GenoLyse VER 1.0. Notice d'utilisation IFU pour usage diagnostique in vitro uniquement

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1 GenoLyse VER 1.0 Notice d'utilisation IFU pour usage diagnostique in vitro uniquement 10/2012

2 GenoLyse Kit d Extraction d ADN Bactérien Veuillez lire attentivement la notice d utilisation dans sa totalité avant d utiliser le kit. Respecter strictement la procédure établie pour obtenir des résultats de tests optimaux. Domaine d Utilisation Le kit d extraction d ADN GenoLyse permet d effectuer rapidement et aisément l extraction manuelle d ADN pour une utilisation ultérieure avec les tests de diagnostic GenoType MTBDRplus, GenoType MTBDRsl, GenoType MTBC, GenoType Mycobacterium CM, GenoType Mycobacterium AS, GenoQuick CT et GenoQuick MTB de Hain Lifescience. Selon l application ultérieure, des prélèvements de patients ou des échantillons de cultures peuvent être utilisés comme matériel de départ. Ce kit est un outil de diagnostic in vitro destiné aux établissements de santé et laboratoires médicaux. Principes de la Procédure La procédure comporte trois étapes: (i) culotage des cellules pour éliminer les liquides, (ii) lyse alcaline à température élevée, et (iii) neutralisation. L ADN génomique extrait peut être directement utilisé pour des applications en aval et peut être conservé à 20 C. Conservation et Élimination des Réactifs Conserver tous les composants du kit à 2-8 C. Ne pas utiliser les réactifs au-delà de leur date de péremption. Eliminer les réactifs inutilisés et les déchets conformément aux règlementations locales, régionales et nationales. Précautions de Manipulation des Composants de la Trousse Les composants du kit ne sont pas considérés comme étant des substances à risque. Cependant, porter toujours des vêtements et gants protecteurs appropriés pour les manipuler. Suivre les recommandations (fédérale, nationale, locale) d hygiène, de sécurité et d environnement. Echantillons Le matériel de départ approprié pour les diverses trousses de diagnostic (GenoType MTBDRplus, GenoType MTBDRsl, GenoType MTBC, GenoType Mycobacterium CM, GenoType Mycobacterium AS, GenoQuick CT ou GenoQuick MTB) est précisé dans les notices d utilisation respectives. Respecter les instructions des procédures de conservation, de transport et de préparation des échantillons, et le cas échéant, les instructions particulières de manipulation. Précautions de manipulation des échantillons Les échantillons, prélevés sur patient ou à partir de culture doivent toujours être considérés comme potentiellement infectieux et être manipulés comme tels (ex. voir [1] ou [2]). Se protéger à l aide de vêtements adéquats et de gants. Les échantillons et les cultures provenant de patients à risque (infectés par des micro-organismes pathogènes incluant l Hépatite B et le Virus d Immunodéficience humaine (VIH)) doivent toujours être étiquetés et manipulés dans des conditions de sécurité adaptées conformément aux directives institutionnelles. Eliminer les embouts de pipettes immédiatement après usage dans un contenant pour déchets à risques biologiques. Après avoir terminé le test, éliminer tous les consommables dans un contenant pour déchets à risques biologiques. Contrôle de Qualité Observer les précautions usuelles pour l extraction des acides nucléiques. Tous les matériels (tels qu embouts de pipettes) en contact avec les réactifs doivent impérativement être exempts de DNases. S'il faut inclure un échantillon de contrôle négatif lors de l'extraction d'adn pour la détection d'une possible contamination, pipeter 100 μl de Tampon de Lyse (A-LYS) dans un tube de 1,5 ml à capuchon vissant. Réaliser l'étape 4 (se référer au chapitre Procédure). Procédure A. Pour utilisation avec le test GenoType MTBDRplus, GenoType MTBDRsl, GenoType MTBC, GenoType Mycobacterium CM, GenoType Mycobacterium AS ou GenoQuick MTB Les échantillons potentiellement infectieux doivent être manipulés dans une enceinte de sécurité biologique de classe II. Les échantillons potentiellement infectieux doivent être centrifugés dans une enceinte de sécurité biologique de classe II ou dans un rotor étanche aux aérosols. Ouvrir le rotor étanche aux aérosols uniquement dans l enceinte de sécurité biologique. Pour les échantillons inactivés, un rotor standard peut être utilisé pour la centrifugation hors de l enceinte de sécurité biologique. 1. Prélèvements de patients (uniquement GenoType MTBDRplus GenoType MTBDRsl et GenoQuick MTB) : transférer 500 μl d échantillon décontaminé dans un tube à capuchon vissant de 1,5 ml étiqueté. Bactéries cultivées en milieu liquide (uniquement GenoType MTBDRplus, GenoType MTBDRsl, GenoType MTBC, GenoType Mycobacterium CM et GenoType Mycobacterium AS) : transférer 1 ml. Bactéries cultivées en milieu solide (uniquement GenoType MTBDRplus, GenoType MTBDRsl, GenoType MTBC, GenoType Mycobacterium CM et GenoType Mycobacterium AS) : recueillir les bactéries : à l aide d une oëse et repiquer dans 100 μl de tampon de lyse (A-LYS), vortexer et procéder à l étape Centrifuger pendant 15 min à x g. 3. Eliminer le surnageant et remettre le culot en suspension dans 100 μl de Tampon de Lyse (A-LYS) par vortex. 4. Incuber l échantillon pendant 5 min à 95 C dans un bain-marie avec le couvercle fermé. Centrifuger brièvement. 5. Ajouter 100 μl de Tampon de Neutralisation (A-NB) et vortexer l échantillon pendant 5 sec. 6. Centrifuger durant 5 min à vitesse maximale dans une centrifugeuse de paillasse et utiliser directement 5 μl de surnageant pour la PCR. Si la solution d ADN doit être conservée de façon prolongée, transférer le surnageant dans un nouveau tube. 2

3 B. Pour utilisation avec le test GenoQuick CT : 1. Rincer l écouvillon dans le milieu de transport ou, si un écouvillon sec est utilisé, dans 0,5-1 ml d une solution NaCl à 0,9% en vortexant pendant 10 secondes. Presser contre la paroi intérieure du tube pour éliminer tout liquide résiduel. 2. Transvaser 500 μl d échantillon de 1. ou transvaser 500 μl d échantillon d urine de premier jet dans un tube étiqueté de 1,5 ml à bouchon vissant. Centrifuger pendant 15 min à x g dans une centrifugeuse de paillasse. 3. Eliminer le surnageant et remettre le culot en suspension dans 100 μl de Tampon de Lyse (A-LYS) par vortex. 4. Incuber l échantillon pendant 5 min à 95 C dans un bain-marie. Centrifuger brièvement. 5. Ajouter 100 μl de Tampon de Neutralisation (A-NB) et vortexer l échantillon pendant 5 sec. 6. Utiliser directement 5 μl de la solution d ADN pour la PCR. Si la solution d ADN doit être conservée de façon prolongée, centrifuger pendant 5 min à vitesse maximale et transférer le surnageant dans un nouveau tube. L ADN génomique extrait peut être directement utilisé pour des applications en aval et peut être conservé à 20 C. Limitations Respecter scrupuleusement les protocoles et procédures établis afin d obtenir des résultats optimaux et d éliminer tout risque de contamination. Les performances du kit GenoLyse ont été exclusivement évaluées à l aide de kits compatibles de Hain Lifescience, en respectant les conditions des notices d utilisation respectives. Les données sur les performances peuvent être demandées sur le site Les résultats générés avec l ADN extrait à l aide de ce kit doivent être interprétés en corrélation avec les autres résultats de laboratoire et données cliniques dont dispose le clinicien. L utilisation de ce kit est réservée à un personnel qualifié déjà formé et rodé aux techniques de biologie moléculaire. Ce kit ne doit pas être évalué pour l extraction d ADN à partir d échantillons de selles ou de sang ou d écouvillons contenant des inhibiteurs de PCR (par exemple alcools, SDS). Le kit n a été validé ni pour l extraction à partir de levures, parasites ou virus, ni pour l extraction d ARN. Causes d Erreurs Problèmes rencontrés lors des applications ultérieures (par exemple problèmes d amplification) La solution d ADN contient des inhibiteurs. Prélever une quantité suffisante de matériel de départ. La solution d ADN contient des contaminants protéiques. Effectuer une seconde centrifugation du lysat cellulaire neutralisé et transvaser le surnageant dans un nouveau tube. Non-respect des procédures de prélèvement, conservation, transport ou préparation des échantillons. Demander de nouveaux échantillons et recommencer l extraction. Contamination des réactifs d'extraction. Lors de l'application ultérieure, l'adn est également détecté dans un contrôle négatif inclus dans l'extraction d'adn (voir le chapitre Contrôle de Qualité). Recommencer l'extraction avec de nouveaux réactifs. Matériel Requis mais Non Fourni Agitateur vortex Bain-marie, précision +/ 1 C Centrifugeuse de paillasse, étanche aux aérosols si nécessaire Chronomètre Embouts de pipettes stériles avec filtre Enceinte de sécurité biologique de classe II (pour protocole A) Gants à usage unique Microtube 1,5 ml à capuchon vissant Pipettes réglables pour 10, 20, 200, et 1000 μl Solution à 0,9% de Chlorure de Sodium (pour protocole B) Composition du Kit Réf Extractions Tampon de Lyse (A-LYS) contient 1% de tensioactif non ionique, <0,2% NaOH, colorant 2 ml 12 ml Tampon de Neutralisation (A-NB) contient tampon 2 ml 12 ml Notice d'utilisation 1 1 Commandes réf GenoLyse (kit d extraction manuelle d ADN pour 12 échantillons) GenoLyse (kit d extraction manuelle d ADN pour 96 échantillons) Bibliographie 1. Biosafety in microbiological and biomedical laboratories, 5th edition. U.S. Department of Health and Human Services, Centers for Disease Control and Prevention, Atlanta, USA Protection of laboratory workers from instrument biohazards and infectious disease transmitted by blood, body fluids, and tissue. Approved guideline. Clinical and Laboratory Standards Institute (formerly National Committee for Clinical Laboratory Standards), USA, Document M29 (please refer to the latest version). 3

4 Important Changes in IFU Chapter Intended Use, Procedure Change The GenoLyse kit was approved for use with the GenoType MTBC, GenoType Mycobacterium CM, and GenoType Mycobacterium AS. 4

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6 Hain Lifescience GmbH Hardwiesenstraße 1, Nehren, Germany (0)