurs, le premier prototype de bandelette LA a été réalisé, pré- évalué au niveau des laboratoires du consortium. Cependant ses performances limitées avaient justifiées la réalisation d un deuxième prototype qui est en cours d évaluation en 2011 au niveau des laboratoires du consortium avant une évaluation multicentrique dans 5 pays d Afrique (Burkina Faso, Guinée, Mali, République démocratique du Congo et Sénégal) et 25 sites. Conclusion et perspectives : En juillet 2012, un atelier sera organisé à Dakar pour préparer l évaluation sur le terrain du nouveau prototype de bandelettes. La suite de ce projet a pu être organisée grâce à un financement de la coopération allemande GIZ. Plateforme de diagnostic multiparamétrique et à haut débit des fièvres hémorragiques virales Il s agit d un projet financé par l Institut Pasteur à Paris dans le cadre des programmes transversaux de recherche ou PTR (n 273) est une collaboration entre l UAVFH, les unités «Cytokines et inflammation» et «Prévention et thérapie moléculaire des maladies humaines» de l IP Paris et l Université de Göttingen (Allemagne). Ce projet fait l objet d un postdoctorat. Objectifs : L objectif principal de ce projet est de développer un test de diagnostic multiparamétrique de 7 fièvres hémorragiques les plus importantes en Afrique et permettant la détection simultanée des Immunoglobulines IgM, IgG, de l acide nucléique viral, et des cytokines impliquées. Au cours de l année 2009, le projet s est focalisé sur les virus de la FJ et de la dengue pour le développement et l évaluation de la détection des anticorps de type IgM et IgG en simplex et en duplex avec l autre virus. Méthodes : Des antigènes recombinants des protéines d enveloppe des virus de la FJ et de la DEN 1 et 3 sont conjugués à des microsphères fluorescentes et utilisés pour capturer les anticorps de type IgM ou IgG et détectés ensuite par un anticorps secondaire anti-igm humain couplé à la phycoérythrine. Résultats préliminaires : Les conditions de conjugaison des protéines recombinantes et de détection des IgM et IgG pour les virus FJ et DEN 1 et 3 ont été mises au point et validées sur un lot d une dizaine de sérums. L analyse des performances pour les IgM et IgG indique une excellente répétabilité intra et inter-assay supérieure à 95%, une 17 sur 124