11/03/2010 Bases de données Outils de gestion Mise en place d outils pour gérer, stocker et utiliser les informations d une recherche biomédicale ent réalisé par L. QUINQUIS d épidémiologie et de biostatistique (Pr Coste) - Hôpital Cochin
Qu est ce qu une base de données? Ensemble d informations avec un objectif commun (descriptif, analytique ) Ensemble structuré et organisé Différents supports (papier, fichier informatique, e- crf)
But d une base de donnée Récolter des données dans un but spécifique: Suivie médicale du patient (antécédents, traitements administrés, symptômes observés, ) Etude clinique : analyse d une population pour améliorer le traitement ou le diagnostique d une maladie, d un protocole Stocker des informations pour faciliter l exploitation (ajout, suppression, recherche, ) Résultat: décrire les données
Place de la base de donnée dans la recherche médicale Schéma général d une étude Élaboration du projet de recherche Recueil des données / datamanagement Analyse descriptive / inférentielle Interprétation / Rapport / Article
Notions fondamentales SGBD: Système de gestion des bases de données SGBD = ensemble de programme pour gérer et accéder à une base de donnée Fonctionnement (client/serveur) Requête Analyse Client Serveur Résultat
Notions fondamentales Objectifs SGBD Indépendance physique Indépendance logique Accès rapide aux données Non redondance des données Administration centralisée des données Cohérence des données Partage des données Sécurité
Notions fondamentales SGBD utilisés Postgresql: Apple, Fujitsu, Skype MySQL: SGBD le plus utilisé dans le monde Oracle Microsoft SQL IBM DB2 Sybase Libre
Notions fondamentales SQL: Structured Query Language Langage informatique de type requête LDD: langage de définition de donnée Ex: CREATE TABLE table1 (colonne1 INTEGER, colonne2 INTEGER, colonne3 DATE, colonne4 DATE); LMD: langage de manipulation de donnée Ex: SELECT name, service FROM employees WHERE statut='stagiaire' ORDER BY name; LCD: langage de contrôle
Outil pratique (e-crf): exemple en recherche clinique Toute étude clinique est organisée autour d un protocole Définition du contexte Objectifs médicaux et scientifiques Méthodologie (critères inclusions, données recueillies, calendrier, méthodes statistiques, ) Considérations éthiques et légales Financement
Outil pratique (e-crf): exemple en recherche clinique Phase 1: Conception 1 ère étape = retranscription du protocole pour être utilisable par un SGBD é: objet ou élément térisé par son té Modèle entité/association Association: Lien entre plusieurs entit Patient de dossier om rénom Recevoir Date administration Traitement Nom traitement N flacon Dose
Outil pratique (e-crf): exemple en recherche clinique Phase 1: Conception Ce modèle entité/association doit être pensé selon les besoins de l investigateur et les données nécessaires à l analyse (description patient, CJP, EIG, ) Adapté au protocole de l étude Premier pas vers la conception d un masque de saisie
Outil pratique (e-crf): exemple en recherche clinique Phase 2: Masque de saisie Créer un cahier électronique pour stocker les données et en faciliter la gestion Baser sur la formalisation du protocole Interactif pour faciliter la saisie des informations Indiquant tous les paramètres nécessaires pour répondre aux problématiques posées
Outil pratique (e-crf): exemple en recherche clinique Identifiant patie
Outil pratique (e-crf): exemple en recherche clinique
Outil pratique (e-crf): exemple en recherche clinique Eléments indispensables dans un e-crf Description du patient (n inclusion, bras randomisation, sexe, âge, ) Visites & résultat clinique (CJP) EIG Bordereau sortie d étude
Outil pratique (e-crf): exemple en recherche clinique Phase 3: Saisie, cohérence Mise en ligne du e-crf final (ex: Cleanweb) Structure du e-crf: Module Formulaire Variable ire able
Outil pratique (e-crf): exemple en recherche clinique Phase 4: Extraction et analyse Interaction data-manager et biostatisticien Extraction finale Nomming des variables Format des variables (numérique, qualitative, date, ) Codage des variables Oui/non = coder 1/0 Homme/Femme = 1/2
Résumé
Pubmeb: base de données bibliographiques PUBMED = moteur de recherche bibliographique gratuit: Biologie Médecine scientifique 19 millions de citations depuis 1950 dans 5000 revues biomédicales Interface donnant accès à la BDD Medline Citations Résumés d articles scientifiques Textes complets
Pubmeb: base de données bibliographiques Lien: http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed/
Pubmeb: base de données bibliographiques MeSH (Medical Subject Headings): système de nomenclature pour indexer les articles (ex: classification de Dewey) Bibliothèque nationale de médecine Définir une stratégie de recherche 19 catégories (anatomie, maladie, psychiatrie, ) Sous catégorie maladie (animale, cardiovasculaire, ) Exemple: Diagnostique des différents stades de la fibrose du foie par des méthodes non invasives : aladie Système digestif Maladie du foie Cirrhose d foie
Pubmeb: base de données bibliographiques Saisie du sujet principa de la recherche
Pubmeb: base de données bibliographiques Arborescence MeSH (ex.: fibrose foie)
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Fin Si vous souhaitez en savoir ++++ : Base de donnée et langage SQL: Merci de votre attention Livre: Bases de données de la modélisation au SQL http://laurent-audibert.developpez.com/cours-bd/html/index.html SGBD: Postgresql: http://www.postgresql.org/ Mysql: http://www.mysql.fr/ Oracle: http://www.oracle.com Avez vous des questions? Pubmed: http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed/