Gephi réseaux dynamiques. Clément Levallois Gephi Support Team et professeur à l EMLyon Business School (2014 -)

Transcription

1 Gephi réseaux dynamiques Clément Levallois Gephi Support Team et professeur à l EMLyon Business School (2014 -) V 1.0 Nov

2 Note biographique Formation initiale en économie et sciences de gestion, puis doctorat en histoire des sciences. Je me suis tourné depuis 2008 vers les méthodologies digitales data visualization, analyse de réseaux, natural language processing, applications web, etc. Membre de la Gephi Community Support team Formateur Gephi certifié, créateur de plugins. En poste à la Rotterdam School of Management ( ), professeur à l EMLyon à partir de Contact et remarques: sur ou

3 Une note sur ces slides Signale un point important, une erreur à éviter.

4 Une note sur la dynamique avec Gephi Les résaux dynamiques sont une fonctionalité avancée en dataviz. Nous supposons ici que vous êtes déjà familiarisé avec Gephi. Gephi sera sans doute instable au cours de ces exercices: sauvegardez vos fichiers fréquemment. Le bon côté des choses: aucun autre logiciel ne permet de créer des visualisations dynamiques de réseau aussi facilement. Bravo, vous êtes à la pointe de la visualisation!

5 Topologie dynamique vs attributs dynamiques Topologie dynamique: Signifie que les nodes et leurs liens sont créés et disparaissent au cours du temps. Exemple: Attributs dynamiques: Signifie que les nodes, les liens et leurs labels peuvent changer de taille et de couleur au cours du temps, pour refléter un changement de valeur des attributs dans le temps. Exemple: => La topologie dynamique est facile, les attributs dynamiques sont plus difficiles (mais tellement intéressants!).

6 Créer un réseau dynamique simplement

7 La timeline: commencer par l activer

8 Timeline sélectionner une fenêtre temporelle Quand la timeline est activée, c est toute la période entière qui est sélectionnée par défaut. Sélectionnez une fenêtre temporelle plus courte en tirant les bords vers l intérieur, à l aide de la souris. Tirer ce bord vers la droite Tirer ce bord vers la gauche. Le résultat

9 Animer la timeline 1. Faire glisser la fenêtre temporelle avec la souris (c est ennuyant: lors du glissé, la taille de la fenêtre peut varier.) 2. Ou cliquez sur la flèche (la taille de la fenêtre reste alors stable).

10 Timeline: paramètres pour contrôler l animation 1. Cliquer sur l icône du bas offre trois options supplémentaires: Le temps est-il représenté par des dates ou de simple chiffres arbitraires dans votre fichier? (Gephi devrait pouvoir le détecter automatiquement, donc je déconseille de toucher à ce paramètre). Pour contrôler la vitesse de l animation (voir slide suivant) Utile pour définir une fenêtre temporelle d une durée précise (exactement un an, par exemple).

11 Encore des paramètres Augmenter cette valeur pour ralentir l animation Two bounds: la fenêtre temporelle va glisser en avant. One bound: la fenêtre temporelle va s agrandir, aboutissant à une vue cumulative. Sélectionner pour animer le réseau du futur vers le passé. De petites valeurs rendent l animation plus fluides.

12 Ce qu il est possible de faire au cours d une animation Un layout peut être actif! le réseau changera de position constamment, reflétant l évolution de la topologie au cours du temps. Une opération de ranking peut être active! => Cela changera la couleur / taille des nodes ou de leurs liens en fonction de l évolution de la valeur des attributs. Les filtres peuvent être actifs! cache / révèle certains nodes (en fonction du filtre appliqué), selon l évolution des paramètres du filtre au cours du temps. Jouer sur ces 3 possibilités simultanément est possible mais rendra Gephi instable. Sauvegardez votre travail avant toute animation!

13 Faire tourner un layout pendant une animation Pour essayer: Créer un réseau dynamique (voir slides précédents). Activez la timeline ( ), sélectionnez une fenêtre temporelle que vous faites glisser pour la positionner au début de la timeline. Lancez le layout Force Atlas 2 Cliquez sur le bouton play de la timeline ( ) Ce que vous devriez voir: Les nodes et les liens se repositionnent lorsque le temps avance Cela marche-t-il pour tous les layouts? Non, seulement pour ceux qui tournent en boucle sans interruption Force Atlas, Force Atlas 2 et Fruchterman Reingold sont de tels layouts. Pour savoir si un layout est actif, vérifiez son bouton run : il doit rester rouge, sans revenir à une flèche verte.

14 Appliquer une opération de ranking pendant une animation Redimensionner les nodes Comment le ranking marche-t-il en dynamique? Redimensionner les labels Imaginons un réseau dynamique où les nodes ont un attribut kilogramme. Cet attribut a différentes valeurs à différentes dates. En appliquant un ranking continu, la taille des nodes va changer pour refléter la valeur de cet attribut dans la fenêtre temporelle courante. Node A sera petit en 2013/01/17 parce que son attribut kilo à cette date est 25. (la timeline avance ) En se déplaçant en 2013/03/15, node A grossira (automatiquement) parce que son attribut kilo est de 85 à cette date. Cliquez ici pour activer le ranking continu. Puis appliquez sur Apply.

15 Appliquer une opération de ranking pendant une animation (suite) (voir slide précédent pour le début des explications) Donc, la valeur de l attribut «kilo» dans la fenêtre temporelle actuelle détermine la taille du node mais il y a deux possibilités: - Ranking global (option par défaut): Si l attribut kilo varie de 0 à 100 sur tout le réseau, alors le ranking comparera la valeur courante à cette échelle de 0 à 100. Redimensionner les nodes Redimensionner les labels - Ranking local (il faut cliquer sur l entonnoir): Si l attibut kilo varie de 0 to 100 sur tout le réseau, mais seulement de 0 to 20 dans la fenêtre temporelle considérée, alors chaque node va être redimensionné en comparant sa valeur courante à cette échelle de 0 à 20 ce qui crée forcément des effets de taille plus contrastés que le ranking global. La fenêtre glissant en avant dans le temps, le ranking local est ajusté constamment pour refléter les valeurs extrémales courantes de l attribut. Cliquer ici pour ranking local

16 Tutoriels supplémentaires pour le dynamique avec Gephi Le site web de Gephi: [une vidéo] [un exemple basé sur une visualisation de logs de serveurs]