3éme ANNEE FACULTE DE MEDECINE D ALGER.DEPARTEMENT DE MEDECINE.CYCLE GRADUE. COMITE PEDAGOGIQUE DE MICROBIOLOGIE [CAHIER MODULE MICROBIOLOGIE] Dans ce cahier vous trouverez les informations relatives au module : les objectifs d enseignement, les intitulés des cours, les modalités d enseignement, et d évaluation, les références bibliographiques, le programme des cours.
Durée une année 1. Objectifs pédagogiques Objectifs généraux 1) Acquérir les concepts nécessaires pour le diagnostic des infections bactériennes et virales 2) Acquérir les bases nécessaires pour le traitement antibactérien et antiviral 3) Acquérir les connaissances nécessaires pour la mise en place de la prévention primaire et secondaire des infections bactériennes et virales. 4) Appliquer certaines techniques de base de diagnostic bactériologique et virologique au laboratoire BACTERIOLOGIE Objectifs intermédiaires Acquérir les concepts nécessaires pour le diagnostic des infections bactériennes 1. Définir les bases fondamentales de la structure et de la physiologie des bactéries 2. Décrire Les bactéries d intérêt médical et leur pouvoir pathogène. 3. Décrire le diagnostic bactériologique (prélèvements, méthodes et interprétation). Objectifs spécifiques Définir les bases fondamentales de la structure et de la physiologie des bactéries 1) Définir les bactéries 2) Classer les bactéries 3) Décrire les bases de la physiologie bactérienne 4) Définir les principaux éléments génétiques des bactéries. 5) Décrire les principaux mécanismes génétiques des bactéries. 6) Décrire les différents types de relation hôte/bactérie. Décrire les bactéries d intérêt médical et leur pouvoir pathogène. 1) Reconnaitre les caractéristiques morphologiques, culturales et biochimiques spécifiques des bactéries. 2) Décrire les critères de classification des bactéries d intérêt médical en famille, genre et espèce. 1
3) Décrire la physiopathologie des infections bactériennes : porte d entrée, modes de contamination et mécanisme physiopathologique. 4) Décrire le pouvoir pathogène des bactéries. 5) Corréler les bactéries à l infection en cause. Décrire le diagnostic bactériologique 1) Indiquer les différents prélèvements à effectuer, en fonction de l infection et de l agent étiologique suspecté. 2) Décrire les modalités de prélèvement, de transport et de conservation 3) Rappeler l importance de la fiche de renseignement qui doit accompagner le prélèvement 4) Enumérer les différentes étapes du diagnostic bactériologiques direct : microscopie, culture, identification biochimique, identification moléculaire, tests rapides, tests de sensibilité aux antibiotiques. 5) Enumérer les différentes étapes du diagnostic bactériologiques indirect : sérologie, test rapide 6) Indiquer la démarche diagnostic bactériologique à suivre en fonction de l infection et de l agent suspecté, en respectant la hiérarchisation des examens 7) Interpréter les résultats d analyses bactériologiques Objectifs intermédiaires Acquérir les bases nécessaires pour le traitement antibactérien Définir les antibiotiques - Classer les antibiotiques - Définir les modes et spectre d action. - Décrire les principaux mécanismes de résistance aux antibiotiques. - Décrire et Interpréter les résultats des tests de sensibilité des bactéries aux antibiotiques. III - Acquérir les connaissances nécessaires pour la mise en place de la prévention primaire et secondaire des infections bactériennes. 1. Définir les moyens de prévention primaire 2. Définir les moyens de prévention secondaire : sérothérapie 3. Définir les infections associées aux soins et les moyens de prévention 1- Définir les moyens de prévention primaire - Définir les différentes mesures de prévention des infections bactériennes - Définir la vaccination - Décrire les bases immunologiques de la vaccination - Indiquer les différents types de vaccinsbactériens - Lister les indications des différents vaccins - Lister les contres indications des différents vaccins 2
- Lister les effets secondaires des différents vaccins - Décrire le calendrier vaccinal en Algérie 2- Définir les moyens de prévention secondaire : sérothérapie - Définir les différentes mesures de prévention des infections bactériennes - Rappeler les bases immunologiques de la sérothérapie - Lister les indications de la sérothérapie. 3- Définir les infections associées aux soins et les moyens de prévention - Acquérir les concepts d hygiène générale de base : hygiène des mains, hygiène d environnement, les isolements protecteurs et sources - Définir les antiseptiques et leurs indications - Définir les désinfectants et leurs indications - Définir les différentes méthodes de stérilisation IV. Appliquer certaines techniques de base de diagnostic bactériologique au laboratoire. 1. Appliquer des techniques bactériologiques - Effectuer un examen microscopique : lire au microscope optique, mise au point, lecture de lame, état frais, les colorations (Bleu de méthylène, Gram). - Effectuer un isolement sur milieux de culture bactérienne - Reconnaitre les caractéristiques d une culture bactérienne - Reconnaitre les caractéristiques biochimiques d une culture bactérienne - Identifier les bactéries selon leurs caractéristiques culturales et biochimiques. - Lire et interpréter les tests de sensibilité : antibiogramme. OBJECTIFS DE LA VIROLOGIE I- Acquérir les concepts nécessaires pour le diagnostic des infections virales 1- Définir les bases fondamentales de la structure et de la physiologie des virus 2- Décrire Les virus d intérêt médical et leur pouvoir pathogène. 3- Décrire le diagnostic virologique (prélèvements, méthodes et interprétation). 1. Définir les bases fondamentalesde la structure et de la physiologie des virus - Définir les virus. - Classer les virus - Décrire les bases de la physiologie virale. - Définir les principaux éléments génétiques des virus. - Décrire les principaux mécanismes génétiques des virus. 3
- Décrire les différents types de relation hôte/virus. 2. Décrire les virus d intérêt médical et leur pouvoir pathogène. - Reconnaitre les bases morphologiques spécifiques des virus. - Décrire les critères de classification des virus d intérêt médicale - Décrire la physiopathologie des infections virales : porte d entrée, modes de contamination et mécanisme physiopathologique. - Décrire le pouvoir pathogène des virus. - Corréler les virus à l infection en cause. 3. Décrire le diagnostic virologique - Indiquer les différents prélèvements à effectuer, en fonction de l infection et de l agent étiologique suspecté. - Décrire les modalités de prélèvement, de transport et de conservation. - rappeler l importance de la fiche de renseignement qui doit accompagner le prélèvement - Enumérer les différentes étapes du diagnostic virologique direct : recherche d antigène viraux, culture cellulaire, isolement, tests rapides et techniques de biologie moléculaire. - Enumérer les différentes étapes du diagnostic virologique indirect : tests immunoenzymatiques, tests d agglutination, tests rapides. - Indiquer la démarche du diagnostic virologique à suivre en fonction de l infection et de l agent suspecté, en respectant la hiérarchisation des examens - Interpréter les résultats d analyses virologiques II -Acquérir les bases nécessaires pour le traitement antiviral 1. Définir les antiviraux - Classer les antiviraux - Définir le mode d action et les cibles des antiviraux - Identifierles limites des antiviraux. - Reconnaitre les indications thérapeutiques des antiviraux. III - Acquérir les connaissances nécessaires pour la mise en place de la prévention primaire et secondaire des infections virales. 1. Définir les moyens de prévention primaire 2. Définir les moyens de prévention secondaire : sérothérapie 3. Définir les infections associées aux soins et les moyens de prévention 1. Définir les moyens de prévention primaire - Définir les différentes mesures de prévention des infections virales - Définir la vaccination - Décrire les bases immunologiques de la vaccination - Indiquer les différents types de vaccins viraux - Lister les indications des différents vaccins - Lister les contres indications des différents vaccins - Lister les effets secondaires des différents vaccins - Décrire le calendrier vaccinal en Algérie 4
2- Définir les moyens de prévention secondaire : sérothérapie - Définir les différentes mesures de prévention des infections virales - Rappeler les bases immunologiques de la sérothérapie - Lister les indications de la sérothérapie. 3- Définir les infections associées aux soins et les moyens de prévention - Acquérir les concepts d hygiène générale de base : hygiène des mains, hygiène d environnement, les isolements protecteurs et sources - Définir les antiseptiques et leurs indications - Définir les désinfectants et leurs indications - Définir les différentes méthodes de stérilisation V. Appliquer certaines techniques de base de diagnostic virologique au laboratoire. 1. Appliquer des techniques virologiques - Lire et interpréter les tests immunoenzymatiques : Elisa, western Blot - Lire et interpréter les tests d agglutination - Lire et interpréter les tests rapides - Décrire les différents types de cultures cellulaires - Identifier les virus selon l Effet cytopathogène (ECP) sur 5
2. INTITULES DES COURS 1 TRIMESTRE 1. Le Monde Microbien 2. Généralités classification et structure bactérienne 3. Physiologie bactérienne 4. Génétique bactérienne 5. Relation hôte bactérie, flore normale 6. Manifestations du conflit hôte bactérie 7. Les Antibiotiques : Classification 8. Les Antibiotiques : Les résistances 9. Rôle du laboratoire. dans le suivi du TRT antibiotique 10. Antiseptiques, désinfectants et stérilisation 11. Les vaccins bactériens 12. Les principaux groupes de germes en pathologie humaine (cocci à Gram(+) et Gram (-) 13. Les principaux groupes de germes en pathologie humaine (bactéries à Gram négatif : entérobactéries, pseudo, vibrio) 2 TRIMESTRE 1. Bactéries Gram(-): haemophilus, bordetella, brucella, campylo, hélico, legionnelle 2. Les bactéries anaérobies 3. Les principaux groupes de germes en pathologie humaine (bacilles à gram(+) :listéria, coryné, bacillus et mycobactéries) 4. Diagnostic bactériologique : les prélèvements et les méthodes de diagnostic 5. Les Virus : Définition, Structure et Classification 6. Multiplication des Virus des Animaux 7. Physiopathologie des Infections virales (1) 8. Physiopathologie des infections virales (2) 3 TRIMESTRE 1. Virus à ADN : Herpesviridae 2. Autres virus à ADN : Adenovirus, Papillomavirus, Papovavirus 3. Virus à ARN : Picornaviridae, Rétroviridae 4. Diagnostic Virologique 5. Traitement et Prévention des Infections Virales (1) 6. Traitement et Prévention des Infections Virales (2) 6
3. MODALITES D ENSEIGNEMENT Cours magistraux, Travaux Dirigés 4. MODALITES D EVALUATION Epreuve sous forme de QCM 5. REFERENCES BIBLIOGRAPHIQUES Berche P, Gaillard JL, Simonet M. Bactériologie. Bactéries des infections humaines. Collection de la biologie à la clinique. Médecine-Sciences Flammarion. 1988. 658 pages. Avril JL, Dabernat H, Denis F et Monteil H. Bactériologie clinique. Edition Marketing. 1992. 511 pages. Nauciel C, Vilde JL. Bactériologie médicale. Collection «Abrégés connaissances et pratique». Editions Elsevier/ Masson. 2009. 258 pages Site WEB :www.microbes-edu.org/etudiant/sombacterio.htm RESPONSABLE DU MODULE : Pr S.BOUZEGHOUB 7
PROGRAMME DES COURS Dimanche- Mercredi : ANNEXE MAHERZI. Amphi B INTITULE DES COURS Groupe A Dimanche Groupe B Mercredi Enseignants 15h15-16h30 13h30-15h Le Monde Microbien 04 Oct 2015 07 Oct 2015 Pr. AMHIS Généralités classification et structure bactérienne 11 Oct 2015 14 Oct 2015 Pr. YALA Physiologie bactérienne 18 Oct 2015 21 Oct 2015 Pr. BENSLIMANI Génétique bactérienne 25 Oct 2015 28 Oct 2015 Dr. NAIT KACI Relation hôte bactérie, flore normale Manifestations du conflit hôte bactérie 01 Nov 2015 04 Nov 2015 Dr MECHOUET 08 Nov 2015 11 Nov 2015 Dr. FERRAD Les Antibiotiques : Classification 15 Nov 2015 18 Nov 2015 Dr. MECHOUET Les Antibiotiques : Les résistances 22 Nov 2015 25 Nov 2015 Dr. ZIANE Rôle du laboratoire. dans le suivi du TRT antibiotique Antiseptiques, désinfectants et stérilisation 29 Nov 2015 02 Dec 2015 Dr. BENAMROUCHE 06 Dec 2015 09 Dec 2015 Pr. AMHIS Les vaccins bactériens 13 Dec 2015 16 Dec 2015 Pr. BENSLIMANI VACANCES D HIVER Les principaux groupes de germes en pathologie humaine (cocci à Gram(+) et Gram (-) Les principaux groupes de germes en pathologie humaine (bactéries à Gram négatif : entérobactéries, pseudo, vibrio) Dr. FERRAD Pr. AMHIS 8
Bactéries Gram(-): haemophilus, bordetella, brucella, campylo, hélico, legionnelle Les bactéries anaérobies Les principaux groupes de germes en pathologie humaine (bacilles à gram(+) :listéria, coryné, bacillus et mycobactéries) Diagnostic bactériologique : les prélèvements et les méthodes de diagnostic Les Virus : Définition, Structure et Classification Multiplication des Virus des Animaux Physiopathologie des Infections virales Dr. NAIT KACI Pr. BENSLIMANI Dr.BENAMROUCHE Dr. AMMARI Dr. BOUZEGHOUB Dr. GOURARI Dr. BENSALEM Virus à ADN : Herpesviridae Dr. DERRAR Vacances de printemps Virus à ADN : Adenovirus, Papillomavirus, Hepadnavirus Virus à ARN : Virus des Hépatites C, A et E Virus à ARN : Picornaviridae, Rétroviridae Dr. YEDDOU Dr BENSALEM Dr. BOUZEGHOUB Virus à ARN : Paramyxoviridae Orthomyxoviridae Diagnostic Virologique Traitement et Prévention des Infections Virales Dr DERRAR Pr. SEGHIER Dr. YEDDOU 9