Galaxy@GenOuest Aurélien Roult Yvan Le Bras Mathieu Bahin Olivier Quenez Cyril Monjeaud Olivier Collin LibreOffice Productivity Suite
Plan Gestion de Galaxy@GenOuest Fichiers importants dans l'arborescence Galaxy Création d'outils -> exemple Logol Mise à dispo des databanks au sein d'un outil Toolshed
Premiers pas Septembre -> Novembre 2012 Première instance mise en place Développement outils du groupe Symbiose Mais difficulté lors du dev / mise à jour Novembre 2012 -> Maintenant ( 7 mois ) Création d'un dépôt GIT central (gitlab.irisa.fr) 2 instances communicantes Développement Production -> galaxy.genouest.org Une autre à venir : toolfactory & telechargement des tools (xml, py)
Le système de gestion Dépôt central bitbucket galaxy-dist hg pull Dépôt central gitlab.irisa.fr git push git pull REMOTE LOCAL clone Dev galaxy.genouest.org galaxy.genouest.org dev + commits BDD BDD DEV PROD
Les fichiers / dossiers importants /opt/galaxy-dist/ universe_wsgi.ini tool_conf.xml datatypes_conf.xml database/ files/ 000/ 001/ dataset_000.dat tools/ alignment/ glint.xml glint.py data_source/ Fichier de configuration (database, admin, server,...)
Configuration Passage par un proxy apache Connexion via LDAP Pas de guest, pas de création, pas d'accès hors GenOuest Puissance de calcul Local (très peu) Via Genocluster SGE : 8 cores / 144 Go de ram / 11To 2 queues (dev et prod) Intégré au système de ticket OTRS ISO 9001
Les fichiers / dossiers importants /opt/galaxy-dist/ universe_wsgi.ini tool_conf.xml datatypes_conf.xml database/ files/ 000/ 001/ dataset_000.dat tools/ alignment/ glint.xml glint.py data_source/ Ensemble des tools (emplacements des descripteurs xml, structure du panel)
tool_conf.xml
Les fichiers / dossiers importants /opt/galaxy-dist/ universe_wsgi.ini tool_conf.xml datatypes_conf.xml database/ files/ 000/ 001/ dataset_000.dat tools/ alignment/ glint.xml glint.py data_source/ Ensemble des datatypes (emplacements des classes python)
datatypes_conf.xml
lib/galaxy/datatypes/sequence.py
Les fichiers / dossiers importants /opt/galaxy-dist/ universe_wsgi.ini tool_conf.xml datatypes_conf.xml database/ files/ 000/ 001/ dataset_000.dat tools/ alignment/ glint.xml glint.py data_source/ Emplacement des datasets ( cryptés en fichier.dat) Inputs et outputs
Les fichiers / dossiers importants /opt/galaxy-dist/ universe_wsgi.ini tool_conf.xml datatypes_conf.xml database/ files/ 000/ 001/ dataset_000.dat tools/ alignment/ glint.xml glint.py data_source/ Emplacement des descripteurs / wrappers
Lancement d'un job GALAXY WEB INTERFACE Job XML.py.perl.sh (R) Définition des paramètres Création de la ligne de commande Pré-traitements sur fichiers inputs / outputs Local / cluster job_conf.xml
Lancement d'un job GALAXY WEB INTERFACE tmp/ job_working_directory/ Job XML.py.perl.sh (R) Définition des paramètres Création de la ligne de commande Pré-traitements sur fichiers inputs / outputs Local / cluster job_conf.xml
Lancement d'un job GALAXY WEB INTERFACE tmp/ job_working_directory/ Job XML.py.perl.sh (R) Définition des paramètres Création de la ligne de commande Pré-traitements sur fichiers inputs / outputs Local / cluster job_conf.xml
Exemple de tool : logol logol.xml
Exemple de tool : logol logol.sh
Exemple de tool : logol tool_conf.xml
Exemple de tool : logol
Exemple de tool : logol http://wiki.galaxyproject.org/admin/tools/toolconfigsyntax
Le travail réalisé Quelques outils intégrés Outils Symbiose : Protomata, protomatch, gassst, compareads, logol,... Logiciels : QtlMap, Cap3, Phylip, blat, crass, Triage, SSpace, usearch,... Outils maisons : Genolink, genosend, genoftp, ftpsend, zip, Metadata Management (lien avec le projet EMME), text manipulation,...
Databank inside a tool bowtie2.xml tool_data_table_conf.xml
Databank inside a tool tool_data_table_conf.xml
Databank inside a tool
Toolshed Server sur port 9009 Boîte à outils Déposer descripteurs xml + wrappers (+ dependencies) Mise à disposition à la communauté Facile aux autres instances de Galaxy à installer (sans redémarrage) Beaucoup d'outils sur http://toolshed.g2.bx.psu.edu/ http://testtoolshed.g2.bx.psu.edu/ Accessible via l'onglet «Admin»