EMME : un environnement de gestion des métadonnées expérimentales Basé sur l'utilisation d'isa Infrastructure Cyril Monjeaud Ingénieur sur la plate-forme GenOuest, Rennes
PLAN Introduction ISA Infrastructure ISA Software Suite Démonstration Questions 20 min 10 min 10 min
PLAN Introduction ISA Infrastructure ISA Software Suite Démonstration Questions
INTRODUCTION GenOuest, EMME et ISA
La plate-forme GenOuest Introduction ISA Infrastructure ISA Software Suite Démonstrations Plate-forme située à l'inria/irisa de Rennes Associée au groupe de recherche Symbiose (Genscale - Dyliss) GenOuest appartient à ReNaBi-GO (avec BiRD et ABIMS) ReNaBi-GO = plate-forme bio-informatique de Biogenouest GenOuest propose: un large ensemble d outils bio-informatiques des banques de données publiques mises à jour régulièrement la prise en charge de projets de développement en bio-informatique diverses formations en informatique / bio-informatique 1
La plate-forme GenOuest Introduction ISA Infrastructure ISA Software Suite Démonstrations Plate-forme située à l'inria/irisa de Rennes Associée au groupe de recherche Symbiose (Genscale - Dyliss) GenOuest appartient à ReNaBi-GO (avec BiRD et ABIMS) ReNaBi-GO = plate-forme bio-informatique de Biogenouest GenOuest propose: un large ensemble d outils bio-informatiques des banques de données publiques mises à jour régulièrement la prise en charge de projets de développement en bio-informatique diverses formations en informatique / bio-informatique 1
La plate-forme GenOuest Introduction ISA Infrastructure ISA Software Suite Démonstrations Plate-forme située à l'inria/irisa de Rennes Associée au groupe de recherche Symbiose (Genscale - Dyliss) GenOuest appartient à ReNaBi-GO (avec BiRD et ABIMS) ReNaBi-GO = plate-forme bio-informatique de Biogenouest GenOuest propose: un large ensemble d outils bio-informatiques des banques de données publiques mises à jour régulièrement la prise en charge de projets de développement en bio-informatique diverses formations en informatique / bio-informatique 1
Les projets de Genouest GRISBI BioPaaS Grille genocluster Cloud Cluster Biologie intégrative BioMAJ Calcul BioWIC Ontologies Données Métadonnées e-biogenouest Workflows BioSide Galaxy Portail Collaboratif MobyleNet EMME Web services ADT INRIA Elgg OpenLDAP Hubzero Opal Toolkit 2
Les projets de Genouest GRISBI BioPaaS Grille genocluster Cloud Cluster Biologie intégrative BioMAJ Calcul BioWIC Ontologies Données Métadonnées e-biogenouest Workflows BioSide Galaxy Portail Collaboratif MobyleNet EMME Web services ADT INRIA Elgg OpenLDAP Hubzero Opal Toolkit 2
Le deluge de données Introduction ISA Infrastructure ISA Software Suite Démonstrations Contexte Baisse des prix des expériences -> plus d'expériences réalisées Evolution des technologies (NGS) -> plus de données produites Volume et diversité des données explosent sur les plates-formes biologiques Intégration & Interprétation des données sont primordiales Objectif de la plate-forme Intégrer les données pour pouvoir y accéder plus facilement Faciliter l'échange au sein de différents organismes Solution : gestion des métadonnées expérimentales 3
Le deluge de données Introduction ISA Infrastructure ISA Software Suite Démonstrations Contexte Baisse des prix des expériences -> plus d'expériences réalisées Evolution des technologies (NGS) -> plus de données produites Volume et diversité des données explosent sur les plates-formes biologiques Intégration & Interprétation des données sont primordiales Objectif de la plate-forme Intégrer les données pour pouvoir les analyser Faciliter l'échange au sein de différents organismes Solution : gestion des métadonnées expérimentales 3
Les métadonnées expérimentales Introduction ISA Infrastructure ISA Software Suite Démonstrations Qu'est-ce que les métadonnées expérimentales? Métadonnées = Données Description de la données Conditions / détails expérimentaux permettant la création des données Pourquoi s'occuper des métadonnées? Donner du sens à la donnée = interprétable Rendre la donnée accessible à l'utilisateur Identification Découverte Pérennité 4
Les métadonnées expérimentales Introduction ISA Infrastructure ISA Software Suite Démonstrations Qu'est-ce que les métadonnées expérimentales? Métadonnées = Données Description de la données Conditions / détails expérimentaux permettant la création des données Pourquoi s'occuper des métadonnées? Donner du sens à la donnée = interprétable Rendre la donnée accessible à l'utilisateur Identification Découverte Pérennité Métadonnées Données 4
Genouest et les métadonnées GRISBI BioPaaS Grille genocluster Cloud Cluster Biologie intégrative BioMAJ Calcul BioWIC Ontologies Données e-biogenouest Workflows BioSide Galaxy Portail Métadonnées Collaboratif MobyleNet EMME Web services ADT INRIA Elgg OpenLDAP Hubzero Opal Toolkit 5
Genouest et les métadonnées GRISBI BioPaaS Grille genocluster Cloud Cluster Biologie intégrative BioMAJ Calcul BioWIC Ontologies Données e-biogenouest Workflows BioSide Galaxy Portail Métadonnées Collaboratif MobyleNet EMME Web services ADT INRIA Elgg OpenLDAP Hubzero Opal Toolkit 6
Le projet EMME Introduction ISA Infrastructure ISA Software Suite Démonstrations Experimental Metadata Management Environment EnvironneMent de gestion des Métadonnées Expérimentales Objectifs : Service commun aux différentes plate-formes de Biogenouest Stockage et échange de connaissances biologiques Moyens : Essayer de prendre en charge la donnée (selon matériel) Prendre en charge la métadonnée Gestion de l'analyse des données / métadonnées 7
Le projet EMME Introduction ISA Infrastructure ISA Software Suite Démonstrations Experimental Metadata Management Environment EnvironneMent de gestion des Métadonnées Expérimentales Objectifs : Service commun aux différentes plate-formes de Biogenouest Stockage et échange de connaissances biologiques Moyens : Essayer de prendre en charge la donnée (selon matériel) Prendre en charge la métadonnée Gestion de l'analyse des données / métadonnées 7
Le projet EMME Introduction ISA Infrastructure ISA Software Suite Démonstrations Experimental Metadata Management Environment EnvironneMent de gestion des Métadonnées Expérimentales Objectifs : Service commun aux différentes plate-formes de Biogenouest Stockage et échange de connaissances biologiques Moyens : Essayer de prendre en charge la donnée (selon matériel) Prendre en charge la métadonnée Gestion de l'analyse des données / métadonnées 7
Genouest et le projet EMME GRISBI BioPaaS Grille genocluster Cloud Cluster Biologie intégrative BioMAJ Calcul BioWIC Ontologies Données e-biogenouest Workflows BioSide Galaxy Portail Métadonnées Collaboratif MobyleNet EMME Web services ADT INRIA Elgg OpenLDAP Hubzero Opal Toolkit 8
Genouest et le projet EMME GRISBI BioPaaS Grille genocluster Cloud Cluster Biologie intégrative BioMAJ Calcul BioWIC Ontologies Données e-biogenouest Workflows BioSide Galaxy Portail Métadonnées Collaboratif MobyleNet EMME Web services ADT INRIA Elgg OpenLDAP Hubzero Opal Toolkit 8
Genouest et le projet EMME GRISBI BioPaaS Grille genocluster Cloud Cluster Biologie intégrative BioMAJ Calcul BioWIC Ontologies Données e-biogenouest Workflows BioSide Galaxy Portail Métadonnées Collaboratif MobyleNet EMME Web services ADT INRIA Elgg OpenLDAP Hubzero Opal Toolkit 8
Genouest et le projet EMME Ontologies Données Métadonnées e-biogenouest ISAInfrastructure EMME 8
Introduction ISA Infrastructure ISA Software Suite Démonstration
ISA INFRASTRUCTURE (ISATools) Un format, des ontologies et des standards
Le contexte : dépôts et formats Introduction ISA Infrastructure ISA Software Suite Démonstrations Beaucoup de dépôts/formats pour la soumission : Protéomique : Pride Pride XML Génomique : ENA - SRA-XML Transcriptomique : ArrayExpress Mage-Tab Mais aucun pour des expériences multi' omiques Protéomique, génomique, transcriptomique, métabolomique Nutrigénomique, Toxicogénomique, etc Point de départ d'isainfrastructure 9
Le contexte : dépôts et formats Introduction ISA Infrastructure ISA Software Suite Démonstrations Beaucoup de dépôts/formats pour la soumission : Protéomique : Pride Pride XML Génomique : ENA - SRA-XML Transcriptomique : ArrayExpress Mage-Tab Mais aucun pour des expériences multi' omiques Protéomique, génomique, transcriptomique, métabolomique Nutrigénomique, Toxicogénomique, etc Point de départ d'isainfrastructure 9
Le contexte : dépôts et formats Introduction ISA Infrastructure ISA Software Suite Démonstrations Beaucoup de dépôts/formats pour la soumission : Protéomique : Pride Pride XML Génomique : ENA - SRA-XML Transcriptomique : ArrayExpress Mage-Tab Mais aucun pour des expériences multi' omiques Protéomique, génomique, transcriptomique, métabolomique Nutrigénomique, Toxicogénomique, etc Point de départ d' ISAInfrastructure 9
Présentation d'isa Infrastructure ISA Team Susanna Sansone : Team Leader Philippe Rocca-Serra : Technical Co-ordinator Eamonn Maguire : Lead Software Engineer Oxford e-research Center Création d'un format (ISA-Tab) + suite logicielle + dépôt 10
Publications de ISA Team Science, 2009 Omics Data Sharing Field,D. et al. (2009) Science, 9, 234 236. Bioinformatics, 2010 ISA software suite: supporting standards-compliant experimental annotation and enabling curation at the community level Rocca-Serra,P. et al. Bioinformatics, 26, 2354 2356. Nature Genetics, 2011 Toward interoperable bioscience data Susanna-Assunta Sansone et al. (2011) Nature genetics, in press 11
Introduction ISA Infrastructure ISA Software Suite Démonstrations Le format ISA-Tab 2008 : premier workshop ISA-Tab à l'ebi de Cambridge Comment un simple format peut-t-il gérer des études complexes? Format simple Tabulé (texte) Non XML donc plus adapté à la communauté biologique Simple d'utilisation et manipulable avec un tableur Gestion d'études complexes Hébergement des études composées de plusieurs expériences Expériences pouvant être multi' omics 12
Introduction ISA Infrastructure ISA Software Suite Démonstrations Le format ISA-Tab 2008 : premier workshop ISA-Tab à l'ebi de Cambridge Comment un simple format peut-t-il gérer des études complexes? Format simple Tabulé (texte) Non XML donc plus adapté à la communauté biologique Simple d'utilisation et manipulable avec un tableur Gestion d'études complexes Hébergement des études composées de plusieurs expériences Expériences pouvant être multi' omics 12
Introduction ISA Infrastructure ISA Software Suite Démonstrations Le format ISA-Tab 2008 : premier workshop ISA-Tab à l'ebi de Cambridge Comment un simple format peut-t-il gérer des études complexes? Format simple Tabulé (texte) Non XML donc plus adapté à la communauté biologique Simple d'utilisation et manipulable avec un tableur Gestion d'études complexes Hébergement des études composées de plusieurs expériences Expériences pouvant être multi' omiques 12
Les ontologies Introduction ISA Infrastructure ISA Software Suite Démonstrations ISA-Tab permet et encourage l'utilisation d'ontologies Ontologies Un vocabulaire contrôlé : du texte libre (Wild Type, WT, Wt, WildType) Un vocabulaire hiérarchisé : relations entres termes (is_a, has_a, etc.) Annotation des données / métadonnées Vocation Partager et la réutiliser des connaissances grâce à un langage commun Classifier les données et les informations Permettre l'analyse informatique (indexation, recherche avancée, etc.) 13
Les ontologies Introduction ISA Infrastructure ISA Software Suite Démonstrations ISA-Tab permet et encourage l'utilisation d'ontologies Ontologies Un vocabulaire contrôlé : du texte libre (Wild Type, WT, Wt, WildType) Un vocabulaire hiérarchisé : relations entres termes (is_a, has_a, etc.) Annotation des données / métadonnées Vocation Partager et réutiliser des connaissances grâce à un langage commun Classifier les données et les informations Permettre l'analyse informatique (indexation, recherche avancée, etc.) 13
Exemples d'utilisations Introduction ISA Infrastructure ISA Software Suite Démonstrations SNOMED Clinical Terms malignant tumor +Body structure - Clinical finding + Calculus finding + Cyanosis - Disease +... -... - Malignant neoplastic disease Malignant neoplastic disease, SNOMEDCT, 363346000 CHEBI fatty acids - Chemical entity + Atom - Molecular entity - Main group molecular entity -... Fatty acid Fatty acid, CHEBI, 35366 14
Exemples d'utilisations Introduction ISA Infrastructure ISA Software Suite Démonstrations SNOMED Clinical Terms malignant tumor +Body structure - Clinical finding + Calculus finding + Cyanosis - Disease +... -... - Malignant neoplastic disease Malignant neoplastic disease, SNOMEDCT, 363346000 CHEBI fatty acids - Chemical entity + Atom - Molecular entity - Main group molecular entity -... Fatty acid Fatty acid, CHEBI, 35366 14
Exemples d'utilisations Introduction ISA Infrastructure ISA Software Suite Démonstrations SNOMED Clinical Terms malignant tumor Informations libres +Body structure - Clinical finding + Calculus finding + Cyanosis - Disease +... -... - Malignant neoplastic disease Malignant neoplastic disease, SNOMEDCT, 363346000 CHEBI fatty acids - Chemical entity + Atom - Molecular entity - Main group molecular entity -... Fatty acid Fatty acid, CHEBI, 35366 14
Exemples d'utilisations Introduction ISA Infrastructure ISA Software Suite Démonstrations SNOMED Clinical Terms malignant tumor Informations libres +Body structure - Clinical finding + Calculus finding + Cyanosis - Disease +... -... - Malignant neoplastic disease CHEBI fatty acids - Chemical entity + Atom - Molecular entity - Main group molecular entity -... Fatty acid Malignant neoplastic disease, SNOMEDCT, 363346000 Informations reliées à un système de connaissances Fatty acid, CHEBI, 35366 14
L'engagement d'isa Implication sur les questions de standardisation, diffusion, etc. 16
ISA : Investigation Study - Assay Introduction ISA Infrastructure ISA Software Suite Démonstrations Contexte biologique Informations sur l'étude Expérience réalisée sur les échantillons Liens vers les fichiers de données (résultats non inclus directement) 17
ISA : Investigation Study - Assay Introduction ISA Infrastructure ISA Software Suite Démonstrations Contexte biologique Informations sur l'étude Expérience réalisée sur les échantillons Liens vers les fichiers de données (résultats non inclus directement) 17
ISA : Investigation Study - Assay Introduction ISA Infrastructure ISA Software Suite Démonstrations Contexte biologique Informations sur l'étude Expérience réalisée sur les échantillons Liens vers les fichiers de données (résultats non inclus directement) 17
ISA : Investigation Study - Assay Introduction ISA Infrastructure ISA Software Suite Démonstrations Contexte biologique Informations sur l'étude Expérience réalisée sur les échantillons Liens vers les fichiers de données (résultats non inclus directement) 17
Les métadonnées liées à une expérience Sources Échantillons Échantillons Données dat csv Données Données transformées 18
Introduction ISA Infrastructure ISA Software Suite Démonstration
ISA Software Suite
ISA Software Suite
ISACreatorConfigurator Objectif Création de modèles ISA nommés Tables Déclaration de champs Définition du type de données 3 types de modèles : Investigation, Study, Assays Obligatoire? Oui car essentiel lors de l'étape de création des expériences Mais configuration par défaut fournis par ISA 1 modèle pour Investigation et Study 28 modèles pour Assay Analyses : Cell sorting, Metabolite profiling, SNP Analysis, etc. Matériels : DNA µarray, Flow Cytometry, Mass spectro., etc. 19
ISACreatorConfigurator Objectif Création de modèles ISA nommés Tables Déclaration de champs Définition du type de données 3 types de modèles : Investigation, Study, Assays Obligatoire? Oui car essentiel lors de l'étape de création des expériences Mais configuration par défaut fournis par ISA 1 modèle pour Investigation et Study 28 modèles pour Assay Analyses : Cell sorting, Metabolite profiling, SNP Analysis, etc. Matériels : DNA µarray, Flow Cytometry, Mass spectro., etc. 19
ISACreatorConfigurator Utilisateurs Bio-informaticiens Phase de configuration Utilisation Exécutable sur la machine de l'utilisateur (local) Lors de la première utilisation d'isa Lors de l'utilisation d'un nouveau type d'expérience 20
ISACreatorConfigurator Utilisateurs Bio-informaticiens Phase de configuration Utilisation Exécutable sur la machine de l'utilisateur (local) Lors de la première utilisation d'isa Lors de l'utilisation d'un nouveau type d'expérience 20
Exemples de Tables STUDY ASSAY Protein_expression_ms SampleStudy Protein Expression Profiling using Mass Spectrometry Source Name Characteristics[organism] Protocol REF Protocole d'obtention Sample Name SampleStudy.xml - growth protocol Sample Name Protocol REF Protocole d'extraction - protein extraction Extract Name Protocol REF Protocole de marquage - itraq labeling Labeled Name Protocol REF Protocole de spectrométrie - MALDI TOF mass spectrometry Parameter Value[mass spectrometry instrument] Parameter Value[ion optics] MS Assay Name Raw Spectral Data File Protocol REF Protocole de transformation de données Normalization Name Data Transformation Name Derived Spectral Data File Protocol REF Protocole d'identification Protein Assignment File 21
Exemples de Tables STUDY ASSAY Protein_expression_ms SampleStudy Protein Expression Profiling using Mass Spectrometry Source Name Characteristics[organism] Protocol REF Protocole d'obtention Sample Name SampleStudy.xml Protein_expression_ ms.xml - growth protocol Sample Name Protocol REF Protocole d'extraction - protein extraction Extract Name Protocol REF Protocole de marquage - itraq labeling Labeled Name Protocol REF Protocole de spectrométrie - MALDI TOF mass spectrometry Parameter Value[mass spectrometry instrument] Parameter Value[ion optics] MS Assay Name Raw Spectral Data File Protocol REF Protocole de transformation de données Normalization Name Data Transformation Name Derived Spectral Data File Protocol REF Protocole d'identification Protein Assignment File 21
Exemples de Tables STUDY ASSAY Protein_expression_ms SampleStudy Protein Expression Profiling using Mass Spectrometry Source Name Characteristics[organism] Protocol REF Protocole d'obtention Sample Name SampleStudy.xml Protein_expression_ ms.xml MaConfig_ISA - growth protocol Sample Name Protocol REF Protocole d'extraction - protein extraction Extract Name Protocol REF Protocole de marquage - itraq labeling Labeled Name Protocol REF Protocole de spectrométrie - MALDI TOF mass spectrometry Parameter Value[mass spectrometry instrument] Parameter Value[ion optics] MS Assay Name Raw Spectral Data File Protocol REF Protocole de transformation de données Normalization Name Data Transformation Name Derived Spectral Data File Protocol REF Protocole d'identification Protein Assignment File 21
Aperçu : Study 22
Aperçu : Assay 23
ISA Software Suite
ISACreator : Création Partie dédiée aux utilisateurs Rôle : Saisir les métadonnées expérimentales Similaire à un cahier de laboratoire Exécutable sur la machine de l'utilisateur (local) Utilisation Lorsque une investigation est décidée Lorsqu'une étude (study) est ajoutée à une investigation Lorsqu'une expérience (assay) est réalisée dans une étude Dynamique Possible de rajouter des études ou des expériences 24
ISACreator : Création Partie dédiée aux utilisateurs Rôle : Saisir les métadonnées expérimentales Similaire à un cahier de laboratoire Exécutable sur la machine de l'utilisateur (local) Utilisation Lorsque une investigation est décidée Lorsqu'une étude (study) est ajoutée à une investigation Lorsqu'une expérience (assay) est réalisée dans une étude Dynamique Possible de rajouter des études ou des expériences 24
ISACreator : Création Partie dédiée aux utilisateurs Rôle : Saisir les métadonnées expérimentales Similaire à un cahier de laboratoire Exécutable sur la machine de l'utilisateur (local) Utilisation Lorsque une investigation est décidée Lorsqu'une étude (study) est ajoutée à une investigation Lorsqu'une expérience (assay) est réalisée dans une étude Dynamique Possible de rajouter des études ou des expériences 24
ISACreator : Création La saisie des métadonnées Sous la forme de tableaux (Excel-like) Fonctions de manipulations (ajout colonne / lignes, étendre, etc.) Repartis dans plusieurs onglets (respectant le modèle ISA) Lié à ISACreatorConfigurator Chargement d'un dossier de configuration Définition des champs de saisies 25
ISACreator : Création La saisie des métadonnées Sous la forme de tableaux (Excel-like) Fonctions de manipulations (ajout colonne / lignes, étendre, etc.) Repartis dans plusieurs onglets (respectant le modèle ISA) Lié à ISACreatorConfigurator Chargement d'un dossier de configuration Définition des champs de saisies 25
Aperçu : Investigation 26
Aperçu : Study 27
Aperçu : Study 28
Aperçu : Assay 29
ISACreator Finalité Enregistrement sous la forme de fichiers ISA-Tab -> Dépôt Possibilité de recharger des fichiers et modifier Outils intégrés ISAValidator : Validation des fichiers ISA-Tab ISAConverter : Conversion des fichiers ISA-Tab Plugins Recherche d'ontologies Auto-tagging (recherche texte libre -> association avec ontologies) Outils 30
ISACreator Finalité Enregistrement sous la forme de fichiers ISA-Tab -> Dépôt Possibilité de recharger des fichiers et modifier Outils intégrés ISAValidator : Validation des fichiers ISA-Tab ISAConverter : Conversion des fichiers ISA-Tab Plugins Recherche d'ontologies Auto-tagging (recherche texte libre -> association avec ontologies) Outils 30
ISACreator Finalité Enregistrement sous la forme de fichiers ISA-Tab -> Dépôt Possibilité de recharger des fichiers et modifier Outils intégrés ISAValidator : Validation des fichiers ISA-Tab ISAConverter : Conversion des fichiers ISA-Tab Plugins Recherche d'ontologies Auto-tagging (recherche texte libre -> association avec ontologies) Outils 30
ISA Software Suite
BioInvestigation Index BioInvestigation Index = BII Dépôt d'expériences ISA (études multi'omiques) Annuaire expérimentale Stockage des métadonnées dans une base de données PostgreSQL MySQL Oracle Similaire à Pride, ENA ou ArrayExpress 31
BioInvestigation Index BioInvestigation Index = BII Dépôt d'expériences ISA (études multi'omiques) Annuaire expérimentale Stockage des métadonnées dans une base de données PostgreSQL MySQL Oracle Similaire à Pride, ENA ou ArrayExpress 31
BioInvestigation Index BioInvestigation Index = BII Dépôt d'expériences ISA (études multi'omiques) Annuaire expérimentale Stockage des métadonnées dans une base de données PostgreSQL MySQL Oracle Similaire à Pride, ENA ou ArrayExpress 31
BII data manager Utilisé par l'administrateur ISA local (moi) Gestionnaire de dépôt ISA-Tab Chargement Déchargement Exportation d'une expérience Gestion des fichiers de données Dépôt à l'endroit précisé sur le serveur Création des liens associés (accès HTTP / FTP) Gestion de sécurité Étude privée / publique Visible par certains utilisateurs 32
BII data manager Utilisé par l'administrateur ISA local (moi) Gestionnaire de dépôt ISA-Tab Chargement Déchargement Exportation d'une expérience Gestion des fichiers de données Dépôt à l'endroit précisé sur le serveur Création des liens associés (accès HTTP / FTP) Gestion de sécurité Étude privée / publique Visible par certains utilisateurs 32
BII data manager Utilisé par l'administrateur ISA local (moi) Gestionnaire de dépôt ISA-Tab Chargement Déchargement Exportation d'une expérience Gestion des fichiers de données Dépôt à l'endroit précisé sur le serveur Création des liens associés (accès HTTP / FTP) Gestion de sécurité Étude privée / publique Visible par certains utilisateurs 32
BII data manager Utilisé par l'administrateur ISA local (moi) Gestionnaire de dépôt ISA-Tab Chargement Déchargement Exportation d'une expérience Gestion des fichiers de données Dépôt à l'endroit précisé sur le serveur Création des liens associés (accès HTTP / FTP) Gestion de sécurité Étude privée / publique Visible par certains utilisateurs 32
ISA Software Suite
BioInvIndex Web App Application Web Composée de 2 parties Vue globale des expériences Consultation de chaque expérience sous forme de fiche Moteur de recherche indexé par Apache Lucene But final du BII + ISA Accès facile aux expériences et aux données associées Éviter de multiplier les expériences déjà réalisées Se tenir au courant des thématiques / expériences réalisées 33
BioInvIndex Web App Application Web Composée de 2 parties Vue globale des expériences Consultation de chaque expérience sous forme de fiche Moteur de recherche indexé par Apache Lucene But final du BII + ISA Accès facile aux expériences et aux données associées Éviter de multiplier les expériences déjà réalisées Se tenir au courant des thématiques / expériences réalisées 33
Aperçu : BioInvIndex Identification Inscription Recherche Consultation 34
Aperçu : BioInvIndex Recherche libre Recherche par type Nom de l'étude Description Nombre de mesure Assays associés Type de mesure + matériel 35
Aperçu : BioInvIndex Nom de l'étude 36
Aperçu : BioInvIndex Possibilité de faire une recherche sur ce type 37
Aperçu : BioInvIndex Accès aux fichiers ISA-Tab Accès aux fichiers de données 38
Récapitulatif ISA Infrastructure Format ISA-Tab pour l'hébergement des métadonnées expérimentales Suite logicielle ISACreatorConfigurator Création modèle d'expérience ISACreator Création de l'expérience BioInvIndex Dépôt et consultation d'expériences BII Data Manager Gestion du dépôt Projet EMME Environnement de Gestion des métadonnées expérimentale Basé sur l'utilisation d'isa Infrastructure Première version d'un portail : cmonjeau.genouest.org:8180/emme 39
Récapitulatif ISA Infrastructure Format ISA-Tab pour l hébergement des métadonnées expérimentales Suite logicielle ISACreatorConfigurator Création modèle d'expérience ISACreator Création de l'expérience BioInvIndex Dépôt et consultation d'expériences BII Data Manager Gestion du dépôt Projet EMME Environnement de Gestion des métadonnées expérimentale Basé sur l'utilisation d'isa Infrastructure Première version d'un portail : cmonjeau.genouest.org:8180/emme 39
Récapitulatif ISA Infrastructure Format ISA-Tab pour l hébergement des métadonnées expérimentales Suite logicielle ISACreatorConfigurator Création modèle d'expérience ISACreator Création de l'expérience BioInvIndex Dépôt et consultation d'expériences BII Data Manager Gestion du dépôt Projet EMME Environnement de Gestion des métadonnées expérimentale Basé sur l'utilisation d'isa Infrastructure Première version d'un portail : http://cmonjeau.genouest.org:8180/emme 39
Vision générale EMME data ISA-tab PF 1 data ISA-tab PF 2 40
Introduction ISA Infrastructure ISA Software Suite Démonstration
Introduction ISA Infrastructure ISA Software Suite Démonstrations Démonstration Portail, Lancement des outils, Gestionnaire, Galaxy http://cmonjeau.genouest.org:8180/emme
La communauté ISA Bioplatforms Australia framework data initiative, Bioplatforms Australia, Australia Bio-Investigation Index (BII), European Bioinformatics Institute (EBI), UK CSIRO dataset portal, Commonwealth Scientific and industrial Research Organisation (CSIRO), Australia GigaDB, GigaScience journal at BGI, China HMS Library of Integrated Network-based Cellular Signatures (LINCS) project, Harvard Medical School (HMS) LINCS Center, USA HSCI Blood genomics repository, Harvard Stem Cell Institute (HSCI) and Harvard Medical School, USA HSCI Stem cell Discovery engine, Harvard Stem Cell Institute (HSCI) and Harvard Medical School, USA MEtabolomic RepositorY (MeRy-B), UMR1332 INRA and CBiB University of Bordeaux, France Metabolights, European Bioinformatics Institute (EBI), UK NERC envbase, Natural Environmental Research Council s (NERC) Environmental Bioinformatics Centre (NEBC), UK Nutritional Phenotype Database (dbnp), Nutrigenomics, SEEK, Systems Biology of MicroOrganisms (SysMO), pan European consortium Standards-based Infrastructure with Distributed Resources (SIDR), French National Centre for Scientific Research group, France ToxBank Data Warehouse, ToxBank, pan European consortium 41