Tutoriel Cloud IFB - Initiation - Christophe BLANCHET Institut Français de Bioinformatique - IFB French Institute of Bioinformatics - ELIXIR-FR CNRS UMS3601 - Gif-sur-Yvette - FRANCE Ecole Cumulo NumBio - TP IBI-1 2 juin 2015, Aussois
IFB e- Infrastructure Mission : to make available core bioinformatics resources to the national/international life science research community. To provide an IT infrastructure devoted to management and analysis of biological data To be the ELIXIR French node Goal : help scientists and engineers to deploy and use their tools e-infrastructure: provide hardware, data collections, bioinformatics tools a academic cloud for life science Current resources A national hub: IFB-core hosted at CNRS IDRIS SC center A network of regional centers: 31 bioinformatics plateforms - 11,000 cores - 6 PB Create a federation of clouds for life sciences 2
Inscrip3on http://cloud.france-bioinformatique.fr Remplissez le formulaire adresse mail Envoyer la demande implique institutionnelle! l acceptation des conditions générales d utilisation! 3
Connexion au Cloud IFB http://cloud.france-bioinformatique.fr/cloud Connectez-vous au cloud IFB rubrique Sign in 4
Connexion au Cloud IFB (2) Lors de la première connexion, complétez vos paramètres rubrique Settings! clé SSH: dans ~/.ssh/dsa.pub attention aux retours à la ligne lors du copier-coller la créer avec sshkeygen (ou PuTTYgen) 5
Pra3que Connectez-vous à votre compte de TP ifbtutonn (ou au vôtre si vous en avez un) Remplir les informations personnelles Remplir la Pubkey MacOS/Linux: ouvrir le fichier la contenant ~/.ssh/dsa.pub Windows PuTTY Démarrer - PuTTY - PuTTYgen puis choisir SSH-2 DSA MobaXterm Définir l appliance qui sera proposée par défaut la taille (c2.small 1 CPU 2 Go RAM) 6
Le tableau de bord du Cloud IFB Gérer ses VMs Créer / arrêter / renommer Gérer ses disques virtuels Créer / supprimer Visualisez les paramètres nom/type/taille état/charge CPU disque virtuel attaché 7
Créer une machine virtuelle Proteomics Sequences Galaxy Structures?... IFB Marketplace! 8
Choisir les ou3ls 9
Caractéris3ques d une VM Appelée aussi Instance Compléter les différents paramètres un nom nombre de CPUs taille mémoire attacher un disque virtuel Cluster de VM remplir le nombre de VMs choix du nom unique 10
Pra3que Depuis le tableau de bord du cloud https://cloud.france-bioinformatique.fr/cloud/ bouton New instance identifier quelle appliance fournit l outil BLAST? R? Image J? dans quelle version? Créer une instance Biocompute nom: mybiocompute taille: c2.small Créer une instance Galaxy nom: mygalaxy taille: c3.medium 11
Connexion sur une VM 12
Pra3que Se connecter sur votre instance Biocompute SSH clients: Terminal (MacOS/Linux), PuTTY (Windows) accéder au dépôt IFB des banques publiques ls /ifb/databases Se connecter sur votre instance Galaxy HTTP navigateur Web standard 13
Les disques durs virtuels Pour stocker ses données taille et nombre variable (quota) retrouver ses données d une VM à la suivante.! pas de sauvegarde! Sur un vdisk l attacher à une (seule) VM à la création de la VM Partager un vdisk mode cluster VM NFS 14
Pra3que Créez vos disques virtuels myddbiocompute, 20Go myddgalaxy, 10Go Attachez les à des VMs 15
Echanger les données avec les VMs Galaxy SSH Cyberduck 16
Pra3que Transférez vos données sur les disques virtuels de vos VMs instance Biocompute mode SSH commande en ligne scp/sftp client graphique: Cyberduck, Transmit, Filezilla, Ubuntu montage en local comme un disque! vers le répertoire distant mydisk instance Galaxy données légères directement sur l interface web Galaxy avec la méthode Get Data (HTTP) données lourdes (mode SSH) vers le répertoire distant upload_dir clients CLI et graphiques: idem biocompute retrouver vos données sur l interface web Galaxy 17
Pra3que Executez des analyses (BLAST, Clustal) Déplacez les résultats sur votre disque virtuel (mydisk) Retrouvez vos données d une VM à l autre Arrêter vos VMs Relancer en de nouvelles en attachant vos vdisks Accéder à vos données dans vos nouvelles VMs dans le même répertoire que précédemment 18
Monitor your usage 19