Neurinfo Plateforme d imagerie et de neuro informatique Christian BARILLOT Unité/Projet VisAGeS U746 INSERM INRIA /IRISA Directeur Plateforme Neurinfo 01/07/2016 1 Programme de la journée 1
Neurinfo: Quelle est la motivation? Promouvoir et accompagner la recherche depuis la question clinique/scientifique fondamentale jusqu à l exploitation: RECHERCHE TRANSLATIONNELLE!!! Recherche Clinique Thématiques : Neurosciences cliniques : recherche sur les outils et les pathologies neurologiques (e.g., SEP, épilepsie, lésions cérébrales, démences, Parkinson, maladies psychiatriques) Neuroinformatique : capteurs d imagerie (IRM), logiciels d analyse d images, mise en commun et partage Plateforme ouverte aussi à d autres domaines cliniques utilisant l imagerie IRM et PET (e.g. imagerie thoracique et abdominale, oncologie ) Exploitation Traitement des données Développement de nouveaux outils Recherche Fondamentale Acquisition Mise au point de protocoles Développement et optimisation de séquences d imagerie Recherche Translationnelle Recherche Technologique Gestion et partage des données (Shanoir) 3 Neurinfo: Qu est ce que c est? Un partenariat entre Université de Rennes I, Inria et le CHU de Rennes Des équipements d imagerie Imaging au CHU Un IRM 3T Verio Siemens avec stimulateurs pour imagerie fonctionnels, 2009, Système EEG 64 voies compatible IRM (BrainProducts), 2014 Simulateur IRM MRI (PST Inc.), 2015 Des équipements de Neuroinformatique, au centre Inria, 2015-2016 Data center (60 TB) opéré par la platforme Shanoir (http://shanoir.org) Cluster de calcul intégrée Igrida (480 cores dédiés) 2
Nœud de ressource en neuroinformatique (Calcul / Stockage) Register Derived DB NAS > 50TB d'archivage Query Retrieve Store Execute Workflow manager Lames bipro/quadricoeurs pour cluster de calcul Computing infrastructure Compute/Display Shanoir @ Neurinfo Déploiement de Shanoir dans le contexte de Neurinfo Réseau Hôpital Données anonymes 09/2013 09/2014 09/2015 05/2016 Centers 27 31 42 50 Users (active) (53) 118 (52) 178 (66) 206 (99) Studies 53 60 70 121 Subjects 1706 2228 2833 3243 Examinations 2268 3157 4005 4531 Datasets - 114 441 151582 176356 IRM Données nominatives Conduite et suivi des études Utilisateurs PACS recherche Accès aux données https://shanoir.irisa.fr:8443/shanoir SHANOIR Import de données externes DICOM Raw data (Dicom) Processed data (Nifti) 2 000 1 750 1 500 1 250 1 000 750 500 250 0 1 126 GB (1.1 TB) 989 GB (0.9 TB) 1 434 GB (1.4 TB) 1 331 GB (1.3 TB) 1 588 GB (1.5 TB) 1 758 GB (1.7 TB) Data volume on Shanoir (Go) 2060 GB (2 TB) 1841 GB (1.8 TB) à 30 GB / month à 360 GB / year 3
Activité support et animation Staff I. COROUGE IR Imagerie, IR UR1 (Déc. 2014) E. BANNIER IR Biophysique IRM, IR CHU (Avril 2014), sur recettes propres Neurinfo Staff CHU: manipulateurs, temps radiologue/secrétariat, sur recettes propres Neurinfo Ingénieur(e)s CDD en fonction des contrats et des ressources propres Accompagnement des usagers Recherche de financements Démarches réglementaires Elaboration du protocole d imagerie, support technique Archivage (PACS + Shanoir) et analyse des données Participation à la rédaction des publications Comité des usagers Forum annuel avec cliniciens, scientifiques, acteurs locaux en imagerie Appels d offres 2011, 2012, 2013, 2014 et 2015 du CORECT Accompagnement financier annuel : 50 heures d IRM (équivalent à 30 k ) 8 projets financés en 2011, 2012, 2013 et 2015 Démarche Qualité Dépôt et acceptation des demandes: «Fiche Projet» Mutualisation de ressources à travers l intégration dans Biogenouest Audit financier (KPMG) pour élaboration d une grille tarifaire Comment se passe un projet? 1. Rencontre avec le staff et/ou direction 2. Dépôt d une fiche projet et validation par la direction après itération et évaluation sur critères: Qualité et potentiel Scientifique du projet Faisabilité technique Capacité d autofinancement Potentiel structurant du projet, capitalisation pour Neurinfo, pour ses partenaires et pour le site Définition du porteur et de l établissement partenaire Estimation du type de service et prestations associées (acquisition, traitement, gestion, interprétation, stockage ) 3. Assistance à la recherche de financements Couts IRM: base à 600 /h, +50% sur prestations privées, subvention Neurinfo à 50% pour les partenaires académiques, voire à 100% pour les études pilotes 4. Démarrage de l étude 9 4
Grille tarifaire actuelle Tarifs 2016 : Décision comité de concertation: maintien des tarifs recherche actuels en 2017 ajout d un tarif recherche en soin courant à partir de Sept. 2016: Pris en charge par le CHU Conditionné à un accord préalable du CHU évolution des tarifs de recherche après 2017 pour tenir compte de l actualisation des coûts complets BILAN D ACTIVITÉ 2014-2015 5
RAPPEL BILAN D ACTIVITÉ 2014 Nombre de projets 80 70 60 50 40 30 20 10 0 Nombre de protocoles actifs par année 8 20 1 Projets scientifiques Promotion industrielle Promotion institutionnelle Promotion partenaires 18 14 9 6 2 1 4 6 17 11 10 10 15 16 12 13 11 20 21 20 11 12 20 20 2009 2010 2011 2012 2013 2014 2015 - Q1 7% 14% 2014 - Répartition de l'activité (en heures) 11% 14% 9% 45% Activité clinique CHU- Rennes PROMOTION PARTENAIRES PROMOTION INSTITUTIONN ELL E PROMOTION INDUSTRIELLE PROJETS SCIENTIFIQUES DIVERS (Qualité, formations, visites) En 2014 63 projets ont eu cours 20 nouveaux projets, dont: 4 projets internes à la plateforme (R&D PF) 11 projets académiques 5 projets privés 2 projets de l unité VisAGeS 7 projets régionaux 2 projets nationaux 1 projets européens 5 projets internationaux Taux d occupation: 73% 2014 - Répartition de l'activité par type d'organe 100% 13 16 16 9 90% 16 80% 16 CARD IO-VA SC 70% 22 32 37 28 60% ABDO 50% 40% NEURO 71 30% 63 53 54 56 20% 10% 0% Protocoles Protocoles en soins courants Protocoles injectés Examens D urée BILAN D ACTIVITÉ 2015 En 2015 68 projets ont eu cours 21 nouveaux projets, dont : 5 projets internes à la plateforme (R&D PF) 12 projets académiques 4 projets privés 4 projets de l unité VisAGeS 4 projets régionaux 4 projets nationaux 4 projets internationaux 6
Bilan année écoulée : faits marquants Rayonnement Label «en émergence» du GIS IBISA Recherche et Développement Imagerie hybride EEG-IRM : Nouveau système EEG-IRMf temps réel Protocole neuro-feedback hybride Projet HEMISFER Financement Labex CominLabs Imagerie de perfusion cérébrale : Optimisation séquence à usage multicentrique Outil logiciel de contrôle qualité Projet CATI : ingénieur en CDD (17 mois) financé par le CEA PROSPECTIVE 7
Evolution du matériel IRM IRM 3T haute performance Utilisation de nouveaux systèmes de radiofréquences et de nouvelles antennes haute performance (128 voies) Utilisation de gradients plus performants Augmentation SNR/résolution/stabilité Utilisation de nouvelles séquences optimisées pour l imagerie quantitative ou de l imagerie à haute résolution (spatiale et temporelle) pour : IRM de diffusion multi-compartiments imagerie ASL 3D multiparamétrique imagerie de relaxométrie multi-compartiments (imagerie de la myéline pour caractériser les anomalies des tissus du cerveau). Plateforme de recherche translationnelle unique dans le Grand Ouest QUESTIONS DIVERSES? 8