Rencontres RBDD Paris, 20-22 novembre 2013 GBIF : Global Biodiversity Information Facility Système Mondial d Information sur la Biodiversité Anne-Sophie Archambeau (archambeau@gbif.fr ou gbif@gbif.fr) Marie-Élise Lecoq (melecoq@gbif.fr ou gbif@gbif.fr)
The Global Biodiversity Information Facility Objectif La diffusion libre, gratuite et universelle, via Internet, de données scientifiques et d'informations relatives à la biodiversité Moyen Créer des systèmes interopérables, formant ainsi un réseau distribué de bases de données scientifiques sur la biodiversité.
Organisation du GBIF Governing Board Comité exécutif comité pour le budget Comité des noeuds participants comité scientifique Secrétariat Directeur Agents 105 Participants 46 membres divers : associations, consortiums, 59 pays
www.gbif.org + de 400 millions de données + de 10 000 jeux de données Spécimens, observations, listes de noms
Data Paper Une incitation à la publication des données de biodiversité
Data Paper : qu est-ce que c est? Une publication scientifique dont le but principal est de décrire un ensemble de données ou un groupe d'ensembles de données, plutôt que de rendre compte d analyses et de résultats de recherche.
Data Paper : avantages DOI : indexation et citation - indexés par Web of Knowledge (ISI), PubMedCentral, Scopus, Zoological Record, Google Scholar, CAB Abstracts, DOAJ, EBSCO. Promouvoir et faire connaître les données Reconnaissance des éditeurs de données via une publication scientifique Décrit les données sous forme structurée et lisible par un humain
Une proposition concrète récente Depuis le développement des BD et des projets d informatisation, la mauvaise valorisation du temps passé à informatiser des données et des connaissances est dénoncée par les scientifiques. => Une réflexion conjointe du GBIF et de l éditeur de revues PENSOFT a abouti à une proposition en 2011 : Le Data Paper
Récompenser la publication de données Metadata document Data Paper
Workflow Integrated Publishing Toolkit (IPT) v. 2.0.2 facilitate authoring of metadata and auto-generation of Data Paper manuscript Source: Chavan and Penev (in press). Data Paper: A mechanism to incentivise data publishing in biodiversity science. BMC Bioinformatics (special supplement), in press
Le profil de Metadonnées GBIF (GMP), implémenté dans l IPT, est basé sur Ecological Metadata Language (EML) http://www.gbif.org/resources/2559
Integrated Publishing toolkit (IPT)
Métadonnées et IPT
Métadonnées et IPT
Data hosting centers
http://gbrds.gbif.org/browse/agent?uuid=9dae1f a0-5800-4f18-8f4e-a87f05c73eb1
L ajout d analyses statistiques ou de représentations graphiques est possible
Data Paper progression... 45 40 40 35 Data Papers 30 25 20 15 13 Anticipated 10 5 0 4 1 1 2011 2 2012 3 2013 4 2014
Prochaine étape : texte et publication des données intégrés
récolte des données directement depuis l article
http://www.nature.com/scientificdata/ LAUNCHING in 2014 www.gbif.fr
Diapo de Vishwas Chavan : Exploring the future of scholarly publishing of biodiversity data, TDWG 2013
Ressources sur les data papers: http://www.gbif.org/publishingdata/datapapers
Ressources sur les data papers List of IPT installations supporting Data Paper authoring http://tools.gbif.org/data-paper-authoring PenSoft s IPT based data Hosting Center http://ipt.pensoft.net/ipt PenSoft Data Publishing Policies and Guidelines for Biodiversity Datahttp://www.pensoft.net/J_FILES/Pensoft_Data_Publi shing_policies_and_guidelines.pdf
Nouveau portail international : les actualités
Nouveau portail international : les actualités
Nouveau portail international : les actualités
Nouveau portail international : les actualités
Nouveau portail international : les actualités
Nouveau portail international : les actualités
Nouveau portail international : les actualités
Nouveau portail international : rechercher les données concernant un pays
Nouveau portail international : rechercher les données concernant un pays
Nouveau portail international : données provenant d un pays
Nouveau portail international : informations sur un pays
Nouveau portail international : actualités d un pays
Nouveau portail international : rechercher les données par occurrences
Nouveau portail international : rechercher les données par occurrences
Nouveau portail international : rechercher les données par occurrences
Nouveau portail international : rechercher les données par occurrences
Nouveau portail international : rechercher les données par occurrences
Nouveau portail international : rechercher les données par occurrences
Nouveau portail international : rechercher les données par occurrences Tout télécharger Récapitulatif des filtres
Nouveau portail international : rechercher les données par occurrences
Nouveau portail international : rechercher les données par taxon
Nouveau portail international : rechercher les données par taxon
Nouveau portail international : rechercher les données par taxon
Nouveau portail international : rechercher les données par taxon
Nouveau portail international : rechercher les données par taxon
Nouveau portail international : rechercher les données par taxon
Nouveau portail international : rechercher les données par jeux de données
Nouveau portail international : rechercher les données par jeux de données
Nouveau portail international : rechercher les données par jeux de données
Nouveau portail international : rechercher les données par jeux de données
Nouveau portail international : rechercher les données par fournisseurs de données
Nouveau portail international : exemple de Diveboard www.diveboard.com Photo de Doug Anderson Diveboard est une plate-forme de science participative sur la plongée, où les plongeurs peuvent numériser ou enregistrer leurs plongées. Cette base de données contient toutes les observations faites par les Diveboarders à travers le monde (principalement des poissons) Les données sont connectées au portail GBIF : 15669 occurrences actuellement et reliées à Encyclopedia of Life.
Nouveau portail international : exemple de Diveboard Ces données permettent de visualiser l expansion d espèces invasives, comme le poisson Pterois spp. : - Allez sur la page d accueil www.gbif.org, cliquez sur le menu déroulant «Data» en haut de page et sélectionnez «Explore species». - Entrez «Pterois» dans la barre de recherche et cliquez sur «Search». Cliquez sur le premier résultat («Accepted Genus, Pterois Oken 1817»), qui vous envoie vers cette page dédiée au taxon. - Ajustez le curseur temporel sous la carte et vous verrez que le genre Pterois n apparaît dans la région des Caraïbes qu après l an 2000. -Zoomez sur la carte au niveau des Caraïbes, cliquez sur le lien à droite «View records in viewable area» beaucoup d enregistrements individuels ont été fournis par des membres de Diveboard. - Cliquez sur n importe quel enregistrement individuel et vous verrez la localisation exacte de l observation, l heure, la profondeur et le nom du plongeur.
Nouveau portail international : API
Nouveau portail international : API
Nouveau portail international : API - Registery : webservices sur les jeux de données, les nodes, les installations et les organisations. www.gbif.fr http://api.gbif.org/v0.9/node/country/fr - Species : webservices liés aux checklists (ECAT) http://api.gbif.org/v0.9/species/search?q=pum&rank=genus - Occurrences : webservices liés aux occurrences http://api.gbif.org/v0.9/occurrence/counts/year?from=1990&to =2012 - Map : webservices qui permet de générés des cartes http://api.gbif.org/v0.9/map/density/tile?key=fr&x={x}&y={y} &z={z}&type=publishing_country&palette=greens - News Feed : flux RSS et un webservice pour récupéré les document sur Mendeley http://api.gbif.org/v0.9/mendeley/country/fr
Le point nodal du GBIF France Equipe de 6 personnes (dont 4 à temps plein) ayant pour mission: www.gbif.fr Aider à la connexion des données sur le portail GBIF en suivant les standards, protocoles et outils du GBIF Assurer des actions de formation (connexion, qualité des données, utilisation des données accessibles par le GBIF) Collecter des métadonnées sur les ressources de données primaires Informer sur le GBIF, actions, appels à projet Promouvoir et faciliter l utilisation des données et des outils GBIF par les utilisateurs Collaborer avec les autres dispositifs nationaux et internationaux sur la Biodiversité, et avec le secrétariat du GBIF
Contacts www.gbif.fr Equipe GBIF France gbif@gbif.fr Questions techniques melecoq@gbif.fr Prise de contact, données archambeau@gbif.fr pamerlon@gbif.fr Site web: http://www.gbif.fr