Structuration virtuelle de l axe Bio-imagerie

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1 virtuelle de l axe Bio-imagerie Pour une meilleure visibilité, un accès facilité et une gestion optimisée L axe Bio-imagerie Des besoins communs Un portail web d échanges et d informations Projet e-biogenouest et l axe Bio-imagerie

2 L axe Bio-imagerie Plates-formes technologiques, Animation et Coordination Animateur : Jonathan THIEVIN Campus Santé de Villejean Université de Rennes 1 Tél. : Courriel : jonathan.thievin@univ-rennes1.fr Coordinateurs : Philippe HULIN CHU Université de Nantes Tél. : Courriel : philippe.hulin@nantes.inserm.fr Marc TRAMIER Campus Santé de Villejean Université de Rennes 1 Tél. : Courriel : marc.tramier@univ-rennes1.fr

3 L axe Bio-imagerie Rencontre inter-plates-formes Rencontres des personnels platesformes (35 participants) Echanges Partages Faire remonter les demandes des techniciens et ingénieurs La formation Le stockage L analyse et le traitement d image etc. Action importante Les thèmes de discussion

4 Les besoins 5 thématiques de travail Visibilité des compétences et savoir-faire Organisation et administration des plates-formes Formations : utilisateurs et personnels plates-formes Gestion du stockage Analyse et traitement de données

5 Visibilité des compétences et savoir-faire Constat : manque de visibilité extérieure des plates-formes Mise en place de sites internet modernes et professionnels Travailler le fond : description précise des compétences et savoir-faire Soigner la forme : vitrine Site internet statique vers site internet dynamique Solution : Système de Gestion de Contenu Solution retenue par l université de Rennes 1 Drupal dans sa version 7 Enrichissement facile et permanent : faciliter l administration Intègre une grande variété de modules (Editeurs, formulaires, etc.)

6 Visibilité des compétences et savoir-faire MRic : Site internet statique Site internet dynamique

7 Visibilité des compétences et savoir-faire H 2 P 2 : En cours de réalisation Site internet statique Site internet dynamique

8 Visibilité des compétences et savoir-faire En production! En développement! Efficacité et structuration Uniformisation / outil commun Partage / retour d expériences Mise à disposition d outils

9 Les besoins 5 thématiques de travail Visibilité des compétences et savoir-faire Organisation et administration des plates-formes Formations : utilisateurs et personnels plates-formes Gestion du stockage Analyse et traitement de données

10 Organisation et administration des plates-formes Constat : Outils d administration peu adaptés Mise en place d un logiciel de gestion des ressources et des utilisateurs Administration simple Facilité de mise en œuvre Génération de rapports ou bilan utilisateurs Solution : Logiciel de gestion et réservation des ressources Solution libre GRR (Gestion et Réservation de Ressources) Solution pré-existante sur certaines plates-formes Légèreté de mise en place

11 Organisation et administration des plates-formes GRR : Gestion et Réservation des Ressources Zone d administration Ressources - Nécessité d une solution de facturation - Mettre à disposition - Partager

12 Les besoins 5 thématiques de travail Visibilité des compétences et savoir-faire Organisation et administration des plates-formes Formations : utilisateurs et personnels plates-formes Gestion du stockage Analyse et traitement de données

13 Formations : utilisateurs et personnels plates-formes Formations «grand public» Volonté de participer à des événements «grand public» Organiser un roulement au sein de l axe Bio-imagerie Formations initiales au niveau des étudiants Masters >> Problème de financement pour la pérennité des formations Doctorants >> Etendre les formations à un plus large public d utilisateurs Formations au niveau des plates-formes : utilisateurs, techniciens, ingénieurs Problème de la gestion et de l administration Utilité de formations transversales ( Formation de groupe, Formation individuelle (recensement équipements, méthodes, expertises, logiciels) ) Recenser Augmenter la visibilité des propositions et des demandes Outil d enrichissement et d échange reste à mettre en place

14 Les besoins 5 thématiques de travail Visibilité des compétences et savoir-faire Organisation et administration des plates-formes Formations : utilisateurs et personnels plates-formes Gestion du stockage Analyse et traitement de données

15 Gestion du stockage Constat : hétérogénéité de la réflexion Peu ou pas de dispositif de sauvegarde / Flux de données croissant Sauvegarde et synchronisation de fichiers Partage de fichiers Solutions de secours, non satisfaisantes à long terme - Aucune organisation - Pas adapté pour la gestion de projet - Aucune gestion des métadonnées - Ponctuellement intéressante >> mise à disposition d outils

16 Gestion du stockage La partie technique : Datacenter (stockage, réseau, calcul) Eviter la banalisation de la partie technique et mettre en adéquation l infrastructure par rapport aux usages (prise en compte des spécificités) Utilisation de la partie technique via une partie applicative tournée vers les besoins de la communauté et la collaboration scientifique La partie applicative : Proposer des solutions innovantes dans la manière d accéder aux données, de les diffuser, de les échanger, de collaborer Que stocke-t-on? / Comment stocke-t-on?

17 Gestion du stockage 2 solutions pré-existantes au niveau des plates-formes technologiques Open Microscopy EnviROnment SHAring NeurOImaging Ressources 2 solutions issues du monde libre Association de métadonnées Gestion collaborative des images et projets

18 Gestion du stockage et la solution OMERO Projet Biosit / MRic 2012 Solution éprouvée + expertise Nombreux formats d images supportées (Libraries Bio-Formats : > 120 formats) Serveur Client web Logiciel client Linux Recherche Annotation Visualisation Omero.editor (métadonnées) Omero.importer (upload) Mise en test puis en production dès que possible / Mise à disposition

19 Les besoins 5 thématiques de travail Visibilité des compétences et savoir-faire Organisation et administration des plates-formes Formations : utilisateurs et personnels plates-formes Gestion du stockage Analyse et traitement de données

20 Traitement et analyse d images Constat : Production d images biologiques de haute qualité - Hétérogénéité des compétences et prestations - Diversité de besoins d outils - Communauté importante qui utilise, maîtrise et développe des outils Mettre en relation/réseau les acteurs sur des projets Rendre disponible les outils («clé en main» et/ou en développement)

21 Traitement et analyse d images Volonté de monter une structure d analyse et de traitement d images - Pour la recherche et les plates-formes - Trait d union entre les biologistes et les informaticiens (répondre aux demandes des équipes éloignées des offres des structures de recherche et de traitement du signal) - Mutualiser les activités en traitement et l analyse d images Monter une structure de services mutualisés : - Validation de code / -Puissance de calcul - Mise à disposition d outils : transférer, disséminer, aider à faire du code - Produire la documentation / - Formation : analyse d images de manière transversale Mettre à disposition / développer des outils spécifiques

22 Ouverture d un portail d échanges et d informations Le portail de l axe Bio-imagerie : une nécessité Organisation et administration Formation Gestion du stockage Visibilité Traitement et analyse d image Portail de l axe Bio-imagerie Echanger Informer / S informer Tester / Adopter

23 Ouverture d un portail d échanges et d informations Le portail de l axe Bio-imagerie : B.I.O.S.E. Organisation et administration Formation Gestion du stockage Visibilité Traitement et analyse d image B.I.O.S.E. Bio-Imaging Open Source Environment Echanger S informer Tester / adopter

24 Ouverture d un portail d échanges et d informations Le portail de l axe Bio-imagerie : B.I.O.S.E. Plate-forme d échanges : - F.A.Q. - Questions / réponses - Wiki Outils web : - Site internet - GRR - Partage de fichiers Outils de stockage : - OMERO - Synchronisation Plate-forme d informations : - Actualités - Formations - Agenda Guichet d analyse et de traitement: - Demande / Offre - Mise en relation

25 Ouverture d un portail d échanges et d informations Le portail de l axe Bio-imagerie : B.I.O.S.E. Hubzero : plate-forme logicielle de collaboration scientifique (Bientôt disponible)

26 B.I.O.S.E. dans le projet e-biogenouest Quelle place pour l axe Bio-imagerie dans la structure e-biogenouest? Schéma directeur du projet e-biogenouest Aspects techniques Aspects structurants Aspects transversaux Pas de positionnement mais : - Montrer nos besoins - Soutenir et se faire soutenir «Vers une démarche e-science en sciences de la vie dans le Grand Ouest», 16h00 salle 1

27 Conclusions Mise en place de solutions techniques Répondre aux besoins des équipes et des plates-formes technologiques Mise en place de voies de communication et d échanges Structurer une communauté Ouverture d un portail de partages et de mise à disposition d outils : Gestion du stockage Analyse et traitement d images Perspectives Eprouver, améliorer, mutualiser et adapter les solutions mises en places S attaquer aux problèmes de sécurité et d infrastructures Mettre en synergie les efforts des DSI des universités

28 Merci de votre attention Jonathan THIEVIN Université de Rennes 1 - Campus Santé de Villejean 2 av. du Prof. Léon Bernard - CS Rennes Cedex Tél. : Courriel : jonathan.thievin@univ-rennes1.fr