Informations Complémentaires

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1 Informations Complémentaires Poste 65 MCF 561: Profil court : Génomique et transcriptomique cellulaire à haut débit Short tittle: High throughput genomics and transcriptomics of cellular interactions Enseignement : Recherche : Profil : Profil : Génomique et transcriptomique à haut débit Les enseignements porteront sur les techniques d analyses et d intégration de données à haut débit (NGS-Next Generation Sequencing et «omiques») dans les deux filières BB et BiM du département Biosciences, notamment Expressions des gènes, Mathématiques et informatique du vivant, Bioinformatique et Réseaux biologiques. De part ses compétences, la personne recrutée pourra également s investir dans d autres enseignements de bioinformatique du département et plus particulièrement dans le projet igem demandeur de modélisation en génomique. Elle devra également s'impliquer dans les parcours multidisciplinaires de transition entre le Premier Cycle (PC) et le cycle ingénieur. Le (la) candidat(e) devra posséder une solide formation en biostatistiques et en bioinformatique. Il (elle) devra pouvoir travailler sur des jeux de données issus de la biologie (par exemple l assemblage de génomes ou l analyse de transcriptomes) et maîtriser le questionnement biologique sous-jacent aux approches technologiques développés en informatique ou en mathématique. Teaching: High throughput genomics and transcriptomics Teaching programs will focus on genomics and transcriptomics analyses (NGS-Next Generartion Sequencing and omics data) within two specialties of the Biosciences department, Biochemistry and Biotechnology (BB) and Bio-Informatics and Modelling (BiM). The recruited Assistant Professor will also have the possibility to participate to other bioinformatics courses in the department and especially with the igem program that requires modeling in the field of genomics. The recruited associate professor will be also involved in the "parcours adaptés" of the first cycle. The candidate must have a strong background in biostatistics and bioinformatics. He/she should be able to work on large scale datasets coming from biology (e.g., genome assembling or transcriptome analyses) and to understand the biological questions underlying the developed methodological approaches in computing and mathematics. Département d enseignement : Biosciences Lieu(x) d exercice : INSA de LYON- Nom directeur département : Hubert CHARLES Tel directeur dépt. : directeur dépt. : hubert.charles@insa-lyon.fr Descriptif Dépt : Le département BioSciences de l INSA de Lyon forme des ingénieurs pluridisciplinaires, gestionnaires de projets, ouverts à l international, destinés aux industries de la santé, de l agroalimentaire et de l environnement. Il offre deux filières de formation: Biochimie et Biotechnologies (BB) et Bio- Informatique et Modélisation (BiM). The BioSciences department of INSA Lyon trains multidisciplinary engineers, project managers, open internationally, for health, food and environment industries. It offers two specialities: Biochemistry and Biotechnology (BB) and Bio-Informatics and Modeling (BiM). URL dépt. : Profil : Génomique et transcriptomique des interactions cellulaires La recherche portera sur l utilisation et le développement d outils et de méthodes d analyses de données génomiques et transcriptomiques à haut débit dans le cadre de l étude des interactions cellulaires. Les modèles d étude de l UMR BF2I sont les cellules bactériocytaires d insectes chez le puceron

2 Acyrthosiphon pisum et le charançon Sitophilus oryzae. Ces cellules spécialisées hébergent des bactéries intracellulaires et interagissent avec elles au niveau métabolique et immunitaire. Divers jeux de données transcriptomiques (microarrays et NGS pour l étude de l expression d ARNm et/ou de microarn) ont déjà été produits par l UMR et sont en cours d analyse. De même, le laboratoire est engagé dans des programmes de génomique (séquençage et annotation du génome du charançon et de diverses bactéries symbiotiques chez les pucerons). L UMR affiche la volonté de s orienter vers la biologie des systèmes et la biologie prédictive. La personne recrutée devra s impliquer dans ces programmes transversaux pour appliquer et développer des outils et des méthodes d analyse de données haut-débit. Elle devra intégrer ces données dans les réseaux génétiques, métaboliques et de signalisation cellulaire afin d étudier l interactome hôte-symbiote d une manière systémique et de connaître l origine homéostasique des cellules bactériocytaires. Le(a) candidat(e) devra avoir la capacité de travailler en équipe, tout en faisant preuve d'autonomie. D'excellentes connaissances théoriques et appliquées sont requises dans les domaines de l'analyse de données, de la bioinformatique et de la biologie moléculaire (par ex. programmation de script, maîtrise de R, capacité d analyse des séquences et intégration des données «omiques» dans les réseaux). Ce poste viendra renforcer le potentiel de compétences de la plateforme math-info du département composé actuellement d un PR en biologie systémique (BF2I), d un MC en informatique (CarMeN) et d un MC en statistiques (MAP). Par ailleurs, BF2I possède un atelier en génomique et transcriptomique composé d un PR INSA, d un CR et d un AI INRA. La personne recrutée viendra renforcer cet atelier. Le partage d outils et de compétences au sein du département se fera dans ce cadre et pourra être formellement établi avec les équipes qui souhaitent également s ouvrir à la biologie des systèmes. Research: High throughput genomics and transcriptomics of interacting cells The selected Associate Professor will join the research unit Functional Biology Insects and Interactions (UMR203 BF2I, for investigating and developing tools and methods for high throughput genomic and transcriptomic analyses of interacting cells. Two BF2I teams analyze insect bacteriocyte cells of the aphid Acyrthosiphon pisum and the weevil Sitophilus oryzae. These specialized cells harbour obligate bacterial endosymbionts and interact with them through the immune system and metabolic exchanges. Several transcriptomic datasets, including microarrays, NGS, microrna, have been developed within BF2I and the lab is engaged in genomic programs, such as the NGS-sequencing of the weevil genome and insect endosymbionts, with the aim to move towards system and predictive biology. The successful candidate will use and develop up-to-date tools and methods for the analysis and the integration of high throughput data within cell signalling, genetic and metabolic networks of the bacterioyte cell using system biology approaches. Tools and methods will be shared with other department teams and units that express the need of using this systemic approach. The candidate should be autonomous while having the ability to share fruitful collaborations with the lab and the department researchers and teachers. Excellent theoretical and applied knowledge is required in statistics and molecular biology. A good level in bio-computing is essential (e.g., scripts, R). Lieu(x) d exercice : INSA de LYON-BF2I Nom directeur labo : Abdelaziz HEDDI Tel directeur labo : directeur labo : abdelaziz.heddi@insa-lyon.fr Descriptif labo : Le laboratoire BF2I, Biologie Fonctionnelle, Insectes et Interactions est une UMR INRA/INSA dont les recherches sont centrées sur les interactions entre insectes d'intérêt agronomique et leurs partenaires biotiques (plante hôte et bactéries symbiotiques obligatoires notamment). Le champ disciplinaire central de l'unité est la physiologie de l'insecte, déclinée aux niveaux moléculaire, cellulaire et organismique (molécules de signalisation immunitaire ou de défense, processus de communication cellulaire et/ou de régulation métabolique, spécialisations fonctionnelles tissulaires). Les recherches à BF2I contribuent au développement ou à la compréhension de méthodes nouvelles et durables de contrôle intégré des ravageurs des plantes cultivées. Cinq enseignants chercheurs, 4 chercheurs INRA et 14 ingénieurs, techniciens ou administratifs appartenant aux deux tutelles constituent le dispositif de recherche permanent. Une dizaine de stagiaires en moyenne complète le personnel du laboratoire, dont une moitié de M2 (Masters Microbiologie

3 Ecologie ou Mathématique et Informatique du Vivant principalement), de doctorants (Ecole doctorale de rattachement E2M2) ou de post-doctorants (ANR ou autres programmes nationaux). The BF2I laboratory, Functional Biology, Insects and Interactions, is an UMR INRA / INSA whose research focuses on the interactions between insects of agronomic interest and their biotic partners (host plant and obligatory symbiotic bacteria in particular). The central disciplinary field of the unit is the physiology of the insect, conducted at the molecular, cellular and organism levels (immune signaling molecules or defense, cellular communication process and / or metabolic regulation, tissue functional specializations). The BF2I research contributes to the development of new and sustainable methods for integrated-control of crop pests. Five faculty members, 4 INRA researchers and 14 engineers, technicians and administrative constitute the permanent staff of the structure. About 10 students complete the laboratory personnel, M2 students (Masters Microbiology Ecology and Mathematics and Computer Life mainly), doctoral students (Doctoral School of attachment E2M2) or postdocs (NRA or other national programs). URL labo: Research fields: Agricultural sciences (Agronomics) Biological sciences (Biological engineering, Biology) Mathematics (Computational mathematics, statistics) Computer science (Database management, Modelling tools)

4 INSA de Lyon DRH - France REBOUILLAT Delphine COLELLA Document d information CONSTITUTION DU DOSSIER DE CANDIDATURE Les candidats établissent un dossier composé comme suit : 1) la déclaration de candidature imprimée depuis GALAXIE datée et signée par le candidat 2) une copie d une pièce d identité avec photographie 3) une pièce attestant de la possession de l'un des titres mentionnés à l'article 9 de l'arrêté du 7 octobre ) un curriculum vitae donnant une présentation analytique de la thèse, des travaux, ouvrages, articles, réalisations et activités. Pour les candidats à un poste de maître de conférences, le CV mentionnera les travaux qui seront adressés en cas d'audition. 5) Un exemplaire d au moins un des travaux, ouvrages, articles et réalisation parmi ceux mentionné dans le CV uniquement pour les candidats à un poste de professeurs des universités. 6) une copie du rapport de soutenance du diplôme détenu A fournir également : 6b) En cas de mutation : une attestation délivrée par votre chef d'établissement permettant d'établir la qualité de maître de conférences ou de professeur des universités depuis 3 ans. Si vous ne justifiez pas, à cette date, de trois ans de fonctions d'enseignant-chercheur en position d'activité dans l établissement, l'accord de votre chef d'établissement d'affectation, donné après avis favorable du conseil d'administration en formation restreinte aux enseignants-chercheurs et assimilés de rang au moins égal, ainsi que, le cas échéant, du directeur de l'institut ou de l'école faisant partie de l'université Pour les fonctionnaires séparés, pour des raisons professionnelles, de leur conjoint (pacs, mariage, concubinage) : Copie du livret de famille ou certificat de concubinage ou de Pacs ainsi qu une attestation de la résidence professionnelle et de l activité professionnelle principale du conjoint, du concubin ou du pacsé. Pour les professions libérales : attestation d inscription auprès de l URSSAF ou justification d immatriculation au registre du commerce et des sociétés ou au répertoire des métiers Pour les bénéficiaires de l obligation d emploi (BOE) : Le document justifiant de cette qualité, document en cours de validité au moment de l inscription et à la date d effet de la mutation 6b) En cas de détachement : une attestation délivrée par votre chef d'établissement permettant d'établir votre appartenance à l'une des catégories visées à l'article 7 de l arrêté du 7/10/2009 et votre qualité de titulaire dans votre corps ou cadre d'emploi d'origine depuis 3 ans. Pour les fonctionnaires séparés, pour des raisons professionnelles, de leur conjoint (pacs, mariage, concubinage) : Copie du livret de famille ou certificat de concubinage ou de Pacs ainsi qu une attestation de la résidence professionnelle et de l activité professionnelle principale du conjoint, du concubin ou du pacsé. Pour les professions libérales : attestation d inscription auprès de l URSSAF ou justification d immatriculation au registre du commerce et des sociétés ou au répertoire des métiers Pour les bénéficiaires de l obligation d emploi (BOE) : Le document justifiant de cette qualité, document en cours de validité au moment de l inscription et à la date d effet du détachement 6c) En cas de recrutement étrangers : une attestation de service indiquant l exercice actuel de fonctions d enseignant-chercheur et la durée des services dans un établissement à l étranger Toutes pièces autres que celles demandées ci-dessus ne seront pas transmises aux rapporteurs QUELQUE SOIT LE MODE DE RECRUTEMENT CHOISI : TOUS les documents en langue étrangère doivent être traduits en français. Le dossier complet doit être déposé sur le site au plus tard le 30 mars 2015 minuit

5 Les services de la Direction des Ressources Humaines accusent réception des candidatures qui lui ont été transmises via l'application GALAXIE. Seuls seront acceptés les dossiers déposés sur le site dédié (ci-dessus) Remarques importantes avant d envoyer votre dossier : - N attendez pas le dernier jour pour déposer votre dossier, - vérifiez bien que vous avez joint la fiche de candidature GALAXIE et que vous l avez signée, - vérifiez ABSOLUMENT que vous avez joint TOUTES les pièces demandées