Refonte de l hydrologie Conteneur informatique

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1 DCB/OPS/LPO Unité mixte n 6523 (CNRS/IFREMER/UBO/IRD) Rapport interne OPS/LPO Auteur : Catherine KERMABON Refonte de l hydrologie Conteneur informatique (Juin 2008)

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3 Refonte de l hydrologie : Conteneur informatique Historique du document Juin 2008 C. Kermabon Création

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5 SOMMAIRE 1. INTRODUCTION RENOUVELLEMENT DU MATERIEL CTD CHOIX DES NOUVEAUX MATERIELS ET LOGICIELS DESCRIPTIF DU MATERIEL ET FONCTIONNALITE MISE EN RESEAU DU MATERIEL INFORMATIQUE MISE EN RESEAU DES 4 PCS MISE EN RESEAU DES IMPRIMANTES DECLARATION DES IMPRIMANTES SUR LES PCS SAUVEGARDES/RESTITUTIONS SYSTEMES DES PCS WINDOWS ET LINUX INSTALLATION DU LOGICIEL GHOST SUITE CREATION D UN CDROM D AMORCE GHOST SAUVEGARDE DES DISQUES SYSTEMES RESTAURATION DES DISQUES SYSTEMES COPIE/PRE-TRAITEMENT DES DONNEES SONDE ETAPE 1 : PRE-TRAITEMENT DES DONNEES CTD ETAPE 2 : SAUVEGARDE AUTOMATIQUE DES DONNEES CTD ETAPE 3 : REDUCTION DES DONNEES PREPARATION DU CONTENEUR INFORMATIQUE AVANT CAMPAGNE MISE A L HEURE DES PCS D ACQUISITION CONFIGURATION POUR L ACQUISITION DES DONNEES SONDE CONFIGURATION POUR LE TRAITEMENT DES DONNEES CONFIGURATION POUR LA COPIE DES DONNEES SONDE CONFIGURATION POUR LA REDUCTION DES DONNEES CONFIGURATION DE L ENREGISTREUR MARANTZ ANNEXES CARACTERISTIQUES DES PCS WINDOWS CARACTERISTIQUES DES PCS LINUX INSTALLATION SYSTEME DES PCS WINDOWS INSTALLATION SYSTEME DES PCS LINUX BIBLIOGRAPHIE...33

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7 7 1. Introduction Le LPO mène des programmes de recherche en océanographie physique, destinés à comprendre et modéliser la circulation océanique. Pour ce faire, le LPO met en œuvre diverses techniques d observation de l océan dont l hydrologie. L hydrologie consiste à faire descendre, à partir d un navire, à une position géographique donnée (que l on appelle aussi station), un châssis équipé de bouteilles de prélèvements et de divers instruments de mesure dont une sonde CTD (Conductivity, Temperature, Depth) au bout d un câble électro-porteur. Les mesures CTD, pression, température, conductivité, sont transmises en temps réel à bord du navire, visualisées et enregistrées par un ordinateur embarqué. Lorsque le châssis a atteint le fond, on le remonte en fermant les bouteilles à différents niveaux de profondeur. L eau ainsi prélevée sera analysée (salinité, oxygène, sels nutritifs,..etc). Une partie de ces analyses serviront à calibrer les mesures de la sonde. Ainsi, les campagnes d hydrologie du laboratoire permettent de déterminer les caractéristiques de l eau de mer, de la surface au fond, en différents points de l océan. En 2006, les sondes CTD achetées dans les années 1980 (sondes NeilBrown) et utilisées jusqu'alors arrivent en fin de vie. Les moteurs de rosette permettant la fermeture des bouteilles de prélèvements nécessitent régulièrement l intervention d un ingénieur électronicien. Les ordinateurs d acquisition sont des stations SUN vieillissantes basées sur un ancien système d exploitation incompatible avec les nouvelles versions de logiciels (matlab, gsharp, etc). Ce constat montre clairement que pour assurer les futures campagnes d hydrologie du laboratoire, une réflexion globale sur la nouvelle hydrologie doit être menée. Pour ce faire, un groupe de travail, composé de M. Arhan, L. Marié, P. Lherminier, B. Ferron, P. Branellec, T. Terre, JP. Gouillou, M. Hamon, C. Kermabon, a été mis en place et a décomposé le renouvellement de l hydrologie comme suit : La sonde CTD L informatique associée (ordinateurs pour visualiser, enregistrer, pré-traiter les données sonde, logiciels d acquisition) Les moteurs de rosette [Réf. 1] Le châssis d intégration de ces éléments Après une brève présentation du matériel d hydrologie désormais mis en œuvre par le LPO, ce document se consacre à la partie informatique (matériel, système, logiciels, etc) associée au renouvellement de cette technique d observation.

8 8 2. Renouvellement du matériel CTD 2.1. Choix des nouveaux matériels et logiciels Sonde La question essentielle résidait dans le choix des nouvelles sondes CTD à mettre en œuvre. Toutes les sondes CTD du marché étant équivalentes, le choix a été guidé par l expérience de la communauté scientifique. Un autre point important pris en compte était la qualité du service après-vente du constructeur ainsi que sa relation avec le client. Selon ces critères et les besoins du laboratoire (profondeur maximale supportée par la sonde, etc), le choix s est porté sur le système 911+ du constructeur Sea-Bird Electronics, composé d une sonde CTD SBE 9plus et d un appareil de bord SBE 11plusV2 [Réf. 2][Réf. 3]. Une comparaison des données issues de la nouvelle sonde avec celles issues de la sonde NeilBrown utilisée jusqu alors a été effectuée. Ce travail [Réf. 4] indique notamment que la qualité des mesures fournies par la sonde Seabird semble sensiblement équivalente à celle des mesures fournies par la sonde NeilBrown Châssis Seabird peut fournir son propre châssis. Par rapport au châssis du LPO, ce dernier est plus large et a donc une trainée plus importante pouvant perturber les mesures L-ADCP. D autre part, ce châssis permet l intégration de 24 bouteilles de 12 l (22 bouteilles en configuration L-ADCP) contre 32 bouteilles de 8 l avec le châssis du LPO (28 bouteilles en configuration L-ADCP). Pour la majorité des campagnes d hydrologie du laboratoire, 8 l suffisent amplement. Le LPO a préféré privilégier le nombre de bouteilles (et donc le nombre de niveaux de prélèvements) plutôt que la quantité d eau de mer par niveaux. Le choix s est donc porté sur le châssis LPO qui a du être adapté pour permettre l intégration de la nouvelle sonde Système de fermeture des bouteilles Seabird peut fournir sa propre rosette permettant la fermeture des bouteilles. Cette rosette est liée au châssis Seabird et est configurée pour 12 ou 24 bouteilles. Le LPO ayant opté pour 28 bouteilles, le choix des rosettes s est naturellement porté sur les rosettes PASH déjà existantes au LPO. A noter que celles-ci ont néanmoins été modifiées électroniquement afin de rajeunir les composants et de faciliter la maintenance [Réf. 1] Enregistreur des données brutes sonde En temps réel, afin de pallier à un éventuel problème d enregistrement des données sur l ordinateur d acquisition, les données brutes sonde sont sauvegardées sur un enregistreur. Cela permet de rejouer la station si nécessaire. Le temps de rejeu est équivalent au temps réel d acquisition. Cette sauvegarde est donc une sauvegarde de niveau 0. Jusqu en 2006, cette sauvegarde était effectuée via un lecteur DAT. Le LPO est passé sur un support plus récent : les cartes CompactFlash. Un enregistreur Marantz PMD570 a donc été acheté [Réf. 5].

9 Informatique : Logiciel d acquisition et ordinateurs Seabird fournit divers logiciels associés aux données CTD : 1 logiciel d acquisition des données sonde : Seasave 1 logiciel de pré-traitement de ces données : SBEDataProcessing Le logiciel d acquisition AMBRE utilisé jusqu alors au LPO était compatible avec la nouvelle sonde. Néanmoins, AMBRE était opérationnel sous un ancien système d exploitation SUN incompatible avec les nouvelles versions de logiciels (matlab, Gsharp, etc). Il nécessitait donc une adaptation logicielle couteuse financièrement (achat de licences de progiciels utilisés par AMBRE) et humainement (temps de développement). Aussi, le LPO s est tourné vers les logiciels constructeurs, largement utilisés par la communauté scientifique. Ces logiciels s exécutant sous windows XP, nous avons donc remplacé les stations SUN utilisées jusqu alors (stations de toute façon vieillissantes) par 2 PCs windows XP pour l acquisition des données sonde. Afin de pouvoir acquérir les données via le logiciel constructeur, il est impératif que ces PCs windows comportent au moins 2 ports série (connexion avec l appareil de bord et avec le système de fermeture des bouteilles). Afin de pouvoir effectuer un pré-traitement des données sonde effectué jusqu à présent sur ces mêmes stations SUN, nous avons également acheté 2 PCs linux Descriptif du matériel et fonctionnalité Pour pouvoir rapidement pallier à un éventuel problème hardware, tout le matériel mis en œuvre pour l hydrologie est doublé afin de bénéficier de 2 systèmes d acquisition complets interchangeables. Chacun de ces systèmes met principalement en œuvre : o Une sonde Seabird 9+ [Réf. 2] permettant de collecter, à la cadence de 24 Hz, les paramètres de l eau de mer suivants : o Pression o Température : la sonde du LPO comporte 2 capteurs de température identiques (1 capteur dit primaire, l autre capteur étant dit secondaire) o Conductivité : la sonde du LPO comporte 2 capteurs de conductivité identiques (1 capteur dit primaire, l autre capteur étant dit secondaire) o Oxygène (via un capteur additionnel Seabird SBE43)

10 o Un appareil de bord 11plusV2 [Réf. 3] permettant de faire transiter les données entre la sonde et un PC d acquisition. Cet appareil acquiert également, via une trame NMEA, la date, l heure et la position (longitude/latitude) et les transmet au PC d acquisition. 10 La sonde 9+ et l appareil de bord 11plusV2 forme ce que l on appelle plus communément le système o Deux rosettes permettant chacune de déclencher 16 bouteilles de prélèvement. Les bouteilles 1 à 16 (resp. 17 à 32) sont affectées à la rosette du haut (resp. du bas). o Un enregistreur Marantz [Réf. 5] permettant de sauvegarder le signal de la sonde sur des mémoires Compacts Flash (CF), ceci afin de pouvoir rejouer la station en cas de problèmes éventuels.

11 11 o 1 PC d acquisition des données, sous windows XP comprenant 4 ports série. Les logiciels constructeurs Seabird indispensables, installés sur ce PC sont : o Seaterm : Ce logiciel permet de configurer l appareil de bord afin de préciser :. La constante de temps entre la mesure de la conductivité et la mesure de température. Si l appareil de bord est relié ou non à une trame NMEA. Si la sonde comporte ou non un capteur de rayonnement photosynthétiquement actif de surface (capteur SPAR) o Seasave : Ce logiciel est le logiciel d acquisition des données. Il permet d enregistrer sur disque les données sonde sous forme de fichier binaire. A noter que les données issues de la sonde sont des données en fréquence. Bien que le logiciel les convertisse en données physiques pour les visualiser, dans les fichiers binaires, ce sont les données en fréquence qui sont mémorisées. Deux versions du logiciel sont installées :. SeasaveV7 : version officielle désormais recommandée par SeaBird. Seasave-Win32 [Réf. 6]: version précédente. A ce jour, le LPO utilise cette version, faute de temps pour valider correctement la version SeasaveV7. o SBEDataProcessing-Win32 [Réf. 7] : Ce logiciel permet d effectuer divers traitements sur les données enregistrées par Seasave :. Conversion des fichiers binaires en fichiers ASCII. Marquage des données par rapport à la vitesse de la sonde. Nettoyage des données à partir d un test à la moyenne. Filtrage des données. etc, A noter qu à bord, le PC de rechange est utilisé pour effectuer divers tracés via le logiciel Gsharp. o 1 PC de traitement sous linux (Fedora Core 6) Ce PC comprend les logiciels développés en interne au LPO afin de pré-traiter et visualiser les données à bord, à savoir : o Le programme de réduction : celui-ci part des données ASCII à 24 Hz issues du logiciel SBEDataProcessing-Win32 et génère un fichier binaire (d extension.bru) ne comportant plus qu une donnée par paramètre (pression, température, conductivité, oxygène) et par décibar o Les programmes de tracés des données (à partir des fichiers.bru) o Les programmes d ajout de paramètres calculés tel que la salinité o Les programmes permettant d effectuer un suivi des capteurs afin de vérifier s ils ne dérivent pas o Etc, A noter qu à bord, le PC linux de rechange est utilisé pour pré-traiter des données autres que les données CTD, les données ADCP notamment (ADCP de coque et L-ADCP). o 1 imprimante pour imprimer divers tracés (tracés temps réel de l acquisition, tracés de section, etc)

12 12 3. Mise en réseau du matériel informatique L acquisition des données CTD s effectue via le logiciel Seabird Seasave sur un PC sous windows XP. A bord, le pré-traitement de ces données est réalisé sur un PC linux. Pour faciliter le transfert des données CTD d un poste à l autre (en l occurrence, ici, entre le PC windows d acquisition et le PC linux de pré-traitement), il a été nécessaire de créer un réseau local. Celuici a été réalisé en liaison avec Y. Le Fur du service NSE/ILE de l ifremer. Le réseau local comporte : 2 PCs windows XP : o Le PC principal d acquisition (CTD acquisition 1) o Le PC de rechange sur lequel des visualisations des données via le logiciel Gsharp peuvent également être réalisées (CTD Acquisition 2) 2 PCs linux : o Le PC dédié aux pré-traitements des données CTD à bord (CTD Traitement 1) o Le PC de rechange qui servira également aux traitements des données ADCP de coque et L-ADCP (CTD Traitement 2) Une imprimante Laser noir et blanc Une imprimante couleur 1 switch gigabit de 8 ports permettant l interconnexion des 6 éléments ci-dessus. Les PCs windows comportent 2 cartes réseaux. On choisit de connecter le port réseau de la carte mère sur le réseau local. Le port de la carte réseau supplémentaire sera connecté au réseau navire si nécessaire. Nous avons décidé d affecter à ce réseau local la page d adresse déjà utilisée pour l ancien système d acquisition, à savoir : XXX Nous avons également décidé de ne pas effectuer de montage NFS entre les 4 PCs. En effet, lorsque de tels montages existent, dès qu une machine ne fonctionne pas correctement, elle peut perturber le fonctionnement des autres. Or, dans notre cas, il est impératif que les PCs windows d acquisition puissent fonctionner indépendamment des autres machines. Le seul but de la mise en réseau est de permettre le transfert des données CTD du PC windows d acquisition vers un PC linux pour, d une part, effectuer un pré-traitement à bord et, d autre part, assurer une sauvegarde quasi-automatique des données sur 2 machines distinctes pour pallier à un éventuel problème de disque.

13 Mise en réseau des 4 PCs PCs windows Sont affectés les numéros IP suivants : au PC principal d acquisition au PC de rechange, PC également dédié à des visualisations sous le logiciel Gsharp Pour ce faire, la procédure à suivre est décrite ci-dessous : Relier un câble réseau entre le port réseau de la carte mère du PC à configurer et le switch gigabit. Se connecter sur le PC sous le compte administrateur Démarrer/Panneau de configuration/connexion réseau/connexion au réseau local CTD/Propriétés/Protocole internet (TCP/IP)/Propriétés o Cliquer sur Utiliser l adresse IP suivante et entrer : (resp ) pour le PC principal d acquisition CTD acquisition 1 (resp. pour le PC de rechange CTD Acquisition 2) comme masque de sous-réseau. Valider via OK o Valider via OK PCs linux Sont affectés les numéros IP suivants : au PC dédié aux pré-traitements des données CTD (CTD Traitement 1) au PC de rechange, PC également dédié aux traitements ADCP de coque et L-ADCP (CTD traitement 2) Pour ce faire, il est nécessaire de suivre la procédure ci-dessous : Relier un câble réseau entre le port réseau du PC à configurer et le switch gigabit Se connecter sur le PC sous le compte root Système/Administration/Réseau o Si nécessaire, sélectionner le périphérique eth0. o Vérifier que ce périphérique est activé. Sinon, l activer. o Double-cliquer sur ce périphérique o Dans l onglet général : Cliquer sur Configurer statistiquement les adresses IP En adresse, entrer (resp ) pour le PC CTD Traitement 1 (resp. CTD Traitement 2) En masque de sous-réseau, entrer : Cliquer sur Valider o Enregistrer les modifications Ouvrir, sous éditeur, le fichier /etc/hosts : o Ajouter les 2 lignes suivantes afin de donner un nom distinct aux 2 PCs linux: trait trait2 o Si nécessaire, ajouter juste après les lignes de commentaire la ligne suivante : localhost.localdomain localhost A priori, si cette ligne n existe pas, le démon de licence matlab ne fonctionne pas correctement.

14 A noter que cette ligne est de base dans le fichier /etc/hosts. Néanmoins, après avoir configuré manuellement le numéro IP, cette ligne avait disparu. Le démon de licence matlab ne se lançait alors plus. Pour y remédier, il a fallu réintroduire cette ligne manuellement. o Sauvegarder le fichier hosts ainsi modifié. Il est à noter que pour que les PCs windows puissent accéder aux PCs linux via telnet, il est impératif que les PCs windows soient référencés dans le fichier /etc/hosts des PCs linux. D autre part, pour que le rsh fonctionne correctement des PCs windows vers les PCs linux (ex : rsh ls), on doit associer un nom aux PCs windows (acqui1 et acqui2) ; sinon, le rsh donne l erreur suivante : host address mismatch for rsh : impossible d établir la connexion. 14 Au final, le fichier /etc/hosts des PCs linux doit être similaire à : Pour CTD Traitement 1 : # Do not remove the following line, or various programs # that require network functionality will fail localhost.localdomain localhost ::1 localhost.localdomain localhost trait trait acqui acqui2 Pour CTD Traitement 2 : # Do not remove the following line, or various programs # that require network functionality will fail localhost.localdomain localhost ::1 localhost.localdomain localhost trait trait acqui acqui2 Le fichier /etc/sysconfig/network-scripts/ifcfg-eth0 doit être similaire à : Pour CTD Traitement 1 : # Intel Corporation 82566DM Gigabit Network Connection DEVICE=eth0 BOOTPROTO=none HWADDR=00:19:D1:6D:71:B0 ONBOOT=yes NETMASK= IPADDR= TYPE=Ethernet USERCTL=no IPV6INIT=no PEERDNS=yes

15 15 Pour CTD Traitement 2 : # Intel Corporation 82566DM Gigabit Network Connection DEVICE=eth0 BOOTPROTO=none HWADDR=00:19:D1:6D:73:4F ONBOOT=yes NETMASK= IPADDR= TYPE=Ethernet USERCTL=no IPV6INIT=no PEERDNS=yes Le hostname de CTD Traitement 1 (resp. CTD Traitement 2) est trait1 (resp. trait2) Mise en réseau des imprimantes Imprimante noir et blanc HP LaserJet 2200DTN Est affecté à cette imprimante le numéro IP : Pour ce faire, la procédure à suivre est décrite ci-dessous : Brancher un câble réseau entre le port réseau de l imprimante et le switch gigabit Allumer l imprimante Appuyer simultanément sur les 2 boutons de l imprimante (Bouton Reprise et bouton Annuler) afin de sortir une page de configuration de l imprimante et vérifier le numéro IP (IP Address) : o Si ce numéro est , il est alors impératif d effectuer un cold reset de l imprimante afin de remettre les paramètres d usine et obtenir un numéro IP de type Pour réaliser le cold reset, : Eteindre l imprimante Appuyer sur le bouton Reprise Rallumer l imprimante et rester appuyer sur le bouton Reprise jusqu à ce que les voyants s allument. Relâcher le bouton Reprise Attendre que les voyants ne clignotent plus. Ressortir une page de configuration de l imprimante et vérifier que le numéro IP est du type Attention, si on reste appuyer sur le bouton Reprise trop longtemps après que les voyants ne clignotent plus, la NVRAM est alors aussi réinitialisée (remise à 0 du compteur de page, configuration de l imprimante remise à l état usine (format de page, etc)). Forcer le numéro IP de cette imprimante à via le logiciel windows du CD associé à l imprimante. o Installation du logiciel o Recherche d une imprimante sur le réseau : Recherche par adresse matériel (0030C1CCC5A6) o L imprimante détectée, on la configure, par protocole Windows TCP/IP : Numéro IP : Masque : Passerelle : (PC CTD Traitement 1) Ceci implique que le PC trait1 fonctionne pour que cette imprimante soit accessible..

16 o Ressortir une page de configuration et vérifier que les 3 lignes suivantes sont correctes : IP Address : Subnet Mask : Default Gateway : Config by : User Specified Imprimante couleur HP Business Inkjet 2250 Cette imprimante n a pas de port réseau. On la connecte donc directement au PC Windows de rechange via un câble parallèle. Sur ce PC, on déclare l imprimante via Démarrer/Imprimantes et Télécopieurs/Ajout d une imprimante (Déclaration d une imprimante locale connectée à cet ordinateur). Afin que l imprimante soit accessible des autres postes, il est impératif de la partager. Le nom de partage choisi ici est HPcouleur. Il est également nécessaire d installer sur le PC windows connecté à l imprimante les services d impressions TCP/IP. Pour ce faire, sous le compte administrateur : Démarrer/Panneau de configuration/ajout et Suppression de Programmes Cliquer sur Ajouter ou supprimer des composants Windows Sélectionner Autres services de fichiers et d impression en réseau Cliquer sur suivant : Le CD de Windows XP Service pack 2 est alors demandé pour insertion dans le lecteur. Le service Serveur d impression TCP/IP doit être activé, toujours sous le compte administrateur : Démarrer/Panneau de configuration/outils d administration/services, double-cliquer sur Serveur d impression TCP/IP Sélectionner, comme de type de démarrage : Automatique Vérifier que ce service est démarré. Sinon, le démarrer. Valider Déclaration des imprimantes sur les PCs Imprimante LaserJet HP 2200 sur les PCs linux Se connecter sous le compte root Lancer un navigateur Web et entrer l adresse WEB CUPS : Administration/Ajouter une imprimante : o Nom : hp2200 o Matériel : AppSocket/HP jetdirect o Uri du matériel : socket:// o Marque et Modèle : HP LaserJet 2200 Foomatic/ljet4 L imprimante est connue sous le nom hp2200. Pour imprimer, par exemple : lp dhp2200 /etc/hosts enscript 2r Php2200 /etc/hosts

17 Imprimante Business Inkjet 2250 sur les PCs linux Refonte CTD Se connecter sous le compte root Lancer un navigateur Web et entrer l adresse WEB CUPS : Administration/Ajouter une imprimante : o Nom : hpcoul o Matériel : LPD/LPR Host or Printer o Uri du matériel : lpd:// /hpcouleur ( : numéro IP du PC windows directement connecté à l imprimante ; HPcouleur : nom du partage de l imprimante). L imprimante est connue sous le nom hpcoul Imprimante LaserJet HP2200 sur les PCs windows Se connecter sous le compte administrateur Démarrer/Imprimantes et Télécopieurs/ Ajouter une imprimante o Ajouter une imprimante locale o Créer un nouveau port o Sélectionner le port Standard TCP/IP o Donner l adresse IP de l imprimante ( ) o Installer le pilote Postscript de l imprimante comme traditionnellement Imprimante Business Inkjet 2250 sur le PC windows principal d acquisition Se connecter sous le compte administrateur Démarrer/Imprimantes et Télécopieurs/ Ajouter une imprimante o Ajouter une imprimante réseau ou une imprimante connectée à un autre ordinateur/connexion à une imprimante : // /HPcouleur

18 Le schéma ci-après synthétise le réseau informatique associé à l hydrologie. Il précise aussi comment l informatique est lié à la partie électronique. Cette interconnexion est possible via des ports série. Sur le port série com4 du PC d acquisition doit être relié l appareil de bord. Sur le port série com5 doit être relié la rosette. 18 Note 1 : Bien que les 4 PCs soient en réseau, ils sont indépendants les uns des autres. Si un des PCs est en panne, cela n affecte en aucun cas le fonctionnement des autres PCs. Note 2 : Les PCs windows ne sont pas serveur FTP, uniquement client. A partir des PCs windows, il est donc possible de faire un ftp sur les PCs linux afin d y déposer ou récupérer des fichiers (commande put et get du ftp). Le contraire n est pas autorisé. Note 3 : L imprimante Noir et Blanc n est accessible que si le PC trait1 est en fonctionnement. Note 4 : L imprimante couleur n est disponible que si le PC Windows sur lequel elle est connectée est en fonctionnement.

19 4. Sauvegardes/Restitutions systèmes des PCs windows et Linux 19 Bien que tout le système informatique de l hydrologie soit dupliqué pour remédier rapidement à une éventuelle panne, il est nécessaire d effectuer une sauvegarde des disques systèmes. Ainsi, en cas de panne d un tel disque, il suffit de le remplacer et de le restituer à partir de la sauvegarde. Une restitution est beaucoup plus aisée et rapide qu une réinstallation complète de système. Cela permet donc rapidement de rendre à nouveau opérationnel le PC en panne. Cela est d autant plus nécessaire que les PCs de rechange sont néanmoins utilisés à bord (visualisation des données sonde sous Gsharp, traitement ADCP, etc). Sous les conseils de Y. Le Fur de NSE/ILE de l ifremer, c est le logiciel Ghost de Symantec qui permet d effectuer les sauvegardes/restitutions système Installation du logiciel Ghost Suite Ce logiciel s installe sous le compte administrateur d un des PCs Windows XP à partir du CD Symantec Ghost Suite 2.0. Seule l installation des outils standard ghost est nécessaire Création d un CDROM d amorce Ghost Pour créer un CD d amorçage, il faut exécuter le programme Symantec Ghost/Assistant d Amorçage Ghost. Puis : Sélectionner Paquet d amorçage Ghost standard pour la prise en compte de l écriture/lecture de CD/DVD. Suivant Suivant (on ne sélectionne aucun service supplémentaire, ni support USB, ni support LPT, ni pilotes Adaptec ASPI) Cliquer sur Récupérer MS-DOS Sélectionner le device comportant la disquette de démarrage Windows 95 ou windows 98 Suivant Suivant (on ne sélectionne aucun support de stockage externe) Sélectionner Créer une image ISO et donner un nom de fichier (ghost.iso par exemple) Il n est pas nécessaire de cliquer sur la prise en charge de CD/DVD amorçables Suivant Suivant Terminer Gravure de l image.iso créée sur un CD. Il est impératif de graver ce fichier en tant qu image. Pour ce faire, on peut utiliser le logiciel Nero. Note 1 : Le premier CD d amorce que nous avons créé était un CD PC-DOS. Le CD ainsi constitué permettait de booter de ce CD sur des anciennes machines. Sur les machines Windows et Linux CTD, le CD n était pas reconnu comme amorçable et un message d erreur apparaissait au boot. En cherchant sur le WEB, nous avons constaté que d autres personnes qui étaient confrontées au même problème l avaient contourné en créant un CD d amorce MS-DOS. Nous avons fait de même.

20 4.3. Sauvegarde des disques systèmes Refonte CTD Pour effectuer la sauvegarde des disques système, il est nécessaire de booter sur le CD d amorce créé par la procédure décrite précédemment. Si le PC ne boote pas sur le CD, il faut alors vérifier dans le BIOS (via la touche F2 au démarrage) l ordre des devices de boot. Il est impératif que le PC puisse booter à partir de média amovible ( enabled ) et que le CD soit positionné avant le disque dur dans l ordre des médias à parcourir pour le boot. Lorsque le PC boote à partir du CD d amorce, le logiciel Symantec Ghost se lance. Sous ce logiciel, la souris n est pas reconnue. Pour naviguer, il faut donc utiliser le clavier (touche Tabulation, les flèches, les lettres (O pour OK par exemple)). Valider par OK Retirer le CD d amorce et insérer un DVD vierge Sélectionner Local/Disque/Vers Image Sélectionner le disque à sauvegarder : disque système Choisir de faire la sauvegarde sur graveur DVD Optiac Choisir la compression élevée Pour chacun des disques systèmes, un seul DVD est nécessaire. On a donc 4 DVDs : 1 DVD du disque système du PC Windows principal 1 DVD du disque système du PC Windows de rechange 1 DVD du disque système du PC Linux principal 1 DVD du disque système du PC linux de rechange Nous avons choisi de ne sauvegarder via le logiciel ghost que les disques système. Le second disque de chacun des 4 PCs n est pas sauvegardé. Ces seconds disques sont des disques de données, une sauvegarde sur disque externe est plus appropriée Restauration des disques systèmes Pour restaurer un disque système, il faut : Booter le PC à partir du CD d amorce Ghost Valider le logiciel Symantec via OK (à partir du clavier via la touche tabulation ou O pour OK) Retirer le CD d amorce et insérer le DVD comportant la sauvegarde du disque système à restaurer Sélectionner Local/Disque/Depuis Image Sélectionner le lecteur DVD/CD comme source Ouvrir Sélectionner le disque dur sur lequel la restitution doit s effectuer OK OK Note 1 : Le 9 novembre 2007, T. Terre et C. Kermabon ont restitué le système du PC Windows de rechange et le système du PC linux de rechange sur une machine similaire, au niveau architecture, aux 4 PCs CTD. Si ce n est des problèmes de clavier (de temps en temps, sous le logiciel Ghost, le clavier ne répondait plus), les restaurations se sont bien passées. Note 2 : La restitution a été effectuée sur une machine ne comportant qu un seul disque interne alors que les machines CTD ont 2 disques internes. Aussi, après restitution du système linux, le PC s est arrêté au boot sur la vérification du second disque. Pour y remédier, on a booté sur le CD Knoppix, monté le device /dev/sda2 sur /mnt/toto afin de modifier le fichier /mnt/toto/etc/fstab pour commenter la ligne relative à ce second disque (ie relative à /export/home1). Une fois fait, le PC a booté sous linux sans souci. 20

21 Note 3 : Si on souhaite voir le contenu des DVDs de sauvegarde, il faut impérativement que le logiciel Ghost/Outils Standard soit installé sur un PC Windows. Dans ces outils standard, il existe en effet un navigateur ghost permettant de : lister tous les fichiers de la sauvegarde extraire séparément les fichiers désirés Avant de partir en mer, il est donc impératif de s assurer que le logiciel Ghost/Outils standard est bien installé sur un PC windows ou que le CD d installation de ce logiciel est disponible. 21

22 22 5. Copie/Pré-traitement des données sonde Dans le quart CTD, après l acquisition des données sonde via le logiciel Seabird Seasave, 3 étapes de post-acquisition sont à réaliser : Etape 1 : Création du fichier.cnv qui sera en entrée du logiciel de réduction des données ; la réduction consistant à réduire les données acquises à la cadence de 24 Hz à une donnée par capteur et par décibar. Ce fichier.cnv est généré via le logiciel Seabird SBEDataProcessing à partir du fichier de données issu du logiciel d acquisition SeaSave (.dat ou.hex). Etape 2 : Copie de secours des données ainsi générées (via Seasave et SBEDataProcessing) sur d autres disques que celui d acquisition Etape 3 : Réduction des données. Les 2 premières étapes sont automatisées et réalisées via le lancement de fichier.bat sur le PC windows d acquisition sous le compte acquis. La 3 ième étape fait appel à l exécution d un programme fortran (cnv2bru_new) sur le PC principal de traitement sous le compte visu Etape 1 : Pré-traitement des données CTD Le logiciel SBEDataProcessing offre la possibilité d effectuer divers traitements sur les données CTD (nettoyage, filtrage, etc). Une étude, réalisée en collaboration avec M. Arhan, a conduit à définir les traitements suivants pour les données CTD du laboratoire : DatCnv : Conversion du fichier de données binaires, issu de l acquisition, en fichier ASCII. Le fichier binaire comprend les données en fréquence. Le fichier ASCII comprend ces données converties en valeurs physiques. WildEdit : Nettoyage des données de pression afin de pouvoir filtrer la pression correctement. Le nettoyage repose sur un test d écart à la moyenne. 2 comparaisons à la moyenne sont effectuées à la suite. Pour le premier, on donne un écart-type de 2 ; pour le second, un écart-type de 20. Pour les 2 tests, on travaille par blocs de 100 cycles (soit environ 4 sec pour une cadence de 24 Hz). Filter : Filtrage de la pression sur 0.15 sec. Ce filtrage est recommandé par Seabird afin de pouvoir réduire le bruit sur la pression avant le flagguage des données par rapport à la vitesse de la sonde. AlignCTD : Prise en compte d un retard sur l oxygène. Seabird préconise une valeur allant de 2 sec (pour une température de 25 ) à 5 sec (pour une température de 0 ). Pour Goodhope et Ovide 2008, région froide, on applique un retard de 4 sec. Ce retard est à ajuster à chaque campagne. Il est à noter qu on peut aussi appliquer un retard pour la conductivité. Néanmoins, le LPO a configuré l appareil de bord afin d appliquer un retard de sec sur la conductivité (0.073 sec étant préconisé par Seabird). Dans un premier temps, il est donc inutile de réappliquer logiciellement un retard pour la conductivité. CellTM : Prise en compte de l effet de la masse thermique de la cellule de conductivité via l utilisation d un filtre récursif. Ceci est recommandé par Seabird (on applique le filtre avec les valeurs par défaut (0.03 et 7.0)). LoopEdit : Flagguage des cycles par rapport à la vitesse de la sonde. On flaggue les cycles associés à des pressions décroissantes (resp. croissantes) en descente (resp. en montée). Dans un premier temps, en option, on pose : Fixed minimum velocity : 0

23 On ne coche pas Remove Surface soak Refonte CTD Bottesum : Création d un fichier comprenant une valeur par paramètre pour chacune des bouteilles de prélèvements fermée. Au final, on obtient principalement un fichier ASCII comportant toutes les données capteur à 24Hz qui sera en entrée du programme de réduction. Note 1 : Cet enchainement de traitements, avalisé par le groupe de travail sur la refonte de l hydrologie du laboratoire, a été utilisé pour les campagnes Goodhope et Ovide Néanmoins, il ne pourra être définitivement validé qu après que les données sonde de ces 2 campagnes soient calibrées et finalisées. La calibration des données peut aussi conduire à une modification de cet enchainement et des traitements à appliquer pour les campagnes futures. Ci-dessous le fichier LanceProcess.bat permettant à l utilisateur de lancer le logiciel SBEDataProcessing. Celui-ci requiert en entrée le fichier ficproces.batch précisant les diverses étapes de SBEDataProcessing à réaliser. Dans LanceProcess.bat, la racine des fichiers (ici, ov08st) est à adapter à chaque off REM REM REM Lancement de SBEDataProcessing REM REM echo. echo Conversion du fichier de donnees en ASCII echo Wiledit, filter sur P, Alignement de O2 de 4 sec, CellTM, LoopEdit echo. REM ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~ REM Saisie de stations a traiter par l'utilisateur. REM ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~ set /P st1= Numero de la premiere station : set /P st2= Numero de la derniere station : echo Station a traiter : %st1% a %st2% REM ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~ REM Passage de chaine de caractere a numerique. REM ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~ set /A st1_num=st1 set /A st2_num=st2 REM ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~ REM Boucle sur les stations. REM ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~ for /L %%N in (%st1_num%,1,%st2_num%) do ( echo Traitement de la station : %%N if %%N leq 9 ( C:\WINDOWS\SBEBatch F:\cruise\util_windows\ficproces.batch ov08st00%%n ) else if %%N leq 99 ( C:\WINDOWS\SBEBatch F:\cruise\util_windows\ficproces.batch ov08st0%%n 23 ) pause ) else ( C:\WINDOWS\SBEBatch F:\cruise\util_windows\ficproces.batch ov08st%%n )

24 Le fichier ficproces.batch associé est fourni ci-après. Les répertoires (ici, F:\cruise\ovide08) sont à adapter à chaque Appel des diverses étapes datcnv /if:\cruise\ovide08\data\%1.dat /of:\cruise\ovide08\data /f%1.cnv /cf:\cruise\ovide08\data\%1.con /pf:\cruise\ovide08\config\datcnv.psa wildedit /if:\cruise\ovide08\data\%1.cnv /of:\cruise\ovide08\data /f%1.cnv /cf:\cruise\ovide08\data\%1.con /pf:\cruise\ovide08\config\wildedit.psa filter /if:\cruise\ovide08\data\%1.cnv /of:\cruise\ovide08\data /f%1.cnv /cf:\cruise\ovide08\data\%1.con /pf:\cruise\ovide08\config\filter.psa alignctd /if:\cruise\ovide08\data\%1.cnv /of:\cruise\ovide08\data /f%1.cnv /cf:\cruise\ovide08\data\%1.con /pf:\cruise\ovide08\config\alignctd.psa celltm /if:\cruise\ovide08\data\%1.cnv /of:\cruise\ovide08\data /f%1.cnv /cf:\cruise\ovide08\data\%1.con /pf:\cruise\ovide08\config\celltm.psa loopedit /if:\cruise\ovide08\data\%1.cnv /of:\cruise\ovide08\data /f%1.cnv /cf:\cruise\ovide08\data\%1.con /pf:\cruise\ovide08\config\loopedit.psa bottlesum /if:\cruise\ovide08\data\%1.ros /of:\cruise\ovide08\data /f%1.btl /cf:\cruise\ovide08\data\%1.con /pf:\cruise\ovide08\config\bottlesum.psa 24 Tous les fichiers *.psa sont à créer manuellement en début de campagne. Pour ce faire, il faut : lancer chacune des 7 étapes (datcnv, wiledit, filter, alignctd, celltm, loopedit, bottlesum) via le logiciel SBEDataProcessing afin de configurer les paramètres associés mémoriser ces paramètres avec l option Saveas. Il est à noter que la réduction des données (étape 3) nécessite que le fichier ASCII comprenne, pour chaque cycle : La position (Latitude/Longitude) Le jour julien (Time elapsed in julian day) Le numéro de cycle (Scan count). Il faut donc configurer le programme SBEDataProcessing/DatCnv en conséquence Etape 2 : Sauvegarde automatique des données CTD Après la conversion du fichier binaire d acquisition en fichier ASCII, une sauvegarde des données doit être effectuée sur des disques autres que celui d acquisition via le fichier batch : CopieData.bat ci-dessous. Les noms des répertoires sont à adapter à chaque off REM REM REM Sauvegarde des données sonde REM REM REM On se place dans le repertoire de donnees CTD. cd /D F:\cruise\ovide08\data REM Saisie de la station a copier. REM ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~ set /P st_copie= Numero de la station a Copier : echo. echo Copie des donnees CTD sur le disque externe du PC WINDOWS echo. copy /-Y *%st_copie%* G:\cruise\ovide08 echo.

25 25 pause echo. echo Copie des donnees CTD sur le disque INTERNE du PC linux trait1 echo. REM REM Creation du fichier script ftp REM echo open > F:\cruise\util_windows\CopieData.txt echo acquis>> F:\cruise\util_windows\CopieData.txt echo akio3ok>> F:\cruise\util_windows\CopieData.txt echo prompt off>> F:\cruise\util_windows\CopieData.txt echo cd /export/home1/cruise/ovide08>> F:\cruise\util_windows\CopieData.txt echo bin>> F:\cruise\util_windows\CopieData.txt REM echo hash>> F:\cruise\util_windows\CopieData.txt echo mput *%st_copie%*>> F:\cruise\util_windows\CopieData.txt echo quit>> F:\cruise\util_windows\CopieData.txt REM REM Transfert des fichiers via ftp REM ftp -s:f:\cruise\util_windows\copiedata.txt REM REM On force les fichiers en lecture seule pour eviter un eventuel ecrasement REM de fichier. REM rsh chmod a-w /export/home1/cruise/ovide08/* echo. pause echo. echo. echo Copie des donnees CTD sur le disque EXTERNE du PC linux trait1 echo. REM REM Creation du fichier script ftp REM echo open > F:\cruise\util_windows\CopieData.txt echo acquis>> F:\cruise\util_windows\CopieData.txt echo akio3ok>> F:\cruise\util_windows\CopieData.txt echo prompt off>> F:\cruise\util_windows\CopieData.txt echo cd /media/data/cruise/ovide08>> F:\cruise\util_windows\CopieData.txt echo bin>> F:\cruise\util_windows\CopieData.txt REM echo hash>> F:\cruise\util_windows\CopieData.txt echo mput *%st_copie%*>> F:\cruise\util_windows\CopieData.txt echo quit>> F:\cruise\util_windows\CopieData.txt ftp -s:f:\cruise\util_windows\copiedata.txt echo. pause echo. Par défaut, ce script effectue une sauvegarde des données sur : Le disque interne du PC linux trait1 Le disque externe du PC linux trait1 (ici, nommé /media/data) Le disque externe du PC d acquisition Pour que ce script s exécute correctement dans sa configuration par défaut, il faut : Que le répertoire F:\cruise\util_windows existe sur le PC windows d acquisition et que le compte acquis ait les droits d écriture/lecture (à priori, de base, il les a). Que le PC linux soit serveur ftp et rsh. A l installation, dans la personnalisation des paquetages, il faut avoir sélectionné Server/FTP server et rsh-server dans serveur de réseau hérité. Il faut également que l option disable soit à no dans le fichier /etc/xinetd.d/rsh (si modification de ce fichier, il faut relancer le démon

26 /etc/init.d/xinetd (stop/start)) et que le service vsftpd soit actif (Bureau/Administration/Paramètre de serveur/service : cocher vsftpd). Que, sous le HOME de acquis sur le PC linux , le fichier.rhosts existe et comprenne les lignes suivantes : acquis acquis Ces lignes donnent l autorisation au compte acquis d effectuer un rsh sur à partir des 2 PCs windows. Que le disque externe NTFS 250 Go soit connecté et monté manuellement sur le PC linux de la manière suivante : Brancher le disque externe via un câble USB sur l un des ports USB du PC linux Brancher le cordon d alimentation du disque externe Se loguer en tant que root Si le disque est automatiquement monté, il faut le démonter. Pour ce faire, on clique sur le bouton droit de la souris sur l icône associé au disque et on sélectionne l option Démonter le volume. Le montage automatique effectué est un montage uniquement en lecture et ne nous intéresse donc pas. Pour avoir accès au disque en écriture, il est impératif de monter le disque manuellement, sous root, via la commande ntfs-3g : ntfs-3g /dev/sdc1 /media/data Le nom du device (sdc1) est à adapter. Les 2 disques internes sont nommés sda et sdb. Selon l ordre chronologique de connexion de périphériques externes, le device varie (si le disque est le 1 er périphérique USB à être connecté, le device est sdc1, si c est le 2 nd périphérique à être connecté, le device est sdd, etc). Sur ce disque externe, il faut avoir créé un répertoire cruise/ovide08 (à adapter à chaque campagne) où les données seront copiées. A noter que le montage effectué via la commande ntfs-3g donne accès à ce répertoire à tout le monde en écriture/lecture. Que le 2 nd disque externe NTFS 250 Go soit connecté sur le PC d acquisition et monté sous la lettre G. Pour que la lettre G : soit affecté à ce disque, il faut qu il soit le premier périphérique USB branché sur le PC. Néanmoins, au cas où cela ne serait pas la lettre G : qui est affectée, on peut le forcer via : Connexion sur le PC d acquisition sous le compte administrateur Panneau de Configuration / Outils d administration / Gestion de l ordinateur / Gestion des disques Sélectionner la partition associée au disque externe USB et modifier la lettre attribuée et la forcer à G : Sur ce disque externe (G :), le répertoire cruise/ovide08 (à adapter à chaque campagne) doit exister. Au cas où le PC linux serait en panne, le fichier CopieData.bat sera à modifier pour effectuer la copie sur le PC linux Il sera donc alors nécessaire de configurer le PC linux de la même manière. 26

27 Etape 3 : Réduction des données La réduction des données prend en entrée le fichier ASCII issu de l étape 1. Ce fichier comprend toutes les données capteurs à une cadence de 24 Hz. Les cycles associés à des pressions décroissantes (resp. croissantes) en descente (resp. montée) sont flaggués ; les retards des divers paramètres les uns par rapport aux autres ont déjà été appliqués. La réduction consiste à ne garder qu une seule donnée moyennée par capteur (pression, température, conductivité, oxygène (en volt), température du capteur de pression) et par décibar. En sortie, on crée un fichier binaire d extension.bru (1 fichier.bru pour la descente, 1 fichier.bru pour la montée) qui sera en entrée des chaines bathysonde et/ou de calibration du LPO. Ci-dessous, une brève présentation du principe de la réduction des données : Lecture de toutes les données à 24Hz Elimination des cycles comportant une valeur de capteur invalide ( e -29) Test d un cycle par rapport au précédent : Mise en route du processus via la création d un cycle de départ : moyenne des 30 premiers cycles Un cycle est valide s il ne diffère, par rapport au cycle précédent, pas de plus de : 0.5 db en pression en oxygène (en volt) en température et conductivité pour des pressions comprises dans l intervalle (en db) : [0 et 1500[ en température et conductivité pour des pressions supérieures ou égales à 1500 db. Si 24 cycles sont rejetés consécutivement, le 24 ième cycle rejeté devient la référence et le cycle suivant sera validé par rapport à ce dernier. De la surface au fond pour une descente (du fond à la surface en montée), on ne garde qu une valeur par capteur par db. Pour une pression P entière, pour chaque capteur, celleci est calculée en moyennant toutes les valeurs validées entre (P-0.5) et (P+0.5). Création d un fichier pour la descente et d un fichier pour la montée. Note 1 : Le logiciel SBEDataProcessing de Seabird permet également de nettoyer les données puis de les réduire à une valeur par paramètre et décibar. Néanmoins, une comparaison a été réalisée entre la méthode Seabird et la méthode utilisée au LPO jusqu alors. Il s avère notamment que le nettoyage des données par le logiciel Seabird (nettoyage par un test d écart à la moyenne) nous a semblé moins performant que le nettoyage LPO basé sur un test de cohérence entre 2 cycles consécutifs. Aussi, pour le nettoyage des données et réduction, il a été décidé de conserver la méthode LPO, via l appel à un programme fortran sous linux. La méthode LPO a été développée pour les sondes NeilBrown cadencées à 32 Hz. Elle ne pourra être définitivement validée qu après que les données des campagnes Goodhope et Ovide 2008 soient calibrées et finalisées et sera peut-être à modifier/adapter à la nouvelle sonde SBE 9+ cadencée à 24 Hz. Les figures ci-après comparent le résultat de la réduction des données en température sur un profil montée pour une station. On constate que le profil issu du nettoyage/réduction via le logiciel Seabird comporte des données aberrantes que l on ne retrouve pas sur le profil issu du nettoyage/réduction LPO.

28 28

29 29 6. Préparation du conteneur informatique avant campagne D une manière générale et régulière, il est nécessaire de se tenir informé auprès du constructeur de l évolution de ses logiciels d hydrologie. Ceci peut s effectuer via la consultation du site internet Seabird Avant chaque campagne, il est conseillé d étudier la dernière version recommandée par Seabird et l installer si nécessaire. Outre cet aspect de veille, avant le départ en mer, diverses interventions, détaillées ci-après, sont à effectuer Mise à l heure des PCs d acquisition Bien que le PC d acquisition reçoive de l appareil de bord la trame NMEA, le logiciel Seabird d acquisition mémorise, en jour julien, le temps interne du PC. L heure NMEA est utilisée par Seasave uniquement pour mémoriser l heure de début de station dans l entête des fichiers. L heure principale de Seasave est l heure interne du PC. D autre part, les données CTD Seabird sont utilisées pour le traitement des données L-ADCP. Aussi, le PC d acquisition doit être mis à l heure UTC conformément au PC associé au L-ADCP. Ceci est à réaliser manuellement en début de campagne et à renouveler si nécessaire, en fonction de la dérive horloge du PC d acquisition Configuration pour l acquisition des données sonde Appareils de bord Afin de pouvoir configurer correctement le logiciel d acquisition, il est impératif de configurer les 2 appareils de bord via le logiciel Seaterm (à partir d un PC Windows) afin de préciser : o la constante de temps entre la mesure de température et la mesure de conductivité o si la sonde comporte ou non un capteur de rayonnement photosynthétiquement actif de surface (capteur SPAR) o si l appareil de bord est ou non connecté à un port NMEA o si les données de position doivent être ou non ajoutées aux données CTD à chaque cycle. A noter que le programme de réduction nécessite d avoir la position à chaque scan, il faut donc ajouter les positions via l option NY de Seaterm. o etc Fichiers de configuration Seasave Sur les 2 PCs d acquisition (le principal et le rechange), l utilisateur doit créer : un fichier de configuration Seasave (fichier *.con) en fonction de la sonde et des capteurs utilisés, de la présence ou non de la trame NMEA, etc Note 1 : La configuration des bouteilles (Water Sampler Configuration) diffère selon que le déclenchement s effectue via le Caroussel Seabird ou via les rosettes LPO. Avec le Caroussel Seabird, il faut configurer 24 bouteilles en mode Sequential. Avec les rosettes LPO, il faut configurer 32 bouteilles en mode User Input. Note 2 : Pour la réduction des données, il est impératif de : Cocher NMEA position added et Time Scan added configurer NMEA (Lat/Lon) Interface avec l option Append to every scan.

30 Les fichiers *dso (display screen overlay), *dsf (display screen fixed), *dss (display screen scrolled) en fonction des visualisations souhaités en temps réel lors de l acquisition 6.3. Configuration pour le traitement des données L utilisateur doit modifier et ou créer, sur chacun des PCs Windows, un fichier *.psa pour chacune des étapes qu il souhaite accomplir pour le traitement des données via le logiciel SBEDataProcessing. Pour ce faire, il faut lancer manuellement chaque étape, choisir les paramètres associés et sauvegarder le tout via l option Save as ou Save. Il est à noter que la réduction des données nécessite que le fichier ASCII comprenne, pour chaque cycle : o La position (Latitude/Longitude) o Le jour julien (Time elapsed in julian day) o Le numéro de cycle (Scan count). Il faut donc configurer le programme SBEDataProcessing/DatCnv en conséquence. L utilisateur doit également modifier, sous le répertoire F:\cruise\util_windows, les fichiers batch : LanceProcess.bat : en fonction de la racine des noms de fichiers de données brutes ficproces.batch : en fonction des étapes de SBEDataProcessing à lancer et du nom du répertoire de données 6.4. Configuration pour la copie des données sonde Sur chacun des PCs Windows, sous le répertoire F:\cruise\util_windows, le fichier CopieData.bat doit être modifié en fonction des répertoires de données de sauvegarde. Par défaut, ce fichier effectue une sauvegarde des données du PC d acquisition vers le PC linux trait1. Si la sauvegarde doit être effectué sur le PC trait2, il faut modifier CopieData.bat en conséquence (remplacer par ). D autre part, arrivé à bord, pour que la copie se fasse sur le disque externe du PC linux principal, il est nécessaire de : brancher et monter le disque externe via la commande, sous root : ntfs-3g /dev/sdc1 /media/data Note 1 : Le device est /dev/sdc1 si et seulement si le disque est le 1er périphérique USB branché. Sinon, le nom de device s incrémente dans l ordre alphabétique. Note 2 : Connecté sous root, la visualisation du fichier /var/log/messages permet d identifier le device associé à un périphérique nouvellement branché. 30

31 6.5. Configuration pour la réduction des données Refonte CTD Pour la réduction des données, il est nécessaire de modifier, sur les 2 PCs linux, le fichier.cshrc du compte visu afin d initialiser correctement les variables d environnement suivants : FICCOD : chemin associé au fichier des codes des paramètres physiques et chimiques IDENTCAMP_WINDOWS : racine des fichiers générés par le logiciel d acquisition SeaSave IDENTCAMP : racine des fichiers générés par le logiciel de réduction des données NOM_NAVIRE : nom du navire de la mission NOM_CHEF : nom du responsable de la mission NOM_ORGA : nom de l organisme responsable de la mission REP_DATA : nom du répertoire de données : ce répertoire contient les fichiers d acquisition (issus de SBEDataProcessing) Configuration de l enregistreur Marantz Lors de la campagne Goodhope 2008, 3 configurations différentes de l enregistreur ont été utilisées : o Configuration 1 : Format PCM (non compressé), 22 Khz offrant une durée maximale d enregistrement de 06h27 o Configuration 2 : Format PCM (non compressé), 48 Khz offrant une durée maximale d enregistrement de 02h57 o Configuration 3 : Format MP2 (compressé), 48 Khz offrant une durée maximale d enregistrement de 13h18 Une brève étude a été réalisée afin de déterminer quelle configuration utiliser à l avenir. Pour ce faire, une comparaison entre les données brutes sonde (à la cadence de 24 Hz) acquises en temps réel et les données brutes sonde issues du rejeu a été effectuée. Les 3 configurations permettent d obtenir plus de 98% de données communes entre temps réel et rejeu. Néanmoins, la configuration 2 n est pas viable du fait de sa faible durée d enregistrement, la plupart des stations nécessitant un minimum de 3h. Sur chacun des rejeux, on constate plusieurs sauts de 5 cycles consécutifs. Ces sauts sont plus nombreux pour la configuration 1 que la configuration 3. Bien que cette étude mérite d être approfondie, à l heure actuelle, il est donc recommandé de configurer l enregistreur Marantz conformément à la configuration 3. 31

32 32 7. Annexes 7.1. Caractéristiques des PCs Windows transtec SENYO 800M PC, Intel Core 2 Duo E6320 système Windows XP 2 Disques dur 250 Go SATA-2, 7200 t/min, 3,5" DDR2 SDRAM 2 Go 667 MHz (4x 512 Mo) Carte graphique GeForce 6200, 256 Mo TC (64 Mo), VGA + DVI Adapt. serveur Intel PRO/1000 MT Ethernet, 1x RJ45, PCI-X Cartes interface supplémentaires, 4x série, PCIe DVD+/-RW double couche avec Ecran transtec VISENA 200, 19", VGA + DVI-I, 1280 x 1024 garantie: 3 ans sur site 7.2. Caractéristiques des PCs linux transtec SENYO 800X PC, Intel Core 2 Duo E6600, 2.4 GHz sans système d exploitation 2 Disques durs 250 Go SATA-2, 7200 t/min, 3,5" DDR2 SDRAM 4 Go 667 MHz (4x 1 Go) Carte graphique GeForce 6200, 256 Mo TC (64 Mo), VGA + DVI Lecteur DVD+/-RW double layer Ecran transtec VISENA 200, 19", VGA + DVI-I, 1280 x 1024 garantie: 3 ans sur site 7.3. Installation système des PCs windows Les PCs windows sont arrivés avec le système Windows XP installé. Des logiciels recommandés par RIC (Firefox, f-secure, etc) ont néanmoins été rajoutés. Un compte local a été créé : acquis : Compte associé à l acquisition des données 7.4. Installation système des PCs linux L installation système des PCs linux dédié à l hydrologie est décrite sur l intranet du LPO aux adresses suivantes : File:///home/goulphar/admin/install/linux/fedora6.ctd1.html File:///home/goulphar/admin/install/linux/fedora6.ctd2.html

33 3 comptes locaux ont été créés sur chacun des 2 PCs linux : acquis : compte associé à l acquisition des données CTD devlp : compte associé au développement logiciel visu : compte associé aux visualisations des données CTD, au suivi des capteurs Refonte CTD Bibliographie Réf. 1: 2008, Hamon M, Marie L, Goulliou JP : Documentation technique de la carte rosette Réf. 2 : Seabird : SBE9plus Underwater Unit : 911plus CTD System Operating and Repair Manual Réf. 3 : Seabird : SBE 11plus V2 Deck Unit : For use with SVE 9plus CTD Réf. 4 : 2007, Kermabon C, Marie L : Stations de test Seabird 911 OVIDE 2006 : Comparaison des données Seabird avec les données NeilBrown Réf. 5 : Marantz : Model PMD570 User Guide : Solid state recorder Réf. 6 : Seabird : Seasoft-Win32 : Seasave : CTD Real-Time Data Acquisition Software for Windows 95/98/NT/2000/XP Réf. 7 : Seabird : Seasoft-Win32 : SBE Data Processing : CTD Data Processing and Plotting Software for Windows 95/98/NT/2000/XP