Notions de microbiologie générale Journée des correspondants en hygiène débutants du 20-11-2015 Dr J GAGNAIRE-Unité d hygiène inter-hospitalière- Service des Maladies infectieuses
Différents agents infectieux les bactéries les virus les champignons les parasites (Les prions=atnc=agents Transmissibles Non Conventionnels )
Notions de microbiologie et d échelle
Structure d une bactérie
Formes des bactéries cocci bacille Forme spiralée
Coloration différentielle: coloration de Gram bactéries Gram + colorées en violet bactéries Gram - en rose EXAMEN DIRECT Cocci à Gram + en amas Cocci à Gram + en chainette Cocci à Gram + en diplocoques Cocci à Gram - en diplocoques, en grains de café (staphylocoques) (streptocoques) (pneumocoque = streptocoque) (Neisseria spp.)
Au total Cocci Gram + -Ex : staphylocoque, streptocoque, pneumocoque etc Cocci Gram -Ex : méningocoque, gonocoque etc Bacille Gram + -Ex : corynebacterie, clostridium, bacillus, listeria, etc Bacille Gram -Ex : entérobactéries, pseudomonas etc Autres bactéries : -Ex : mycobactéries (Mycobacteriumtuberculosis)-bactéries atypiques : mycoplasme, chlamydia -
Les bactéries multi résistantes aux ATB =BMR Les bactéries émergentes hautement résistantes aux ATB=BHRe BMR les + fréquentes, résistantes par différents mécanismes + ou transférables entre bactéries, résistances aux ATB acquises ( naturelles) : SARM = BMR Entérobactéries résistantes aux C3G (production de BLSE) = BMR Entérobactéries résistantes aux carbapénèmes (production de carbapénémases)= BHRe Entérocoques résistants à la vancomycine (ERV) = BHRe ER+PCC chez patients avec FR d acquisition de BHRe (rapatriement, hospitalisation étranger dans les 6 mois )
Structure d un virus et «mode de vie» -Génome : ARN ou ADN -Capside protéique : cubique ou hélicoidale -Enveloppe CLASSIFICATION 1 virus = 1 génome avec une protection, dans le milieu extérieur Le virus nécessite pour son développement un parasitisme intracellulaire absolu Absence de croissance, structure définitivement organisée
Principaux virus rencontrés A- Virus respiratoire Grippe, VRS (virus respiratoire syncytial), Varicelle, Oreillons, Rubéole, Rougeole... B-Virus entériques Rotavirus, Adenovirus, Entérovirus, Hépatite A C-virus cutanés Herpes, Varicelle D-Virus du sang et des tissus Hépatite B, Hépatite C, HIV
Différentes techniques de diagnostic microbiologique pour les agents Cultures : ++ bactéries infectieux Recherche d antigène (ex : recherche Ag streptocoque A) Recherche d anticorps = sérologies Mise en évidence du génome (ex : PCR )
Culture bactériennes (besoins en nutriments, en oxygène ou non (aérobie/anaérobie- ), facteurs de croissance, 37 C ou 30 C )
Autres agents infectieux les champignons : microscopiques (levures : candida, moissures : aspergillus, penicillium ) les parasites : ectoparasites et endoparasites (Les prions) : conversion d une protéine?
Flore microbienne (=microbiote) Ensemble des micro-organismes présents en un site donné. Essentiellementdes bactérieset champignons. La contamination par des agents infectieux peut être limitée par cette flore
Distinction selon l habitat Micro-organismescommensaux : (latin mensa : table) résidents habituels de la peau et des muqueuses des animaux et des êtres humains = flore humaine. Micro-organismessaprophytes : (grec sapros : fumier) résidents habituels de l environnement (terre, eau) se nourrissent de la matière organique en décomposition = flore environnementale =notion de flore transitoire (flore environnementale + d autres individus)
/cm 2 de peau /g de selles 10 14 bactéries versus 10 13 cellules dans le corps humain!
La flore cutanée Répartition hétérogène sur la peau : - Bactéries aérobies : couches superficielles. (Genres staphylococcus, corynebacterium - Bactéries anaérobies : follicules pileux, glandes sébacées (Propionibactérium acnes Répartition hétérogène dans la population : - Staphylococcus aureus : 19 à 40% de la population.
La flore du tube digestif Estomac : acidité +++ (ph=2), peu de germes. Intestin : présence ++ à partir de l iléon terminal, environ 400 espèces différentes, variation liée à l alimentation. Entérobactéries +++, Anaérobies strictes ++ Fonctions majeures : métabolisme, barrière contre les autres pathogènes
Mais aussi La flore nasale La flore buccale La flore vaginale La flore des voies aériennes
Distinction selon la pathogènicité Bactéries pathogène spécifiques: à l origine d une maladie infectieuse bien déterminée Virulence+++ Contagiosité+++ communautaire>>nosocomiale Bactéries : tuberculose, typhoide Virus : grippe, hépatite, rotavirus
Distinction selon la pathogènicité Bactériespathogèneopportunistes: (= non pathogènes), normalenent présentes dans la flore humaine mais qui lors d une immunodépression deviennent pathogènes.
Pathogènes commensaux opportunistes Réservoir : flores humaines Virulence variable (Staphylocoque doré >>staphylocoque blanc) Non contagieux mais transmission possible entre individus (manuportée ++) Origine : nosocomiale>>communautaire Microorganismes : Bactérie : staphylocoque doré, pneumocoque, colibacille Champignon : candida
Pathogènes saprophytes opportunistes Réservoir : environnement : eau/air Virulence faible Non contagieux mais transmission possible par contamination par l environnement Origine : nosocomiale>communautaire (rare) Microorganismes : Bactérie : légionnelle Champignon : aspergillus
Notion de pathogénie pour l homme Niveau d agressivité du micro-organisme. Fragilité du patient Pénétration par la bonne porte d entrée (ex : le virus de la grippe = porte d entrée aérienne, si on mange le virus on ne craint rien). Quantité de microorganismes (inoculum)
Chaîne de transmission épidémiologique Transmission : Réservoirs : Humain Environnement Contact Aérien : Gouttelettes Aéroporté Hôte récepteur
Réservoirs des agents infectieux l'homme l'animal l'environnement (eau, air, surfaces) d où notions origines «endogène» ou «exogène»
Modes de transmission par contact (directs ou indirects) par voie aérienne (gouttelettes, aérosols) par l'intermédiaire de vecteurs (ex : insectes)
MERCI DE VOTRE ATTENTION