LE SERVEUR DE CALCUL DANS LA PRATIQUE. Dr. Anouk Gaudel- Siri

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1 LE SERVEUR DE CALCUL DANS LA PRATIQUE Dr. Anouk Gaudel- Siri

2 Connexion au serveur Connexion au serveur de calcul slater Informations générales Déclaration de l adresse IP publique de l ordinateur auprès du CRCMM Exemple : ( Cotisation (500 /compte/an puis 250 /compte/an) Création du compte (login au choix, mot de passe provisoire) Changement du mot de passe par l utilisateur : commande linux «passwd» 2

3 Connexion au serveur Connexion au serveur de calcul slater Logiciels Installation du logiciel Xming pour l utilisation des interfaces graphiques de slater Windows 32-bit! Connexion ssh à partir de l application PuTTY slater.up.univ- mrs.fr nom du compte password : mot de passe du compte slater 3

4 Connexion au serveur Connexion au serveur de calcul slater Logiciels Connexion ssh à partir de l application Terminal ssh X [email protected] mot de passe demandé Installation du logiciel XQuartz pour l utilisation des interfaces graphiques de slater Connexion ssh à partir de l application Terminal ssh Y [email protected] mot de passe demandé 4

5 Organisation du cluster Organisation du cluster de calcul soumission des calculs (script) Slater /home fichiers des comptes uelisateurs (fichiers d entrée et de résultats) rapatriement/mise à jour des fichiers de résultats 29 lames (8 à 24 processeurs) 5

6 Lancer un calcul Soumettre un calcul au serveur Scripts disponibles pour tous les utilisateurs Exemples : subampac, subg09, subgromacs, Exemples : subg09 - t 12 nom_fichier subampac - t 12 - n 2 nom_fichier subgromacs (- h) Définition de la configuration du calcul (mémoire, processeurs et temps alloués) Mémoire maximale : 3-4 GB/processeur Calculs sur 1 à 16 processeurs Différentes files d attente de priorité décroissante : step : 1 proc. max., 1h max., 100 calculs max./utilisateur walk : 16 proc. max., 12h max., 22 calculs max. /utilisateur journey : 16 proc. max., 48h max., 12 calculs max. /utilisateur odyssey : 16 proc. max, 5 jours max., 10 calculs max. /utilisateur intersideral : 8 proc. max., 15 jours max., 2 calculs max. /utilisateur 6

7 Lancer un calcul Soumettre un calcul au serveur Configuration du calcul en fonction : de la taille du système moléculaire du type de calcul (optimisation de géométrie, calcul de fréquences, méthode, ) du taux d occupation du cluster Aide au choix de la configuration du calcul 7

8 Lancer un calcul Soumettre un calcul au serveur hup://slater.up.univ- mrs.fr/cgi- bin/monika.cgi Commandes terminal : qtop qstat u nom_compte qdel numéro_calcul Fichier d informaeons sur le déroulement du calcul (xxx.o12345) StaEsEques du compte : hup://icr- amu.cnrs.fr:8080 8

9 Organisation du travail Organisation du travail sur le compte Un répertoire par utilisateur ou par sujet de recherche Des sous-répertoires pour chaque série de molécules Noms de fichiers explicites en évitant les caractères «spéciaux» (# $*+, ) Commentaires décrivant le calcul demandé dans le fichier d entrée Exemple : optimisation de géométrie, recherche d état de transition, Etablir un «cahier de laboratoire» à l aide d un tableur : 1) Date 2) Noms de fichiers 3) Commentaires sur les résultats (échec, problèmes rencontrés, ) 4) Valeurs numériques obtenues 9

10 Aide aux utilisateurs Aide aux utilisateurs Site du CRCMM : Messages à la connexion Aide directe des logiciels Agui et Ampac : bouton Help dans Agui Sites web des logiciels : Exemple pour Gaussian 09 : Pensez à quitter les applications et à vous déconnecter correctement! (Ctrl D) Bons calculs! 10