Université Bordeaux Segalen - PACES ED UE9s Avril 2013

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1 Sélectionner les propositions exactes Université Bordeaux Segalen - PACES ED UE9s Avril 2013 QCM 1 La plupart des techniques de biologie moléculaire repose sur le principe de complémentarité des bases de l ADN. L hybridation d une sonde sur sa cible sera d autant plus forte: A. que sa composition est riche en G+C B. que sa longueur est élevée C. que la force ionique (salinité) du tampon d hybridation est basse D. que la température du tampon d hybridation est élevée E. que les mésappariements de l hybride sonde-cible sont rares QCM 2 En génie génétique, la transcriptase inverse : A. est d origine rétrovirale B. permet d obtenir un ARN complémentaire C. est utilisée dans la technique de RT-PCR D. permet de rétro-transcrire les ARNm grâce à une amorce poly(a) E. a comme matrice l ADN QCM 3 Les enzymes de restriction : A. dérivent de cellules procaryotes B. sont des exonucléases C. sont capables de reconnaître des séquences d ADN de type palindromique D. sont utilisées dans la technique de Southern blot E. sont utilisées dans la technique de clonage moléculaire QCM 4 Le séquençage enzymatique par la méthode de Sanger : A. repose sur la terminaison de l élongation par incorporation de didesoxynucléotides B. se fait par l addition de desoxynucléotides dans le sens 5 Phosphate > 3 OH C. nécessite l utilisation simultanée d un couple d amorces encadrant la région à séquencer D. utilise des didesoxynucléotides à une concentration plus élevée que les desoxynucléotides E. génère autant de fragments de longueur différente que de bases séquencées QCM 5 A propos du séquençage nouvelle génération (NGS Next-Generation Sequencing) A. La séparation des fragments d ADN néosynthétisés se fait par électrophorèse B. Nécessite la préparation d une banque de fragments d ADN à séquencer C. Le principe est de séquencer de façon parallèle des centaines de milliers de fragments d ADN D. Les dernières générations de séquenceurs permettent de séquencer rapidement l intégralité d un génome humain E. Tous les appareils nécessitent l utilisation de composés fluorescents 1

2 QCM 6 Concernant la technique de PCR en temps réel A. Plus le Ct (cycle seuil) est élevé, plus la quantité initiale de matrice à amplifier est faible B. Lorsque l on utilise l agent SYBR green, la quantité de signal est proportionnelle au nombre de produits simple brin formés C. Dans la technique Taqman, la sonde complémentaire d une petite partie de la région à amplifier comporte à la fois un fluorophore et un quencher D. Dans la technique Taqman la destruction de la sonde au cours de l élongation se traduit par une disparition de l émission de fluorescence E. Associée à une étape préliminaire utilisant une transcriptase inverse, elle permet une quantification des ARNm QCM 7 Concernant les techniques de diagnostic des maladies génétiques, citez celle (s) qui met(tent) en évidence une mutation ponctuelle à l état hétérozygote. A. Analyse de restriction B. Hybridation avec oligonucléotide spécifique d allèle (reverse dot blot) C. HRM (high resolution melting) D. Séquençage E. 5 RACE QCM 8 La mucoviscidose est une maladie autosomique récessive due à des mutations dans le gène CFTR (Cystic Fibrosis Transmembrane Conductance Regulator) porté par le chromosome 7. Plus de 700 mutations ont été identifiées à l heure actuelle. La famille décrite dans l arbre généalogique de la figure 1 a un enfant (4) atteint de mucoviscidose et un enfant (3) bien portant. La recherche des 7 mutations les plus fréquentes du gène CFTR a donné les résultats présentés dans la figure 2 (analyse par la technique du reverse dot blot) : pour chaque mutation (1 à 7) N est la séquence normale, M est la séquence mutée. N1 et M1 testent la présence de la mutation F508, la plus fréquente dans cette maladie. Figure 2 On peut affirmer que : A. la mère (2) est hétérozygote pour la mutation F508 B. le père (1) ne porte pas de mutation du gène CFTR C. l enfant (4) est hétérozygote pour DF508 et porteur d une mutation rare du gène CFTR D. l enfant (3) est atteint E. la mère (2) porte deux mutations différentes du gène CFTR (hétérozygote composite) 2

3 QCM 9 Concernant les méthodes d étude des interactions entre protéines et acides nucléiques A. Dans la technique de retard sur gel, la migration électrophorétique de l ADN sans protéine fixée est retardée par rapport au complexe nucléoprotéique B. Une augmentation du retard sur gel peut être mise en évidence par l utilisation d un anticorps dirigé contre la protéine fixée sur l ADN C. Dans la technique de protection à la nucléase, les sites de l ADN occupés par une protéine seront coupés par l action de la nucléase D. L immunoprécipitation de la chromatine (ChIP) permet de détecter les interactions entre les protéines et l ADN dans le noyau de la cellule. E. La technique ChIP permet d identifier les séquences nucléotidiques qui ont été ciblées QCM10 A propos de l hybridation génomique comparative (CGH-array) appliquée à la biologie humaine A. Cette technique permet de détecter les pertes ou les gains de matériel chromosomique B. Le principe repose sur la co-hybridation des échantillons d ADN marqués à étudier et de référence, sur la lame de verre contenant les spots d ADN-sonde C. Chaque spot d ADN correspond à une séquence d ADN bactérien D. Après que la lame ait été scannée, la lecture des spots nécessite l utilisation d un logiciel détectant chacun des spots E. Les intensités de couleur des spots après hybridation sont directement utilisées sans aucun traitement informatique du signal d intensité QCM 11 A propos des biopuces d expression A. Les acides nucléiques étudiés provenant des cellules ou tissus d intérêt correspondent à de l ADN génomique B. On appelle «cibles» les acides nucléiques spottés sur la lame de biopuce C. Dans une application en génétique tumorale, le transcriptome de tumeurs du sein a permis de classer les patientes selon un bon ou mauvais pronostic D. Les problèmes des biopuces cdna consistent notamment en l hybridation croisée de séquences homologues E. L application de la transcriptomique au diagnostic est simple en raison notamment d un coût expérimental réduit et de temps expérimentaux courts QCM12 A propos de la technologie du séquençage de nouvelle génération (NGS) A. Elle est particulièrement adaptée à la détection d une mutation génique unique à partir d un seul fragment de PCR B. Avant de réaliser le séquençage massif en lui-même, une librairie des fragments à séquencer doit être construite et amplifiée C. Pour un syndrome clinique donné, un ensemble de gènes d intérêt peuvent être séquencés simultanément à la recherche du ou des gènes altérés dans ce syndrome clinique D. Les interprétations des données de séquençage sont faciles car elles ne nécessitent aucun logiciel de traitement des données informatiques E. Dans le cadre d un cancer par exemple, il va être possible avec le NGS, de connaître les mutations spécifiques de chaque cellule tumorale. 3

4 QCM13 A propos des Tissue Micro Array (TMA) A. Un TMA est principalement destiné à l étude d une seule tumeur B. Pour étudier l expression d une protéine dans des tissus sains et/ou pathologiques différents, un TMA «pronostic» doit être constitué C. Avec un TMA «progression tumorale», le niveau d expression d une cible peut être caractérisé dans des tissus tumoraux d agressivité croissante ou lors des rechutes D. Dans le cas de la réalisation d un TMA «pronostic», l ensemble des données biologiques et de suivi des patients sont utilisées pour interpréter les résultats de l hybridation du TMA E. La constitution d un TMA «multi-tumeur» nécessite de nombreux tissus tumoraux différents rassemblés sur la lame de TMA QCM 14 A propos de la bioinformatique. Les banques de données permettent : A. de retrouver l ensemble des informations concernant un gène donné par l intermédiaire des méta-moteurs B. de trouver la description des pathologies génétiques par l intermédiaire de sites dédiés C. la description de la structure intron-exon des protéines D. de réaliser une requête de bibliographie par l intermédiaire d un site de comparaison des séquences d ADN E. de trouver la localisation d une consultation spécialisée par l intermédiaire d un site de stockage des séquences protéiques QCM15 A propos de la bioinformatique A. Cette discipline permet au biologiste d interpréter le résultat de ses expérimentations B. Le site de recherche bibliographique le plus fréquemment utilisé est Pubmed C. Lorsque l on effectue une requête sur PubMed, par défaut, la publication la plus ancienne apparaît en premier. D. Le site Orphanet permet entre autres, de trouver une consultation spécialisée régionale pour une pathologie génétique E. Son utilisation est facilitée par les méta-moteurs de recherche d informations QCM16 Concernant le récepteur membranaire HER2 A. Lorsqu un marquage 3+ en immunohistochimie anti-her2 est détecté, on parle de surexpression de HER2 B. La confirmation par FISH d une amplification du gène HER2 dans les cellules tumorales est systématiquement effectuée pour tout marquage en immunohistochimie 2+ C. En FISH, un ratio du nombre de copies HER2 sur centromère du chromosome 18 égal à 1,5 ne constitue pas une amplification du gène HER2 D. La FISH HER2 est effectuée uniquement sur des noyaux cellulaires métaphasiques E. La FISH HER2 constitue un test dont le résultat est strictement pronostique dans le cas du cancer du sein 4

5 QCM 17 A propos de la FISH Her2 A. Les initiales FISH signifient Fluorescence In Situ Hybridization B. Cette technique permet de localiser un gène sur son site chromosomique C. Un ratio de 2 entre le nombre de spots rouges Her2 et de spots verts concernant le centromère du chromosome 17 correspond à une amplification du gène Her2 D. Un ratio de 4 entre le nombre de spots rouges Her2 et de spots verts concernant le centromère du chromosome 17 correspond à une amplification du gène Her2 E. En cas de polysomie du chromosome 17, on peut dire qu il y a amplification du gène Her2 5