Le DUT Génie Biologique option Bioinformatique une formation à BAC+2 unique en France. Valérie Polonais

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1 Le DUT Génie Biologique option Bioinformatique une formation à BAC+2 unique en France Valérie Polonais

2 Le DUT : Diplôme Universitaire de Technologie - Diplôme à Bac+2 - Seul diplôme universitaire dont le programme est national IUT en France, - 24 spécialités * 8 du secteur des services (Gestion des Entreprises et Administrations, GEA) * 16 du secteur industriel (Génie informatique, Génie biologique ) - 40% de travaux pratiques - Stage de 10 semaines minimum en fin de 2 ème année Cursus professionnalisant

3 Le DUT Génie Biologique : 6 options Analyses Biologique set Biochimiques Diététique Agronomie Industries Alimentaires et Biologiques Bio-informatique Génie de l Environnement

4 Le DUT Génie Biologique option bioinformatique Bio-informatique Option crée en 2000 IUT de Clermont-Ferrand Site délocalisé d Aurillac

5 IUT de Clermont-Ferrand Site délocalisé d Aurillac Aurillac Commune d Aurillac

6 DUT Génie Biologique option Bioinformatique Biologie Informatique Biologie cellulaire et moléculaire Génomique Transcriptomique Protéomique Perl, BioPerl Programmation orientée objet (JAVA) Développement Web (HTML, PHP) Bases de données, R Informatique appliquée au traitement de données biologiques Double compétence biologie-informatique à bac +2 6

7 Compétences acquises Utilisation de logiciels de bioinformatique et de bases de données Etre capable de créer des logiciels simples répondant aux problématiques les plus courantes en bioinformatique. Traitement de masses de données générées par les approches à haut débit Quels sont les moyens? Quelle est l originalité de cette option?

8 Recrutement - 45 étudiants par promotion - aucun pré-requis en informatique

9 Enseignements-Première année Semestre 1 : Bases de biologie, physiques, mathématiques Semestre 2 : Début de spécialisation (136h, 27%) Introduction à la programmation Algorithmique Bases de données (MySQL) Génomique

10 Enseignements-Deuxième année Semestre 3 14% Informatique 20% 34% 32% Biologie cellulaire et moléculaire Formation générale pour l'entreprise Informatique (158h) : Unix, Perl, Java Biologie cellulaire et moléculaire (170h) : Biologie moléculaire, génomique, modélisation moléculaire Analyses de données Gestion de projets, Communication et anglais Projet tutoré (80h de travail personnel)

11 Enseignements-Deuxième année Semestre 4 Bioinformatique (129h) : HTML/PHP, BioPerl, Python, Métagénomique, Phylogénie, Protéomique, Transcriptomique Formation générale pour l entreprise (136h) : Qualité, bioéthique, communication, anglais Projet tutoré (70h de travail personnel) Stage de 10 semaines minimum

12 Intervenants - Adossement à la recherche Enseignants chercheurs + 20% par des professionnels (INRA, Privés) Actualisation des compétences pour répondre au mieux aux professionnels du secteur de la bioinformatique - Reconnue par le Pôle de compétitivité Céréales Vallée

13 Expertise acquise au cours de la formation Projets Tutorés - 2 ème année : 150h/étudiant (15% volume horaire 2 ème année) - encadrement par des enseignants et/ou des professionnels (INRA)

14 Expertise acquise au cours de la formation Thématiques des Projets Tutorés

15 Expertise acquise au cours de la formation Exemples de sujets de Projets Tutorés - Annotation fonctionnelle des génomes de plantes Philippe LEROY, INRA de Clermont-Ferrand, Crouel - Création d'un pipeline pour la classification automatisée des données d annotation fonctionnelle des génomes Eric DUGAT-BONY, INRA Grignon - Réalisation d un outil d identification et d annotation des phospholipides détectés en spectrométrie de masse Franck GIACOMONI, INRA de Clermont Ferrand-Theix

16 Une formation professionnalisante - 10 semaines de stages minimum en fin de 2 ème année Promotion 2012

17 Structures accueillant des stagiaires Autres structures publiques Promotions Majoritairement des structures publiques

18 Sujets de stage Promotions

19 Exemples de stages en développement informatique EA CIDAM (Université d Auvergne) Développement d'outils bioinformatiques pour l'analyse haut-débit de données de métagénomique (EA CIDAM, Clermont-Ferrand) Ifremer (Bretagne) Mise en place du portail Galaxy et intégration d'outils d'analyses INRA (Dijon) Optimisation d'un pipeline d'analyse bioinformatique de données issues du séquençage massif de marqueurs taxonomiques (ADNr 16S) Genostar (Grenoble) Les bases de données MicroB et Rhea: comparaison et développement Biogemma (Clermont-Ferrand) Gestion de données de séquençage haut débit

20 Devenir des étudiants- A court terme INSA, Ecole de cognitique Promotion

21 Devenir des étudiants- A long terme Promotions 2002 et % des étudiants vont jusqu au doctorat

22 Conclusion - Formation originale à niveau Bac+2 - Double compétence solide en biologie et en informatique - Compétences actualisées en fonction des besoins - Formation de développeurs et pas d utilisateurs - Formation reconnue par le pôle de compétitivité Céréales Vallée

23 Merci pour votre attention Contact Responsable option Bioinformatique Valérie Polonais