MENTION MABS. MICROBIOLOGIE -AGROBIOSCIENCES BIOINFORMATIQUE et BIOLOGIE des SYSTEMES

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1 UNIVERSITE PAUL SABATIER TOULOUSE 3 SYLLABUS MASTER MENTION MABS MICROBIOLOGIE -AGROBIOSCIENCES BIOINFORMATIQUE et BIOLOGIE des SYSTEMES Année Universitaire

2 SOMMAIRE Master 1 ère année MABS Page 5 Stages facultatifs.. Page 20 Master 2R Microbiologie Page 23 Master 2R Biosciences Végétales. Page 26 Master 2I Bioinformatique et Biologie des Systèmes Page 28 Master 2P Diagnostic Microbiologique : Approches Innovantes Page 32 Master 1 &2 Agrofood Chain Page 36 Master 2R Elaboration de la Qualité et de la Sécurité des Aliments.. Page 39 Master 2P Qualité des Produits et Sécurité Alimentaire... Page 42 AVERTISSEMENT Les informations données dans le présent syllabus sont susceptibles d être modifiées sans préavis (mises à jour des coordonnées des enseignants responsables, corrections d erreurs, prise en compte d un changement d habilitation, ) En cas de doute, il est conseillé de consulter la dernière version du syllabus (disponible sur le site internet de l Université Paul Sabatier - à la page consacrée à l UFR SVT), de se rapprocher des enseignants responsables ou des secrétariats pédagogiques. Merci de votre compréhension. 2

3 Co-habilitée entre l Université Paul Sabatier (UPS), l Institut National des Sciences Appliquées de Toulouse (INSA) et l Ecole Nationale Supérieure Agronomique de Toulouse (ENSAT), la mention MABS propose une offre de formations de Master dans les domaines d activité suivants : - Microbiologie fondamentale, procaryote et eucaryote, et microbiologie industrielle. - interactions hôtes-microorganismes (en microbiologie médicale, vétérinaire et végétale) - biosciences végétales 1 - agro-alimentaire (procédés de transformation et qualité et sécurité des aliments) - bioinformatique et biologie des systèmes. En adéquation avec le potentiel de recherche et industriel régional, ces formations sont ancrées dans un tissu de laboratoires de recherche d excellence dans les différents domaines couverts (27 laboratoires hébergeant plus de 300 chercheurs et enseignantschercheurs répartis dans 88 Equipes d Accueil de Doctorants). Les enseignements du Master MABS sont organisés en 7 spécialités [1 M2 Indifférencié (M2I), 2 M2 Professionnel (M2P) et 4 M2 Recherche (M2R)]. Les spécialités Recherche sont adossées à 2 Ecoles Doctorales toulousaines en Sciences du Vivant : Biologie Santé Biotechnologies (BSB) et Sciences Ecologiques, Vétérinaires, Agronomiques, Bioingénierie (SEVAB) : 1 passerelles entre formations en physiologie végétale : l accès au M2R BsV est ouvert aux étudiants titulaires du M1 parcours Végétal du master BioIngéniérie (mention BBT) ; l accès au M2P BioIngéniérie parcours végétal est ouvert aux étudiants du M1 MABS parcours Biosciences végétales. Dans les deux cas, l'acceptation s'effectue après examen des dossiers et entretien. 3

4 Master 1 ère année, mention Microbiologie - Agrobiosciences Bioinformatique et Biologie des Systèmes(MABS) Enseignants Responsables : Kaymeuang CAM : IPBS/CNRS, 205 route de Narbonne Toulouse Cedex 4 : : [email protected] Bernard MARTIN : Bât IBCG/CNRS, UPS, 118 route de Narbonne Toulouse Cedex 9 : : [email protected] Secrétariat pédagogique :Noëlle VERGUES : Bât IBCG/CNRS -UPS, 118 route de Narbonne Toulouse Cedex 9 : : [email protected] Conditions d admission : Le M1 MABS est accessible de droit aux étudiants titulaires de la L3 Biologie (parcours MABS et BCP) et de la L3 BBM de l Université Paul Sabatier. Pour le parcours Bioinformatique et Biologie des Systèmes conduisant au M2I Bioinformatique et Biologie des Systèmes, l accès est également de plein droit aux étudiants de la Licence Mention Informatique parcours Informatique. Pour tout autre cursus, l inscription sera soumise à l approbation de la commission de validation (préinscription sur le site web de l UPS : L accès aux M2 est décrit dans la partie spécifique à chaque spécialité. Schéma des études : 4 parcours sont proposés, à choisir selon l orientation M2 souhaitée. Débouchés en deuxième année de Master à l'u.p.s.: Le M1 MABS propose 7 débouchés masters M2 au sein de la mention MABS : 1 Master indifférencié, 2 Masters Professionnels et 4 Masters Recherche. Consulter l'ensemble des M2 sur le site spécifique de la mention : Le M1 MABS parcours Biosciences végétales prépare également à l accès du M2P BioIngéniérie parcours végétal. 4

5 PARCOURS 1 MICROBIOLOGIE-GENETIQUE 2 BIOSCIENCES VEGETALES 3 BASES BIOLOGIQUES QUALITE et SECURITE des ALIMENTS 4 BIOINFORMATIQUE et BIOLOGIE des SYSTEMES (voir page 14) SEMESTRE 7 Evolution moléculaire ECTS :3 Code Apogée : EM7BMAAM Heures CM : 12 TD : TP :18 Terrain (1/2 journée) : Gwennaele FICHANT Laboratoire de Microbiologie et Génétique Moléculaires/CNRS, BâT. IBCG, 118, route de Narbonne Toulouse CEDEX 9, France Tél. : [email protected] Equipe Pédagogique : Maxime BONHOMME, Christophe DUNAND, Elodie GAULIN Contenu : Cette UE introduira les concepts de l évolution puis présentera les différentes approches de reconstruction d arbres (parcimonie, méthode de distances, méthode du maximum de vraisemblance). Les méthodes d analyse de la stabilité de la topologie et celle permettant de déterminer si des arbres sont congruents seront également développées. L'étude de l'impact des forces évolutives (sélection naturelle, dérive, ) sur le polymorphisme des séquences sera aussi abordé. Les concepts et approches vus en cours seront illustrés par des cas concrets (évolution des séquences d'une famille de protéines, pression de sélection sur certains gènes et régions du génome, reconstruction de la phylogénie d'un ensemble d'espèces, etc) lors de séances de TP sur ordinateurs. Mots-clés :évolution méthodes de reconstruction d arbre de parenté congruence bootstrap - sélection naturelle - dérive Nom de l UE : Traitement des données biologiques ECTS : 3 Code Apogée : EM7BMGAM Heures CM : 10h TD : TP : 20h Terrain (1/2 journée) : Maxime BONHOMME Laboratoire de Recherche en Sciences Végétales (LRSV) Tél [email protected] Roland BARRIOT Laboratoire de Microbiologie et Génétique Moléculaires (LMGM)/CNRS Tél [email protected] Contenu : Cet enseignement vise à initier les étudiants à l analyse de données biologiques issues d approches de moyen débit à très haut débit. Les domaines fondamentaux des statistiques seront abordés: statistiques descriptives pour une à deux variables, probabilités et distributions de variables, tests paramétriques, tests multiples. Ensuite, l exploitation de données issues d approches post-génomiques sera introduite au travers d une application concrète telle que l analyse de données de transcriptome. Le prétraitement des données sera abordé, notamment en ce qui concerne leur filtrage et leur normalisation. Les méthodes de classification classification hiérarchique ascendante, clustering seront introduites dans le cadre de l analyse d un jeu de données, par exemple pour la recherche de gènes différentiellement exprimés ou l identification de gènes co-exprimés. Enfin, les étudiants verront comment utiliser des méthodes d aide à l interprétation de données volumineuses telle que la caractérisation d un groupe de gènes. Les étudiants seront initiés au logiciel R en travaux dirigés et l utiliseront pour effectuer les analyses de données biologiques. Mots-clés : statistiques descriptives, représentations graphiques, estimation, distributions, tests, analyse de variance, corrélation, régression linéaire, filtrage, normalisation, clustering, caractérisation d un groupe de gènes. Génomique des plantes et des micro-organismes ECTS : 3 Code Apogée : EM7BMGAM Heures CM : 24 TD :6 TP :0 Terrain (1/2 journée) : 0 Jean-Philippe GALAUD Laboratoire : UMR 5546 CNRS-UPS, Pôle de Biotechnologies végétale, 24, chemin de Borde-Rouge, BP42617, Auzeville Tél / [email protected] Equipe pédagogique : Elodie GAULIN, Matthieu ARLAT, Jean-Philippe GALAUD Contenu : Historique, organisation et objectifs des programmes de génomique chez les plantes et les micro-organismes. Méthodes d analyses des génomes : structures physique et génétique, analyses de l expression des gènes à haut débit (transcriptomique), Protéomique, Métabolomique, Métagénomique. 5

6 Objectif des TD : Illustration des approches exposées en cours par l analyse de problématiques biologiques tirées de publications scientifiques en anglais Mots-clés :génomique, plantes, micro-organismes Initiation à la Recherche ECTS : 18 Code Apogée : EM7BMGBM Heures CM : 36 TD :66 TP : Terrain (1/2 journée) : Valérie COTELLE et Kaymeuang CAM Laboratoire : LRSV AUZEVILLE et IPBS/CNRS 205 rte de Narbonne Tél , [email protected] et , [email protected] Contenu : Les cours et TD viendront en complément du stage pratique et porteront sur l hygiène et la sécurité en laboratoire, la tenue du cahier de laboratoire, les brevets intellectuels, l analyse bibliographique ainsi que sur la formation aux techniques de communication scientifique (présentation orale et rédaction de rapport). L objectif est d initier l étudiant à la recherche scientifique en lui proposant un véritable projet scientifique sous la direction d un professionnel de la recherche, en immersion complète dans un laboratoire scientifique pendant 2 mois. NB : La partie théorique (Matière 1) et la partie expérimentale (Matière 2 : stage) de l UE seront évaluées ensemble selon les modalités présentées dans le tableau ci-dessous : Harmonisation des connaissances en biologie cellulaire et moléculaire et bioanalyse Matière 1 : Bio Mol + Bio Cell Heures CM : 16 TD : 24 TP : Terrain (1/2 journée) : ECTS : 6 Code Apogée : EM7BMGDM Philippe ROUSSEAU Laboratoire de Microbiologie et Génétique Moléculaires, CNRS - Bât. IBCG, 118, route de Narbonne Toulouse CEDEX 9, France Tél [email protected] Contenu : L objectif est de fournir un enseignement de remise à niveau en Génétique Moléculaire afin d harmoniser les connaissances des étudiants venant de différents parcours. - Analyse Génétique : Relation gène-fonction. Notions de mutation et d allèle. Lois de transmission de caractères héréditaires chez les eucaryotes (i.e. : monogénique et digénique). Notions d indépendance et de liaison génique. - Génétique Moléculaire : Structure du matériel génétique, notions de gène et de génôme. Présentation des grands processus moléculaires de la cellule (i.e. : réplication, transcription, traduction). Présentations des bases de la génétique moléculaire bactérienne. Mots-clés : génétique mendélienne, génétique moléculaire, génétique moléculaire bactérienne Matière 2 : Bioanalyse Heures CM : 6 TD :14 TP : Terrain (1/2 journée) : Elodie GAULIN Laboratoire de Recherche en Sciences Végétales, LRSV UMR 5546 Auzeville, BP 42617, Castanet Tolosan Tél [email protected] Equipe Pédagogique :GwennaeleFICHANT, Roland BARRIOT Contenu : L objectif de cette matière est de permettre aux étudiants n ayant pas ou peu étudié les concepts de bioanalyse, d acquérir les compétences suffisantes et nécessaires à l analyse de séquences biologiques. Les concepts expliqués en cours magistraux, seront illustrés au travers de différents exercices lors des séances de TD sur ordinateur. On s intéressa plus particulièrement: à différentes banques de données biologiques et à leurs systèmes d'interrogation, à la recherche de similitude entre les séquences (Blast), à la comparaison de ces séquences (alignement deux-deux et alignement multiple), et finalement à l identification de motifs, signature et profile (InterPro, Pfam, Prosite ) Mots-clés : banque de données biologiques, comparaison de séquences, alignement, motifs 6

7 Méthodes expérimentales et publication scientifique ECTS : 6 Code Apogée : EM7BMGEM Heures CM : 0 TD :14 TP :46 Terrain (1/2 journée) : Arnaud BOTTIN Laboratoire de Recherches en Sciences Végétales (LRSV), UMR5546 UPS/CNRS, Chemin de Borde Rouge, BP 42617, Castanet- Tolosan @ [email protected] Martine LAUTIER Laboratoire des Interactions Plantes-Microorganismes (LIPM), UMR 2594/441 CNRS/INRA, Chemin de Borde Rouge, BP 52627, Castanet-Tolosan Cedex [email protected] Equipe pédagogique : A. BOTTIN, M. LAUTIER, C. JACQUET, E. CROSNIER Contenu : L objectif de l UE est de présenter et mettre en œuvre des approches expérimentales de microbiologie moléculaire utilisées pour l étude de la régulation génique chez les microorganismes interagissant avec les plantes (Colletotrichum lindemuthianum et Xanthomonas campestris).la forte composante de Travaux Pratiques permettra de réaliser les manipulations suivantes : clonage de gène chez E. coli, transfert de gène par transformation chez la Levure ou par conjugaison chez Xanthomonas, confirmation des transformants par PCR, suivi de l expression de gène à l aide de système rapporteur ( -galactosidase ou - glucuronidase), analyse phénotypique et complémentation fonctionnelle de mutants d insertion affectés dans des caractères associés au pouvoir pathogène ou à la croissance invasive. Les Travaux Dirigés viendront d une part éclairer le contexte scientifique et apporter des compléments pour l analyse in silico de séquences moléculaires et l interprétation des résultats, et d autre part fournir un soutien en anglais scientifique permettant l analyse de publications scientifiques et la présentation des résultats sous la forme d une publication avec un résumé en anglais. Mots-clés : interactions plantes-microorganismes, pouvoir pathogène, régulation transcriptionnelle PROJETS TUTORES ECTS :6 Code Apogée : EM7BMGFM Heures CM : TD :60 TP : Terrain (1/2 journée) : Enseignants responsables : Christophe DUNAND Martine LAUTIER Laboratoire : UMR5546 LIPM INRA CNRS Tél. : [email protected] - [email protected] Contenu : Le projet permet de synthétiser et d appliquer les connaissances acquises dans les diverses unités d enseignement. Il donnera lieu à la production d un rapport écrit et à une soutenance orale. Les étudiants seront encadrés par un tuteur issu ou non de la formation Mots-clés : rapport écrit-oral-synthèse bibliographique 7

8 SEMESTRE 8 Stratégies Infectieuses des Microorganismes ECTS : 6 Code Apogée : EM8BMGAM Matthieu ARLAT Laboratoire des Interactions Plantes Microorganismes, LIPM CNRS-INRA Auzeville, Castanet Tolosan Tél [email protected] Matière 1 : 50 % Heures CM : 18 TD :4 TP :8 Terrain (1/2 journée) : Christophe ROUX Laboratoire de Recherche en Sciences Végétales, LRSV UMR 5546 Auzeville, BP 42617, Castanet Tolosan Tél [email protected] Matière 2 : 50 % Heures CM : 18 TD :4 TP :8 Terrain (1/2 journée) : Equipe pédagogique : M. ARLAT, A. BOTTIN, G. ETIENNE, E. GAULIN, M. LAUTIER, C. ROUX, A. VERCELLONE Contenu : L objectif de cet enseignement est de présenter la diversité des stratégies infectieuses mises en place par les microorganismes pour envahir leurs hôtes, tant animaux que végétaux. Les spécificités infectieuses des bactéries et des microorganismes eucaryotes seront décrites depuis les stades pré-infectieux jusqu à la mise en place de l interaction.une attention toute particulière sera donnée à l analyse des mécanismes du pouvoir infectieux. Concernant les microorganismes procaryotes, nous aborderons plusieurs phases critiques du cycle infectieux: la reconnaissance, l attaque, le détournement des défenses de l hôte Nous comparerons pour cela, les stratégies de plusieurs agents pathogènes importants en pathologie humaine et animale, mais aussi en pathologie végétale. Nous essaierons aussi de replacer ces connaissances en terme d évolution des mécanismes d interaction en nous appuyant, par ailleurs, sur l analyse d interactions symbiotiques. Concernant les microorganismes eucaryotes (Eumycètes, Oomycètes, Apicomplexa), nous aborderons les mécanismes d interaction selon trois thèmes principaux: i) la signalisation précoce conditionnant l induction des mécanismes infectieux(signaux diffusés, signaux de surface cellulaire) ii) les outils d infection développés par ces microorganismes (formation de biofilms sur les hôtes animaux, différenciation d appressoria perforant les surfaces cellulaires des végétaux) iii) la physiologie de l interaction (manipulation des réactions de défense de l hôte, détournement trophique dans les interactions biotrophes, stratégie d agression de la cellule hôte dans les interactions nécrotrophes). Les travaux dirigés mettront en exergue les derniers concepts ou exemples publiés sur les mécanismes d infection des microorganismes. Les travaux pratiques seront organisés sous forme de projet de recherche pour illustrer les similitudes et spécificités des stratégies infectieuses développées pour les bactéries et les champignons. Mots-clés : Pathologie, symbiose, système et motifs de sécrétion, paroi, appressorium et haustorium, effecteur. MATIERES 1 & 2 : un seul examen couplé pour les deux matières Communautés Microbiennes et Ecologie ECTS : 6 Code Apogée : EM8BMGBM Matière 1 : Communautés Microbiennes - 50 % Heures CM : 16 TD :14 TP : Terrain (1/2 journée) : Bernard MARTIN Laboratoire : - LMGM bât. IBCG, 118 rte de Narbonne Tél [email protected] Contenu : Les points suivants seront abordés :(1)Analyse génétique et moléculaire de processus de développements microbiens transitoires traité à partir d'exemples choisis pour être particulièrement significatifs, (2) Hétérogénéité de comportement à l'intérieur de populations bactériennes homogènes notion de bistabilité et ses conséquences (cannibalisme, fratricide, etc.) Matière 2 : Ecologie Microbienne - 50 % Heures CM : 13 TD :2 TP :15 Terrain (1/2 journée) : Joséphine LEFLAIVE 8

9 Laboratoire : Laboratoire d Ecologie Fonctionnelle et Environnement - EcoLab Tél [email protected] Equipe pédagogique : G. Etienne, J. Leflaive, H. Gryta, L. Ten Hage Contenu: Les points suivants seront abordés :(1)Structure et fonction d un biofilm naturel complexe, (2) Interactions trophiques entre microorganismes (exemple des symbioses mycorhiziennes et de la boucle microbienne), (3) Rôle des microorganismes dans le fonctionnement des écosystèmes, (4) Méthodes d études de la diversité microbienne (typage moléculaire). Cycle Cellulaire des Microorganismes ECTS : 6 Code Apogée : EM8BMGCM Heures CM : 30 TD :20 TP :10 Terrain (1/2 journée) : Kaymeuang CAM Laboratoire : IPBS/CNRS 205 rte de Narbonne Tél , [email protected] Equipe pédagogique : A. Bottin, K. Bystricky, K. Cam, F. Pasta, P. Rousseau Contenu : Cet enseignement présentera une vision intégrée, dynamique et moléculaire du cycle cellulaire des microorganismes procaryotes et eucaryotes ainsi que la logique biologique de la régulation du cycle dans et par les différentes conditions environnementales. L accent sera mis sur les approches expérimentales multidisciplinaires qui ont contribué à notre compréhension du cycle. Les TD permettront d approfondir certaines notions par l analyse de publications scientifiques et de sujets d examen les plus pertinents. Des TP de microscopie à fluorescence sur cellules vivantes viendront compléter cet enseignement. Mots-clés : cycle cellulaire, développement, signalisation, régulation Ingénierie moléculaire des microorganismes ECTS : 6 Code Apogée : EM8BMGDM Heures CM : 18 TD :18 TP :24 Terrain (1/2 journée) : Paul RITZENTHALER/ Marie-Line MINGOT Laboratoire : LMGM/CNRS, bât. IBCG, 118, route de Narbonne, Toulouse Cédex 09 Tél. : ; [email protected] / Tél. : ; [email protected] Contenu : Dans ce module sera abordée l étude des microorganismes qui présentent un intérêt en biotechnologie dans les secteurs alimentaire, pharmaceutique et agronomique, essentiellement des bactéries à Gram positif: bactéries lactiques, actinomycètes, bacillacées et clostridies. Après un aperçu des principaux procédés de production en biotechnologie, les concepts et les bases moléculaires sous-jacentes aux propriétés biotechnologiques spécifiques à chaque système seront détaillées, en particulier : Chez les bactéries lactiques, interactions phages-bactéries, bactériocines et quorum sensing, protéolyse et nutrition azotée, métabolisme des sucres et répression catabolique, réponses adaptatives aux stresses, exportation et compartimentation des protéines, propriétés probiotiques, interactions avec la flore intestinale et le système immunitaire mucosale et applications dans le domaine de la santé, en particulier en vaccinologie. Génétique des toxines insecticides chez les bactéries pathogènes d insectes et leurs applications Ingénierie métabolique pour les métabolites primaires chez les Corynebactéries et Clostridies. Moisissures et valorisation de la biomasse végétale. Biosynthèse des antibiotiques chez les Streptomyces et développement de nouveaux agents antibactériens. Bioconversions Biofilms Biodégradation des xénobiotiques chez les Pseudomonas. Les apports de la génomique et de la biologie intégrative pour l amélioration génétique de ces différentes espèces bactériennes seront analysés. Mots-clés : Microorganismes, biotechnologies microbiennes, génie génétique Levures : modèles et outils en Biologie ECTS : 6 Code Apogée : EM8BMGEM Heures CM : 36h TD/TD encadrés : 18h TP : 6h Pascale BELENGUER CBD Université Paul Sabatier 118 route de Narbonne Tél /[email protected] Contenu : Objectifs :Grâce aux multiples outils, en particulier génétiques, développés pour les levures Saccharomyces cerevisiae et Schizosaccharomyces pombe, celles-ci ont constitué, et constituent, des modèles clés pour l analyse des processus et structures moléculaires et cellulaires chez les organismes eucaryotes. La profonde conservation de ces processus et structures dans le monde eucaryote permet d extrapoler les données acquises par l étude des levures modèles à la définition des fonctions des gènes des eucaryotes supérieurs. Le développement très récent des analyses postgénomiques globales utilisant S. cerevisiae ont renforcé le statut de «super modèle» de cet organisme. 9

10 Pour compléter ces aspects divers exemples de modèles pathogènes de levure invasifs chez les animaux et les végétaux seront présentés. Exemples traités des apports de l étude de modèles levuriens dans : -l élucidation des processus fondamentaux au niveau cellulaire et moléculaire : cycle cellulaire, cytosquelette, régulation de l expression génique et épigénétique, division asymétrique, vieillissement cellulaire etc -l analyse de processus pathologiques : pathologies mitochondriales, prions -les analyses postgénomiques à grande échelle et leur intégration : transcriptome, proteome, interactomes, métabolome -le criblage de composés pharmacologiquement actifs, étude de leur mode d action (levures modèles). -Exemples de modèles pathogènes de levure invasifs chez les animaux et les végétaux : Candidoses, Ustilago Mots-clés : Levures, pathologies, cycle cellulaire/cytosquelette, expression génique/épigénétique, génomique/post génomique... Signalisation et régulation génique chez les micro-organismes et les plantes Heures CM : 30 TD :30 TP : Terrain (1/2 journée) : ECTS : 6 Code Apogée : EM8BMGFM Claude GUTIERREZ Laboratoire : IPBS/CNRS, 205 rte de Narbonne Tél [email protected] Equipe pédagogique : Jean-Philippe GALAUD,Elodie GAULIN, Claude GUTIERREZ Contenu : Cet enseignement présente les mécanismes moléculaires de l'expression génique et de sa régulation chez les microorganismes (bactéries, virus et champignons) et les plantes. On insistera sur les approches expérimentales de génétique moléculaire et de génomique qui sont mises en œuvre pour analyser les régulations présentées. Cours et Travaux Dirigés, Principaux points abordés: 1) Outils de l'analyse génétique chez les micro-organismes et les plantes: mutations de gènes et signaux régulateurs, fusions de gènes, outils de la génomique, bases de données et logiciels spécialisés. 2) Modalités de l'expression génique et de sa régulation: ARN polymérase, promoteurs, facteurs de transcription, chromatine, stratégies de régulation positive et négative. 3) Perception et transduction des signaux régulateurs, récepteurs membranaires, régulations dépendantes du calcium, systèmes de phospho-relais. 4) Des exemples de programmes de régulation intégrés pris chez les bactéries, les champignons et les plantes seront détaillés. Cours et Travaux Dirigés, organisation: (i) Les TD comprennent l'analyse de publications en langue anglaise et leur présentation orale. Ces articles apporteront des éléments complémentaires aux cours et une formation à l'anglais scientifique. Les présentations sont notées (CP). (ii) Une partie des enseignements sera assurée sous forme de conférences par des chercheurs ou enseignants chercheurs qui présenteront une introduction générale et l'état de la recherche actuelle sur leur domaine Mots-clés : Expression génique, transcription, traduction, régulation, transduction des signaux Diagnostic moléculaire des microorganismes ECTS : 6 Code Apogée : EM8BMGGM Heures CM : 18 TD :18 TP :24 Terrain (1/2 journée) : Paul RITZENTHALER/ Marie-Line MINGOT Laboratoire : LMGM/CNRS, bât. IBCG, 118, route de Narbonne, Toulouse Cédex 09 Tél. : ; [email protected] / Tél. : ; [email protected] Contenu : L objectif de ce module est d initier les étudiants aux principes et applications des techniques de diagnostic microbiologique moléculaire dans les domaines de la santé, agroalimentaire et environnement. Ce module s adresse aux étudiants intéressés par un cursus professionnalisé (M2P). Les concepts et les propriétés des principales méthodes rapides de détection et d identification moléculaire des microorganismes (diagnostic génotypique) seront développés et comparés aux techniques conventionnelles de microbiologie (diagnostic phénotypique). Biologie et génomique des microorganismes les plus fréquemment recherchés en bactériologie médicale et alimentaire. Apport de la génomique microbienne dans le domaine du diagnostic. Nouvelles techniques de séquençage à haut débit. Hybridation moléculaire : préparation et marquage des sondes, FISH, dot-blot inverse, puces à ADN. Amplification génique par PCR (qualitative ou quantitative en temps réel) et amplification isotherme (LAMP, NASBA). Typage moléculaire à haute résolution : RFLP, ribotypage,pfge, RAPD, AFLP, MLST, SSCP, T/DGGE, Techniques physico-chimiques : impédancemétrie, spectrométrie infrarouge, spectrométrie de masse MALDI-TOF Techniques immuno-enzymatiques (ELISA de type sandwich ou compétition) ou immuno-chromatographiques. 10

11 Des exemples d applications seront pris dans les domaines de la santé, agroalimentaire et environnement. Pour les enseignements pratiques, détection et identification de microorganismes dans des échantillons biologiques par voie immuno-enzymatique et au niveau génomique par REA, RFLP, ARDRA, PFGE et PCR. Mots-clés : Diagnostic microbiologique en agroalimentaire, santé et environnement, identification moléculaire des microorganismes, génotypage des bactéries et virus Immunité et Symbioses Végétales ECTS : 6 Code Apogée : EM8BBVAM Heures CM :42 TD :8 TP :10 Terrain (1/2 journée) : Christophe JACQUET Laboratoire :UMR 5546 CNRS-UPS. Équipe Interactions Plantes-Microorganismes Pôle de Biotechnologies Végétales. BP 42617, Auzeville CASTANET-TOLOSAN Tél [email protected] Contenu : Cette UE présente les mécanismes cellulaires et moléculaires qui sont mis en place par les plantes au cours d interactions avec des microorganismes pathogènes ou symbiotiques. Elle est centrée sur l'analyse des gènes et des signaux impliqués dans la perception des agents microbiens et dans les réponses mises en place par les plantes. Les mécanismes de l immunité végétale et ceux conduisant à l établissement de symbioses bactériennes ou mycorhiziennes seront présentés à partir d exemples pour lesquels différentes approches expérimentales fondées sur la génétique, la génomique, la biochimie et la biologie cellulaire ont été utilisées. Pour chacun des points abordés, l accent sera mis sur les retombées biotechnologiques issues de ces connaissances qui peuvent être utilisées dans le cadre de stratégies agronomiques plus durables et respectueuses de l environnement. La diversité de réponses des plantes aux parasites et la mise en place des mécanismes de défense seront illustrées lors des TP et lors d ateliers bibliographiques. Mots-clés : Interactions plantes - microorganismes, résistance, défenses, symbioses, perception et signalisation, hormones. Biologie du développement des plantes ECTS : 6 Code Apogée : EM8BBVBM Heures CM : 30 TD :22 TP :8 Terrain (1/2 journée) : Didier ALDON Laboratoire : LRSV, Pôle de Biotechnologie Végétale, 24, chemin de Borde Rouge, BP Auzeville Castanet-Tolosan Tél & [email protected] Contenu : Le développement des plantes est très influencé par les facteurs de l environnement. L objectif de ce cours est d insister sur la contribution des composés hormonaux, des photorécepteurs et les interactions croisées entre différentes voies de signalisation dans le contrôle de cette plasticité phénotypique spécifique aux plantes. Les grandes transitions dans le développement des plantes (germination, floraison, fécondation, embryogenèse, sénescence) de même que les facteurs les contrôlant seront décrites à la lumière des avancées récentes réalisées dans le domaine. Ces données seront finalement intégrées dans le cadre des objectifs de la production végétale. Mots-clés : Développement Différenciation - Croissance Phytohormones Floraison Génétique et épigénétique des plantes ECTS : 6 Code Apogée : EM8BBVCM Heures CM : 24 TD :36 TP :0 Terrain (1/2 journée) : 0 Soizic ROCHANGE LRSV (Laboratoire de Recherche en Sciences Végétales), UMR UPS/CNRS 5546, Auzeville Tél ; [email protected] Contenu : Les objectifs principaux de cette UE sont de présenter les outils pour l'analyse génétique chez les plantes, et d'aborder les notions d'épigénétique. Dans une première partie, les stratégies génétiques seront analysées en détail: choix de la méthode de mutagenèse, principe de la génétique directe et inverse, exploitation des différents types de mutants, stratégies complémentaires (protéomique, chémogénomique). Des exemples viendront illustrer comment ces approches ont permis de comprendre la fonction de nouveaux gènes, l'accent étant mis sur la démarche scientifique plutôt que sur la problématique biologique proprement dite. La deuxième partie sera consacrée à l'épigénétique. Les différents mécanismes de contrôle épigénétique de l'expression des gènes seront présentés : différents mécanismes de silencing, RNA interference, différents types d'arn 11

12 non codants (mirna, sirna ). Les développements les plus récents dans ce domaine en rapide évolution seront présentés. Les exercices de TD, basés sur des données tirées de publications, permettront d'approfondir certains aspects méthodologiques et d'analyser des applications concrètes des différentes notions vues en cours.- Mots-clés : mutants, expression génique, épigénétique Approche pluridisciplinaire de l adaptation des végétaux ECTS : 6 Code Apogée : EM8BBVDM Heures CM :30 TD :12 TP :12 Terrain (1/2 journée) :2 demi-journées (6H) Chantal TEULIERES LRSV Laboratoire de Recherche en Sciences Végétales, Auzeville Tél [email protected] Contenu : Le module aborde l adaptation des plantes à la sécheresse sous l aspect écologique, anatomique, physiologique, biophysique et moléculaire. Mots-clés :sécheresse, végétaux, adaptation, population, plante, cellule, gène, pluridisciplinarité Nutrition et Alimentation LICENCE 3 Bioingéniérie ECTS : 6 Code Apogée : EL6BINBM Heures CM : 40 TD :10 TP :10 Terrain (1/2 journée) : Isabelle CASTAN-LAURELL Laboratoire : INSERM U 1048, I2MC CHU Rangueil BP , Toulouse Cedex 4 Tél. : [email protected] Contenu : Cette UE comporte cinq volets complémentaires destinés à apporter: - les bases nécessaires à l établissement des apports nutritionnels conseillés (ANC) et des apports quotidiens recommandés (AQR) - les notions de besoins et d apports en glucides, lipides, protides, vitamines, sels minéraux et eau - les connaissances des six grands groupes d aliments et leurs valeurs nutritionnelles respectives - les données sur le rôle des divers nutriments dans la prévention et ou la survenue des grandes pathologies humaines (obésité, maladies cardio-vasculaires, ostéoporose, cancer, allergies, etc ). - les principaux éléments concernant les procédés technologiques mis en œuvre lors de la fabrication des principaux aliments de l Homme. Mots-clés :nutriments, apport nutritionnel, procédés technologiques Biochimie analytique quantitative- MASTER 1 BBT ECTS : 6 Code Apogée : EM8BTNM Heures CM : 20h TD : 14h TP : 26 h Terrain (1/2 journée) : Jean-Daniel Marty Laboratoire de Chimie - 118, route de Narbonne Toulouse Tél : , [email protected] Contenu : L'objectif de l'enseignement est de former l'étudiant à la démarche analytique telle qu'elle est mise en œuvre dans les départements d'analyse et de contrôles des industries des secteurs biotechnologique, pharmaceutique, agro-alimentaire et biochimique. - Bonnes pratiques de laboratoire et assurances de qualité - Validation des méthodes d'analyse - Analyse des données et validation des résultats analytiques - Mise en place des méthodologies d'analyse - Techniques électrochimiques et biocapteurs (titrateurs automatiques, coulométriques, ampérométriques,...) - Techniques d'émission et d'absorption moléculaire - Automates d'analyse, infralyseurs et analyses à distance Mots-clés :contrôle qualité, validation de méthodes, électrochimie, chimie analytique 12

13 Ecotoxicologie et évaluation du risque - MASTER 1 ECOLOGIE ECTS : 6 Code Apogée : EM8BECCM Heures CM : 32 TD :16 TP :12 Laury GAUTHIER Laboratoire : ECOLAB Laboratoire Ecologie Fonctionnelle & Environnement Tél. : [email protected] Equipe pédagogique : Laury Gauthier, Eric Pinelli, George Merlina, Arnaud Elger Contenu : Cet enseignement aborde les aspects pluridisciplinaires et intégrés de l environnement, vus sous l angle de l écotoxicologie. Il permet d acquérir les connaissances de base pour appréhender les problèmes généraux posés en toxicologie de l environnement. Ces notions sont présentées dans leur contexte réglementaire et utilisées dans les démarches d évaluation du risque environnemental. En cours, les principales sources de pollution sont présentées ainsi que les processus de stockage, de transport et de transformation des polluants dans les différents compartiments de l environnement. Les mécanismes d action des contaminants sont ensuite analysés afin de mieux aborder l étude des effets toxiques des xénobiotiques sur les organismes. Les différentes formes de toxicité sont présentées ainsi que leurs niveaux d expressions de l échelle de la molécule et de l individu à celle de l écosystème. Une part importante de cet enseignement est focalisée sur les méthodes d évaluation des effets sur les systèmes biologiques. Les aspects réglementaires, constituant un débouché important en écotoxicologie, sont abordés sous la forme d études de cas, notamment dans les domaines des risques environnementaux liés à l utilisation des substances chimiques. Les démarches générales d ERE (Evaluation du Risque Environnemental) sont analysées. Les travaux dirigésconstituent des illustrations et des compléments apportés aux enseignements théoriques sur différents supports : simulation de transfert d un polluant dans un écosystème aquatique (nitrates, métaux), méthodes analytiques de suivi des composés organiques,écotoxicologie et santé publique, écotoxicologie des sols contaminés et déchets, changement d échelle en écotoxicologie. Les travaux pratiques, organisés en début de semestre sont constitués principalement de visites de sites et d activités extérieures présentant des contraintes écotoxicologiques fortes. Les problématiques liées à la gestion des déchets sont particulièrement abordées du fait de l importance croissante de ces activités industrielles dans la gestion et le maintien général de la qualité des milieux. Les apports de l écotoxicologie dans le domaine de la rudologie sont de plus en plus importants, tant en termes de contrôle des procédés industriels mis en œuvre, que de la réglementation afférente concernant les cycles des refus et déchets dans nos sociétés. Mots-clés : Ecotoxicologie, biomarqueurs, bioindicateurs, impacts anthropiques, toxicité, effets biologiques, tests d écotoxicité, pollutions, analyses chimiques, déchets, risque environnemental. 13

14 PARCOURS 4 BIOINFORMATIQUE et BIOLOGIE des SYSTEMES SEMESTRE 7 Evolution moléculaire ECTS : 3 Code Apogée : EM7BMAAM Heures CM : 12 TD : TP :18 Terrain (1/2 journée) : Gwennaele FICHANT Laboratoire de Microbiologie et Génétique Moléculaires/CNRS, BâT. IBCG, 118, route de Narbonne Toulouse CEDEX 9, France Tél. : [email protected] Equipe Pédagogique :Maxime BONHOMME, Christophe DUNAND, Elodie GAULIN Contenu : Cette UE introduira les concepts de l évolution puis présentera les différentes approches de reconstruction d arbres (parcimonie, méthode de distances, méthode du maximum de vraisemblance). Les méthodes d analyse de la stabilité de la topologie et celle permettant de déterminer si des arbres sont congruents seront également développées. L'étude de l'impact des forces évolutives (sélection naturelle, dérive, ) sur le polymorphisme des séquences sera aussi abordé. Les concepts et approches vus en cours seront illustrés par des cas concrets (évolution des séquences d'une famille de protéines, pression de sélection sur certains gènes et régions du génome, reconstruction de la phylogénie d'un ensemble d'espèces, etc) lors de séances de TP sur ordinateurs. Mots-clés :évolution méthodes de reconstruction d arbre de parenté congruence bootstrap - sélection naturelle - dérive Traitement des données biologiques ECTS : 3 Code Apogée : EM7BMGAM Heures CM : 10h TD : TP : 20h Terrain (1/2 journée) : Maxime BONHOMME Laboratoire de Recherche en Sciences Végétales (LRSV) Tél [email protected] Roland BARRIOT Laboratoire de Microbiologie et Génétique Moléculaires (LMGM)/CNRS bât. IBCG, UPS -118 rte de Narbonne Tél [email protected] Contenu : Cet enseignement vise à initier les étudiants à l analyse de données biologiques issues d approches de moyen débit à très haut débit. Les domaines fondamentaux des statistiques seront abordés: statistiques descriptives pour une à deux variables, probabilités et distributions de variables, tests paramétriques, tests multiples. Ensuite, l exploitation de données issues d approches post-génomiques sera introduite au travers d une application concrète telle que l analyse de données de transcriptome. Le prétraitement des données sera abordé, notamment en ce qui concerne leur filtrage et leur normalisation. Les méthodes de classification classification hiérarchique ascendante, clustering seront introduites dans le cadre de l analyse d un jeu de données, par exemple pour la recherche de gènes différentiellement exprimés ou l identification de gènes co-exprimés. Enfin, les étudiants verront comment utiliser des méthodes d aide à l interprétation de données volumineuses telle que la caractérisation d un groupe de gènes. Les étudiants seront initiés au logiciel R en travaux dirigés et l utiliseront pour effectuer les analyses de données biologiques. Mots-clés : statistiques descriptives, représentations graphiques, estimation, distributions, tests, analyse de variance, corrélation, régression linéaire, filtrage, normalisation, clustering, caractérisation d un groupe de gènes. Bioinformatique des Séquences ECTS : 3 Code Apogée : EM7BBSAM Heures CM : 10 TD : TP :20 Terrain (1/2 journée) : Catherine MATHE Laboratoire : LRSV, UMR5546 pôle de biotechnologie végétale - AUZEVILLE Tél , [email protected] Contenu : Comprendre les concepts et algorithmes sous-jacents aux principaux outils d analyse de séquences biologiques afin d être capable de choisir la méthode la plus pertinente pour répondre à une problématique : - différence entre un alignement exact (Needleman et Wunsch, Smith et Waterman) ou approché via des heuristiques (type BLAST) - intérêt de la méthode de programmation dynamique pour la comparaison de séquences -alignements multiples de séquences : méthode progressive (ClustalW) versus itérative (Muscle ) - caractérisation (signature, profile) et recherche de motifs communs entre plusieurs séquences La mise en pratique de ces différentes méthodes sera faite lors de séances de travaux dirigés et pratiques, en insistant sur leurs avantages ou leurs limites. Mots-clés :algorithme, alignement, motifs 14

15 Génomique et génétique statistique ECTS : 6 Code Apogée : EM7BBSBM Heures CM : 26 TD :18 TP :16 Terrain (1/2 journée) : Maxime BONHOMME Laboratoire de Recherche en Sciences Végétales (LRSV) Tél [email protected] Christine CIERCO-AYROLLES Laboratoire : Unité de Biométrie et Intelligence Artificielle (UBIA - UR 875) Tél [email protected] Contenu : Cet enseignement permettra aux étudiants d'acquérir et de mettre en pratique les concepts fondamentaux de la génétique statistique, incluant la génétique des populations, la génétique quantitative et les modèles qui y sont attachés, la cartographie génétique. Ils apprendront aussi les approches statistiques nécessaires à l analyse des données génétiques dont le nombre a explosé suite au séquençage à haut débit. La mise en pratique sera réalisée sur des problèmes concrets de génétique humaine, végétale et animale. Les étudiants seront également initiés à l'utilisation des différents logiciels incontournables du domaine. Mots-clés :diversité génétique, marqueur moléculaire, populations, forces évolutives, variance/covariance phénotypique, pedigrees, héritabilité, cartographie, Quantitative Trait Loci (QTL) Nom de l UE : Fouille de données ECTS : 3 Code Apogée : EM7BBSCM Heures CM : 14 TD : TP :16 Terrain (1/2 journée) : Roland BARRIOT LMGM/CNRS bât. IBCG 118 rte de Narbonne Tél [email protected] Contenu : Cette UE a pour but d initier les étudiants aux techniques modernes de fouilles de données permettant de prédire, par exemple, si celui qui achète du pain et du beurre va acheter de la confiture, s il est raisonnable pour une banque d'attribuer une carte de crédit, si la protéase PfSUB1 joue un rôle dans la division de Plasmodium falciparum(parasite responsable de la malaria), ou encore de diagnostiquer un sous-type de cancer du sein à partir de données de puces à ADN de la patiente. En général, plusieurs méthodes peuvent être utilisées, plus ou moins performantes : il s agit donc de les comprendre, d apprendre à les mettre en œuvre et d estimer leur performances. Mots-clés :prétraitement des données, classification et prédiction, caractérisation et discrimination, règles d association Mathématiques pour la Biologie ECTS : 3 Code Apogée : EM7BBSDM Matière 1 : Outils théoriques et méthodes numériques 50 % Heures CM : 10h TD : TP : Terrain (1/2 journée) : J.D. DUROU et S. MOUYSSET Laboratoire : Institut de Recherche en Informatique de Toulouse (IRIT) UPS 118 rte de Narbonne Tél [email protected] [email protected] Contenu : Revisite rapide théorique des bases en algèbre (résolutions de systèmes linéaires, inversion de matrices, recherche de vecteurs/valeurs propres) et en analyse (intégration, équations différentielles, optimisation) Présentation des algorithmes numériques pour résoudre ces problèmes (algorithme de Jacobi Gauss-Seidel, de Crout, de Runge- Kutta ) Probabilités : Probabilités conditionnelles et vraisemblance, modèle linéaire Mots-clés :systèmes linéaires, vecteurs/valeurs propres, équations différentielles Matière 2 : Méthodes numériques appliquées à la biologie 50 % Heures CM : TD : TP :20h Terrain (1/2 journée) : Roland BARRIOT Laboratoire : LMGM/CNRS bât. IBCG UPS 118 rte de Narbonne Tél [email protected] Contenu : Mise en application dans le cadre d un projet applicatif en biologie des notions théoriques et algorithmes vus en cours 15

16 Programmation en Bioinformatique ECTS : 6 Code Apogée : EM7BBSEM Heures CM : 24 TD :18 TP :18 Terrain (1/2 journée) : Jérôme FARINAS Laboratoire : IRIT UPS 118 rte de Narbonne Tél [email protected] Contenu : Apprentissage de la programmation structurée avec des langages impératifs. Comprendre et mettre en œuvre des algorithmes de base, savoir utiliser des structures classiques. Mise en œuvre en utilisant un langage impératif. Utilisation de bibliothèques de programmation dédiée à la bioinformatique, notamment pour la manipulation de séquences (nucléiques et protéiques) ainsi que l exploitation de diverses sources et format de données. Mots-clés : Algorithmique, structures, instructions conditionnelles, programmation impérative. Bioperl, go-perl, biopython, bioruby, séquences nucléiques et protéiques, annotations structurées, ontologies. 16

17 SEMESTRE 8 Bases de données et technologies Web ECTS : 6 Code Apogée : EM8BBSAM Heures CM :24 TD : TP :36 Terrain (1/2 journée) : G. RICHARD Laboratoire : IRIT UPS 118 rte de Narbonne Tél , [email protected] Equipe pédagogique : Gilles RICHARD, Gwennaele FICHANT, Karen PINEL-SAUVAGNAT Contenu : Cette UE a pour but d'apprendre aux étudiants à concevoir et à implémenter une base de données ainsi que leur faire acquérir les techniques de programmation de sites web dynamiques. Contenu détaillé : Base de données modélisation/schémas et formes normales interrogation avec SQL HTML/CSS programmation client Javascript programmation serveur PHP technologie XML Manipulation de documents XML via Javascript/PHP Concept de programmation AJAX (asynchronisme) Mots-clés : BD normalisation SQL HTML/CSS JAVASCRIPT PHP AJAX - XML Programmation et Génie logiciel ECTS : 6 Code Apogée : EM8BBSBM Heures CM : 18 TD :12 TP :30 Terrain (1/2 journée) : Mathieu RAYNAL Institut de Recherche en Informatique de Toulouse (IRIT) UPS 118 rte de Narbonne Tél , [email protected] Contenu : - Modélisation avec UML : Cas d utilisation et différents diagrammes (diagramme de classe, de séquence, d état transition) - Environnement de programmation - Notion de classe et objet : lien avec l UML, classe, instanciation, package, utilisation API - Notion avancée de programmation orientée objet : héritage, interface - Gestion des exceptions - Gestion des flux de données : lecture et écriture dans des flux, sérialisation - Introduction aux interfaces graphiques et à la programmation événementielle Mots-clés :Programmation orientée objet, UML, Java Bioinformatique pour la génomique et la post-génomique ECTS : 6 Code Apogée : EM8BBSCM Heures CM : 24 TD :4 TP :32 Terrain (1/2 journée) : Gwennaele FICHANT -Laboratoire de Microbiologie et Génétique Moléculaires, CNRS - bât. IBCG, 118, route de Narbonne Toulouse CEDEX 9, France Tél. : [email protected] Equipe Pédagogique :Roland BARRIOT, Jean-Philippe GALAUD Contenu : Dans cette UE, les étudiants aborderont les différentes méthodes d annotation de génomes et acquerront les compétences pour traiter les données issues des approches expérimentales à haut débit. Au travers de l analyse de cas concrets, nous irons donc du génome au métabolome en passant par le transcriptome et le protéome. Les séances de TP auront lieu sur ordinateur de manière à illustrer les approches et démarches théoriques décrites en cours. Mots-clés :annotation des génomes analyse transcriptomique - analyse protéomique - méthode d'analyse de flux Traitement des graphes et réseaux biologiques ECTS : 3 Code Apogée : EM8BBSDM Heures CM : 14 TD : TP :16 Terrain (1/2 journée) : Roland BARRIOT Laboratoire : Laboratoire de Microbiologie et Génétique Moléculaires (LMGM) CNRS bât. IBCG 118 rte de Narbonne Tél [email protected] 17

18 Contenu:Dans ce module, les étudiants aborderont les concepts et les algorithmes de base en théorie des graphes. Quelques problèmes classiques de biologie seront revisités à la lumière de ces concepts. Les réseaux d interactions moléculaires (régulation transcriptionnelle, réseaux métaboliques, réseaux d interactions protéiques) et les problèmes de graphes associés constitueront des applications privilégiées. Mots-clés :plus courts chemins,marchesaléatoires,partitionnement de graphes, détection de communautés, modularité Simulation de systèmes biologiques ECTS : 3 Code Apogée : EM8BBSEM Heures CM : 12 TD : TP : 18 Terrain (1/2 journée) : Georges CZAPLICKI (Pr, CNU 64) Laboratoire : IPBS/CNRS 205 route de Narbonne Tél , [email protected] Contenu : Méthodes d'analyse de modèles en biologie et de la prédiction du comportement de systèmes biologiques dynamiques. Seront abordées les approches numériques ainsi que les méthodes qualitatives. Les TP seront focalisés sur les cas pratiques provenant de divers domaines de la biologie, par exemple : les réactions enzymatiques, la croissance de biomasse, l'analyse de processus périodiques et les déclencheurs génétiques. Mots-clés : modèle mathématique, système dynamique, équation différentielle, trajectoires, isoclines, asymptotes. Introduction à la modélisation moléculaire ECTS : 3 Code Apogée : EM8BBSFM Heures CM : 10 TD :10 TP : 4 Terrain (1/2 journée) : Georges CZAPLICKI Laboratoire : IPBS/CNRS 205 rte de Narbonne Tél , [email protected] Contenu : Présentation des concepts de base de la modélisation de structures biomoléculaires. Seront abordés les aspects théoriques et computationnels de la détermination de structures tridimensionnelles de molécules d'intérêt biologique par l'approche empirique, basée sur le champ de force et l'optimisation de géométrie. La partie pratique du module sera consacrée à la création, visualisation, modification et optimisation de structures moléculaires. Mots-clés : visualisation demolécules, mécanique moléculaire, champ de force, minimisation d'énergie, algorithmes déterministes. Modélisation moléculaire avancée ECTS : 3 Code Apogée : EM8BBSGM Heures CM : 10 TD : 10 TP : 4 Terrain (1/2 journée) : Georges CZAPLICKI Laboratoire : IPBS/CNRS 205 rte de Narbonne Tél , [email protected] Contenu : Approfondissement et développement des approches visant la détermination de structures biomoléculaires. Méthodes de prédiction de structures de complexes protéine-protéine et protéine-ligand. Discussion de problèmes associés avec le docking et le criblage virtuel. Mots-clés : algorithmes stochastiques, dynamique moléculaire, complexe récepteur-ligand, pharmacophore, chimiothèque,docking, criblage virtuel. Analyse des données multivariées - MASTER 1 ECOLOGIE ECTS : 3 Code Apogée : EM8BECNM Heures CM : 12 TD :18 TP : Terrain (1/2 journée) : Gaël GRENOUILLET Laboratoire : Evolution et Diversité Biologique UPS 118 rte de Narbonne Tél [email protected] Contenu : Cet enseignement propose une présentation des principales méthodes d analyse adaptées aux données multidimensionnelles, illustrées à partir d exemples réels provenant d études écologiques. L enseignement cherchera à montrer plus particulièrement en quoi la nature complexe des systèmes biologiques conduit à la nécessité de prendre en compte un grand nombre 18

19 de descripteurs, et en quoi l écologie est un champ d application privilégié des méthodes abordées.a l issue de cet enseignement, les étudiants devront être à même d organiser des données et de formuler une problématique écologique pertinente, de choisir la (ou les) méthode(s) d analyse en fonction de la nature des données et de la problématique abordée, de mettre en œuvre et d interpréter ces méthodes. Mots-clés :ACP, AFC, ACM, AFD, couplage de tableaux (co-inertie, CCA), classification, matrices de distances. Biostatistiques Utilisation avancée du modèle linéaire MASTER 1 ECOLOGIE ECTS : 3 Code Apogée : EM8BBSIM Heures CM : 10 TD : 0 TP : 20 Terrain (1/2 journée) : Jean-Baptiste FERDY Laboratoire : Evolution et Diversité Biologique UPS 118 rte de Narbonne Tél , [email protected] Contenu : Cet enseignement propose une présentation détaillée des applications du modèle linéaire à l'analyse des données biologiques. L'enseignement sera illustré par des exemples tirés de travaux en écologie, biologie comportementale et biologie évolutive. L'accent sera particulièrement mis sur les hypothèses qui sont faites dans l'application du modèle linéaire (normalité, constance des variances et indépendance des données) et sur la démarche à adopter lorsque ces hypothèses ne sont pas vérifiées. À l issue de cet enseignement, les étudiants devront être à même d organiser des données et de formuler une problématique écologique pertinente, de choisir la (ou les) méthode(s) d analyse en fonction de la nature des données et de la problématique abordée, de mettre en œuvre et d interpréter ces méthodes. Mots-clés : lm, glm, pseudo-réplication, modèles mixtes. 19

20 Stages facultatifs En dehors de la période d'enseignement, il est possible d'effectuer un stage facultatif dès lors qu'il s'intègre dans un parcours pédagogique. Ce stage ne donne pas lieu à l'attribution d'ects mais est évalué sous une forme propre à la formation (a minima un compte-rendu de stage). Les stages validés apparaîtront sur l'annexe du diplôme lors de l'édition du diplôme (L3 - M2) Le responsable de formation est responsable de l'adéquation du contenu du stage avec le projet professionnel de l'étudiant. Que le stage soit obligatoire ou facultatif, il doit faire l'objet d'une convention de stage. La secrétaire pédagogique est à votre disposition pour de plus amples renseignements. Ce stage facultatif ne concerne pas les M2P. 20

21 Spécialités des Masters 2 Mention MABS 21

22 Master 2 Recherche Microbiologie (ERBMI0) Enseignant responsable : Claude GUTIERREZ Institut de Pharmacologie et Biologie Structurale/CNRS route de Narbonne Toulouse cedex 4 Tél [email protected] Secrétariat pédagogique : IBCG/CNRS - Université Paul Sabatier route de Narbonne TOULOUSE cedex 9 Tél E mail [email protected] Site Web du M2R : Conditions d'admission: Le M2R Microbiologie est ouvert aux titulaires d'une première année de master de l université, aux titulaires d'un diplôme étranger justifiant d'un niveau équivalent, aux élèves ingénieurs des INSA et des grandes écoles, aux étudiants des disciplines médicales, pharmaceutiques et vétérinaires. L'inscription à la formation est subordonnée à l'acceptation par le responsable, à la suite d'un examen par un comité de sélection des dossiers de candidature (Pré-inscription obligatoire sur le site web de l'ups: et éventuellement d'un entretien. L'acceptation devient définitive lorsque l'étudiant a obtenu l'accord d'un responsable d'équipe pour son accueil en stage de M2R. Schéma des études: La formation théorique (36 ECTS) repose sur 4 UEs (3 au S9 et une au S10). Les étudiants y reçoivent une formation aux outils et méthodes de la recherche bibliographie et de la présentation orale et écrite des données scientifiques (en français et en anglais). L accent est mis sur l analyse critique et la synthèse de l information scientifique. Ils sont également initiés à la conception et la présentation de projets de recherche. La formation pratique (24 ECTS) repose sur un stage en laboratoire, au sein d'une des équipes d'accueil participantes (~30 EADs), sous la direction d'un chercheur confirmé. Chaque étudiant choisira son stage parmi une liste proposée au moment du recrutement (fin juin, début juillet). Débouchés professionnels : La poursuite en thèse est le débouché naturel de cette formation, dont les équipe d'accueil (EAD) sont réparties au sein de deux Ecoles Doctorales Toulousaines ["Biologie Santé Biotechnologie" (BSB; ED 151, DS 5) et "Sciences Ecologiques, Vétérinaires, Agronomiques et Bioingénieries" (SEVAB; ED 458, DS 10)]. La poursuite en thèse peut se faire dans d'autres formations doctorales nationales ou internationales. Des formations de type "double compétences" (marketing, droit et vivant, propriété intellectuelle ) sont accessibles aux titulaires du M2R. Outre la préparation aux carrières de la recherche publique ou privée, la formation reçue permettra une insertion professionnelle dans les secteurs industriels de l agro-alimentaire, de l environnement et des industries pharmaceutiques. 22

23 Nom de l UE : COMMUNICATION SCIENTIFIQUE Responsable UE : Philippe ROUSSEAU Heures CM : 16 TD : TP : 32 Terrain (1/2 journée) : ECTS : 9 Nom, prénom : Philippe Rousseau (MCU, CNU65) Laboratoire : CNRS-Laboratoire de Microbiologie et Génétique Moléculaires, BAT. IBCG, 118, route de Narbonne Toulouse CEDEX 9, France Equipe pédagogique : Philippe Rousseau, Claude Gutierrez Code Apogée : ER9BMIAM Tél [email protected] Contenu : L'objectif est d'apprendre à faire une analyse critique et une présentation d un travail scientifique à partir de publications en anglais. On abordera la présentation de poster, la présentation à l oral ainsi que la rédaction de résumés en anglais et en français. L enseignement s organiser autour de : - Prise de parole en publique - Série de conférence «hebdomadaire» avec discussion avec l intervenant. La discussion aura lieu en Anglais s il s agit d un anglophone - Écriture de résumés en Anglais - Présentation hebdomadaire de publication : orale ou poster Mots-clés : analyse critique de publication, présentation orale. Nom de l UE : METHODOLOGIES INNOVANTES EN BIOLOGIE Responsable UE : PHILIPPE ROUSSEAU Heures CM : 26 TD : 5 TP : 5 Terrain (1/2 journée) : ECTS : 6 Nom, prénom : Philippe Rousseau (MCU, 65) Laboratoire : CNRS-Laboratoire de Microbiologie et Génétique Moléculaires, BAT. IBCG, 118, route de Narbonne Toulouse CEDEX 9, France Equipe pédagogique : Philippe Rousseau, Pascal Le Bourgeois, Pierre-Emmanuel Gleyzes. Code Apogée : ER9BMIBM Contenu : L objectif est d avoir une initiation aux techniques innovantes en biologie. Les techniques présentées peuvent changer d année en année car l idée est de présenter les dernières innovations. Par exemple, il est prévu de présenter les dernières avancées dans les méthodes de séquençage à haut débit ou de PCR quantitative. Les dernières innovations en matière de microscopie seront aussi abordées ainsi que la contribution des nanotechnologies à l étude du vivant (étude de particule unique, microscopie en champ proche type AFM, ). Cette UE est en partie mutualisée avec le M2P Diagnostique Microbiologique : Méthodes Innovantes Mots-clés : techniques innovantes en biologie, séquençage, qpcr, Microscopie optique et électronique, AFM, nanotechnologie en biologie. Nom de l UE : COMPILATION DE DONNÉES BIBLIOGRAPHIQUES Responsable UE : Matthieu ARLAT Heures CM : 16 TD : TP : 32 Terrain (1/2 journée) : Nom, prénom : MATTHIEU ARLAT (Pr, CNU65) Laboratoire : Laboratoire des Interactions Plantes Microorganismes, UMR INRA/CNRS ECTS : 12 Code Apogée : ER9BMICM Tél. + (33) [email protected] Contenu : L objectif est d apprendre à compiler des données bibliographiques dans le but de rédiger un «état de l art» sur une question ou un sujet scientifique d intérêt. L UE inclura une formation à l utilisation des bases de données et une formation à l écriture scientifique. - Utilisation des bases bibliographiques (formation avec la bibliothèque) - Rédaction scientifique - Séances (6 x 2h) de travail thématique en accord avec le sujet de la mini-revue à écrire (tournant d année en année) Mots-clés : analyse critique de publication, rédaction scientifique, recherche bibliographique. 23

24 Nom de l UE : PROJET DE RECHERCHE Responsable UE : CLAUDE GUTIERREZ Heures CM : 2 TD : 12 TP : Terrain (1/2 journée) : Nom, prénom : Claude GUTIERREZ (Pr 65) Laboratoire : IPBS, UMR5089 CNRS/UPS Tél [email protected] ECTS : 6 Code Apogée : ERABMIBM Contenu : L objectif est d apprendre à concevoir un projet de recherche original pour une personne sur une période de 3 ans (projet de thèse). Chaque étudiant choisira librement un sujet, et sera encadré par un tuteur qui l accompagnera dans l élaboration du projet.cet exercice contribuera à la préparation des étudiants aux concours d attribution des bourses de thèse. Le rendu sera la remise d un projet de recherche écrit et sa défense à l oral devant un jury indépendant composé de l ensemble des tuteurs. Mots-clés : projet de recherche. Nom de l UE : STAGE DE RECHERCHE Responsable UE : CLAUDE GUTIERREZ Heures CM : TD : 16 TP : Terrain (1/2 journée) : Nom, prénom : Claude GUTIERREZ (Pr 65) Laboratoire : IPBS, UMR5089 CNRS/UPS Tél [email protected] ECTS : 24 Code Apogée : ERABMIAM Contenu : Chaque étudiant effectue un stage de janvier à juin dans un laboratoire de recherche, encadré par un chercheur ou enseignant-chercheur responsable. Le choix de ce stage se fera parmi une liste de sujets qui seront proposés aux étudiants au moment du recrutement. L évaluation de ce travail de recherche se fera sous la forme : - d un oral de 15 minutes en français pour présenter le travail effectué en stage comptant pour 45% de la note - d un rapport de stage écrit comptant pour 45% de la note - d une note de stage donnée par l encadrant et comptant pour 10% de la note Mots-clés : initiation à la recherche, travail expérimental. 24

25 Master 2 Recherche Biosciences Végétales (ERBBV0) Enseignant responsable: Christophe ROUX Laboratoire de Recherche en Sciences Végétales -Pôle de Biotechnologie - Chemin de borde rouge AUZEVILLE Tél [email protected] Secrétariat pédagogique : IBCG/CNRS - Université Paul Sabatier -118 route de Narbonne TOULOUSE cedex 9 Tél E mail [email protected] Site web de la formation: Objectifs de formation : La formation porte sur deux thèmes : -les interactions plantes-microorganismes, pathogènes et symbiotes -le développement des plantes (signalisation cellulaire, paroi et développement, maturation des fruits) Ces grands volets thématiques sont abordés par des approches intégrées (du gène à l organisme) qui bénéficient des compétences scientifiques des équipes de recherche et de l appui technologique de la Fédération de Recherche «Agrobiosciences, interactions & biodiversité» ( Pour répondre aux besoins de plus en plus fréquents dans nos laboratoires d approches sur les concepts évolutifs ou sur la diversité des populations, notre M2R BioSciences Végétales présente également quelques enseignements communs avec le M2R Biodiversité Ecologie Evolution de notre université. Conditions d'admission : Le M2R Biosciences végétales est ouvert aux titulaires d'une première année de master de l université, aux titulaires d'un diplôme étranger justifiant d'un niveau équivalent, aux élèves ingénieurs ENSA, INSA et grandes écoles. L'inscription à la formation est subordonnée à l'acceptation par le responsable, à la suite d'un examen par un comité de sélection des dossiers de candidature (Préinscription obligatoire sur le site web de l'ups: et éventuellement d'un entretien. Schéma des études: La formation théorique (30 ECTS) repose sur 2 UEs (S9). Les points chauds de l actualité scientifique dans les thèmes du M2R BsV sont présentés par une équipe pédagogique d une trentaine d intervenants. La formation à l anglais scientifique est particulièrement soutenue. Les étudiants reçoivent une formation aux outils et méthodes de la recherche bibliographie, à l analyse critique et la synthèse de l information scientifique, à la présentation orale et écrite des données scientifiques. Ils sont également initiés à la conception et la présentation de projets de recherche. La formation pratique (30 ECTS) repose sur un stage en laboratoire (S10), au sein d'une des équipes d'accueil participantes (une vingtaine d équipe d accueil), sous la direction d'un chercheur confirmé. Chaque étudiant choisira son stage parmi une liste proposée en début d année. Ces stages sont présentés aux étudiants par les encadrants. La durée du stage est de 5 mois. Débouchés professionnels : La formation prépare les étudiants aux métiers de la recherche et à la poursuite en doctorat (Ecole Doctorale SEVAB : ). Dans un contexte de forte compétition entre diplômés, la formation s appuie sur un très fort potentiel scientifique (FR AIB ) qui permet aux étudiants d acquérir une expérience de niveau international. Les diplômés sont préparés pour un recrutement dans les établissements de recherche du secteur public et les laboratoires industriels. Nous maintenons un lien fort avec le secteur industriel à travers nos relations avec le pôle de compétitivité Agrimip Innovation ( ). 25

26 Nom de l UE : Technologie du vivant & communication Responsable : Christophe Roux Moyenne UE : ER9BVA1 : 8 % + ER9BVA4 : 6 % + ER9BVA5 : 38% -Matière ER9BVA6 18% ER9BVA7 : 30% ER9BVA1 : Bioanalyse Heures CM :16 TD : TP : Terrain (1/2 journée) : Nom, prénom : Gaulin Elodie (section CNU 66-2) Laboratoire : Laboratoire de Recherche en Sciences Végétales Tél [email protected] Equipe pédagogique : Gaulin E, Mathé C, Albenne C, San clémente H Contenu : De l analyse des séquences nucléotidiques et peptides aux bases de données ECTS : 30 Code Apogée : ER9BBVAM ER9BVA2, 3 : Microscopie et Analyse d images / Plateformes technologiques Heures CM : TD : 5 TP : 36 Terrain (1/2 journée) : Nom, prénom : Roux, Christophe (section CNU 66-2) Laboratoire : Laboratoire de Recherche en Sciences Végétales Tél [email protected] Equipe pédagogique : personnels des plateformes Imagerie et Génomique ER9BVA4 : Anglais Heures CM : TD : 24 TP : Terrain (1/2 journée) : Nom, prénom, section CNU : Winterton, Peter (section CNU 11) Laboratoire : UFR Langues Tél. + [email protected] Contenu : Anglais, outil de communication scientifique (préparation de l atelier 3 présenté en anglais) ER9BVA5-6-7 : Ateliers bibliographiques, Projet, Analyse d article Heures CM :32 TD : 62 TP : Terrain (1/2 journée) : Nom, prénom : Roux, Christophe (section CNU 66-2) Laboratoire : Laboratoire de Recherche en Sciences Végétales Tél [email protected] Equipe pédagogique : Chercheurs et enseignants chercheurs des équipes de recherche de la FR3450 en appui du M2R Contenu : Les enseignements portent sur deux thèmes majeurs : -Interactions plantes-microorganismes, pathogènes et symbiotes. -Développement des plantes (signalisation cellulaire, paroi et développement, maturation des fruits) La formation se décline en trois volets : - Présentation des nouvelles frontières des connaissances scientifiques dans les domaines de la Signalisation Cellulaire, de l organisation des Parois cellulaires, des Biotechnologies végétales et des Interactions Plantes Microorganismes - Réalisation de projets de recherche (proposition d un projet de recherche sous format ANR) - Analyse et présentation de thèmes scientifiques (3 ateliers bibliographiques avec encadrement individuel des étudiants) Nom de l UE : Stage de recherche Responsable : Christophe Roux Heures CM : TD : 30 TP : Terrain (1/2 journée) : Nom, prénom : Christophe Roux (section CNU 66-2) Laboratoire : Laboratoire de Recherche en Sciences Végétales Tél [email protected] ECTS : 30 Code Apogée : ERABBVAM Equipe pédagogique : Chercheurs et enseignants chercheurs des équipes de recherche de la FR3450 en appui du M2R Contenu : Réalisation de travaux de recherche (rédaction et soutenance). Préparation aux concours d Ecoles Doctorales 26

27 Master 2 Indifférencié Bioinformatique et Biologie des Systèmes (EIBBI0) Enseignant responsable : Gwennaele FICHANT LMGM/CNRS bât. IBCG/CNRS Campus UPS 118 route de Narbonne TOULOUSE cedex 9 Tél Fax [email protected] Secrétariat pédagogique : IBCG/CNRS - Université Paul Sabatier route de Narbonne TOULOUSE cedex 9 Tél E mail [email protected] Site Web de la formation : Recrutement : sur dossier et éventuellement un entretien. Objectifs : Notre formation a pour objectif de former des étudiants (scientifiques, ingénieurs et chercheurs) possédant d importantes capacités multidisciplinaires, en biologie, informatique et mathématiques, nécessaires pour œuvrer dans le domaine de la bioinformatique mais aussi dans celui émergent de la biologie des systèmes. L évolution rapide des technologies dans le domaine des sciences de la vie et la généralisation de ces approches globales dans l'analyse du vivant génère dans les laboratoires privés et publics une demande accrue de jeunes cadres ou chercheurs possédant une vision intégrée s appuyant sur des connaissances et des compétences de plusieurs champs disciplinaires. Organisation des études : Les enseignements sont répartis comme suit : Semestre 9 : il est constitué d'un tronc commun puis de 2 UE à choix qui conditionneront le choix du parcours recherche ou professionnel. Tronc commun : UE Bases de données avancées UE Apprentissage automatique et optimisation UE Intégration des données hétérogènes UE Biologie des Systèmes 1 UE Anglais UE à choix : UE Communication scientifique (parcours recherche) ou Insertion professionnelle (parcours professionnel) UE Biologie des Systèmes 2 (parcours recherche) ou Méthodologie (parcours professionnel) Semestre 10 : Stage de recherche ou en entreprise suivant le parcours Débouchés : Pour le parcours recherche, la poursuite en thèse est le débouché naturel de cette formation, dont les équipes d'accueil (EAD) sont réparties au sein de deux Ecoles Doctorales Toulousaines ["Biologie Santé Biotechnologie" (BSB; ED 151, DS 5) et "Sciences Ecologiques, Vétérinaires, Agronomiques et Bioingénieries" (SEVAB; ED 458, DS 10)]. La poursuite en thèse peut se faire dans d'autres formations doctorales nationales ou internationales. D'autre part, l évolution rapide des technologies dans le domaine des sciences de la vie et la généralisation de ces approches globales dans l'analyse du vivant génèrent dans les laboratoires privés une demande accrue de jeunes cadres possédant des compétences pluridisciplinaires en biologie-informatiquemathématique et pouvant de plus jouer un rôle d interface au sein de ces entreprises. Les domaines professionnels concernés sont larges :sociétés innovantes («Start-Up») de biotechnologies, industries pharmaceutiques et cosmétiques, entreprises de biotechnologies, firmes semencières, entreprises tournées vers les biotechnologies végétales, industrie agroalimentaire, laboratoires de services d analyses de contrôles et de diagnostics appliqués à la santé et à la sécurité alimentaire, organismes de Santé Publique et de l Environnement, plateformes technologiques des Génopoles. 27

28 Nom de l UE : Bases de données avancées Responsable UE : Karen Pinel-Sauvagnat Heures CM :10 TD : TP : 20 Terrain (1/2 journée) : Nom, prénom : R. MOKADEM Laboratoire : IRIT Tél [email protected] ECTS :3 Code Apogée : EI9BBICM Conten u : Ce module a pour but de former les étudiants aux concepts avancés liés aux bases de données. L'objectif est que les étudiants maîtrisent la gestion et l'administration de bases de données volumineuses et complexes. Les concepts abordés couvrent la cohérence et l intégrité des données avec les transactions et les déclencheurs (trigger), la conception et la réalisation de fonctions et procédures stockées, ainsi que l'accès aux bases de données via un langage hôte. Mots-clés : Bases de données, PL-SQL, triggers Nom de l UE : Apprentissage automatique et optimisation ECTS : 3 Code Apogée : EI9BBIAM Heure CM :10 s TD : TP : 20 Terrain (1/2 journée) : Nom, prénom : Régine André-Obrecht (CNU 27 e ) Gilles Richard (CNU 27 e ) Laboratoire : Institut de Recherches en Informatique de Toulouse Tél [email protected] Tél [email protected] Contenu : Outils de base pour l apprentissage automatique et la classification (suite de l UE Fouille de Données en M1) Approche bayésienne : - Modèles de mélanges de gaussiennes (MMG) - Modèles de Markov cachés (mode discret et continu) (MMC) Approche discriminante - Réseau de neurones - Machines à vecteurs support (SVM) Approche logique - Induction versus abduction - Programmation logique inductive - algorithmes génétiques Mots-clés : Modèles de mélanges de gaussiennes, Réseau de neurones, SVM, induction, algorithmes génétiques Nom de l UE : Intégration de données hétérogènes Responsable UE : Roland Barriot Heures CM : 15 TD : TP : 15 Terrain (1/2 journée) : Nom, prénom, section CNU : Roland Barriot (MCF, CNU 65) Laboratoire : Laboratoire de Microbiologie et Génétique Moléculaires (LMGM) Tél [email protected] ECTS : 3 Code Apogée : EI9BBIBM Contenu : Ce module a pour but d enseigner aux étudiants comment intégrer les données hétérogènes issues des approches postgénomiques à différents niveaux : au niveau du format des données depuis les bases de données réparties jusqu aux bases de données fédérées ; au niveau de l'intégration virtuelle de schéma de bases de données, notamment avec l'approche par médiation ; au niveau de l intégration et de la réconciliation de schéma de bases de données ; et jusqu au niveau de leur exploitation pour en extraire de nouvelles connaissances : intégration sous forme de graphes, caractérisation d un ensemble et confrontation de sources de données, fusion de données génomiques. Mots-clés : bases de données réparties, bases de données fédérées,intégration de bases de données, médiateur, entrepôts de données, graphes, fusion de données génomiques Nom de l UE :Biologie des Systèmes 1 Heures CM : 16 TD : 16 TP : 28 Terrain (1/2 journée) : ECTS :6 Code Apogée : EI9BBIEM Nom, prénom : Fichant Gwennaele (Pr 65) Laboratoire : Laboratoire : CNRS-Laboratoire de Microbiologie et Génétique Moléculaires, BAT. IBCG, 118, route de Narbonne Toulouse CEDEX 9, France Tél. : [email protected] Contenu : Cette UE consiste en une initiation à la biologie des systèmes, discipline émergente, dont l'objectif est de caractériser les composants élémentaires d'un système biologique (par exemple, une cellule, un écosystème etc.) pour mettre à jour les propriétés qui résultent de leurs interactions, ceci afin de mieux comprendre le fonctionnement du système dans sa globalité. Pour cela, les 28

29 différentes approches vues au cours de la première année, notamment dans les UE bioinformatique pour la génomique et postgénomique, traitement de graphes et réseaux biologiques, simulation des systèmes biologiques, seront approfondies et intégrées pour aborder des problématiques liées à la biologie des systèmes. Cet enseignement se fera sous diverses formes (ateliers, conférences, enseignement classique). Mots-clés : biologie des systèmes - intégration des données - réseaux d'interactions Nom de l UE : Communication Scientifique Responsable UE : Elodie GAULIN Heures CM : 8 TD : 22 TP : Terrain (1/2 journée) : ECTS :3 Code Apogée : EIBBIFM Nom, prénom, section CNU : GAULIN, Elodie, Mc, CNU66-2 Laboratoire : Laboratoire de Recherche en Sciences Végétales, LRSV UMR 5546 Auzeville, BP 42617, Castanet Tolosan Tél [email protected] Equipe Pédagogique : FICHANT Gwennaele, Pr, CNU65 ([email protected]/ ) BARRIOT Roland, Mc, CNU65 ([email protected]/ ) Laboratoire : CNRS-Laboratoire de Microbiologie et Génétique Moléculaires, BAT. IBCG, 118, route de Narbonne Toulouse CEDEX 9, France BONHOMME Maxime, Mc CNU66-2, Laboratoire de Recherche en Sciences Végétales, LRSV UMR 5546 Auzeville, BP 42617, Castanet Tolosan Tél [email protected] Contenu : L objectif de cette UE est d initier les étudiants à la présentation orale de données scientifiques, en proposant notamment un sujet de recherche que l étudiant devra mener a bien sous la direction d un encadrant. Outre la rédaction d un rapport, l étudiant exposera son travail sous forme d une présentation orale. Pour atteindre cet objectif, lors des séances de TDs, les méthodes permettant la recherche, l analyse et la synthèse de données bibliographiques et expérimentales seront abordées ainsi que les techniques permettant la présentation orales de données scientifiques. Les TDs et projets couvriront les différents domaines de formation du M2I. Mots-clés : aspects méthodologiques, communication scientifique Nom de l UE :Biologie des Systèmes 2 Heures CM : 30 TD : 30 TP : 30 Terrain (1/2 journée) : ECTS :9 Code Apogée : EI9BBIHM Nom, prénom : Fichant Gwennaele (Pr 65) Laboratoire : Laboratoire : CNRS-Laboratoire de Microbiologie et Génétique Moléculaires, BAT. IBCG, 118, route de Narbonne Toulouse CEDEX 9, France Tél. : [email protected] Contenu : Cette UE a pour objectif de former les étudiants à la démarche de la recherche et à l autoformation en abordant des problématiques scientifiques d actualité liée au domaine de la biologie des systèmes sous diverses formes d enseignement (ateliers, conférences, enseignement classique). Parmi les problématiques, nous pouvons citer : séquençage et annotation des génomes, génomique comparative et évolution des génomes, phylogénomique, métagénomique, inférences de réseaux en biologie, bioinformatique de l ARN et modélisation moléculaire approfondie. Cette liste n est pas exhaustive et pourra évoluer d année en année en fonction de l évolution de la discipline. De plus, des conférences-débats seront organisées avec des professionnels de manière à mettre en contact les étudiants avec le monde de la recherche et de l'innovation. Mots-clés : Nom de l UE : Insertion professionnelle Responsable UE : Georges Czaplicki Heures CM : 15 TD : 15 TP : Terrain (1/2 journée) : Nom, prénom : Czaplicki Georges (Pr, CNU 64) Laboratoire : IPBS/CNRS 205 route de narbonne TOULOUSE Tél , [email protected] ECTS : 3 Code Apogée : EI9BBIGM Contenu : L'objectif de ce module est de familiariser les étudiants avec l environnement entrepreneurial et leur donner une bonne vision de l organisation et du fonctionnement de l entreprise de façon à faciliter leur intégration. Des conférences-débats seront organisées avec les professionnels du domaine. Mots-clés : entreprise. 29

30 Nom de l UE : Méthodologie Responsable UE : Georges Czaplicki Moyenne UE : Matières 1: 33% + 2 : 33% + 3 : 33% = 100 % Matière 1 : Systèmes et réseaux informatiques Heures CM : 12 TD : 12 TP : 6 Terrain (1/2 journée) : Nom, prénom : Farinas, Jérôme (MCF, CNU 27) Laboratoire : IRIT Tél , [email protected] ECTS : 9 Code Apogée : EI9BBIIM Contenu : A l'issue de ce module les étudiants auront acquis des compétences en administration et gestion de systèmes opérationnels Unix/Linux ainsi que la connaissance de l'architecture et des protocoles réseaux. Mots-clés : systèmes Unix/Linux, architectures et protocoles réseaux. Matière 2 : Interopérabilité et services Web Heures CM : 12 TD : 12 TP : 6 Terrain (1/2 journée) : Nom, prénom, section CNU : Raynal, Mathieu (MCF, CNU 27) Laboratoire : IRIT Tél , [email protected] Contenu : Ce module permettra aux étudiants de se familiariser avec l'administration et gestion de systèmes d information, notamment autour des nouvelles technologies du web pour l échange des informations et des services. Mots-clés : Web, service, Taverna. Matière 3 : Programmation évènementielle et interface graphique Heures CM : 12 TD : 12 TP : 6 Terrain (1/2 journée) : Nom, prénom, section CNU : Czaplicki, Georges (Pr, CNU 64) Laboratoire : IPBS Tél , [email protected] Contenu : Apprentissage de la programmation événementielle et de méthodes efficaces de création des interfaces graphiques (GUI). Mots-clés : programmation événementielle, interface graphique. Nom de l UE :Stage ECTS :30 Code Apogée : EIABBIAM Heures CM : TD : TP : Terrain (1/2 journée) : Nom, prénom : Fichant Gwennaele (Pr 65) et Czaplicki Georges (Pr 64) Laboratoire : CNRS-Laboratoire de Microbiologie et Génétique Moléculaires, BAT. IBCG, 118, route de Narbonne CEDEX 9, France IPBS, 205 route de Narbonne, Toulouse Cedex Tél. : [email protected] Tél. : [email protected] Toulouse Contenu : En fonction de l'orientation choisie par l'étudiant, le stage s'effectuera soit en laboratoire de recherche, soit en entreprise. Dans les deux cas, le travail réalisé donnera lieu à un rapport écrit et à une soutenance orale. 30

31 Master 2 Professionnel Diagnostic Microbiologique : Approches innovantes (EPBDM0) Responsable de la Formation : Marie-Line DAVERAN-MINGOT LMGM/CNRS bât. IBCG/CNRS campus UPS 118 route de Narbonne TOULOUSE cedex 9 Tél Fax [email protected] Co-responsable : Pascal LE BOURGEOIS Tél [email protected] Secrétariat Pédagogique : IBCG/CNRS - Université Paul Sabatier route de Narbonne TOULOUSE cedex 9 Tél E mail [email protected] Site Web de la formation : Recrutement : sur dossier et entretien Objectifs : L objectif de ce M2P est de former des étudiants capables de développer et mettre en œuvre des méthodes innovantes pour la détection et l identification des microorganismes (procaryotes, eucaryotes, virus) dans les domaines de la santé, de l agro-alimentaire et de l environnement. Elle répond à une demande forte de ces secteurs de faire évoluer les techniques traditionnelles d analyse microbiologique vers des méthodes miniaturisées de diagnostic rapide mises au point à partir d une approche pluridisciplinaire. Compétences développées: Les enseignements sont répartis comme suit : Disciplines enseignées : UE1 : Vers le monde de l entreprise UE2 : Approches méthodologiques et instrumentation UE3 : Connaissance des cibles d identification des microorganismes UE4 : Projets thématiques UE5 : Travaux pratiques à initiatives UE6 : Stage en entreprise (6 mois) Débouchés : Entreprises du secteur agroalimentaire, pharmaceutique, biomédical, vétérinaire, vétérinaire, cosmétique et environnemental impliquées dans la sécurité alimentaire, le contrôle qualité, la traçabilité, les analyses de l eau et de l environnement. Société de service pour le contrôle microbiologique industriel ou le diagnostic clinique, vétérinaire ou végétal. Entreprises impliquées dans le développement de matériel utilisé en diagnostic moléculaire Plateformes biotechnologiques Organismes certificateurs et cabinets d expertises et de conseil, services de police scientifique Organismes de recherche publics ou interprofessionnels 31

32 Nom de l UE : Vers le monde de l entreprise Responsable UE : Hélène DOLGOPOLOFF et Marie-Line DAVERAN-MINGOT Moyenne UE : Matières 1 : 68% + Matière 2 : 13% + Matière 3 : 19%= 100 % Matière 1 :L entreprise : structure et législation Heures CM :42h TD : 44h TP : Terrain (1/2 journée) : ECTS : 6 Code Apogée : EP9BDAM Nom, prénom :DOLGOPOLOFF Hélène Laboratoire :Gestion Bât III R2-3, 118 route de Narbonne Tél [email protected] Contenu : Familiariser les étudiants avec l environnement entrepreneurial et leur donner une bonne vision de l organisation de l entreprise de façon à faciliter leur intégration.et des différents secteurs (ressources humaines, propriétés industrielle, affaires réglementaires ). Les différents types de management seront abordés ainsi que les notions de diagnostic stratégique, performance de l entreprise et des risques qui y sont associés. Les bases du marketing seront développées. Enfin, une grande partie de cette UE sera consacrée à la démarche qualité et à la gestion de projet Fonctionnement de l entreprise -Les statuts de l entreprise -La performance de l entreprise et les risques associés. La notion de diagnostic stratégique -Le management des ressources humaines Marketing -Le marketing mix du produit ou du service Gestion de projet -L aide à la construction d un budget et à la planification d un projet Propriété industrielle -Les étapes d obtention d un brevet et la valorisation de la propriété industrielle Démarche qualité -Les normes -L assurance qualité, le contrôle qualité et la validation Mots-clés : entreprise, management, marketing, gestion de projet, brevet, qualité, normes Matière 2 : Communication, projet personnel Heures CM :2h TD : 14h TP : Terrain (1/2 journée) : Nom, prénom, section CNU : DAVERAN-MINGOT Marie-Line Laboratoire :Université Paul Sabatier CNRS-LMGM-UMR5100, Bât IBCG, 118 route de Narbonne Toulouse cedex 04 Tél [email protected] Contenu : Formaliser un projet personnel en synthétisant et valorisant le parcours basé sur les connaissances et compétences des étudiants. Etablir une cartographie ciblée des entreprises du marché à viser et préparer l entretien de recrutement. Mots-clés : compétences, CV, lettre de motivation, entretien de recrutement Matière 3 : Anglais Heures CM : TD : 24h TP : Terrain (1/2 journée) : Nom, prénom, section CNU : PETIT Marie-Renée Laboratoire :UFR de Langues Tél ; [email protected] Contenu : Donner aux étudiants les moyens de mettre en œuvre leur projet personnel dans un contexte de plus en plus international : de la recherche d emploi à l embauche Mots-clés : communication orale et écrite en anglais Nom de l UE : Approches méthodologiques et instrumentation Responsable UE : Pascal Le Bourgeois Moyenne UE : Matières 1 : 29% + Matière 2 : 20% + Matière3 : 51% = 100 % ECTS : 6 Code Apogée : EP9BDMBM Matière 1 : Plan d expériences Heures CM : 10h TD : 10h TP : Terrain (1/2 journée) : Nom, prénom : Florence Benoit-Marquié Laboratoire : Laboratoire des IMRCP-UMR 5623, Université Paul Sabatier, Toulouse Cedex 9 -France Tél [email protected] 32

33 Contenu : -Définition et mise en œuvre des essais permettant d optimiser des processus biologiques. -Repérage, classification des paramètres influents dans une expérience et choix des interactions entre paramètres permettant de bâtir le plan d expérience le mieux adapté. -Etude de cas. Mots-clés : plan d expériences, modélisation, validation Matière 2 : Méthodes microbiologiques conventionnelles Heures CM : 8h TD : 6h TP : Terrain (1/2 journée) : Nom, prénom, section CNU : DAVERAN-MINGOT Marie-Line Laboratoire : Université Paul Sabatier CNRS-LMGM-UMR5100, Bât IBCG, 118 route de Narbonne Toulouse cedex 04 Tél [email protected] Contenu : Méthodes classiques d identification de microorganismes -Le diagnostic phénotypique, biochimique, immunologique -Les tests rapides en bactériologie («Home tests») -Les systèmes automatiques d identification bactérienne -La validation de méthodes et les essais inter-laboratoires Méthodes de typage conventionnelles Mots-clés : milieux chromogènes, identification, home tests, automates, typage. Matière 3 : Méthodes innovantes en diagnostic Heures CM : 26h TD : 5h TP : 5h Terrain (1/2 journée) : Nom, prénom, section CNU : Pascal Le Bourgeois Laboratoire : CNRS-LMGM Université Paul Sabatier, 118, route de Narbonne Toulouse Tél [email protected] Contenu : Méthodes innovantes de détection des microorganismes -L amplification par PCR qualitative et quantitative en temps réel, RT-qPCR et systèmes microfluidiques -L amplification isotherme (NASBA, LAMP ) -L électrophorèse en champs pulsés -Les techniques d hybridation et les biopuces -Les techniques de séquençage (conventionnelles, séquençage nouvelle génération ) -Les techniques de microscopie et de traitement de l image -La microscopie à force atomique -La spectrométrie de masse (MALDI-TOF) et infra-rouge à transformée de Fourrier (IRTF) Mots-clés :PCR, séquençage haut débit, biopuces, imagerie,. Nom de l UE : Connaissances des cibles d identification des microorganismes Responsable UE : Marie-Line DAVERAN-MINGOT Heures CM : 32h TD : 38h TP : Terrain (1/2 journée) : ECTS : 6 Code Apogée : EP9BDMCM Nom, prénom, section CNU: DAVERAN-MINGOT Marie-Line Laboratoire :Université Paul Sabatier CNRS-LMGM-UMR5100, Bât IBCG, 118 route de Narbonne Toulouse cedex 04 Tél [email protected] Contenu : Architecture des génomes microbiens : -Structure et évolution des génomes viraux -Parasitologie : Cycles de vie et structure des principaux parasites, étude des cibles moléculaires d identification -Mycologie : Cycles de vie et structure des principaux champignons, études des principales cibles d identification -Diversité, plasticité et évolution des génomes bactériens (génomique comparative, alignements de génomes, pan-génome ) -Analyse de la diversité intra-espèce -Métagénomique et étude d écosystèmes complexes Stratégies bioinformatiques en diagnostic -Conception de sondes spécifiques -Evolution moléculaire : méthodes de reconstruction phylogénétique (parcimonie, distance, maximum de vraisemblance) -Méthode de classification et d analyses multivariées appliquées à l analyse des résultats des méthodes de typage Bio-statistiques -Tests paramétriques, non paramétriques -Test de T analyse de variance (ANOVA) -Régression 33

34 Mots-clés : virologie, parasitologie, mycologie, génomique comparative, typage, phylogénie, évolution, analyse statistique Nom de l UE : Projets thématiques Responsable UE : Marie-Line DAVERAN-MINGOT Heures CM : 20h TD : 40h TP : Terrain (1/2 journée) : ECTS :6 Code Apogée : EP9BDMDM Nom, prénom, section CNU: DAVERAN-MINGOT Marie-Line Laboratoire :Université Paul Sabatier CNRS-LMGM-UMR5100, Bât IBCG, 118 route de Narbonne Toulouse cedex 04 Tél [email protected] Contenu : Au cours de ces projets, les étudiants répondent à un problème de diagnostic proposé par une entreprise ou un laboratoire académique. Ils réalisent une étude de faisabilité basée sur le cahier des charges suivant : -Etablissement d un état de l art (étude bibliographique scientifique et économique du sujet) -Analyse critique des méthodes proposées dans la littérature -Proposition et description détaillée d une démarche expérimentale applicable au projet -Chiffrage du projet et calendrier de réalisation -Identification des points critiques du projet et proposition de solutions -Analyse des possibilités de valorisation du projet Les étudiants développeront des interactions avec des personnes spécialistes des domaines ciblés dans les projets et créeront leur propre réseau professionnel. De plus, cette UE permettra de mettre directement en application les enseignements vus dans les modules 3S9DI1M, 3S9DI2M et 3S9DI3M, tels que la gestion de projet, la propriété industrielle, la démarche qualité, le design de sondes Ce travail fera l objet d un rapport écrit et d un exposé oral auquel assisteront l ensemble des étudiants et des invités du monde de l entreprise. Mots-clés : analyse bibliographique, gestion de projet, méthodologie expérimentale, valorisation Nom de l UE : Travaux Pratiques à initiatives Responsable UE : Pascal Le Bourgeois Heures CM : TD : TP : 120h Terrain (1/2 journée) : ECTS :6 Code Apogée : EP9BDMEM Nom, prénom, section CNU: LE BOURGEOIS Pascal Laboratoire :Université Paul Sabatier CNRS-LMGM-UMR5100, Bât IBCG, 118 route de Narbonne Toulouse cedex 04 Tél [email protected] Contenu : Au cours de ces TP, les étudiants élaborent des protocoles expérimentaux à partir des données analyses bioinformatiques faites dans le module 3S9DI3M, réalisent concrètement les expériences à la paillasse et analysent les résultats obtenus. 4 thèmes seront abordés : -Biopuces -PCR quantitative en temps réel -Fluorescence In Situ Hybridization (FISH) -Denaturing Gradient Gel Electrophoresis (DGGE) A l issue de ces TP, un rapport écrit sera réalisé. Mots-clés : biopuce, qpcr, FISH, DGGE Nom de l UE : Stage en entreprise Responsable UE : Marie-Line DAVERAN-MINGOT Heures CM : TD : TP : Terrain (1/2 journée) : ECTS :30 Code Apogée : EPABDMAM Nom, prénom, section CNU: DAVERAN-MINGOT Marie-Line Laboratoire :Université Paul Sabatier CNRS-LMGM-UMR5100, Bât IBCG, 118 route de Narbonne Toulouse cedex 04 Tél [email protected] Contenu : Les étudiants auront à réaliser un stage d au moins 6 mois dans une entreprise ou dans un organisme public sur projet appliqué en lien avec un industriel. Les stages pourront s effectuer dans les secteurs couvrant l agro-alimentaire, le médical, l environnement A l issue de ces stages, un rapport écrit sera réalisé ainsi qu une soutenance orale devant un public d étudiants et d industriels. Mots-clés : 34

35 Masters 1 et 2 Research Mention MABS Speciality : AgrofoodChain Contact the diploma secretary: Mireille BACOU [email protected] 35

36 Master 1 &2Agrofood Chain Professor in charge : Christian CHERVIN at INPT-ENSAT Secretary contact : Mireille BACOU at ENFA ENFA, BP 22687, 2 route de Narbonne, Castanet Tolosan cedex Tel [email protected] Site Web du Master : The purpose of this MSc course, open to students worldwide, is to create awareness of the scientific, social and economic realities of the modern agrifood industry and to provide scientific and practical training in an international context. It is designed to train future researchers and executives aiming at international careers in the sectors of agriculture, agrofood, environment, non-food valorisation of agro-resources. Specific features : To face the major changes in the agricultural and agrofood sectors, To meet the issues of sustainable development, A two-year programme in Agrobiosciences leading to a Master s degree Open to students of any nationality All classes taught in English Excellence in teaching and research - Toulouse is a centre of scientific excellence, boasting research laboratories of international renown and an outstanding concentration of scientists in the domain of Agrobiosciences. - The teaching/research staff are involved in leading-edge research activities within international networks. A multidisciplinary programme Beyond the scientific fields of the domain, the curriculum also focuses on the issues of sustainable development : social, economic, environmental aspects. An approach that will help students develop a truly global perspective. A custom-made programme - Each student will customize his own curriculum according to his/her fields of interest and career project. - Several specialisations are offered as part of this research-oriented Master Entry requirements : - For Master 1: Bachelor of Science or equivalent degree (minimum 3 years of study), in a relevant field such as: Plant and animal sciences, agriculture, food science, ecology and economics - For Master 2: Master 1 or equivalent degree in a relevant field Good knowledge of written and spoken English. Applicants may be requested to submit a certificate of proficiency, issued by an accredited language institute, TOEIC or equivalent (TOEFL, IELTS.). Minimum pass score for TOEIC test : 750 French candidates applying in the framework of continuing education will be considered on an individual basis. Admission decisions are based on a combination of criteria: academic degrees and performance, motivation, proficiency in English, work experience (if any). For more information about the program, courses or application procedures, please contact [email protected] Course organisation: This Master is in compliance with the European Credit Transfer System. The programme consists of a common core of 20 modules and a custom-made curriculum, designed by each student according to his/her field of interest and career project. Throughout the two years of study, a tutor will provide individual guidance and support. The teaching methods include lectures, tutorials, seminars, practical work, case studies, teamwork. Developing communication skills and autonomy is one of the programme objectives. Structure : Semester 1 : Three refresher courses + seven compulsory modules (30 ECTS) Semester 2 : Six compulsory modules + a tutored individual project in a research environment (30 ECTS) Semester 3 : Six compulsory modules + one module of specialization (out of 5),chosen with a career project in mind (30 ECTS) 36

37 Semester 4: A six-month internship in a laboratory or in a company, with completion of a research project leading to the final Master thesis report (30 ECTS) Job prospects : The Agrofood Chain Masters students are selected from an exceptionally multicultural pool of excellent candidates, typically coming from approximately 25 countries. Each year, the Agrofood Chain Master admits approximately 25 new students. To learn more about the Agrofood Chain Masters students and alumni, see what former students have become, browse profiles of selected MAFC students, or read their stories: PRACTICAL INFORMATION about the Master Agrofood Chain All courses are taught on a single site: ENFA Complexe agricole Toulouse-Auzeville BP , route de Narbonne F Castanet Tolosan Cedex Tel : +33 (0) ENFA is located on an agricultural campus on the banks of the Canal du Midi. It is part of Toulouse- Auzeville Agrobiopole, a 60-acre site in South-East Toulouse, entirely dedicated to Agrobiosciences. For information about how to get there: More about transport in Toulouse:

38 Master 2 Recherche Elaboration de la qualité et sécurité alimentaire Enseignants responsables : Véronique GAYRARD Physiologie Ecole Nationale Vétérinaire de Toulouse 23 chemin des Capelles Toulouse Tél [email protected] Caroline MOLETTE Laboratoire : Laboratoire de Nutrition, Digestion, Ecosystème et Métabolisme ENSAT- Avenue de l Agrobiopole-BP Auzeville-Tolosane Castanet-Tolosan Cedex Tél [email protected] Secrétariat pédagogique : Dominique GRIMBERG INPT-ENSAT - Avenue de l Agrobiopole Auzeville Castanet-Tolosan Tél [email protected] Site web du M2R : Objectifs de formation : La recherche scientifique doit répondre à des défis majeurs en termes d alimentation d une population mondiale croissante tout en répondant aux exigences d'une agriculture durable, adaptée et performante dans son environnement socio-économique, moins consommatrice d intrants et d'une mise sur le marché de produits ayant une bonne valeur organoleptique sanitaire et nutritionnelle. Pour cela; le dispositif académique de formation par la recherche doit apporter une connaissance approfondie des mécanismes productifs élémentaires alliée à une prise en compte de façon intégrée des interactions entre les processus productifs, les facteurs génétiques et les facteurs biotiques ou abiotiques de l'environnement. Dans ce contexte, la formation a pour objectif de donner aux étudiants les bases scientifiques nécessaires à la compréhension des processus d élaboration de la qualité technologique, organoleptique, nutritionnelle et sanitaire des productions agricoles. Ses enseignements ont pour originalité (i) de faire appel aux avancées scientifiques les plus récentes communes au monde vivant, animal, végétal ou microbien, (ii) de mettre en évidence les spécificités de chacun des règnes mais aussi les mécanismes de leurs interactions (iii) de concerner différents niveaux d études, de la molécule à la population, utilisant les méthodologies de la biologie moléculaire, de la biologie cellulaire, des modèles expérimentaux in vivo et in silico, favorisant ainsi des approches intégrées des problématiques et (iv) de prendre en compte les retombées appliquées de ces avancées scientifiques dans le monde professionnel agro-vétérinaire et agroindustriel. Conditions d'admission : Le M2R Elaboration de la qualité et sécurité alimentaire est ouvert aux étudiants vétérinaires, aux élèves ingénieur des Ecoles Nationales d Agronomie et d Agriculture, aux titulaires d'une première année de master de l université, et aux titulaires d'un diplôme étranger justifiant d'un niveau équivalent. L'inscription à la formation est subordonnée à l'acceptation par le responsable, à la suite d'un examen par un comité de sélection des dossiers de candidature. Schéma des études : La formation théorique (30 ECTS) repose sur 4 UEs (S9). - Nutrition, toxicologie, sciences et sécurité biologique des aliments - Biostatistiques - Formation aux outils de la biologie intégrative et moléculaire - Analyse scientifique La formation à l anglais scientifique est soutenue avec la préparation au TOEFL. La formation pratique (30 ECTS) repose sur un stage en laboratoire (S10), au sein d'une des équipes d'accueil participantes (une vingtaine d équipe d accueil), sous la direction d'un chercheur confirmé. Chaque étudiant choisira son stage parmi une liste proposée en début d année. Ces stages sont présentés aux étudiants par les encadrants. La durée du stage est de 5.5 mois. 38

39 Débouchés professionnels : La formation prépare les étudiants aux métiers de la recherche et à la poursuite en doctorat (Ecole Doctorale SEVAB : ). Les diplômés sont préparés pour un recrutement dans les établissements de recherche du secteur public et les laboratoires industriels. Formé par la recherche, le diplômé du Master 2R EQSA pourra également exercer un métier dans le domaine du développement des secteurs agro-vétérinaire et agro-industriel. Nom de l UE : Nutrition, toxicologie, sciences et sécurité biologique des aliments Responsable : Benoît Van Der Rest Heures CM :100* TD : TP : Terrain (1/2 journée) : Nom, prénom : Benoît Van Der Rest (section CNU 64) Laboratoire : Laboratoire de Recherche en génomique et biotechnologie des fruits Tél [email protected] Equipe pédagogique : Leszkowicz A. (Pr, CNU 64) Harant I. (MCU, CNU 64) Kolf-Clauw M.. (Pr, CNECA 7) Brugère H. (MC, CNECA 4) Liboz T. (MCU, CNU 64) Contenu : -Nutrition humaine -Toxicologie alimentaire -Sécurité microbiologique des aliments -Enzymologie appliquée et génie des procédés -Anglais ECTS : 11 Nom de l UE : Méthodes et outils de la biologie intégrative et moléculaire Responsable : Caroline Molette Heures CM :39 TD : 21 TP : Terrain (1/2 journée) : Nom, prénom : Molette Caroline (section CNU 68) Laboratoire : Laboratoire de Nutrition, Digestion, Ecosystème et Métabolisme Tél [email protected] Equipe pédagogique : Martin P. (IR INRA) Camus C. (MC, CNECA 1) Molette C. (MCU, CNU 68) Zouine M. (MCU, CNU 64) Ducos A. (Pr, CNECA 6) Milan D. (DR INRA) Barillet F. (IR INRA) Vitezica Z. (MCU, CNU 68) Contenu : - Outils conceptuels et méthodologiques de la biologie intégrative - Bioinformatique - Génomique fonctionelle - Métabolomique - Technologies omiques Nom de l UE : Analyse scientifique Responsable : Véronique Gayrard Heures CM :44 TD : 48 TP : Terrain (1/2 journée) : Nom, prénom : Véronique Gayrard (section CNECA 7) Laboratoire : Laboratoire de Physiologie-Ecole Nationale Vétérinaire de Toulouse Tél [email protected] ECTS : 4 ECTS : 12 Equipe pédagogique : Chercheurs et enseignants chercheurs des équipes d accueil du master 39

40 Contenu: 12 séminaires-ateliers bibliographiques sur le thème de la qualité et sécurité des aliments - 4 séminaires spécifiques (analyse bibliographique, hygiène et sécurité, BPL, métiers de la recherche) - Rédaction d une synthèse bibliographique portant sur la problématique du stage de recherche Nom de l UE : Biostatistiques Responsable : Didier Concordet Heures CM :30 TD : 30 TP : Terrain (1/2 journée) : ECTS : 3 Nom, prénom : Didier Concordet (section CNECA 3) Laboratoire : Laboratoire de Biostatistiques-Ecole Nationale Vétérinaire de Toulouse Tél [email protected] Equipe pédagogique : Concordet D. (Pr, CNECA 3) Lyazrhi F. (MC, CNECA 3 Contenu : - Méthodes de base de la statistique inférentielle - Techniques d analyse de variables et principaux plans d expérience Nom de l UE : Stage de recherche Responsable : Véronique Gayrard Heures CM : TD : TP : Terrain (1/2 journée) : Nom, prénom : Véronique Gayrard (section CNECA 7) Laboratoire : Laboratoire de Physiologie-Ecole Nationale Vétérinaire de Toulouse Tél [email protected] ECTS : 30 Equipe pédagogique : Chercheurs et enseignants chercheurs des équipes d accueil du master Contenu : Réalisation de travaux de recherche, rédaction, exposé du contexte scientifique, des résultats acquis et des perspectives. Préparation aux concours d Ecoles Doctorales 40

41 Master 2 Professionnel Qualité des Produits et Sécurité Alimentaire Enseignant responsable: Benoît VAN DER REST UMR 990 Génomique et Biotechnologie des Fruits -Pôle de Biotechnologie Végétale - BP3207 Chemin de Borde Rouge AUZEVILLE Tél / [email protected] Secrétariat pédagogique : Dominique GRIMBERG INPT-ENSAT -Avenue de l Agrobiopole AUZEVILLE Tél [email protected] Site web du M2P : ml Objectifs de formation : Les industries alimentaires sont actuellement en pleine mutation. Elles doivent répondre aux nouvelles contraintes de réglementation européenne d environnement et de sécurité alimentaire, dans un contexte de compétition internationale de plus en plus difficile. Même si le consommateur y est fortement sensibilisé, la sécurité alimentaire n est qu une composante de la qualité. De plus en plus les différents maillons d une chaîne de production et de transformation sont impliqués dans la définition des caractéristiques nutritionnelles, hygiéniques, technologiques et organoleptiques d un aliment. L enseignement proposé a pour objectifs de former des spécialistes du contrôle de la qualité et de la mise en place d une démarche qualité et de sécurité des aliments Conditions d'admission : Le M2P QPSA est ouvert aux titulaires d'une première année de master de l université, aux titulaires d'un diplôme étranger justifiant d'un niveau équivalent, aux élèves ingénieurs INSA et des grandes écoles. L'inscription à la formation est subordonnée à l'acceptation, par le responsable, à la suite d'un examen par un comité de sélection des dossiers de candidature (Dossier de candidature téléchargeable sur le site web du M2P QPSA) et d'un entretien de motivation. Schéma des études : La formation théorique (30 ECTS) repose sur 7 UEs (S9). Sciences des aliments (biochimie, nutrition, toxicologie) Sécurité biologique des produits alimentaires Connaissance technique des produits alimentaires Génie des procédés et contrôle des aliments Statistiques et analyses des données appliquées à l industrie agro-alimentaire Management de la qualité Communication personnelle anglais La formation pratique (30 ECTS) repose sur un stage (S10) en entreprise du secteur agroalimentaire (durée = 6 mois). Elle s achève sur la remise d un rapport de stage soutenu oralement devant des enseignants de la formation et des professionnels du secteur. Suivi du master en alternance Dans le cadre du contrat de professionnalisation, le master peut être suivi en alternance. Le déroulement est alors effectué sur deux ans et comporte 18 mois en entreprise. Débouchés professionnels : Les débouchés du master QPSA se situent dans le domaine du contrôle de la qualité : totale, microbiologique, technologique, organoleptique, formation. Les postes occupés sont essentiellement des postes de responsable qualité, responsable assurance qualité, assistant qualité, chargé de mission ou responsable d organisme certificateur. Ils peuvent également se situer au niveau des postes recherche et développement et évoluer vers la responsabilité de production ou des ressources humaines. 41