Recherche bibliographique avec PubMed/MedLine Nicolas Doux Mise à jour : Anne Tramut - 2011 Bu Médecine-Pharmacie
Introduction L objectif principal de cette formation est de vous donner les outils pour trouver des références d articles médicaux avec PubMed puis d accéder au texte intégral. Cela se traduit par : Savoir interroger MedLine avec PubMed Localiser les abonnements CHU/UFC Faire un prêt entre bibliothèques (Peb) 2
Plan 1. MedLine avec PubMed 2. Base REVUES 3
Medline 1.1 - Définition Base de données bibliographiques produite par la National Library of Medicine (NLM). Couvre tous les domaines biomédicaux : biochimie, biologie, médecine clinique, économie, éthique, odontologie, pharmacologie, toxicologie, Références d article : + de 20 millions (~81% ont un résumé) Plus de 5000 titres dépouillés en 2010 4
Medline? Période de couverture : 1949- aujourd hui Langues(37 langues) : anglais 92% ; français 1,4% Attention à l'affichage de la notice: Si elle est entre crochets =texte en langue autre qu'gb; ex serbe, etc..) Mise à jour quotidienne : + 650 000 références / an! Medline ne couvre pas la littérature médicale du monde entier! 5
Pubmed? Interface d accès à Medline développée conjointement par le National center for Biotechnology Information (NCBI) de la NLM et les éditeurs de revues biomédicales. http://www.pubmed.org PubMed donne accès à références : plusieurs types de PreMedline : références venant d être collectées par la NLM mais pas encore indexées. Elles sont uniquement accessibles par les mots du titre, du résumé ou par le nom de l auteur. Elles sont signalées par l expression [PubMed-in Process] 6
Medline : les références PreMedline deviennent, une fois indexées avec les descripteurs MeSH, des références Medline. Elles sont signalées par l expression [PubMed-indexed for Medline]. Références d éditeurs : références bibliographiques fournies par des éditeurs; elles ne comportent pas de descripteurs MeSH. Elles sont signalées par l expression [PubMed as supplied by publisher] ou bien [PubMed]. Archives: [Old MEDLINE]: Début MEDLINE: 1949. Ce sont des références antérieures à 1949 (cela couvre à peu près: 1946-1949; il y en a peu). [MEDLINE] seul (pour les sujets qui ne sont pas que biomédicaux; références très rares) 7
1.2 Recherche basique dans Pubmed Entrez un ou plusieurs mots (séparés par un espace) et cliquez sur Search.. PubMed recherche toutes les références d articles qui contiennent tous les mots saisis... Quelle que soit leur place : Titre Auteur Source Résumé Affiliation Etc 8
1.3 Affichage des résultats Pour passer à une autre page résultat, soit choisir le numéro de la page désirée ou cliquer sur «Next». Par défaut, affichage de 20 résultats par page Possibilité de modifier en cliquant sur «Display settings» 9
Quelques indices à repérer No abstract available : la référence n a pas de résumé (rappel : 81% des réf. ont un résumé). 10
Si le titre est entre crochet = la langue de l article n est pas de l anglais (elle est mentionnée à la suite de la source). 11
Free article : PubMed Central propose le texte intégral gratuit Attention PMC n est qu une des base d archives gratuites en ligne : il y aura de nombreux autres textes intégraux gratuits 12
1.4 Méthodologie de recherche Quel intérêt? risques d une mauvaise recherche : Bruit : nombre excessifs de résultats, dont certains ne sont pas pertinents Silence : absence ou insuffisance de résultats, des docs pertinents n apparaissent pas. Et perte de temps! Explications : choix non approprié de la base ou mauvaise interrogation 13
1 ère étape : savoir ce que l on cherche! Identifier clairement son sujet : qui, quoi, où, comment, pourquoi, quand, pour quoi? Dégager les concepts Préparer sa recherche Pensez à utiliser les formes variantes d'un même terme (synonymes, formes déclinées, abréviations et formes détaillées) pour être sûr(e) de trouver toutes les références pertinentes. Limites éventuelles Traduction des concepts identifiés en anglais 14
2 ème étape : Choix des mots-clés À partir des concepts identifiés Certaines bases, comme Medline, utilisent un vocabulaire particulier pour indexer leurs articles. En utilisant les mots de ce vocabulaire, pertinence des résultats accrue. 15
1.5 Le thésaurus : intérêt Langage libre Résultats peu précis Fausses combinaisons Utilisation des synonymes Utile pour les nouveaux sujets Utile pour une recherche exploratoire Descripteurs Résultats précis Résultats pertinents Nombre limité de termes de recherche Long délai pour les nouveaux sujets Descripteurs parfois difficile à connaître ASP9 16
Diapositive 16 ASP9 1. En général : résultats moins nombreux Ex dans Cismef : imagerie par résonnance magnétique = 156 résultats en Mesh, 173 en langage libre 2. Expression exacte ou mots éclatés Pubmed : magnetic resonance imaging = 244000 réf. "magnetic resonance imaging" = 228000 réf. Mot mesh : 218000 3. test ou essai ou épreuve APelé; 23/11/2009
1.5 Le thésaurus MeSH MeSH est l'acronyme de "Medical Subject Headings". Le MeSH, produit par la NLM, est une liste normalisée de termes utilisée pour l'analyse documentaire dans le domaine biomédical (et donc donner des mots-clés pour décrire le contenu des articles référencés dans Medline). Les indexeurs peuvent également attribuer des qualificatifs pour décrire plus en détails un aspect particulier d'un concept MeSH. Exemples de qualificatifs : "diagnosis" (diagnostic), "surgery" (chirurgie), "metabolism" (métabolisme), "pathology" (anatomie pathologique). 17
Cismef La Recherche http://pts.chu-rouen.fr/ ASP1 Terme recherché (en français ou en anglais) puis OK 18
Diapositive 18 ASP1 Accès possible via le portail : Page "accueil" - Page "Bu médecine" - Cadre "Documentation? - Ligne "Pubmed et autres bases de données" - Ligne "Lexique MeSH" APelé; 29/09/2009
La recherche renvoie des résultats dans une liste Cliquer sur un mot pour afficher Traduction en Mesh anglais Définition(s) Synonymes anglais-français 19
Dans l onglet Hiérarchies, voyez la place du mot MeSH dans l arborescence Ses génériques Ses spécifiques Avec +, les spécifiques des autres mots Mesh 20
Dans l onglet Ressources, accoler des qualificatifs à votre mot Mesh Cocher la case devant le(s) qualificatif(s) pertinent(s) 21
Mettre le mot clef en : Major : le concept est un sujet principal du document Minor : le sujet est abordé mais éventuellement de manière secondaire Par défaut le sujet est en minor et major (toutes les ressources) Cocher «seulement les principales» pour mettre en major Lancer la recherche dans PubMed! 22
"bronchiolitis"[majr] OR (("rhonchi"[ti] OR "bronchopneumonia"[ti] OR "pneumonia pneumococcal"[ti] OR "pneumonia"[ti] OR "bronchiolitis"[ti]) NOT (MEDLINE[SB] OR oldmedline[sb])) 23
Exercice Dans PubMed, combien de notices traitant de greffe de cellules souches? ASP2 Toutes les notices? En major? 24
Diapositive 24 ASP2 recherche Cismef : accouchement. 14 mots clés proposés (dans la liste à gauche) : choisir accouchement provoqué Résultats dans Pubmed : 7064 articles en major et minor 4790 en major uniquement APelé; 29/09/2009
1.6 Opérateurs logiques, troncatures... ET / AND : pour préciser la recherche ex: influenza AND vaccine Trouve les références contenant les 2 mots à la fois dans le même champ ou dans des champs différents OU / OR : pour élargir la recherche ex: neoplasms OR cancer Trouve les références contenant l un des 2 mots ou les deux. 25
SAUF / NOT / AND NOT: pour exclure des éléments de la recherche ex: influenza NOT avian influenza Trouve les références contenant l un des mots, sauf l autre. Pour les mot composés, l opérateur de phrase : " ( ) " ex: "psychologie cognitive" Pour chercher par début du mot : *=0- caractères ex: psycholog* pour psychologie psychology psychologist - etc 26
1.7 La recherche avancée : l historique de recherche Fonction qui sauvegarde vos étapes de recherches pendant une session. Elle permet d associer plusieurs étapes avec les opérateurs AND, OR, NOT 27
Vos recherches successives sont listées Vos recherches sont numérotées dans l ordre dans lesquelles elles ont été lancées 28
Videz le champs de saisie avec Clear Combiner des étapes de recherche 1.Clic droit de la souris sur un numéro 2.Clic sur un opérateur logique 3.Lancer la recherche 29
1.7 La recherche avancée : preview Preview permet de connaître le nombre de références trouvées 30
Au début, cherchez sur le plus de champs possibles, puis limitez votre recherche. Cela permet d affiner sa recherche en la limitant à : un groupe de population spécifique, une période de publication, une langue, etc. 1.7 La recherche avancée : limiter sa recherche 31
Articles avec résumé ou en full text Homme / Animal Genre (homme / femme) Type de publication Langue de l article Sousensemble interrogé Tranche d âge 32
Champs de recherche Et encore plus de possibilités 33
Ne pas oublier de valider ses limites qui s appliqueront à la recherche en cours (en tête de l historique) : «Search» 34
Les limites sont mémorisées uniquement pour la question en cours. Pour les changer ou les annuler 35
1.8 le menu «Send to» Il permet de récupérer les références. Dans un fichier texte (.txt placé dans le répertoire Téléchargement de votre profil utilisateur) Dans un panier Dans une «collection» placée dans un compte personnel My NCBI Dans un courriel Dans une commande pour recevoir les articles en texte intégral (service payant!) 36
1.8 le panier : Clipboard Cet outil permet de sauvegarder temporairement des références sélectionnées dans la liste des résultats de une ou plusieurs recherches. 1. Cocher les références sélectionnées. Nb : rien de cocher = tout 2. Dans le menu «Send to» -option Clipboard 37
Maximum de références dans le panier = 500. La sélection est perdue après 8 huit heures d inactivité. Pour voir le contenu du panier : 38
Le système affiche le contenu du Clipboard l ordre de la sélection. dans On peut modifier son affichage comme pour les résultats d une recherche (nbre de réf. par page, tri, format d affichage). 39
1.9 mon compte personnel : My NCBI Service gratuit proposé par PubMed qui permet de sauvegarder les stratégies de recherches et de les ré-exécuter automatiquement. L accès à My NCBI se fait depuis le bandeau de recherche de PubMed. 40
Il est nécessaire de s enregistrer 41
1.9 My NCBI : sauvegarder une recherche Faire sa recherche Cliquer sur «Saved search» S identifier 42
Vous pouvez donner un nom à votre recherche différent de l équation de recherche Puis enregistrez 43
Vous pouvez alors créer une alerte automatique Et la paramétrer : Fréquence de relance automatique de la recherche Format, Nombre de réponses, Mail si pas de réponse, Texte additionnel 44
1.9 My NCBI : rééxécuter une recherche 1 Se connecter à son compte My NCBI. Le système va afficher l ensemble des requêtes précédemment sauvegardées. 45
2 Sélectionnez la ou les recherches 3 Cliquez sur «Show Wat s New» 4 Pubmed ré-éxécute la recherche et affiche le nombre de références nouvelles 46
1.9 My NCBI : supprimer une recherche 1 Sélectionnez la ou les recherches 2 Cliquez sur «Delete PubMed Searches» 3 Confirmez 47
2. La base «Revues du SCD» La base «Revues» : base de données recensant tous les titres de périodiques qui sont en cours d abonnement à l université (sur Internet et/ou dans une bibliothèque, un service, un labo ) ATTENTION : elle ne contient pas les abonnements arrêtés. 48
http://scd.univ-fcomte.fr/ 49
Recherche dans une BU particulière Recherche avec la 1ère lettre du titre de la revue (peut être long et fastidieux!) Recherche par mot du titre ou abréviation Recherche par thème (pas toujours renseigné!) 50
Recherche par mot du titre ou abréviation 51
Nombre de résultats Résultats suivants Titre de la revue 52
État de la collection sur Internet État et localisation de la collection papier 53
État et localisation de la collection papier : Disponible à la BU avec une cote notée : la revue est disponible dans la BU indiquée. Disponible à la BU sans cote notée : entre parenthèses est indiquée la localisation de la revue. Localisation de cette revue au plan national avec le SUDOC : nous n avons pas d abonnement papier à cette revue. 54
État de collection Internet : Texte Intégral : nous avons accès au texte intégral de cette revue sur Internet (en cliquant sur les mots «texte intégral» vous accédez au site de ce journal). Résumés : nous n avons accès qu au résumé des articles sur Internet. Tables des matières, informations : nous n avons accès qu au sommaire du journal sur Internet. Rien de noté : nous n avons pas d accès sur Internet. 55
Accès au texte intégral sur le site de l éditeur Clic sur «texte intégral» dans la base revue : Accueil d une revue sur le site ScienceDirect : Accès à la collection : table des matières du n le plus récemment mis en ligne 56
Accès direct à l article en format Html (liens de navigation dans le texte, ) 57
3. Le prêt entre bibliothèques (Peb) Le Peb permet de faire venir un livre, une thèse, un mémoire ou une photocopie d article d une autre bibliothèque, française ou étrangère C est un service payant (Cf tarifs affichés dans le portail) Saisie des demandes en ligne, dans le portail, après s être identifié 58
Bibliographie Bibliothèque universitaire de médecine Paris-Sud. MedLine via PubMed : comment optimiser ses recherches [en ligne]. c2006 [consulté le 18/03/2008]. Disponible sur : http://www.upsud.fr/biblikb.nsf/formations.htm#pubmed Boudry C. Savoir interroger Medline, interface PubMed [en ligne]. c2006 [consulté le 03/09/2008]. Disponible sur : http://www.ext.upmc.fr/urfist/biolo/bioguide2/medline/medline. htm CHU Rouen. CiSMeF. Terminologie [en ligne]. C2008 [consulté le 18/03/2008]. Disponible sur : http://www.churouen.fr/terminologiecismef/ Eveillard P. CISMeF : le pas décisif. Revue du praticien médecine générale 2005;19 (698/699) : 843-4. 59
Eveillard P. Un nouveau «coffre-fort» pour PubMed. Revue du praticien médecine générale 2005; 19(682/683) : 251-2. Eveillard Philippe. Bibliographie médicale : 20 fiches pratiques pour optimiser vos recherches dans Medline PubMed. Paris : Estem, 2003. Mouillet E. La recherche bibliographique en médecine et santé publique : guide d accès. Paris : Elsevier, 2005. National Library of medicine. PubMed [en ligne]. c2005 [consulté le 03/09/2008]. Disponible sur : http://www.pubmed.gov National Library of medicine. PubMed Online Training [en ligne]. c2008 [consulté le 03/09/2008]. Disponible sur : http://www.nlm.nih.gov/bsd/disted/pubmed.html 60
Contacts BU Médecine Pharmacie Anne Tramut: anne.tramut@univ-fcomte.fr 03 63 08 25 04 Franck Daval : franck.daval@univ-fcomte.fr 03 63 08 25 05 61