Mexico. Appliqué à l environnement VLE. Groupe Record/VLE (1)(2)(3)

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1 Mexico Appliqué à l environnement VLE Groupe Record/VLE (1)(2)(3) 1 Laboratoire d Informatique du Littoral - ULCO 2 Institut National de la Recherche Agronomique - Départements MIA/EA 3 Centre de coopération internationale en recherche agronomique pour le développement Groupe Record/VLE (LIL, INRA, CIRAD) Cours Mexico 1 / 13

2 Plan 1 Introduction 2 Les plans d expérience Groupe Record/VLE (LIL, INRA, CIRAD) Cours Mexico 2 / 13

3 Plan 1 Introduction 2 Les plans d expérience Groupe Record/VLE (LIL, INRA, CIRAD) Cours Mexico 3 / 13

4 Mexico Introduction étude de différents plans d expérience pour l analyse de sensibilité de modèles dynamiques complexes ; définition de structures XML pour la définition des données manipulées en modélisation : plans d expériences ; fichiers de sortie de simulation ; Groupe Record/VLE (LIL, INRA, CIRAD) Cours Mexico 4 / 13

5 VLE-Record et Mexico Le projet mexico et rmexico développement d une API C++ d analyse XML des plans d expérience ; développement d un wrapper R pour l accessibilité des plans sous R ; couplage VLE-Record avec Mexico : exemple de l utilisation d un package d analyse de sensibilité (sensitivity) boucle pilotée par un script R ; chargement du plan ; génération des expériences par l une des méthodes d analyse de sensibilité (fast, sobol,... ) ; lancement des simulations via le wrapper R de vle ; récupération des sorties via la sortie rdata de vle ; calcul des indicateurs. Groupe Record/VLE (LIL, INRA, CIRAD) Cours Mexico 5 / 13

6 Plan 1 Introduction 2 Les plans d expérience Groupe Record/VLE (LIL, INRA, CIRAD) Cours Mexico 6 / 13

7 VLE-Record et Mexico Les plans d expériences Un plan d expérience se divise en deux parties : la définition des facteurs ; la spécification de la méthode utilisée sous forme d un workflow. <experimentaldesign> <factors>... </factors> <workflow> <process name="xxx" type="yyyy">... </process>... </workflow> </ experimentaldesign> Groupe Record/VLE (LIL, INRA, CIRAD) Cours Mexico 7 / 13

8 VLE-Record et Mexico Les plans d expériences - les facteurs les facteurs peuvent être continu ou discret ; ils peuvent être numériques ou symboliques ou booléens ; ils sont caractérisés par un identifiant ; leur définition peut être complétée par une description ; pour des questions de correspondance, il est possible de mentionner l identifiant utilisé dans le simulateur (target) qui va réaliser les expériences ; le domaine de définition du facteur peut être déterministe (fixed) ou aléatoire (random). Groupe Record/VLE (LIL, INRA, CIRAD) Cours Mexico 8 / 13

9 VLE-Record et Mexico Les plans d expériences - les facteurs Un facteur continu de type réel dont le domaine de définition est un ensemble de valeurs pris de manière régulière sur l intervalle [0,1]. Syntaxe <factors> <factor property=" continuous" type="real" name="name"> <description>a description</ description> <target>a target</target> <domain> <fixed cardinality="100"><range max="1" min="0"/></fixed> </domain> </factor> </factors> Facteur condition initiale La balise target permet de faire le lien avec la condition initiale exprimée dans le fichier vpz. Groupe Record/VLE (LIL, INRA, CIRAD) Cours Mexico 9 / 13

10 VLE-Record et Mexico Les plans d expériences - la méthode La définition d un process se compose : du type de process : sampling, evaluation ou analysis ; de la façon dont sera appelée la fonction associée au process ; de la liste des paramètres avec leur nom, leur type et leur valeur ; Syntaxe <process name="fast" type="sampling"> <comment>first step of method</comment> <call>r:// sensitivity.fast</call> <parameters> <parameter name="n"> <i name="i1">100</i> </ parameter> <parameter name="q"> <s>qunif</s> </ parameter> </ parameters> </process> Groupe Record/VLE (LIL, INRA, CIRAD) Cours Mexico 10 / 13

11 VLE-Record et Mexico Les plans d expériences - la méthode Tout est sous forme d URI (Uniform Resource Identifier). appel de la méthode : software://package.method ; Appel de la méthode La méthode est exécutée par le logiciel R, il faut charger le package sensitivity et exécuter la fonction fast. <call>r:// sensitivity.fast</call> appel du simulateur : software://package.run?experiment_file ; Appel du simulateur L expérience est spécifiée dans le fichier exp.vpz et son exécution se fera à l aide du package R, rvle, via la méthode run. <call>r:// rvle.run?exp.vpz</call> Groupe Record/VLE (LIL, INRA, CIRAD) Cours Mexico 11 / 13

12 rmexico le projet Mexico est disponible en C++ et en R : le package rmexico ; il existe un script R pour automatiser le processus d analyse de sensibilité via les méthodes fast, sobol et morris du package sensitivity ; Utilisation du package rmexico Il faut naturellement disposer d un fichier VPZ valide. library(rmexico) mexico.process("example.xml") Groupe Record/VLE (LIL, INRA, CIRAD) Cours Mexico 12 / 13

13 Licence Cours Mexico Copyright (C) VLE Development Team eramat@users.sourceforge.net Permission is granted to copy, distribute and/or modify this document under the terms of the GNU Free Documentation License, Version 1.2 or any later version published by the Free Software Foundation; with no Invariant Sections, no Front-Cover Texts, and no Back-Cover Texts. A copy of the license is included in the section entitled "GNU Free Documentation License". Groupe Record/VLE (LIL, INRA, CIRAD) Cours Mexico 13 / 13