Chapitre 1 ; Domaine 1 ; Documentation ; Champs référentiels 1.1.1, 1.1.2 et 1.1.3 Base de données bibliographiques Pubmed-Medline D r Patrick Deschamps,, 30 mai 2007
PLAN C2i métiers de la santé Introduction : Définition d une base de données (BDD) Les BDD bibliographiques Généralités sur la BDD Medline La BDD bibliographiques PubMed Medline Faire une recherche sur Pubmed Medline Application C2i Métiers de la Santé - Année universitaire 2006/2007 Tous droits réservés. 2
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INTRODUCTION (1/2) Les bases de données (banques de données ou en anglais «databases») sont des produits documentaires qui rassemblent : - soit des informations primaires : documents immédiatement utilisables (articles, photos, chiffres) ; - soit des informations secondaires donnant une liste de documents où l on peut trouver l information (auteur, titre, résumé...) C2i Métiers de la Santé - Année universitaire 2006/2007 Tous droits réservés. 4
INTRODUCTION (2/2) Information primaire BDD en texte intégral BDD factuelles ou numériques (chiffres, statistiques, économie) BDD d'images Ex : dépêches de l'afp Ex : les motifs protéiques (PDB Protein Data Bank). Ex : clipart Information secondaire BDD bibliographiques Ex : Current Contents (toutes disciplines), Medline (en médecine) (http://www.dsi.univ-paris5.fr/bio2/autof2/index.htm) C2i Métiers de la Santé - Année universitaire 2006/2007 Tous droits réservés. 5
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LES BASES DE DONNÉES BIBLIOGRAPHIQUES (1/3) Les bases de données bibliographiques sont des outils indispensables pour tout travail de recherche - pour faire un bilan des connaissances actuelles sur un domaine ; - pour ne pas faire ce qui a déjà été fait ; - pour avoir de nouvelles idées ; - C2i Métiers de la Santé - Année universitaire 2006/2007 Tous droits réservés. 7
LES BASES DE DONNÉES BIBLIOGRAPHIQUES (2/3) Cahier des charges pour une recherche bibliographique : - Générer une liste d'articles sur un sujet ou un auteur. - Délimiter la recherche par date, par type de document... - Identifier une référence dont on ne possède pas tous les éléments pour la localiser. - Repérer régulièrement les nouvelles publications sur un sujet donné (veille documentaire) C2i Métiers de la Santé - Année universitaire 2006/2007 Tous droits réservés. 8
LES BASES DE DONNÉES BIBLIOGRAPHIQUES (3/3) Quelques exemples de BDD bibliographiques : MedLine : littérature scientifique en sciences de la santé Pascal : multidisciplinaire : mathématiques appliquées, physique, chimie, sciences appliquées, sciences de l'information, sciences de la terre, biologie, océanologie, astronomie, biotechnologie, agronomie, médecine, psychologie, pharmacologie. (14 millions de références, multilingue). Embase (Excerpta Medica) : recherche sur le médicament ( 40 %), psychiatrie, économie de la santé. (13 millions de références) Autres bases : - Francis (sciences humaines et sociales depuis 1984) - voir le site de la bibliothèque Paris Descartes http://biup.univ-paris5.fr C2i Métiers de la Santé - Année universitaire 2006/2007 Tous droits réservés. 9
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GÉNÉRALITÉS SUR LA BDD MEDLINE (1/4) (MEDical Literature analysis and retrieval system on LINE) BDD bibliographiques anglophone développée par la NLM (National Library Medecine, United States) BDD bibliographiques dans le domaine biomédical : biologie, santé publique, biochimie, médecine clinique, éthique, économie de la santé, psychiatrie toxicologie, pharmacologie, médecine vétérinaire. C2i Métiers de la Santé - Année universitaire 2006/2007 Tous droits réservés. 11
GÉNÉRALITÉS SUR LA BDD MEDLINE (2/4) Historique : 1964 : MEDical Literature Analysis and Retrieval System 1971 : MEDLINE (Accès à MEDLARS à distance) Accessibilité par CD-ROM 1996 : Mise à disposition gratuitement sur Internet Naissance de PubMed (Public Access to Medline) Interface «Entrez» développée par le NCBI (National Centre for Biotechnology Information) de la NLM. C2i Métiers de la Santé - Année universitaire 2006/2007 Tous droits réservés. 12
GÉNÉRALITÉS SUR LA BDD MEDLINE (3/4) Adresse URL Pubmed : www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=pubmed C2i Métiers de la Santé - Année universitaire 2006/2007 Tous droits réservés. 13
GÉNÉRALITÉS SUR LA BDD MEDLINE (4/4) Sur l interface «Entrez», la recherche peut se faire dans différentes BDD dont : - PubMed : Recherche bibliographique - Nucleotide : Recherche de nucléotides dans Genbank - Protein : Séquences protéiques dans les BDDs Swiss-prot, PIR, PRF, PDB - Popset : BDD de séquences d ADN pour faire du comparatif intra ou inter espèces (phylogénie). - OMIM : catalogue d anomalies génétiques - C2i Métiers de la Santé - Année universitaire 2006/2007 Tous droits réservés. 14
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PUBMED - MEDLINE : QUELQUES CHIFFRES Références de 1966 à nos jours Nombre de documents référencés : 17 millions 4800 revues internationales (USA + 70 pays, 30 langues) Mise à jour : 5 jours sur 7 (sauf en décembre) Entre 1500 à 3500 références ajoutées par jour ~ 600 000 références additionnées par an 48 % des réf. sont issues de journaux US (1995-2003) 80 % des articles sont en anglais 76 % ont un résumé («abstract») C2i Métiers de la Santé - Année universitaire 2006/2007 Tous droits réservés. 16
PUBMED - MEDLINE : Principe d indexation (1/8) Mise à jour hebdomadaire Références en cours BDD Medline de traitement [Pubmed -indexed [Pubmed -in process] for Medline] Indexation / Contrôle qualité Mise à jour quotidienne Références fournies par l éditeur [Pubmed -as supplied by publisher] OldMedline Références de 1953 à 1965 (sans résumé) C2i Métiers de la Santé - Année universitaire 2006/2007 Tous droits réservés. 17
PUBMED - MEDLINE : Principe d indexation (2/8) MEdical Subject Heading (1954) : Thésaurus de référence dans le domaine biomédical permettant l indexation des articles pour faciliter leur classement dans MedLine et ainsi faciliter la recherche documentaire. Vocabulaire contrôlé par la NLM - 23880 descripteurs - Jusqu à 15 termes MeSH assignés sur un article entier - 3 types de termes MeSH : Major MeSH Topics qui décrivent le terme principal de l article MeSH terms qui décrivent l ensemble ou une partie de l article MeSH Subheading qui décrivent plus précisément un aspect particulier de l article C2i Métiers de la Santé - Année universitaire 2006/2007 Tous droits réservés. 18
PUBMED - MEDLINE : Principe d indexation (3/8) Comment trouver les termes MeSH appropriés? Collaboration NLM INSERM pour la France Le répertoire des mots clés MeSH (français-anglais) est géré par l INSERM (MeSH bilingue) : http://www.inserm.fr requête «mesh bilingue 2006» sur google Recherche par mot clé : Exemple: «maladie de la vache folle» (Conseil : ajouter avant et après * pour élargir la recherche) Donne l accès à Pubmed C2i Métiers de la Santé - Année universitaire 2006/2007 Tous droits réservés. 19
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PUBMED - MEDLINE : Recherche (1/11) Recherche simple : Mots clés : Menkes disease Menkes Disease Par défaut et en absence de renseignements, la recherche se fait sur tous les champs de références bibliographiques <all fields> C2i Métiers de la Santé - Année universitaire 2006/2007 Tous droits réservés. 26
PUBMED - MEDLINE : Recherche (2/11) Présentation des résultats (Nombre de réponses, type d articles, abstract, nom des auteurs, titre de l article, journal, référence, related articles, statut dans Pubmed) C2i Métiers de la Santé - Année universitaire 2006/2007 Tous droits réservés. 27
PUBMED - MEDLINE : Recherche (3/11) Présentation des résultats C2i Métiers de la Santé - Année universitaire 2006/2007 Tous droits réservés. 28
PUBMED - MEDLINE : Recherche (4/11) Une des réponses avec les mots clés: Menkes disease 19: Menkes DB, et al. Related Articles, Books, LinkOut Stereotactic radiosurgery: the patient's experience. Soc Sci Med. 2005;60(11):2561-73. Epub 2005 Jan 18. PMID: 15814181 [PubMed - indexed for MEDLINE] Nécessité de spécifier le champ de recherche dans la requête Utilisation de l interface «Limits» C2i Métiers de la Santé - Année universitaire 2006/2007 Tous droits réservés. 29
PUBMED - MEDLINE : Recherche (5/11) Utilisation de l interface «Limits» C2i Métiers de la Santé - Année universitaire 2006/2007 Tous droits réservés. 30
PUBMED - MEDLINE : Recherche (6/11) Utilisation de l interface «Limits» C2i Métiers de la Santé - Année universitaire 2006/2007 Tous droits réservés. 31
PUBMED - MEDLINE : Recherche (7/11) Recherche plus sophistiquée : - Utilisation des opérateurs booléens - Spécification des champs de recherches - Combinaison de requêtes - Visualisation des résultats des recherches Interface «Preview / Index» Interface «History» C2i Métiers de la Santé - Année universitaire 2006/2007 Tous droits réservés. 32
PUBMED - MEDLINE : Recherche (8/11) C2i Métiers de la Santé - Année universitaire 2006/2007 Tous droits réservés. 33
PUBMED - MEDLINE : Recherche (9/11) Clipboard = Panier de sélection C2i Métiers de la Santé - Année universitaire 2006/2007 Tous droits réservés. 34
PUBMED - MEDLINE : Recherche (10/11) Dans le menu clipboard, stockage au maximum de 500 articles C2i Métiers de la Santé - Année universitaire 2006/2007 Tous droits réservés. 35
PUBMED - MEDLINE : Recherche (11/11) Details = Interprétation des requêtes soumises à PubMed C2i Métiers de la Santé - Année universitaire 2006/2007 Tous droits réservés. 36
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