Responsable scientifique: Johanne Tremblay Responsable technique: Gilles Corbeil
Service de biopuces Équipements Affymetrix au CRCHUM Acquisition en 2004 (FCI - Dr Hamet) Système GeneChip (Format cartouche) Applications: Transcription Génotypage CNV Régulation génique Acquisition en 2010 (FCI - Dr Prentki et Dr Hamet) Applications: Système GeneTitan (Format plaque) Transcription (haut débit) En plaques de 16, 24 ou 96 échantillons Génotypage (haut débit) En plaque de 96 échantillons seulement
Service de biopuces Équipements au CRCHUM Acquisition en 2004 Bioanalyseur 2100 d Agilent Applications: Analyse de la qualité de l ARN Analyse de l ARNc Analyse de l ADNc fragmenté Acquisition en 2008 PCR en temps réel 7900HT de Life Technologies Applications: Transcription Essais TaqMan et SYBR Green Génotypage CNV Essais TaqMan Essais TaqMan Applications: Acquisition en 2010 Robot Biomek FX P de Beckman Coulter Automatisation de protocoles Affymetrix pour la préparation des échantillons Génotypage de souris et de rats
Integrated Platform DNA Analysis: Genetic Variation Family based linkage studies Whole-genome disease association Pharmacogenetics Chromosomal copy number Population genetics Linkage Disequilibrium RNA Analysis: Phenotypic Variation Biomarker discovery Transcriptome analysis Alternative splicing Epigenetics (micrornas) Transcription factor binding (ChIP on chip) Affymetrix
Evolution of Affymetrix Genome-Wide SNP Arrays 2003 10K 2004 100K 2005 500K 2006 GW 5.0 2007 GW 6.0 SNPs Copy Number Probes 10 000-100 000-500 000-500 000 420 000 906 000 946 000 Axiom: A new Genotyping System from Affymetrix (2010) T A C G 96 ARRAY PLATE NEW ASSAY AUTOMATED/HANDS FREE HYB, WASH, STAIN, SCAN ON GENETITAN UP TO 700K SNPs PER ARRAY AUTOMATED TARGET PREP ON BECKMAN BIOMEK FX P TARGET PREP EXPRESS Affymetrix
Genomic locus mrna transcripts { Human Transcriptome Array 2.0 Human Transcriptome Array 2.0 WT Assay 2012 25 - mer probes Number of replicates required per group More replicates = more power Increasing the number of replicates increases the probability of detecting smaller changes with more confidence Affymetrix
Two examples of alternative splicing analysis using Partek Genomics Suite
Overview of data analysis workflow Primary Quality Control Normalization/Summarization RMA GCRMA Secondary Statistical analysis ANOVA/Contrast method (LSD) Multiple test correction (FDR) List of significant changes Gene-level Exon-level Alternative splicing Tertiary Biological interpretation Pathway/Network analysis DAVID (free) IPA (5-users license/ $2500 each user)
Affymetrix Transcriptome Analysis Console (TAC) Software Works in conjunction with Affymetrix Expression Console software Enables analysis and identification of: Differential expression at the Gene (Transcript) level Differential expression at the Exon level Detection of Alternative Splicing TAC minimum system requirements: 64-bit computer running Windows 7 or better Quad-core or better running at 2.83 GHz or higher 8 GB of RAM required (16GB or more recommended) Best of all It s Free! TAC performs the statistical analysis and includes many visualization tools for easy interpretation Affymetrix
Utilisation par le client: Service de génotypage de souris et de rats Kit d extraction «REDExtract-N-Amp Tissue PCR kit» XNAT-1KT, 100 extractions, GRM: 3036725, prix: 301.00 $ XNATR-1KT, 1000 extractions, GRM: 3070864, prix: 2685.00 $ À fournir par le client: La «RED TAQ» incluse dans les kits XNAT et XNATR Les oligos (tubes concentrés) du gène d intérêt Les conditions PCR (températures et cycles) et le poids moléculaire des bandes Un aliquot de 120 µl d ADN dans un tube Eppendorf de 1.5 ml bien identifié Le service s engage à: Génotyper les échantillons d ADN extraits par le client en utilisant le robot Biomek FX P de Beckman Coulter Envoyer au client un fichier Excel contenant une image du gel avec l identification des échantillons Tester 12 échantillons pour tout nouveau gène Aviser le service, une semaine à l avance, du nombre approximatif de souris à génotyper
SERVICES ET TARIFICATION* Biopuces en cartouche prix/échantillon prix total Gene 2.0 ST (humain, souris et rat) 450 $ HTA 2.0 ( souris et rat disponibles bientôt) 560 $ HTA 2.0 - FFPE 620 $ mirna 4.0 (toutes les espèces sur une biopuce) 420 $ SNP 6.0 (44 échantillons incluant au moins 15 femmes) 670 $ 29 480 $ Biopuces en plaque Axiom Genome-Wide Exome 1 Array Plate (96) 250 $ 24 000 $ Axiom Genome-Wide Array Plate - CEU, ASI, AFR (96) 355 $ 34 080 $ Autres services Bioanalyseur 2100 (12 échantillons par nanopuce) 5 $ 60 $ Purification de l ARN total avec RNeasy MinElute Kit 10 $ Extraction de l ARN (Trizol/RNeasy) et Bioanalyseur 2100 20 $ Génotypage de souris et de rats 2 $ Essais TaqMan - Génotypage 1.60 $ Essais TaqMan - CNV (N=4/échantillon) 8 $ Essais TaqMan - Transcription (N=3/échantillon) 8 $ Taux horaire - Analyses Statistiques et autres 43 $ Les prix incluent les réactifs, le service et les taxes. Les prix pourraient être sujets à modification. * Tarifs pour chercheurs réguliers CRCHUM, autres tarifs disponibles sur demande.
À CONTACTER Responsable du service Dr Johanne Tremblay Téléphone: 514-890-8247 Courriel : johanne.tremblay@umontreal.ca Responsable technique Gilles Corbeil Local: R12.352 Téléphone: 514-890-8000 poste 31416 Courriel : gilles.corbeil.chum@ssss.gouv.qc.ca