HERBIER NUMERIQUE COLLABORATIF DE MAURICE. enseignants des établissements à programme français de Maurice

Transcription

1 HERBIER NUMERIQUE COLLABORATIF DE MAURICE par et pour les élèves et les par et pour les élèves et les enseignants des établissements à programme français de Maurice

2 Un herbier numérique collaboratif? Une banque de données photographiques et informatives sur les espèces végétales poussant à Maurice. Construite en commun par les enseignants et les élèves des établissements français à Maurice. En collaboration avec des équipes de recherche, notamment l équipe CIRAD du projet Pl@ntnet : Création et hébergement de la base de données. Hébergement du site dédié à l herbier. Expertise scientifique.

3 est une initiative portée par trois équipes aux compétences complémentaires : l'unité Mixte de Recherche CIRAD-CNRS-INRA-IRD- Université Montpellier 2 "botanique et bioinformatique de l'architecture des Plantes" (AMAP), l'equipe-projet Imedia de l'inria Rocquencourt, et l'association Tela Botanica.

4 Objectifs Développer la démarche d investigation naturaliste. Sensibiliser les élèves au patrimoine naturel unique que constitue la biodiversité mauricienne. Rendre les élèves acteurs de la création d un véritable outil scientifique. Les familiariser avec les outils du web, à travers la participation à la construction et l utilisation d une base de données collaborative. Construire une collection de référence utilisable et consultable librement en ligne.

5 La démarche Collecter des données. sur le terrain photographies, description morphologique. dans la biblio noms scientifiques, noms communs, usages, écologie Construire la base :. sur le web (Bdd en ligne), Données taxonomiques Observations botaniques Lieux d observations Auteurs Site Web dédié Un espace de diffusion. autonome,. libre d accès. pour consulter et rendre visible le travail réalisé validation Seuil : 50 espèces illustrées par 500 à 600 images :

6 Une base de données collaborative Construite et consultable par les enseignants et leurs élèves. Selon un schéma simple de gestion des données. Chaque établissement bénéficie d un accès et contribue comme il le souhaite et quand il le souhaite. Etablissements et auteurs des images sont clairement identifiés.

7 Un site Web dédié à l herbier collaboratif Libre d accès : consultation par tout internaute des données agrégées par les élèves et les enseignants, et validées par les partenaires. Les auteurs et les établissements sont identifiés et restent propriétaires de leurs images. Un espace qui continuera à s enrichir en fonction des contribution, Une collection de référence, support de diffusion des connaissances sur les espèces traitées Exemples de sites Pl@ntnet

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10 Quand et comment participer? Dans le cadre des enseignements, de clubs, de sorties A titre individuel. La participation à l Herbier peut être un projet en soi ou une composante de n importe quel projet ou activité intégrant ou pouvant intégrer l observation de plantes. Thème : n importe quel thème impliquant les végétaux vasculaires : l arbre de la cour, les plantes de l établissement, plantes médicinales, ornementales, alimentaires, du Parc National ou d une réserve naturelle, de la plage, du bord de route, de la mangrove

11 Quand et comment participer? Sur le terrain : Observations Collecte des données photographiques Collecte des données géographiques Recueil d informations (écoute d animateurs nature par exemple) En classe : Détermination des espèces Description Estimation de la qualité des images Collecte de données bibliographiques Rédaction puis saisie en ligne : des observations des fiches taxonomiques. Géolocalisation

12 La collecte des données photographiques Données récoltées utilisables et exploitables par les scientifiques. Selon le protocole de prise d'images développé dans le cadre du projet scientifique Acquisition de plusieurs images pour chaque individu végétal observé, prises par un seul observateur. Images capturées selon des critères précis. Données complémentaires pour chaque individu observé : date, heure, auteur (= photographe), nombre et détail des photos, lieu, localisation géographique (longitude, latitude, altitude).

13 La collecte des données photographiques Objectif : permettre la meilleure identification possible. Méthode : Choisir une espèce à étudier (le choix d'un arbre en bonne santé, bien positionner dans l espace, au bon stade de développement, doit s'avérer judicieux) Réaliser plusieurs photographies de la même plante : le même jour, avec le même appareil photographique (ou smartphone) avec les mêmes conditions d'observations (lumière, éclairage...). Une définition moyenne peut suffire, toutefois une haute définition peut permettre de retoucher ultérieurement l image pour recentrer le sujet ou sélectionner une zone seulement. Photographier le plus grand nombre d éléments possibles : Port, Feuille, Fleur, Fruit, Ecorce ou Tige, Branche, Disposition des feuilles. Si possible, faire des photographies de plusieurs individus de même espèce pour prendre en compte les variétés de forme et de couleur. (même photographe ou photographes différents)

14 La collecte des données photographiques Source : Dans cet exemple, 6 images du même arbre sont prises par un même observateur le même jour : 1 port général, 2 feuilles, 3 fleurs. La récolte de quelques feuilles pour un scannage haute définition peut parfois être un complément approprié. La récolte de fleurs peut permettre l observation microscopique et la capture d image des grains de pollen.

15 La qualité des images Source :

16 Qualité et catalogage des images Visionner les images et éliminer les images non exploitables avec mesure. Renommer les images, par exemple selon leur auteur : deux première lettres du prénom+deux premières lettres du nom+numéro d ordre. Exemple : Laurence Comte: laco1, laco2,laco3 IMPORTANT: 2 images de la base ne doivent en aucun cas avoir le même nom. Réunir des copies des images dans un seul répertoire.

17 Construire les données associées (métadonnées) Pour chaque observation, noter : le nom scientifique (s aider de livres et du soutien de partenaires adaptés) le nom commun le nom de la Famille de la plante, la localité, + idéalement : longitude, latitude, altitude de la prise de vue la date de la prise de vue le nom et le prénom du photographe ainsi que sa classe et le nom de son école. l'organe photographié La description de la plante l'usage qu'en font les gens (médicinal, cuisine...) d autres renseignements selon votre choix

18 Construire les données associées Ressources bibliographiques : A guide to the plants in Mauritius Mauritian Wildlife Foundation R. Atkinson &J.-C.Sevathian. Guide illustré de la flore de Maurice et des Iles de l Océan Indien Ameenah Gurib Fakim. Les plantes à leur histoire à l Ile Maurice G. Rouillard & J. Guého. Flore des Mascareignes; La Réunion. Maurice. Rodrigues IRD; MSIRI;RBG Kew Ressources humaines : contacts scientifiques à mobiliser ou développer

19 Construire les données associées

20 Consulter et construire la base de données Une base de données collaborative Url générique: Accès en mode Ecriture Login : XXXXXX de type LLBherbiermaurice Mdp : xxxxx Un accès par établissement (à créer) Une fois enregistrer sélectionner la base: «herbier_coll_maurice_1»

21 Créer l accès à la base Se connecter à : Cliquer sur l icône Compléter la fenêtre. Me transmettre le LOGIN pour obtenir les droits d accès à la base. en haut à droite.

22 Consulter la base de données Cliquez sur pni_observation, pour visualiser l ensemble des observations de plantes enregistrées

23 Consulter la base de données Visualiser le détail d une observation Double-cliquer sur le titre de l observation

24 Consulter la base de données Renseignements Accéder aux images Un applet Java permet d accéder aux originaux réunis sur un serveur Cliquer sur une image pour visualiser les images en grand

25 Consulter la base de données

26 Consulter la base de données Visualiser le lieu d une l observation Cocher puis cliquer sur Show the map for the selected entry

29 Consulter la base de données Voir les espèces référencées Cliquer sur l onglet orange et choisir Taxonomie

30 Consulter la base de données Cliquer, pour avoir les genres puis les espèces référencées dans une famille

31 Consulter la base de données Cliquer pour visualiser l ensemble des taxons référencés

32 Consulter la base de données Cocher ou double cliquer pour accéder à la fiche d une espèce

34 Consulter la base de données Cocher puis cliquer sur «Show linked docs for selected docs» pour visualiser les observations enregistrées pour l espèce considérée

36 Construire la base de données Une observation = Une fiche Observation à compléter Des images à joindre. Il faudra indiquer : Un auteur Le lieu d observation Le taxon = l espèce Il est pratique mais pas indispensable d avoir saisi ces éléments avant Utilisation de la fonction auto-completion

37 Construire la base de données Enregistrer une nouvelle observation de plante Cliquer sur «+» pour enregistrer une nouvelle observation de plante

38 Construire la base de données Enregistrer une nouvelle observation de plante Compléter les champs

39 Construire la base de données Si auteur, lieu et taxon existent déjà, ils seront complétés automatiquement. Cliquer pour valider

40 Construire la base de données Utilisation de la fonction autocompletion

41 Construire la base de données Utilisation de la fonction autocompletion

42 Construire la base de données Utilisation de la fonction autocompletion Fonctionnalité indispensable pour créer le lien entre les observations et la taxonomie. Ne pas l utiliser si l identification est incertaine. Cliquer pour valider

43 Construire la base de données Visualiser les informations relatives à votre nouvelle observation Pour modifier la saisie 1 2 Editer la fiche

44 Construire la base de données Rajouter les images 2 3 1

45 Construire la base de données Rajouter les images

47 Construire la base de données Rajouter les images Glisser l image Ou Utiliser la recherche de chemin

49 Construire la base de données Rajouter les images Pour créer successivement les différentes catégories de données avant d intégrer les images

50 Construire la base de données Visualiser la nouvelle observation

51 Construire la base de données Une observation = un individu observé plusieurs images par un observateur à une date donnée à un endroit donné

52 Construire la base de données Créer une localisation 1

53 Construire la base de données Créer une localisation 2 1 3

54 Construire la base de données Créer une localisation compléter

55 Ou positionner directement

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57 Construire la base de données Visualiser la nouvelle localisation Cocher Il est toujours possible d éditer la fiche pour modifier la saisie

58 Construire la base de données Enregistrer une nouvelle fiche «espèce» (fiche taxonomique)

59 Construire la base de données Enregistrer une nouvelle fiche «espèce» (fiche taxonomique) Vérifier que l espèce, le genre et la famille auxquels elle appartient ne sont pas déjà référencés. Selon le cas, cocher (ou cliquer sur) root ou famille ou genre pour commencer la nouvelle saisie pour créer une -Une nouvelle famille -Un nouveau genre dans une famille -Une nouvelle espèce dans un genre

60 Construire la base de données Enregistrer une nouvelle fiche «espèce» (fiche taxonomique) 2 3 1

61 Construire la base de données Enregistrer une nouvelle fiche «espèce» (fiche taxonomique) Compléter le champ par un nouveau nom de famille

62 Construire la base de données Enregistrer une nouvelle fiche «espèce» (fiche taxonomique) 2 3 Sélectionner la nouvelle famille que vous venez de créer

63 Construire la base de données Enregistrer une nouvelle fiche «espèce» (fiche taxonomique) Compléter le champ par un nouveau nom de genre

64 Construire la base de données Enregistrer une nouvelle fiche «espèce» (fiche taxonomique) 2 3 Sélectionner le nouveau genre

65 Construire la base de données Enregistrer une nouvelle fiche «espèce» (fiche taxonomique) Compléter le champ par un nouveau nom d espèce. Compléter les autres champs. Cette saisie peut se faire ultérieurement.

66 Construire la base de données Visualiser une fiche «espèce» (fiche taxonomique) et la modifier Cliquer sur Edit pour afficher la fiche et pouvoir la modifier, la compléter. Sélectionner

67 Construire la base de données : les observateurs Sélectionner pour enregistrer une nouvelle classe ou un nouvel élève indépendamment d une classe.

68 Construire la base de données : les observateurs Compléter le champ par le nom de la classe

69 Construire la base de données : les observateurs Pour enregistrer les élèves d une classe, cocher la classe puis +.

70 Construire la base de données : les observateurs Pour saisir les noms d autres élèves Compléter le champ par le nom d un élève Quand tous les noms des élèves de la classe ont été saisis

71 Construire la base de données : les observateurs Sélectionner pour enregistrer un nouvel enseignant.

72 Construire la base de données : les observateurs Compléter le champ par le nom de l enseignant

73 Construire la base de données : les observateurs

74 Herbier numérique collaboratif de Maurice Si vous souhaitez davantage d explications, Si vous souhaitez échanger au sujet d un projet, Si vous souhaitez participer, Contact : laurence.comte@lyceelabourdonnais.org Tutoriels extraits du diaporama disponibles sur le site :