Rapport annuel d'activité, année 214 Laboratoire National de Référence OGM dans le maïs (parties végétatives) et pommes de terre, betteraves, riz, coton et blé (semences et parties végétatives) Nom du responsable du LNR Poliakoff Françoise Nom de l'unité où l'activité du LNR est mise en œuvre Unité Bactériologie, virologie et OGM Nom du laboratoire où l'activité du LNR est mise en œuvre Laboratoire de la Santé des Végétaux (LSV) Nombre de laboratoires agréés et/ou reconnus dans le réseau Précisez la catégorisation du danger (en SA) sinon la justification de l'existence du mandat de LNR Le mandat de LNR est précisé dans l arrêté du 16 juillet 213 désignant les laboratoires nationaux de référence dans le domaine de la santé publique vétérinaire et phytosanitaire. 1
Introduction Les faits marquants de l'année En 214, le laboratoire a réalisé des analyses dans le cadre d une alerte relative à la présence fortuite d OGM dans des lots commerciaux de semences de maïs déjà mis en culture. Le niveau de détection à atteindre a nécessité la mise en œuvre des analyses sur des échantillons composés d environ 3 plantules contre 5 à 1 pieds en surveillance classique. Le laboratoire a par ailleurs poursuivi les travaux de validation des méthodes de détection des OGM sur l ensemble des espèces pour lesquelles il disposait d un mandat de référence et engagé des travaux sur de nouvelles espèces (tomate en particulier, avec les semences) du fait de l extension de son périmètre de référence aux espèces potagères (arrêté du 18 décembre 214). Plusieurs dossiers ont été finalisés : - sur betterave : validation de la préparation des échantillons et de l extraction de l ADN (feuilles, semences et tubercules) et validation de la méthode PCR taxon-spécifique ; - sur blé : validation de la préparation des échantillons et de l extraction de l ADN à partir de feuilles et semences ; - sur riz : validation de la préparation des échantillons et de l extraction de l ADN à partir de semences et validation des méthodes de détection de P35S, Tnos et CryIab/Iac par PCR temps réel Sybrgreen. Le laboratoire a par ailleurs développé et validé de nouveaux outils de détection (criblage) ou d identification des OGM par PCR multiplexe. Enfin, le laboratoire a engagé une étude pilote pour la détection des OGM non autorisés voire inconnus par approche NGS. 1. Méthodes développées ou révisées Nombre de méthodes développées ou révisées proposées à l autorité compétente 15 Donner le nom et une brève description de chacune de ces méthodes Les méthodes validées en 214 sont les suivantes : - méthode de préparation des échantillons et d'extraction d'adn à partir d'échantillons de semences et de feuilles de blé (2) - méthode de préparation des échantillons et d extraction ADN à partir de feuilles, semences et tubercules de betterave (3) - méthode de préparation des échantillons et d extraction ADN à partir de semences de riz (1) - méthode de détection du CBH351 (révisée) et LY38 (révisée) et 537 (nouvelle) sur maïs 2
par PCR temps réel (3) - méthode de détection de l AMO4-12 sur pomme de terre (1) - méthode de détection du MON531 sur coton (1) - méthode de détection et quantification de l endogène de la betterave (1) - méthodes de détection du P35S et du Tnos sur coton (2) - méthodes de détection de P35S, Tnos et CryIab/Iac (chimie Sybrgreen) sur riz (3) Remarque : Les méthodes développées par l équipe OGM du LSV ne sont pas proposées formellement à l autorité compétente à travers un processus officiel mais intégrées à l offre de prestations du laboratoire (absence de réseau de laboratoires agréés). Nombre de méthodes développées ou révisées qui sont susceptibles d être prêtes pour être proposées à l autorité compétente au cours de l année N+1 3 Donner le nom et une brève description de chacune de ces méthodes - méthode de criblage multiplexe P35S/Tnos/CTP2-CP4-EPSPS/Pat/Bar par PCR temps réel utilisable pour les différentes espèces du mandat LNR - méthode de préparation des échantillons et d'extraction d'adn à partir de semences de tomates - méthode de préparation des échantillons et d'extraction d'adn à partir de semences de coton 2. Matériels biologiques ou chimiques, matériaux de référence et échantillons et souches d'intérêt Décrire ici les collections d'échantillons biologiques ou d'autre nature (environnement, aliment...) conservés par le LNR; indiquer les méthodes de conservation, la température, le nombre de "repositories", le nombre d'échantillons par souche, l'enregistrement associé...). Le LNR OGM d Angers maintient une collection d environ 5 événements de transformation sur différentes espèces végétales. Les échantillons de référence peuvent être sous différentes formes : poudres certifiées, ADN génomique ou plasmides. Lorsqu ils sont sous forme de poudre, ils sont extraits puis dosés avant utilisation Nombre de souches/échantillons reçu(e)s et mis(es) en collection dans l'année 3 3
Nombre de souches/échantillons maintenu(e)s au total 145 3. Activités d'analyse 3.1 Analyses officielles de première intention Nombre d'analyses de première intention réalisées dans l'année (de biotypie, sérotypie, caractérisation moléculaire...) 728 Détaillez ici par type d'analyse de première intention Dans le détail, les deux types d analyses de première intention réalisées en 214 sont : - Des analyses de détection d OGM sur feuille de maïs : 665 analyses - Des analyses de détection, identification et quantification d OGM sur semences de maïs : 63 3.2. Analyses officielles de confirmation Nombre d'analyses de seconde intention réalisées dans l'année (de biotypie, sérotypie, caractérisation moléculaire...) 3.3. Autres analyses Nombre estimé d'autres analyses (non officielles) réalisées dans l'année en lien avec le mandat de LNR 7466 Détaillez ici par type d'autres analyses L EILA auquel le laboratoire a participé en 214 a engendré 12 analyses (qualitatives ou quantitatives) sur semences de maïs Le laboratoire a également participé à plusieurs études de transférabilité et essais-interlaboratoires de validation de méthodes dans le cadre du projet GMOVal : - Etudes de transférabilité des méthodes Cry3Bb (criblage, par PCR Sybrgreen), te9 4
(endogène du pois, Taqman), pat/bar (criblage, PCR Taqman duplexe), lectine (endogène du pois, Taqman) - EILV pour les méthodes Cry3Bb (criblage, par PCR Sybrgreen) et pat/bar (criblage, PCR Taqman duplexe). Le laboratoire a également participé à l EILV organisé par le LRUE pour la détection et la quantification de la méthode pour l événement DAS81419 sur soja. Ces participations ont généré près de 6 analyses. Les autres analyses ont été effectuées dans le cadre des divers travaux de développement de méthodes tels que mentionnés ci-dessus, avec une part importante liée à la validation intra-laboratoire de PCR multiplexes, dont une de criblage, nécessitant de nombreux tests. 4. Activités de production et de contrôle de matériaux de référence et de réactifs biologiques Le LNR produit-il et fournit-il des réactifs? Le LNR fournit-il des matériaux de référence? Le LNR réalise-t-il des contrôles de réactifs commerciaux? 5. Activités d'expertise scientifique et technique 5.1. Demandes d expertise scientifique et technique du ministère (chargé de l agriculture, santé, etc ) ou d instances communautaires et internationales qui concernent votre domaine de compétence Nombre de rapports d'est rendus dans l'année 1 Détaillez ici les demandes d'est et les noms des mandataires Note de veille générale sur les espèces végétales GM (avril 214) pour la DGAL (BBBQV) 5.2. Autres expertises Les membres de l'équipe du LNR peuvent avoir des activités d'expertise (internes: 5
CES, GT ou externe: EFSA...) ou des activités auprès de commissions de normalisation (Afnor...). Détaillez ici ces activités et estimez le temps qui y est consacré. Les autres expertises menées par l équipe concernent d une part le réseau européen ENGL, à raison d environ 2h en 214, en tant que membre du groupe de travail ENGL sur l interprétation des résultats et les rapports OGM (DIR). L équipe est aussi investie pour son expertise en tant que membre de la Commission AFNOR/V3E "Méthodes de détection par biologie moléculaire dans le domaine végétal et produits dérivés", et plus particulièrement dans la révision de la norme priso13484 (activité relative à la détection des organismes nuisibles en santé des végétaux par biologie moléculaire). L ensemble de ces expertises dans les groupes AFNOR a représenté 4 jours en 214. 5.3. Dossiers de demande d'agrément Nombre de dossiers de demande d'agrément étudiés dans l'année 5.4. Activités de conseil aux professionnels Détaillez ici ces activités et estimez le temps qui y est consacré Aucune en 214 6. Animation du réseau de laboratoires officiels 6.1. Organisation d'eila Précisez ici le nombre d'eila organisés par le LNR au cours de l année N Nom (s) et nombre(s) d'eila que vous prévoyez d'organiser au cours de l année N+1 Précisez le nombre d'eil (hors EILA - dont EILV en lien avec méthodes en cours de validation telles que précisées dans le paragraphe 1) organisés par le LNR au cours de l année N 6
1 Détaillez ici le nombre de laboratoires ayant participé pour chaque EIL (hors EILA) 2 laboratoires (dont le LNR) : un EILV (étude de caractérisation et de transférabilité) a été organisé fin 214 pour la validation de la méthode multiplexe événement-spécifique développée sur maïs Précisez le nombre d'eil (hors EILA) que vous prévoyez d'organiser au cours de l année N+1 6.2. Formation, organisation d'ateliers, accueil de stagiaires Nombre de journées d'échange et de restitution rassemblant les laboratoires agréés du réseau, organisées dans l'année Nombre de sessions de formation des personnels des laboratoires agréés aux méthodes utilisées pour les contrôles officiels, organisées dans l'année 6.3. EILA auxquels le LNR a participé dans l'année Détaillez les EILA auxquels le LNR a participé dans l'année, dans le cadre : National; UE (EILA organisé par le LRUE); International International : EILA organisé par l USDA en avril 214 sur la détection et quantification de différents OGM sur semences de maïs 7. Participation aux activités de surveillance 7.1 PS/PC Existe-t-il un ou plusieurs PS/PC élaboré(s) par l'autorité sanitaire dans le champ du LNR? Oui : plan de contrôle vis-à-vis de l interdiction de la mise en culture de maïs GM (reconduit chaque année) ; Ponctuel en 214 : analyses sur plants de maïs dans le cadre d une alerte 7
transmise aux autorités sanitaires Remarque : D autres laboratoires participent au dispositif de surveillance OGM (Geves et SCL-Strasbourg) 7.2 Activités de surveillance hors PS/PC 7.2.1 Dispositif(s) hors PS/PC Indiquer si le LNR est intégré à un (ou des) dispositif(s) de surveillance (hors PS/PC)? 8. Activités de recherche en lien avec l activité de référence 8.1. Recherches méthodologiques pour la référence Détaillez ici les recherches méthodologiques que vous avez réalisées dans l'année : objectifs, partenariats, apports du LNR, projets retenus dans le cadre d'appels à projets... De manière générale, le laboratoire vise à proposer dans son domaine de référence une offre de prestations la plus large possible en matière de détection et d identification d OGM, autorisés ou non. A ce titre, il valide progressivement tous les protocoles de préparation des échantillons sur les différentes espèces et matrices, les méthodes de criblage OGM en choisissant les plus pertinentes ainsi que les méthodes d identification requises. Pour ce faire, il assure une veille scientifique et technique et recherche en permanence les témoins nécessaires à ces activités. En 214, le laboratoire a engagé des travaux visant à élargir les capacités de détection du laboratoire en : - Procédant à des essais de synthèse de témoins positifs à partir de données de séquences obtenues ; - Engageant un projet de recherche pilote sur la détection OGM par NGS en collaboration avec la Plateforme NGS de l'anses basée à Ploufragan et le Geves. Le laboratoire a également procédé à des essais de préparation et extraction d ADN à partir de différentes semences et feuilles d espèces végétales potagères. Enfin, le laboratoire a été sollicité pour la première fois en 214 et à 3 reprises pour procéder à du peer-review d articles pour différentes revues. 8.2. Recherches associées pour la référence Détaillez ici les recherches associées auxquelles vous avez participé dans l'année (participations à des études cliniques, études d'incidences, modèles d'infections expérimentales, études toxicologiques, essais vaccinaux...): objectifs, partenariats, 8
apports du LNR, projets retenus dans le cadre d'appels à projets... Aucune en 214 9. Relations avec le CNR Existence d'un CNR 1. Autres mandats Le LNR détient-il d'autres mandats de référence dans le même domaine de compétences 9