Manuel de microbiologie appliquée à l usage des techniciens de l agroalimentaire et des laboratoires Partie 1: Microbiologie de base. 1-1-Généralités, origine des microbes. 1-2-Anatomie des microorganismes. 1-2-1-La taille. 1-2-2-La cellule : Membrane. Cytoplasme. Appareil nucléaire. 1-2-3- Les éléments facultatifs : Flagelles. Spores. Capsules. 1-3-Physiologie de la cellule bactérienne. 1-3-1-Environnement : facteurs physico-chimiques intervenants. 1-3-1-1-La température. 1-3-1-2-Le ph ou potentiel Hydrogène (acidité ± forte du milieu). 1-3-1-3-L aw, activité de l eau ou eau libre. 1-3-1-4-Le rh ou potentiel d oxydo réduction (besoins ± en oxygène libre ou dissous). 1-3-2-Besoins énergétiques : nutriments et inhibiteurs. Carbone - azote - phosphore et soufre - minéraux- acides aminés. 1-4-Multiplication. 1-4-1-Mode de reproduction bactérienne: la scissiparité. 1-4-2-Courbes de croissance. 1-4-3-Mesures de croissance bactérienne. 1-5-Le virus et le bactériophage. Partie 2 : Les différents microorganismes rencontrés dans les produits alimentaires et leur environnement. 2-1-Origine : les microorganismes sont partout. 2-1-1-Corps humain ou animal. 2-1-2-Air. 2-1-3-Eaux. 2-1-4-Sols. 2-1-5-Aliments. 2-2- Les coques Gram +. 2-2-1- Micrococcaceae : *Micrococcus. *Staphylococcus. 2-2-2- Deinococcaceae : *Streptococcus. *Leuconostoc. *Pediococcus. *Pneumonoccus.
2-3-Les bacilles Gram +. 2-3-1- Les bacilles Gram + non sporulés : *Lactobacillus. *Listeria. *Erysipelothrix. *Kurthia. *Mycobacterium. *Corynebacterium. *Microbacterium. *Brochothrix. *Arthrobacter. *Propionibacterium. *Cellulomonas. 2-3-2- Les bacilles Gram+ sporulés : *Bacillus. * Clostridium. 2-4-Les coques Gram -. 2-4-1-Neisseria. 2-4-2- Acinetobacter. 2-5-Les bacilles Gram -. 2-5-1- Enterobacteriaceae : *Les coliformes (Citrobacter, Enterobacter,Erwinia ex Enterobacter agglomerans, Hafnia) et *Escherichia coli. *Klebsiella. *Cronobacter (ex Enterobacter sakazakii). *Serratia. *Salmonella. *Shigella. *Yersinia. * Proteus et Providencia. 2-5-2-Pseudomonadaceae : *Pseudomonas. *Xanthomonas. *Alteromonas. *Alcaligenes. *Cytophaga. *Chromobacterium. *Flavobacterium. *Chriseobacterium (ex Flavobacterium). 2-5-3- Vibrionaceae : *Vibrio cholerae, V. parahaemolyticus, V. vulnificus. *Aeromonas. *Campylobacter et Helicobacter. *Plesiomonas. 2-5-4-Brucellaceae :
*Brucella melitensis, B. abortus, B. suis. 2-5-5-Legionellaceae : *Legionella (non alimentaire). 2-6-Les mycètes. 2-6-1- Les levures. 2-6-2- Les dermatophytes. 2-6-3- Les moisissures. *Partie 3 : Origine et rôle des différents microorganismes. 3-1-Source des microorganismes. 3-2-Actions sur les aliments. 3-2-1-Utiles. 3-2-2-Saprophytes. 3-2-3-Nuisibles, altérants la qualité marchande des aliments. 3-3-Actions sur le consommateur. 3-3-1-Aliments vénéneux. 3-3-2-Aliments nocifs. 3-3-3-Aliments toxiques. 3-3-4-Aliments contaminés par des produits chimiques. 3-3-5-Aliments allergisants. 3-3-6-Aliments vecteurs de parasites. 3-3-7-Aliments vecteurs de virus. 3-3-8-Aliments vecteurs de microorganismes pathogènes et/ou toxinogènes. 3-4-Maladies induites par les microorganismes. 3-5-Les toxi-infections alimentaires. *Partie 4 : Le laboratoire de microbiologie des eaux et des aliments. 4-1- Les différents types de laboratoires, généralités. 4-2- Conditions minimales pour la création des divers types de laboratoires. 4-2-1-Salle de prélèvement, type 1. 4-2-2-Mini laboratoire, type 2. 4-2-3-Le laboratoire d auto-contrôle, type 3. 4-3- Le laboratoire de référence, type 4. 4-3-1-Environnement, nuisances. 4-3-2-Spécificité d installation des locaux et besoins en matériels. 4-3-3-Aménagement des différentes salles du laboratoire de microbiologie. 4-3-4-Matériels et suivis des équipements selon la norme NF EN ISO 7218 amendée. 4-3-5-Consommables et petits matériels à usage unique ou non. 4-4- Entretien /nettoyage. 4-5- Procédures techniques. *Partie 5 : Tests de contrôle et mises en analyses, calculs et résultats. 5-1-La normalisation. *ISO. *CEN. *AFNOR.
*Méthodes de routine. *Méthodes validées. 5-1-1-Rédaction d une norme. 5-1-2-Mise à jour des normes à utiliser en microbiologie des aliments et des eaux. 5-2-L échantillon pour analyses. 5-2-1-Généralités. 5-2-2-Prélèvement d échantillons pour analyse microbiologique. 5-2-2-1-Précautions au moment du prélèvement. 5-2-2-2-Liste non exhaustive des matériels nécessaires à la réalisation des divers prélèvements pour analyse microbiologique. 5-2-2-3-Vocabulaire. 5-2-2-4-Contexte du prélèvement. 5-2-2-5-Cas particuliers de divers produits alimentaires : Produits appertisés. Eaux non embouteillées. 5-2-3-Températures de transport des différents types d échantillons vers les laboratoires internes ou externes d analyses. 5-2-4-Traitement de l échantillon à l arrivée au laboratoire. 5-2-4-1-Réception, conditions d acceptation, fiche d enregistrement à l arrivée au laboratoire. 5-2-4-2-Stockage, conservation avant analyse. 5-2-4-3-Stockage, conservation après analyse. 5-3-Les mises en analyses. 5-3-1-Verrerie et consommables. 5-3-2- Les milieux de culture et réactifs. 5-3-2-1-Généralités. 5-3-2-2-Choix des origines commerciales. 5-3-2-3-Préparation des différents milieux de culture au laboratoire. 5-3-2-4-Contrôle à l arrivée au laboratoire, des boîtes de milieux déshydratés ou de composants déshydratés. 5-3-2-5-Validation des lots de milieux fabriqués au laboratoire, par lot autoclavé. 5-3-3-Milieux classiques et Pétri-films. 5-3-4-Mise en analyses. 5-3-4-1-Préparation de l échantillon, de la SM et des dilutions. 5-3-4-2-Dénombrements. 5-3-4-3-Protocole d essais à blanc. 5-3-4-4-Dénombrements et recherches : *Dénombrement des GA 30 C. *Dénombrement des bactéries lactiques. *Dénombrement des Pseudomonas. *Dénombrement des coliformes à 30 C. *Dénombrement des coliformes thermotolérants. *Dénombrement des E.coli β glucuronidase +. *Méthode de routine pour les coliformes et les E.coli. *Dénombrement des Entérobactéries. *Dénombrement des Cronobacter sagazakii. *Recherche des Salmonella.
*Recherche et dénombrement des staphylocoques coagulase +. *Dénombrement des Bacillus cereus présomptifs. *Dénombrement des bactéries SR. *Dénombrement des ASR. *Dénombrement des Clostridium perfringens. *Méthode de routine pour BSR, ASR et Clostridium perfringens. *Recherche et dénombrement des Listeria monocytogenes. *Recherche et dénombrement des Vibrio entéropathogènes. 5-3-5 Analyses particulières ou spécifiques. 5-3-5-1-Les eaux : *Analyses microbiologiques d eau douce, d eau de mer et de glace. *Analyses microbiologiques de l eau traitée pour la consommation et en atelier de transformation agroalimentaire. 5-3-5-2-Produits de la mer, exemple : les crevettes : *Protocole de réception et de mise en analyse des crevettes congelées pour l export. *Protocole simplifié de recherche des Salmonella dans la chair de crevette en auto- contrôle usine. *Protocole simplifié pour la recherche ou le dénombrement des Listeria monocytogenes dans des crevettes ou autres produits de la mer cuits en auto- contrôle d usine. *Protocole de recherche et de dénombrement des Vibrio potentiellement pathogènes par voie digestive dans les crevettes ou les eaux. *Protocole simplifié de dénombrements des Clostridium perfringens dans les crevettes ou autres produits de la mer. 5-3-5-3-Les produits laitiers : *Flore du lait cru à la ferme. *Test de stabilité. *Contrôles libératoires. *Préparation des échantillons pour l analyse microbiologique. 5-3-5-4-Les produits céréaliers : *Mise en analyse des céréales. *Méthode spécifique de dénombrement des levures et moisissures dans les produits à aw faible < 0,95. 5-3-5-5-Les conserves : *Contrôle de la stabilité. *Détermination du ph des conserves. *Tests de stabilité ou stérilité commerciale. *Tests de stérilité ou stérilité biologique. *Identification d un défaut. *Dénombrement des Bacillus et /ou Clostridium thermophiles, spores et formes végétatives. 5-3-5-6-Recherches spécifiques : ABVT et TMA. 5-3-6- Microorganismes à rechercher selon les différentes matrices alimentaires. 5-4-Tests de contrôle de surface. 5-4-1-Méthode destructrice. 5-4-2-Méthode du ruban adhésif. 5-4-3-Boites de Rhodes et LGDR. 5-4-4-Ecouvillons. 5-4-5-Chiffonnettes.
5-4-6-Contrôle de l aero-contamination. 5-4-7-Contrôle des matériels au contact des aliments. 5-4-8-Méthode par enrichissement en milieu liquide. 5-5-Rapports d essais. 5-5-1- Incertitudes. 5-5-2-Validation des résultats. 5-5-3-Rédaction du rapport. 5-5-4-Avis et interprétations. 5-5-5-Traçabilité et archivage. Annexe Index Légende des illustrations