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SOMMAIRE GLOSSAIRE 1. INTODUCTION...1 1.1 Rappel du contexte général...1 1.2 Objectifs de l étude...2 1.3 Contenu de l étude...2 2. PRESENTATION GENERALE DU SECTEUR D ETUDE...3 3. CARACTERISTIQUES DE L HABITAT AQUATIQUE DU RUISSEAU DU CANAL EN AMONT ET AVAL DES ETANGS NARLIN...4 3.1 Méthodologie d étude...4 3.2 Composantes habitationnelles du tronçon amont...5 3.2.1 Présentation générale...5 3.2.2 Constitution des fonds...5 3.2.3 Colmatage par les dépôts limoneux...6 3.2.4 Degré de diversification des fonds...6 3.3 Composantes habitationnelles du tronçon aval...7 3.3.1 Présentation générale...7 3.3.2 Constitution des fonds...7 3.3.3 Colmatage par les dépôts limoneux...8 3.3.4 Degré de diversification des fonds...8 4. CALCUL DES NIVEAUX TYPOLOGIQUES DU RUISSEAU DU CANAL ET DU RUISSEAU DE LA COMBE BAUDOT...9 5. ETUDE DES BIOCENOSES BENTHIQUES...12 5.1 Méthodologie d étude...12 5.2 Stations d étude...13 5.2.1 Localisation...13 5.2.2 Caractéristiques stationnelles...14 5.3 Résultats globaux...16 5.4 Analyse faunistique stationnelle détaillée...20 5.4.1 Station 5 : amont étang Val des Choues...20 5.4.2 Station 4 : aval étang Val des Choues...22 5.4.3 Station 2 : aval complexe des étangs Narlin...24 5.4.4 Station 6 : Ruisseau de la Combe Baudot...26 6. PROPOSITION D UN SUIVI EN VUE D EVALUER LES INCIDENCES DES REJETS DU CHENIL DE L ABBAYE DU VAL DES CHOUES SUR LA QUALITE DU RUISSEAU DU CANAL...29 6.1 Rejets géneres par le chenil...29 6.1.1 Nature des pollutions...29 6.1.2 Traitement des rejets...31 6.1.3 Auto-surveillance des rejets...32 6.2 Proposition d un protocole de suivi physico-chimique et ecotoxicologique...33 6.2.1 Sites d étude...33 6.2.2 Paramètres à étudier...33 6.2.3 Fréquences d analyses...35 7. CONCLUSION...36

Annexes : Description des sites d étude et tableaux d échantillonnages MAG 20 et IBGN Listes faunistiques MAG 20 Listes faunistiques IBGN Liste faunistique établie dans le cadre de l étude ICPE du chenil de l abbaye du Val des Choues Fiche sécurité «Saniterpen plus» Etude réalisée par : 6, bis rue de Franche-Comté - 25 000 BESANCON Tél : 03 81 52 38 38 / Fax : 03 81 41 09 96

GLOSSAIRE Apical : qualifie la zone amont (proximité de la source) des cours d eau Benthique: qui vit sur le fond d un cours d eau, d un plan d eau Biocénose : ensemble des organismes vivants occupant un milieu, organisés selon des relations établies Bryophytes: Mousses DBO5 : Demande biologique d oxygène en 5 jours. Expression de la quantité d oxygène nécessaire à la dégradation par voie biologique de la pollution organique. DCO : Demande chimique en oxygène. Expression de la quantité d oxygène nécessaire à l oxydation de matières réductrices Dystrophie: Dysfonctionnement d un écosystème, induit par un excès en éléments nutritifs Eaux vannes : effluents générés par les déjections humaines et animales Ecosystème : Ensemble d espèces vivantes (biocénose) considérées avec leur environnement (biotope) comme une unité fonctionnelle Edifice trophique : différents niveaux de la chaîne alimentaire EH : Equivalent Habitant : unité correspondant à la quantité de pollution journalière émise par un habitant Embâcle: accumulation de branchages, de tronc d arbre,... obstruant partiellement ou totalement l écoulement des eaux dans le lit d un cours d eau Etiage: débit le plus faible d un cours d eau et par extension: époque de basses eaux Eurytherme : organisme capable de supporter une large variation de température Habitat (d un cours d eau) : Caractérise les composantes morpho-dynamiques : nature et granulométrie du fond ; vitesses d écoulement ; hauteur de l eau. La complexité de l habitat influence la nature et la composition de la faune aquatique. Généralement, plus les caractéristiques habitationnelles sont variées, plus le peuplement faunistique est diversifié. Ichtyofaune : ensemble des poissons vivant dans un espace géographique ou un habitat déterminé Lentique: caractère des eaux calmes, stagnantes ou faiblement courantes Lotique: caractère des eaux courantes Macrofaune: faune visible à l oeil nu Mouille : partie profonde d un cours d eau, à écoulement lent MES : Matières En Suspension dans l eau Mésologique : relatif aux paramètres physico-chimiques Oligotrophe : caractérise des eaux pauvres en matières nutritives Polluosensibilité: niveau de sensibilité vis-à-vis des pollutions

Radier : partie d un cours d eau où l eau, sans profondeur, coule rapidement Rhéophile: espèce vivant dans les eaux courantes Ripisylve: Végétation colonisant les rives d un cours d eau Sténotherme : organisme ne tolérant qu une faible amplitude thermique Taxon: groupe faunistique ou botanique homogène, de niveau systématique variable (genre, famille, espèce,... Typologie : Détermination des traits caractéristiques dans un ensemble de données, en vue de distinguer des types, des systèmes,. Classification Ubiquiste: qualifie une espèce que l on rencontre partout

1. INTRODUCTION 1.1 RAPPEL DU CONTEXTE GENERAL Dans le cadre de la restauration du potentiel astacicole du ruisseau du Canal situé dans le Val des Choues dans la forêt domaniale de Châtillon et conformément aux objectifs de gestion du site NATURA 2000 n FR 2600959 «Milieux forestiers du Châtillonnais avec marais tufeux et sites à sabot de Vénus» et du programme LIFE 04NAT/FR/000082 «Ruisseaux de têtes de bassins et faune associée», l Office National des Forêts (ONF) projette la vidange et la mise en assec du complexe des étangs Narlin-Vieille Digue- Tézenas. L objectif du programme LIFE 04NAT/FR/000082 «Ruisseaux de têtes de bassins et faune associée» est d expérimenter des techniques de préservation et de restauration de la qualité de l eau et des habitats liés aux ruisseaux de têtes de bassin versant sur les régions Bourgogne et Franche-Comté, afin de bénéficier d exemples reproductibles. Les actions envisagées visent à favoriser les quatre principales espèces de l Annexe II de la Directive Habitats-Faune-Flore liées à ces milieux : L écrevisse à pieds blancs, la moule perlière, la lamproie de Planer et le chabot. Ces espèces serviront de marqueurs biologiques afin de juger des résultats des actions sur le milieu. Parmi les sites NATURA sur lesquels se dérouleront les expérimentations du programme LIFE, figure le site FR2600959 «Forêt de Châtillon», dont fait partie le Ruisseau du Canal. Ce ruisseau, issu d un bassin versant karstique forestier, accueille une population relictuelle d écrevisses à pieds blancs (Austopotamobius pallipes) dans sa partie amont sur une longueur d environ 500 m. Or, il existe un important réseau de plans d eau sur le cours d eau, impactant la qualité des eaux et limitant les possibilités de recolonisation de l écrevisse sur ce ruisseau. La restauration de l habitat de l écrevisse à pieds blancs, mais aussi du chabot et de la lamproie de Planer deux espèces également présentes dans le ruisseau du Canal, constitue un enjeu de conservation prioritaire du Val des Choues. Aussi, pour atteindre cet objectif de conservation, la mesure n 7 du DOCument d OBjectifs et de gestion (DOCOB) du site NATURA 2000 prévoit sur le bassin versant du Ruisseau du Canal, l effacement d un complexe de 5 étangs à faible valeur piscicole et halieutique, situé en aval immédiat du tronçon relictuel à écrevisses à pieds blancs. Ces plans d eau constituent à l heure actuelle des obstacles à l expansion de la population d écrevisses à pieds blancs vers l aval du bassin versant et contribuent à perturber les peuplements piscicoles et astacicoles du ruisseau, par apports d espèces prédatrices ou concurrentes. L objectif principal de l opération d effacement des plans d eau est donc d offrir au ruisseau, un tronçon supplémentaire favorable à l écrevisse à pieds blancs. Parallèlement, cette action permettra de supprimer une source de perturbation de la qualité du ruisseau, au regard de la qualité physico-chimique de l eau (et notamment de la température de l eau) et de la qualité piscicole (suppression d une source d apports d espèces piscicoles indésirables).

1.2 OBJECTIFS DE L ETUDE La présente étude vise à réaliser un bilan écologique du Ruisseau du Canal, avant la réalisation des travaux d effacement du complexe des étangs Narlin/Vieille Digue/Tézenas afin : de dresser un état initial avant travaux, permettant d évaluer par la suite, les incidences des opérations de vidange et d effacement sur les composantes biologiques et les caractéristiques habitationnelles du ruisseau du Canal d apporter des éléments permettant d évaluer les incidences écologiques actuelles des plans d eau sur les peuplements biologiques du ruisseau (macrofaune benthique), de mesurer les effets des rejets actuels et futurs du Chenil de l abbaye du Val des Choues situé en tête de bassin versant du ruisseau du Canal. Cette étude s inscrit dans un programme de suivi scientifique, qui comprend en autres, une étude piscicole (basée sur des pêches électriques d inventaires réalisées en Août 2005 par le Conseil Supérieur de la Pêche, à la demande de l ONF), visant à établir l état du peuplement piscicole et astacicole du ruisseau du Canal, de part et d autre du complexe d étangs à effacer. 1.3 CONTENU DE L ETUDE Afin de répondre aux objectifs de la mission, l étude se décompose en plusieurs phases : Caractérisation de l habitat aquatique du ruisseau du Canal : Il s agit de réaliser un état avant travaux, des caractéristiques habitationnelles du ruisseau du Canal en amont et aval immédiat du complexe d étangs à effacer Détermination des niveaux typologiques du ruisseau du Canal, dans le but de définir le référentiel biologique potentiel du ruisseau Etude des biocénoses benthiques, du ruisseau du Canal (3 stations d étude ) et du ruisseau de la Combe Baudot (une station), hydrosystème témoin, situé dans une vallée adjacente au Val des Choues Proposition d un suivi qualitatif de l eau, en vue d évaluer les incidences des rejets du chenil de l abbaye du Val des Choues

2. PRESENTATION GENERALE DU SECTEUR D ETUDE Le secteur d étude s inscrit dans le Val des Choues, vallon forestier froid parcouru par le ruisseau du Canal, qui accueille plusieurs espèces d intérêt communautaire, dont l écrevisse à pieds blancs, le chabot, la lamproie de Planer, le cincle plongeur Ce vallon se développe au sein de la forêt domaniale de Châtillon, à fort intérêt écologique et patrimonial, faisant l objet d un classement en ZNIEFF et en NATURA 2000. Les milieux forestiers occupant le Val des Choues se localisent sur des sols temporairement inondables de part et d autre du ruisseau : l aulnaie-frênaie sur sol humide constitue le peuplement forestier le plus proche du ruisseau ; au delà, se développe la chênaie pédonculée. Le fond de vallon est occupé par des petits ruisseaux forestiers, des étangs oligotrophes et des zones marécageuses d importance communautaire.

3. CARACTERISTIQUES DE L HABITAT AQUATIQUE DU RUISSEAU DU CANAL EN AMONT ET AVAL DU COMPLEXE DES ETANGS NARLIN-VIEILLE DIGUE 3.1 METHODOLOGIE D ETUDE L habitat aquatique défini par les composantes physiques structurant l espace fluvial, a été étudié dans le but d établir un état initial avant les opérations de vidange du complexe des étangs Narlin/Vieille Digue/Tézenas. Pour répondre à cet objectif, ont ainsi été relevés et cartographiés à l échelle 1/100, les paramètres pouvant être impactés par l opération de vidange et de mise en assec des étangs : Caractéristiques dimensionnelles (largeur, section type) Nature du substrat. Les substrats occupant les fonds du ruisseau du Canal dans le secteur d étude sont les suivants : Matrice minérale Matrice végétale et organique Sables ( < 0.25 cm) Graviers (0.25 cm < < 2.5 cm) Cailloux, galets (2.5 cm < < 25 cm) Blocs ( > 25 cm) Branchage Système racinaire Végétation hélophytique Indication du colmatage par les matières fines limoneuses Séquence radier /mouille Vitesse des écoulements Figures d érosion latérale Deux tronçons du ruisseau du Canal ont ainsi été étudiés : Un tronçon de 200 m en amont immédiat du complexe des 5 étangs (tronçon hors influence de la queue de l étang Narlin supérieur) Un tronçon de 200 m en aval immédiat de l étang Vieille Digue Ouest. La reconnaissance de terrain s est déroulée le 8 Septembre 2005, en période d étiage sévère, alors que la partie située en amont du complexe des étangs Narlin était quasiment asséchée (dysfonctionnement du déversoir de l étang du Val des Choues en amont). Le report cartographique de l habitat aquatique (échelle 1/100) est consultable dans l annexe cartographique hors texte.

3.2 COMPOSANTES HABITATIONNELLES DU TRONÇON AMONT 3.2.1 Présentation générale Le tracé du ruisseau du Canal dans ce secteur compris entre l étang du Val des Choues et l étang Narlin supérieur (linéaire entre les deux plans d eau de l ordre de 500m) a vraisemblablement été modifié par le passé : son tracé est anormalement rectiligne et ses débits sont court-circuités par un canal latéral prenant naissance en aval immédiat de l étang du Val des Choues et rejoignant le ruisseau en amont immédiat de la tranchée de Tête Vaillant. Le tronçon étudié a fait l objet d aménagements ponctuels (mise en place d épis en enrochements et de seuils), afin de diversifier la mosaïque habitationnelle. Le ruisseau du Canal présente une largeur moyenne de 2.5 à 3 m. Quelques points singuliers sont notés : rétrécissements localisés (2 m) en aval de l ouvrage hydraulique (OH) de la tranchée de Tête Vaillant ; surlargeur de 4 m en amont immédiat de ce même ouvrage. Les fonds sont plats. Les faciès d écoulement sont influencés par les ouvrages et aménagements réalisés sur ce tronçon: seuils constitués de planches, de troncs ou d enrochements ; épis déflecteurs en enrochements ; ouvrage hydraulique de la tranchée de Tête Vaillant. La hauteur des berges est peu élevée (0.5 m en moyenne) sur les 100 premiers mètres, puis s accentue en aval (1 à 1.5 m). Les berges sont verticales à sub-verticales et sont le siège d érosions en rives droite et gauche sur environ 31% du linéaire étudié (62 m). Ces érosions latérales sont rencontrées dans les parties amont (PK 55 à 75) et terminale (aval de l OH de la tranchée de Tête Vaillant). Ces dégradations de berges ont mis à nu les systèmes racinaires des essences arborées bordant le ruisseau. 3.2.2 Constitution des fonds Les fonds du ruisseau du Canal sont constitués majoritairement de matériaux meubles : les plages de graviers, avec un taux de recouvrement de 46.5% constituent le substrat dominant ; les dépôts de sable, deuxième substrat dominant, avec 23% de recouvrement, occupent généralement les secteurs où les vitesses d écoulements sont ralenties (zones rivulaires ; zones sous influence des aménagements réalisés: seuils, épis, ouvrage hydraulique). Les fonds à granulométrie plus grossière (cailloux anguleux) sont essentiellement rencontrés dans les parties apicale (PK 0 à PK 35) et terminale (PK 171 à PK 190) du tronçon étudié. Ils couvrent 21 % des fonds. Les autres supports observés sont accessoires (1.2 à 3.4 %) : branchages, blocs, hélophytes, fond artificiel (buse).

A noter que les blocs sont essentiellement issus d apports anthropiques, liés aux opérations de valorisation de l habitat aquatique. Répartition des substrats : Taux de recouvrement Substrat dominant Graviers 46.5 % Substrats Sable 23% secondaires Cailloux 21% Substrats Branchages 3.4% accessoires Artificiel (OH) 2.5% Blocs 2.4% Hélophytes 1.2% Sable Branchages Hélophytes Artificiel Blocs Cailloux Graviers Répartition des substrats sur le tronçon amont 3.2.3 Colmatage par les dépôts limoneux Le colmatage limoneux est assez peu étendu, car seuls 14.3 % des fonds sont colmatés par des dépôts de faible épaisseur (< 1cm). Il est localisé en amont immédiat de l OH de la tranchée de Tête Vaillant et s explique par le contexte particulier de cette zone et par les conditions hydrologiques lors de la période d étude (assèchement partiel) : rétrécissement hydraulique entraînant une diminution des vitesses et favorisant la sédimentation des éléments fins ; apports vaseux issus du canal latéral. 3.2.4 Degré de diversification des fonds D une façon générale, les fonds du tronçon amont sont peu diversifiés et la mosaïque habitationnelle est très simple : de grandes plages minérales, généralement constituées d un seul type granulométrique (graviers ou sable ou cailloux) occupent les fonds du ruisseau. Les quelques éléments de diversification présents, sont d origine variable : éléments naturels (branchage notamment) ; aménagements d origine anthropique (épis et seuils édifiés à l aide de petits blocs ). Notons toutefois, que le secteur terminal situé en aval de l OH de la tranchée de Tête Vaillant, se singularise par un habitat aquatique plus varié, avec un degré d imbrication plus important des substrats présents (cailloux, sable, graviers, branchages).

3.3 COMPOSANTES HABITATIONNELLES DU TRONÇON AVAL 3.3.1 Présentation générale Le ruisseau du Canal à l aval du complexe des étangs Narlin/Vielle Digue/Tézenas présente une largeur variable : 3 m en moyenne dans la partie amont du tronçon ; 2.5 m dans la partie intermédiaire ; 3.5 m dans la partie aval. Les fonds sont généralement plats, mais on note également la présence de quelques surprofondeurs (mouilles) de 0.1 à 0.3 m de profondeur. Ces mouilles sont associées à des vitesses d écoulement faibles à très faibles et à un colmatage limoneux de 1 à 5 cm d épaisseur. Les faciès d écoulement lotiques sont dominants sur le tronçon étudié. Les berges verticales à sub-verticales présentent des hauteurs variables : de 1 à 2 m (hauteur dissymétrique) sur les 2/3 amont du tronçon, la hauteur se réduit à moins d un mètre sur le tiers aval (0.7 m en moyenne). Les érosions latérales peu intenses (alternativement en rive droite et rive gauche) s étendent sur un tronçon de près de 78 m (PK 42 à 120), soit 39% du linéaire étudié. Le tronçon présente la particularité de réceptionner des apports d eaux latéraux issus de «bassins» adjacents en communication hydraulique avec l étang Vieille Digue Ouest. 3.3.2 Constitution des fonds Les fonds sont très majoritairement constitués de cailloux anguleux (92%), ce qui confère au tronçon étudié, une grande homogénéité habitationnelle. Les 5 autres substrats présents (cf. tableau suivant) sont très peu représentés (0.1 à 3.2 %). Les branchages et racines, avec un taux de recouvrement total de 3.8 %, sont disséminés sur le secteur. Les plages de graviers et herbiers d hélophytes sont situés en zone rivulaire de façon sporadique. La présence de blocs est marginale (< 0.1%). Répartition des substrats : Taux de recouvrement Substrat dominant Cailloux 92 % Substrat secondaire / Substrats Racine 3.2% accessoires Graviers 2.8 % Hélophytes 1.3 % Substrats Branchages 0.6 % très rares Blocs < 0.1 % Racines Branchages Graviers Cailloux Hélophytes Blocs Répartition des substrats sur le tronçon aval

3.3.3 Colmatage par les dépôts limoneux Un colmatage limoneux des supports est notablement observé. Il recouvre près de 34 % des fonds, avec des épaisseurs variables, mais ne dépassant pas 5 cm : Epaisseur inférieure à 1cm : 87 m², soit 14.2 % Epaisseur comprise entre 1 et 5 cm : 119 m², soit 19.4 % Epaisseur égale à 5 cm : 2.8 m², sot 0.46 %. Le colmatage limoneux, issu de la sédimentation des matières fines lorsque les vitesses d écoulement s atténuent, est rencontré systématiquement au niveau des mouilles et plus localement en bordure du lit. 3.3.4 Degré de diversification des fonds Les fonds sont homogènes, avec une mosaïque de substrats peu complexe, où domine très nettement, une matrice granulométrique grossière (cailloux). Globalement, peu d éléments de diversification sont présents et la structure habitationnelle apparaît très simple.

4. CALCUL DES NIVEAUX TYPOLOGIQUES DU RUISSEAU DU CANAL ET DU RUISSEAU DE LA COMBE BAUDOT La distribution des espèces de l amont à l aval d un cours d eau dépend d un certain nombre de paramètres mésologiques, qui déterminent des types d associations faunistiques théoriques (biocénotypes), constituant une typologie de référence. Ainsi, toute portion morphologiquement homogène d un cours d eau peut être associée à un des 10 types écologiques définis par Verneaux. Ces types se succèdent le long d un modèle longitudinal abstrait. Le peuplement théorique d un tronçon de cours d eau est ainsi donné par la détermination du niveau typologique théorique (Verneaux 1973-1976) calculé à partir de données thermiques, trophiques et morpho-dynamiques. Calcul du niveau typologique théorique Le niveau typologique théorique (T) d une station est donné par la relation suivante : T = 0,45 T1 + 0,30 T2 + 0,25 T3 T1 = facteur thermique, constituant le déterminant principal. Il tient compte de la température maximale moyenne de l eau ( T) des 30 jours consécutifs les plus chauds T1 = 0,55 T - 4,34 T2 = facteur trophique : produit de la distance à la source (d0 en km) et de la dureté totale (D en mg/l) T2 = 1,17 ln (do x D. 10-2 ) + 1,50 T3 : facteur morpho-dynamique Il est fonction de la section mouillée à l étiage (S en m²), de la pente (p en ) et de la largeur du lit (l en m) T3 = 1,75 ln (Sm/(p x l²) x 100) + 3,92 Il existe ainsi 10 niveaux typologiques théoriques (notés B0 à B9), chaque niveau étant défini par un groupement d espèces présentant des caractéristiques écologiques voisines. Ainsi, la détermination du niveau typologique théorique permet de définir le groupe d espèces qui devrait théoriquement peupler le tronçon de rivière étudié.

Le tableau suivant présente les niveaux typologiques théoriques évalués au droit de 4 stations d étude (cf. carte de localisation des sites d étude), dont : trois stations sur le ruisseau du Canal une station sur le ruisseau de la Combe Baudot, petit affluent de la Digeanne s écoulant dans la vallée adjacente et parallèle à celle du ruisseau du Canal. Ce ruisseau d environ 1 km, de part son contexte géographique (bassin versant forestier ; absence de perturbations anthropiques) est considéré comme cours d eau de référence. Notons toutefois que ce ruisseau à écoulement faible, a été anciennement redressé et présente une capacité habitationnelle assez faible. RUISSEAU DU CANAL RUISSEAU DE LA AMONT ETANG VAL DES CHOUES S5 AVAL ETANG VAL DES CHOUES S4 AVAL COMPLEXE ETANGS NARLIN S2 COMBE BAUDOT (station de référence) S6 Température ( C) 16.67 21.09 19.17 16.29 Distance source (km) 1.15 1.775 2.85 0.57 Dureté totale (mg/l) 51 51 51 51 Section mouillée (m²) 0.25 0.25 0.3 0.15 Pente (0/00) 8.3 7.1 10 11.4 Largeur lit (m) 3 3.1 3.5 2 Niveau typologique théorique calculé 2.94 4.22 3.7 2.6 Niveau typologique théorique B3 B4 B4 B2+ Zonation d Illiès épirhithron métarhithron métarhithron épirhithron Zone piscicole selon Huet Zone à truite supérieure Zone à truite moyenne Zone à truite moyenne Zone à truite supérieure Remarques concernant les paramètres mésologiques pris en compte : La dureté totale (mg/l) a été estimée à partir des valeurs moyennes de dureté mesurées sur les étangs Narlin et Vieille Digue en 2002. Le facteur thermique été évalué à partir des mesures en continu effectuées au printemps et été 2005, dans le cadre du programme LIFE «Ruisseaux de têtes de bassins et faune patrimoniale associée». La zonation typologique du ruisseau du Canal correspond à un niveau typologique B3 en amont de l étang du Val des Choues, évoluant vers l aval, vers un biocénotype B4. Rappelons que le facteur «température» intervient de façon prépondérante, dans la détermination de la structure typologique. Le glissement d un niveau typologique au suivant, du seul fait d une modification de la température correspond à un échauffement moyen d environ 3 C.

La température relevée dès la station la plus apicale (S5) paraît anormalement élevée au regard du contexte hydrographique et en référence à des données couplées température/distance aux sources effectuées sur des rivières référentes de Bourgogne Franche-Comté. Le glissement typologique observé entre d une part la station 5, et d autre part les stations 4 et 2, est essentiellement expliqué par l élévation notable de la température de l eau, à l aval de l étang du Val des Choues. En particulier, le secteur situé en aval de cet étang (station S4), semble particulièrement sensible à ce «vieillissement» typologique, signalant l influence de l augmentation de la température de l eau dans ce tronçon court-circuité par le canal (le réchauffement induit par l étang du Val des Choues est amplifié par les faibles débits transitant dans le ruisseau court-circuité). Au niveau de la dernière station située en amont du Pont de Lantive (S2), les apports latéraux d eaux fraîches issues de sources, tempèrent quelque peu, les réchauffements générés par les étangs Narlin et Vieille Digue. Le ruisseau de la Combe Baudot dans le secteur d étude correspond à un niveau typologique intermédiaire entre le B2/B3 (noté B2+) correspondant à l épirhrithron. Théoriquement, la composition et la structure de sa biocénose aquatique (benthos, ichtyofaune) devrait donc se rapprocher de celles du ruisseau du Canal, en amont de l étang du Val des Choues.

5. ETUDE DES BIOCENOSES BENTHIQUES 5.1 METHODOLOGIE D ETUDE La qualité hydrobiologique du ruisseau du Canal et du ruisseau de la Combe Baudot a été étudiée par application du protocole MAG 20, établi par l Université de Franche-Comté et le bureau d études Téléos. Comparativement à l Indice Biologique Global Normalisé (IBGN) faisant l objet de la norme AFNOR NF T90-350 de Mars 2004, il s agit d une méthode d évaluation de la qualité biologique d un cours d eau fondée sur une prospection plus complète de l espace fluvial s appuyant sur une description plus fine de l habitat aquatique et sur une détermination plus poussée des taxons prélevés. Ainsi, ont été échantillonnés sur chaque placette d étude, d une longueur voisine de 10 fois la largeur du lit du ruisseau, 20 micro-habitats définis par l association des trois composantes majeures de l habitat aquatique (nature du substrat, vitesse du courant et hauteur d eau), permettant de prospecter une gamme d habitats diversifiée. La détermination de la faune a été poussée au genre pour les insectes (excepté les diptères), les Mollusques, les Triclades et Achètes. Le protocole d échantillonnage permet également d évaluer l IBGN. Les fiches descriptives des stations d étude, les grilles d échantillonnage et les listes faunistiques détaillées sont présentées en annexe. A noter que nous avons également évalué le Coefficient d aptitude Biogène (CB 2 ) (Verneaux, 1982), coefficient permettant de distinguer les facteurs de qualité biologique : In : Indice «nature» de la faune, exprimant la sensibilité des taxons à la qualité de l eau Iv : Indice «variété taxonomique», reflet de la richesse faunistique dépendant de la qualité de l eau et de l habitat aquatique.

5.2 STATIONS D ETUDE 5.2.1 Localisation Les stations d étude sont les suivantes (cf. carte de localisation des sites d étude) : STATION LOCALISATION REMARQUE Ruisseau S5 Amont étang Val des Choues du Canal S4 Aval étang Val des Choues Amont complexe étangs Narlin S2 Aval complexe des étangs Narlin/Vieille Digue Ruisseau de la S6 Combe Baudot Aval immédiat du pont de la tranchée de Tête Vaillant (secteur où le ruisseau n est plus court-circuité par le canal latéral) Amont du Pont de Lantive Station de référence 450 m en aval de la source Absence de source de perturbation

5.2.2 Caractéristiques stationnelles Les fiches descriptives détaillées des placettes d étude sont consultables en annexe. Station 5 : Amont étang Val des Choues Lit légèrement sinueux en zone forestière. Largeur du lit mouillé peu variable, d environ 2.5 m ; hauteur d eau moyenne de l ordre de 0.1 m, fluctuant entre 0.05 et 0.3 m. Ecoulements lotique et lentique, avec prédominance des vitesses comprises entre 5 et 25 cm/s. Mosaïque habitationnelle assez diversifiée, avec 7 substrats présents : cailloux et sable dominants (60%), graviers, blocs, branchages, vase. La végétation aquatique est très peu développée (< 5% de recouvrement). Station 4: Aval étang Val des Choues Amont complexe étangs Narlin Lit rectiligne, en zone forestière. Largeur du lit mouillé de 2.5 m ; hauteur d eau moyenne de l ordre de 0.1 m, variant entre 0.05 et 0.25 m. Ecoulements lotiques et lentiques. Mosaïque habitationnelle moyennement diversifiée (5 substrats), nettement dominée par les plages de cailloux (45%) et graviers (35%). Présence de dépôts sableux, de branchages et très localement de blocs. La végétation aquatique est absente.

Station 2: Aval complexe étangs Narlin Profil en long sinueux, en zone forestière. Largeur du lit mouillé de 2 m ; hauteur d eau moyenne de l ordre de 0.15 m, évoluant entre 0.05 et 0.3 m. Ecoulements diversifiés lotique et lentique, avec 3 classes de vitesses ; prédominance des vitesses assez rapides. Mosaïque habitationnelle moyennement diversifiée : 6 substrats présents ; fonds majoritairement composés de plages de cailloux (45%) et graviers (30%). Présence de dépôts sableux, de branchages, d hélophytes, et marginalement de dépôts vaseux. Station 6: Ruisseau de la Combe Baudot Profil en long assez rectiligne, en zone forestière. Largeur du lit mouillé de 1.5 m ; hauteur d eau moyenne uniforme de l ordre de 0.10 m. Ecoulements diversifiés lotique et lentique, avec 3 classes de vitesses ; prédominance des vitesses assez rapides. Mosaïque habitationnelle moyennement diversifiée : 6 substrats présents ; fonds majoritairement composés de plages de cailloux (35%) et graviers (35%). Présence de branchages, de dépôts sableux et vaseux, et marginalement de blocs. La végétation aquatique est absente.

5.3 RESULTATS GLOBAUX VARIETE TAXONOMIQUE (famille) TAXON INDICATEUR ABONDANCE TOTALE (individus/m²) IBGN CLASSE DE MAG 20 IBGN MAG 20 et IBGN MAG 20 IBGN QUALITE S5 - amont étang 32 29 Goeridae 3797 4915 15 vert VDC (GI=7) S4 - aval étang VDC 34 27 Leuctridae 4813 4820 14 vert (GI =7) S2 - Aval étangs Narlin 33 27 Leuctridae (GI =7) 3481 2047 14 vert S6 - Combe Baudot 27 25 Odontoceridae (GI=8) 3142 2732 15 vert A noter qu une étude hydrobiologique ponctuelle réalisée en aval immédiat de l abbaye du Val des Choues dans le cadre de la demande d autorisation au titre des Installations Classées pour la Protection de l Environnement a abouti à un IBGN de 13/20, avec une variété taxonomique de 29 et un taxon indicateur de niveau 5 de l échelle de polluosensibilité (Hydroptilidae). Notons dans la liste faunistique alors établie (cf. annexe), la présence du Trichoptère Philopotamidae, organisme polluo-sensible (GI=8), non répertorié dans le cadre de la présente étude. Densité (/m²) (M AG 20 - IBGN) Variété taxonomique (MAG 20 - IBGN) 6000 4000 2000 40 30 20 10 32 29 34 33 27 27 27 25 0 0 S5 S2 Combe Baudot (S6) S5 S2 Combe Baudot (S6) Taxon indicateur (M AG 20 - IBGN) IBGN 9 7 5 3 1 7 7 7 S5 S4 S2 Combe Baudot (S6) 8 17 13 9 5 1 15 14 14 S5 S4 S2 Combe Baudot (S6) 15