Fiche Omero Figure Omero Figure est un plugin uniquement disponible sur Omero Web. Ce plugin prend la forme d un éditeur de texte constitué d une feuille de travail. Une fois connecté sur Omero Web, cliquez sur Figure dans la barre de menu pour ouvrir le plugin: A l ouverture, le plugin vous propose deux options: Créer un fichier Ouvrir un fichier Si vous n avez jamais utilisé le plugin auparavant, il vous faudra crée un nouveau fichier. Le plugin vous demande quelles images vous voulez importer sur la feuille de travail en renseignant leur ID ou URL (informations dans la fenêtre de droite de Insight/Omero Web). Cette option permet d ouvrir une feuille de travail déjà créée et que vous avez sauvegardé sur le serveur. Une fois les images sélectionnées (via leur ID ou URL), cliquez sur Add images pour ouvir la feuille de travail contenant les dites images. A noter: vous aurez toujours la possibilité d ajouter de nouvelles images ou d en supprimer à partir de la feuille de travail. Ci-dessous, un aperçu global d une feuille de travail sous Omero Figure:
1 2 3 La feuille de travail peut se décomposer en trois éléments: 1- La barre de menu en haut. 2- La feuille de travail en elle-même, à gauche où l on peut voir les images qu on a importé via leur ID ou URL. 3- Une «boîte à outils», à droite de la feuille de travail, qui n est visible que lorsqu une ou plusieurs images de la feuille sont sélectionnées. Cette boîte permet de travailler sur les images en jouant sur le contraste ou l affichage des canaux (onglet Preview) mais égale de voir les infos relatives aux images (onglet Info) ou encore de les légender (onglet Labels). Détails de la barre de menu: Retour sur Omero Web Site officiel Omero Sauve la feuille de travail sur le serveur
Paramètres de la feuille de travail: Ajouter ou supprimer des images: Organiser les images: Aligner à gauche Aligner en haut Redimensionne les images: -avec la même largeur -avec la même hauteur -même hauteur et même largeur Aligner sur la grille (que si plusieurs images sont sélectionnées) Etapes pour exporter la feuille de travail sous format PDF: Cliquez Création du PDF Bouton de téléchargement Remarque: Une fois la feuille sur votre ordinateur au format PDF, vous pourrez toujours retravailler dessus via des logiciels d editing (illustrator sous Mac ou Photoshop).
Détails de la boîte à outils, l onglet Info: -Dans cet onglet, vous avez accès à certaines informations relatives à l image sélectionnée: son nom, son ID, quelques métadonnées et son dpi (dot per inches) sur la feuille de travail. Jouer sur le zoom fait varier le dpi. -L option «show in webclient» vous redirige sur l emplacement de l image dans Omero Web. -L option Edit ID: Cette option permet d ajouter de nouvelles images en leur appliquant les paramètres des images que vous avez travaillé sur votre feuille. Sélectionner l image avec les paramètres que vous souhaitez appliquer à la nouvelle image et cliquez sur Edit ID. Rentrez l ID de l image que vous voulez ajouter. Cliquez sur Preview pour voir si les paramètres que vous voulez appliquer match. Ici, la différence de taille entre les images est gérée automatiquement. Par contre, mon image d origine a 4 canaux alors que celle que je veux ajouter en a 3. Cliquez sur update pour voir le résultat. -Résultat Edit ID: Aucun problème avec les canaux puisque je n observe que les 2 premiers canaux (dapi, gfp) de mes images. Attention, l image sélectionnée pour réaliser l edit sera remplacée par l image avec l ID que vous avez rentrer dans la précédente. Si vous voulez conserver l image à partir de laquelle vous avez lancé l editing, je vous conseille donc de la copier-coller au préalable. Avant Edit: Image ID=66 Après Edit: Image ID=64
L onglet Preview: Vous pouvez désactiver ou pas, les canaux. Ici, le rouge lointain (4 ème canal) est désactivé. De même, vous pouvez ajuster le contraste pour chaque canal. Ou encore observé une slice différente de votre stack. Différent z observé Contraste Vous pouvez également attribuer des couleurs artificiels aux canaux et créer des vues monochromes si vous choisissez le blanc. Canal vert Canal vert en blanc Vous pouvez créer une vue en projection ou zoomer à l intérieur de votre image: Projection zoom
L onglet Labels: Dans cet onglet, vous avez la possibilité de légender vos images en leur ajoutant des «labels». Vous pourrez positionner ces labels soit à l intérieur de l image ou des images sélectionnées, soit à l extérieur. De façon intéressante, vous pouvez également afficher une barre d échelle calculer à partir des métadonnées sur la taille des pixels de vos images. Après clic sur Show/Add Une fois les labels ajoutés, vous avez toujours la possibilité de changer leur nom, police etc. ou de les supprimer via l encadré Edit Labels (voir page suivante). Vous pouvez positionner les labels aussi bien à l intérieur de l image (aux quatre coins) qu à l extérieur. Vous pouvez également changer la taille et la couleur de la police.
L onglet Labels: Comme nous l avons vu précédemment, vous pouvez taper vos propres noms de labels mais il existe aussi des labels prédéfinis, extraits à partir des métadonnées de l image. Par exemple, vous pouvez afficher les canaux utilisés (exemple ci-dessous), ou encore les time points de vos images à différents temps. Avant édition: Les labels sont nommés automatiquement à partir des métadonnées de l image: ici, les longueurs d onde des la canaux utilisés. Après édition: Edition des Labels Ici, j ai renommé mes labels en tapant le nom des fluorophores utilisés à la place des longueurs d onde. J ai également augmenter la taille de la police (14). Je pourrais supprimer ces labels en cliquant sur la croix rouge.
Ci-dessous, un exemple de figure finie, réalisée avec le plugin. Pour plus de détails, consultez http://help.openmicroscopy.org/figure.html ou le tutoriel vidéo disponible sur le site.