Rapport d activité 2005

Centre du Pacifique Département Aquaculture en Calédonie Juillet 2006 Rapport d activité 2005 Département Aquaculture en Calédonie BP 2059 98846 Nouméa Cedex Nouvelle-Calédonie PROVINCE DES ILES LOYAUTE

Sommaire Introduction 2 Effectifs et moyens au 31/12/2005 6 Le projet DESANS 10 - WP1 Mise au point et optimisation d outils et méthodes 10 o T1 - calibrer et standardiser les techniques 10 o T2 - nouveaux outils de l état physiologique 10 o T3 - zootechnie appliquée à la génétique 11 - WP2 Caractérisation des phénomènes in situ 14 o T1 - dans le cadre du syndrome d été 14 o T2 - dans le cadre du syndrome 93 18 - WP3 Etude expérimentale des hypothèses explicatives 20 o T1 - virulence des pathogènes 20 o T2 - interactions entre paramètres de l environnement 24 et crevette o T3 - étude de la base génétique du caractère de 31 sensibilité des crevettes - WP4 Sortir de la crise, les solutions potentielles 35 o T1 - pratiques culturales et gestion du bassin 35 o T2 - rechercher des souches de crevettes résistantes 39 aux Vibrios o T3 - évaluation des risques de mortalité en élevage 41 Activités hors projet DESANS 43 Fonctionnement général du laboratoire 48 Publications et communications en 2005 52 Rapport d activité 2005 du Département Aquacole en Calédonie 1

Introduction 18 Fermes Privées (674 ha) 4 Écloseries privées (200 millions PL) Webuihoone Blue Lagoon Farms Ecloserie du Nord Département Aquaculture en Calédonie IFREMER - DAC Koné Montagnes Blanches Aquawa Kapuidea Fermes Aquamer Tournier Pointe Monot Sodacal Ecloserie de Mara April Pénéide de Ouano Styli Bleue Écloseries Sea Farm FAO Aigue Marine 50 km Aquamon-Gwenguy Ecloserie de Montagnès Bassins de Dumbéa NOUMEA Ecloserie de Dumbéa Département Aquaculture en Calédonie IFREMER - DAC Saint-Vincent La filière crevette en Nouvelle-Calédonie Dans un contexte général de ralentissement du développement de la filière crevetticole calédonienne, une seule nouvelle ferme de 46 ha a été mise en exploitation en 2005, portant la surface de production à environ 674 ha. Une nouvelle ferme associée à une écloserie est en construction et devrait rentrer en production pour la prochaine saison. Le nombre de fermes et d écloseries sera alors respectivement de 19 et 5. Deux nouveaux ateliers de conditionnement, l un à Koné (STANC sas) et l autre à La Foa (Markea Prawns), sont entrés en activité ; La fermeture de l atelier de conditionnement de la SOPAC à Nouméa est prévue début 2006. La campagne de pêche 2004/2005 a généré un chiffre d affaires global d environ 2,7 milliards Mxpf dont 76% à l exportation. La consommation locale est en légère augmentation avec plus de 600 tonnes (540 tonnes en 2004). Alors que les survies atypiques consécutives au Syndrome 93 continuent à induire la saisonnalité des élevages, on assiste à une extension des effets du syndrome d été sur quelques fermes avec des survies en baisse. Ces deux syndromes participent à l obtention de résultats techniques médiocres pour la filière avec notamment un indice de conversion de 2,4 et un taux de survie moyen de 53%. La filière qui doit aujourd hui faire face à une forte concurrence sur les marchés internationaux, est en cours de restructuration pour améliorer sa productivité, réduire ses coûts de production et augmenter les volumes exportés. Les résultats attendus des programmes de recherche en cours et la consolidation des liens entre la recherche et les producteurs devraient participer à cette démarche et aider la filière à atteindre ses objectifs. Rapport d activité 2005 du Département Aquacole en Calédonie 2

Evolution de la production de la filière crevette en Nouvelle-Calédonie (données par année civile et non par campagne de pêche) année 1993 1994 1995 1996 1997 1998 1999 2000 2001 2002 2003 2004 2005 Fermes surface Production Production Production Production Production Production Production Production Production Production Production Production Production (ha) (tonnes) (tonnes) (tonnes) (tonnes) (tonnes) (tonnes) (tonnes) (tonnes) (tonnes) (tonnes) (tonnes) (tonnes) (tonnes) SASV 7 1 24,4 23,4 26,2 29 21,7 31,1 21,9 3 0 0 0 1 0 SODACAL (1983) 132 133 243 243,9 225,5 201,3 213,6 350,2 564,6 412 489 323 364 432 411 AQUAMON (1983) 51 42 146 113,5 126,5 estimée 170 estimée 140 estimée 180 165 166 180 160 146 151 147 Bassins Dumbea (1988) 19 24,1 39,3 26,8 25,7 23,9 23,2 estimée 25 Estimée 30 Estimée 30 Estimée 30 Estimée 40 Estimée 30 Estimée 30 Aquafarm (FAO)(1990) 7 18 36 25 23,1 37,4 15,5 31 34 34 44 77 56 61 57 Sea Farm (1991) 34 36 158,4 123,7 160,5 155,5 143 110,3 127,9 70 75 98 56 79 66 Webuihoone 42 55 construct. 102,2 132 92.0 146,9 169,8 186,7 170 190 285 222 244 215 Aquamer 40 construct. 20,6 86,5 147,7 121,8 157,1 174,2 227 207 158 153 122 98 Pénéide Ouano 30 construct. 71,3 133,5 157 92,5 161,5 196 177 125 162 154 NC* Blue Lagon Farm 76 construct. construct. 123,3 389,2 403,9 381 375 468 367 361 NC* Tournier 11 construct. 34,8 41,2 36 43 42 30 43 43 Styli Bleue 15 construct. 49 69 86 78 April 12 30 construct. 34 50 80 Gwenguy 8 32 30 Montagnes Blanches 18 construct. 76 91 Aigue Marine 30 construct. 51 50 Kapuidéa 51 construct. 184 218 Pointe Monot 16 construct. 26 55 Aquawa 46 construct. 17 207 Nessaquacole 60 construct TOTAL 735 (2006) 631,9 691,4 878,5 992,2 1106,6 1569,2 1905,9 1725 1810 1815 1703 2211 1824* Ecloseries capacité Production Production Production Production Production Production Production Production Production Production Production Production Production (m3) 10 6 Pls 10 6 Pls 10 6 Pls 10 6 Pls 10 6 Pls 10 6 Pls 10 6 Pls 10 6 Pls 10 6 Pls 10 6 Pls 10 6 Pls 10 6 Pls 10 6 Pls Dumbea 30 0,5 6,0 3,9 2,1 2,9 2,5 0 0 0 Estimée 5 Estimée 5 Estimée 4 Estimée 5 Mara 180 67,6 65,0 55,2 70 74,0 43,2 46,3 43 48,1 25,2 41,2 70,6 74,4 Montagnès 120 32,5 32,1 44,1 48,2 37,7 40,3 47,5 41,3 42,9 33,9 43,3 61,8 54,6 SASV 30 7,3 4,2 3,0 5,2 7,0 3,8 3,1 0 0 0 0 0 0 Eclos. du Nord 140 construct. 26,8 46 45,3 42 41,4 53,1 44,1 65,9 49,1 NC* TOTAL 480 (2006) 107,9 107,3 106,2 152,3 167,6 135,1 138,9 125,7 144,1 108,2 155,4 185,5 126* Données fournies par les fermes et écloseries, et extraites des rapports annuels du Groupement des Fermes Aquacoles de Nouvelle-Calédonie (GFA) à partir de l année 2000 (cf. rapport annuel IFREMER du Laboratoire Aquacole de Calédonie pour les années antérieures). Les rapports du GFA abordent aussi bien les aspects techniques que les aspects économiques de la filière crevette avec des données sur le conditionnement et l exportation. Il fait également état des perspectives d avenir de la filière. NC* : les données des fermes «La Pénéide de Ouano» et «Blue Lagoon Farms» ainsi que celles de l Ecloserie du Nord n ont pas été accessibles au GFA Rapport d activité 2005 du Département Aquacole en Calédonie 3

L accompagnement scientifique et technique de l Ifremer L Ifremer, et son Département Aquaculture en Calédonie (DAC), apporte son soutien scientifique et technique à la filière crevette dans le cadre de son projet multidisciplinaire DESANS (DEfi SANté Stylirostris), de projets spécifiques mais aussi par des actions plus particulières en concertation avec les professionnels. Parmi les avancées les plus remarquables en 2005, on peut citer les points suivants : - Il a été démontré par typage moléculaire que le «syndrome d été» typique implique une seule souche de Vibrio nigripulchritudo depuis plusieurs années. Elle est notamment différente des souches parfois impliquées dans les épisodes de mortalité hivernale (syndrome 93). Toutefois, des souches très proches ou identiques à ce pathogène peuvent être retrouvées dans des contextes où la maladie ne s exprime pas, ce qui confirme le caractère multifactoriel du syndrome d été. - L introduction de la souche de crevette Hawaiienne, visant à augmenter la variabilité génétique du cheptel calédonien, a été réalisée avec succès : les 16 familles biparentales marquées, expédiées d Hawaii ont été élevées en quarantaine avec l appui scientifique et technique de l Ifremer pendant cinq mois, temps nécessaire aux services vétérinaires calédoniens pour procéder aux contrôles sanitaires nécessaires. Quatre mois d élevage en bassins extérieurs ont ensuite été nécessaires pour préparer les animaux à la reproduction. L intégralité des familles introduites a ainsi contribué à la constitution d un nouvelle génération de souche hawaiienne «pure», en effectif non limitant ; pour lancer un schéma d amélioration génétique notamment pour une meilleure résistance aux conditions d élevage et aux pathogènes. Parallèlement, une population expérimentale issue de croisements «Hawaii x Calédonie» a été produite pour tester l hypothèse d une vigueur hybride entre les deux populations calédonienne et hawaiienne, ce qui représenterait une voie d amélioration génétique rapidement transférable aux écloseries de production. - La tenue d un séminaire «Crevetticulture et Environnement» organisé par l Ifremer a permis de faire le bilan des connaissances, et d approfondir la réflexion sur les orientations de recherches susceptibles d être confortées ou développées dans le domaine du fonctionnement des trois écosystèmes liés à l activité crevetticole et leurs inter-relations : le bassin d élevage, la mangrove et le lagon adjacent. En ce qui concerne le premier compartiment, de nombreux éléments convergent vers le fait que l augmentation progressive des densités et/ou la recherche de la croissance maximale ainsi que la nécessaire recherche d économies (investissements, coûts énergétiques) amènent certaines fermes à se rapprocher de leur capacité limite à éliminer l excès de matière organique et de la «limite de tolérance» des crevettes ou de l écosystème. Les risques pathologiques bactériens (les bactéries prolifèrent sur la matière organique) s en trouvent accrus. En particulier, il a été démontré que le sédiment des bassins aquacoles pouvait constituer un réservoir et un milieu de croissance du pathogène V. nigripulchritudo. - Deux thèses d Université ont été soutenues sur des sujets partiellement (J. De LORGERYL) ou totalement (N. WABETE) réalisés dans les installations du DAC (Département Aquaculture en Calédonie). L Ifremer s étant engagé sur un programme pluriannuel, il organisera en fin d année 2006 un séminaire qui permettra de présenter un bilan du programme DESANS. Afin de poursuivre son effort de recherche, les grands axes d un nouveau Rapport d activité 2005 du Département Aquacole en Calédonie 4

programme scientifique couvrant la période 2006-2010 seront alors définis dans le cadre d ateliers interactifs avec les utilisateurs. Des réunions préalables, notamment au niveau du GFA et du Groupe de Projet Recherche Crevette (GPRC) permettront de préciser les besoins émergents de la profession et les axes de recherche à définir pour les prochaines années. Certaines actions de recherche en cours seront poursuivies : - La montée en puissance du programme d amélioration génétique ; - Le renforcement des études sur l utilisation de probiotiques ; - La meilleure connaissance des besoins physiologiques de la crevette et les moyens de les satisfaire ; - Une meilleure connaissance du fonctionnement de la microfaune et la microflore des bassins en vue d une amélioration gestion de ces populations (Thèse Ifremer en cours - 2005-2008 - cofinancée sur le budget du Département) ; - L étude de la virulence des pathogènes qui affectent la filière (Thèse Ifremer en cours 2004-2007 - cofinancée par le Gouvernement de Nouvelle-Calédonie). Les compétences en physiologie, environnement, zootechnie, génétique et pathologie qui ont permis de progresser durant le contrat de développement précédent devraient être maintenues pour la période 2006-2010, parallèlement au suivi de la profession. Dans ce cadre, l Ifremer devrait conserver son potentiel de compétences scientifiques et s engager à maintenir son personnel et, de fait, sa masse salariale pour la durée du nouveau programme. Le laboratoire de Koné, avec sa vocation de «laboratoire côtier», poursuivra son action dans les domaines suivants : - la mise en place, l administration et l exploitation d une base de données zootechniques des fermes et écloseries ; - une veille zoosanitaire sur les élevages et des actions de diagnostic des mortalités anormales signalées par les fermes et écloseries en partie en relation avec les services vétérinaires de la DAVAR. Ce point devra faire l objet d une contractualisation identifiant clairement les missions, contraintes et limites des partenaires ; - un rôle d avis et d expertise, au service de l administration et des services techniques provinciaux ; - une assistance technique ponctuelle, notamment pour le démarrage des nouveaux projets. - des visites de sites dans le cadre de projets de fermes aquacoles, en relation avec les services provinciaux concernés ; - l instruction des avis sollicités par les Institutions de Nouvelle-Calédonie. Ceux-ci seront transmis par le Délégué Ifremer mandaté par la Direction Générale pour cette fonction. - des actions d information et de communication à l usage des aquaculteurs. Rapport d activité 2005 du Département Aquacole en Calédonie 5

Chapitre 1 Effectifs et Moyens au 31/12/2005 Le personnel du Département Aquaculture en Calédonie est présent sur 2 sites : les bureaux de Nouméa (déménagement prévu à l IRD en 2006) pour le personnel administratif et le Délégué Ifremer, le laboratoire de Saint-Vincent à Boulouparis pour le personnel scientifique et logistique. Le personnel affecté au laboratoire de Koné est resté basé à Saint-Vincent en attendant la livraison des bâtiments. Les travaux sur le site de Saint- Vincent sont prévus pour le début 2006. Le personnel Délégué Ifremer et chef du Yves HARACHE Département Aquaculture en Calédonie Personnel scientifique Cadres Liet CHIM Santé-Nutrition *Denis COATANEA Adjoint Chef DAC Koné Luc DELLA PATRONA Environnement Cyrille GOARANT Pathologie Emmanuel GOYARD Adjoint Chef DAC St Vincent Alain HERBLAND Environnement *José HERLIN Suivi terrain Hugues LEMONNIER Environnement (départ 10/05) Chantal MUGNIER Physiologie Jacques PATROIS Zootechnie Dominique PHAM Ecloserie *Benoît SOULARD (CDD) Base de données Techniciens Dominique ANSQUER Pathologie Francis BROUTOI Ecloserie Pierre BRUN Zootechnie Robert DUFOUR Génétique Christian LAMBERT Zootechnie Pierrette LEMAIRE Santé-Nutrition/analyses Jean-René MAILLEZ Ecloserie Jean-Marie PEIGNON Génétique Etienne PITA Zootechnie Techniciens Anne Laure MARTEAU Analyses IAC *Billy WAPOTRO Suivi terrain/analyses Doctorants Julien DELORGERIL Immunologie Yann REYNAUD Pathologie Nelly WABETE Physiologie VCAT Sophie DE DECKER Pathologie (départ 9/05) *Cyprien BOLE Base de données Logistique Jean-Sébastien LAM Agent polyvalent Henri MICHAUT Electricité-mécanique Jack PICHON Suivi des travaux Jean-Michel RANOUIL Chef d atelier/ Informatique Georges SERY Mécanique Administration Philippe BOISARD Attaché administratif Loïc GOURMELEN Responsable administratif et logistique Evelyne SAULNIER Secrétariat Jean-Philippe SENSEBE ACS * personnel affecté au laboratoire de Koné Rapport d activité 2005 du Département Aquacole en Calédonie 6

Les formations Formation de sauveteur secouriste du travail, Nouméa, Nouvelle Calédonie. 05 06/04 et 20/04. J. Herlin, B. Soulard, J-M. Peignon, J. Pichon, J-M. Ranouil, E. Pita, H. Michaud, J-S. Lam Shrimp pathology short course, Tucson, Arizona, Etats-Unis. 20/06 02/07. J. Herlin. Stage Sécurité routière, Centaure Provence Méditerranée, Ventabren, Bouches-du-Rhône, France. 10 11/10. J. Herlin. Techniques d étude de la faune benthique, Muséum d histoire naturelle et Laboratoire de Banyuls, France. 8/9 20/10. L. Della Patrona Les stagiaires A. Bordier : IUT Génie Biologique, La Rochelle. Mise au point des techniques de mesure du stress oxydatif. Stage Ifremer de 2.5 mois (4/05 à 6/05). F. Lacrampe : CREUFOP (bac + 2), Montpellier. Fin du stage initié en 2004 sur l utilisation d immunostimulants en élevage de crevettes. Stage de 8 mois (9/04 à 4/05) financé par la société EVIALYS. L. Moretti : CREUFOP (bac + 2), Montpellier. Fin du stage initié en 2004 sur la qualité des géniteurs et des pontes par quelques bios marqueurs de la balance pro-antioxydant. Stage de 8 mois (7/04 à 2/05) financé par le GFA. R. Barret : IUT Mesures Physiques de l Université de Bordeaux I, Bordeaux. Réalisation et test d un système d acquisition des facteurs environnementaux. Stage Ifremer de 4 mois (4/05 à 8/05). O. Drapaniotis : Etudiant CREUFOP (bac + 4), Montpellier. Substitution des antibiotiques par des préparations microbiennes en élevage larvaire de L. stylirostris. Stage de 5 mois (6/05 à 11/05) financé par la société SORBIAL. A. Gruss : Etudiant ENSAR, Rennes. Amélioration de la productivité de L. stylirostris en maturation par l insémination naturelle ; détermination de la qualité des postlarves. Stage de 6 mois (8/05 à 2/06) financé par le GFA. T. Pontiac : Etudiant CREUFOP (bac + 4), Montpellier. Probiotiques en élevage larvaire et en grossissement de pénéides. Stage de 6 mois (7/05 à 2/06) financé par le GFA. M. Castex : Ingénieur agronome de l Institut National Agronomique Paris Grignon, Paris. Evaluation du probiotique bactérien, Pediococcus acidilactici (Bactocell ) en élevage de la crevette Litopenaeus stylirostris en Nouvelle-Calédonie. Stage de 5 mois (3/5 à 8/5) financé par la société Lallemand. S. Doyen : Etudiant CREUFOP (bac + 2), Montpellier. Transformation des installations de quarantaine en conservatoire ; élaboration d un projet pour un futur conservatoire de crevettes. Stage de 6 mois (7/05 à 12/05) financé par le GFA. E. Zipper : Etudiant Ecole Nationale Vétérinaire de Nantes. Interaction de l ammoniaque et l hypoxie sur la physiologie de la crevette L. stylirostris. Stage Ifremer de 6 mois (3/05 à 9/05). Rapport d activité 2005 du Département Aquacole en Calédonie 7

Budget de fonctionnement 2005 L intégralité du budget de fonctionnement du département, tous programmes confondus, est couverte par une subvention provinciale. Le budget 2005, validé en séance du comité mixte de décembre 2004, a fait l objet d un contrat spécifique, signé en fin d année, entre les provinces Nord et Sud et l Ifremer et d un avenant à l accord-cadre de 1999. Comme les années précédentes, l Ifremer a assuré l avance de trésorerie pour le fonctionnement courant du DAC. Ce budget s élève à 71 Mxpf soit 594 980 euros. Ces dépenses de fonctionnement courant s entendent hors masse salariale, cette dernière étant prise en charge directement par l Ifremer. Le matériel scientifique L IFREMER gère directement, pour les équipements scientifiques, les fonds d Etat du Ministère de la Recherche (MR) en relation avec les services de l Etat (Haut-commissariat/DAE). D importants achats de matériel scientifique (appareils d analyse, optique, informatique, etc.) et des installations expérimentales associées aux infrastructures (bacs expérimentaux, systèmes de filtration, régulation thermique, paillasses de laboratoire, etc.), ont été réalisés en 2005. Ces achats viennent compléter le matériel déjà existant (cf. RA 2004) du laboratoire de Saint-Vincent et vont permettre d équiper le nouveau laboratoire de Koné. Saint-Vincent -thermocycleurs 96x100 µl et 60x500µl -matériel d électrophorèse en agarose -microscope binoculaire + appareil numérique -stéréomicroscope -ph mètres (2) -microsenseur oxygène -centrifugeuse de paillasse -centrifugeuse réfrigérée -balance de précision -logiciel Labview -module isotherme pour prélèvements et analyses en continu -spectrophotomètre UV et visible -fluorimètre -lecteur de microplaques thermorégulé -enceinte vitrée et DBO mètre numérique -congélateur -80 C -autoclave -poste de sécurité microbiologique -étuves (5) -four à moufle -broyeur de sédiment -bain-marie -bain à sec -station de production d eau ultra-pure -machine à glace Rapport d activité 2005 du Département Aquacole en Calédonie 8

Koné -matériel de bactériologie : autoclave vertical, hotte à flux horizontal, deux étuves, agitateur Rotatest et chambre d incubation, bain-marie,. -matériel d analyse physicochimique : spectrophotomètre, fluorimètre, rampe de filtration, distillateur, dessiccateurs, broyeur à sédiment, balances à 0,01 g et 0,1 mg, loupe binoculaire, microscope, sonde multiparamètres, four à moufle. -centrifugeuse -congélateur -80 -machine à glace Les infrastructures Avancement des projets d infrastructures Ces projets sont financièrement traités par les Maîtres d Ouvrages Province Sud et Province Nord tel que prévu dans le contrat de développement intercollectivités 2000-2004. Projet de St Vincent Montant initial des travaux : 297,2 Mxpf soit 2,49 Meuros (base année 2000) Surface au sol des constructions : 2800 m2 Le dossier de consultation des entreprises (DCE) a été remis début mai 2005 au Maître d Ouvrage. La nouvelle estimation du bureau d études, en charge du projet, fait apparaître un nouveau dépassement de 1,780 Meuros (212 Mxpf). Le montant global du projet a été validé lors de l ouverture des plis de l appel d offres en juillet 2005. Après négociation, la Province Sud, Maître d Ouvrage du projet, a validé (en AP) le montant de 4,693 Meuros (560 Mxpf). Ce dernier montant correspondant à la tranche ferme du projet et intègre le premier dépassement budgétaire de 2,2 Meuros (262,8 Mxpf). Fin janvier 2006, l ordre de service de début des travaux de la tranche ferme a été signé. Les travaux débuteraient en février 2006. Le budget de la tranche complémentaire devrait être pris en charge dans le nouveau contrat de développement 2006-2010. Projet de Koné Montant initial des travaux : 101,8 Mxpf soit 853 Keuros (base année 2000) Surface au sol des constructions : 600 m2 Les travaux complémentaires, d un montant de 35,5 Mxpf, pris en charge sur le budget propre de la Province Nord, se sont achevés en décembre 2005. Les infrastructures sont maintenant opérationnelles et les équipes scientifiques devraient s y installer courant février 2006. Une convention de mise à disposition des installations a d ores et déjà été signée entre l Ifremer et la Province Nord, propriétaire des bâtiments. Rapport d activité 2005 du Département Aquacole en Calédonie 9

Chapitre 2 Le projet DESANS Ce projet initié fin 2002, a donné lieu à de nombreuses expérimentations tant sur le terrain qu en laboratoire. L année 2005 a permis d exploiter les résultats obtenus, d utiliser de nouvelles techniques analytiques et expérimentales mais aussi de mettre en pratique de nouvelles approches zootechniques WP1 : Mise au point et optimisation d outils et méthodes WP1. Tâche 1 : Calibrer et standardiser les techniques d infection expérimentale Techniques d extraction et quantification de Vibrio penaeicida par PCR en temps réel Une collaboration avec le «Laboratoire de Recherche en Bactériologie» de l Institut Pasteur de Nouvelle-Calédonie (IPNC) (Dr F. Mérien) avait permis de montrer l applicabilité des amorces de PCR classique utilisées pour le diagnostic de Vibrio penaeicida en PCR quantitative (PCR en temps réel) (voir rapport annuel 2004). Des échantillons cliniques et environnementaux ont été analysés par cette technique, permettant de confirmer sa validité. Il a ainsi été possible de mettre en évidence et dénombrer V. penaeicida dans les eaux de pompage et de bassins (non détectable à 1800 / ml), les eaux interstitielles de sédiments aquacoles (50 à 1200 / ml), les hémolymphes de crevettes porteuses asymptomatiques à moribondes (non détectable à 8.10 7 / ml). Fig. 1 Courbes standard permettant la quantification de V. penaeicida en PCR en temps réel, en fonction de la technique d extraction Rapport d activité 2005 du Département Aquacole en Calédonie 10

WP1. Tâche 2 : Rechercher, mettre au point, valider et calibrer de nouveaux outils de l état physiologique et immunologique des crevettes Techniques utiles à l étude de l expression de gènes immunitaires chez la crevette L. stylirostris La thèse de doctorat de Julien de Lorgeril coencadrée par Evelyne Bachère du laboratoire GPIA de l Ifremer (Génome, Populations, Interactions, Adaptation), et cofinancée par le budget du Département Aquaculture en Calédonie, sur «l expression de gènes immunitaires et la capacité de survie de la crevette Litopenaeus stylirostris au pathogène Vibrio penaeicida» a été soutenue à huis clos à Montpellier en juillet 2005, avec report des publications prévues dans des revues internationales afin de valoriser au mieux les travaux. Des méthodes originales d évaluation du potentiel de résistance chez les crevettes pourraient faire l objet d un dépôt de brevet. WP1. Tâche 3 : Mise au point d une zootechnie appliquée à la génétique Les techniques d élevage de géniteurs en bassins, de transfert en salle de maturation, de reproduction (insémination artificielle pour réaliser des croisements spécifiques), d élevage larvaire et de prégrossissement en petits volumes sont bien maîtrisées. Le fonctionnement d installations de quarantaine en circuit fermé a été testé plusieurs mois avec succès en 2004, mais la réalisation et le fonctionnement d installations spécifiques de quarantaine à l intérieur des terres et avec de l eau de mer reconstituée était une première pour le laboratoire Aquacole de Calédonie. Débutée début mars avec l arrivée des animaux en provenance de Hawaii, la période de quarantaine a duré 5 mois au bout desquels une partie des animaux a été sortie pour être élevée jusqu à la taille de géniteurs dans les bassins en terre du laboratoire tandis que le reste a continué à être élevé dans les installations de quarantaine qui ont été transformées en un prototype de conservatoire. LA QUARANTAINE Les élevages sont réalisés dans 2 modules indépendants. Chaque module comporte 2 bacs de 5 m 3 reliés entre eux, un filtre biologique et un écumeur. Un système de filtration sur 4 cartouches de 10 microns suivi d un système UV (120 watts) est utilisé alternativement (toutes les 12 heures) sur chaque module. L eau de mer est préparée dans 2 bacs de 2.5 m 3 en mélangeant l eau douce de la commune et des sels (Ocean Nature ). La température n est pas régulée et la lumière naturelle est complétée par des lampes fluorescentes sur les parois. Des filets empêchent les crevettes de sauter hors des bacs. Des distributeurs automatiques d aliment sont utilisés pour la nuit. Rapport d activité 2005 du Département Aquacole en Calédonie 11

Les crevettes sont réparties dans les 4 bacs afin que des représentants de chacune des 16 familles soient présents dans chaque module. Les juvéniles non marqués sont élevés séparément, jusqu à la taille de marquage, dans des récipients flottants dans les bacs. Les paramètres du milieu d élevage (température, O 2, ph, [NH 3 ], [NO 2 ], [NO 3 ] sont mesurés matin et soir et permettent de programmer l importance des changements d eau (9% par jour sur l ensemble des 5 mois d élevage). Les crevettes sont nourries avec du granulé Higashimaru Gold Prawn ) de différents diamètres en fonction de la taille des crevettes. Du calmar est distribué une fois tous les 2 jours en complément. 70 60 50 40 30 20 10 0 01/03/05 03/03/05 05/03/05 07/03/05 09/03/05 11/03/05 13/03/05 15/03/05 17/03/05 Jd Vd Rd/Vv M Rd Rd/Jv Bd Od Blancd Rd/Ov Rd/Blancv Rd/Bv Jd/Bv Jd/Vv moyenne 14 f. La mortalité initiale a été de 53%, une semaine après l arrivée du 2 ème envoi. Elle est attribuée au stress du transport (40 heures de transport et des concentrations en ammoniaque >30ppm) et à l adaptation aux conditions d élevage. Elle a principalement affecté les petites crevettes (0.1 à 0.5g) non marquées. Une mortalité résiduelle a continué tout au long de l élevage. Après 5 mois d élevage, il restait 540 crevettes, toutes familles confondues, sur les 1140 initiales. L utilisation d eau de mer reconstituée a posé quelques problèmes initiaux à cause de la qualité d une partie du stock d un des constituants (chlorure de magnésium). Les filtres biologiques ont régulièrement maintenu les concentrations de NH 3 et NO 2 à des concentrations inférieures à 1 et 5ppm, respectivement ; le ph s est maintenu à des valeurs comprises entre 7.5 et 8, avec de temps en temps l addition de carbonate de calcium. L utilisation des UV seulement 12h/jour a par contre montré des limites : elle n a pas empêché, lorsque la température de l eau était supérieure à 25 C, l apparition périodique de dépôts bactériens sur les branchies des crevettes et des nécroses des péréiopodes, sans toutefois causer de mortalités. Des nécroses des antennes et des péréiopodes ont également affecté la presque totalité des crevettes. Durant toute la période, les seuls incidents techniques ont été recensés au niveau des pompes dont les capacités brûlaient lors des redémarrages après des coupures de courant. La transformation des installations de LE CONSERVATOIRE quarantaine en conservatoire s inscrit dans la perspective de la création d une structure biosécure permettant de sécuriser les souches de crevettes en cas d apparition d une pathologie affectant gravement la filière. Elle permet également de vérifier la faisabilité de reproduire des crevettes Rapport d activité 2005 du Département Aquacole en Calédonie 12

élevées entièrement en circuit fermé et en eau claire, mais aussi d utiliser de l eau de mer naturelle après chloration. Les travaux de transformation ont duré 3 mois (août, septembre et octobre) durant lesquels les 266 crevettes ont continué à être élevées avec de l eau de mer reconstituée et transférées de bac à bac en fonction des besoins. L eau de mer naturelle traitée a ensuite été utilisée. Les essais de reproduction et d élevage larvaire ont débuté en décembre. Durant toute la période (août 2005 à janvier 2006), toutes les précautions sanitaires ont été prises afin de ne pas contaminer le conservatoire. Des échantillons de crevettes ont été pris afin de confirmer l efficacité de ces mesures (recherche d IHHN, V. penaeicida et V. nigripulchritudo). Les 2 modules d élevage (20 m 3 ) ont été reliés entre eux, avec un système centralisé de recyclage de l eau. Le filtre biologique et l écumeur sont branchés en parallèle à un bac tampon et l eau retourne en continu aux bacs d élevage après un passage sur des filtres cartouches de 10 microns et des UV (120watts). Pour des raisons de sécurité (personnel souvent seul dans les installations), il a été décidé de ne pas employer de résistances chauffantes pour thermoréguler l eau d élevage. Un montage similaire (4 m 3 ) mais sans bac tampon permet de traiter l eau devant servir aux élevages larvaires. Un système extérieur au bâtiment est mis en place pour traiter l eau de mer : 2 cuves de 5m 3 pour la chloration, filtration, écumage et déchloration et une cuve de 5m 3 avec un préfiltre au charbon actif pour le stockage de l eau de mer prête à l emploi. Les cuves sont approvisionnées par un camion citerne. Des poubelles de 40 et 80 litres utiles ont été utilisées pour réaliser respectivement les pontes et les élevages larvaires. Peu de problèmes de qualité d eau (NH 3 et NO 2 ) car la charge en élevage était faible (100 à 300 g/m3). Cependant la qualité chimique de cette eau, apportée plus ou moins régulièrement par camion citerne, a du rapidement décliner à cause de l oxydation interne de la cuve au point que dès le mois de décembre l eau était rouge à l entrée des cuves de traitement. Les doses d EDTA ont alors été augmentées à 10 ppm (sauf pour les pontes et élevages larvaires) ainsi que la filtration sur charbon actif. Le taux de renouvellement moyen n a pas dépassé les 3% journaliers, principalement pour compenser l eau perdue par siphonage ou lavage des filtres. Malgré la détérioration de sa qualité, l eau de mer naturelle a amélioré le niveau de nécroses des appendices sans toutefois les faire disparaître totalement. A partir du mois de novembre les crevettes ont été alimentées journellement avec du calmar, des moules et du granulé géniteur «SICA» (le granulé INVE géniteur a été abandonné car il colorait l eau et rendait toute observation impossible). La température a varié entre 23 et 29 C ce qui a posé des problèmes non pas lors des élevages mais lors des pontes et des élevages larvaires. Le Rapport d activité 2005 du Département Aquacole en Calédonie 13

positionnement des poubelles flottant en «bain Marie» dans les grands bacs a permis de limiter les variations diurnes. Ces variations, associées à la qualité intrinsèque de l eau de mer, ont cependant affecté les pontes et les élevages larvaires. Il restait, fin octobre, 210 crevettes (survie 79%). Début décembre, 71 femelles ont été épédonculées et 3 jours après, les premières pontes avaient lieu. Quarante-deux inséminations ont été réalisées. non fécondées Dont fécondées Dont 12 6 amas 4 éclatées 30 12 non éclos La quantité d œufs pondus, environ 90.000 la première semaine, s est améliorée avec le temps pour atteindre plus de 200.000 fin décembre. La majorité des mâles présentait, lors de leur première utilisation, des spermatophores nécrosés à très nécrosés avec comme conséquence des taux de fécondation faibles (quelques %). L utilisation des spermatophores régénérés, de meilleure qualité, a permis des taux de fécondation moyens supérieurs à 50%. Les taux d éclosion se sont dégradés concomitamment à la dégradation de la qualité de l eau de mer, les dernières pontes ne donnant lieu à aucune éclosion. Vingt et un élevages larvaires ont été initiés à des densités entre 20 et 200 larves au litre. Tous ces élevages, sauf un, n ont pas dépassé le stade zoé 2 ou 3 avec arrêt progressif de l alimentation et retard dans le passage des stades, alors que les zoés 1 étaient actives et s alimentaient correctement le premier jour. Ces résultats peuvent avoir plusieurs origines : des réserves insuffisantes chez les nauplii, une toxicité de l eau (à mettre en relation avec la dégradation de la qualité de l eau de mer livrée et les taux d éclosion nuls), une qualité bactériologique de l eau (utilisation d eau recirculée), les variations de température. Le seul élevage ayant atteint le stade Pl. 20 a été réalisé dans des conditions identiques à celle des autres élevages, avec une survie de 8%. Malgré les résultats mitigés des élevages larvaires, et les nécroses observées au niveau des spermatophores des mâles, le bilan du conservatoire reste très positif. Il a pu être démontré que, malgré des conditions suboptimales, il était possible d élever et de reproduire des crevettes en eau claire, en circuit fermé, avec de l eau de mer reconstituée et naturelle traitée. L expérience acquise et l identification des points faibles du système vont permettre de mieux établir le projet d un conservatoire biosécurisé. WP2 : Caractérisation des phénomènes in situ WP 2. Tâche 1 : Dans le cadre du syndrome d été Synthèse des connaissances sur le syndrome d été. Le syndrome d été a été observé la première fois fin 1997 à la ferme «Sea-farm» (SF). Depuis, tous les élevages de saison chaude de cette ferme ont été affectés par des mortalités épizootiques qui diminuent les survies finales d au moins un facteur 2. L apparition en 2002 du syndrome d été dans la ferme voisine «Aigue-Marine» (AgM), et ce dès sa première campagne d exploitation, pose la question d une contamination de proximité, et met en évidence le risque que l installation de nouvelles fermes entre celles de Bouraké et celles non affectées, favorise l extension de proche en proche de cette maladie. Rapport d activité 2005 du Département Aquacole en Calédonie 14

La généralisation du syndrome d été est un risque majeur pour la durabilité de toute la filière, qui a déjà du s adapter aux contraintes du syndrome 93 (hivernal). Or des souches pathogènes de Vibrio nigripulchritudo sont présentes sur d autres fermes mais les conséquences sur la réussite des élevages n atteignent pas les proportions observées à Sea-Farm puis à Aigue-Marine. La question est donc de comprendre pourquoi. A la demande du gouvernement de la Nouvelle-Calédonie et de l exécutif de la Province Sud un rapport rassemblant l état des connaissances sur le «Syndrome d été» affectant les élevages de Litopenaeus stylirostris en Nouvelle-Calédonie) à été rédigé au cours du premier trimestre 2005 (Collectif DAC, 2005). Les conclusions de ce rapport sont les suivantes : L étude épidémiologique, l étude «historique» de Sea-Farm et celles de la comparaison Sea-Farm/Pénéide de Ouano, font ressortir que l augmentation progressive des densités, la recherche de la croissance maximale et donc l apport croissant d aliments, sans une augmentation proportionnée des intrants énergétiques pour diminuer les excès de matière organique (renouvellement, aération, travail des fonds), ou toutes autres actions qui contribuent à augmenter les rendements de l exploitation, sont des facteurs de risque dont la combinaison, à terme, est dangereuse. Ce qui s est vraisemblablement passé à Sea-Farm, est susceptible de se reproduire ailleurs si l on n y prend pas garde. Une fois la maladie devenue enzootique il apparaît difficile de l éradiquer, comme le montrent les nombreux essais réalisés par Sea- Farm. L apparition du syndrome d été à Aigue-Marine dès sa première année d exploitation suggère, sans qu on n ait pu le démontrer, une contamination de site à site. Selon ce même processus, on ne peut exclure son extension à d autres sites dans un périmètre qui ne peut être déterminé à ce jour. Validation sur site. Suite à cette synthèse, et toujours à la demande des mêmes instances, le DAC a proposé une série d expérimentations in situ et au laboratoire orientées à la fois sur la compréhension du déclenchement du syndrome d été dans la zone Bouraké et la recherche de solutions de sorties de crise Cette proposition de protocole montrait la nécessité de travailler sur les deux fermes touchées par le syndrome d été (cf. encadré) mais l arrêt de l exploitation de l une d entre elles (Aigue-Marine) n a pas permis de mettre en œuvre le protocole proposé. C est donc sur la seule ferme de Sea-Farm que le suivi a porté avec les limitations décrites dans l encadré ci-dessous (page 17). Suivi Sea Farm octobredécembre 2005 Nombre de mortes au bord du bassin 250 Bassin B Ce suivi a été programmé à la Bassin C 200 demande de nos partenaires 150 institutionnels et des professionnels. 100 Il a été mené au cours des mois 50 d octobre à décembre 2005 dans 2 0 5/10/05 15/10/05 25/10/05 4/11/05 14/11/05 24/11/05 4/12/05 14/12/05 24/12/05 bassins de la ferme Sea Farm, l un date ayant reçu un apport massif de calcaire, l autre n ayant reçu aucun amendement. Les épisodes de mortalité ont été quasi-synchrones dans les deux bassins avec plus de mortes observées dans le bassin B (apport massif de calcaire) que dans le C (pas mortes 350 300 Rapport d activité 2005 du Département Aquacole en Calédonie 15

d apport de calcaire) : respectivement 1512 contre 920 (figure ci-contre). Ce résultat montre que l ajout de calcaire ne semble avoir eu aucun effet positif sur la survie (Toutefois, on ne connaît pas les valeurs de survie calculées à l issue de la pêche finale). Il est difficile de dire, pour les petits Bassin C mortes et prévalence épisodes de mortalité du début de 350 100% mortes C l élevage, si la prévalence précède 300 nigri/porteur C 80% prévalence B l apparition des mortes ou si c est le 250 60% contraire ; en revanche il est clair 200 que les fortes prévalences ont 150 40% 100 précédé les grands épisodes de 20% 50 mortalité. On est donc bien en 0 0% présence du syndrome d été avec 05/10/05 15/10/05 25/10/05 04/11/05 14/11/05 24/11/05 04/12/05 14/12/05 24/12/05 un Vibrio responsable de la dates mortalité (figure ci-contre). Mais, contrairement à ce qui avait été observé lors du premier suivi comparatif du programme DESANS (voir le «colloque Styli 2003») V. nigripulchritudo a d abord été observé dans les crevettes, puis, un mois plus tard, simultanément dans l eau et le sédiment, et ce en même temps que le début des fortes mortalités. On ne peut donc exclure que ce soient les crevettes qui ont contaminé le milieu (en particulier le sédiment) à ce moment précis de l élevage et non l inverse. Toutefois, l absence de détection du pathogène dans les phases précoces de l élevage peut également être due à un échantillonnage insuffisant pour un bassin de plusieurs hectares. Les résultats de ce suivi évoquent fortement l existence d une véritable «fenêtre de croissance» de V. nigripulchritudo au cours de l élevage avec une température de 26,5 C qui semble critique. Mais il faut noter (Fig. 2) que la prévalence n est pas nulle pour des températures inférieures même si le nombre de V. nigripulchritudo par porteuse est faible à ces températures (moins de 5 colonies par goutte d hémolymphe). Dans le cadre des élevages suivis, cette fenêtre de croissance ne coïncide pas avec le poids moyen des animaux suspecté de représenter un stade critique. prévalence prévalence f(t C) 100% 90% 80% prévalence B 70% prévalence C 60% 50% 40% 30% 20% 10% 0% 24,0 25,0 26,0 27,0 28,0 29,0 30,0 31,0 32,0 température C Fig. 2 Prévalence dans les crevettes et température de l eau des bassins B et C de Sea-Farm lors du suivi d octobre à décembre 2005. Parmi toutes les variables mesurées dans la colonne d eau (température, salinité, turbidité, oxygène, chlorophylle, ph, réserve alcaline, seule cette dernière montre un effet du calcaire (figure 3). Rapport d activité 2005 du Département Aquacole en Calédonie 16

alcalinité tot (mequivalent/l) y = -0,0058x + 228,21 3 2,8 R 2 = 0,8968 y = -0,0004x + 18,598 2,6 R 2 = 0,007 2,4 2,2y = -0,0007x + 27,853 R 2 = 0,0025 2 9/11/05 14/11/0 19/11/0 5 5 Evolution de l'alcalinité totale 24/11/0 5 29/11/0 5 Bassin B Bassin C OE 4/12/05 9/12/05 14/12/0 5 19/12/0 5 24/12/0 5 Fig. 3 Evolution de l alcalinité totale au cours du suivi de SF en octobre-décembre 2005. date Le bassin ayant reçu l amendement calcaire montre encore au 15 novembre des alcalinités supérieures à celles du bassin n en ayant pas reçu, mais les valeurs diminuent significativement avec le temps alors qu il n existe aucune tendance pour l eau d entrée et le bassin C (sans calcaire). Il faut remarquer que les valeurs d alcalinité totale sont supérieures dans les deux bassins à celles de l eau d entrée (OE). En conclusion, l apport de calcaire semble bien avoir eu un effet sur la réserve alcaline de l eau du bassin mais cet effet n a pas eu de conséquence sur la prévention ou la diminution des mortes observées le long des berges. Il est intéressant de noter que le ph augmente avec le temps de manière identique dans les deux bassins (non montré). A la différence de l alcalinité totale qui représente une «réserve» alcaline, un potentiel, le ph est une valeur instantanée qui dépend de multiples facteurs comme la respiration et la photosynthèse. L augmentation au cours de l élevage est probablement liée à l accroissement relatif de la production primaire qui consomme plus de CO2 que n en produit la totalité des hétérotrophes. A l issue de ce suivi, il apparaît que la clé de la compréhension est à rechercher davantage dans les processus localisés à l interface eau-sédiment que dans la colonne d eau. Un nouveau suivi sera entrepris en 2006 sur SF et mettra l accent sur ces processus. Le syndrome d été : une maladie «contagieuse» ou «fabriquée sur site»? Cette question est cruciale pour l avenir de la Scénario 2 : L eau provenant d un filière ; et elle pose le challenge de montrer bassin contaminé suffit, à elle seule, à lequel de ces deux scénarios prévaut : provoquer la maladie sur des fonds où elle ne Scénario 1 : l origine de la maladie provient de fonds de bassin initialement ou devenus inappropriés, induisant des stress momentanés de la crevette, le Vibrio «terminant le travail». Dans ce cas, l hypothèse de la contamination entre fermes, de proche en proche, tombe partiellement. En revanche la réponse sera lourde de sens pour la profession quant aux choix des sites et des sédiments les plus appropriés (éviter par exemple les zones trop schisteuses) et surtout sur la manière de gérer les élevages (adéquation des capacités de renouvellement et d aération avec les densités et le mode d alimentation) et de leurs conséquences néfastes à moyen terme sur la qualité des fonds de bassins. se déclenche pas quand l eau d entrée est saine. Dans ce cas, c est le Vibrio qui serait seul à l origine de la maladie. L hypothèse de la contamination par proximité reprend de la force et éclaire sur les risques de propagation de proche en proche et donc sur les décisions sanitaires à prendre. Pour savoir lequel de ces deux scénarii (malheureusement non totalement exclusifs!) est le bon, il n y a pas d autres solution que d expérimenter dans des anciens bassins des fermes touchées et des nouveaux bassins voisins (de dimension éventuellement réduite), sur des sédiments présentant une aptitude culturale a priori favorable (tannes productifs). C est la seule manière de démontrer expérimentalement les effets respectifs de l eau, du sédiment et du «poids de l histoire». Rapport d activité 2005 du Département Aquacole en Calédonie 17

WP 2. Tâche 2 : Dans le cadre du syndrome 93 Le syndrome 93, reste une préoccupation majeure Suivi bassin H de la profession puisqu elle oblige les éleveurs à «contourner» la saison fraîche en évitant que les bassins soient trop chargés pendant cette période critique. C est pourquoi un suivi a été réalisé de février à juin 2004 au laboratoire Ifremer de Saint-Vincent pour tenter d élucider les causes d apparition de cette maladie (voir le rapport d activité 2004 du LAC pour la description de la stratégie et des premiers résultats). Les premières mortes ont été détectées à J65, mais elles deviennent significatives entre J77 et J89 (entre 5 et 22 mortes) c'est-à-dire deux semaines après les fortes prévalences pour ensuite «exploser» à partir de J98, alors que, paradoxalement, la prévalence a diminué. La prévalence a donc précédé la mortalité, ce qui est logique, mais il n y a pas de lien quantitatif évident entre le niveau de prévalence et le nombre de mortes relevées autour du bassin : aux prévalences supérieures à 50% «correspond» une faible mortalité apparente 2 semaines plus tard alors qu aux prévalences «redescendues» à 15-30% vont succéder (avec un délai quasi identique, 12-13 jours), de très fortes mortalités apparentes. Il doit donc exister d autres causes de mortalité qui viennent s ajouter à la présence du Vibrio dans les animaux. Le scénario que nous considérons comme le plus probable à ce jour, avec cependant quelques limites présentées à la fin du paragraphe serait le suivant : L augmentation brutale de la prévalence (50%) se produit exactement au moment où la température a atteint des valeurs minimales (au-dessous de 24 C) et ceci après une période quasi continue de baisse (de 29 C à presque 23 C en 3 semaines) se traduisant par une baisse des défenses immunitaires et ainsi la pénétration ou la multiplication du Vibrio dans l hémolymphe. Cependant ce «choc thermique» ne serait pas suffisant pour provoquer une mortalité visible sur les berges, d autant plus qu une période de réchauffement succède à cette phase de refroidissement (la température remonte jusqu à 27 C, elle est encore de 26 C à J85!). On peut supposer que les crevettes retrouvant alors un confort thermique momentanément perturbé ne meurent pas malgré des prévalences élevées (de 55 à 70% entre J75 et J85). Comme elles ne meurent pas, la propagation du Vibrio est freinée, ce qui a pour conséquence de diminuer la prévalence, mais une proportion significative (20 à 30%) des animaux reste porteuse. Arrivent alors deux très mauvaises journées sur le plan météorologique (très fortes pluies et surtout très forte nébulosité). Ces journées vont avoir des conséquences négatives sur la photosynthèse (mesurée par la méthode au 14C), donc sur les concentrations en oxygène dissous qui passent au-dessous de la barre des 2mg/l (le phytoplancton continue à respirer mais ne produit plus d O 2 ) Face au danger d hypoxie, la décision a été prise de mettre en route des aérateurs qui ont eu des effets bénéfiques sur l oxygène. Mais leur fonctionnement a provoqué une remise en suspension du sédiment et probablement la libération de composés nocifs comme semblent le montrer les fortes concentrations en ammoniums mesurés à ce moment là dans l eau du bassin. Ce fut un deuxième stress (voire un troisième si l on considère que les faibles teneurs en O2 en étaient un Rapport d activité 2005 du Département Aquacole en Calédonie 18

également). Le pathogène étant présent dans 20 à 30% des crevettes il n en fallait pas davantage pour provoquer le pic de mortalité observé à la fin du suivi. Ces variations pourraient avoir perturbé la physiologie des crevettes, comme le montrent des résultats relatifs au statut du stress oxydant des animaux (voir en complément WP 3 tache 2). Les animaux infectés, dont le nombre augmente de façon importante au 60ème jour (Fig. 4 & 5), verraient leur défense hémocytaire activée par une surproduction d anions superoxydes (O 2- ) (cf. introduction au stress oxydant page 28). Cette surproduction d O 2- serait à l origine de l augmentation des défenses antioxydantes observée les jours 60 et 90 (Fig. 4) et notamment de la surexpression de la SOD (Fig. 5) ainsi que de l élévation du rapport glutathion oxydé / glutathion total (non montré) L augmentation du stress oxydant concomitant à celle de la prévalence se traduit également par une peroxydation des lipides membranaires mis en évidence le jour 90 par la mesure du MDA.. Au 100 ème jour, lorsque le pic de mortalité est observé, le système antioxydant apparaît débordé par la production massive de radicaux libres entraînant une destruction de la SOD et autres antioxydants (TAS) montrée ici par la chute de leur concentration dans les tissus (figures 4 & 5). Nombre d'animaux morts 240 220 200 180 160 140 120 100 80 60 40 20 0 0 10 20 30 40 50 60 70 80 90 100110120 Jours d'élevage 1,0 0,9 0,8 0,7 0,6 0,5 0,4 0,3 0,2 0,1 0,0 Prévalence 16 14 12 10 8 6 4 2 TAS, µmole.g -1 Animaux morts Prévalence TAS Fig. 4 : Evolution de la TAS (Total Antioxidant Status) au cours de l élevage Nombre d'animaux morts 240 220 200 180 160 140 120 100 80 60 40 20 0 0 10 20 30 40 50 60 70 80 90 100110120 Jours d'élevage 1,0 0,9 0,8 0,7 0,6 0,5 0,4 0,3 0,2 0,1 0,0 Prévalence 120 100 80 60 40 SOD, unité.g -1 organe Animaux morts Prevalence SOD Fig. 5 : Evolution de la SOD (super oxyde dismutase) au cours de l élevage Ce scénario doit être cependant modulé du fait qu au cours de ce suivi un nombre important de résultats faiblement positifs a été observé dans les échantillons d hémolymphes traités par PCR, laissant supposer un portage faible du pathogène, proche du seuil de détection et source d une sous-estimation de la prévalence réelle. D autre part, la détection fréquente de V. penaeicida dans l eau du bassin, également Rapport d activité 2005 du Département Aquacole en Calédonie 19

rapportée antérieurement, est confirmée au cours de ce suivi, bien qu elle se soit à nouveau heurtée à des problèmes d inhibiteurs d amplification. Des moyens pour s affranchir de ce problème d inhibiteurs ont maintenant été développés (cf. WP1, PCR en temps réel). Enfin dans le cadre du suivi du bassin H, nous n'avons pas mis en évidence d effet du portage de V. penaeicida par les crevettes sur certains indices physiologiques comme cela est le cas pour les crevettes porteuses de V. nigripulchritudo dans le cadre du syndrome d'été. WP3 : Etude expérimentale des hypothèses explicatives WP 3. Tâche 1 : Virulence des pathogènes Spécificité du pouvoir pathogène de Vibrio nigripulchritudo : infections de crevettes sauvages Un stock de Metapenaeus ensis sauvage a été constitué au DAC afin de disposer d individus d une autre espèce que Litopenaeus stylirostris, pour évaluer la spécificité du pouvoir pathogène de V. nigripulchritudo SFn1. M. ensis n est pas, pour des raisons biologiques et commerciales, une espèce susceptible d être élevée en remplacement de L. stylirostris, mais la disponibilité d individus de cette espèce en faisait un bon modèle d étude de la spécificité de ce pathogène. Le but de cette infection par balnéation était de comparer les sensibilités de ces 2 espèces, L. stylirostris (souche calédonienne) et de M. ensis (souche sauvage) à une infection expérimentale par V. nigripulchritudo SFn1, pathogène modèle du syndrome d été. La température des bacs est maintenue à 26 C grâce au système d échangeurs. Deux doses infectantes (forte et faible) sont testées. Les survies démontrent que M. ensis n est pas sensible à une infection par V. nigripulchritudo, du moins aux doses et selon le modèle 100% d infection par balnéation utilisés. 90% 80% 70% 100% 88% 86% 79% 70% Survie de Litopenaeus stylirostris et de Metapenaeus ensis infectées par V. nigripulchritudo SFn1 à deux doses différentes et leurs témoins respectifs % survival 60% 50% 40% 39% 30% 20% 10% 0% 0:00 24:00 48:00 72:00 96:00 120:00 144:00 time post-infection (hours) L. stylirostris control M. ensis control L. stylirostris high dose M. ensis high dose L. stylirostris low dose M. ensis low dose Ces résultats, présentant un intérêt dans le cadre d études sur les échanges de pathogènes entre espèces cultivées et sauvages, ont fait l objet d une Newsletter pour le réseau DIPnet (Diseases Interaction and Pathogen exchange between farmed and wild animals : a European network) DIPnet Newsletter n 23. WP3. Sous-tâche 1.1 : Compléter et entretenir une banque de bactéries isolées sur les crevettes ou le milieu d élevage. Caractérisation de leur pouvoir pathogène Rapport d activité 2005 du Département Aquacole en Calédonie 20

Caractérisation du pouvoir pathogène et typage moléculaire d une sélection de souches de Vibrio nigripulchritudo de différentes origines géographiques et isolées dans différents contextes Le typage moléculaire de souches de V. nigripulchritudo a été poursuivi, parallèlement à la caractérisation de leur pouvoir pathogène expérimental. Les résultats du typage par amplification arbitraire du génome (AP- PCR) ont été confirmés par l utilisation de 5 autres amorces d une part et par comparaison, sur une sélection de 24 souches, avec un typage par MLST (Multi Locus Sequencing Typing) réalisé à l Ifremer La Tremblade dans le cadre d une thèse co-encadrée avec le DAC. Les résultats de cette étude ont permis de confirmer que le Syndrome d été correspond à l expression d un pathogène clonal qui est retrouvé sur l ensemble des souches isolées d épisodes de mortalité sur plusieurs bassins et plusieurs années, que ce clone est différent de celui associé dans certaines fermes à des épisodes de Syndrome 93, enfin que sa répartition géographique dépasse celle de la maladie à laquelle il est associé. Ce travail a permis de proposer aux services vétérinaires l utilisation de cet outil moléculaire (AP-PCR) pour améliorer les connaissances sur l épidémiologie de ce pathogène à l échelle de la Nouvelle-Calédonie. Profils en AP-PCR avec l amorce SP de quelques souches et pourcentages de survies obtenues après infection expérimentale et doses injectées. WP3. Sous-tâche 1.2 : Identification des supports génétiques de la virulence La première année de la thèse de Yann Reynaud (co-encadrée par le DAC et le Laboratoire Génétique et Pathologie de l Ifremer La Tremblade) a permis la réalisation et le criblage d une banque soustractive (par la technique de SSH) entre une souche de Vibrio nigripulchritudo virulente associée au Syndrome d été (souche SFn1) et une souche de Vibrio nigripulchritudo non virulente (souche SFn118). Les fragments de gènes obtenus à l issu de la soustraction et confirmés comme étant spécifiques de la souche virulente (par des expériences complémentaires d hybridation sur membrane) sont clonés et séquencés, la séquence obtenue est comparée à une base de données. Exemples de séquences déjà obtenues : - probable protéine d adhésion cellulaire (Vibrio vulnificus) - protéine de transport d ions type ABC (Vibrio vulnificus) Rapport d activité 2005 du Département Aquacole en Calédonie 21

- protéine OtnA qui intervient dans la synthèse de la capsule (Vibrio parahaemolyticus) On devrait donc aboutir à isoler des gènes supports de la virulence, confirmer leur expression au cours d infections (naturelles en bassins ou induites en pathologie expérimentales). Ces gènes pourront ensuite être utilisés pour créer des marqueurs spécifiques utilisables pour les travaux d épidémiologie, ainsi que pour étudier les conditions permettant ou favorisant l expression de la virulence de ces Vibrio pathogènes. WP3. Sous-tâche 1.5 : Étude de la pathogénie : dynamique de l'infection, mécanismes de latence Au cours de différentes infections expérimentales, Sensibilité de la crevette comme au cours des épisodes de mortalité en à une infection en bassins, nous avons pu noter que les crevettes fonction de son stade de moribondes étaient fréquemment proches de la mue mue. La sensibilité des crevettes à une infection en fonction de leur stade de mue constitue de plus un élément important à la compréhension d ensemble des épisodes de mortalité. Par ailleurs, une sensibilité accrue des crevettes à une infection par V. nigripulchritudo à une certaine taille (ou un certain poids) était suspectée pour expliquer l expression stéréotypée du Syndrome d été. Le stade de mue et le poids individuels ont été déterminés pour 285 L. stylirostris (entre 3 et 13 grammes). Celles-ci ont ensuite été marquées et réparties dans 16 bacs de la salle de pathologie expérimentale de façon à être reconnues individuellement (couleur et emplacement de la marque de silicone et bac expérimental de destination). Ces crevettes ont été soumises à une infection expérimentale par balnéation dans une suspension de V. nigripulchritudo SFn1 à 5x104 UFC/mL durant 2h Trois bacs non infectés constituaient les témoins d infection. Les mortalités post-infection ont été suivies durant 6 jours (du 20 au 25 janvier 2005) et les marques de silicone ont été relevées tout au long de ce suivi afin d identifier les crevettes individuellement. Survie (%) 100% 90% 80% 70% 60% 50% 40% 30% Histogrammes représentant les effectifs par classe de poids des 2 populations et leurs distributions normales 20% 10% 0% 0:00 24:00 48:00 72:00 96:00 120:00 Temps post-infection B C D0 D1 D2 Survie de L. stylirostris en fonction de leur stade de mue au moment de l infection par V. nigripulchritudo SFn1 La survie observée pour les individus infectés en postmue (stade B) apparaît significativement inférieure aux autres. Ainsi, le temps moyen pour obtenir 50% de Rapport d activité 2005 du Département Aquacole en Calédonie 22

mortalité en postmue est de 1,79 jour contre 2,79 et 3,79 jours pour les crevettes respectivement en intermue et en prémue. Une comparaison des poids des crevettes survivantes ou mortes réalisée par la loi normale montre que le poids à l infection des individus morts est significativement supérieur au poids à l infection des individus survivants (Z = 2,45 > 1,96, p<0,05). Ce résultat, qui pourrait confirmer l existence d une phase critique dans le développement de L. stylirostris, devra être confirmé par des travaux complémentaires. WP3. Sous-tâche 1.6 : Conditions d'expression de la virulence et de la croissance Effet du ph et de la concentration en ammoniaque sur la croissance des pathogènes Le projet DESANS prévoit d étudier les conditions de la croissance et d expression de la virulence des souches de Vibrio pathogènes. Les courbes de croissance de bactéries peuvent être suivies en continu à l aide d un lecteur de microplaques thermorégulé par lecture de l absorbance à 600 nm. Cette technique a été utilisée pour évaluer l effet du ph et de la concentration en ion ammonium sur la croissance de Vibrio penaeicida AM101 (Syndrome 93) et de V. nigripulchritudo SFn1 (Syndrome d été). Vingt-quatre milieux de culture différents ont été produits à partir de gammes de 4 valeurs de ph et de 6 concentrations d ammoniaque (réalisées à l aide de NH 4 Cl). Les gammes de ph (6,4 à 8,0) et d ammoniaque (0 à 3 mm) ont été définies de manière à ce qu elles soient représentatives des valeurs observées in situ dans le sédiment. L osmolarité des différents milieux a été ramenée à une valeur identique par ajout de NaCl, afin de s affranchir de la variabilité de croissance liée à ce facteur. Un effet du ph sur la croissance de ces souches est nettement mis en évidence. Absorbance à 630nm 1,000 0,900 0,800 0,700 0,600 0,500 0,400 0,300 0,200 0,100 0,000 0:00:00 12:00:00 24:00:00 36:00:00 48:00:00 Temps (h) ph6.4, 1.5mM ph6.8, 1.5mM ph7.4, 1.5mM ph8.0, 1.5mM Absorbance à 630 nm 0,900 0,800 0,700 0,600 0,500 0,400 0,300 0,200 0,100 0,000 0:00:00 12:00:00 24:00:00 36:00:00 48:00:00 Temps (h) ph6,4, 1,5mM ph6,8, 1,5mM ph7,4, 1,5mM ph8,0, 1,5mM V. penaeicida AM101 V. nigripulchritudo SFn1 Effet du ph sur la croissance pour une concentration moyenne en ammonium (1,5 mm) En effet, plus le milieu est acide, plus la phase de latence est longue : à ph8.0, elle dure environ 5 heures alors qu à ph6.4 elle dure presque 10 heures pour les 2 souches étudiées. L effet sur la croissance d autres paramètres sera étudié à l aide de la même technique. Leur effet sur l expression des facteurs de virulence in vitro sera évalué ultérieurement, lorsque les outils moléculaires seront disponibles. Rapport d activité 2005 du Département Aquacole en Calédonie 23

WP3. Tâche 2 : Interactions entre paramètres de l'environnement et crevette Interaction de 2 facteurs environnementaux, l ammoniaque et l hypoxie, sur la physiologie de Litopenaeus stylirostris L un des principaux objectifs du programme DESANS est de comprendre les mécanismes qui affectent la résistance des crevettes et conduisent à la mortalité d une partie de la population. En effet, les mortalités ne peuvent s'expliquer par la seule présence du Vibrio, qui peut être observé dans les crevettes en dehors de tout épisode de mortalité (cas du syndrome 93), ou dans des fermes sans déclenchement de mortalité (cas du syndrome d'été). C'est plutôt l'interaction hôte-pathogène-environnement qui est suspectée conduire dans certains cas à la maladie. Les variations des facteurs environnementaux semblent avoir un impact sur les mortalités observées. Ces facteurs environnementaux pourraient stresser les crevettes, entraînant une baisse de leurs défenses immunitaires et augmenter ainsi leur sensibilité aux pathogènes. Le but initial de ce travail était d'étudier l'effet de deux perturbations environnementales cumulées sur la réponse physiologique et immunologique des crevettes juvéniles, et si possible sur leur résistance face à une infection expérimentale à une souche pathogène de V. nigripulchritudo (syndrome d'été), en fonction de leur stade de mue. Les deux perturbations choisies, l'ammoniaque et l'hypoxie, sont sub-létales lorsque prises séparément. Il s'agit de voir quel est leur effet lorsqu'elles sont associées. En effet, dans les bassins, les valeurs atteintes d'un paramètre déterminé ne sont pas forcément létales, mais il peut y avoir différents paramètres qui varient en même temps et auxquels la crevette doit répondre (oxygène dissous, ammoniaque, nitrites, ph, température, etc. ). Au total 7 expérimentations ont été conduites. Les crevettes, toutes issues du même bassin, ont été acclimatées pendant 4 à 8 jours à une densité de 25 à 32 crevettes par bac de 200l dans la salle d'infection expérimentale. Les poids moyens ont varié de 5.5 ± 0.1 à 9.4 ± 0.2 g. Dans le cadre de nos expérimentations, des aménagements spécifiques ont été réalisés : deux séries de deux bacs reliés entre eux par un tuyau et un tube PVC ont été placés en circuit fermé. Une pompe immergée (EHEIM compact 1000) assurait une circulation aller entre les deux bacs, le retour de l'eau se faisant par gravité via le tube en PVC sur lequel étaient positionnées des sondes oxygène et ph. La diminution du taux d'oxygène dissous était obtenue par bullage d'azote (Fig. 6), puis le seuil d'oxygène souhaité atteint était maintenu à ± 0,1 mg O 2 l -1 grâce à un régulateur à point de consigne (Consort multichannel controller R305). L'ammoniaque était obtenu par ajout de NH 4 Cl dans les bacs. Aménagement spécifique réalisé pour le contrôle de l'oxygène. Les deux bacs fonctionnent en circuit fermé. Le tuyau jaune est relié à une pompe immergée. Les flèches blanches indiquent la circulation d'eau entre les deux bacs. Deux bacs couplés Sondes oxygène et ph Régulateur/enregistreur Consort Rapport d activité 2005 du Département Aquacole en Calédonie 24

) 1 IFREMER NOUVELLE-CALÉDONIE H O 27.5 25.0 22.5 20.0 10.0 7.5 5.0 2.5 (+ NH 4 Cl) Bullage N 2 0.0-5 0 5 10 15 20 25 Temps (heures) Température ph Oxygène 27.5 25.0 22.5 20.0 10.0 7.5 5.0 2.5 0.0 Fig. 6: Cinétique de la température, du ph et de la concentration en oxygène dissous appliqué lors des expérimentations. Le bullage d'azote (N 2 ) permet de faire baisser rapidement la concentration en oxygène dissous dans les bacs. La flèche indique l'ajout de chlorure d'ammonium (NH 4 Cl) lorsque les bacs subissaient à la fois l'ammoniaque et l'hypoxie. Les crevettes ont été soumises à des concentrations en ammoniaque (NH 3, la forme la plus toxique) de 1,5 à 2 mg.l -1 et/ou en oxygène de 1 à 2 mg.l -1 pendant 24h. Les témoins étaient maintenus en normoxie et sans ajout d'ammoniaque. En fin d'expérimentation, les prélèvements d hémolymphe ont permis de mesurer la capacité osmorégulatrice (CO), les ions magnésium (Mg 2+ ), les ions calcium (Ca 2+ ), les protéines totales, l oxyhémocyanine (Oxy-hc), le glucose, le lactate, ainsi que le nombre total d hémocytes (THC). Dans nos expérimentations, les mesures ont été effectuées sur des crevettes en intermue et en prémue avancée. Le stade d'intermue représente le stade le plus stable physiologiquement, alors que le stade de prémue avancée, qui précède l'exuviation, est considéré comme plus fragile et plus sensible au stress, mais reste très peu étudié. Le stade de mue de toutes les crevettes (mortes ou vivantes) a été déterminé en fin d'expérimentation. Résultats Température ( C) Contrôle Ammo- niaque Principal stade de mue Hypoxie Principal stade de mue A+O2 Principal stade de mue E1 0.0 6.3 100% A 0.0-3.9 100% D2 E2 0.0 2.0 100% A 6.8 100% D2 100.0* tous E3 0.0 1.6 100% A 3.4 100% D2 20.6* 100% D2 E4 0.0 7.3* 60% A 5.1 100% ND 8.5* 80% D2 E5 0.0 1.6 100% ND 19.7* 60% D2 12.3* 100% D2 E6 0.0 0.0-11.4* 100% D2 26.1* 100% D2 Tableau 1: Mortalité dans les différents traitements et les différentes expérimentations (E1 à E6) pendant les 24h de l'expérimentation. Le pourcentage du principal stade de mue touché par les mortalités pour chaque traitement est indiqué (ND: stade de mue non déterminé). * Différence significative (Chi 2, p<0.05) Les mortalités observées (tableau 1) montrent un effet synergique du cumul des deux stress avec des mortalités touchant presque exclusivement les crevettes en prémue avancée (stade D 2 ), ou des crevettes en mue (stade A). Pas ou peu de mortalité a été observé pour chaque stress pris séparément. Dans l expérimentation 2, le cumul hypoxie (1 mg O 2 l -1 ) + ammoniaque (2.93 mg NH3 l -1 ) a conduit à 100% de mortalité. D autre part, pour une hypoxie donnée, il y a une relation linéaire entre la concentration en NH 3, indépendamment de la concentration en ammoniaque total, et les mortalités totales et du stade D2 spécifiquement (Fig. 7). L ammoniaque semble par ailleurs avoir accéléré le cycle de mue (résultats non montrés). Rapport d activité 2005 du Département Aquacole en Calédonie 25

M t lit (%) 80 Overall mortality mortality stage D 2 60 40 20 0 71.5 mg l -1 y = 57.6x - 37.1 r 2 = 0.86 34.2 mg l -1 y = 33.4x - 34.6 r 2 = 0.78 1.2 1.3 1.4 1.5 1.6 1.7 1.8 NH 3 (mg l -1 ) 35.8 mg l -1 44.0 mg l -1 Fig. 7 : Effet de l'ammoniaque nonionisé NH3 sur la toxicité de l'oxygène dissous (1.5 mg O2 l-1) pour des juvéniles de L. stylirostris. Données de 4 expérimentations (E1, E3, E5 et E7). Les équations et les coefficients de régression sont indiqués sur la figure, ainsi que les concentrations en ammoniaque total. Toutes les crevettes mortes étaient en stade D 2. L'effet des différents traitements sur les réponses physiologique et immunologique des crevettes dans le cadre d'une des expérimentations est présenté sur la figure 8. L étude de la réponse physiologique a mis en évidence un stress caractérisé principalement par une baisse de la CO pour les crevettes en intermue et en prémue avancée (figure 8A) pour les 3 traitements. Pour le stade D2, La baisse était plus prononcée dans le cas du cumul ammoniaque + hypoxie. Cette baisse de la CO s'est accompagnée d'une augmentation significative de la concentration en ions Mg2+ et Ca2 dans l'hémolymphe (figures 8B, C), une baisse de la concentration en protéines totales (figure 8F), alors que la glycémie n'a augmenté que pour l'hypoxie et l'ammoniaque pris séparément (figure 8D). Le lactate a diminué chez les animaux exposés à l'ammoniaque, alors qu'il a augmenté pour l'hypoxie et le cumul des deux stress (figure 8E). Pour le stade C, les différences sont moins marquées. Le cumul des deux stress s est surtout traduit par une augmentation du nombre de paramètres physiologiques donnant une réponse. La baisse du THC observée pour l'hypoxie et le cumul (figure 8H), et traduisant une baisse de la résistance immunitaire n a été observée que dans deux expérimentations sur six et demanderait à être confirmée. La résistance des crevettes stressées face à une infection à Vibrio nigripulchritudo a été testée lors d'une expérimentation. (souche SFn1 à 3.4 10 4 CFU/ml). Après 3 jours, les survies étaient de 78% pour les crevettes infectées, quel que soit le traitement initial, et 76% pour les crevettes non infectées, sans différence significative et sans effet de l'infection, peut-être lié à une température trop basse pour le Vibrio. En conclusion, ces résultats suggèrent fortement un effet de l'ammoniaque sur l'accélération du cycle de mue, un effet synergique de l'association hypoxie + ammoniaque sur la mortalité, un effet dose-dépendant du NH3, plus toxique que l'ammoniaque total, sur les mortalités pour une hypoxie donnée, une sensibilité plus grande des crevettes autour de la mue (mortalité, réponse physiologique). Au niveau immunologique, les résultats demandent à être confirmés par l'utilisation d'autres indicateurs immunologiques. En application à l'aquaculture, il serait intéressant de définir les valeurs seuils cumulées des paramètres hypoxie et ammoniaque (NH3). De manière plus générale, la gestion de l'écosystème bassin est importante et il apparaît nécessaire de limiter les variations des paramètres susceptibles de stresser les crevettes. Rapport d activité 2005 du Département Aquacole en Calédonie 26

CO (mosm.kg -1 ) -300-250 -200-150 -100 A a * A b * B b * B Stade D2 Stade C c * B Lactate (mg.dl -1 ) 80 60 40 20 E a A b A c B c * A -50 0 Ions Mg (mmol.l -1 ) 20 18 16 14 12 10 8 B a A b AB b AB b * B Protéines totales (mg.ml -1 ) 160 150 140 130 120 110 F a * b bc c * 6 100 C G Ions Ca (mmol.l -1 ) 25 20 15 a A a B b AB c B Oxyhémocyanine (mmol.l -1 ) 3.0 2.5 2.0 * * 10 1.5 Glucose (mg.dl -1 ) 80 60 40 20 D a b * b * a Hémocytes.ml -1 hémolymphe 6e+7 5e+7 4e+7 3e+7 2e+7 H a * a b b 0 Contrôle Ammoniaque Hypoxie A+O2 1e+7 Contrôle Ammoniaque Hypoxie A+O2 Traitements Traitements Fig. 8 : Moyenne (± SE) de la capacité osmorégulatrice (CO) (A), des concentrations en ions Mg (B), ions Ca (C), en glucose (D), lactate (E), protéines totales (F), oxyhémocyanine (G) et du nombre total d'hémocytes (H) dans l'hémolymphe de juvéniles L. stylirostris en stades C et D 2 en relation avec différents traitements: contrôle; ammoniaque (2.46 mg.l -1 NH 3 -N); hypoxie (1.4 mg O 2 l -1 ) ou ammoniaque (1.76 mg.l -1 NH 3 -N) combiné à l'hypoxie (1.9 mg O 2 l -1 ) (A+O2). Valeurs moyennes de 4-8 déterminations pour le stade C, et 9-17 déterminations pour le stade D 2. Pour chaque stade, les barres avec différentes lettres sont significativement différentes (p<0.05). * indique des différences significatives entre les stades C et D 2. Rapport d activité 2005 du Département Aquacole en Calédonie 27

Statut du stress oxydant chez la crevette Litopenaeus stylirostris Les radicaux libres sont des atomes ou molécules qui possèdent un électron non apparié. Cette particularité les rend aptes à réagir avec différentes molécules biologiques. La réactivité des radicaux de l oxygène est très variable selon la nature du radical. L anion superoxyde (O 2- ) et le monoxyde d azote (NO) sont moyennement réactifs alors que les radicaux peroxyls (ROO) ou le radical hydroxyl (HO) sont extrêmement réactifs. D autres espèces actives de l oxygène comme le peroxyde d hydrogène (H 2 O 2 ) ou le nitroperoxyde (ONOOH) tout en étant réactives ne sont pas pour autant des radicaux libres mais sont considérées comme des précurseurs de radicaux libres. L ensemble des radicaux et de leurs précurseurs est appelé espèces réactives de l oxygène (ERO). La production des ERO est régulée par des défenses anti-oxydantes pouvant protéger l animal contre leurs effets destructeurs. Dans les tissus sains, les défenses anti-oxydantes sont capables de faire face et de détruire les radicaux libres produits en excès. La balance antioxydants/prooxydants est alors en équilibre. Dans le cas où il y a déficit en antioxydants ou par suite d une surproduction de radicaux libres l excès de ces radicaux conduit au stress oxydant. La production excessive de radicaux libres sera responsable de lésions directes de molécules biologiques (oxydation de l ADN, des protéines, des lipides, des glucides). Cela concerne notamment les lipides de structure qui sont, chez la crevette, riches en acides gras poly-insaturés et de ce fait particulièrement sensibles à l oxydation par les radicaux libres. La formation de dérivés d oxydation dans les bicouches lipidiques des membranes cellulaires entraîne des perturbations de leur architecture qui peuvent altérer les fonctions des enzymes et des transporteurs pouvant aboutir à l altération de leur perméabilité. Au cours de la peroxydation lipidique, un nombre important d aldéhydes est formé. Ces aldéhydes sont le plus souvent très réactifs et peuvent augmenter les dommages initiaux dus aux ERO. Les systèmes antioxydants comprennent : (i) les molécules hydrosolubles (ex vitamine C, Glutathions) (ii) les vitamines liposolubles (ex vitamine E, β-carotène) et/ou (iii) les enzymes anti-oxydantes (ex catalase, superoxide dismutase, glutathion peroxidase). Certains antioxydants comme les vitamines E, C et caroténoides apportés par les aliments agissent en piégeant les radicaux libres et en captant l électron célibataire les transformant en molécules ou ions stables. Des composés antioxydants endogènes, notamment le glutathion réduit, jouent le même rôle que les vitamines. Parmi les antixoxydants endogènes nous avons les enzymes dont les principales sont les superoxydes dismutases (SOD) qui transforment l anion superoxyde (O 2- ) en peroxyde d hydrogène (H 2 O 2 ) par une réaction de dismutation, les catalases à cofacteur fer et les glutathions peroxydases à cofacteur sélénium. Ces deux dernières détruisent H 2 O 2 ainsi que les peroxydes organiques toxiques formés par oxydation des acides gras. Au DAC, le diagnostique du stress oxydant chez la crevette L. stylirostris, se fait par la mesure de 4 bio-indicateurs : les superoxydes dismutases (SOD), les glutathions total (GSHT) et oxydé (GSSG), la capacité anti-oxydante globale (TAS, Total Antioxidant Status) et enfin un dérivé d oxydation des lipides la malonaldéhyde (MDA). Le laboratoire, dans un futur proche, dosera également la catalase et les glutathion peroxydases. Rapport d activité 2005 du Département Aquacole en Calédonie 28

Effet de 2 régimes thermiques d élevage sur le statut du stress oxydant de Litopenaeus stylirostris Une étude a été réalisée sur la balance anti-prooxydant de la crevette soumise à un stress thermique. Les marqueurs de la défense anti-oxydante - la capacité antioxydante (TAS) -l activité de l enzyme SOD, - les glutathions (total, réduit et oxydé) et de la peroxydation des lipides, le MDA, ont été mesurés dans l hépatopancréas des crevettes soumises à deux régimes thermiques (Fig. 9). 30 28 T C optimale T C fluctuante descendante Fig. 9 : Evolution des températures en fonction du jour d élevage. Prélèvement des animaux ( ) Température ( C) 26 24 22 20 18 d 1 d 10 d 15 d 28 TAS, µmole. g -1 organe SOD, unité.g -1 organe MDA, nmole.g -1 organe 30 28 26 24 22 20 18 16 14 12 10 35 30 25 20 15 10 5 90 80 70 60 50 40 30 20 10 25-28 C 18-25 C d1 d10 d15 d28 18-25 C 25-28 C d1 d10 d15 d28 18-25 C 25-28 C d1 d10 d15 d28 Jours prélèvement A B C 16 d1 d2 d3 d4 d5 d6 d7 d8 d9 d10 d11 d12 d13 d14 d15 d16 d17 Jours d'élevage d18 d19 d20 d21 d22 d23 d24 d25 d26 d27 d28 d29 L abaissement de la température induit une diminution sensible du potentiel antioxydant (TAS). Cette diminution des défenses anti-radicalaires correspondrait à une réduction de l apport d antioxydants nutritionnels due à la perte d appétit des animaux exposés aux températures fraîches (Fig. 10A). Au 15ème jour de l expérience, les crevettes exposées au régime thermique descendant subissent un stress oxydant caractérisé par une chute de la superoxyde dismutase (Fig. 10B) et une élévation de la peroxydation des lipides révélée par une augmentation de la concentration en MDA (Fig. 10C). Le stress oxydant peut être relié dans ce cas aux variations thermiques qui sévissent les jours précédents. Au 28ème jour, les animaux ont récupéré du stress oxydant et retrouvé un nouvel équilibre entre la production de radicaux libre et les défenses anti-radicalaires. Fig. 10 : Evolution de la TAS (A), de la SOD (B) et du MDA (C) dans l hépatopancréas au cours de l élevage Effet de la saison sur les mortalités au transfert et la balance proantioxydante de Litopenaeus stylirostris De août 2003 à juin 2004, une fois par mois, une centaine d animaux (poids moyen = 18,3 ± 4,6) étaient transférés d un bassin d élevage aux bacs expérimentaux. La survie des Rapport d activité 2005 du Département Aquacole en Calédonie 29

animaux était alors notée 48h après leur transfert. La figure 11A montre l évolution de cette survie ainsi que celle des températures moyennes (matin et soir) en fonction du mois de prélèvement. La survie au transfert est maximale en saison chaude (Janvier, février et avril), tend à diminuer aux saisons intermédiaires (octobre, novembre et mai, juin) et devient faible en saison froide (juin à septembre). La figure 11B montre l existence d une corrélation positive entre la température d élevage et la survie des crevettes suite à leur transfert. Survie au transfert 1,2 1,0 0,8 0,6 0,4 1,4 1,2 A Août B Septembre Octobre Novembre Janvier Février Avril Mai Juini 34 32 30 28 26 24 22 20 18 Température Survie T C matin T C après midi Fig. 11 : Survie au transfert et températures moyennes en fonction du mois de prélèvement (A). Corrélation entre la température moyenne d élevage et la survie au transfert (B). Survie au transfert 1,0 0,8 0,6 0,4 0,2 0,0 18 20 22 24 26 28 30 32 Température matin, C L activité de la superoxyde dismutase (SOD) de l hépatopancréas suit la même évolution que la survie (Fig. 12A), elle est minimum en hiver (mai, juin, août et septembre) et devient maximum en été (novembre, janvier, février et avril). Fig. 12 : Evolution de la survie et le l activité superoxyde dismutage en fonction du mois de prélèvement (A). Corrélation entre la température d élevage et l activité SOD (B). Corrélation entre l activité SOD et la survie au transfert (C). Deux hypothèses peuvent expliquer cette évolution de la SOD, la première fait intervenir la température qui peut gouverner le niveau de l activité enzymatique. Il existe d ailleurs une corrélation positive entre la température ie Surv SOD, unité.g -1 organe Survie au transfert 1,2 1,0 0,8 0,6 0,4 120 100 80 60 40 20 0 18 20 22 24 26 28 30 32 1,4 1,2 1,0 0,8 0,6 0,4 A B C Août Septembre Octobre Novembre Janvier Février Avril Mai Juini Temperature, C 0,2 20 30 40 50 60 70 80 90 SOD, unité.g -1 organe r ²0,647 r ²0,549 90 80 70 60 50 40 30 20 SOD, unité.g -1 organe Survie SOD Rapport d activité 2005 du Département Aquacole en Calédonie 30

et l activité de la SOD (Fig. 12B). La seconde hypothèse fait intervenir le stress oxydant, et dans ce cas les faibles activités de SOD mesurées en hiver résulteraient de la destruction de l enzyme par un excès de radicaux libres. Cette seconde hypothèse semble confortée par la corrélation positive qui lie l activité de l enzyme et la survie des animaux au transfert (Fig. 12C). Survie au transfert 1,1 1,0 0,9 0,8 0,7 0,6 0,5 0,4 1,1 1,0 0,9 0,8 0,7 0,6 0,5 0,4 A B Août Septembre Octobre Novembre Janvier Février Avril Mai Juini Mois de prélèvement 1,6 1,4 1,2 1,0 0,8 0,6 0,4 0,2 0,0 120 100 80 60 40 20 0 GSSH/GSHT MDA Survie GSSH/GSHT Survie MDA Fig. 13 : Evolution de la survie et du rapport glutathion oxydé/ glutathion total (GSSH/GSHT) (A) et du MDA (B) en fonction du mois de prélèvement. Stress oxydant ( ) Par ailleurs, au mois de novembre, les animaux ont développé un stress oxydant caractérisé par (i) une forte élévation du rapport glutathion oxydé/glutathion total (GSSH/GSHT) (Fig. 13A) et (ii) un pic de production de malonaldéhyde (MDA) (Fig. 13B) qui indique une accentuation des dommages cellulaires. Ce stress oxydant serait la conséquence de la rapide augmentation des températures en sortie de saison froide provoquant une exacerbation du métabolisme oxydatif des crevettes et une surproduction de radicaux libres. Ce phénomène aboutirait à la péroxidation des lipides révélée ici par le pic de MDA et l intervention de la défense antioxydante qui se traduit par une élévation de l oxydation du glutathion. WP 3. Tâche 3 : Etude de la base génétique du caractère de sensibilité des crevettes Expression de gènes immunitaires et capacité de survie de L. stylirostris au pathogène V. penaeicida Grâce à des méthodes de biologie moléculaire qui pourraient faire l objet d un dépôt de brevet (cf. WP1. T2), il a été en particulier mis en évidence sur des crevettes d élevage de Nouvelle-Calédonie des profils d expression de certains gènes associés à une résistance à la bactérie V. penaeicida responsable du syndrome 93. Ces résultats, qui vont dans le même sens que ceux obtenus avec des méthodes de sélection «traditionnelles» dans des expérimentations menées à Saint Vincent, ouvrent des perspectives en terme d applications sur L. stylirostris, mais aussi peutêtre sur d autres espèces de crevettes pénéïdes. En fait, moyennant des expérimentations complémentaires, ces résultats pourraient ouvrir la voie à des méthodes de sélection dites «assistées par marqueur». Introduction de la souche de L. stylirostris d Hawaii Une des hypothèses explicatives de la sensibilité des crevettes aux syndromes d hiver et d été est leur faible variabilité Rapport d activité 2005 du Département Aquacole en Calédonie 31

génétique, mise en évidence dès 2001-2002. L étude de la base génétique de cette sensibilité (ainsi que la recherche de solutions de sortie de crise - WP4 T2) passe par l étude de la sensibilité d animaux génétiquement plus variables. L introduction de la souche Hawaiienne de L. stylirostris, programmée dans le projet DESANS afin d augmenter la variabilité génétique du cheptel calédonien, est une opération dont les modalités juridiques, techniques et financières devait intégrer les rôles des 3 types de partenaires calédoniens : - L UPRAC (Union pour la Promotion des Races Aquacoles de Nouvelle- Calédonie, créée en 2003) regroupe les écloseries et la majorité des fermes de crevettes. Elle assure la coordination de l opération d importation de sang neuf sous tous ses aspects et a négocié la souche avec le fournisseur privé Hawaiien. - La DAVAR (Direction des Affaires Vétérinaires Alimentaires et Rurales) assure le contrôle zoosanitaire de l opération (définition des règles sanitaires d introduction, validation de la quarantaine de l UPRAC, contrôle de son fonctionnement) - L IFREMER (Institut Français de Recherche pour l Exploitation de la MER) apporte son expertise en : o Génétique pour la définition des normes génétiques d importation et l exploitation de la variabilité génétique introduite o Zootechnique pour la définition, la mise en place et le fonctionnement de la quarantaine (cf. WP1-T3) Cette introduction s est déroulée en 2005 suivant les modalités définies dans les contrats de coopération signés entre l Ifremer et l UPRAC-NC. Quatorze des 16 familles biparentales produites par le fournisseur Hawaiien fin 2004 suivant le plan de croisement préconisé par l Ifremer à partir des 11 familles de la génération précédente ont été marquées par injection de silicone coloré avant expédition. Les deux dernières n ont été marquées qu après avoir atteint le poids moyen de un gramme en quarantaine. Les contrôles zoosanitaires effectués durant les 5 mois de quarantaine sous la responsabilité de la DAVAR ont permis de montrer que les animaux importés étaient exempts des pathogènes suivants, ce qui a permis de lever les conditions d'isolement. Syndrome de Taura (TS), Maladie de la tête jaune (YHV, GAV, LOV), Maladie des points blancs (WSSD), Baculovirose tétraédrique (Baculovirus penaei) (BP), Baculovirose sphérique (baculovirus spécifique de Penaeus monodon) (MBV), Nécrose hypodermique et hématopoïétique infectieuse (IHHN), Virose létale des géniteurs, Nécrose intestinale à baculovirus (BMN), Parvovirose de l'hépatopancréas (HPV), Nécrose de l'hépatopancréas (NHP), Microsporidies, Haplosporidies Grégarines. A l issue de la quarantaine en Août (cf. WP1-T3), 135 mâles et 136 femelles représentant les 16 familles livrées ont été transférées dans 2 bassins de terre à l Ifremer pour atteindre le stade de géniteurs, tandis que 233 animaux sont restés en Rapport d activité 2005 du Département Aquacole en Calédonie 32

élevage dans la structure de quarantaine de l UPRAC afin de répartir les risques de perte de ce cheptel. 50 45 40 35 30 25 20 15 10 5 0 femelles Ifremer 10-août mâles Ifremer 10-août F8.01 F8.02 F8.03 F8.04 F8.05 F8.06 F8.07 F8.08 F8.09 F8.10 F8.11 F8.12 F8.13 F8.14 F8.15 F8.16 50 45 40 35 30 femelles UPRAC 10-août mâles UPRAC 10-août 25 20 15 10 5 0 F8.01 F8.02 F8.03 F8.04 F8.05 F8.06 F8.07 F8.08 F8.09 F8.10 F8.11 F8.12 F8.13 F8.14 F8.15 F8.16 Effectifs des 16 familles Hawaiiennes introduites à la date du transfert d environ la moitié du cheptel dans les installations de l Ifremer La survie des individus hawaiiens en bassins terre entre la sortie de quarantaine et la rentrée en salle de maturation en octobre 2005 a atteint 95%, l intégralité des 16 familles étant représentées. Afin de ne pas stresser les animaux et pour ne pas hypothéquer la reproduction d aucune des 16 familles, aucun échantillonnage n a été fait à ce stade. Cependant il est à noter que l observation visuelle de ces animaux a suggéré leur fort potentiel de croissance, leur retard en sortie de quarantaine semblant rattrapé. Compte tenu qu il n y a pas lieu de penser Reproduction, multiplication qu une famille hawaiienne ait été et pré-testage de la souche de L. stylirostris d Hawaii particulièrement fragile (Fig. 14 : les survies familiales pendant les 15 premiers jours après transfert en avion ne sont pas corrélées aux survies ultérieures jusqu à la sortie de quarantaine), plusieurs objectifs ont été assignés à la première reproduction de la souche Hawaii en Nouvelle-Calédonie : - Reproduire chacune des 16 familles importées par au moins un mâle ou une femelle - Produire une nouvelle génération de la souche Hawaii structurée en au moins 16 familles biparentales à généalogie connue, en limitant le plus possible la consanguinité et en équilibrant le plus possible les contributions des familles nées à Hawaii en 2002, date à partir de laquelle les croisements effectués ont été enregistrés. - Constituer à partir de ces familles de nouvelle génération : Rapport d activité 2005 du Département Aquacole en Calédonie 33

o Un stock de futurs reproducteurs de généalogie connue (avec marquage des animaux) o un ou plusieurs stocks de futurs reproducteurs hawaiiens pour les écloseries privées o une population issue du mélange des familles pour le testage de la souche - Croiser des animaux hawaiiens avec des animaux calédoniens pour produire une population «hybride» pour le testage de l hypothèse d hétérosis. Fig. 14 : survie des familles hawaiiennes introduites après transfert en quarantaine et survie ultérieure survie ultérieure 100% 90% 80% 70% 60% 50% 40% 30% 20% 10% 0% 0% 10% 20% 30% 40% 50% 60% 70% 80% 90% survie durant les 15 premiers jours de quarantaine La figure 15 rend compte des croisements effectués au sein de la souche Hawaii depuis 2002 jusqu en 2005, c'est-à-dire de la 6ème à la 9ème génération de domestication de la souche : 22 familles ont été produites en 2005, et sont issues de l intégralité des 16 familles introduites. Les croisements pratiqués ont permis aux 4 familles de 6ème génération de contribuer à chacune de ces 22 familles de 9ème génération, et que leurs contributions respectives soient équilibrée au sein de 10 de ces 22 familles. Un total de 631.000 nauplii 100% hawaiiens issus de 22 croisements différents et 165.000 nauplii hybrides issus de 11 croisements d hybridation ont été mis en élevage. La survie larvaire a été satisfaisante puisque en fin d élevage larvaire, 213.000 PL pures Hawaiiennes et 81.000 PL hybrides étaient disponibles. Compte tenu des objectifs, seulement 175.000 PL 100% hawaiiennes et 59.000 hybrides ont été ensemencées en nurserie. De là, plus de 92000 PL25 (en fait 20 à 29) pures hawaiiennes ont été ensemencées dans 2 bassins en terre à Saint-Vincent, dans des bacs de prégrossissement familial et dans 2 écloseries privées à Bourail et Moindou. Un bassin de Saint-Vincent a également reçu 30.000 PL20 hybrides. Parallèlement 12 familles biparentales de souche Calédonienne ont permis d ensemencer un bassin destiné à fournir des animaux témoin pour la phase de testage à venir Ainsi : - la souche Hawaii est maintenant répartie sur 3 sites différents ce qui représente un élément de sécurité et permet de considérer que la phase d introduction en calédonie est achevée. - des représentants de 21 des 22 familles hawaiiennes ont été prégrossis en bacs familiaux en vue d un double marquage par injection de silicone début 2006 qui permettra de les mélanger tout en Rapport d activité 2005 du Département Aquacole en Calédonie 34

gardant la possibilité de les distinguer (photo). Ces animaux marqués constitueront le nouveau stock de futurs reproducteurs à l Ifremer. - 3 populations (Hawaii, Hybrides, calédonie) étaient en phase de prégrossissement fin décembre 2005 pour atteindre le poids moyen de 1gramme nécessaire au marquage préalable au mélange des populations pour le testage prévu en 2006. Fig. 15 : Généalogie des familles de souche Hawaiienne de la 6 ème génération née en 2002 à Hawaii à la 9 ème génération née en 2005 à la station Ifremer de Saint-Vincent F9.511 F8.04 F9.525 F7.04 F7.05 F8.07 F9.521 F8.02 F9.518 F7.06 F8.06 F9.524 F7.03 F9.523 F6.yellow F8.03 F8.01 F9.522 F7.08 F6.green F7.10 F8.08 F8.05 F9.529 F9.508 F9.517 F9.512 F6.red F7.07 F7.01 F8.16 F8.14 F9.530 F9.npg F9.520 F6.purple F7.11 F8.09 F8.12 F9.528 F9.507 F8.15 F9.510 F7.02 F9.509 F8.11 F9.526 F7.09 F8.13 F9.527 F8.10 F9.513 F9.514 WP4 : Sortir de la crise, les solutions potentielles WP 4. Tâche 1 : Pratiques culturales et gestion du bassin WP4. Sous-tâche 1.1 : Gestion des milieux d élevage Infection de crevettes après exposition à différents fonds de bassins Il avait été montré en 2004 qu une concentration élevée en ions Ca2+ ralentissait la croissance in vitro des souches de Vibrio nigripulchritudo. Parallèlement, des amendements calcaires étaient effectués par les fermes affectées par le Syndrome d été (initiatives privées). Nous avons voulu évaluer, en expérimentation, l effet de l exposition des crevettes à différents sédiments sur leur sensibilité à une infection expérimentale à V. nigripulchritudo souche SFn1. Rapport d activité 2005 du Département Aquacole en Calédonie 35

Les crevettes Litopenaeus stylirostris ont été marquées au silicone coloré, puis exposées pendant 1 semaine à 4 types de fond (tannes, schiste, calcaire et fond nu, préalablement «marinisés» par immersion pendant 10 jours) dans des bacs de 2 m 3. Elles ont ensuite été transférées en salle expérimentale et infectées mélangées (reconnaissables par le marquage) par balnéation dans une suspension de V. nigripulchritudo SFn1 à 10 5 UFC/mL durant 2h. Les mortalités post-infection ont été suivies durant 7 jours. Les survies obtenues (Fig. 16) montrent que le sédiment calcaire testé n a pas favorisé la résistance des crevettes à l infection par V. nigripulchritudo dans les conditions de l expérience. De fait, aucune différence significative entre les survies obtenues sur les différents types de fond n est démontrée. Survies (%) 100% 90% 80% 70% 60% 50% Fig. 16 : Survie de Litopenaeus stylirostris infectées par V. nigripulchritudo SFn1 après exposition à différents types de sols. 40% Toutefois, les crevettes 30% 20% 10% heures post-infection 0% 0:00 24:00 48:00 72:00 96:00 120:00 144:00 168:00 exposées à un sédiment calcaire ont une survie significativement moindre que celles stabulées sur les tannes (fond de bassin Fond Nu Calcaire Schiste Tannes classique des fermes calédoniennes). Les tannes semblent, dans notre expérience, constituer le sédiment le plus favorable à la crevette. Ainsi, les résultats ne confirment pas, dans ces conditions, les hypothèses testées à la demande de la profession. Il convient toutefois de noter que ce dispositif expérimental dissocie l exposition aux différents types de fond de l exposition au pathogène et n évalue donc notamment pas les interactions entre le pathogène et les sédiments testés. La ferme de SODACAL, conçue à l origine L exemple de Sodacal comme une ferme de démonstration pour le développement d une filière d aquaculture de crevettes en Nouvelle-Calédonie a connu une phase de croissance exponentielle de sa production de 1984 à 1992 (jusqu à 400 t), puis une chute brutale en 1993 (250 t) qui s est prolongée jusqu en 1997, enfin une reprise à partir de 1998 pour arriver à une stabilisation autour de 400 t depuis 1999. Plusieurs hypothèses ont été évoquées dès 1993 pour expliquer la chute de production: (i) l émergence de la bactérie Vibrio penaeicida (c est l année d apparition du «syndrome 93»), (ii) le vieillissement généralisé des fonds de bassins, (iii) une dérive zootechnique, (iiii) un appauvrissement génétique de la souche. Une étude se proposant de montrer des causes qui ont provoqué cette chute de production ainsi que les facteurs qui ont permis la reprise d une activité économiquement rentable a été réalisée en 2005. Cette étude présente enfin quelques conseils de bon sens pour éviter que de tels phénomènes ne se reproduisent ailleurs. Rapport d activité 2005 du Département Aquacole en Calédonie 36

Scénario épidémiologique A la lumière des éléments apportés par cette étude, on peut construire un scénario épidémiologique pour expliquer ce qui s est passé pendant les «années noires» de SODACAL. L érosion éolienne a produit des zones d érosion et d accumulations, qui pour des raisons économiques n ont pas été éliminées. Ces zones d accumulation, qu il était impossible d assécher par des assecs (eux-mêmes raccourcis), se sont enrichies au cours du temps en matière organique sous l effet d une «mauvaise gestion» d un aliment de qualité médiocre à l époque, mauvaise gestion accentuée par l encouragement à produire de gros animaux, et donc à avoir des élevages plus longs, des charges et des quantités d aliments plus importantes en fin d élevage. Ces deux phénomènes (accumulation sédimentaire et excès de matière organique) ont contribué à créer des foyers «infectieux» favorables au développement de Vibrio penaeicida et/ou à l acquisition d une virulence plus forte et en même temps peu propices au bien être des animaux (faibles teneurs en 02, émission d ammonium, de sulfures ) Parallèlement, l utilisation accrue de juvéniles, stade plus sensible que les post-larves a augmenté les chances d infection des individus par V.penaeicida. A un degré moindre, le recul de l âge des post-larves est intervenu de façon similaire. Enfin, l ensemencement des animaux pré-grossis par transfert relativement brutal dans les bassins a contribué au stress des animaux et à leur infection par V. penaeicida. Si l on ajoute à cette série de facteurs, des conditions météorologiques atypiques pour la Nouvelle-Calédonie (sécheresse prolongée de 1990 à 1994, pluies diluviennes au début de 1993), on peut penser que le syndrome 93 à V. penaeicida existait déjà bien avant 1993 à la SODACAL. A l image de ce qui s est passé à SF pour le V. nigripulchritudo, la ferme a pu sélectionner, «cultiver» et favoriser l infection systématique d un nombre important d animaux par V. penaeicida. Facteurs ayant permis une réhabilitation du site Un important travail du sol a été réalisé à partir de 1995, ce qui a permis d éliminer les accumulations et de combler les dépressions. En 1997, la ferme avait retrouvé une topographie des sols permettant un fonctionnement «normal» des élevages avec des assecs vrais et prolongés. La zootechnie a été modifiée en profondeur : abandon des ensemencements de juvéniles «pré-grossis», abandon du jour de jeûne, retour à une capacité de pompage importante, augmentation du nombre et standardisation du suivi des restes d aliment sur mangeoires, standardisation des densités autour de 20/m² ; maintien d une biomasse maximale de 250 g/m² par des récoltes partielles raisonnées. Enfin, les excellentes productions de 1998 à 2000 ont également pour origine le choix de périodes d ensemencement les plus favorables de l année. Recommandations et recherches L historique sur 20 ans de cette ferme illustre la notion de durabilité de la crevetticulture en Nouvelle-Calédonie. Le retour du potentiel de production des bassins de la SODACAL est porteur d espoir pour les fermes actuellement en difficulté. Cette analyse met en lumière le caractère fragile d un bassin de production en terre, écosystème soumis à de très fortes contraintes par un producteur qui doit établir un équilibre précaire entre des compartiments qui évoluent avec l enrichissement par l ajout d aliment, le métabolisme des crevettes, la dilution par le renouvellement et la température. Quand l équilibre est détruit, le temps que l écosystème met à retrouver une capacité de production «normale» est beaucoup plus long que la durée de la gestion pénalisante. De sorte que les nouveaux aquaculteurs qui n ont pas l expérience des «pionniers» doivent Rapport d activité 2005 du Département Aquacole en Calédonie 37

s imprégner de cette notion «d écosystème instable» pour gérer de manière durable leur outil de production. Quelques conseils de bon sens sont donnés à leur attention dans le rapport pour éviter de tomber dans la spirale infernale des syndromes récurrents. WP4. Sous tâche 1.2 : l alimentation Afin de lutter contre les vibrioses en Utilisation de probiotiques aquaculture, l utilisation d additifs alimentaires comme les probiotiques apparaît aujourd hui comme une stratégie sérieuse et très prometteuse. Plusieurs de ces produits ont d ores et déjà été testés sur les crevettes à travers le monde et ont notamment permis de limiter voire de supprimer les mortalités d origine bactérienne. En 2005, le DAC a poursuivi l évaluation par voie alimentaire du Bactocell PA 10 (Pediococcus acidilactici MA 18/5 M), probiotique commercialisé par la société LALLEMAND. Le test a été réalisé à deux niveaux d inclusion (106 et 107 UFC par gramme de granulé) chez des crevettes sub-adultes élevées en entrée de saison froide. Parmi les critères d évaluations retenus pour cette étude nous avons choisi de présenter la survie au stress de transfert et la microflore du tube digestif. Sachant que nous avons confirmé au cours de cette étude l effet positif du Bactocell sur la croissance des animaux. En hiver, les crevettes exposées aux températures fraîches éprouvent des difficultés à récupérer des profondes perturbations ioniques et Température - C Nombre d'animaux morts Températures 30 29 A 28 Transfert des animaux 27 26 25 24 23 22 21-4 -2 0 2 4 6 8 10 12 14 16 18 20 22 24 26 28 30 32 34 36 5 4 3 2 1 Mortalités 0-4 -2 0 2 4 6 8 1012141618202224262830323436 5 4 3 2 1 0-4 -2 0 2 4 6 8 1012141618202224262830323436 5 4 3 2 1 Témoin Bactocell 10 6 Bactocell 10 7 0-4 -2 0 2 4 6 8 1012141618202224262830323436 Jours d'élevage B C D respiratoires induites par leur manipulation au cours de leur transfert du bassin de terre aux installations expérimentales (Thèse Wabete, 2005). Ces perturbations physiologiques sont à mettre en relations avec un pic de mortalités, qualifié de «syndrome 93 induit», très généralement observé 48 heures après le transfert des animaux. Le «S93 induit» a été observé au cours de cette expérimentation (Fig. 17), notamment dans le lot témoin (Fig. 17B). Les mortalités sont très atténuées dans le lot traité au Bactocell à une concentration de 106 (Fig. 17C) alors qu elles sont inexistantes dans le lot traité au Bactocell 107 (Fig. 17D). Dans ce dernier lot seulement 3 mortes ont été relevées à partir du 22ème jour d élevage, cette petite mortalité peut être reliée à l importante chute de température entre les jours 20 et 24 (Fig. 17A). Fig. 17 : Evolution de la température de l eau d élevage (A) et du nombre d animaux morts retrouvés au cours de l expérimentation en fonction du traitement (B, C et D). La figure 18 présente le nombre total de bactéries et de vibrios dans le tube digestif des crevettes après 16 jours (Fig. 18A et 18B) et 30 jours (Fig. 18C et 18D) d expérimentation chez les animaux témoins et les animaux recevant deux fois par Rapport d activité 2005 du Département Aquacole en Calédonie 38

jour du Bactocell à une concentration de 107. Après 30 jours de traitement par le probiotique, la flore totale et la flore vibrionacée du tube digestif sont significativement inhibées avec respectivement p = 0,03 et p = 0,003. Le tube digestif représente une voie d infection très probable de la crevette par les vibrios pathogènes. L inhibition de la flore vibrionacée du TD par le probiotique contiendrait le développement du pathogène et empêcherait l infection de la crevette. Cette hypothèse expliquerait la meilleure survie de la population d animaux nourris avec un aliment complémenté en Bactocell obtenue au cours de cette expérimentation. Bactéries totales Vibrio Après 16 jours de traitement 10,0 A Témoin Bactocell 10 7 9,5 B CFU.g -1 d'intestin frais 9,0 8,5 8,0 10,0 9,5 9,0 C Après 30 jours de traitement D Témoin Bactocell 10 7 8,5 8,0 Fig. 18 : Nombre de bactéries totales (A et C) et de bactéries vibrionacées (B et D) après 16 jours (A et B) et 30 jours (C et D) d expérimentation chez les animaux témoins et les animaux traités au probiotique. WP4. Tâche 2 : Rechercher des souches de crevettes résistantes aux Vibrios Evaluation d espèces de crevettes locales en termes de résistance aux vibrio Un stock de crevettes sauvages Metapenaeus ensis a été infecté en conditions contrôlées par V. nigripulchritudo afin de tester la spécificité du pouvoir pathogène de la souche SFn1 de cette bactérie. Les résultats exposés dans le chapitre WP3-T1 ont permis de conclure à la résistance de cette espèce vis-à-vis de cette bactérie. Bien que sans application pratique compte tenu de la faible croissance de cette espèce, cette expérience démontre l intérêt qu il y aurait à évaluer la résistance d autres espèces locales à fort potentiel aquacole (P. semisulcatus et P. monodon notamment). Ils posent aussi la question de savoir si la pathogénicité de ce vibrio, qui n est donc pas générale chez toutes les espèces de crevettes, est avérée pour toute l espèce L. stylirostris où si elle est limitée à la souche de L. stylirostris calédonienne dont les caractéristiques génétiques sont particulières, sa faible variabilité pouvant correspondre à la perte d allèles de résistance (fixation de gènes de sensibilité). Rapport d activité 2005 du Département Aquacole en Calédonie 39

Sélection génétique pour la résistance au Syndrome 93 Les essais de sélection phénotypique au sein de la population calédonienne sur un critère de survie lors des crises de mortalités de type syndrome 93 ont été prolongée sur une 5ème génération en 2005, conformément à ce qui avait été décidé en 2004. La figure 19 résume le protocole de sélection suivi, qui repose sur l hypothèse que les conditions traditionnelles de production de géniteurs en Calédonie, caractérisées par de faibles densités d élevage ne peuvent vraisemblablement pas induire de pression de sélection favorisant la sélection spontanée d une résistance à V. penaeicida, les mortalités s observant essentiellement à forte densité d élevage. Fig. 19 : principe du schéma de sélection pour la résistance au syndrome 93 Les 3 séries d infections expérimentales à V. penaeicida pratiquées en 2005 sur des animaux sélectionnés et des animaux témoins ont permis de conclure à une augmentation moyenne de 35% du nombre d animaux survivants en fin d infection, significative au seuil de 6%. La synthèse des données d infection sur l ensemble des 5 générations témoin et sélectionnées depuis le début de cette opération met en évidence que dans 19 cas 25, la survie des animaux sélectionnés est supérieure à celle des témoins (test de rang significatif) ce qui démontre un effet positif de la sélection sur la résistance à V. penaeicida. Parallèlement, dans 2 bassins de grossissement où ont été mélangés après marquage des animaux sélectionnés et des animaux témoins suivis, la survie des sélectionnés est de 27% et 38% au lieu de 20% et 29% respectivement pour les témoins. Ceci correspond à une augmentation du nombre de survivants de 36% et 32%, et confirme les résultats obtenus en salle d infection (Fig. 20). Fig. 20 : Survies observées en bassins de grossissement après 148 jours d élevage et amélioration du nombre de survivants Survie finale 40% 30% 20% 10% 0% Non Selectionnés Selectionnés +32% +36% B-1 B-2 Rapport d activité 2005 du Département Aquacole en Calédonie 40

Ces résultats, présentés à la profession et synthétisés dans une fiche biotechnique, permettent de conclure que l élevage de géniteurs à faible densité, s il maximise les performances de reproduction, ne semble pas optimiser la qualité de la descendance du fait des faibles pressions de sélection qui s exercent vis-à-vis du syndrome 93. Les améliorations significatives du nombre d animaux survivant aux infections et aux épisodes de mortalité en bassin restent faibles en valeur absolue à la 5ème génération de sélection expérimentale en conditions d élevage, mais sur le long terme la stratégie testée pourrait se révéler efficace. WP4. Tâche 3 : Evaluation des risques de mortalité en élevage WP4. Sous-tâche 3.3 : Mise en place d une base d suivi et de diagnostic e données de Le logiciel Stylog module ferme est maintenant STYLOG module ferme installé sur 14 fermes dont 7 l'utilisent en routine. Ce logiciel nous a permis de collecter jusqu' à aujourd'hui 700 000 données zootechniques, physico-chimiques sur l' ensemble de la filière crevette de Nouvelle-Calédonie. La version 3.0 est maintenant disponible. Cette version a pour objectif de sensibiliser les aquaculteurs à la validation de leurs données. Une nouvelle fonction permet de verrouiller les don nées des élevages terminés de façon à éviter les erreurs de frappes, ou suppressions malencontreuses. De nombreux petits bugs constatés par les utilisateurs ont été corrigés au cours de l'année. Cette version est également plus sûre (code Visual Basic protégé, accès aux tables de la base de données verrouillé ). Le formulaire d'identification permet maintenant d'intégrer plusieurs utilisateurs disposant de mots de passe et de droits différents. Tous les graphiques ont été reformatés de façon à les rendre plus lisibles tant pour les aquaculteurs que pour les agents Ifremer lors de la réalisation de diagnostics. Certaines courbes théoriques (aération, renouvellement d'eau) ont également été ajoutées afin d'aider les aquaculteurs dans leurs prises de décisions. Enfin, tous les graphiques sont exportables par simple copier/coller vers les tableurs et logiciels de traitement de texte courant, de façon à faciliter les échanges d'informations avec l'ifremer, les services vétérinaires ainsi qu'avec les autres aquaculteurs. Rapport d activité 2005 du Département Aquacole en Calédonie 41

La maintenance des logiciels installés sur fermes a nécessité une 20aine d'interventions pour installation, mise à jour, formation ou récupération des données pour la sauvegarde à l'ifremer. STYLOG module écloserie Une première version du module écloserie est en cours de réalisation, sur la base du cahier des charges établi au cours de la réunion du 24/11/2004. Développé sous Access, ce module se veut le plus simple possible d'utilisation. Pour cela, un écran commun aux différentes phases d'élevage a été créé. Il regroupe toutes les informations du bac ou bassin, à savoir l'origine des animaux, les données de suivi journalier (physico-chimiques, zootechniques, alimentation ) et la destination des animaux. Ce logiciel devrait être mis en service pour la prochaine campagne de production, avec l'arrivée des premières crevettes hawaïennes et hybrides. Rapport d activité 2005 du Département Aquacole en Calédonie 42

Chapitre 3 Activités hors projet DESANS Génétique Le test de performances en conditions pilote de la population sélectionnée sur un critère de croissance précoce et de son témoin non sélectionné de l écloserie du Nord a été reporté à 2006 pour des raisons logistiques. Écloserie Utilisation de probiotiques en élevage larvaire En 2005, les essais en élevage larvaire ont uniquement porté sur la substitution des antibiotiques par les probiotiques. La possibilité de produire des postlarves sans aucune substance médicamenteuse reste un défi majeur pour la filière aquacole calédonienne et pour son image commerciale. De plus en plus de probiotiques à usage aquacole sont mis sur le marché. Le LAC en a expérimenté trois : - SPC 2004 de Sorbial, à base de souches inactivées de Lactobacillus (probiotique au sens large) ; - le Bactocell de Lallemand, composé également de Lactobacillus mais vivants ; - le MIC de INVE ; qui est un complexe de 3 Bacillus. Les suivis se sont principalement focalisés sur la survie et la croissance en cours d élevage ; un seul produit (SPC 2004) a fait l objet d une étude approfondie de son action sur la flore bactérienne de l eau d élevage, des crevettes ainsi que sur l activité digestive des animaux dans le cadre d un stage contractualisé avec la société Sorbial en collaboration avec le LPI de Brest. Par rapport aux questions restées en suspens l an dernier, les conclusions qui ont pu être tirées de ces essais sont les suivantes : - l utilisation directe des probiotiques dans le milieu d élevage est la voie la plus simple; en effet, leur introduction par la voie alimentaire est trop contraignante d un point de vue technologique (taille des microparticules, modification du régime alimentaire en cours d élevage ). - les doses efficaces sont différentes en fonction des probiotiques (2. 10 7 cfu/l pour le Sorbial, 3. 10 7 cfu/l pour Lallemand et 5. 10 7 cfu/l pour INVE) avec une fréquence d administration journalière. - comme les antibiotiques, les probiotiques ont une action préventive en élevage larvaire dans la première partie de l élevage larvaire (jusqu à J9 ; cf. Figure 21). Leur utilisation permet de minimiser les fluctuations importantes de la survie par rapport aux bacs témoins. Comparées à la survie de ces derniers, la survie est de 1,5 à 2 fois plus élevée lorsqu on ajoute des probiotiques dans l eau d élevage. - Le développement de la flore vibrionacée semble être freiné au sein de la larve (pas forcément dans l eau d élevage) lorsque les probiotiques ou les Rapport d activité 2005 du Département Aquacole en Calédonie 43

antibiotiques sont administrés (Fig. 22). Cependant, l action des probiotiques comme des antibiotiques sur les diverses populations microbiennes est difficile à évaluer. Les méthodes d analyse et les techniques biomoléculaires (électrophorèse en gradient de température) sont encore difficiles à appliquer dans le cadre de l élevage larvaire. - l activité digestive semble être supérieure pour les animaux ayant reçu des probiotiques. La production de trypsine est augmentée de 59 % par rapport au témoin dans les heures qui suivent la première administration de proies vivantes. 100 80 60 40 Survie (%) Fig. 21 : Survies larvaires de L. stylirostris à J9 en fonction du traitement prophylactique (S2 = Sorbial à 2. 10 7 cfu/l, L3 = Lallemand à 3. 10 7 cfu/l, I5 = INVE à 5. 10 7 cfu/l). 20 0 Témoin Erythro S2 L3 I5 Fig. 22 : Evolution de la flore vibrionacée en élevage larvaire de L. stylirostris en fonction du traitement préventif. 1e+5 1e+4 1e+3 1e+2 1e+1 CFU/larve Témoin Erythro S2 J2 J4 J9 Si la survie à J9 des élevages larvaires avec les probiotiques a été bonne en 2005, la seconde partie de l élevage larvaire, plus précisément la phase post-larvaire, n est pas totalement maîtrisée. En effet des signes de faiblesse apparaissent aux alentours de 2-14 jours d élevage, après les premiers changements d eau journaliers. Il conviendra d ajuster les doses de probiotiques pour tenir compte de ces changements environnementaux. Évaluation de la qualité des post-larves Avant l ensemencement des bassins, les postlarves sont essentiellement qualifiées en fonction de leur âge, leur développement (formule rostrale), leur aspect (couleur, forme ) et leur comportement (activité, mode de vie ). A priori, les juvéniles ainsi envoyés sur les fermes sont donc considérés de bonne qualité. Cependant, des mauvaises survies dans les jours qui suivent l ensemencement ou à la pêche du bassin sont parfois observées et la robustesse des PL est parfois mise en doute. Il était donc opportun de déterminer si d autres critères morphologiques ou des critères physiologiques pouvaient renforcer la fiabilité de l estimation de la qualité de l animal. La résistance aux chocs de salinité est un critère couramment utilisé en crevetticulture pour déterminer la qualité des animaux avant leur ensemencement dans les bassins. A partir de la littérature, un protocole sur le stress salin a été mis en place. Cinquante animaux sont immergés directement dans un récipient de 500 ml à une salinité donnée ; 4 salinités (3, 7, 10 et 35 ppm) avec 3 réplicats sont maintenues pendant 1 heure. Le nombre d animaux morts ou sub-claquants est dénombré à l issue du test. Les résultats montent que la résistance au stress salin est augmentée avec l âge des animaux chez L. stylirostris, les Pl ayant les formules rostrales les plus développées résistent mieux au test (Fig. 23); ce résultat va dans le Rapport d activité 2005 du Département Aquacole en Calédonie 44

même sens que ceux obtenus au COP sur L. vannamei, dont la tolérance à la salinité s accroît avec l âge. Distribution des formules rostrales (FR) observées à P18 35% % observé pour chaque FR 30% 25% 20% 15% 10% 5% FR avant test % FR mortes Fig. 23 : Répartition des formules rostrales de la population avant le test de salinité (en bleu) et répartition des formules rostrales des mortes après le test. 0% [4-0] [5-0] [5-1] [6-1] [6-2] [7-2] [8-3] FR Parmi les mesures morphologiques supplémentaires, la taille et le poids de la population ainsi que leur distribution et le rapport muscle/tube digestif du dernier segment abdominal ont été évalués sur les populations de post-larves sorties des différentes écloseries du Territoire. Des tests de résistance au choc de salinité ont été effectués sur ces mêmes lots. Le tableau suivant donne les résultats de ces mesures et observations. Ces données devront être rapprochées des survies finales en bassins. Mara Nord LAC LAC probio Date 22/12/2005 16/11/2005 14/12/2005 12/12/2005 Age P20 P23 P23 P23 % Pl de FR> [6-2] 73,4 100 83,3 100 Taille (mm) 13 14,3 13 13,8 Ecart de taille (mm) 2,4 1,6 3,1 2,1 Poids (mg) 15,3 14,8 8,8 16,1 Ecart de poids (mg) 8,6 4,8 7,6 11 Rapport muscle/td 6,04 7,29 5,67 14,1 Mortalité à 3 ppt (%) 55,4 57,3 45,3 32,7 Entre le moment où les post-larves sont ensemencées dans le bassin et la pêche, il se passe 4 à 6, voire 8 mois. Il semble donc difficile de relier la qualité des juvéniles à la survie en bassin après un laps de temps aussi long. Il est plutôt envisageable de mesurer les critères définis plus haut sur des animaux qui ne subiront qu une phase d élevage expérimentale courte (1 mois). Pour cela, des structures de prégrossissement de petite taille (bacs, bassins) en grand nombre sont nécessaires. D autre part, les professionnels sont demandeurs d un protocole simple et d utilisation facile sur les fermes. Parmi les critères retenus précédemment, il conviendrait de voir si des critères comme la formule rostrale - qui est déjà mesurée dans les écloseries privées - peuvent être retenus comme unique critère pour qualifier un lot de post-larves. Dans cette optique, des mesures sur plusieurs lots seront nécessaires afin d emmagasiner suffisamment de données avant de les exploiter statistiquement (en relation avec la base de données). Obtention d inséminations naturelles en salle de maturation En Calédonie, l obtention de larves repose sur l insémination artificielle. Pourtant, lorsque l insémination est pratiquée naturellement par le mâle de L. stylirostris, le nombre d œufs fécondés Rapport d activité 2005 du Département Aquacole en Calédonie 45

est nettement supérieur. Cependant, dans les bacs de maturation, seul un très faible pourcentage des femelles matures est inséminé naturellement. Différentes conditions de stabulation des animaux ont été testées en vue d améliorer le taux de copulations naturelles, notamment : - temps de présence des mâles avec les femelles - âge des animaux - sex-ratio - utilisation de broyat de sperme - arrêt de l aération - horaire de nourrissage Aucun de ces éléments n a permis de mettre en évidence une meilleure chance de réussite des inséminations naturelles en salle de maturation. Entre Août et Décembre, les seules copulations naturelles ont été observées en fin d année, période où ces mêmes phénomènes sont observables dans les bassins. Insémination artificielle Insémination naturelle «ratée» Programme ZONECO Recherche de traceurs des effluents des élevages de crevettes en Nouvelle-Calédonie Le système de production (semi intensif) pratiqué dans les fermes de crevette en Nouvelle-Calédonie pourrait induire une interaction notable entre les bassins et l environnement littoral. Le taux de renouvellement du bassin, visant à réguler les paramètres hydrologiques et biologiques des bassins, varie entre 5 et 30% au cours de l élevage. Or, ces eaux de rejets présentent des caractéristiques (charge en MES, phytoplancton, MOD ) très différentes du milieu receveur. Leur rejet direct est donc susceptible d avoir un impact sur l environnement littoral. Ainsi, dans un contexte d essor de la filière apparaît-il nécessaire d être capable de reconnaître et d évaluer le devenir de ces effluents dans le milieu receveur. En conséquence, cette opération Zonéco vise à rechercher des indicateurs pertinents, permettant le suivi spatio-temporel des effluents des fermes de production. Ces indicateurs ont été recherchés dans la colonne d eau de la baie de Chambeyron qui accueille une ferme intensive de moyenne importance (29 ha), et dans la baie de Teremba qui accueille une ferme semi intensive de très grande Rapport d activité 2005 du Département Aquacole en Calédonie 46

superficie (133 ha). Dans chaque baie, une radiale de 5 stations se répartissant du fond de la baie à la sortie permet d évaluer l étendue spatiale des rejets (mesures effectuées : Azote organique dissous, nitrates, ammonium, phosphates, phosphore total, phosphore dissous, silicates, matières en suspension, carnone et azote particulaires, chlorophylle a et phaeopigments sur différentes fractions de taille, les Exoplymères Transparentes (collaboration IRD), la Cytométrie en flux (collaboration CNRS Banyuls). Des traits de sonde apportaient des informations sur les profils verticaux (fluorescence, turbidité, salinité, température, PAR). Deux échantillonnages par mois (à marée haute) sur une durée de 10 mois (nov.04- septembre 05) permettent d aborder la dynamique temporelle qui devra être mise en relation avec l intensité de production des fermes. En parallèle, en baie de Chambeyron, une sonde (YSI) au mouillage permet de disposer d enregistrements en continu (fluorescence, turbidité, température, salinité, oxygène dissous, ph, rédox). Enfin, avec une fréquence d environ 3 mois, une couverture spatiale étendue (19 stations supplémentaires) permet de disposer d une image «instantanée» à l échelle de la baie (Chambeyron). Les premiers résultats indiquent que les bassins d élevage rejettent principalement des particules de nature phytoplanctonique (en accord avec la littérature). En revanche, les concentrations en éléments minéraux dissous sont comparables à celles de l eau de renouvellement. Les distributions spatiales montrent une concentration des rejets en fond de baie à marée haute. Mais l observation de cycles (principalement de [Chl-a] in vivo) sur les enregistrements en continu laissent à penser que les effluents circulent dans la baie (évacuation? Dilution?...). Les résultats à venir (TEP, cytométrie, [Chl-a], caractéristiques de la MOD ) complétés par des indices d activité des fermes au cours de l année de suivi devraient permettre d extraire des indicateurs fiables ainsi qu une idée assez précise de la dynamique spatio-temporelle des effluents. Enfin, une comparaison entre les deux systèmes de production (intensif vs semi-intensif) ajoutera une dimension supplémentaire à l analyse des résultats. Toujours dans le cadre du programme Zonéco, un logiciel a été crée, permettant d'archiver dans un seul fichier l'ensemble des données recueillies au cours de la campagne 2004/2005 dans les baies de Chambeyron et Teremba. Ce logiciel permet l'archivage des données collectées grâce aux sondes, ainsi que les données de laboratoire et les mesures directes réalisées sur site. Rapport d activité 2005 du Département Aquacole en Calédonie 47

Chapitre 4 Fonctionnement général du laboratoire Avis et expertises Interventions sur demande de diagnostic 20 interventions sur fermes et 1 en écloserie ont été réalisées à la demande des responsables d exploitation. Une intervention a également été faite sur l exploitation «Huîtrière de la Dumbéa». Les prélèvements ont fait l objet d analyses bactériologiques au DAC, parfois complétées par de l histologie au LNC. N Dates Exploitations 1 03/01/05 Pénéide de Ouano 2 19/01/05 Ferme Aquacole des Montagnes Blanches 3 22/03/05 Ferme Aquacole de la Ouenghi 4 22/03/05 Ifremer - DAC 5 07/04/05 Aquamon 6 21/04/05 Aquawa 7 21/04/05 Blue Lagoon Farms 8 26/04/05 Pénéide de Ouano 9 28/04/05 April 10 21 au 26/09/05 Ecloserie de l Ifremer DAC 11 05, 06 et 07/10/05 Sodacal 12 18 et 20/10/05 Aquawa 13 03/11/05 Aquawa 14 18/11/05 Aquawa 15 18 au 25/10/05 Aquamon 16 16/11/05 Nessaquacole Ecloserie d Eori 17 05/12/05 Styli - Bleue 18 20 et 24/12/05 Ferme Aquacole de la Ouenghi 19 23/11/05 Aquamon 20 28/12/05 Ferme aquacole des Montagnes Blanches 21 31/12/05 au 02/01/06 Webuihoone 23/05/05 Huîtrière de la Dumbéa Assistance technique Poursuite du contrat d expertise avec le provendier SICA pour le suivi et l évolution des formulations et de la qualité des aliments crevettes. Des avis, conseils et assistances techniques ont été données sur divers sujets : 24 janvier 05: avis sur projet de ferme aquacole sur la commune de Poya, 02 au 06 mars: accompagnement de la délégation de l Australian Prawn Farmers Association en visite en Nouvelle Calédonie. 13 juin 05: avis sur projet de pompage intégré Sodacal Aquamer, 12 mai 05 au 31 août 05: participation au groupe de travail sur les fonds de bassin du GFA et accompagnement sur le terrain d un Rapport d activité 2005 du Département Aquacole en Calédonie 48

stagiaire GFA en charge des travaux préliminaires à la caractérisation des sédiments aquacoles. 29 juin 05 : visite du site de la presqu île de Grandjo sur la commune de Moindou en Province Sud, en prévision d une extension de la ferme Aquamer. 15 juin - 28 juillet 26 août et 02 novembre 05: analyses de sols des bassins B2 et B4 pour la ferme Webuihoone, poursuite d une assistance zootechnique à la Ferme Aquacole des Montagnes Blanches, 23 au 28 août 05: accompagnement de la délégation du GFA à l invitation de l Australian Prawn Farmers Association sur la Gold Coast, 15 et 16 mars, 14 et 15 avril et 22 et 23 septembre 05: campagne de prélèvement de chevrettes (Macrobrachium lar) en relation avec la CPS. Octobre 05: avis sur projet de ferme aquacole sur la commune de Boulouparis. Novembre 2005 : avis sur projet de ferme à La Réunion. Novembre 2005 : avis sur projet d ostréiculture à Touho. Missions Missions en France, Outre-Mer et étranger La Tremblade-Nantes (coordination programmes). E. Goyard. Janvier. Laboratoire d Aquaculture Tropicale, Tahiti (coordination programmes). Y. Harache, L. Gourmelen. Mars. Laboratoire d Aquaculture Tropicale, Tahiti (testage lignée crevettes). J-M. Peignon. Mars. Congrès de la World Aquaculture Society, Bali, Indonésie. Y. Harache, D. Pham. Mars. IRD, Paris, Commissions scientifique de recrutement (avril) et d évaluation (octobre). A. Herbland. Avril et octobre. Boulogne (réunion correspondants informatiques). J-M. Ranouil. Juin. Montpellier (meeting final Immunaqua, soutenance de thèse Julien de Lorgeril), Paris, Institut Pasteur (bilan d avancement et perspectives de la thèse de Yann Reynaud), Glasgow, Ecosse (Symposium on Diseases of Commercial Significance, 6th International Crustacean Congress). C. Goarant. Juin-juillet. Prawn and Barramundi Conference 2005, Gold Coast, Australie. J. Herlin. Août. Brest (programmes nutrition larvaire) et Ghent, Belgique (Larvi 2005). D. Pham. Août-septembre. Brest (réunions techniques). J. Pichon. Septembre. Paris, Nantes, Brest (coordination administrative et programmes). Y. Harache, L. Gourmelen. Septembre. Aquamar, Mérida, Mexique. J. Patrois. Septembre. Paris (journée des délégués des instituts de recherche en Outre-Mer et réunion chefs de départements). Y. Harache. Octobre. Rapport d activité 2005 du Département Aquacole en Calédonie 49

Vibrio 2005, Gand, Belgique. J. Herlin. Novembre. Morest, L Aber-Wrach, Finistère, France. J. Herlin, D. Coatanéa, H. Lemonnier. Novembre. Laboratoire d Aquaculture Tropicale, Tahiti (coordination programmes). Y. Harache. Novembre. Bordeaux-Arcachon, Nantes (soutenance et jury de thèse). N. Wabete, L. Chim. Décembre. Philippines, Ilo-Ilo (Elevage de crabe de palétuvier en relation avec la Commission du Pacifique Sud), D. Pham. Décembre. Missions reçues en Nouvelle-Calédonie Y. Reynaud au DAC : Décembre 2005- février 2006. Prélèvements en vue de l évaluation des niveaux d expression de gènes candidats à la virulence de V. nigripulchritudo SFn1 chez des crevettes affectées par le Syndrome d été et en infection expérimentale. J-L. Martin : Atelier «Ecosystèmes et crevetticulture en Nouvelle Calédonie» C. Courties : Atelier «Ecosystèmes et crevetticulture en Nouvelle Calédonie» H. Chartois : mise au point de l automate de prélèvements automatiques en continu D. Cassou & P. Nicolas : coordination avec le Centre du Pacifique R. Bernardino : formation B. Barnoin : coordination J. Le Rest : mise en place des réseaux P. Goulletquer & J. Prou : coordination J. Goguenheim : Atelier «Ecosystèmes et crevetticulture en Nouvelle Calédonie» Réunions scientifiques en interne (MAS) Des réunions sont programmées régulièrement en interne (les personnes extérieures intéressées sont les bienvenues) sur le site de Saint-Vincent afin de présenter et discuter des résultats d expérimentation, des sujets d intérêt général, des protocoles expérimentaux ou des exposés par des personnalités extérieures. Plus de 30 exposés ont été faits en 2005. Réunions diverses Conseil scientifique de l Université de Nouvelle-Calédonie (x3) Réunion des représentants et délégués de l Outre-Mer de la B2C3I (9-11 octobre) Manifestations Fête du cerf et de la crevette (21-22/5) : animation du stand Ifremer et présentation des activités de la filière crevette et du Laboratoire. Rapport d activité 2005 du Département Aquacole en Calédonie 50

Fête de la Science (28/11 au 3/12) : conférences et stands à Poindimié et Nouméa, participation au jury du concours jeunes scientifiques. Séminaire «Ecosystèmes et crevetticulture en Nouvelle Calédonie» Ce séminaire organisé par l'ifremer en Nouvelle-Calédonie avec le soutien de l IRD s'est tenu à Nouméa du 22 au 24 juin 2005. Il a réuni des chercheurs du Département Aquacole en Calédonie, de l'université et de l'ird de Nouvelle-Calédonie, des consultants calédoniens mais aussi des chercheurs métropolitains de l'ifremer, du CNRS et du Muséum d'histoire Naturelle. Ce séminaire, était ouvert aux professionnels de l'aquaculture calédonienne ce qui a permis des échanges entre scientifiques et la profession La première journée a été consacrée au fonctionnement de «l'écosystème bassin» en relation avec l'apparition des syndromes d'été et d'hiver. Parmi les résultats majeurs, on retiendra que l étude de l'évolution des populations phytoplanctoniques a montré le grand l'intérêt de la cytométrie en flux pour caractériser ces populations (collaboration Claudes Courties, CNRS de Banyuls). De même il apparaît qu une meilleure connaissance du fonctionnement de l interface eau-sédiment, de sa biogéochimie, de sa méiofaune et de ses échanges avec la colonne d eau sont nécessaires car le rôle de cette interface dans l écosystème se révèle de plus en plus critique au fur et à mesure de la progression des connaissances (collaboration Guy Boucher, MNHN, Paris). Tous ces résultats convergent vers l idée qu un bassin d élevage qui «fonctionne bien» est celui qui exprimera le moins d amplitude de variations à court terme des paramètres de l environnement sensibles pour la crevette. Au cours de la deuxième journée les différents travaux sur la mangrove, le milieu lagonaire et l'impact des fermes d'élevage sur ces milieux ont été présentés (programme Zonéco). Ces résultats très préliminaires ne permettent pas de conclure aujourd hui à un effet notable et durable de l aquaculture sur l environnement. Cependant quelques indices comme une progression de la mangrove en aval des fermes ou l évolution des proportions d espèces de palétuviers méritent que ces études soient poursuivies de manière à pouvoir faire la part entre une évolution naturelle et un impact réel de l aquaculture sur la mangrove et les fonds de baie. Des outils de modélisation sur le fonctionnement de l'écosystème bassin et sur la circulation des masses d'eau côtières (travaux de l IRD) ont montré leur intérêt dans l'optique d'une meilleure gestion des écosystèmes côtiers et comme aide à la décision pour l'implantation de nouvelles fermes. Une session de restitution (le troisième jour) a permis de présenter aux partenaires institutionnels et aux professionnels, une synthèse des principaux résultats, et des futures orientations de recherche. Rapport d activité 2005 du Département Aquacole en Calédonie 51

Chapitre 5 Publications et communications 2005 Articles dans revues à comité de lecture C. Mugnier, Soyez C. (2005). Response of the blue shrimp Litopenaeus stylirostris to temperature decrease and hypoxia in relation to molt stage. Aquaculture 244, 315-322. Sous presse C. Goarant, Ansquer D., Herlin J., Domalain D, Imbert F., de Decker S. : Summer Syndrome in Litopenaeus stylirostris in New Caledonia: Pathology and epidemiology of the etiological agent, Vibrio nigripulchritudo. Aquaculture. C. Goarant, Reynaud Y., Ansquer D., de Decker S., Saulnier D., Le Roux F. : Molecular epidemiology of Vibrio nigripulchritudo, a pathogen for cultured penaeid shrimp (Litopenaeus stylirostris) in New Caledonia. Systematic and Applied Microbiology. C. Mugnier, Lemonnier H., Legrand A. : Physiological response of the blue shrimp Litopenaeus stylirostris to short-term confinement on a pond bottom. Aquaculture. N. Wabete, Chim L., Pham D., Lemaire P., Massabuau J-C. : A soft technology to improve survival and reproductive performance of Litopenaeus stylirostris by counterbalancing physiological disturbances associated with handling stress. Aquaculture Articles dans revues sans comité de lecture L. Della Patrona, Brun P., Chim L. (sous presse) : New Caledonian shrimp farming aiming for zero defect product : case study on Black Spots. World Aquaculture. Ouvrages ou articles dans ouvrages J. Patrois, Goyard E., Pham D. (sous presse) : Genetics and Breeding of the Pacific Blue Shrimp Litopenaeus stylirostris. In Shrimp genetics and breeding, WAS. Actes de colloques Anonyme (2005) : Actes des Assises de la Recherche Française dans le Pacifique, 24-27 Août 2004, Nouméa, Nouvelle-Calédonie. Posters et communications orales dans des colloques ou groupes de travail G. Boucher, Della Patrona L. (2005) : La méiofaune dans les bassins à l arrivée et pendant la saison froide. Atelier «Écosystèmes et Crevetticulture en Nouvelle-Calédonie», 22-24 Juin 2005, IRD Nouméa. Rapport d activité 2005 du Département Aquacole en Calédonie 52

L. Chim, Lemaire P., Wabete N. (2005) : Conditions environnementales et nutrition. Atelier «Ecosystèmes et crevetticulture en Nouvelle Calédonie». 22 au 24 juin 2005, IRD Nouméa. D. Coatanéa, Herlin J. (2005) : Développement de la filière crevettes en Nouvelle-Calédonie : état des lieux en 2005 et perspectives de développement. Atelier «Ecosystèmes et crevetticulture en Nouvelle Calédonie». 22 au 24 juin 2005, IRD Nouméa. C. Courties, Lemonnier H., Herbland A. (2005) : Structure et évolution des peuplements picoplanctoniques de bassins aquacoles mesurés en cytométrie en flux lors des 2 Syndromes en Nouvelle Calédonie. Atelier «Ecosystèmes et crevetticulture en Nouvelle Calédonie». 22 au 24 juin 2005, IRD Nouméa. S. de Decker, Ansquer D., Goyard E., Goarant C. (2005) : Virulence specificity of Vibrio nigripulchritudo, a pathogen for farmed shrimp in New Caledonia. DIPNet Newletter 23, lettre d information du programme européen Disease Interactions and Pathogen Exchange between Farmed and Wild Aquatic Animal Populations, a european NETwork, 2 pages. (http://www.dipnet.info/newsletters/nl_23.pdf ) C. Goarant, Ansquer D., Pham D., Mailliez JR. (2005) : Hatching-Survival rates of Litopenaeus stylirostris exposed to different concentrations of Antimicrobial Peptides. EC project Immunaqua final meeting, Montpellier, 1-2 Juillet 2005. C. Goarant, Ansquer D., de Decker S., Herlin J. (2005) : Développement des Vibrio pathogènes dans le milieu épidémiologie. Atelier «Écosystèmes et Crevetticulture en Nouvelle-Calédonie», 22-24 Juin 2005, IRD Nouméa. C. Goarant, Ansquer D., Herlin J., de Decker S. (2005) : Epidemiology of two seasonal vibriosis in New Caledonian shrimp (Litopenaeus stylirostris) growout ponds. Book of abstracts 6th International Crustacean Congress. p. 182. University of Glasgow, editor. International Crustacean Council. 2005. E. Goyard, Ansquer D., Brun P., de Decker S., Dufour R., Goarant C., de Lorgeril J., Patrois J., Peignon JM., Pham D., Harache Y. (2005) : Breeding & Genetics in the New Caledonian prawn industry based on Litopenaeus stylirostris. Rideley Aqua-Feed Australian Prawn & Barramundi Conference. Brisbane, Août 2005. E. Goyard, Goarant C., Ansquer D., Brun P., de Decker S., Patrois J., Peignon JM., Pham D. (2005) : Survival in rearing ponds affected by the «Syndrome 93» as a selection criteria in the blue shrimp Litopenaeus stylirostris. EC project Immunaqua final meeting, Montpellier, 1-2 Juillet 2005. A. Herbland, Thomas Y., Lemonnier H., Martin J-L., M. Xavi (2005) : Traceurs des effluents des élevages de crevettes de Nouvelle- Calédonie. Programme ZoNéCo : Tout premiers résultats. Atelier «Ecosystèmes et crevetticulture en Nouvelle Calédonie». 22 au 24 juin 2005, IRD Nouméa. A. Herbland, Lemonnier H., Le Borgne R.,Torreton J-P., Marteau A-L. (2005) : Dynamique de la production planctonique dans les bassins au cours de l élevage. Atelier «Ecosystèmes et crevetticulture en Nouvelle Calédonie». 22 au 24 juin 2005, IRD Nouméa. H. Lemmonier (2005) : Description historique du Syndrome d été : Evolution des pratiques zootechniques et conditions environnementales Rapport d activité 2005 du Département Aquacole en Calédonie 53

associées. Atelier «Ecosystèmes et crevetticulture en Nouvelle Calédonie». 22 au 24 juin 2005, IRD Nouméa. H. Lemmonier, Herbland A. (2005) : Variabilité des systèmes et évolution des paramètres avant et pendant les Vibrioses. Atelier «Ecosystèmes et crevetticulture en Nouvelle Calédonie». 22 au 24 juin 2005, IRD Nouméa. C. Mugnier (2005) : Environnement et physiologie des crevettes avant et pendant les Vibrioses. Atelier «Écosystèmes et Crevetticulture en Nouvelle-Calédonie», 22-24 Juin 2005, IRD Nouméa. C. Mugnier, Lemonnier H. (2005) : Influence du sédiment sur le stress des animaux. Atelier «Écosystèmes et Crevetticulture en Nouvelle- Calédonie», 22-24 Juin 2005, IRD Nouméa. J. Patrois (2005) : Autres systèmes d élevages : quels bénéfices pour l aquaculture, leur environnement et leur compréhension? Atelier «Ecosystèmes et crevetticulture en Nouvelle Calédonie». 22 au 24 juin 2005, IRD Nouméa. D. Pham, Wabete N., Chim L., Lemaire P., Massabuau J-C. (2005) : Captive broodstock of Litopenaeus stylirostris in New Caledonia : an example of fundamental research application in production. Larvi 2005, Ghent University, Belgique, 5-8 septembre 2005. Poster. D. Pham, Wabete N., Chim L., Lemaire P., Mailliez J-R., Broutoi F., Moretti L., Massabuau J-C. (2005) : Survival improvement and reproduction achievement of Litopenaeus stylirostris breeders during winter in New Caledonia. World Aquaculture Society meeting, Bali, 9-13 mai 2005. Y. Reynaud, Saulnier D., Goarant C., Faury N., Le Roux F. (2005) : Searching for genetic markers of virulence in Vibrio nigripulchritudo, a Litopenaeus stylirostris shrimp pathogen isolated in New Caledonia. Vibrio 2005, November 7-8, 2005 Het Pand, Ghent, Belgique. Y. Thomas, Pagand P., Marteau, A-L., Lemonnier, H., Herbland, A. (2005) : Modélisation des flux de nutriments en sortie des élevages de crevettes. Programme ZoNéCo. Atelier «Ecosystèmes et crevetticulture en Nouvelle Calédonie». 22 au 24 juin 2005, IRD Nouméa. S. Virly, Buisson D., Lemonnier H. (2005) : Evaluation de l impact de l aquaculture de crevettes sur les mangroves de Nouvelle-Calédonie. Programme ZoNéCo : conclusions et perspectives. Atelier «Ecosystèmes et crevetticulture en Nouvelle Calédonie». 22 au 24 juin 2005, IRD Nouméa. N. Wabete, Chim L. (2005) : Physiologie respiratoire des crevettes en fonction des conditions environnementales. Atelier «Ecosystèmes et crevetticulture en Nouvelle Calédonie». 22 au 24 juin 2005, IRD Nouméa. Missions en Nouvelle-Calédonie et à l étranger C. Goarant (2005) : Rapport de mission à Montpellier (meeting final Immunaqua, soutenance de thèse Julien de Lorgeril), Paris (Institut Pasteur, bilan d avancement et perspectives de la thèse de Yann Reynaud), Glasgow, Ecosse (Symposium on Diseases of Commercial Significance, 6th International Crustacean Congress). 28 juin au 26 juillet 2005. D. Pham (2005) : Rapport de mission au LPI à Brest, au colloque LARVI 05 (Gent, Belgique) et à l Université de Caen. D. Pham, Harache Y., Bador R., Cochard J-C., Rivaton A. (2005) : Compte rendu de mission à la conférence annuelle de la World Aquaculture Society, Bali, Indonésie, 9 au 13 mai 2005. Rapport d activité 2005 du Département Aquacole en Calédonie 54

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Herbland A (coordinateur), Collectif DAC (2005) : Le «Syndrome d été» : Propositions d expérimentations in situ et au laboratoire pour la saison 2005-2006 : Etudes orientées vers des «sorties de crise». Document remis aux Provinces Nord et Sud ainsi qu au gouvernement de la Nouvelle- Calédonie et au Groupement des Fermes Aquacoles. Notes de synthèse, de prospective, de veille technologique E. Goyard (2005) : Réflexions sur le thème «Energie et Durabilité des systèmes de production Aquacole». Note de prospective diffusée au responsable du programme «durabilité des systèmes de production aqaucoles» et au responsable du thème 3. J. Patrois, Harache Y., Goyard E. (2005) : chapitre crevettes du document présenté à l Académie d Agriculture par le Groupe de travail Ifremer sur les "Produits alimentaires d origine aquatique ". Autres types de rapports R. Baret (2005) : Réalisation et test d un système d acquisition des facteurs environnementaux en continu. Ifremer/DAC/Fiche Bio. 2005-01 Collectif DAC (2005) : Rapport d activité 2004 du Département Aquaculture en Calédonie. 39 pp S. de Decker (2005) : Contribution en pathologie-épidémiologie pour l étude des mortalités saisonnières dans les élevages de crevettes Litopenaeus stylirostris en Nouvelle-Calédonie. Ifremer/DAC/RST 2005-01. 69 pp L. Della Patrona (2005) : Analyse des résultats d une ferme de crevettes sur 20 années : Sodacal 1984-2004. «Elasticité» de la capacité de production d un écosystème bassin crevetticole. IFREMER/DAC/RST 2005-02. 50 pp L. Della Patrona, Brun P., Capo S. (2005) : Essais d aliments avec différents taux de protéines en bassins de terre : résultats biotechniques et effets sur le milieu d élevage. Ifremer/DAC/Fiche Bio. 2005-04 E. Goyard, Ansquer D., Brun P., de Decker S., Dufour R., Goarant C., Patrois J., Peignon J-M., Pham D. (2005) : Amélioration génétique pour la résistance au Syndrome 93 : bilan de 5 générations de sélection expérimentale. Ifremer/DAC/Fiche Bio. 2005-03 H. Lemonnier, Baret R., Lam J-S., Wapotro B. (2005) : Effet de la remise en suspension des sédiments par les crevettes : résultats préliminaires. Ifremer/DAC/Fiche Bio. 2005-02 Expertises et Avis C. Bole, Soulard B., Coatanéa D., Della Patrona L., Herbland A., Herlin J., Goyard E., Chim L. (2005) : Compte rendu des analyses statistiques destinées à comparer les performances des aliments Sica et MSV sur la campagne 2004-2005. Rapport d activité 2005 du Département Aquacole en Calédonie 56