Prélèvements de cellules et tissus

Transcription

1 Prélèvements de cellules et tissus Les prélèvements humains sont généralement effectués pour une analyse au microscope optique/photonique par un laboratoire de Pathologie (ou Anatomie et Cytologie Pathologiques) Exceptions: Prélèvements sanguins et médullaires (Biologie, Hématologie, Immunologie) Prélèvements pour recherche d agents infectieux (Microbiologie) Prélèvements pour cytogénétique (caryotype) constitutionnel ou somatique Prélèvements pour analyse génétique germinale ou somatique Prélèvements pour recherche, mise en culture de cellules, greffe, biobanque (cordon ombilical, sperme, ) ou tumorothèque Le conditionnement d un prélèvement (flacon, milieu de transport ou fixateur, délai, température, ) doit être adapté à l analyse demandée. Ceci est effectué par le préleveur (vous dans quelques années selon votre spécialité )

2

3 Utilisations potentielles de cellules et tissus: produits dérivés Greffe Biothérapie Organe, Tissu, Cellules Fixation Fraîche Congélation Dissociation, cytométrie, culture cellulaire Congélation de cellules vivantes Avec cryoprotecteur DMSO Analyses in vitro Caryotype Microbiologie Congélation, biothérapie Microscopie(cryocoupe) ou Extraction Analyses moléculaires Microscopies

4 Banques de tissus en anatomie-pathologique Stratégies de constitution et gestion Anapath : diagnostic, facteurs pronostiques, Données à durée de vie longue Valeur médico-légale De + en + utilisé pour la recherche Nécessité d un archivage organisé matériel standard tissus et cellules cryopréservés

5 Banques de tissus en anatomie-pathologique Stratégies de constitution et gestion Matériel anapath standard

6 Analyse des biopsies Prélèvement Fixation Technique blocs et lames Examen au microscope diagnostic compte rendu écrit Archivage

7 Analyse des biopsies Prélèvement Fixation Technique blocs et lames Examen au microscope diagnostic compte rendu écrit Archivage

8

9

10

11

12

13

14

15

16

17

18

19

20 2 modes de sélection de la zone tumorale 1) Le grattage - Délimitation sur coupe épaisse (colorée ou non) - Possibilité d envoi coupe (anapath vers PFGM) - Elimination zone péritumorale - Grattage - Quantification ADN? - Intérêt pour CQ 2) Le forage - Délimitation sur le bloc miroir de lame colorée - Carottage - Broyage et extraction - Permet de quantifier et valider qualité - Emporte zone tumorale - Difficile pour CQ

21 macrodissection

22 Les étapes avant l extraction d ADN

23 Archivage en anatomie-pathologique Textes légaux Seul l archivage des comptes rendus papier a une valeur légale Arrêté du 11/03/68 (archives hospitalières) : dossiers et livres de labo doivent être conservés pendant au moins 20 ans Certains dossiers (enfants, maladies chroniques, affections héréditaires) doivent être conservés 70 ans Archivage prolongé des lames, blocs et comptes rendus est recommandé En pratique archivage blocs 10 ans dans les laboratoires privés

24 Archivage en anatomie-pathologique Exemples d utilisations Prise en charge des patients : si récidive tumorale Re-classification de certaines tumeurs : nouvelles entités Définition de facteurs pronostiques : études rétrospectives Tester de nouvelles techniques : immunohistochimie, biologie moléculaire, FISH

25 Banques de tissus en anatomie-pathologique Stratégies de constitution et gestion Tumorothèques/INCA

26 Banques de tissus et cellules cryopréservés Pourquoi? De + en + nombreuses et importantes Intérêts : recherche et sanitaire Recommandations ANAES (Agence Nationale d Accréditation et d Evaluation en Santé) INCA (recherche, documentation)

27 Les cellules et tissus humains prélevés lors de procédure de soin quantité limitée qualité variable : - selon origine - selon délai de congélation nécessité d une double validation morphologique et qualitative (qualité des acides nucléiques )

28 Pourquoi congeler? Référence interdisciplinaire pour obtenir et étudier ADN, ARN, protéines Permet de faire apposition, cryocoupes, FISH Analyses à but sanitaire Recherche: Consentement, base annotations cliniques, qualité technique optimale (délai de congélation)

29 Tumorothèque Principes de base Service d'anatomie Pathologique ou Centre de Ressources Biologiques Cancer Interface avec anatomie pathologique/biologie et génétique somatique des tumeurs/hématologie cellulaire pour les analyses sanitaires Local spécial Choix du type de congélateur Choix des tissus/cellules à conserver Procédures écrites Gestion informatique Aspect réglementaires: Certification NF S 96900

30 Tumorothèque - Organisation Service d'anatomie Pathologique Préserver le diagnostic hiérarchie adaptée dans l'utilisation du matériel Choix du matériel à conserver Gestion des prélèvements tissulaires

31 Tumorothèque Principes de base Service d'anatomie Pathologique Local spécial Choix du type de congélateur Choix des tissus à conserver Procédures écrites Gestion informatique

32 A quoi ressemble une tumorothèque?

33 Tumorothèque Choix du type de congélateur A - 80 C A C En azote liquide (-196 C)

34 Tumorothèque-Cellulothèque DNA-thèque RNA-Thèque Congélateurs à 140 C Congélateurs à 140 C

35

36

37

38 Missions Tumorothèque - cellulothèque Cryoconservation - Modalités techniques -140 c - DNA thèque, RNA thèque - Contrôle de qualité, quantification -Délai de conservation : vie du malade Distribution: sanitaire ou recherche

39 Pièce de biologie moléculaire préanalytique, Pièce d extraction et de contrôle de qualité

40 Standardisation des contrôles Double quantification Spectrométrie UV + Bioanalyzer Non Broyage Spectre UV : recherche de contaminants Contrôle d intégrité ARNs Oui Extraction ARN Source F Bibeau, CLCC Montpellier, Congrés Cancéropôle Grand Sud-Ouest Bordeaux 17 Décembre 2003 Validation pour l analyse du transcriptome Procédure opératoire

41 Qualité des ARNs extraits après conservation dans le RNA later Tumeurs Pulmonaires Importance du délai de prise en charge du prélèvement M1a1b2a2b a - Ros congelé - délai= 24h b - Ros RNA later - délai = 24h S/18S = 0 28S/18S = a - Mor congelé - délai = 20min 2b - Mor RNA Later - délai = 20min 28S/18S = S/18S = RAM RNA Later - délai =4h BER RNA later - délai =? (1/2journée) 28S/18S = S/18S = 1.83

42 Tumorothèque 1) Congélation à but sanitaire recommandations nationales à but sanitaire / InCa Hémopathies (solides et liquides) Tumeurs conjonctives Tumeurs du SNC Tumeurs de l enfant Tumeurs rares de diagnostic difficile 2) Congélation à but de recherche stratégie pluridisciplinaire

43 Tumorothèque Principes de base Service d'anatomie Pathologique Local spécial Choix du type de congélateur Choix des tissus à conserver Procédures écrites Gestion informatique

44 Tumorothèque Procédures de fonctionnement Recueil et acheminement des prélèvements Sélection des fragments à congeler Conditionnement des prélèvements Entrée des prélèvements en tumorothèque Conservation des prélèvements Sortie des prélèvements

45 Tumorothèque - Organisation Gestion informatique Principe : tissu congelé rattaché au prélèvement anapath, lui-même rattaché au dossier médical. Avantages :. peu de paramètres à rentrer. mise à jour pour les diagnostics. recherche multicritère

46

47

48 Tumorothèque Paramètres informés Patient Localisation (exemple) Type histologique Type d événement Traitement avant le prélèvement Poids matériel congelé Délai de congélation Acides nucléiques Biologie moléculaire Code lésion anapath ou compte rendu standardisé

49 Tumorothèque - Organisation Gestion informatique lmportance des liens avec les données cliniques Tumorothèque annotée (paramètres, événements cliniques décès..)

50 Tumorothèque - Sécurité Pas de rupture de la chaîne du froid Pièce climatisée Surveillance électronique de la température Congélateur vide de secours Personnes autorisées à manipuler les prélèvements.

51 Tumorothèque - Utilisation Connaissance du contenu de la tumorothèque Rapport annuel INCa Catalogues et tumorothèques virtuelles Utilisation concertée des prélèvements. Comité de pilotage

52 Tumorothèque - Utilisation Sanitaire : pour la prise en charge du patient Génétique somatique des tumeurs Recherche médicale recherche appliquée études diagnostiques études pronostiques monocentrique ou multicentrique (transports) Recherche fondamentale Partenaires académiques, INSERM Industrie Pharmaceutique, Biotechnologies,

53 Tumorothèque régionale heque_regionale.php Pourquoi une tumorothèque régionale? Pour quels prélèvements / pathologies? Qui conditionne et comment? Envoi, réception, facturation Gestion, utilisation

54 Pourquoi une tumorothèque régionale? But sanitaire et non scientifique Prélèvements nécessitant des actes de biologie moléculaire à but diagnostique, pronostique ou thérapeutique effectués sur tissu congelés (technique de référence) Pas de perte de chance pour les patients hors CHU/CLCC Accès à une tumorothèque indispensable pour agrément des établissements de soin en cancérologie

55 Pour quels prélèvements, pathologies? Pathologies solides via le laboratoire de pathologie pour le diagnostic: Lymphomes (toute suspicion) Tumeurs pédiatriques Sarcomes Tumeurs rares Prélèvements de sang et de moelle via le laboratoire d hématologie (prélèvements au diagnostic et suivi) Myélome Leucémies et syndromes apparentés

56 Qui conditionne et comment? L anatomopathologiste ou le CRB Délai optimal (recherche 15 minutes) à tracer Technique de séparation en miroir dans la tumeur (macroscopie) Empreintes fraiches (ganglions, moelle, ) intéressantes pour cytologie et/ou FISH Fragment pour congélation pour la TK RNA later à 4 C, moins de 7 jours * Fragment pour fixation pour l anapath Empreintes 3 lames à sécher * Fixateur

57

58 Envoi, réception

59 Envoi, réception Envoi en 48 à 72 heures Coupe colorée (+ empreintes non colorées) Tube RNA later Compte rendu (ou provisoire) Fiche renseignement (site réseau) Enveloppe prétimbrée / Poste Réception Enregistrement/ tumorothèque Utilisation selon besoin sanitaire Biologie moléculaire FISH sur empreintes

60 Types de tumeurs reçues à la tumorothèque régionale d Aquitaine en % IB % Tumeur conjonctive Lymphome Adenok 6% bronchopulmonaires % % 76 10% Tumeur cérébrale Lymphome Adenocarcinome bronchopulmonaire CHU Colon-rectum < 50 ans Enfant Tumeur conjonctive Prélèvement pédiatrique Colon-rectum < 50 ans

61 Les collections en vue de recherche Réglementation Loi de bioéthique Août 2004 Charte éthique de l INCa (2006) Décrets d application Août 2007 Nous ne parlerons pas des biothérapies: Agence de Biomédecine,..

62 Archives tissulaires - Recherche Loi de bioéthique 2004 Prélèvements à visée diagnostique ou thérapeutique («déchets» opératoires) Information pour le soin/consentement du patient pour la recherche Etude génétique constitutionnelle nécessitent un agrément/consentement spécifique Traitement automatisée des données nominatives (CNIL)

63 Archives tissulaires - Recherche Charte éthique de l INCa 1- Bénéfice individuel du patient est prioritaire 2- Patient informé et non opposition 3- Consigné dans le dossier médical 4- Contrat de transfert de matériel biologique lors d un partenariat de recherche 5- Données et déclaration CNIL

64 Déclaration des collections biologiques Août 2007

65 Cadre réglementaire Obligation légale de déclaration des collections biologiques d origine humaine à visée de recherche (CSP L , R ) Pour les Etablissements de Soins Publics déclaration au Ministère de la Recherche, l ARH et CPP (avis)

66 Définition d une collection biologique à visée de recherche «Réunion, à des fins scientifiques, de prélèvements biologiques effectués sur un groupe de personnes identifiées et sélectionnées en fonction des caractéristiques cliniques ou biologiques d un ou plusieurs membres du groupe, ainsi que des dérivés de ces prélèvements.»

67 Formulaire de déclaration des collections (1/2) 3 parties: I. Administrative Responsable de collection Responsable scientifique coordonateur CPP saisi (CPP du CHU de Bordeaux) II. Technique Description locaux, équipements technique, gestion informatique, déclaration CNIL, sous-traitance..

68 Formulaire de déclaration des III. Scientifique collections (2/2) Description de la collection déclarée, consentement des donneurs, programme de recherche. Origine Organes Tissus, composants ou produits dérivés (préciser nature, effectif actuel et mode de conservation) Cellules, lignées, composants ou produits dérivés, fluides (préciser nature, effectif actuel et mode de conservation) Cerveau Cœur-poumons Foie..

69 Transferts d échantillons Déclaration: Partenariat de recherche Sous-traitance Autorisation: Cession à un tiers (gratuite ou payante) Numéro d agrément d activité de cession

70 La tumorothèque virtuelle du Grand Sud-Ouest Un exemple de base virtuelle: le Cancéropôle GSO objectif un catalogue en ligne

71 Les tumorothèques de GSO Le Club Octobre CHU 3 CLCC Réunions trimestrielles Bordeaux 1 CHU, 1 CLCC Limoges 1 CHU Montpellier-Nîmes 2 CHU, 1 CLCC Toulouse 1 CHU, 1 CLCC 7 Cancéropôles issus du Plan Cancer

72 Biobank-gso.org

73 Merci de votre attention JP Merlio JM Coindre A Neuville J Toutain Pour référence et notamment pour l optionnel Biopathologie lire le pdf de l INCa: Conservation et utilisation des échantillons tumoraux en cancérologie ACTUALISATION 2011 DES INDICATIONS ET RECOMMANDATIONS AUX TUMOROTHÈQUES Site Inca: