Laboratoire National de Référence. Fièvre catarrhale ovine : diagnostique virologique. Rapport annuel d'activité, année 2013

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1 Laboratoire National de Référence Fièvre catarrhale ovine : diagnostique virologique Rapport annuel d'activité, année 213 A. Introduction Précisez la catégorisation du danger (en SA) sinon la justification de l'existence du mandat de LNR Danger sanitaire de 1ére catégorie Les faits marquants de l'année Départ d Alexandra DESPRAT (contrat non renouvellé) Emergence de BTV-1 en Corse en Septembre 213 Augmentation des activités liées au diagnostic B. Activités de développement, d'analyse et d'est 1. Méthodes disponibles au LNR 1.1. INDICATEUR COP Référence n 1 Indicateur COP Référence n 1-i) Précisez ici le nombre de méthodes développées ou révisées que vous avez proposées à l autorité compétente au cours de l année N Donner le nom et une brève description de chacune de ces méthodes Indicateur COP Référence n 1-ii) Précisez ici le nombre de méthodes développées ou révisées qui sont susceptibles d être prêtes pour être 1

2 proposées à l autorité compétente au cours de l année N Matériels biologiques ou chimiques, matériaux de référence et échantillons et souches d'intérêt Décrire ici les collections d'échantillons biologiques ou d'autre nature (environnement, aliment...) conservés par le LNR; indiquer les méthodes de conservation, la température, le nombre de "repositories", le nombre d'échantillons par souche, l'enregistrement associé...). Toutes les souches isolées (surnageant de cultures de cellules) sont mises en aliquotes et stockées à -8 C. Des fiches (Fiche Procédure A VIRO V.5.1) sont renseignées (origine du prélèvement initial, espèce, historique de passage ) et archivées dans X:\VIRO\Enregistrement\5 Consommable \ Consommable Biologique\Collection\BTV Nombre de souches/échantillons reçu(e)s et mises en collection dans l'année 7 Nombre de souches/échantillons maintenus au total Activités d'analyses de première intention pour l'année N Nombre d'analyses de première intention réalisées dans l'année, de biotypie, sérotypie, caractérisation moléculaire Détaillez ici par type d'analyse de première intention - 13 isolats de BTV-1 Corse nouveaux isolats de FCO (3 souches de BTV-3, une souche BTV-6 et 3 BTV non identifiés obtenus à partir de prélèvements de Guyane. C est le premier isolement de BTV-3 en Amérique du Sud. 2

3 1553 analyses par PCR dont 1123 portent sur le diagnostic de l épizootie Corse 213, 24 sur le plan de surveillance de la Corse (juillet et aout), 28 concernent des suspicions cliniques sur le continent et le reste dans le cadre d enquêtes sur la prévalence de la FCO en Guyane. 32 recherches du virus FCO par inoculation aux œufs embryonnés ou aux cellules KC (cellules de Culicoïdes). 3. Activités de confirmation et activités de laboratoire expert 3.1. Analyses de seconde intention Nombre d'analyses de seconde intention réalisées dans l'année, de biotypie, sérotypie, caractérisation moléculaire Détaillez ici par type d'analyse de confirmation Dans le cadre du programme de surveillance sérologique programmée en France continentale, le LNR a réalisé 16 analyses PCR sur des bovins présentant des sérologies positives. Le génome viral n a pas été détecté chez ces animaux. Taux de confirmations par type d analyse (= nombre d analyses confirmées / nombre d analyses de seconde intention réalisées) 3.2. Activités de production et de contrôle de matériaux de référence et de réactifs biologiques, contribution à l inspection, AMM Le LNR produit-il et fournit-il des réactifs? Oui Quelles sont les bases réglementaires ou infra-réglementaires (note de service) Norme PCR UN Quels sont les types de réactifs produits et fournis (vaccins, kits, autres)? 3

4 Le LNR a fourni aux laboratoires départementaux faisant parti du réseau, du matériel de référence pour l adoption des méthodes PCR tout génotype ou génotypage 1/8 (13 envois de sang). Quels est le nombre de lots produits et fournis par an? (moyenne sur les 5 dernières années) 1 Quelles sont les quantités produites/fournies par lot? (moyenne sur les 5 dernières années) 28 Estimez le temps consacré à la production/mise à disposition? (moyenne sur les 5 dernières années).1 ETP Quels contrôles internes réalisez-vous sur ces réactifs? Contrôles ponctuels sur la stabilité A quels clients fournissez-vous ces réactifs? Aux laboratoires du réseau FCO Sous quelles conditions fournissez-vous ces réactifs (à la demande, à titre gracieux, autre)? A la demande. Facturé Le LNR fournit-il des matériaux de référence? Oui Le LNR réalise-t-il des contrôles de réactifs commerciaux? 4

5 Non 4. Analyse de l'évolution des tendances en termes d'activité Détaillez ici l'analyse de l'évolution des tendances en termes d'activité (augmentation, diminution... sur les 5 dernières années) Très nette augmentation due principalement à l épizootie de FCO corse 5. Activités d'expertise scientifique et technique 5.1. Demandes d expertise scientifique et technique du ministère (chargé de l agriculture, santé, etc ) ou d instances communautaires et internationales qui concernent votre domaine de compétence Nombre de rapports d'est rendus dans l'année 2 Détaillez ici les demandes d'est et les noms des mandataires Groupe AD HOC de l'oie sur les Orbivirus 5.2. Autres expertises Les membres de l'équipe du LNR peuvent avoir des activités d'expertise (internes: CES, GT ou externe: EFSA...) ou des activités auprès de commissions de normalisation (Afnor...). Détaillez ici ces activités et estimez le temps qui y est consacré. Participation de S. Zientara, E. Breard et C. Sailleau aux programmes de surveillance : Action 1 : Surveillance clinique en zone indemne Action 2 : Surveillance programmée en France continentale en 213 Action 3 : Surveillance programmée en Corse. C. SAILLEAU aux GT surveillance FCO (DGAL, DDCSPP) 3 réunions dans l année GECU CES SA : 2 COPIL FCO : 2 Participation de E bréard et C Sailleau au GT4 AFNOR «contrôle de réactifs PCR» 5

6 5.3. Dossiers de demande d'agrément Nombre de dossiers de demande d'agrément étudiés dans l'année C. Animation du réseau de laboratoires officiels 5.4 Organisation d'eila INDICATEUR COP Référence n 2 Indicateur COP Référence n 2-a. Précisez ici le nombre d'eila organisés par le LNR au cours de l année N Ces EILA ont-ils été réalisés selon la norme 1743 (avec ou sans accréditation)? Oui Si vous n'êtes pas accrédité 1743, avez-vous bénéficié d'un audit interne? Non Détaillez ici le nombre de laboratoires ayant participé pour chaque EILA; le nombre de laboratoires ayant obtenu des résultats défavorables pour chaque EILA; les actions mises en oeuvre pour l'identification des causes et des mesures correctives Pas d EILA cette année- Mise en sommeil du réseau de laboratoire en raison du recouvrement du statut indemne de la France continentale (Décembre 212) Indicateur COP Référence n 2-a. Précisez ici le nombre d'eila que vous prévoyez d'organiser au cours de l année N+1 6

7 Indicateur COP Référence n 2-a. Ces EILA sont-ils réalisés selon la norme 1743 avec ou sans accréditation? Non Indicateur COP Référence n 2-b. Précisez ici le nombre d'eil (hors EILA - dont EILV en lien avec méthodes en cours de validation telles que précisées dans le paragraphe 1.1) organisés par le LNR au cours de l année N Indicateur COP Référence n 2-b. Précisez ici le nombre d'eil (hors EILA) que vous prévoyez d'organiser au cours de l année N+1 Indicateur COP Référence n 3. Le cas échéant, indiquez que le système qualité en référence à la norme NF EN ISO/CEI 1743 est en place Non Précisez s'il a été évalué par audit interne Non 5.5. Modalités de diffusion des données de surveillance et production du LNR Détaillez ici les modalités Publications nationales, internationales, congrès 5.6. Formation, organisation d'ateliers, accueil de stagiaires Nombre de journées d'échange et de restitution rassemblant les laboratoires agréés du réseau organisées dans l'année Nombre de sessions de formation des personnels des laboratoires agréés aux 7

8 méthodes utilisées pour les contrôles officiels que le LNR a organisées dans l'année 5.7. Activités de conseil aux professionnels Détaillez ici ces activités et estimez le temps qui y est consacré Des conseils techniques sont donnés par oral et/ou mails. Le LNR est contacté régulièrement par les LVD, DDPP et vétérinaires praticiens (plus rarement) 5.8. EILA auxquels le LNR a participé dans l'année Détaillez les EILA auxquels vous, en tant que LNR, vous avez participé dans l'année Le LNR FCO a participé à l EILA FCO (RT-PCR, ELISA) organisé chaque année par le LR-UE (Pirbright Institute). D. Participation aux activités de surveillance 6. Existence et gestion d'un réseau 6.1. Indiquer si le LNR est intégré à un (ou des) dispositif(s) de surveillance? Oui Quelle est la dénomination spécifique de ce dispositif? Participation de S. Zientara, E. Breard et C. Sailleau aux programmes de surveillance : Action 1 : Surveillance clinique FCO en zone indemne Action 2 : Surveillance programmée en France continentale en 213 Action 3 : Surveillance programmée en Corse Indiquer qui est le gestionnaire de ce dispositif 8

9 DGAL 6.3. Préciser si d'autres unités/entités de l'agence sont intégrées dans ce dispositif à vos cotés Oui Lesquelles? Plateforme ESA (Survepi) 7. Les partenaires et acteurs de ce dispositif de surveillance Sont acteurs ou partenaires de ce dispositif (plusieurs réponses possibles) : Le réseau de laboratoire du LNR 8. Modalités de surveillance Préciser si ce dispositif repose (plusieurs réponses possibles) : Sur des modalités de surveillance événementielles (notification de cas par des acteurs de terrain) Sur des modalités de surveillance programmées (active) 9. Autres activités du LNR en matière de surveillance En dehors des aspects analytiques, quelles sont les autres activités auxquelles le LNR (avec éventuellement les autres unités de l'agence impliquées) participe dans le cadre de la surveillance? (plusieurs réponses possibles) Définition des orientations stratégiques de la surveillance Participation au comité de pilotage du dispositif Définition des modalités de surveillance (protocoles) Appui scientifique et technique Participation à un comité ou groupe de travail d'appui scientifique et technique du dispositif Gestion et analyse des données Interprétation des données Evaluation de la surveillance 9

10 Parmi ces activités, certaines mériteraient-elles une attention ou un investissement plus particulier de l'agence et pourquoi? Afin d approfondir certaines de ces activités, l investissement de l agence pourrait être de fournir un deuxième technicien à cette équipe de 4 personnes (S. Zientara, E. Breard (IR2), C. Sailleau (IR2) et C. Viarouge (Tech)). E. Activités de recherche en lien avec l activité de référence 1.1. Recherches méthodologiques pour la référence Détaillez ici les recherches méthodologiques que vous avez réalisées dans l'année : objectifs, partenariats, apports du LNR, projets retenus dans le cadre d'appels à projets... Développement de nouveaux outils sérologiques pour la détection des anticorps du groupe Bluetongue ou spécifiques des différents sérotypes (technologie du LUMINEX) Projet Européen RAPIDIA Field Test Recherches associées pour la référence Détaillez ici les recherches associées auxquelles vous avez participé dans l'année (participations à des études cliniques, études d'incidences, modèles d'infections expérimentales, études toxicologiques, essais vaccinaux...): objectifs, partenariats, apports du LNR, projets retenus dans le cadre d'appels à projets... Dans le cadre du projet européen Orbivac : essai de vaccin de nouvelle génération (DISC Vaccine- développé par l'équipe de Polly Roy (GB)) sur ovins suivi d'une épreuve virulente (CRBM-ENVA). Dans le cadre du projet ISCOM (Suède) : essai de vaccin de nouvelle génération (Vaccin sous unitaire - développé par l'équipe de JF Valarcher) sur bovins suivi d'une épreuve virulente (PFIE-INRA Nouzilly). F. Liste des publications et communications dans le cadre du mandat 1

11 Publications de l'année destinées aux professionnels (Les publications qui figureront dans le rapport doivent être sous presse ou publiées.) CYRIL VIAROUGE, CORINNE SAILLEAU, GERMAIN RIVES, ALEXANDRA DESPRAT, EMMANUEL BREARD, MANUELLE MILLER, XAVIER BAUDRIMONT, RENAUD LANCELOT, DAMIEN VITOUR, STEPHAN ZIENTARA Identification et caractérisation des virus de la fièvre catarrhale ovine et de la maladie hémorragique épizootique en Guyane en 211 et 212. Epidémiologie et santé animales, n 63, DAMIEN VITOUR, VIRGINIE DOCEUL, EMILIE CHAUVEAU, ESTELLE LARA, STEPHAN ZIENTARA Induction et modulation de la synthèse d'interféron de type I par le BTV. Bulletin de l Académie Vétérinaire de France, 166(3), PASCAL HENDRIKX, STEPHAN ZIENTARA Difficultés et incertitudes de l éradication : l exemple de la fièvre catarrhale ovine en France. Epidémiologie et santé animales, 64, PERRIN JEAN-BAPTISTE, CORINNE SAILLEAU, EMMANUEL BREARD, THOMAS CLEMENT, MELANIE GALLOIS, HELENE GUIS, MORGANE DOMINGUEZ, PASCAL HENDRIKX, STEPHAN ZIENTARA, DIDIER CALAVAS Surveillance et lutte contre l'épizootie de fièvre catarrhale ovine de sérotype 1 de 213 en Corse. Bulletin épidémiologique, santé animale et alimentation, n 6, PERRIN JEAN-BAPTISTE, JEROME LANGUILLE, CORINNE SAILLEAU, EMMANUEL BREARD, ALEXANDRA DESPRAT, CYRIL VIAROUGE, STEPHAN ZIENTARA Surveillance de la FCO en 212 : Recouvrement du statut indemne en France continentale. Bulletin épidémiologique, santé animale et alimentation. Publications scientifiques internationales de l'année (Les publications qui figureront dans le rapport doivent être sous presse ou publiées.) Emergence of Bluetongue Virus Serotype 1 in French Corsica Island in September 213. Sailleau C, Viarouge C, Bréard E, Perrin JB, Doceul V, Vitour D, Zientara S. Transbound Emerg Dis. 214 Jan 24. doi: /tbed Purification, stability, and immunogenicity analyses of five bluetongue virus proteins for use in development of a subunit vaccine that allows differentiation of infected from vaccinated animals. Anderson J, Bréard E, Lövgren Bengtsson K, Grönvik KO, Zientara S, Valarcher JF, Hägglund S. Clin Vaccine Immunol. 214 Mar;21(3): doi: /CVI Epub 214 Jan 22. Culicoides midge bites modulate the host response and impact on bluetongue virus infection in sheep. Pages N, Bréard E, Urien C, Talavera S, Viarouge C, Lorca-Oro 11

12 C, Jouneau L, Charley B, Zientara S, Bensaid A, Solanes D, Pujols J, Schwartz- Cornil I. PLoS One. 214 Jan 8;9(1):e doi: /journal.pone ecollection 214. Induction and control of the type I interferon pathway by Bluetongue virus. Vitour D, Doceul V, Ruscanu S, Chauveau E, Schwartz-Cornil I, Zientara S. Virus Res. 214 Mar;182:59-7. doi: 1.116/j.virusres Epub 213 Nov 7. The immune response of ruminant livestock to bluetongue virus: From type I interferon to antibody. Maclachlan NJ, Henderson C, Schwartz-Cornil I, Zientara S. Virus Res. 214 Mar;182:71-7. doi: 1.116/j.virusres Epub 213 Oct 1. Evidence of transplacental transmission of bluetongue virus serotype 8 in goats. Belbis G, Bréard E, Cordonnier N, Moulin V, Desprat A, Sailleau C, Viarouge C, Doceul V, Zientara S, Millemann Y. Vet Microbiol. 213 Oct 25;166(3-4): doi: 1.116/j.vetmic Epub 213 Jul 6. Dendritic cell subtypes from lymph nodes and blood show contrasted gene expression programs upon Bluetongue virus infection. Ruscanu S, Jouneau L, Urien C, Bourge M, Lecardonnel J, Moroldo M, Loup B, Dalod M, Elhmouzi-Younes J, Bevilacqua C, Hope J, Vitour D, Zientara S, Meyer G, Schwartz-Cornil I. J Virol. 213 Aug;87(16): doi: /JVI Epub 213 Jun 19. Evaluation of the immunogenicity of an experimental subunit vaccine that allows differentiation between infected and vaccinated animals against bluetongue virus serotype 8 in cattle. Anderson J, Hägglund S, Bréard E, Comtet L, Lövgren Bengtsson K, Pringle J, Zientara S, Valarcher JF. Clin Vaccine Immunol. 213 Aug;2(8): doi: /CVI Epub 213 May 29. NS3 of bluetongue virus interferes with the induction of type I interferon. Chauveau E, Doceul V, Lara E, Breard E, Sailleau C, Vidalain PO, Meurs EF, Dabo S, Schwartz-Cornil I, Zientara S, Vitour D. J Virol. 213 Jul;87(14): doi: /JVI Epub 213 May 8. Control of bluetongue in Europe. Zientara S, Sánchez-Vizcaíno JM. Vet Microbiol. 213 Jul 26;165(1-2):33-7. doi: 1.116/j.vetmic Epub 213 Jan 29. A One-year Follow-up of Antibody Response in Cattle and Sheep after Vaccination with Serotype 8- and Serotype 1-inactivated Vaccines. Zanella G, Bréard E, Sailleau C, Zientara S, Viarouge C, Durand B. Transbound Emerg Dis. 213 Jan 19. doi: /tbed

13 Bluetongue virus serotype 8 virus-like particles protect sheep against virulent virus infection as a single or multi-serotype cocktail immunogen. Stewart M, Dubois E, Sailleau C, Bréard E, Viarouge C, Desprat A, Thiéry R, Zientara S, Roy P. Vaccine. 213 Jan 7;31(3): doi: 1.116/j.vaccine Epub 212 Nov 14. Reassortment between two serologically unrelated bluetongue virus strains is flexible and can involve any genome segment. Shaw AE, Ratinier M, Nunes SF, Nomikou K, Caporale M, Golder M, Allan K, Hamers C, Hudelet P, Zientara S, Breard E, Mertens P, Palmarini M. J Virol. 213 Jan;87(1): doi: /JVI Epub 212 Oct 24. Communications nationales de l'année (Les publications qui figureront dans le rapport doivent être sous presse ou publiées.) Communication orale "Identification et caractérisation des virus de la fièvre catarrhale ovine et de la maladie hémorragique épizootique en Guyane en 211 et 212" Communication orale "Immunité innée et infection par le virus de la Fièvre Catarrhale Ovine" Stéphan Zientara et Damien Vitour, Académie Vétérinaire de France, 6 juin 213. Communication orale «Modulation de la voie de réponse interféron par le virus de la fièvre catarrhale ovine». V Doceul, E Chauveau, S Zientara, D Vitour. Journées d animation scientifique du département santé animale de l INRA, Agde, octobre 213. Cyril Viarouge, Corinne Sailleau, Germain Rives, Alexandra Desprat, Emmanuel Bréard, Manuelle Miller, Xavier Baudrimont, Renaud Lancelot, Damien Vitour et Stéphan Zientara. Journées scientifiques de l'aeema- Mai 213 Communications internationales de l'année (Les publications qui figureront dans le rapport doivent être sous presse ou publiées.) Modulation of the interferon signalling pathway by Bluetongue virus. DOCEUL V, CHAUVEAU E, LARA E, ZIENTARA S, VITOUR D. 5éme congrès européen de virologie, Lyon, septembre 213. Zientara Stephan, Valarcher Jean-Francois. Development and evaluation of a diva subunit vaccine against bluetongue virus serotype 8 in cattle. Epizone, Bruxelles, 1-4 Octobre 213. Vitour D, Zientara S. NS3 of bluetongue virus interferes with the innate antiviral 13

14 response. Epizone, Bruxelles, 1-4 Octobre 213 Conférences sur invitation dans l'année (Les publications qui figureront dans le rapport doivent être sous presse ou publiées.) communication orale invitée S Zientara «Vaccination against Bluetongue in Northern Europe: another challenging experience», International workshop, European Directorate for the quality of Medicines and Health Care, Council of Europe, 18 février 213, Strasbourg. G. Activités du LR-UE Avez-vous également des activités de LR-UE? Non H. Détention d'autres mandats de référence Le LNR détient-il d'autres mandats de référence dans le même domaine de compétences Oui Précisez : LNR maladie hémorragique épizootique Et nous sommes également le laboratoire de référence pour le virus Schmallenberg 14