Réunion Projet Imprebio 14-15 janvier 2013, Rouen Vincent Boulanger & Agnès Rocquencourt 31 janvier 2013 1
Avant propos La troisième réunion de travail plénière du projet Imprebio (Impact des prélèvements sur la biodiversité - BGF GipEcofor) s est tenu les 14 et 15 janvier 2013 à l Université de Rouen, le laboratoire Ecodiv accueillant les différents participants. Les personnes présentent étaient : Pour Irstea : Philippe Balandier, Agnès Rocquencourt, Frédéric Archaux, Vincent Seigner, Yann Dumas, Sandrine Perret Pour l université de Rouen - Ecodiv : Michael Aubert, Fabrice Bureau, Matthieu Chauvat, Ludovic Henneron Pour le Lerfob - INRA/AgroParisTech Nancy : Catherine Collet, Florian Vast, Ingrid Seynave Pour l ONF : Sébastien Cecchini, Vincent Boulanger Pour le CNPF : Christian Gauberville Pour l INRA Clermont : André Marquier, Pascal Walser Pour le MEDDE : Robin Chalot 2
Table des matières 1 Considérations générales 4 1.1 Rétrospective année 2012..................... 4 1.2 Perspectives pour 2013...................... 4 2 Relevés Floristiques 4 3 Insectes des strates basses 6 4 Inventaires des gastéropodes 7 5 Relevés d abroutissement 7 6 Relevés nitrates et ammonium du sol 8 7 Formes d humus et biocénose du sol 9 8 Analyses de sol génériques 10 9 RReShar(Regeneration and Resource Sharing ) dans CAP- SIS 11 9.1 Point rapide site web....................... 12 10 Mesures de température 12 11 Mesures de lumière 13 11.1 Périodes de 24h.......................... 13 11.2 Variabilité saisonnière : mesures en continu........... 13 11.3 Variabilité spatiale de l éclairement relatif sous couvert.... 14 12 Mesure de la teneur en eau du sol 15 13 État d avancement de la base de données 15 14 Utilisation des données dendrométriques 16 15 Analyses flore et multi-taxonomiques 17 3
1 Considérations générales orateur : P.Balandier 1.1 Rétrospective année 2012 Quelques faits marquants de l année sont présentés aux participants : Mars : Colloque BGF suite aux discussions lors de la réunion de lancement de janvier 2012, thème Évaluer état de conservation des habitats forestiers. Juin : Envoi du rapport d avancement à mi-parcours du projet. Septembre : Séminaire BGF de présentation de l avancement des projets (P.Balandier et M.Aubert ont fait état des travaux, présence de F.Archaux) Novembre : Comité scientifique de BGF demande quelques compléments d information suite au rapport intermédiaire. suite à la consultation des différents partenairs, P. Balandier a adressé une réponse argumentée et détaillée. La réponse officielle est arrivée fin janvier, lors de l édition de ce compte rendu le 31 janvier 2013, le comité a validé les compléments apportés, le versement intermédiaire est déclenché. 1.2 Perspectives pour 2013 2013 est la dernière année du projet, fin prévue en décembre. La rédaction du rapport final sera amorcée en septembre 2013. Trois sujets majeurs pour cette réunion : 1. Arrêter un calendrier de terrain 2. Stratégie d exploitation et d analyse des données 3. Ébauches d idées pour la valorisation des résultats Divers Philippe Balandier est sans nouvelles de F.Magnin (Université Aix-Marseille, travaux sur gastéropodes). Prise de contact rapide pour statuer sur les travaux de cette partie. 2 Relevés Floristiques orateur : Y.Dumas 4
Présentation Rappelons que le groupe des espèces végétales aura vu 3 saisons de relevés (vernales, estivales, épiphytes - bryophytes corticoles jusqu à H 2m) ; notons que sur les dispositifs intensifs épiphytes inventoriées une seule fois alors que la flore l est faite chaque année. Le calendrier de relevés est à jour ; 2013 servira pour quelques compléments (voir calendrier détaillé par site dans le diaporama). Les données 2011 sont saisies dans la base de données, les 2012 le seront prochainement. D autres données acquises antérieurement à Imprebio sur les mêmes sites seront aussi intégrées car elles peuvent avoir une bonne valeur ajoutée pour les analyses. Les 3 années de relevés consécutives sont justifiées pour soit pour évaluer la dynamique rapide de la flore dans ce jeunes peuplements, soit, si aucune tendance ne se dégage, tamponner des variations stochastiques de l expression de la flore,. Réseau Lerfob : le prévu est réalisé, l inventaire des espèces vernales ne sera fait qu en 2013 (elles auront valeur de 2012, ce qui ne posera pas de problème, la flore associée à ces vieux peuplements est plus stable d une année à l autre) Hypothèses à tester : Variables réponse : Réponses des richesse (alpha, gamma), groupes écologiques, indices de diversité, valeur patrimoniale, capacité à fleurir, caractères indicateurs Variables explicatives : variables abiotiques (lumière, niveau hydrique/trophique), peuplement (dominant et sous étage), cervidés, plantes interférentes (interactions avec des plantes sociales). Réponse de la flore à l ouverture (N, L, etc..) Capacité à fleurir? Question essentiellement pour la flore estivale, relative à la constitution d une banque de graines. Pas de données quantitatives, mais notation de l état fleuri des espèces présentes. Un aperçu de la structure du fichier de données est disponible dans le diaporama. Stagiaire BTS travaille actuellement sur le cas singulier des Épiphytes, focus sur l effet essence d après des informations disponibles dans la bibliographie. P.Balandier : 9 sites en 2013 soient environ 8 semaines de terrain, cela semble encore assez lourd. Faut-il tout faire? Notamment Grésignes. Faut-il 5
passer une 3ème fois sur les sites déjà mesurés 2 fois? S.Perret : option de privilégier le passage sur les sites pas encore visités depuis 2011 à savoir ceux en FD Chaux, Izeure, Orléans, Grésignes. C.Collet : Voir si effet âge depuis la dernière éclaircie. Discussion autour de cette question. P.Balandier : les variations sont davantage en biomasse qu en richesse ou diversité. Voir avec les relevés d avant Imprebio (2007-2010) 3 Insectes des strates basses orateur : F.Archaux pour C.Bouget excusé Présentation Quelques hypothèses de départ : l entomofaune répond aux variations des intensités de prélèvement par les modifications sur le peuplement et ses conséquences sur les changements du microclimat, la composition de la végétation accompagnatrice et la biomasse herbacée. Échantillon : 6 sites coop et 3 sites Lerfob pour 23 placettes en tout. Explications sur le choix d un protocole hybride battage/fauchage et piégeage en parallèle, avec souci de la standardisation maximale entre opérateurs (détails dans le diaporama). Les relevés ont tous été effectués en 2011, le dépouillement des échantillons s est étalé sur 2012. Les individus ont été identifiés au niveau supra-spécifique (famille ou genre) pour s affranchir de la difficulté de détermination d espèces (compétences non disponibles en interne et rares à l externe). Les analyses se sont faites via une approche par groupes fonctionnels (floricolie, taille etc...) Quelques données brutes sur les récoltes d insectes : 13 322 individus. 98% des individus déterminés jusqu à la famille, 58% au genre. L essentiel des insectes fournis par le piégeage, 13% fauchage et 4% battage. Les analyses initiales se sont basées sur quelques attributs autécologiques, traits de vie (abondances par traits). Elles révèlent quelques réponses visuelles qui restent à tester statistiquement(opophages et phytophages). Toutes les données sont saisies et donc réanalysables à volonté. P.Balandier : les effets linéaires ne sont pas forcément les plus probables (bien faire attention aux modèles statistiques employés). 6
F.Archaux : Les effets seuil sont possibles et vraisemblables mais quid de la capacité du design de l étude pour les mettre en évidence. 4 Inventaires des gastéropodes F.Magnin étant absent lors de cette réunion, aucun exposé n a fait état des travaux correspondants. 5 Relevés d abroutissement oratrice : A.Rocquencourt Hypothèse de départ : les cervidés ont un effet sur le développement de la strate arbustive. 3 sites en 2011 (5 points/placette) et 9 sites en 2012 (9 points/placette). Les données sont pour le moment dans une base de données particulière ; l inclusion dans la BDD Imprebio est à envisager rapidement eu égard aux demandes formulées lors de la présentation relative aux relevés floristiques. Quelques données de synthèse sont calculées (abroutissement moyen par espèce ou par placette) Perspectives 2013 : 7 sites à inventorier en février et mars (2 Lerfob et 5 GIS) Interrogation sur l intérêt Grésigne et Orléans. Les données seront disponibles début avril, un stagiaire Master2 débutera dès le mois de mars les analyses sur les données 2011-2012, inclusion des données 2013 dès leur saisie. Hypothèses : 1. Réponse de la biomasse : diminution de la densité du peuplement engendre une augmentation de la biomasse végétale. La hausse d herbivorie limiterait cette augmentation de biomasse. 2. Réponse en richesse en espèces herbacées : la diminution de la densité du peuplement entraine une augmentation du nombre d espèces herbacées et arbustives ce qui a pour conséquence une diminution de la dominance des espèces sociales ( monopolistes ). Ceci passant par des seuils : d abord augmentation du nombre des espèces avec l ouverture du peuplement puis au-delà d un seuil diminution par envahissement d une ou quelques espèces monopolistes. L hypothèse est que les cervidés pourraient avoir un rôle dans la richesse spécifique en contrôlant les monopolistes (en tout cas les appétentes). Les cervidés interviennent-ils sur le contrôle de ces espèces monopolistes? 7
3. Réponse du comportement alimentaire des cervidés : hausse de sélectivité des herbivores quand la densité de peuplement baisse, car la hausse de lumière augmenter la diversité des espèces disponibles pour le gibier. Pour les analyses, l équipe souhaiterait intégrer des données dendrométriques synthétiques (RDI réel, description sous étage), id. pour variables environnementales, données d inventaires floristiques sur 40m 2 (pour détecter les herbacées monopolistes ) Le groupe de travail réindique son souhait de disposer d un indice de fréquentation par le gibier pour l intégrer comme co-variable (ou variable dite de nuisance ) dans les autres analyses. 6 Relevés nitrates et ammonium du sol orateur : P.Balandier, pour P.Malagoli, excusé Présentation 6 sites concernés par ce protocole. Parroy uniquement appareillé en 2012 ; Reno-Valdieu, Moulins-Bonsmoulins, Montrichard, Blois et Tronçais réalisés en 2011 et 2012. Technique : tube PVC enfoncé dans sol, à 20/30 cm. Pose de résine échangeuse. Mise à l incubation dans le sol. En 2012, ajout des niveaux 5cm dans les plus vieux peuplements (Lerfob). Les précisions sur le protocole sont indiquées dans le diaporama. Résultats préliminaires : tous les dosages 2011 et 2012 réalisés pour nitrates et ammonium. Pas de tendance brute, il faut corriger par un certain nombre de facteurs abiotiques. On retrouve cependant des courbes en cloche au cours de l année (pic en juillet). P.Malagoli doit voir pour intégrer les données dans la base, quelques corrections restent à effectuer. A. Marquier : tubes pas changé de place entre 2011 et 2012. Effet? M Aubert : il aurait fallu les changer de place car après 1 saison, il y a un impact sur la prospection racinaire, donc sur les résultats. C est donc un paramètre de l expérience à prendre en compte lors des analyses/interprétations. 8
7 Formes d humus et biocénose du sol orateur : L.Henneron - doctorant Ecodiv Présentation Objectif du travail : Étude des formes d humus, microorganismes du sol (biomasse, respiration, diversité fonctionnelle), faune du sol (mésofaune et macrofaune) Sites concernés : 6 forêts du GIS Coop de données. 3 modalités de RDI (1, 0,5 et 0,25 - les décroissants et croissants ont été affectés à respectivement 1 et 0,25), 3 réplicats par placette. Les relevés de terrain ont été effectués à l automne 2011 et au printemps 2012. Faune : échantillonnage des horizons O et A ; méthodes normalisées ; tri et dénombrement par espèce. Pas d effet significatif du traitement (densité d arbres) sur les indices de diversité (ANOVA à 2 facteurs RDI*site) : fort effet site, effet RDI semble pas général mais analyses à affiner. Signaux d une augmentation de la diversité en détritivores avec la densité d arbres, tendance inverse pour les lombricidés. Lien abondance d espèces - densités d arbres : Mésofaune : pas de tendance générale, faible significativité et variations selon les groupes (stratégie R moins affectés). Exemple : densité d arbres et abondance des collemboles varient dans le même sens, idem pour les acariens mais la réponse semble plus forte. Macrofaune : mêmes tendances pour un certain nombre de groupes. Parfois des effets masqués selon les traits de vie au sein des groupes (ex des lombriciens : les endogées répondent positivement et fortement aux éclaircies tandis que les anéciques et épigées ne répondent pas). Microorganismes : échantillonnage des horizons A et O, biomasse microbienne, fongique, respiration basale, diversité fonctionnelle. Respiration : aucun effet RDI, idem pour les champignons mais les profils métaboliques sont très différents. Formes d humus : pas d effet RDI notable sur le type d humus. Conclusion : pas d effet majeur de l intensité des éclaircies sur la diversité de la faune du sol. Impacts sur l abondance des groupes fonctionnels, surtout les détritivores plus abondants quand la densité d arbres augmente. Qu en est-il des peuplements plus âgés? C.Gauberville : quelle latence pour la réponse des humus et autres variables aux actions sylvicoles? 9
M.Aubert : la question se pose plutôt de savoir si les formes d humus bien caractéristiques et stables ont eu le temps de se développer. La jeunesse des peuplements apparaît plutôt comme une limite majeure. S.Perret : Attention aux affectations des RDI decroissant au RDI 1 (et RDI croissant au RDI 0.25), préférer les RDI effectifs. RDI appliqués sur peuplement depuis durées variables (cf info GIS coop chêne). Proposition d ajouter une variable caractéristique de ces peuplements manipulés, en rapport avec l âge d installation (ratio âge peuplement/âge installation par exemple). Équipe ECODIV : Perspectives 2013. Voir les peuplements plus âgés : campagne dans les peuplements du réseau Lerfob (16 placettes dans 8 sites). Caractérisation de la litière foliaire : équipement des sites avec des paniers à litière. Acquisition de nombreuses données complémentaires en particulier sur les peuplements plus âgés. Attente également de données de flore pour intégrer les analyses. 8 Analyses de sol génériques orateur : S.Cecchini, pour C.Richter, excusée Bilan sur les analyses réalisées. Objectif du protocole : caler les relevés de sol avec les observations flore pour tests sur la bioindication. Les échantillons 2011 sont analysés et les résultats disponibles pour les variables suivantes : ph eau, CaCO3, P, CEC, Ca, Mg, Na, K, Fe, Mn, Al, C et N totaux. Les échantillons 2012 sont récoltés, stockés dans des conditions de bonne conservation mais pas analysés. L analyse était suspendue aux type de données attendues selon les questions que l on souhaite aborder. Les descriptions de fosses sont effectuées partout sauf Grésigne, Belvaivre et Parroy, et stockées dans une base de données ad hoc. Les prélèvements dans la fosse sont réalisés par horizon + 0-10 systématique, mais les analyses ne sont pas encore faites, la question de la méthode d analyse du P restant en suspens. Le groupe de travail valide le scénario proposé, à savoir : Faire les analyses pour l horizon 0-10 en priorité. La description fosse est un plus Pour le P on conserve la méthode déjà employée dans les autres sites Imprebio. S en suit une discussion en séance sur les méthodes d analyse/extraction du P des sols forestiers selon leur ph, la fraction de P que chaque méthode 10
dose et la signification biochimique associée. 9 RReShar(Regeneration and Resource Sharing ) dans CAPSIS orateur P.Balandier pour N.Donès excusé Présentation RReShar : Modèle pour la régénération et le partage des ressources sous Capsis. L exposé fait état de l avancement des travaux relatifs à l implamentation en cours de ce modèle sous Capsis (langage Java). Les ressources considérées sont la lumière et l eau. L objectif de la modélisation est de pouvoir prévoir la dynamique de l écosystème forestier avec 3 strates : arbres adultes, cohortes de régénération et sous-bois. Quelques précision techniques sont apportées : Type de modèle : modèle individu centré spatialisé, la dynamique opère avec un pas de temps annuel. Variables de régénération : la régénération est définie par cellule, avec plusieurs cohortes par cellule. Modèle du sous-bois : défini par cellule, couche compétitrice pour l eau et la lumière Le gros des travaux actuels est consacré au partage de la lumière, plus précisément l atténuation du rayonnement en traversant les différentes strates. Un stagiaire de bioinformatique (Master2 Rennes) teste actuellement le modèle RReShar. Partage de l eau : travail d implémentation à réaliser à partir des modèles de flux entrants/sortants. L ensemble des participants se sont interrogés sur le types de variables biodiversité que l on pourrait rentrer et la manière d implémenter le modèle sur ce volet. Un débat est engagé en séance. Il est proposé d attendre de disposer des résultats définitifs de toutes les études des différents groupes pour statuer sur cette question. Les participants font remarquer que le modèle n inclue pour le moment pas le mécanisme de dispersion des graines. 11
9.1 Point rapide site web P.Balandier rappelle à tous les participants que le site web est toujours actif. Le nombre de connections est finalement assez conséquent, mais il reste peu consulté par les participants (!). Toutes les propositions pour mise en ligne sont les bienvenues. 10 Mesures de température orateur : V.Seigner Présentation Seuls trois sites de suivi très intensif ont été équipés (pour mémoire Montrichard, Parroy et Tronçais), les températures mesurées sont celles sous abris et du sol. Les mesures ont débuté le 20 mai 2011 selon le plan d échantillonnage suivant : 3 points de mesure par placette, 3 placettes par site. Le pas de temps de mesure est de 15 min. Le principal ennui pour ce suivi est lié aux dégradations causées par les sangliers (dispositifs de mesure chahutés) se sont ajoutés des batteries déchargées et plus rarement des pannes de centrales. En conséquence, nous ne disposons pas de série temporelle complète. Les centrales ont été démontées cet hiver. Les premiers résultats indiquent un effet RDI assez marqué sur la température de l air, le sol tamponne bcp plus. Prévision 2013 : remise en état du matériel (batteries, centrales acquisition) puis réinstallation avant le début de la saison de végétation. P.Balandier : quelle utilité de remettre le matériel de mesure en place pour 2013? Les réponses aux RDI sont visiblement acquises. M.Chauvat : Le besoin se faire sentir pour d autres placettes (étude des humus et faune du sol), en particulier sur des sites Lerfob (Champenoux, Blois, Tronçais, Reno-Valdieu et/ou Bellème). P.Balandier : les sites Lerfob n ont pas fait l objet de suivis en continu, la question se pose donc de les instrumenter en cette 3e année ; en outre la température du sol peut être déduite de la température de l air (et pas l inverse), il est peut-être possible d utiliser des données déjà existantes (type Météo-France). 12
11 Mesures de lumière 11.1 Périodes de 24h oratrice : S.Perret Ces mesures sur des périodes de 24h ont été réalisées en 2011 et 2012, sur les 9 placeaux des inventaires floristiques, avec un point de référence en découvert. Les données ont été vérifiées (et corrigées de leurs aberrations) puis intégrées dans la base de données Imprebio. Les premiers résultats montrent une corrélation entre RDI et éclairement relatif (moyen ou ponctuel) de la placette (moyenne des 9 placeaux) mais avec une forte variabilité intra-placette pour les RDI les plus faibles. Ces résultats doivent être affinés car les valeurs de RDI (i) sont théoriques et doivent donc être confrontés au réel, et (ii) ne tiennent pas compte de la présence du sous étage. La base de données intègre toutes les données permettant de calculer les éclairements relatifs (valeurs pleine lumière, coeff correcteurs etc.). Les mesures 2012 sont entachées de bruit causé par la nébulosité (malgré mesure pleine lumière) du fait de la sensibilité du capteur ; les conditions météorologiques furent mauvaises de juin à fin juillet. Mesures prévues en 2013. Tronçais - Bois Brochet ajouté car équipes de Rouen vont effectuer des relevés sur ce site. 11.2 Variabilité saisonnière : mesures en continu orateur : A.Marquier Ces mesures ne sont réalisées que sur les 3 sites du GIS COOP (Parroy, Montrichard Tronçais), elles ont débuté le 20 mai 2011. 51 capteurs ont été installés, préalablement étallonnés. La durée de suivi est plus courte à Tronçais et impacte donc les moyennes calculées car la période feuillée a un poids différent. Les problèmes rencontrés sont semblables à ceux évoqués pour les mesures de température (dégâts sanglier, batteries déchargées par temps froid, capteurs défaillants en hiver). En conséquence, il a été décidé de (i) réduire à 3 capteurs/placette sur Montrichard, et (ii) démonter les capteurs pour l hiver car non fonctionnels. Quelques résultats sont à noter : l apparition des feuilles au printemps et leur disparition à l automne se détecte bien dans les mesures de lumière on observe une variabilité maximale des mesures d éclairement dans les modalités à RDI 0.25 ; quand les peuplements sont plus denses, cette 13
variabilité diminue fortement. Une corrélation avec le RDI se révèle assez nettement Les observations sont très stables d une années à l autre (sauf RDI 1 qui présente un éclairement plus fort en 2012 qu en 2011) D ici fin mars, les données seront toilettées pour inclusion définitive dans la base de données Imprebio. P.Balandier : Les courbes présentées montrent que les suivis sur 24h sont discutables, selon le jour, on peut passer de 10 à 35 % d éclairement relatif sur le même point. D autre part, on remarque des inversions de courbes entre points de mesure sur la placette. S.Perret : il serait intéressant de comparer les mesures sur 24h à celles faites en continu sur les sites où les 2 types de mesures ont été faits. A.Marquier : Ne pas oublier de tenir compte de l impact du type de capteur sur l éclairement mesuré (spectre de lumière). P.Balandier : la calibration mutuelle de tous les capteurs lumière est à refaire, en couplant à une mesure spectrale (pour voir les différences entre capteur car selon couverture nuageuse le spectre de la lumière se décale). 11.3 Variabilité spatiale de l éclairement relatif sous couvert oratrice : C.Collet Quelques rappels des connaissances disponibles à partir de la bibliographie : relations entre surface terrière et éclairement relatif, effets de l âge et des éclaircies. Ces mesures de variabilité spatiale de l éclairement relatif ont été réalisées sur les sites de suivi intensif et très intensif. Les mesures sont réalisées à l aide d un capteur BF5 qui enregistre la lumière diffuse et directe, l échantillonnage porte sur 100 points par placette, par temps stable. Les résultats montrent une bonne corrélation entre les mesures BF5 sur 100 points et la mesure CBE 24h sur 9 points (cf. la présentation de S. Perret), mais une moins bonne corrélation avec les mesures CBE continu sur 3 à 5 points (cf. présentation d A. Marquier) Se pose donc la question de la stratégie pour connecter les variables collectées par les différentes équipes? Quelle échelle retenir? P.Balandier : Attribuer pour chaque moyenne de RDI une variance. F.Archaux : il est possible de travailler avec les variances sur certaines variables, mais les hypothèses associées ne sont pas évidentes. 14
12 Mesure de la teneur en eau du sol orateur : P.Balandier Présentation Ces mesures sont réalisées sur les sites intensifs et très intensifs (9 sites en tout). Des capteurs sont placés sur 3 pts de mesure / placette (placeaux 2 3 4). Mesure à 20cm de profondeur pour assurer le lien avec la flore. Quelques soucis sur la stratégie d installation ont été résolus (pas possible dans fente de bêche, obligation de faire une micro fosse), mais des problèmes matériels ont été assez impactants (défaillances de matériel causées par l humidité -capteur et centrale d acquisition), peu de vandalisme mais des dégâts de sangliers comme pour les mesures de température. Les premières tendances montrent un effet de la transpiration (teneur en eau plus faible pr RDI 1, plus élevée en RDI faible). Mais les analyses nécessitent quelques corrections préalables (par la capacité au champ pour lever les problèmes de sols saturés en eau) pour finalement raisonner sur la teneur en eau relative. Les travaux s orientent sur une caractérisation des types de sols par la pente de décroissance de la teneur en eau. Rouen souhaiterait avoir ce type de mesures sur certains des sites Lerfob. L équipe Ecodiv (Rouen) souhaiterait que ce type de mesure soit mis en place sur les sites Lerfob. A.Marqier propose de raisonner les sites selon la distance, donc privilégier Tronçais ou Blois, car la maintenance est assez lourde. 13 État d avancement de la base de données oratrice : S.Perret La base de données est construite sous Access R. Quelques éléments de structure sont rappelés (et illustrés dans les diaporamas) : une BDD générale contient les données de base (volume assez faible), elle est liée a 4 bases contenant les données écologiques à proprement parler (très volumineuses pour certaines comme les mesures continues de lumière, teneur en eau, température - jusqu à 100Mo). 15
Cette structure facilite les mises à jour, l ajout et l extraction de données. Quelques requêtes sont déjà programmées pour certaines variables sous forme synthétique (moyennes, minima, maxima ; pas de temps variables). Il manque encore les données dendrométriques (table en cours d élaboration, disponible partiellement d ici 1 à 2 mois), et celles sur les stations (descriptions de sol, analyses chimiques). L équipe de Rouen va transmettre les données acquises, même si les informations sont déjà synthétiques. Il serait souhaitable que les données de mesures d azote du sol, d herbivorie et entomologiques soient rapidement intégrées à la base Utilisation de la base de données : proposition d un journée de présentation et de formation à l utilisation de la base de données. Une notice explicative pour l utilisation de la base de données est également en projet. La question du partage de données et la propriété intellectuelle associée émerge, notamment avec les perspectives de publications : il est proposé que toute personne ayant un projet de publication faisant appel à des données collectées par d autres prenne contact avec les personnes idoines pour convenir des modalités (intégrer un co-auteur, mention dans les remerciements...). Les participant aboutissent à un Gentlemen Agreement sur la mutualisation des données : i.e. toute personne contribuant à la BDD est autorisée à utiliser les données de la BDD apportées par les autres participants sous réserve d un accord lors de la publication des résultats. Il est aussi acté que des valorisations peuvent être envisagées en dehors du projet. Dans le prolongement, la piste de recherche de financements ultérieurs pour continuer à alimenter la base de données est évoquée. En conclusion : l objectif à très court terme est d intégrer les données 2011/2012 dans la base (délai fin février 2013), la version finale de la base sera décrétée d ici quelques mois, de sorte que les analyses puissent âtre conduites sur des données consolidées. 14 Utilisation des données dendrométriques oratrice : S.Perret Présentation Quelques rappels sont proposés sur les protocoles. Les réseau GIS-COOP réalise une mesure dendrométrique tous les 4 ans avec un protocole évolutif selon la densités et l âge du peuplement (échantillonnage pour les peuplements denses ou inventaire en plein pour peuplements clairs). 16
La stratégie de choix de l année de mesure dendrométrique pour l analyse Imprebio est discuté (cf diaporama), avec l hypothèse de réaliser des extra/inter.-polations pour les cas de décalage. Cette analyse ne se base pas sur les données brutes de ces inventaires mais sur un certain nombre d informations synthétiques à l échelle peuplement, calculées d après les données brutes (Age total, Hdom, Cdom, N/ha, G/ha, RDI, Cg, Hg). Il s agit de données classiques (surface terrière, hauteur dominante etc.), d informations sur la dernière éclaircie ou sur les caractéristiques du dispositif expérimental. Les tables de données sont en cours de construction et de remplissage, comme indiqué dans la présentation relative à la base de données. Les participants s accordent sur le besoin d harmonisation avec les données du Lerfob. S engage une discussion sur le niveau de précision nécessaire pour les analyses. Il est indiqué que dans les sites COOP, les arbres sont suvis individuellement (sauf RDI 1, suivis par bandelettes dans les jeunes peuplements), donc on peut revenir à l échelle arbre si on a le numéro des arbres. P.Balandier met en garde contre des stratégies d analyses portant sur des phénomènes trop fins alors que les autres relevés ne le justifient pas forcément. Une autre discussion porte sur l effet station et type d éclaircie sur la réaction des peuplements aux interventions sylvicoles (F.Archaux). Il est indiqué que des résultats existent sur ces réactions aux éclaircies (effet du temps écoulé depuis, intensité du prélèvement). La pertinence du RDI comme facteur principal est discutée (différentes méthodes de calcul existent). 15 Analyses flore et multi-taxonomiques F.Archaux Présentation Les travaux d analyse multi-taxonomique ciblent : Effet de l intensité des prélèvements pour les différents groupes taxonomiques étudiés Mécanismes sous-jacents, explicatifs des effets précédemment observés Identification des traits de sensibilité Les effets cascade 17
La présentation reprend la structuration des données selon le contexte des travaux (variables environnementales VS comptages). Une difficulté est soulevée : toutes les données ne sont pas disponibles pour tous les sites (intensifs VS très intensifs) La stratégie d analyse, et les principales analyses exploratoires sont présentées (modèles linéaires, multivariable) M Aubert fait constater que pour l analyse par co-inertie il est nécessaire d équilibrer les sites pour chaque RDI. Les effets cascade sont analysés par la technique des SEM (Structural Equation Modelling) qui pose quelques difficultés techniques. Des travaux sont en cours sur l approche par statistiques bayésiennes (offre de stage niveau M2, pour l instant non pourvue.). Si l approche bayésienne est fonctionnelle, on la préférera à l approche plus classique par modèles linéaires généralisés. Cette méthode de Shipley (SEM) pourra peut-être s appliquer aux analyses monotaxonomiques. Pour l heure les travaux se basent sur les données 2011-2012, les données 2013 seront intégrées dès que possible (à l automne). P.Balandier demande à retenir un modèle conceptuel robuste dans l analyse SEM pour que l intégration des données 2013 ne vienne pas tout bouleverser. V.Boulanger demande à ce que soit définie une trame d analyse commune à chaque groupe taxonomique (même méthode, même effets aléatoires, hypothèses semblables : modèle et variables communs). F.Archaux : il semblerait possible de tester ceci à travers l approche multitaxonomique. Mais se pose le problème des sites échantillonnés qui sont différents selon les taxons. C.Collet : Le schéma conceptuel de la SEM ne doit pas être construit en s appuyant sur des analyses préliminaires effectuées sur le même jeu de données. Définir le schéma a priori (biblio) ou sur un jeu de données différent. M.Chauvat : des analyses avancées en monotaxomique n invalideront pas forcément la démarche par SEM. Les analyses doivent aller plus dans le détail pour chaque groupe, et selon les caractéristiques de chaque groupe. M.Chauvat : faut-il intégrer un effet aléatoire site? C.Collet : pas de répétition par site, il ne semble donc pas possible de considérer un effet aléatoire site. M Aubert : Etudier les variations de la variable de diversité d intérêt selon les variables de structure de peuplement Conclusion : les participants s entendent sur la nécessité d organiser une réunion de travail avec les principaux acteurs des analyses et valorisations 18
pour échanger sur les modèles conceptuels, les analyses à réaliser et les variables à intégrer. Ceci devant être précédé d une phase d analyses exploratoires pour avoir du contenu sur lequel baser les réfexions. L échéance d avril est retenue. Lors de la rédaction de ce rapport (le 31 janvier 2013) la réunion d analyse est programmée les 4 et 5 avril prochains à Paris. 19